Reactome 插件合集（共 21 个）

【通路富集分析核心（analysis-core）安装教程】—— Reactome

■ 前置条件
   · Python 客户端需要 Python 3.8+；R 客户端需要 R 4.1+。
   · 浏览器/服务类组件需要能访问 Reactome 官网（网页版分析服务免费）。

■ 本工具是什么
   提供通路富集、基因表达分析与跨物种比较功能，可基于 Reactome 数据完成多物种通路分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip/.tar.gz 为官方仓库源码包，解压后按下面方式安装。
   · .whl 为 Python 包，用 pip 直接安装。
   · 含 R 包的用 install.packages 安装。

■ 安装步骤（Python 客户端）
   1. 解压本目录的包（若是 .whl 则跳过解压）。
   2. 命令行执行： pip install 包文件路径.whl  或  pip install 解压后的目录
   3. 用 Python 调用：导入包后按仓库 README 里的示例请求 Reactome 数据。

■ 安装步骤（R 客户端）
   1. R 里执行 install.packages("包文件.tar.gz", repos = NULL, type = "source")。
   2. 或 install.packages("包名") 从 CRAN 直装（若已发布）。
   3. library(包名) 后按 README 调用。

■ 安装步骤（服务/可视化组件）
   1. 解压后用 Java/Maven 或 Docker 按仓库 README 构建（一般有 Dockerfile）。
   2. 本地端口起来后，浏览器访问对应地址使用。

■ 常见问题
   · 请求超时：Reactome 服务在境外，网络慢时可设置代理或改用网页版导出。
   · 版本不匹配：客户端版本与 Reactome 数据版本要对应，README 里会写。

■ 来源与版权
   https://github.com/reactome/analysis-core
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「通路富集分析核心」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/reactome/analysis-core
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【通路分析 REST 服务（analysis-service）安装教程】—— Reactome

■ 前置条件
   · Python 客户端需要 Python 3.8+；R 客户端需要 R 4.1+。
   · 浏览器/服务类组件需要能访问 Reactome 官网（网页版分析服务免费）。

■ 本工具是什么
   通过 RESTful 接口调用 Reactome 通路分析工具，供程序提交基因或表达数据并获取富集结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip/.tar.gz 为官方仓库源码包，解压后按下面方式安装。
   · .whl 为 Python 包，用 pip 直接安装。
   · 含 R 包的用 install.packages 安装。

■ 安装步骤（Python 客户端）
   1. 解压本目录的包（若是 .whl 则跳过解压）。
   2. 命令行执行： pip install 包文件路径.whl  或  pip install 解压后的目录
   3. 用 Python 调用：导入包后按仓库 README 里的示例请求 Reactome 数据。

■ 安装步骤（R 客户端）
   1. R 里执行 install.packages("包文件.tar.gz", repos = NULL, type = "source")。
   2. 或 install.packages("包名") 从 CRAN 直装（若已发布）。
   3. library(包名) 后按 README 调用。

■ 安装步骤（服务/可视化组件）
   1. 解压后用 Java/Maven 或 Docker 按仓库 README 构建（一般有 Dockerfile）。
   2. 本地端口起来后，浏览器访问对应地址使用。

■ 常见问题
   · 请求超时：Reactome 服务在境外，网络慢时可设置代理或改用网页版导出。
   · 版本不匹配：客户端版本与 Reactome 数据版本要对应，README 里会写。

■ 来源与版权
   https://github.com/reactome/analysis-service
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「通路分析 REST 服务」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/reactome/analysis-service
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【APICURON 标注导出（apicuron-exporter）安装教程】—— Reactome

■ 前置条件
   · Python 客户端需要 Python 3.8+；R 客户端需要 R 4.1+。
   · 浏览器/服务类组件需要能访问 Reactome 官网（网页版分析服务免费）。

■ 本工具是什么
   将 Reactome 的通路注释与策展记录导出为 APICURON 格式，用于统计和展示社区策展贡献。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip/.tar.gz 为官方仓库源码包，解压后按下面方式安装。
   · .whl 为 Python 包，用 pip 直接安装。
   · 含 R 包的用 install.packages 安装。

■ 安装步骤（Python 客户端）
   1. 解压本目录的包（若是 .whl 则跳过解压）。
   2. 命令行执行： pip install 包文件路径.whl  或  pip install 解压后的目录
   3. 用 Python 调用：导入包后按仓库 README 里的示例请求 Reactome 数据。

■ 安装步骤（R 客户端）
   1. R 里执行 install.packages("包文件.tar.gz", repos = NULL, type = "source")。
   2. 或 install.packages("包名") 从 CRAN 直装（若已发布）。
   3. library(包名) 后按 README 调用。

■ 安装步骤（服务/可视化组件）
   1. 解压后用 Java/Maven 或 Docker 按仓库 README 构建（一般有 Dockerfile）。
   2. 本地端口起来后，浏览器访问对应地址使用。

■ 常见问题
   · 请求超时：Reactome 服务在境外，网络慢时可设置代理或改用网页版导出。
   · 版本不匹配：客户端版本与 Reactome 数据版本要对应，README 里会写。

■ 来源与版权
   https://github.com/reactome/apicuron-exporter
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「APICURON 标注导出」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/reactome/apicuron-exporter
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【BioPAX3 导出器（BioPAX3Exporter）安装教程】—— Reactome

■ 前置条件
   · Python 客户端需要 Python 3.8+；R 客户端需要 R 4.1+。
   · 浏览器/服务类组件需要能访问 Reactome 官网（网页版分析服务免费）。

■ 本工具是什么
   从 Reactome 图数据库导出 BioPAX Level 3 格式的通路数据，供其他生物信息工具交换使用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip/.tar.gz 为官方仓库源码包，解压后按下面方式安装。
   · .whl 为 Python 包，用 pip 直接安装。
   · 含 R 包的用 install.packages 安装。

■ 安装步骤（Python 客户端）
   1. 解压本目录的包（若是 .whl 则跳过解压）。
   2. 命令行执行： pip install 包文件路径.whl  或  pip install 解压后的目录
   3. 用 Python 调用：导入包后按仓库 README 里的示例请求 Reactome 数据。

■ 安装步骤（R 客户端）
   1. R 里执行 install.packages("包文件.tar.gz", repos = NULL, type = "source")。
   2. 或 install.packages("包名") 从 CRAN 直装（若已发布）。
   3. library(包名) 后按 README 调用。

■ 安装步骤（服务/可视化组件）
   1. 解压后用 Java/Maven 或 Docker 按仓库 README 构建（一般有 Dockerfile）。
   2. 本地端口起来后，浏览器访问对应地址使用。

■ 常见问题
   · 请求超时：Reactome 服务在境外，网络慢时可设置代理或改用网页版导出。
   · 版本不匹配：客户端版本与 Reactome 数据版本要对应，README 里会写。

■ 来源与版权
   https://github.com/reactome/BioPAX3Exporter
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BioPAX3 导出器」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/reactome/BioPAX3Exporter
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【数据内容 REST 服务（content-service）安装教程】—— Reactome

■ 前置条件
   · Python 客户端需要 Python 3.8+；R 客户端需要 R 4.1+。
   · 浏览器/服务类组件需要能访问 Reactome 官网（网页版分析服务免费）。

■ 本工具是什么
   Reactome 新版 REST API，用于访问通路内容数据，可按物种、通路或分子检索结构化信息。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip/.tar.gz 为官方仓库源码包，解压后按下面方式安装。
   · .whl 为 Python 包，用 pip 直接安装。
   · 含 R 包的用 install.packages 安装。

■ 安装步骤（Python 客户端）
   1. 解压本目录的包（若是 .whl 则跳过解压）。
   2. 命令行执行： pip install 包文件路径.whl  或  pip install 解压后的目录
   3. 用 Python 调用：导入包后按仓库 README 里的示例请求 Reactome 数据。

■ 安装步骤（R 客户端）
   1. R 里执行 install.packages("包文件.tar.gz", repos = NULL, type = "source")。
   2. 或 install.packages("包名") 从 CRAN 直装（若已发布）。
   3. library(包名) 后按 README 调用。

■ 安装步骤（服务/可视化组件）
   1. 解压后用 Java/Maven 或 Docker 按仓库 README 构建（一般有 Dockerfile）。
   2. 本地端口起来后，浏览器访问对应地址使用。

■ 常见问题
   · 请求超时：Reactome 服务在境外，网络慢时可设置代理或改用网页版导出。
   · 版本不匹配：客户端版本与 Reactome 数据版本要对应，README 里会写。

■ 来源与版权
   https://github.com/reactome/content-service
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「数据内容 REST 服务」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/reactome/content-service
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【通路 PDF 电子书生成（event-pdf）安装教程】—— Reactome

■ 前置条件
   · Python 客户端需要 Python 3.8+；R 客户端需要 R 4.1+。
   · 浏览器/服务类组件需要能访问 Reactome 官网（网页版分析服务免费）。

■ 本工具是什么
   将 Reactome 通路事件内容渲染为 PDF 文档，用于生成可离线阅读和打印的 Reactome 电子书。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip/.tar.gz 为官方仓库源码包，解压后按下面方式安装。
   · .whl 为 Python 包，用 pip 直接安装。
   · 含 R 包的用 install.packages 安装。

■ 安装步骤（Python 客户端）
   1. 解压本目录的包（若是 .whl 则跳过解压）。
   2. 命令行执行： pip install 包文件路径.whl  或  pip install 解压后的目录
   3. 用 Python 调用：导入包后按仓库 README 里的示例请求 Reactome 数据。

■ 安装步骤（R 客户端）
   1. R 里执行 install.packages("包文件.tar.gz", repos = NULL, type = "source")。
   2. 或 install.packages("包名") 从 CRAN 直装（若已发布）。
   3. library(包名) 后按 README 调用。

■ 安装步骤（服务/可视化组件）
   1. 解压后用 Java/Maven 或 Docker 按仓库 README 构建（一般有 Dockerfile）。
   2. 本地端口起来后，浏览器访问对应地址使用。

■ 常见问题
   · 请求超时：Reactome 服务在境外，网络慢时可设置代理或改用网页版导出。
   · 版本不匹配：客户端版本与 Reactome 数据版本要对应，README 里会写。

■ 来源与版权
   https://github.com/reactome/event-pdf
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「通路 PDF 电子书生成」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/reactome/event-pdf
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【分子相互作用导出（interaction-exporter）安装教程】—— Reactome

■ 前置条件
   · Python 客户端需要 Python 3.8+；R 客户端需要 R 4.1+。
   · 浏览器/服务类组件需要能访问 Reactome 官网（网页版分析服务免费）。

■ 本工具是什么
   从 Reactome 内容中推断并导出分子相互作用数据，输出可供网络分析或数据库导入使用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip/.tar.gz 为官方仓库源码包，解压后按下面方式安装。
   · .whl 为 Python 包，用 pip 直接安装。
   · 含 R 包的用 install.packages 安装。

■ 安装步骤（Python 客户端）
   1. 解压本目录的包（若是 .whl 则跳过解压）。
   2. 命令行执行： pip install 包文件路径.whl  或  pip install 解压后的目录
   3. 用 Python 调用：导入包后按仓库 README 里的示例请求 Reactome 数据。

■ 安装步骤（R 客户端）
   1. R 里执行 install.packages("包文件.tar.gz", repos = NULL, type = "source")。
   2. 或 install.packages("包名") 从 CRAN 直装（若已发布）。
   3. library(包名) 后按 README 调用。

■ 安装步骤（服务/可视化组件）
   1. 解压后用 Java/Maven 或 Docker 按仓库 README 构建（一般有 Dockerfile）。
   2. 本地端口起来后，浏览器访问对应地址使用。

■ 常见问题
   · 请求超时：Reactome 服务在境外，网络慢时可设置代理或改用网页版导出。
   · 版本不匹配：客户端版本与 Reactome 数据版本要对应，README 里会写。

■ 来源与版权
   https://github.com/reactome/interaction-exporter
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分子相互作用导出」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/reactome/interaction-exporter
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【通路浏览交互组件（pwp-browser）安装教程】—— Reactome

■ 前置条件
   · Python 客户端需要 Python 3.8+；R 客户端需要 R 4.1+。
   · 浏览器/服务类组件需要能访问 Reactome 官网（网页版分析服务免费）。

■ 本工具是什么
   用于可视化通路数据并与之交互的前端组件，支持浏览 Reactome 通路图谱并操作其中的节点。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip/.tar.gz 为官方仓库源码包，解压后按下面方式安装。
   · .whl 为 Python 包，用 pip 直接安装。
   · 含 R 包的用 install.packages 安装。

■ 安装步骤（Python 客户端）
   1. 解压本目录的包（若是 .whl 则跳过解压）。
   2. 命令行执行： pip install 包文件路径.whl  或  pip install 解压后的目录
   3. 用 Python 调用：导入包后按仓库 README 里的示例请求 Reactome 数据。

■ 安装步骤（R 客户端）
   1. R 里执行 install.packages("包文件.tar.gz", repos = NULL, type = "source")。
   2. 或 install.packages("包名") 从 CRAN 直装（若已发布）。
   3. library(包名) 后按 README 调用。

■ 安装步骤（服务/可视化组件）
   1. 解压后用 Java/Maven 或 Docker 按仓库 README 构建（一般有 Dockerfile）。
   2. 本地端口起来后，浏览器访问对应地址使用。

■ 常见问题
   · 请求超时：Reactome 服务在境外，网络慢时可设置代理或改用网页版导出。
   · 版本不匹配：客户端版本与 Reactome 数据版本要对应，README 里会写。

■ 来源与版权
   https://github.com/reactome/pwp-browser
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「通路浏览交互组件」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/reactome/pwp-browser
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【通路图 GWT 组件（pwp-diagram）安装教程】—— Reactome

■ 前置条件
   · Python 客户端需要 Python 3.8+；R 客户端需要 R 4.1+。
   · 浏览器/服务类组件需要能访问 Reactome 官网（网页版分析服务免费）。

■ 本工具是什么
   基于 GWT 的通路图组件，用于在网页中渲染和展示 Reactome 通路示意图。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip/.tar.gz 为官方仓库源码包，解压后按下面方式安装。
   · .whl 为 Python 包，用 pip 直接安装。
   · 含 R 包的用 install.packages 安装。

■ 安装步骤（Python 客户端）
   1. 解压本目录的包（若是 .whl 则跳过解压）。
   2. 命令行执行： pip install 包文件路径.whl  或  pip install 解压后的目录
   3. 用 Python 调用：导入包后按仓库 README 里的示例请求 Reactome 数据。

■ 安装步骤（R 客户端）
   1. R 里执行 install.packages("包文件.tar.gz", repos = NULL, type = "source")。
   2. 或 install.packages("包名") 从 CRAN 直装（若已发布）。
   3. library(包名) 后按 README 调用。

■ 安装步骤（服务/可视化组件）
   1. 解压后用 Java/Maven 或 Docker 按仓库 README 构建（一般有 Dockerfile）。
   2. 本地端口起来后，浏览器访问对应地址使用。

■ 常见问题
   · 请求超时：Reactome 服务在境外，网络慢时可设置代理或改用网页版导出。
   · 版本不匹配：客户端版本与 Reactome 数据版本要对应，README 里会写。

■ 来源与版权
   https://github.com/reactome/pwp-diagram
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「通路图 GWT 组件」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/reactome/pwp-diagram
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【通路图 JavaScript 接口（pwp-diagram-js）安装教程】—— Reactome

■ 前置条件
   · Python 客户端需要 Python 3.8+；R 客户端需要 R 4.1+。
   · 浏览器/服务类组件需要能访问 Reactome 官网（网页版分析服务免费）。

■ 本工具是什么
   将通路图查看器封装为普通 JavaScript API，便于在网页中嵌入并控制 Reactome 通路图的显示。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip/.tar.gz 为官方仓库源码包，解压后按下面方式安装。
   · .whl 为 Python 包，用 pip 直接安装。
   · 含 R 包的用 install.packages 安装。

■ 安装步骤（Python 客户端）
   1. 解压本目录的包（若是 .whl 则跳过解压）。
   2. 命令行执行： pip install 包文件路径.whl  或  pip install 解压后的目录
   3. 用 Python 调用：导入包后按仓库 README 里的示例请求 Reactome 数据。

■ 安装步骤（R 客户端）
   1. R 里执行 install.packages("包文件.tar.gz", repos = NULL, type = "source")。
   2. 或 install.packages("包名") 从 CRAN 直装（若已发布）。
   3. library(包名) 后按 README 调用。

■ 安装步骤（服务/可视化组件）
   1. 解压后用 Java/Maven 或 Docker 按仓库 README 构建（一般有 Dockerfile）。
   2. 本地端口起来后，浏览器访问对应地址使用。

■ 常见问题
   · 请求超时：Reactome 服务在境外，网络慢时可设置代理或改用网页版导出。
   · 版本不匹配：客户端版本与 Reactome 数据版本要对应，README 里会写。

■ 来源与版权
   https://github.com/reactome/pwp-diagram-js
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「通路图 JavaScript 接口」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/reactome/pwp-diagram-js
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【通路全景 Fireworks 组件（pwp-fireworks）安装教程】—— Reactome

■ 前置条件
   · Python 客户端需要 Python 3.8+；R 客户端需要 R 4.1+。
   · 浏览器/服务类组件需要能访问 Reactome 官网（网页版分析服务免费）。

■ 本工具是什么
   提供 Reactome 通路全景视图组件，以放射状布局展示全部通路及其层级关系，便于整体浏览。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip/.tar.gz 为官方仓库源码包，解压后按下面方式安装。
   · .whl 为 Python 包，用 pip 直接安装。
   · 含 R 包的用 install.packages 安装。

■ 安装步骤（Python 客户端）
   1. 解压本目录的包（若是 .whl 则跳过解压）。
   2. 命令行执行： pip install 包文件路径.whl  或  pip install 解压后的目录
   3. 用 Python 调用：导入包后按仓库 README 里的示例请求 Reactome 数据。

■ 安装步骤（R 客户端）
   1. R 里执行 install.packages("包文件.tar.gz", repos = NULL, type = "source")。
   2. 或 install.packages("包名") 从 CRAN 直装（若已发布）。
   3. library(包名) 后按 README 调用。

■ 安装步骤（服务/可视化组件）
   1. 解压后用 Java/Maven 或 Docker 按仓库 README 构建（一般有 Dockerfile）。
   2. 本地端口起来后，浏览器访问对应地址使用。

■ 常见问题
   · 请求超时：Reactome 服务在境外，网络慢时可设置代理或改用网页版导出。
   · 版本不匹配：客户端版本与 Reactome 数据版本要对应，README 里会写。

■ 来源与版权
   https://github.com/reactome/pwp-fireworks
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「通路全景 Fireworks 组件」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/reactome/pwp-fireworks
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【生化反应导出器（reaction-exporter）安装教程】—— Reactome

■ 前置条件
   · Python 客户端需要 Python 3.8+；R 客户端需要 R 4.1+。
   · 浏览器/服务类组件需要能访问 Reactome 官网（网页版分析服务免费）。

■ 本工具是什么
   将 Reactome 数据库中的生化反应及其参与分子导出为结构化文件，供外部分析流程使用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip/.tar.gz 为官方仓库源码包，解压后按下面方式安装。
   · .whl 为 Python 包，用 pip 直接安装。
   · 含 R 包的用 install.packages 安装。

■ 安装步骤（Python 客户端）
   1. 解压本目录的包（若是 .whl 则跳过解压）。
   2. 命令行执行： pip install 包文件路径.whl  或  pip install 解压后的目录
   3. 用 Python 调用：导入包后按仓库 README 里的示例请求 Reactome 数据。

■ 安装步骤（R 客户端）
   1. R 里执行 install.packages("包文件.tar.gz", repos = NULL, type = "source")。
   2. 或 install.packages("包名") 从 CRAN 直装（若已发布）。
   3. library(包名) 后按 README 调用。

■ 安装步骤（服务/可视化组件）
   1. 解压后用 Java/Maven 或 Docker 按仓库 README 构建（一般有 Dockerfile）。
   2. 本地端口起来后，浏览器访问对应地址使用。

■ 常见问题
   · 请求超时：Reactome 服务在境外，网络慢时可设置代理或改用网页版导出。
   · 版本不匹配：客户端版本与 Reactome 数据版本要对应，README 里会写。

■ 来源与版权
   https://github.com/reactome/reaction-exporter
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「生化反应导出器」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/reactome/reaction-exporter
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Reactome MCP 服务端原型（reactome-mcp）安装教程】—— Reactome

■ 前置条件
   · Python 客户端需要 Python 3.8+；R 客户端需要 R 4.1+。
   · 浏览器/服务类组件需要能访问 Reactome 官网（网页版分析服务免费）。

■ 本工具是什么
   面向 Reactome 数据的 MCP 服务原型，用于让 AI 助手通过标准协议查询通路内容与分析结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip/.tar.gz 为官方仓库源码包，解压后按下面方式安装。
   · .whl 为 Python 包，用 pip 直接安装。
   · 含 R 包的用 install.packages 安装。

■ 安装步骤（Python 客户端）
   1. 解压本目录的包（若是 .whl 则跳过解压）。
   2. 命令行执行： pip install 包文件路径.whl  或  pip install 解压后的目录
   3. 用 Python 调用：导入包后按仓库 README 里的示例请求 Reactome 数据。

■ 安装步骤（R 客户端）
   1. R 里执行 install.packages("包文件.tar.gz", repos = NULL, type = "source")。
   2. 或 install.packages("包名") 从 CRAN 直装（若已发布）。
   3. library(包名) 后按 README 调用。

■ 安装步骤（服务/可视化组件）
   1. 解压后用 Java/Maven 或 Docker 按仓库 README 构建（一般有 Dockerfile）。
   2. 本地端口起来后，浏览器访问对应地址使用。

■ 常见问题
   · 请求超时：Reactome 服务在境外，网络慢时可设置代理或改用网页版导出。
   · 版本不匹配：客户端版本与 Reactome 数据版本要对应，README 里会写。

■ 来源与版权
   https://github.com/reactome/reactome-mcp
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Reactome MCP 服务端原型」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/reactome/reactome-mcp
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【数据模式定义包（reactome-schemas）安装教程】—— Reactome

■ 前置条件
   · Python 客户端需要 Python 3.8+；R 客户端需要 R 4.1+。
   · 浏览器/服务类组件需要能访问 Reactome 官网（网页版分析服务免费）。

■ 本工具是什么
   定义 Reactome 的数据模型与字段结构模式，供导入导出工具校验和解析通路数据时使用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip/.tar.gz 为官方仓库源码包，解压后按下面方式安装。
   · .whl 为 Python 包，用 pip 直接安装。
   · 含 R 包的用 install.packages 安装。

■ 安装步骤（Python 客户端）
   1. 解压本目录的包（若是 .whl 则跳过解压）。
   2. 命令行执行： pip install 包文件路径.whl  或  pip install 解压后的目录
   3. 用 Python 调用：导入包后按仓库 README 里的示例请求 Reactome 数据。

■ 安装步骤（R 客户端）
   1. R 里执行 install.packages("包文件.tar.gz", repos = NULL, type = "source")。
   2. 或 install.packages("包名") 从 CRAN 直装（若已发布）。
   3. library(包名) 后按 README 调用。

■ 安装步骤（服务/可视化组件）
   1. 解压后用 Java/Maven 或 Docker 按仓库 README 构建（一般有 Dockerfile）。
   2. 本地端口起来后，浏览器访问对应地址使用。

■ 常见问题
   · 请求超时：Reactome 服务在境外，网络慢时可设置代理或改用网页版导出。
   · 版本不匹配：客户端版本与 Reactome 数据版本要对应，README 里会写。

■ 来源与版权
   https://github.com/reactome/reactome-schemas
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「数据模式定义包」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/reactome/reactome-schemas
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Python 客户端库（reactome2py）安装教程】—— Reactome

■ 前置条件
   · Python 客户端需要 Python 3.8+；R 客户端需要 R 4.1+。
   · 浏览器/服务类组件需要能访问 Reactome 官网（网页版分析服务免费）。

■ 本工具是什么
   Python 客户端库，封装 Reactome 内容、分析及人类功能蛋白相互作用服务的 API 调用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip/.tar.gz 为官方仓库源码包，解压后按下面方式安装。
   · .whl 为 Python 包，用 pip 直接安装。
   · 含 R 包的用 install.packages 安装。

■ 安装步骤（Python 客户端）
   1. 解压本目录的包（若是 .whl 则跳过解压）。
   2. 命令行执行： pip install 包文件路径.whl  或  pip install 解压后的目录
   3. 用 Python 调用：导入包后按仓库 README 里的示例请求 Reactome 数据。

■ 安装步骤（R 客户端）
   1. R 里执行 install.packages("包文件.tar.gz", repos = NULL, type = "source")。
   2. 或 install.packages("包名") 从 CRAN 直装（若已发布）。
   3. library(包名) 后按 README 调用。

■ 安装步骤（服务/可视化组件）
   1. 解压后用 Java/Maven 或 Docker 按仓库 README 构建（一般有 Dockerfile）。
   2. 本地端口起来后，浏览器访问对应地址使用。

■ 常见问题
   · 请求超时：Reactome 服务在境外，网络慢时可设置代理或改用网页版导出。
   · 版本不匹配：客户端版本与 Reactome 数据版本要对应，README 里会写。

■ 来源与版权
   https://github.com/reactome/reactome2py
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Python 客户端库」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/reactome/reactome2py
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【数据库问答机器人（reactome_chatbot）安装教程】—— Reactome

■ 前置条件
   · Python 客户端需要 Python 3.8+；R 客户端需要 R 4.1+。
   · 浏览器/服务类组件需要能访问 Reactome 官网（网页版分析服务免费）。

■ 本工具是什么
   Reactome 的聊天机器人，可通过自然语言查询其数据库与搜索索引，返回相关通路信息。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip/.tar.gz 为官方仓库源码包，解压后按下面方式安装。
   · .whl 为 Python 包，用 pip 直接安装。
   · 含 R 包的用 install.packages 安装。

■ 安装步骤（Python 客户端）
   1. 解压本目录的包（若是 .whl 则跳过解压）。
   2. 命令行执行： pip install 包文件路径.whl  或  pip install 解压后的目录
   3. 用 Python 调用：导入包后按仓库 README 里的示例请求 Reactome 数据。

■ 安装步骤（R 客户端）
   1. R 里执行 install.packages("包文件.tar.gz", repos = NULL, type = "source")。
   2. 或 install.packages("包名") 从 CRAN 直装（若已发布）。
   3. library(包名) 后按 README 调用。

■ 安装步骤（服务/可视化组件）
   1. 解压后用 Java/Maven 或 Docker 按仓库 README 构建（一般有 Dockerfile）。
   2. 本地端口起来后，浏览器访问对应地址使用。

■ 常见问题
   · 请求超时：Reactome 服务在境外，网络慢时可设置代理或改用网页版导出。
   · 版本不匹配：客户端版本与 Reactome 数据版本要对应，README 里会写。

■ 来源与版权
   https://github.com/reactome/reactome_chatbot
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「数据库问答机器人」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/reactome/reactome_chatbot
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【内容服务 R 接口（ReactomeContentService4R）安装教程】—— Reactome

■ 前置条件
   · Python 客户端需要 Python 3.8+；R 客户端需要 R 4.1+。
   · 浏览器/服务类组件需要能访问 Reactome 官网（网页版分析服务免费）。

■ 本工具是什么
   面向 R 用户的 Reactome 内容服务接口，便于在 R 中直接下载和处理通路数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip/.tar.gz 为官方仓库源码包，解压后按下面方式安装。
   · .whl 为 Python 包，用 pip 直接安装。
   · 含 R 包的用 install.packages 安装。

■ 安装步骤（Python 客户端）
   1. 解压本目录的包（若是 .whl 则跳过解压）。
   2. 命令行执行： pip install 包文件路径.whl  或  pip install 解压后的目录
   3. 用 Python 调用：导入包后按仓库 README 里的示例请求 Reactome 数据。

■ 安装步骤（R 客户端）
   1. R 里执行 install.packages("包文件.tar.gz", repos = NULL, type = "source")。
   2. 或 install.packages("包名") 从 CRAN 直装（若已发布）。
   3. library(包名) 后按 README 调用。

■ 安装步骤（服务/可视化组件）
   1. 解压后用 Java/Maven 或 Docker 按仓库 README 构建（一般有 Dockerfile）。
   2. 本地端口起来后，浏览器访问对应地址使用。

■ 常见问题
   · 请求超时：Reactome 服务在境外，网络慢时可设置代理或改用网页版导出。
   · 版本不匹配：客户端版本与 Reactome 数据版本要对应，README 里会写。

■ 来源与版权
   https://github.com/reactome/ReactomeContentService4R
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「内容服务 R 接口」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/reactome/ReactomeContentService4R
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【图数据库 R 接口（ReactomeGraph4R）安装教程】—— Reactome

■ 前置条件
   · Python 客户端需要 Python 3.8+；R 客户端需要 R 4.1+。
   · 浏览器/服务类组件需要能访问 Reactome 官网（网页版分析服务免费）。

■ 本工具是什么
   R 包，用于连接 Reactome 图数据库并执行查询，在 R 环境中获取通路图谱数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip/.tar.gz 为官方仓库源码包，解压后按下面方式安装。
   · .whl 为 Python 包，用 pip 直接安装。
   · 含 R 包的用 install.packages 安装。

■ 安装步骤（Python 客户端）
   1. 解压本目录的包（若是 .whl 则跳过解压）。
   2. 命令行执行： pip install 包文件路径.whl  或  pip install 解压后的目录
   3. 用 Python 调用：导入包后按仓库 README 里的示例请求 Reactome 数据。

■ 安装步骤（R 客户端）
   1. R 里执行 install.packages("包文件.tar.gz", repos = NULL, type = "source")。
   2. 或 install.packages("包名") 从 CRAN 直装（若已发布）。
   3. library(包名) 后按 README 调用。

■ 安装步骤（服务/可视化组件）
   1. 解压后用 Java/Maven 或 Docker 按仓库 README 构建（一般有 Dockerfile）。
   2. 本地端口起来后，浏览器访问对应地址使用。

■ 常见问题
   · 请求超时：Reactome 服务在境外，网络慢时可设置代理或改用网页版导出。
   · 版本不匹配：客户端版本与 Reactome 数据版本要对应，README 里会写。

■ 来源与版权
   https://github.com/reactome/ReactomeGraph4R
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「图数据库 R 接口」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/reactome/ReactomeGraph4R
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GSA 分析 R 客户端（ReactomeGSA）安装教程】—— Reactome

■ 前置条件
   · Python 客户端需要 Python 3.8+；R 客户端需要 R 4.1+。
   · 浏览器/服务类组件需要能访问 Reactome 官网（网页版分析服务免费）。

■ 本工具是什么
   ReactomeGSA 分析服务的 R 客户端，用于跨物种多组学基因集比较分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip/.tar.gz 为官方仓库源码包，解压后按下面方式安装。
   · .whl 为 Python 包，用 pip 直接安装。
   · 含 R 包的用 install.packages 安装。

■ 安装步骤（Python 客户端）
   1. 解压本目录的包（若是 .whl 则跳过解压）。
   2. 命令行执行： pip install 包文件路径.whl  或  pip install 解压后的目录
   3. 用 Python 调用：导入包后按仓库 README 里的示例请求 Reactome 数据。

■ 安装步骤（R 客户端）
   1. R 里执行 install.packages("包文件.tar.gz", repos = NULL, type = "source")。
   2. 或 install.packages("包名") 从 CRAN 直装（若已发布）。
   3. library(包名) 后按 README 调用。

■ 安装步骤（服务/可视化组件）
   1. 解压后用 Java/Maven 或 Docker 按仓库 README 构建（一般有 Dockerfile）。
   2. 本地端口起来后，浏览器访问对应地址使用。

■ 常见问题
   · 请求超时：Reactome 服务在境外，网络慢时可设置代理或改用网页版导出。
   · 版本不匹配：客户端版本与 Reactome 数据版本要对应，README 里会写。

■ 来源与版权
   https://github.com/reactome/ReactomeGSA
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GSA 分析 R 客户端」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/reactome/ReactomeGSA
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GSA 配套数据包（ReactomeGSA.data）安装教程】—— Reactome

■ 前置条件
   · Python 客户端需要 Python 3.8+；R 客户端需要 R 4.1+。
   · 浏览器/服务类组件需要能访问 Reactome 官网（网页版分析服务免费）。

■ 本工具是什么
   为 ReactomeGSA R 包提供配套数据集，用于演示和测试多组学通路分析流程。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip/.tar.gz 为官方仓库源码包，解压后按下面方式安装。
   · .whl 为 Python 包，用 pip 直接安装。
   · 含 R 包的用 install.packages 安装。

■ 安装步骤（Python 客户端）
   1. 解压本目录的包（若是 .whl 则跳过解压）。
   2. 命令行执行： pip install 包文件路径.whl  或  pip install 解压后的目录
   3. 用 Python 调用：导入包后按仓库 README 里的示例请求 Reactome 数据。

■ 安装步骤（R 客户端）
   1. R 里执行 install.packages("包文件.tar.gz", repos = NULL, type = "source")。
   2. 或 install.packages("包名") 从 CRAN 直装（若已发布）。
   3. library(包名) 后按 README 调用。

■ 安装步骤（服务/可视化组件）
   1. 解压后用 Java/Maven 或 Docker 按仓库 README 构建（一般有 Dockerfile）。
   2. 本地端口起来后，浏览器访问对应地址使用。

■ 常见问题
   · 请求超时：Reactome 服务在境外，网络慢时可设置代理或改用网页版导出。
   · 版本不匹配：客户端版本与 Reactome 数据版本要对应，README 里会写。

■ 来源与版权
   https://github.com/reactome/ReactomeGSA.data
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GSA 配套数据包」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/reactome/ReactomeGSA.data
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【SBML 导出器（sbml-exporter）安装教程】—— Reactome

■ 前置条件
   · Python 客户端需要 Python 3.8+；R 客户端需要 R 4.1+。
   · 浏览器/服务类组件需要能访问 Reactome 官网（网页版分析服务免费）。

■ 本工具是什么
   将 Reactome 通路内容导出为 SBML 格式，供系统生物学建模与仿真软件读取使用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip/.tar.gz 为官方仓库源码包，解压后按下面方式安装。
   · .whl 为 Python 包，用 pip 直接安装。
   · 含 R 包的用 install.packages 安装。

■ 安装步骤（Python 客户端）
   1. 解压本目录的包（若是 .whl 则跳过解压）。
   2. 命令行执行： pip install 包文件路径.whl  或  pip install 解压后的目录
   3. 用 Python 调用：导入包后按仓库 README 里的示例请求 Reactome 数据。

■ 安装步骤（R 客户端）
   1. R 里执行 install.packages("包文件.tar.gz", repos = NULL, type = "source")。
   2. 或 install.packages("包名") 从 CRAN 直装（若已发布）。
   3. library(包名) 后按 README 调用。

■ 安装步骤（服务/可视化组件）
   1. 解压后用 Java/Maven 或 Docker 按仓库 README 构建（一般有 Dockerfile）。
   2. 本地端口起来后，浏览器访问对应地址使用。

■ 常见问题
   · 请求超时：Reactome 服务在境外，网络慢时可设置代理或改用网页版导出。
   · 版本不匹配：客户端版本与 Reactome 数据版本要对应，README 里会写。

■ 来源与版权
   https://github.com/reactome/sbml-exporter
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「SBML 导出器」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/reactome/sbml-exporter
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。