QIIME 2 插件合集（共 28 个）

【物种分类器（q2-feature-classifier）安装教程】—— QIIME 2

■ 前置条件
   · 已安装 QIIME 2（2023.9 及以上）的 conda 环境。

■ 本插件是什么
   训练与使用朴素贝叶斯、VSEARCH 等分类器，对代表序列进行物种注释。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：conda 包（.tar.bz2）。
   · .whl/.zip/.tar.gz 为 Python 包格式插件。

■ 安装步骤
   1. 打开命令行，激活 QIIME 2 环境：conda activate qiime2-2024.5
   2. 安装插件：
      · whl： pip install "本目录 whl 的完整路径"
      · 源码： 解压后进入目录执行 pip install .
   3. 刷新插件列表：qiime dev refresh-cache
   4. 验证：qiime info 里能看到该插件，或用 qiime <插件名> --help 试运行。

■ 常见问题
   · 提示 qiime 命令找不到：说明环境没激活，先 conda activate。
   · 插件装上了但 qiime info 没有：务必执行 qiime dev refresh-cache。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「物种分类器」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://qiime2.org
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【排序交互可视化（q2-emperor）安装教程】—— QIIME 2

■ 前置条件
   · 已安装 QIIME 2（2023.9 及以上）的 conda 环境。

■ 本插件是什么
   Emperor 交互式三维排序图，可在浏览器中旋转查看 PCoA 等降维结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：conda 包（.tar.bz2）。
   · .whl/.zip/.tar.gz 为 Python 包格式插件。

■ 安装步骤
   1. 打开命令行，激活 QIIME 2 环境：conda activate qiime2-2024.5
   2. 安装插件：
      · whl： pip install "本目录 whl 的完整路径"
      · 源码： 解压后进入目录执行 pip install .
   3. 刷新插件列表：qiime dev refresh-cache
   4. 验证：qiime info 里能看到该插件，或用 qiime <插件名> --help 试运行。

■ 常见问题
   · 提示 qiime 命令找不到：说明环境没激活，先 conda activate。
   · 插件装上了但 qiime info 没有：务必执行 qiime dev refresh-cache。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「排序交互可视化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://qiime2.org
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【物种注释可视化（q2-taxa）安装教程】—— QIIME 2

■ 前置条件
   · 已安装 QIIME 2（2023.9 及以上）的 conda 环境。

■ 本插件是什么
   将物种注释按分类层级折叠并绘制条形图，查看各水平的群落组成。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：conda 包（.tar.bz2）。
   · .whl/.zip/.tar.gz 为 Python 包格式插件。

■ 安装步骤
   1. 打开命令行，激活 QIIME 2 环境：conda activate qiime2-2024.5
   2. 安装插件：
      · whl： pip install "本目录 whl 的完整路径"
      · 源码： 解压后进入目录执行 pip install .
   3. 刷新插件列表：qiime dev refresh-cache
   4. 验证：qiime info 里能看到该插件，或用 qiime <插件名> --help 试运行。

■ 常见问题
   · 提示 qiime 命令找不到：说明环境没激活，先 conda activate。
   · 插件装上了但 qiime info 没有：务必执行 qiime dev refresh-cache。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「物种注释可视化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://qiime2.org
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【可视化模板（q2templates）安装教程】—— QIIME 2

■ 前置条件
   · 已安装 QIIME 2（2023.9 及以上）的 conda 环境。

■ 本插件是什么
   为插件可视化提供 HTML 模板与渲染工具，生成可交互的结果网页。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：conda 包（.tar.bz2）。
   · .whl/.zip/.tar.gz 为 Python 包格式插件。

■ 安装步骤
   1. 打开命令行，激活 QIIME 2 环境：conda activate qiime2-2024.5
   2. 安装插件：
      · whl： pip install "本目录 whl 的完整路径"
      · 源码： 解压后进入目录执行 pip install .
   3. 刷新插件列表：qiime dev refresh-cache
   4. 验证：qiime info 里能看到该插件，或用 qiime <插件名> --help 试运行。

■ 常见问题
   · 提示 qiime 命令找不到：说明环境没激活，先 conda activate。
   · 插件装上了但 qiime info 没有：务必执行 qiime dev refresh-cache。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「可视化模板」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://qiime2.org
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【DADA2 去噪（q2-dada2）安装教程】—— QIIME 2

■ 前置条件
   · 已安装 QIIME 2（2023.9 及以上）的 conda 环境。

■ 本插件是什么
   使用 DADA2 算法对扩增子序列去噪，获得单碱基分辨的 ASV 特征表与代表序列。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：conda 包（.tar.bz2）。
   · .whl/.zip/.tar.gz 为 Python 包格式插件。

■ 安装步骤
   1. 打开命令行，激活 QIIME 2 环境：conda activate qiime2-2024.5
   2. 安装插件：
      · whl： pip install "本目录 whl 的完整路径"
      · 源码： 解压后进入目录执行 pip install .
   3. 刷新插件列表：qiime dev refresh-cache
   4. 验证：qiime info 里能看到该插件，或用 qiime <插件名> --help 试运行。

■ 常见问题
   · 提示 qiime 命令找不到：说明环境没激活，先 conda activate。
   · 插件装上了但 qiime info 没有：务必执行 qiime dev refresh-cache。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「DADA2 去噪」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://qiime2.org
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Deblur 去噪（q2-deblur）安装教程】—— QIIME 2

■ 前置条件
   · 已安装 QIIME 2（2023.9 及以上）的 conda 环境。

■ 本插件是什么
   基于 Deblur 的序列去噪方法，按单碱基精度划分 OTU，可与 DADA2 互为替代。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：conda 包（.tar.bz2）。
   · .whl/.zip/.tar.gz 为 Python 包格式插件。

■ 安装步骤
   1. 打开命令行，激活 QIIME 2 环境：conda activate qiime2-2024.5
   2. 安装插件：
      · whl： pip install "本目录 whl 的完整路径"
      · 源码： 解压后进入目录执行 pip install .
   3. 刷新插件列表：qiime dev refresh-cache
   4. 验证：qiime info 里能看到该插件，或用 qiime <插件名> --help 试运行。

■ 常见问题
   · 提示 qiime 命令找不到：说明环境没激活，先 conda activate。
   · 插件装上了但 qiime info 没有：务必执行 qiime dev refresh-cache。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Deblur 去噪」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://qiime2.org
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【质量过滤（q2-quality-filter）安装教程】—— QIIME 2

■ 前置条件
   · 已安装 QIIME 2（2023.9 及以上）的 conda 环境。

■ 本插件是什么
   按质量分数与序列长度过滤特征序列，输出洁净数据用于下游分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：conda 包（.tar.bz2）。
   · .whl/.zip/.tar.gz 为 Python 包格式插件。

■ 安装步骤
   1. 打开命令行，激活 QIIME 2 环境：conda activate qiime2-2024.5
   2. 安装插件：
      · whl： pip install "本目录 whl 的完整路径"
      · 源码： 解压后进入目录执行 pip install .
   3. 刷新插件列表：qiime dev refresh-cache
   4. 验证：qiime info 里能看到该插件，或用 qiime <插件名> --help 试运行。

■ 常见问题
   · 提示 qiime 命令找不到：说明环境没激活，先 conda activate。
   · 插件装上了但 qiime info 没有：务必执行 qiime dev refresh-cache。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「质量过滤」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://qiime2.org
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【可视化向导（q2-vizard）安装教程】—— QIIME 2

■ 前置条件
   · 已安装 QIIME 2（2023.9 及以上）的 conda 环境。

■ 本插件是什么
   面向新手的网页向导，引导完成导入、去噪到多样性分析的标准流程。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：conda 包（.tar.bz2）。
   · .whl/.zip/.tar.gz 为 Python 包格式插件。

■ 安装步骤
   1. 打开命令行，激活 QIIME 2 环境：conda activate qiime2-2024.5
   2. 安装插件：
      · whl： pip install "本目录 whl 的完整路径"
      · 源码： 解压后进入目录执行 pip install .
   3. 刷新插件列表：qiime dev refresh-cache
   4. 验证：qiime info 里能看到该插件，或用 qiime <插件名> --help 试运行。

■ 常见问题
   · 提示 qiime 命令找不到：说明环境没激活，先 conda activate。
   · 插件装上了但 qiime info 没有：务必执行 qiime dev refresh-cache。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「可视化向导」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://qiime2.org
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【特征表操作（q2-feature-table）安装教程】—— QIIME 2

■ 前置条件
   · 已安装 QIIME 2（2023.9 及以上）的 conda 环境。

■ 本插件是什么
   对特征表进行筛选、合并、抽平、转置与相对丰度转换等常用表格处理。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：conda 包（.tar.bz2）。
   · .whl/.zip/.tar.gz 为 Python 包格式插件。

■ 安装步骤
   1. 打开命令行，激活 QIIME 2 环境：conda activate qiime2-2024.5
   2. 安装插件：
      · whl： pip install "本目录 whl 的完整路径"
      · 源码： 解压后进入目录执行 pip install .
   3. 刷新插件列表：qiime dev refresh-cache
   4. 验证：qiime info 里能看到该插件，或用 qiime <插件名> --help 试运行。

■ 常见问题
   · 提示 qiime 命令找不到：说明环境没激活，先 conda activate。
   · 插件装上了但 qiime info 没有：务必执行 qiime dev refresh-cache。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「特征表操作」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://qiime2.org
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【语义类型定义（q2-types）安装教程】—— QIIME 2

■ 前置条件
   · 已安装 QIIME 2（2023.9 及以上）的 conda 环境。

■ 本插件是什么
   定义 QIIME 2 的语义类型与数据格式转换，为各插件提供数据类型基础。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：conda 包（.tar.bz2）。
   · .whl/.zip/.tar.gz 为 Python 包格式插件。

■ 安装步骤
   1. 打开命令行，激活 QIIME 2 环境：conda activate qiime2-2024.5
   2. 安装插件：
      · whl： pip install "本目录 whl 的完整路径"
      · 源码： 解压后进入目录执行 pip install .
   3. 刷新插件列表：qiime dev refresh-cache
   4. 验证：qiime info 里能看到该插件，或用 qiime <插件名> --help 试运行。

■ 常见问题
   · 提示 qiime 命令找不到：说明环境没激活，先 conda activate。
   · 插件装上了但 qiime info 没有：务必执行 qiime dev refresh-cache。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「语义类型定义」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://qiime2.org
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【多样性分析（q2-diversity）安装教程】—— QIIME 2

■ 前置条件
   · 已安装 QIIME 2（2023.9 及以上）的 conda 环境。

■ 本插件是什么
   计算 alpha 与 beta 多样性指标，提供 PCoA、PERMANOVA 等统计与可视化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：conda 包（.tar.bz2）。
   · .whl/.zip/.tar.gz 为 Python 包格式插件。

■ 安装步骤
   1. 打开命令行，激活 QIIME 2 环境：conda activate qiime2-2024.5
   2. 安装插件：
      · whl： pip install "本目录 whl 的完整路径"
      · 源码： 解压后进入目录执行 pip install .
   3. 刷新插件列表：qiime dev refresh-cache
   4. 验证：qiime info 里能看到该插件，或用 qiime <插件名> --help 试运行。

■ 常见问题
   · 提示 qiime 命令找不到：说明环境没激活，先 conda activate。
   · 插件装上了但 qiime info 没有：务必执行 qiime dev refresh-cache。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多样性分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://qiime2.org
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【统计分析（q2-stats）安装教程】—— QIIME 2

■ 前置条件
   · 已安装 QIIME 2（2023.9 及以上）的 conda 环境。

■ 本插件是什么
   提供多样本检验、相关性与距离统计等通用假设检验动作，输出统计数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：conda 包（.tar.bz2）。
   · .whl/.zip/.tar.gz 为 Python 包格式插件。

■ 安装步骤
   1. 打开命令行，激活 QIIME 2 环境：conda activate qiime2-2024.5
   2. 安装插件：
      · whl： pip install "本目录 whl 的完整路径"
      · 源码： 解压后进入目录执行 pip install .
   3. 刷新插件列表：qiime dev refresh-cache
   4. 验证：qiime info 里能看到该插件，或用 qiime <插件名> --help 试运行。

■ 常见问题
   · 提示 qiime 命令找不到：说明环境没激活，先 conda activate。
   · 插件装上了但 qiime info 没有：务必执行 qiime dev refresh-cache。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「统计分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://qiime2.org
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【引物剪切（q2-cutadapt）安装教程】—— QIIME 2

■ 前置条件
   · 已安装 QIIME 2（2023.9 及以上）的 conda 环境。

■ 本插件是什么
   基于 cutadapt 去除测序 reads 中的引物、接头与低质量片段，支持双端数据处理。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：conda 包（.tar.bz2）。
   · .whl/.zip/.tar.gz 为 Python 包格式插件。

■ 安装步骤
   1. 打开命令行，激活 QIIME 2 环境：conda activate qiime2-2024.5
   2. 安装插件：
      · whl： pip install "本目录 whl 的完整路径"
      · 源码： 解压后进入目录执行 pip install .
   3. 刷新插件列表：qiime dev refresh-cache
   4. 验证：qiime info 里能看到该插件，或用 qiime <插件名> --help 试运行。

■ 常见问题
   · 提示 qiime 命令找不到：说明环境没激活，先 conda activate。
   · 插件装上了但 qiime info 没有：务必执行 qiime dev refresh-cache。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「引物剪切」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://qiime2.org
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【拆分解码（q2-demux）安装教程】—— QIIME 2

■ 前置条件
   · 已安装 QIIME 2（2023.9 及以上）的 conda 环境。

■ 本插件是什么
   解析拆分混样测序数据，生成各样本序列质量摘要并支持按样本拆分序列。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：conda 包（.tar.bz2）。
   · .whl/.zip/.tar.gz 为 Python 包格式插件。

■ 安装步骤
   1. 打开命令行，激活 QIIME 2 环境：conda activate qiime2-2024.5
   2. 安装插件：
      · whl： pip install "本目录 whl 的完整路径"
      · 源码： 解压后进入目录执行 pip install .
   3. 刷新插件列表：qiime dev refresh-cache
   4. 验证：qiime info 里能看到该插件，或用 qiime <插件名> --help 试运行。

■ 常见问题
   · 提示 qiime 命令找不到：说明环境没激活，先 conda activate。
   · 插件装上了但 qiime info 没有：务必执行 qiime dev refresh-cache。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「拆分解码」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://qiime2.org
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【序列质控比对（q2-quality-control）安装教程】—— QIIME 2

■ 前置条件
   · 已安装 QIIME 2（2023.9 及以上）的 conda 环境。

■ 本插件是什么
   将测序序列与参考序列比对，评估准确率、污染与嵌合体等质控指标。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：conda 包（.tar.bz2）。
   · .whl/.zip/.tar.gz 为 Python 包格式插件。

■ 安装步骤
   1. 打开命令行，激活 QIIME 2 环境：conda activate qiime2-2024.5
   2. 安装插件：
      · whl： pip install "本目录 whl 的完整路径"
      · 源码： 解压后进入目录执行 pip install .
   3. 刷新插件列表：qiime dev refresh-cache
   4. 验证：qiime info 里能看到该插件，或用 qiime <插件名> --help 试运行。

■ 常见问题
   · 提示 qiime 命令找不到：说明环境没激活，先 conda activate。
   · 插件装上了但 qiime info 没有：务必执行 qiime dev refresh-cache。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「序列质控比对」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://qiime2.org
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【VSEARCH 工具（q2-vsearch）安装教程】—— QIIME 2

■ 前置条件
   · 已安装 QIIME 2（2023.9 及以上）的 conda 环境。

■ 本插件是什么
   封装 VSEARCH，提供聚类、去嵌合、去重与参考序列比对等功能。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：conda 包（.tar.bz2）。
   · .whl/.zip/.tar.gz 为 Python 包格式插件。

■ 安装步骤
   1. 打开命令行，激活 QIIME 2 环境：conda activate qiime2-2024.5
   2. 安装插件：
      · whl： pip install "本目录 whl 的完整路径"
      · 源码： 解压后进入目录执行 pip install .
   3. 刷新插件列表：qiime dev refresh-cache
   4. 验证：qiime info 里能看到该插件，或用 qiime <插件名> --help 试运行。

■ 常见问题
   · 提示 qiime 命令找不到：说明环境没激活，先 conda activate。
   · 插件装上了但 qiime info 没有：务必执行 qiime dev refresh-cache。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「VSEARCH 工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://qiime2.org
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【样本分类预测（q2-sample-classifier）安装教程】—— QIIME 2

■ 前置条件
   · 已安装 QIIME 2（2023.9 及以上）的 conda 环境。

■ 本插件是什么
   基于机器学习对样本做分类与回归预测，含交叉验证与特征重要性评估。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：conda 包（.tar.bz2）。
   · .whl/.zip/.tar.gz 为 Python 包格式插件。

■ 安装步骤
   1. 打开命令行，激活 QIIME 2 环境：conda activate qiime2-2024.5
   2. 安装插件：
      · whl： pip install "本目录 whl 的完整路径"
      · 源码： 解压后进入目录执行 pip install .
   3. 刷新插件列表：qiime dev refresh-cache
   4. 验证：qiime info 里能看到该插件，或用 qiime <插件名> --help 试运行。

■ 常见问题
   · 提示 qiime 命令找不到：说明环境没激活，先 conda activate。
   · 插件装上了但 qiime info 没有：务必执行 qiime dev refresh-cache。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「样本分类预测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://qiime2.org
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【序列比对（q2-alignment）安装教程】—— QIIME 2

■ 前置条件
   · 已安装 QIIME 2（2023.9 及以上）的 conda 环境。

■ 本插件是什么
   提供 MAFFT、MUSCLE 等多种多序列比对方法，用于建树前的扩增子序列比对。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：conda 包（.tar.bz2）。
   · .whl/.zip/.tar.gz 为 Python 包格式插件。

■ 安装步骤
   1. 打开命令行，激活 QIIME 2 环境：conda activate qiime2-2024.5
   2. 安装插件：
      · whl： pip install "本目录 whl 的完整路径"
      · 源码： 解压后进入目录执行 pip install .
   3. 刷新插件列表：qiime dev refresh-cache
   4. 验证：qiime info 里能看到该插件，或用 qiime <插件名> --help 试运行。

■ 常见问题
   · 提示 qiime 命令找不到：说明环境没激活，先 conda activate。
   · 插件装上了但 qiime info 没有：务必执行 qiime dev refresh-cache。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「序列比对」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://qiime2.org
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【组成性分析（q2-composition）安装教程】—— QIIME 2

■ 前置条件
   · 已安装 QIIME 2（2023.9 及以上）的 conda 环境。

■ 本插件是什么
   对特征表做组成性数据分析，含差异丰度 ANCOM、ALR 变换与组成可视化动作。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：conda 包（.tar.bz2）。
   · .whl/.zip/.tar.gz 为 Python 包格式插件。

■ 安装步骤
   1. 打开命令行，激活 QIIME 2 环境：conda activate qiime2-2024.5
   2. 安装插件：
      · whl： pip install "本目录 whl 的完整路径"
      · 源码： 解压后进入目录执行 pip install .
   3. 刷新插件列表：qiime dev refresh-cache
   4. 验证：qiime info 里能看到该插件，或用 qiime <插件名> --help 试运行。

■ 常见问题
   · 提示 qiime 命令找不到：说明环境没激活，先 conda activate。
   · 插件装上了但 qiime info 没有：务必执行 qiime dev refresh-cache。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「组成性分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://qiime2.org
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【组成树分析（q2-gneiss）安装教程】—— QIIME 2

■ 前置条件
   · 已安装 QIIME 2（2023.9 及以上）的 conda 环境。

■ 本插件是什么
   基于 ilr 变换与平衡树的分层组成数据分析，用于寻找差异丰富的类群。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：conda 包（.tar.bz2）。
   · .whl/.zip/.tar.gz 为 Python 包格式插件。

■ 安装步骤
   1. 打开命令行，激活 QIIME 2 环境：conda activate qiime2-2024.5
   2. 安装插件：
      · whl： pip install "本目录 whl 的完整路径"
      · 源码： 解压后进入目录执行 pip install .
   3. 刷新插件列表：qiime dev refresh-cache
   4. 验证：qiime info 里能看到该插件，或用 qiime <插件名> --help 试运行。

■ 常见问题
   · 提示 qiime 命令找不到：说明环境没激活，先 conda activate。
   · 插件装上了但 qiime info 没有：务必执行 qiime dev refresh-cache。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「组成树分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://qiime2.org
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【元数据处理（q2-metadata）安装教程】—— QIIME 2

■ 前置条件
   · 已安装 QIIME 2（2023.9 及以上）的 conda 环境。

■ 本插件是什么
   读取、筛选与合并样本元数据，支持条件分组、制表与元数据分布可视化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：conda 包（.tar.bz2）。
   · .whl/.zip/.tar.gz 为 Python 包格式插件。

■ 安装步骤
   1. 打开命令行，激活 QIIME 2 环境：conda activate qiime2-2024.5
   2. 安装插件：
      · whl： pip install "本目录 whl 的完整路径"
      · 源码： 解压后进入目录执行 pip install .
   3. 刷新插件列表：qiime dev refresh-cache
   4. 验证：qiime info 里能看到该插件，或用 qiime <插件名> --help 试运行。

■ 常见问题
   · 提示 qiime 命令找不到：说明环境没激活，先 conda activate。
   · 插件装上了但 qiime info 没有：务必执行 qiime dev refresh-cache。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「元数据处理」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://qiime2.org
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【命令行接口（q2cli）安装教程】—— QIIME 2

■ 前置条件
   · 已安装 QIIME 2（2023.9 及以上）的 conda 环境。

■ 本插件是什么
   QIIME 2 命令行工具 qiime，负责加载插件、执行动作并管理可视化结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：conda 包（.tar.bz2）。
   · .whl/.zip/.tar.gz 为 Python 包格式插件。

■ 安装步骤
   1. 打开命令行，激活 QIIME 2 环境：conda activate qiime2-2024.5
   2. 安装插件：
      · whl： pip install "本目录 whl 的完整路径"
      · 源码： 解压后进入目录执行 pip install .
   3. 刷新插件列表：qiime dev refresh-cache
   4. 验证：qiime info 里能看到该插件，或用 qiime <插件名> --help 试运行。

■ 常见问题
   · 提示 qiime 命令找不到：说明环境没激活，先 conda activate。
   · 插件装上了但 qiime info 没有：务必执行 qiime dev refresh-cache。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「命令行接口」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://qiime2.org
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【纵向数据分析（q2-longitudinal）安装教程】—— QIIME 2

■ 前置条件
   · 已安装 QIIME 2（2023.9 及以上）的 conda 环境。

■ 本插件是什么
   面向纵向与重复测量设计，做配对差异、变化速率与个体轨迹等时序统计。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：conda 包（.tar.bz2）。
   · .whl/.zip/.tar.gz 为 Python 包格式插件。

■ 安装步骤
   1. 打开命令行，激活 QIIME 2 环境：conda activate qiime2-2024.5
   2. 安装插件：
      · whl： pip install "本目录 whl 的完整路径"
      · 源码： 解压后进入目录执行 pip install .
   3. 刷新插件列表：qiime dev refresh-cache
   4. 验证：qiime info 里能看到该插件，或用 qiime <插件名> --help 试运行。

■ 常见问题
   · 提示 qiime 命令找不到：说明环境没激活，先 conda activate。
   · 插件装上了但 qiime info 没有：务必执行 qiime dev refresh-cache。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「纵向数据分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://qiime2.org
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【多样性计算库（q2-diversity-lib）安装教程】—— QIIME 2

■ 前置条件
   · 已安装 QIIME 2（2023.9 及以上）的 conda 环境。

■ 本插件是什么
   scikit-bio 多样性计算后端，为 q2-diversity 提供核心指标算法支持。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：conda 包（.tar.bz2）。
   · .whl/.zip/.tar.gz 为 Python 包格式插件。

■ 安装步骤
   1. 打开命令行，激活 QIIME 2 环境：conda activate qiime2-2024.5
   2. 安装插件：
      · whl： pip install "本目录 whl 的完整路径"
      · 源码： 解压后进入目录执行 pip install .
   3. 刷新插件列表：qiime dev refresh-cache
   4. 验证：qiime info 里能看到该插件，或用 qiime <插件名> --help 试运行。

■ 常见问题
   · 提示 qiime 命令找不到：说明环境没激活，先 conda activate。
   · 插件装上了但 qiime info 没有：务必执行 qiime dev refresh-cache。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多样性计算库」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://qiime2.org
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【片段插入建树（q2-fragment-insertion）安装教程】—— QIIME 2

■ 前置条件
   · 已安装 QIIME 2（2023.9 及以上）的 conda 环境。

■ 本插件是什么
   用 SEPP 将短序列片段插入参考系统发育树，得到可跨研究比较的进化树。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：conda 包（.tar.bz2）。
   · .whl/.zip/.tar.gz 为 Python 包格式插件。

■ 安装步骤
   1. 打开命令行，激活 QIIME 2 环境：conda activate qiime2-2024.5
   2. 安装插件：
      · whl： pip install "本目录 whl 的完整路径"
      · 源码： 解压后进入目录执行 pip install .
   3. 刷新插件列表：qiime dev refresh-cache
   4. 验证：qiime info 里能看到该插件，或用 qiime <插件名> --help 试运行。

■ 常见问题
   · 提示 qiime 命令找不到：说明环境没激活，先 conda activate。
   · 插件装上了但 qiime info 没有：务必执行 qiime dev refresh-cache。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「片段插入建树」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://qiime2.org
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【ITS 区域剪切（q2-itsxpress）安装教程】—— QIIME 2

■ 前置条件
   · 已安装 QIIME 2（2023.9 及以上）的 conda 环境。

■ 本插件是什么
   使用 ITSxpress 从真菌 ITS 扩增子序列中剪切出 ITS1 或 ITS2 区域。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl/.zip/.tar.gz 为 Python 包格式插件。

■ 安装步骤
   1. 打开命令行，激活 QIIME 2 环境：conda activate qiime2-2024.5
   2. 安装插件：
      · whl： pip install "本目录 whl 的完整路径"
      · 源码： 解压后进入目录执行 pip install .
   3. 刷新插件列表：qiime dev refresh-cache
   4. 验证：qiime info 里能看到该插件，或用 qiime <插件名> --help 试运行。

■ 常见问题
   · 提示 qiime 命令找不到：说明环境没激活，先 conda activate。
   · 插件装上了但 qiime info 没有：务必执行 qiime dev refresh-cache。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ITS 区域剪切」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   PyPI 官方分发
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【混样成分解析（q2-mystery-stew）安装教程】—— QIIME 2

■ 前置条件
   · 已安装 QIIME 2（2023.9 及以上）的 conda 环境。

■ 本插件是什么
   实验性插件，用于解析混合样本的组成，估计各来源在混样中的相对比例。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：conda 包（.tar.bz2）。
   · .whl/.zip/.tar.gz 为 Python 包格式插件。

■ 安装步骤
   1. 打开命令行，激活 QIIME 2 环境：conda activate qiime2-2024.5
   2. 安装插件：
      · whl： pip install "本目录 whl 的完整路径"
      · 源码： 解压后进入目录执行 pip install .
   3. 刷新插件列表：qiime dev refresh-cache
   4. 验证：qiime info 里能看到该插件，或用 qiime <插件名> --help 试运行。

■ 常见问题
   · 提示 qiime 命令找不到：说明环境没激活，先 conda activate。
   · 插件装上了但 qiime info 没有：务必执行 qiime dev refresh-cache。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「混样成分解析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://qiime2.org
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【系统发育分析（q2-phylogeny）安装教程】—— QIIME 2

■ 前置条件
   · 已安装 QIIME 2（2023.9 及以上）的 conda 环境。

■ 本插件是什么
   构建与操作系统发育树，含 MAFFT、FastTree 建树、去根与树标准化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：conda 包（.tar.bz2）。
   · .whl/.zip/.tar.gz 为 Python 包格式插件。

■ 安装步骤
   1. 打开命令行，激活 QIIME 2 环境：conda activate qiime2-2024.5
   2. 安装插件：
      · whl： pip install "本目录 whl 的完整路径"
      · 源码： 解压后进入目录执行 pip install .
   3. 刷新插件列表：qiime dev refresh-cache
   4. 验证：qiime info 里能看到该插件，或用 qiime <插件名> --help 试运行。

■ 常见问题
   · 提示 qiime 命令找不到：说明环境没激活，先 conda activate。
   · 插件装上了但 qiime info 没有：务必执行 qiime dev refresh-cache。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「系统发育分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://qiime2.org
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。