Enrichr 插件合集(共 230 个)
最常用的基因集富集分析库(228 个官方库) | 分类:基因测序与单细胞 | 每个插件都附中文说明与安装教程,下载走百度网盘 / 夸克网盘。
插件清单
Rummagene_transcription_factors · Rummagene 转录因子集
batch | 11.29 MB | 1 个文件
文献挖掘得到的转录因子靶基因集合,用于分析转录因子调控网络与基因表达特征的富集。
包含文件:Rummagene_transcription_factors.gmt
安装教程(点击展开)
【Rummagene 转录因子集(Rummagene_transcription_factors)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
文献挖掘得到的转录因子靶基因集合,用于分析转录因子调控网络与基因表达特征的富集。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Rummagene 转录因子集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://maayanlab.cloud/Enrichr/
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。Transcription_Factor_PPIs · 转录因子蛋白互作
batch | 0.13 MB | 1 个文件
转录因子相关蛋白质互作基因集,用于分析转录因子与共调控因子的相互作用网络及功能富集。
包含文件:Transcription_Factor_PPIs.gmt
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【转录因子蛋白互作(Transcription_Factor_PPIs)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
转录因子相关蛋白质互作基因集,用于分析转录因子与共调控因子的相互作用网络及功能富集。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「转录因子蛋白互作」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。TRRUST_Transcription_Factors_2019 · TRRUST 转录因子 2019
batch | 0.08 MB | 1 个文件
TRRUST 数据库人类与小鼠转录因子靶基因集,2019 年版,收录文献验证的调控关系,用于富集分析。
包含文件:TRRUST_Transcription_Factors_2019.gmt
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【TRRUST 转录因子 2019(TRRUST_Transcription_Factors_2019)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
TRRUST 数据库人类与小鼠转录因子靶基因集,2019 年版,收录文献验证的调控关系,用于富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「TRRUST 转录因子 2019」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。CellMarker_Augmented_2021 · CellMarker增强标记集
filter | 0.56 MB | 1 个文件
CellMarker增强版细胞标记基因集,适合单细胞数据细胞类型判读,提高注释的覆盖度与准确性。
包含文件:CellMarker_Augmented_2021.gmt
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【CellMarker增强标记集(CellMarker_Augmented_2021)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
CellMarker增强版细胞标记基因集,适合单细胞数据细胞类型判读,提高注释的覆盖度与准确性。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CellMarker增强标记集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。HuBMAP_ASCTplusB_augmented_2022 · HuBMAP 增强参考库
filter | 0.57 MB | 1 个文件
HuBMAP 增强版细胞类型参考基因集(2022),共777个,用于单细胞数据注释与比对。
包含文件:HuBMAP_ASCTplusB_augmented_2022.gmt
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【HuBMAP 增强参考库(HuBMAP_ASCTplusB_augmented_2022)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
HuBMAP 增强版细胞类型参考基因集(2022),共777个,用于单细胞数据注释与比对。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「HuBMAP 增强参考库」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。Orphanet_Augmented_2021 · Orphanet 罕见病增强
filter | 2.5 MB | 1 个文件
Orphanet 罕见病数据库增强版 2021 基因集,整理罕见病与致病基因的对应关系。
包含文件:Orphanet_Augmented_2021.gmt
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【Orphanet 罕见病增强(Orphanet_Augmented_2021)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
Orphanet 罕见病数据库增强版 2021 基因集,整理罕见病与致病基因的对应关系。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Orphanet 罕见病增强」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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filter | 0.15 MB | 1 个文件
PanglaoDB 细胞类型标记增强版 2021 基因集,用于单细胞聚类结果注释与标记验证。
包含文件:PanglaoDB_Augmented_2021.gmt
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【PanglaoDB 标记增强(PanglaoDB_Augmented_2021)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
PanglaoDB 细胞类型标记增强版 2021 基因集,用于单细胞聚类结果注释与标记验证。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「PanglaoDB 标记增强」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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measure | 0.18 MB | 1 个文件
基于 SILAC 定量磷酸化蛋白质组实验整理的磷酸化位点与激酶底物基因集,用于磷酸化信号富集分析。
包含文件:SILAC_Phosphoproteomics.gmt
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【SILAC 磷酸化蛋白组(SILAC_Phosphoproteomics)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
基于 SILAC 定量磷酸化蛋白质组实验整理的磷酸化位点与激酶底物基因集,用于磷酸化信号富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「SILAC 磷酸化蛋白组」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。statistics · 基因集统计信息
measure | 0 MB | 1 个文件
Enrichr 平台各基因集库的统计信息条目,用于查看库规模等元数据,便于选择合适基因集。
包含文件:statistics.gmt
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【基因集统计信息(statistics)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
Enrichr 平台各基因集库的统计信息条目,用于查看库规模等元数据,便于选择合适基因集。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「基因集统计信息」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。Allen_Brain_Atlas_down · Allen脑图谱下调基因集
neuro | 9.16 MB | 1 个文件
Allen脑图谱中脑区下调基因集,适合神经科学分析,与自身下调基因比对判断脑区相似性。
包含文件:Allen_Brain_Atlas_down.gmt
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【Allen脑图谱下调基因集(Allen_Brain_Atlas_down)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
Allen脑图谱中脑区下调基因集,适合神经科学分析,与自身下调基因比对判断脑区相似性。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Allen脑图谱下调基因集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://maayanlab.cloud/Enrichr/
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。ENCODE_Histone_Modifications_2013 · ENCODE组蛋白修饰2013
neuro | 0.67 MB | 1 个文件
ENCODE组蛋白修饰基因集2013版,适合表观遗传研究,分析组蛋白修饰调控的靶基因。
包含文件:ENCODE_Histone_Modifications_2013.gmt
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【ENCODE组蛋白修饰2013(ENCODE_Histone_Modifications_2013)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
ENCODE组蛋白修饰基因集2013版,适合表观遗传研究,分析组蛋白修饰调控的靶基因。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ENCODE组蛋白修饰2013」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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neuro | 1.15 MB | 1 个文件
Replogle 等 Perturb-seq 研究 RPE1 细胞的基因扰动数据集,用于功能基因筛选分析。
包含文件:PerturbSeq_ReplogleRPE1.gmt
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【RPE1细胞扰动数据集(PerturbSeq_ReplogleRPE1)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
Replogle 等 Perturb-seq 研究 RPE1 细胞的基因扰动数据集,用于功能基因筛选分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「RPE1细胞扰动数据集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。ChEA_2016 · ChEA转录因子靶基因集2016
note | 6.54 MB | 1 个文件
ChEA转录因子靶基因集2016版,覆盖文献与实验数据,适合转录调控富集与调控机制探索。
包含文件:ChEA_2016.gmt
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【ChEA转录因子靶基因集2016(ChEA_2016)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
ChEA转录因子靶基因集2016版,覆盖文献与实验数据,适合转录调控富集与调控机制探索。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ChEA转录因子靶基因集2016」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。GeneSigDB · GeneSigDB 基因签名库
note | 1.7 MB | 1 个文件
收录文献中已发表的基因表达签名,共2139个,用于比对目标基因集与已知表达谱特征。
包含文件:GeneSigDB.gmt
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【GeneSigDB 基因签名库(GeneSigDB)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
收录文献中已发表的基因表达签名,共2139个,用于比对目标基因集与已知表达谱特征。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GeneSigDB 基因签名库」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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Jensen 人工审编的疾病基因集(2025版),共574个,覆盖文献报道的可靠疾病关联。
包含文件:Jensen_DISEASES_Curated_2025.gmt
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【Jensen 疾病人工库(Jensen_DISEASES_Curated_2025)安装教程】—— Enrichr
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· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
Jensen 人工审编的疾病基因集(2025版),共574个,覆盖文献报道的可靠疾病关联。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Jensen 疾病人工库」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
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PFOCR 从文献图注自动抽取的通路基因集 2023 年版,规模大,用于通路富集探索。
包含文件:PFOCR_Pathways_2023.gmt
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■ 本基因集是什么
PFOCR 从文献图注自动抽取的通路基因集 2023 年版,规模大,用于通路富集探索。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
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2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「PFOCR 文献通路 2023」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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note | 1.49 MB | 1 个文件
AutoRIF 文本挖掘得到的罕见病基因列表,整理文献中疾病与基因的对应关系。
包含文件:Rare_Diseases_AutoRIF_Gene_Lists.gmt
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■ 本基因集是什么
AutoRIF 文本挖掘得到的罕见病基因列表,整理文献中疾病与基因的对应关系。
■ 文件说明
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■ 使用方法
1. 在线(推荐):
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2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「AutoRIF 罕见病基因表」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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GeneRIF 注释整理的罕见病基因列表,来源为文献中已验证的疾病与基因关系。
包含文件:Rare_Diseases_GeneRIF_Gene_Lists.gmt
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【GeneRIF 罕见病基因表(Rare_Diseases_GeneRIF_Gene_Lists)安装教程】—— Enrichr
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■ 本基因集是什么
GeneRIF 注释整理的罕见病基因列表,来源为文献中已验证的疾病与基因关系。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
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2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GeneRIF 罕见病基因表」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。Rummagene_kinases · Rummagene 激酶集
note | 5.16 MB | 1 个文件
从文献自动挖掘的蛋白激酶相关基因集,用于查询激酶调控的下游基因群与信号通路富集。
包含文件:Rummagene_kinases.gmt
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【Rummagene 激酶集(Rummagene_kinases)安装教程】—— Enrichr
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■ 本基因集是什么
从文献自动挖掘的蛋白激酶相关基因集,用于查询激酶调控的下游基因群与信号通路富集。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Rummagene 激酶集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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note | 25.28 MB | 1 个文件
基于文献挖掘生成的大规模基因签名库,收录多种实验条件下的差异表达基因集合,供富集分析使用。
包含文件:Rummagene_signatures.gmt
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【Rummagene 基因签名集(Rummagene_signatures)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
基于文献挖掘生成的大规模基因签名库,收录多种实验条件下的差异表达基因集合,供富集分析使用。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Rummagene 基因签名集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
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note | 24.45 MB | 1 个文件
从 GEO 文献中挖掘的药物扰动基因签名集合,2025 年版,用于检索药物处理后表达变化的富集分析。
包含文件:RummaGEO_DrugPerturbations_2025.gmt
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【RummaGEO 药物扰动 2025(RummaGEO_DrugPerturbations_2025)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
从 GEO 文献中挖掘的药物扰动基因签名集合,2025 年版,用于检索药物处理后表达变化的富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「RummaGEO 药物扰动 2025」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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note | 18.42 MB | 1 个文件
从 GEO 文献中挖掘的基因扰动签名库,2025 年版,覆盖敲除、过表达等条件,用于基因功能富集分析。
包含文件:RummaGEO_GenePerturbations_2025.gmt
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【RummaGEO 基因扰动 2025(RummaGEO_GenePerturbations_2025)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
从 GEO 文献中挖掘的基因扰动签名库,2025 年版,覆盖敲除、过表达等条件,用于基因功能富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「RummaGEO 基因扰动 2025」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。Table_Mining_of_CRISPR_Studies · CRISPR 文献挖掘集
note | 0.23 MB | 1 个文件
通过从文献表格挖掘 CRISPR 筛选研究得到的基因集,涵盖基因敲除后显著变化的功能基因群。
包含文件:Table_Mining_of_CRISPR_Studies.gmt
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【CRISPR 文献挖掘集(Table_Mining_of_CRISPR_Studies)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
通过从文献表格挖掘 CRISPR 筛选研究得到的基因集,涵盖基因敲除后显著变化的功能基因群。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CRISPR 文献挖掘集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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oio | 0.52 MB | 1 个文件
蛋白互作网络中枢纽蛋白基因集,收录互作度高、连接多个模块的关键蛋白。
包含文件:PPI_Hub_Proteins.gmt
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【蛋白互作枢纽蛋白(PPI_Hub_Proteins)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
蛋白互作网络中枢纽蛋白基因集,收录互作度高、连接多个模块的关键蛋白。
■ 文件说明
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· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「蛋白互作枢纽蛋白」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。Tabula_Sapiens · Tabula Sapiens 人体图谱
oio | 0.27 MB | 1 个文件
人体多器官单细胞转录组图谱基因集,涵盖各组织细胞类型特征基因,用于细胞注释与富集分析。
包含文件:Tabula_Sapiens.gmt
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【Tabula Sapiens 人体图谱(Tabula_Sapiens)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
人体多器官单细胞转录组图谱基因集,涵盖各组织细胞类型特征基因,用于细胞注释与富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Tabula Sapiens 人体图谱」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。Achilles_fitness_decrease · Achilles适应度下降集
omics | 0.17 MB | 1 个文件
来自Achilles全基因组筛选的适应度下降基因集,适合CRISPR敲除研究,筛选细胞增殖必需的候选基因。
包含文件:Achilles_fitness_decrease.gmt
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【Achilles适应度下降集(Achilles_fitness_decrease)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
来自Achilles全基因组筛选的适应度下降基因集,适合CRISPR敲除研究,筛选细胞增殖必需的候选基因。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Achilles适应度下降集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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omics | 0.62 MB | 1 个文件
Allen脑图谱单细胞转录组细胞类型基因集,适合脑组织单细胞测序数据的细胞类型注释与区域分析。
包含文件:Allen_Brain_Atlas_10x_scRNA_2021.gmt
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【Allen脑图谱单细胞集(Allen_Brain_Atlas_10x_scRNA_2021)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
Allen脑图谱单细胞转录组细胞类型基因集,适合脑组织单细胞测序数据的细胞类型注释与区域分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Allen脑图谱单细胞集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。Allen_Brain_Atlas_up · Allen脑图谱上调基因集
omics | 8.5 MB | 1 个文件
Allen脑图谱中脑区上调基因集,适合脑组织样本富集分析,识别基因表达的区域特异模式。
包含文件:Allen_Brain_Atlas_up.gmt
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【Allen脑图谱上调基因集(Allen_Brain_Atlas_up)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
Allen脑图谱中脑区上调基因集,适合脑组织样本富集分析,识别基因表达的区域特异模式。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Allen脑图谱上调基因集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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omics | 1.96 MB | 1 个文件
基于ARCHS4数据库的细胞系共表达基因集,适合细胞系样本的基因富集分析,可识别细胞系特异的表达模块与失调通路。
包含文件:ARCHS4_Cell-lines.gmt
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【ARCHS4细胞系基因集(ARCHS4_Cell-lines)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
基于ARCHS4数据库的细胞系共表达基因集,适合细胞系样本的基因富集分析,可识别细胞系特异的表达模块与失调通路。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ARCHS4细胞系基因集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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omics | 0.14 MB | 1 个文件
Azimuth参考数据集的细胞类型基因集,适合单细胞与空间转录组数据的自动细胞类型注释与验证。
包含文件:Azimuth_2023.gmt
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【Azimuth细胞注释集(Azimuth_2023)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
Azimuth参考数据集的细胞类型基因集,适合单细胞与空间转录组数据的自动细胞类型注释与验证。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Azimuth细胞注释集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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omics | 0.03 MB | 1 个文件
BioCarta经典通路基因集2013版,适合常规通路富集分析,解析差异基因参与的信号级联与代谢途径。
包含文件:BioCarta_2013.gmt
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【BioCarta通路基因集2013(BioCarta_2013)安装教程】—— Enrichr
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· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
BioCarta经典通路基因集2013版,适合常规通路富集分析,解析差异基因参与的信号级联与代谢途径。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BioCarta通路基因集2013」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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omics | 0.04 MB | 1 个文件
BioCarta通路基因集2015版,适合通路富集分析,结果条目经典清晰,便于在论文中呈现信号通路。
包含文件:BioCarta_2015.gmt
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【BioCarta通路基因集2015(BioCarta_2015)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
BioCarta通路基因集2015版,适合通路富集分析,结果条目经典清晰,便于在论文中呈现信号通路。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BioCarta通路基因集2015」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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omics | 0.04 MB | 1 个文件
BioCarta通路基因集2016版,适合与前两版交叉验证,提高通路富集结果的稳健性与可重复性。
包含文件:BioCarta_2016.gmt
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【BioCarta通路基因集2016(BioCarta_2016)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
BioCarta通路基因集2016版,适合与前两版交叉验证,提高通路富集结果的稳健性与可重复性。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BioCarta通路基因集2016」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。BioPlanet_2019 · BioPlanet通路基因集
omics | 0.48 MB | 1 个文件
BioPlanet整合通路基因集,覆盖范围广,适合差异基因的功能富集分析,可补充KEGG与GO结果。
包含文件:BioPlanet_2019.gmt
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【BioPlanet通路基因集(BioPlanet_2019)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
BioPlanet整合通路基因集,覆盖范围广,适合差异基因的功能富集分析,可补充KEGG与GO结果。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BioPlanet通路基因集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://maayanlab.cloud/Enrichr/
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。Carcinogenome · 致癌物扰动基因集
omics | 9.55 MB | 1 个文件
致癌物暴露扰动基因集,适合毒理与环境健康研究,识别样本是否呈现致癌物暴露的表达特征。
包含文件:Carcinogenome.gmt
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【致癌物扰动基因集(Carcinogenome)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
致癌物暴露扰动基因集,适合毒理与环境健康研究,识别样本是否呈现致癌物暴露的表达特征。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「致癌物扰动基因集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。categories · 数据库分类列表
omics | 0 MB | 1 个文件
Enrichr 平台的基因集库分类目录条目,用于列出各数据库所属类别,方便检索与筛选要用的库。
包含文件:categories.gmt
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【数据库分类列表(categories)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
Enrichr 平台的基因集库分类目录条目,用于列出各数据库所属类别,方便检索与筛选要用的库。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「数据库分类列表」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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omics | 1.35 MB | 1 个文件
CCLE癌症细胞系蛋白组基因集,适合蛋白组数据富集分析,比较不同细胞系的蛋白表达特征。
包含文件:CCLE_Proteomics_2020.gmt
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【CCLE蛋白组基因集2020(CCLE_Proteomics_2020)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
CCLE癌症细胞系蛋白组基因集,适合蛋白组数据富集分析,比较不同细胞系的蛋白表达特征。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CCLE蛋白组基因集2020」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://maayanlab.cloud/Enrichr/
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。CellMarker_2024 · CellMarker细胞标记2024
omics | 0.35 MB | 1 个文件
CellMarker 2024细胞标记基因集,覆盖多种细胞类型,适合单细胞与空间数据的细胞类型注释。
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【CellMarker细胞标记2024(CellMarker_2024)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
CellMarker 2024细胞标记基因集,覆盖多种细胞类型,适合单细胞与空间数据的细胞类型注释。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CellMarker细胞标记2024」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。ChEA_2015 · ChEA转录因子靶基因集2015
omics | 3.71 MB | 1 个文件
ChEA转录因子靶基因集2015版,适合ChIP与转录组联合分析,识别调控差异基因的关键转录因子。
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【ChEA转录因子靶基因集2015(ChEA_2015)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
ChEA转录因子靶基因集2015版,适合ChIP与转录组联合分析,识别调控差异基因的关键转录因子。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ChEA转录因子靶基因集2015」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。ChEA_2022 · ChEA转录因子靶基因集2022
omics | 5.51 MB | 1 个文件
ChEA 2022版转录因子靶基因集,数据量更大,适合转录组数据的上游调控因子推断与验证。
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■ 本基因集是什么
ChEA 2022版转录因子靶基因集,数据量更大,适合转录组数据的上游调控因子推断与验证。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ChEA转录因子靶基因集2022」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。Chromosome_Location · 染色体位置基因集
omics | 0.24 MB | 1 个文件
染色体位置基因集,适合分析差异基因的染色体分布,识别染色体区域富集与拷贝数相关特征。
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【染色体位置基因集(Chromosome_Location)安装教程】—— Enrichr
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■ 本基因集是什么
染色体位置基因集,适合分析差异基因的染色体分布,识别染色体区域富集与拷贝数相关特征。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
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2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「染色体位置基因集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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omics | 0.21 MB | 1 个文件
hg19版染色体位置基因集,适合旧基因组版本数据,分析差异基因在染色体上的分布偏好。
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【hg19染色体位置基因集(Chromosome_Location_hg19)安装教程】—— Enrichr
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· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
hg19版染色体位置基因集,适合旧基因组版本数据,分析差异基因在染色体上的分布偏好。
■ 文件说明
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· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
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2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「hg19染色体位置基因集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。ClinVar_2019 · ClinVar临床变异集2019
omics | 0.02 MB | 1 个文件
ClinVar临床变异基因集2019版,适合遗传与疾病研究,将差异基因关联到已知临床变异位点。
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【ClinVar临床变异集2019(ClinVar_2019)安装教程】—— Enrichr
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· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
ClinVar临床变异基因集2019版,适合遗传与疾病研究,将差异基因关联到已知临床变异位点。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ClinVar临床变异集2019」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
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omics | 0.08 MB | 1 个文件
ClinVar临床变异基因集2025版,数据更新更全,适合遗传疾病相关差异基因的临床意义解读。
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【ClinVar临床变异集2025(ClinVar_2025)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
ClinVar临床变异基因集2025版,数据更新更全,适合遗传疾病相关差异基因的临床意义解读。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
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· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ClinVar临床变异集2025」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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omics | 0.73 MB | 1 个文件
人工审编的蛋白亚细胞定位基因集,适合验证差异基因的定位注释,提高定位相关结论的可靠性。
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【人工审编蛋白定位集(COMPARTMENTS_Curated_2025)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
人工审编的蛋白亚细胞定位基因集,适合验证差异基因的定位注释,提高定位相关结论的可靠性。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「人工审编蛋白定位集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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omics | 0.19 MB | 1 个文件
实验证据支持的蛋白定位基因集,适合蛋白亚细胞定位富集分析,辅助判断基因产物的空间分布。
包含文件:COMPARTMENTS_Experimental_2025.gmt
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【实验证据蛋白定位集(COMPARTMENTS_Experimental_2025)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
实验证据支持的蛋白定位基因集,适合蛋白亚细胞定位富集分析,辅助判断基因产物的空间分布。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「实验证据蛋白定位集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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omics | 0.09 MB | 1 个文件
dbGaP 数据库中基因型与表型关联研究的基因集,用于分析常见疾病的遗传关联与功能富集。
包含文件:dbGaP.gmt
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【dbGaP 基因型表型库(dbGaP)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
dbGaP 数据库中基因型与表型关联研究的基因集,用于分析常见疾病的遗传关联与功能富集。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「dbGaP 基因型表型库」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
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■ 来源与版权
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omics | 1.24 MB | 1 个文件
Broad全基因组CRISPR筛选基因集,适合功能基因组研究,评估基因对细胞增殖的影响。
包含文件:DepMap_WG_CRISPR_Screens_Broad_CellLines_2019.gmt
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【Broad全基因组CRISPR集(DepMap_WG_CRISPR_Screens_Broad_CellLines_2019)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
Broad全基因组CRISPR筛选基因集,适合功能基因组研究,评估基因对细胞增殖的影响。
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■ 使用方法
1. 在线(推荐):
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· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Broad全基因组CRISPR集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
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■ 来源与版权
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omics | 0.77 MB | 1 个文件
Sanger全基因组CRISPR筛选基因集,适合与Broad结果交叉验证,提高依赖性结论可信度。
包含文件:DepMap_WG_CRISPR_Screens_Sanger_CellLines_2019.gmt
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【Sanger全基因组CRISPR集(DepMap_WG_CRISPR_Screens_Sanger_CellLines_2019)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
Sanger全基因组CRISPR筛选基因集,适合与Broad结果交叉验证,提高依赖性结论可信度。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Sanger全基因组CRISPR集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://maayanlab.cloud/Enrichr/
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。Descartes_Cell_Types_and_Tissue_2021 · Descartes细胞与组织集
omics | 0.16 MB | 1 个文件
Descartes细胞与组织基因集,适合单细胞数据的细胞类型与组织来源判定,辅助注释分析。
包含文件:Descartes_Cell_Types_and_Tissue_2021.gmt
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【Descartes细胞与组织集(Descartes_Cell_Types_and_Tissue_2021)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
Descartes细胞与组织基因集,适合单细胞数据的细胞类型与组织来源判定,辅助注释分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Descartes细胞与组织集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。Elsevier_Pathway_Collection · Elsevier 通路合集
omics | 0.36 MB | 1 个文件
Elsevier 整理的通路基因集合集,共1721个,覆盖信号与代谢通路,用于通路层面富集分析。
包含文件:Elsevier_Pathway_Collection.gmt
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【Elsevier 通路合集(Elsevier_Pathway_Collection)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
Elsevier 整理的通路基因集合集,共1721个,覆盖信号与代谢通路,用于通路层面富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Elsevier 通路合集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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omics | 0.57 MB | 1 个文件
ENCODE与ChEA共识转录因子靶基因集,可信度高,适合转录调控富集与关键调控因子筛选。
包含文件:ENCODE_and_ChEA_Consensus_TFs_from_ChIP-X.gmt
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【ENCODE与ChEA共识TF集(ENCODE_and_ChEA_Consensus_TFs_from_ChIP-X)安装教程】—— Enrichr
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· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
ENCODE与ChEA共识转录因子靶基因集,可信度高,适合转录调控富集与关键调控因子筛选。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ENCODE与ChEA共识TF集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
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omics | 5.83 MB | 1 个文件
ENCODE组蛋白修饰基因集2015版,数据覆盖更全,适合染色质状态相关的功能富集分析。
包含文件:ENCODE_Histone_Modifications_2015.gmt
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· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
ENCODE组蛋白修饰基因集2015版,数据覆盖更全,适合染色质状态相关的功能富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
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2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ENCODE组蛋白修饰2015」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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omics | 0.08 MB | 1 个文件
汇总 Enrichr 各库中出现频率最高的热门基因,共121个,用于快速评估基因集整体特征。
包含文件:Enrichr_Libraries_Most_Popular_Genes.gmt
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【Enrichr 热门基因库(Enrichr_Libraries_Most_Popular_Genes)安装教程】—— Enrichr
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· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
汇总 Enrichr 各库中出现频率最高的热门基因,共121个,用于快速评估基因集整体特征。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Enrichr 热门基因库」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
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omics | 2.96 MB | 1 个文件
来自用户提交的转录因子与靶基因共现关系基因集,共1722个,用于基因调控网络富集分析。
包含文件:Enrichr_Submissions_TF-Gene_Coocurrence.gmt
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【Enrichr 转录因子共现库(Enrichr_Submissions_TF-Gene_Coocurrence)安装教程】—— Enrichr
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· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
来自用户提交的转录因子与靶基因共现关系基因集,共1722个,用于基因调控网络富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
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2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Enrichr 转录因子共现库」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
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omics | 4.58 MB | 1 个文件
2020 年用户上传的基因列表汇总,共1482个,反映社区研究关注的基因集合与方向。
包含文件:Enrichr_Users_Contributed_Lists_2020.gmt
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【Enrichr 用户贡献库(Enrichr_Users_Contributed_Lists_2020)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
2020 年用户上传的基因列表汇总,共1482个,反映社区研究关注的基因集合与方向。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Enrichr 用户贡献库」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。Epigenomics_Roadmap_HM_ChIP-seq · Roadmap 表观库
omics | 24.27 MB | 1 个文件
基于 Roadmap 表观基因组计划的组蛋白修饰 ChIP-seq 数据构建,共383个,用于表观调控富集。
包含文件:Epigenomics_Roadmap_HM_ChIP-seq.gmt
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【Roadmap 表观库(Epigenomics_Roadmap_HM_ChIP-seq)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
基于 Roadmap 表观基因组计划的组蛋白修饰 ChIP-seq 数据构建,共383个,用于表观调控富集。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Roadmap 表观库」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
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■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。ESCAPE · ESCAPE 衰老细胞库
omics | 1.75 MB | 1 个文件
收录衰老、细胞命运与肿瘤相关基因集,共315个,用于富集分析识别细胞状态变化。
包含文件:ESCAPE.gmt
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【ESCAPE 衰老细胞库(ESCAPE)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
收录衰老、细胞命运与肿瘤相关基因集,共315个,用于富集分析识别细胞状态变化。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ESCAPE 衰老细胞库」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://maayanlab.cloud/Enrichr/
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。GeDiPNet_2023 · GeDiPNet 基因疾病库
omics | 0.74 MB | 1 个文件
GeDiPNet 整理的基因与疾病关联基因集,共2388个,用于疾病关联与药物重定位富集分析。
包含文件:GeDiPNet_2023.gmt
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【GeDiPNet 基因疾病库(GeDiPNet_2023)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
GeDiPNet 整理的基因与疾病关联基因集,共2388个,用于疾病关联与药物重定位富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GeDiPNet 基因疾病库」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。Genome_Browser_PWMs · 基因组 PWM 库
omics | 1.07 MB | 1 个文件
基因组浏览器收录的位置权重矩阵基因集,共615个,用于转录因子结合位点富集分析。
包含文件:Genome_Browser_PWMs.gmt
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【基因组 PWM 库(Genome_Browser_PWMs)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
基因组浏览器收录的位置权重矩阵基因集,共615个,用于转录因子结合位点富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「基因组 PWM 库」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。GlyGen_Glycosylated_Proteins_2022 · GlyGen 糖基化蛋白库
omics | 0.09 MB | 1 个文件
GlyGen 收录的糖基化蛋白质基因集,共338个,用于糖生物学与蛋白修饰相关富集分析。
包含文件:GlyGen_Glycosylated_Proteins_2022.gmt
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【GlyGen 糖基化蛋白库(GlyGen_Glycosylated_Proteins_2022)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
GlyGen 收录的糖基化蛋白质基因集,共338个,用于糖生物学与蛋白修饰相关富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GlyGen 糖基化蛋白库」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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omics | 1.46 MB | 1 个文件
基因本体生物学过程注释基因集(2021版),共6036个,用于基因功能的富集分析。
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■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
基因本体生物学过程注释基因集(2021版),共6036个,用于基因功能的富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GO 生物学过程 2021」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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基因本体生物学过程注释基因集(2023版),共5407个,用于基因功能的富集分析。
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· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
基因本体生物学过程注释基因集(2023版),共5407个,用于基因功能的富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GO 生物学过程 2023」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
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基因本体生物学过程注释基因集(2025版),共5343个,用于基因功能的富集分析。
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■ 本基因集是什么
基因本体生物学过程注释基因集(2025版),共5343个,用于基因功能的富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GO 生物学过程 2025」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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omics | 1.4 MB | 1 个文件
基因本体生物学过程注释基因集(2026版),共5954个,用于基因功能的富集分析。
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■ 本基因集是什么
基因本体生物学过程注释基因集(2026版),共5954个,用于基因功能的富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
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2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GO 生物学过程 2026」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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omics | 0.26 MB | 1 个文件
基因本体细胞组分注释基因集(2021版),共511个,用于基因功能的富集分析。
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■ 本基因集是什么
基因本体细胞组分注释基因集(2021版),共511个,用于基因功能的富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
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· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
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3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GO 细胞组分 2021」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
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omics | 0.26 MB | 1 个文件
基因本体细胞组分注释基因集(2023版),共474个,用于基因功能的富集分析。
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· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
基因本体细胞组分注释基因集(2023版),共474个,用于基因功能的富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
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· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GO 细胞组分 2023」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
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omics | 0.27 MB | 1 个文件
基因本体细胞组分注释基因集(2025版),共468个,用于基因功能的富集分析。
包含文件:GO_Cellular_Component_2025.gmt
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【GO 细胞组分 2025(GO_Cellular_Component_2025)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
基因本体细胞组分注释基因集(2025版),共468个,用于基因功能的富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GO 细胞组分 2025」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。GO_Cellular_Component_2026 · GO 细胞组分 2026
omics | 0.3 MB | 1 个文件
基因本体细胞组分注释基因集(2026版),共510个,用于基因功能的富集分析。
包含文件:GO_Cellular_Component_2026.gmt
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【GO 细胞组分 2026(GO_Cellular_Component_2026)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
基因本体细胞组分注释基因集(2026版),共510个,用于基因功能的富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GO 细胞组分 2026」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://maayanlab.cloud/Enrichr/
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。GO_Molecular_Function_2021 · GO 分子功能 2021
omics | 0.32 MB | 1 个文件
基因本体分子功能注释基因集(2021版),共1274个,用于基因功能的富集分析。
包含文件:GO_Molecular_Function_2021.gmt
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【GO 分子功能 2021(GO_Molecular_Function_2021)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
基因本体分子功能注释基因集(2021版),共1274个,用于基因功能的富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GO 分子功能 2021」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://maayanlab.cloud/Enrichr/
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。GO_Molecular_Function_2023 · GO 分子功能 2023
omics | 0.32 MB | 1 个文件
基因本体分子功能注释基因集(2023版),共1147个,用于基因功能的富集分析。
包含文件:GO_Molecular_Function_2023.gmt
安装教程(点击展开)
【GO 分子功能 2023(GO_Molecular_Function_2023)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
基因本体分子功能注释基因集(2023版),共1147个,用于基因功能的富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GO 分子功能 2023」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。GO_Molecular_Function_2025 · GO 分子功能 2025
omics | 0.31 MB | 1 个文件
基因本体分子功能注释基因集(2025版),共1174个,用于基因功能的富集分析。
包含文件:GO_Molecular_Function_2025.gmt
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【GO 分子功能 2025(GO_Molecular_Function_2025)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
基因本体分子功能注释基因集(2025版),共1174个,用于基因功能的富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GO 分子功能 2025」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://maayanlab.cloud/Enrichr/
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。GO_Molecular_Function_2026 · GO 分子功能 2026
omics | 0.34 MB | 1 个文件
基因本体分子功能注释基因集(2026版),共1394个,用于基因功能的富集分析。
包含文件:GO_Molecular_Function_2026.gmt
安装教程(点击展开)
【GO 分子功能 2026(GO_Molecular_Function_2026)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
基因本体分子功能注释基因集(2026版),共1394个,用于基因功能的富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GO 分子功能 2026」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。GTEx_Aging_Signatures_2021 · GTEx 衰老特征库
omics | 0.47 MB | 1 个文件
基于 GTEx 组织表达数据构建的衰老相关表达特征集,共270个,用于衰老机制富集分析。
包含文件:GTEx_Aging_Signatures_2021.gmt
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【GTEx 衰老特征库(GTEx_Aging_Signatures_2021)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
基于 GTEx 组织表达数据构建的衰老相关表达特征集,共270个,用于衰老机制富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GTEx 衰老特征库」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。GTEx_Tissues_V8_2023 · GTEx 组织库 V8
omics | 0.32 MB | 1 个文件
GTEx V8 版本各组织表达基因集,共511个,用于组织特异性表达与来源富集分析。
包含文件:GTEx_Tissues_V8_2023.gmt
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【GTEx 组织库 V8(GTEx_Tissues_V8_2023)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
GTEx V8 版本各组织表达基因集,共511个,用于组织特异性表达与来源富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GTEx 组织库 V8」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。HDSigDB_Human_2021 · HDSigDB 人类疾病库
omics | 12.82 MB | 1 个文件
人类疾病相关基因表达签名库(2021版),共2564个,用于疾病特征与药物响应富集分析。
包含文件:HDSigDB_Human_2021.gmt
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【HDSigDB 人类疾病库(HDSigDB_Human_2021)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
人类疾病相关基因表达签名库(2021版),共2564个,用于疾病特征与药物响应富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「HDSigDB 人类疾病库」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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omics | 1.3 MB | 1 个文件
人类代谢物数据库相关基因集,共3906个,用于代谢通路与代谢物关联富集分析。
包含文件:HMDB_Metabolites.gmt
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· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
人类代谢物数据库相关基因集,共3906个,用于代谢通路与代谢物关联富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「HMDB 代谢物库」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。HMS_LINCS_KinomeScan · HMS LINCS 激酶库
omics | 0.08 MB | 1 个文件
LINCS 计划激酶抑制剂筛选相关基因集,共148个,用于激酶靶点与药物响应富集分析。
包含文件:HMS_LINCS_KinomeScan.gmt
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【HMS LINCS 激酶库(HMS_LINCS_KinomeScan)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
LINCS 计划激酶抑制剂筛选相关基因集,共148个,用于激酶靶点与药物响应富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「HMS LINCS 激酶库」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。HuBMAP_ASCT_plus_B_augmented_w_RNAseq_Coexpression · HuBMAP 单细胞共表达库
omics | 0.22 MB | 1 个文件
基于 HuBMAP 单细胞 RNA 测序数据构建的细胞类型共表达基因集,共344个,用于细胞组成分析。
包含文件:HuBMAP_ASCT_plus_B_augmented_w_RNAseq_Coexpression.gmt
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【HuBMAP 单细胞共表达库(HuBMAP_ASCT_plus_B_augmented_w_RNAseq_Coexpression)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
基于 HuBMAP 单细胞 RNA 测序数据构建的细胞类型共表达基因集,共344个,用于细胞组成分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「HuBMAP 单细胞共表达库」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。Human_Phenotype_Ontology · 人类表型本体库
omics | 0.38 MB | 1 个文件
人类表型本体关联基因集,共1779个,用于基因与临床表型、罕见病关联的富集分析。
包含文件:Human_Phenotype_Ontology.gmt
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【人类表型本体库(Human_Phenotype_Ontology)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
人类表型本体关联基因集,共1779个,用于基因与临床表型、罕见病关联的富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「人类表型本体库」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://maayanlab.cloud/Enrichr/
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。HumanCyc_2015 · HumanCyc 通路库 2015
omics | 0.02 MB | 1 个文件
HumanCyc 人类代谢通路基因集(2015版),共125个,用于代谢通路与酶反应富集分析。
包含文件:HumanCyc_2015.gmt
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【HumanCyc 通路库 2015(HumanCyc_2015)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
HumanCyc 人类代谢通路基因集(2015版),共125个,用于代谢通路与酶反应富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「HumanCyc 通路库 2015」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://maayanlab.cloud/Enrichr/
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。HumanCyc_2016 · HumanCyc 通路库 2016
omics | 0.02 MB | 1 个文件
HumanCyc 人类代谢通路基因集(2016版),共152个,用于代谢通路与酶反应富集分析。
包含文件:HumanCyc_2016.gmt
安装教程(点击展开)
【HumanCyc 通路库 2016(HumanCyc_2016)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
HumanCyc 人类代谢通路基因集(2016版),共152个,用于代谢通路与酶反应富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「HumanCyc 通路库 2016」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。huMAP · huMAP 人类蛋白互作
omics | 0.12 MB | 1 个文件
huMAP 人类蛋白质互作图谱基因集,收录大规模亲和纯化实验鉴定的复合物成员,用于互作富集。
包含文件:huMAP.gmt
安装教程(点击展开)
【huMAP 人类蛋白互作(huMAP)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
huMAP 人类蛋白质互作图谱基因集,收录大规模亲和纯化实验鉴定的复合物成员,用于互作富集。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「huMAP 人类蛋白互作」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://maayanlab.cloud/Enrichr/
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。InterPro_Domains_2019 · InterPro 结构域库
omics | 0.18 MB | 1 个文件
InterPro 蛋白结构域注释基因集(2019版),共1071个,用于蛋白质功能域富集分析。
包含文件:InterPro_Domains_2019.gmt
安装教程(点击展开)
【InterPro 结构域库(InterPro_Domains_2019)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
InterPro 蛋白结构域注释基因集(2019版),共1071个,用于蛋白质功能域富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「InterPro 结构域库」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。Jensen_COMPARTMENTS · Jensen 细胞区室库
omics | 2.25 MB | 1 个文件
Jensen 整理的亚细胞区室定位基因集,共2283个,用于蛋白定位与细胞区室富集分析。
包含文件:Jensen_COMPARTMENTS.gmt
安装教程(点击展开)
【Jensen 细胞区室库(Jensen_COMPARTMENTS)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
Jensen 整理的亚细胞区室定位基因集,共2283个,用于蛋白定位与细胞区室富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Jensen 细胞区室库」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。Jensen_DISEASES · Jensen 疾病关联库
omics | 0.34 MB | 1 个文件
Jensen 整理的疾病相关基因集,共1811个,用于疾病关联与共病机制富集分析。
包含文件:Jensen_DISEASES.gmt
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【Jensen 疾病关联库(Jensen_DISEASES)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
Jensen 整理的疾病相关基因集,共1811个,用于疾病关联与共病机制富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Jensen 疾病关联库」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。Jensen_DISEASES_Experimental_2025 · Jensen 疾病实验库
omics | 1.05 MB | 1 个文件
Jensen 实验证据支持的疾病基因集(2025版),共500个,用于疾病机制富集分析。
包含文件:Jensen_DISEASES_Experimental_2025.gmt
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【Jensen 疾病实验库(Jensen_DISEASES_Experimental_2025)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
Jensen 实验证据支持的疾病基因集(2025版),共500个,用于疾病机制富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Jensen 疾病实验库」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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omics | 6.17 MB | 1 个文件
Jensen 整理的组织特异性表达基因集,共1842个,用于组织来源与功能富集分析。
包含文件:Jensen_TISSUES.gmt
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【Jensen 组织库(Jensen_TISSUES)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
Jensen 整理的组织特异性表达基因集,共1842个,用于组织来源与功能富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Jensen 组织库」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。KEA_2013 · KEA 激酶富集库 2013
omics | 0.1 MB | 1 个文件
激酶富集分析基因集(2013版),共474个,用于磷酸化信号通路与激酶活性研究。
包含文件:KEA_2013.gmt
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【KEA 激酶富集库 2013(KEA_2013)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
激酶富集分析基因集(2013版),共474个,用于磷酸化信号通路与激酶活性研究。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「KEA 激酶富集库 2013」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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omics | 0.07 MB | 1 个文件
激酶富集分析基因集(2015版),共428个,用于磷酸化信号通路与激酶活性研究。
包含文件:KEA_2015.gmt
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【KEA 激酶富集库 2015(KEA_2015)安装教程】—— Enrichr
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■ 本基因集是什么
激酶富集分析基因集(2015版),共428个,用于磷酸化信号通路与激酶活性研究。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「KEA 激酶富集库 2015」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。KEGG_2013 · KEGG 通路库 2013
omics | 0.07 MB | 1 个文件
KEGG 通路基因集(2013版),共200个,用于代谢与信号通路的富集分析。
包含文件:KEGG_2013.gmt
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【KEGG 通路库 2013(KEGG_2013)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
KEGG 通路基因集(2013版),共200个,用于代谢与信号通路的富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「KEGG 通路库 2013」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。KEGG_2015 · KEGG 通路库 2015
omics | 0.06 MB | 1 个文件
KEGG 通路基因集(2015版),共179个,用于代谢与信号通路的富集分析。
包含文件:KEGG_2015.gmt
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【KEGG 通路库 2015(KEGG_2015)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
KEGG 通路基因集(2015版),共179个,用于代谢与信号通路的富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「KEGG 通路库 2015」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://maayanlab.cloud/Enrichr/
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。KEGG_2016 · KEGG 通路库 2016
omics | 0.17 MB | 1 个文件
KEGG 通路基因集(2016版),共293个,用于代谢与信号通路的富集分析。
包含文件:KEGG_2016.gmt
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【KEGG 通路库 2016(KEGG_2016)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
KEGG 通路基因集(2016版),共293个,用于代谢与信号通路的富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「KEGG 通路库 2016」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://maayanlab.cloud/Enrichr/
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。KEGG_2019_Human · KEGG 人类通路库
omics | 0.18 MB | 1 个文件
KEGG 人类通路基因集(2019版),共308个,用于人类基因通路与疾病机制富集分析。
包含文件:KEGG_2019_Human.gmt
安装教程(点击展开)
【KEGG 人类通路库(KEGG_2019_Human)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
KEGG 人类通路基因集(2019版),共308个,用于人类基因通路与疾病机制富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「KEGG 人类通路库」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。KEGG_2019_Mouse · KEGG 小鼠通路库
omics | 0.19 MB | 1 个文件
KEGG 小鼠通路基因集(2019版),共303个,用于小鼠模型通路与表型机制富集分析。
包含文件:KEGG_2019_Mouse.gmt
安装教程(点击展开)
【KEGG 小鼠通路库(KEGG_2019_Mouse)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
KEGG 小鼠通路基因集(2019版),共303个,用于小鼠模型通路与表型机制富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「KEGG 小鼠通路库」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://maayanlab.cloud/Enrichr/
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。KEGG_2021_Human · KEGG 2021 人类通路
omics | 0.2 MB | 1 个文件
KEGG 通路数据库 2021 年版人类基因集,涵盖代谢、信号转导与疾病通路,用于通路富集分析。
包含文件:KEGG_2021_Human.gmt
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【KEGG 2021 人类通路(KEGG_2021_Human)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
KEGG 通路数据库 2021 年版人类基因集,涵盖代谢、信号转导与疾病通路,用于通路富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「KEGG 2021 人类通路」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://maayanlab.cloud/Enrichr/
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。KEGG_2026 · KEGG 2026 人类通路
omics | 0.22 MB | 1 个文件
KEGG 通路数据库 2026 年版人类基因集,通路划分更细更新,用于基因功能与通路富集。
包含文件:KEGG_2026.gmt
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【KEGG 2026 人类通路(KEGG_2026)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
KEGG 通路数据库 2026 年版人类基因集,通路划分更细更新,用于基因功能与通路富集。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「KEGG 2026 人类通路」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
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omics | 0.24 MB | 1 个文件
小鼠敲除表型项目 2022 年版表型基因集,按表型分组基因,用于小鼠模型表型富集分析。
包含文件:KOMP2_Mouse_Phenotypes_2022.gmt
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【KOMP2 小鼠表型 2022(KOMP2_Mouse_Phenotypes_2022)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
小鼠敲除表型项目 2022 年版表型基因集,按表型分组基因,用于小鼠模型表型富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「KOMP2 小鼠表型 2022」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
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omics | 15.56 MB | 1 个文件
LINCS L1000 化学小分子扰动共识特征基因集,用于药物处理后转录组效应的富集分析。
包含文件:LINCS_L1000_Chem_Pert_Consensus_Sigs.gmt
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■ 本基因集是什么
LINCS L1000 化学小分子扰动共识特征基因集,用于药物处理后转录组效应的富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「LINCS 化学扰动共识」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
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omics | 14.88 MB | 1 个文件
LINCS L1000 项目 CRISPR 敲除实验的共识特征基因集,用于基因功能与扰动效应富集。
包含文件:LINCS_L1000_CRISPR_KO_Consensus_Sigs.gmt
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■ 本基因集是什么
LINCS L1000 项目 CRISPR 敲除实验的共识特征基因集,用于基因功能与扰动效应富集。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「LINCS CRISPR敲除共识」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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omics | 2.36 MB | 1 个文件
lncHUB 数据库的 lncRNA 共表达基因集,收录与长链非编码 RNA 表达相关的编码基因,用于富集分析。
包含文件:lncHUB_lncRNA_Co-Expression.gmt
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【lncHUB 共表达基因集(lncHUB_lncRNA_Co-Expression)安装教程】—— Enrichr
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· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
lncHUB 数据库的 lncRNA 共表达基因集,收录与长链非编码 RNA 表达相关的编码基因,用于富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「lncHUB 共表达基因集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
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omics | 0.17 MB | 1 个文件
MAGMA 软件整理的药物与疾病相关基因集,用于药物靶点与疾病遗传关联的富集分析。
包含文件:MAGMA_Drugs_and_Diseases.gmt
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■ 本基因集是什么
MAGMA 软件整理的药物与疾病相关基因集,用于药物靶点与疾病遗传关联的富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MAGMA 药物与疾病」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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omics | 0.21 MB | 1 个文件
MAGNET 2023 年版基因集,整合多种组学证据归纳基因模块,用于功能富集与机制解读。
包含文件:MAGNET_2023.gmt
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【MAGNET 2023 基因集(MAGNET_2023)安装教程】—— Enrichr
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■ 本基因集是什么
MAGNET 2023 年版基因集,整合多种组学证据归纳基因模块,用于功能富集与机制解读。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MAGNET 2023 基因集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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omics | 0.73 MB | 1 个文件
GEO 数据库中 MCF7 乳腺癌细胞扰动实验的下调基因集,用于细胞扰动响应富集分析。
包含文件:MCF7_Perturbations_from_GEO_down.gmt
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【MCF7 细胞扰动下调(MCF7_Perturbations_from_GEO_down)安装教程】—— Enrichr
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■ 本基因集是什么
GEO 数据库中 MCF7 乳腺癌细胞扰动实验的下调基因集,用于细胞扰动响应富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MCF7 细胞扰动下调」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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omics | 0.78 MB | 1 个文件
GEO 数据库中 MCF7 乳腺癌细胞扰动实验的上调基因集,用于细胞扰动响应富集分析。
包含文件:MCF7_Perturbations_from_GEO_up.gmt
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【MCF7 细胞扰动上调(MCF7_Perturbations_from_GEO_up)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
GEO 数据库中 MCF7 乳腺癌细胞扰动实验的上调基因集,用于细胞扰动响应富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
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· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MCF7 细胞扰动上调」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
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■ 来源与版权
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omics | 0.03 MB | 1 个文件
Metabolomics Workbench 2022 年代谢物相关基因集,用于代谢组与基因表达联合分析。
包含文件:Metabolomics_Workbench_Metabolites_2022.gmt
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【代谢组学工作台代谢物(Metabolomics_Workbench_Metabolites_2022)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
Metabolomics Workbench 2022 年代谢物相关基因集,用于代谢组与基因表达联合分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「代谢组学工作台代谢物」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
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■ 来源与版权
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omics | 2.59 MB | 1 个文件
miRTarBase 数据库 2017 年版经实验验证的 microRNA 靶基因集,用于 miRNA 调控与富集分析。
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【miRTarBase 靶基因 2017(miRTarBase_2017)安装教程】—— Enrichr
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· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
miRTarBase 数据库 2017 年版经实验验证的 microRNA 靶基因集,用于 miRNA 调控与富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「miRTarBase 靶基因 2017」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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omics | 0.58 MB | 1 个文件
小鼠基因图谱基因集,按组织与发育阶段归纳小鼠表达特征,用于组织特异性富集分析。
包含文件:Mouse_Gene_Atlas.gmt
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【小鼠基因图谱(Mouse_Gene_Atlas)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
小鼠基因图谱基因集,按组织与发育阶段归纳小鼠表达特征,用于组织特异性富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
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· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「小鼠基因图谱」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://maayanlab.cloud/Enrichr/
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。NCI-60_Cancer_Cell_Lines · NCI-60 癌细胞系
omics | 0.2 MB | 1 个文件
NCI-60 癌细胞系基因集,按 60 种人癌细胞系的表达特征构建,用于细胞系注释与比对。
包含文件:NCI-60_Cancer_Cell_Lines.gmt
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【NCI-60 癌细胞系(NCI-60_Cancer_Cell_Lines)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
NCI-60 癌细胞系基因集,按 60 种人癌细胞系的表达特征构建,用于细胞系注释与比对。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「NCI-60 癌细胞系」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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omics | 5.53 MB | 1 个文件
NIBR 药物转录组 2025 年数据集的下调基因集,用于药物处理后表达下降特征的富集分析。
包含文件:NIBR_DRUGseq_2025_down.gmt
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【NIBR 药物转录组下调(NIBR_DRUGseq_2025_down)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
NIBR 药物转录组 2025 年数据集的下调基因集,用于药物处理后表达下降特征的富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「NIBR 药物转录组下调」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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omics | 5.29 MB | 1 个文件
NIBR 药物转录组 2025 年数据集的上调基因集,用于药物处理后表达上升特征的富集分析。
包含文件:NIBR_DRUGseq_2025_up.gmt
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■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
NIBR 药物转录组 2025 年数据集的上调基因集,用于药物处理后表达上升特征的富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「NIBR 药物转录组上调」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。OMIM_Disease · OMIM 疾病基因集
omics | 0.02 MB | 1 个文件
OMIM 数据库疾病基因集,收录已知致病基因与遗传病的对应关系,用于疾病关联富集分析。
包含文件:OMIM_Disease.gmt
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【OMIM 疾病基因集(OMIM_Disease)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
OMIM 数据库疾病基因集,收录已知致病基因与遗传病的对应关系,用于疾病关联富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「OMIM 疾病基因集」,即为成功。
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■ 常见问题
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。PerturbAtlas · 扰动图谱基因集
omics | 6.33 MB | 1 个文件
扰动图谱基因集,整合大规模基因扰动实验的转录组响应,用于扰动效应查询与比对。
包含文件:PerturbAtlas.gmt
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■ 本基因集是什么
扰动图谱基因集,整合大规模基因扰动实验的转录组响应,用于扰动效应查询与比对。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
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2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
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· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
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omics | 0.08 MB | 1 个文件
Pfam 蛋白结构域数据库 2019 年版基因集,按结构域归类蛋白,用于结构域富集分析。
包含文件:Pfam_Domains_2019.gmt
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■ 本基因集是什么
Pfam 蛋白结构域数据库 2019 年版基因集,按结构域归类蛋白,用于结构域富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
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2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Pfam 结构域 2019」,即为成功。
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omics | 0.07 MB | 1 个文件
Pfam 与 InterPro 联合结构域基因集,按蛋白功能域归类,用于蛋白质家族富集分析。
包含文件:Pfam_InterPro_Domains.gmt
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■ 本基因集是什么
Pfam 与 InterPro 联合结构域基因集,按蛋白功能域归类,用于蛋白质家族富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
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· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
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· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
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· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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omics | 0.76 MB | 1 个文件
PhenGenI 2021 年表型基因关联集,整合多来源表型与基因证据,用于表型富集分析。
包含文件:PhenGenI_Association_2021.gmt
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· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
PhenGenI 2021 年表型基因关联集,整合多来源表型与基因证据,用于表型富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「PhenGenI 表型关联」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
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omics | 0.2 MB | 1 个文件
PheWeb 2019 年版 GWAS 表型基因集,汇集全基因组关联研究显著基因,用于表型分析。
包含文件:PheWeb_2019.gmt
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【PheWeb 表型基因集(PheWeb_2019)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
PheWeb 2019 年版 GWAS 表型基因集,汇集全基因组关联研究显著基因,用于表型分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「PheWeb 表型基因集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。Reactome_2022 · Reactome 通路库 2022
omics | 0.75 MB | 1 个文件
Reactome 数据库人工审编的通路基因集,2022 年版,涵盖代谢、信号转导与疾病过程,常用于通路富集分析。
包含文件:Reactome_2022.gmt
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【Reactome 通路库 2022(Reactome_2022)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
Reactome 数据库人工审编的通路基因集,2022 年版,涵盖代谢、信号转导与疾病过程,常用于通路富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Reactome 通路库 2022」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://maayanlab.cloud/Enrichr/
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。Reactome_Pathways_2024 · Reactome 通路库 2024
omics | 0.85 MB | 1 个文件
Reactome 通路数据库 2024 年更新版基因集,收录人类反应与通路层级注释,适合基因功能富集分析。
包含文件:Reactome_Pathways_2024.gmt
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【Reactome 通路库 2024(Reactome_Pathways_2024)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
Reactome 通路数据库 2024 年更新版基因集,收录人类反应与通路层级注释,适合基因功能富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Reactome 通路库 2024」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。RNA-Seq_Disease_Gene_and_Drug_Signatures_from_GEO · GEO 疾病药物 RNA-seq
omics | 3.99 MB | 1 个文件
GEO 数据库中 RNA-seq 疾病基因与药物响应特征集,用于疾病与药物的联合富集分析。
包含文件:RNA-Seq_Disease_Gene_and_Drug_Signatures_from_GEO.gmt
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【GEO 疾病药物 RNA-seq(RNA-Seq_Disease_Gene_and_Drug_Signatures_from_GEO)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
GEO 数据库中 RNA-seq 疾病基因与药物响应特征集,用于疾病与药物的联合富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GEO 疾病药物 RNA-seq」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://maayanlab.cloud/Enrichr/
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。Sciplex_Drug_Perturbation_Signatures_2025 · SciPlex 药物扰动签名2025
omics | 13.82 MB | 1 个文件
基于 SciPlex 化合物筛选实验的药物扰动基因表达签名库,2025 年版,用于药物机制与富集分析。
包含文件:Sciplex_Drug_Perturbation_Signatures_2025.gmt
安装教程(点击展开)
【SciPlex 药物扰动签名2025(Sciplex_Drug_Perturbation_Signatures_2025)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
基于 SciPlex 化合物筛选实验的药物扰动基因表达签名库,2025 年版,用于药物机制与富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「SciPlex 药物扰动签名2025」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。SubCell_BarCode · 亚细胞定位条形码
omics | 0.31 MB | 1 个文件
基于条形码技术定位的亚细胞蛋白质组基因集,用于判断基因产物在细胞内的空间分布与富集。
包含文件:SubCell_BarCode.gmt
安装教程(点击展开)
【亚细胞定位条形码(SubCell_BarCode)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
基于条形码技术定位的亚细胞蛋白质组基因集,用于判断基因产物在细胞内的空间分布与富集。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「亚细胞定位条形码」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。SynGO_2022 · SynGO 突触基因集 2022
omics | 0.03 MB | 1 个文件
SynGO 突触基因本体数据库 2022 年版,收录审编的突触定位与功能基因集,用于突触研究富集。
包含文件:SynGO_2022.gmt
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【SynGO 突触基因集 2022(SynGO_2022)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
SynGO 突触基因本体数据库 2022 年版,收录审编的突触定位与功能基因集,用于突触研究富集。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「SynGO 突触基因集 2022」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
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omics | 0.03 MB | 1 个文件
SynGO 突触基因本体数据库 2024 年更新版,涵盖突触定位与功能注释,适合神经科学基因富集分析。
包含文件:SynGO_2024.gmt
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【SynGO 突触基因集 2024(SynGO_2024)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
SynGO 突触基因本体数据库 2024 年更新版,涵盖突触定位与功能注释,适合神经科学基因富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「SynGO 突触基因集 2024」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。Tabula_Muris · Tabula Muris 小鼠图谱
omics | 0.06 MB | 1 个文件
小鼠多组织单细胞转录组图谱基因集,涵盖各器官细胞类型的特征基因,用于细胞注释与富集分析。
包含文件:Tabula_Muris.gmt
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【Tabula Muris 小鼠图谱(Tabula_Muris)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
小鼠多组织单细胞转录组图谱基因集,涵盖各器官细胞类型的特征基因,用于细胞注释与富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Tabula Muris 小鼠图谱」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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omics | 3.22 MB | 1 个文件
收录转录因子扰动后伴随的基因表达变化集合,用于推断转录因子调控的靶基因与通路富集。
包含文件:TF_Perturbations_Followed_by_Expression.gmt
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【TF 扰动表达图谱(TF_Perturbations_Followed_by_Expression)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
收录转录因子扰动后伴随的基因表达变化集合,用于推断转录因子调控的靶基因与通路富集。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「TF 扰动表达图谱」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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omics | 3.31 MB | 1 个文件
基于 TG-GATES 大鼠与人体药物毒性实验整理的基因集,2020 年版,用于肝毒性等毒理富集分析。
包含文件:TG_GATES_2020.gmt
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【TG-GATES 毒性基因集2020(TG_GATES_2020)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
基于 TG-GATES 大鼠与人体药物毒性实验整理的基因集,2020 年版,用于肝毒性等毒理富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「TG-GATES 毒性基因集2020」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。The_Kinase_Library_2023 · 激酶文库 2023
omics | 1.44 MB | 1 个文件
整理自激酶相关研究的功能基因集,2023 年版,按激酶家族与信号通路组织,用于激酶富集分析。
包含文件:The_Kinase_Library_2023.gmt
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【激酶文库 2023(The_Kinase_Library_2023)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
整理自激酶相关研究的功能基因集,2023 年版,按激酶家族与信号通路组织,用于激酶富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「激酶文库 2023」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://maayanlab.cloud/Enrichr/
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。The_Kinase_Library_2024 · 激酶文库 2024
omics | 1.47 MB | 1 个文件
激酶功能基因集库 2024 年版,涵盖激酶家族、底物与通路信息,适合激酶相关基因富集分析。
包含文件:The_Kinase_Library_2024.gmt
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【激酶文库 2024(The_Kinase_Library_2024)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
激酶功能基因集库 2024 年版,涵盖激酶家族、底物与通路信息,适合激酶相关基因富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「激酶文库 2024」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://maayanlab.cloud/Enrichr/
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。Tissue_Protein_Expression_from_ProteomicsDB · ProteomicsDB 组织蛋白
omics | 0.9 MB | 1 个文件
来自 ProteomicsDB 的组织蛋白质表达基因集,涵盖多种人体组织的蛋白丰度信息,用于组织富集分析。
包含文件:Tissue_Protein_Expression_from_ProteomicsDB.gmt
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【ProteomicsDB 组织蛋白(Tissue_Protein_Expression_from_ProteomicsDB)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
来自 ProteomicsDB 的组织蛋白质表达基因集,涵盖多种人体组织的蛋白丰度信息,用于组织富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ProteomicsDB 组织蛋白」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。TISSUES_Curated_2025 · TISSUES 人工审编 2025
omics | 1.87 MB | 1 个文件
TISSUES 数据库中人工审编的组织与细胞类型表达基因集,2025 年版,用于组织特异性基因富集。
包含文件:TISSUES_Curated_2025.gmt
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【TISSUES 人工审编 2025(TISSUES_Curated_2025)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
TISSUES 数据库中人工审编的组织与细胞类型表达基因集,2025 年版,用于组织特异性基因富集。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「TISSUES 人工审编 2025」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://maayanlab.cloud/Enrichr/
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。TISSUES_Experimental_2025 · TISSUES 实验证据 2025
omics | 1.62 MB | 1 个文件
TISSUES 数据库中基于实验证据的组织表达基因集,2025 年版,适合组织特异性表达富集分析。
包含文件:TISSUES_Experimental_2025.gmt
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【TISSUES 实验证据 2025(TISSUES_Experimental_2025)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
TISSUES 数据库中基于实验证据的组织表达基因集,2025 年版,适合组织特异性表达富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「TISSUES 实验证据 2025」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://maayanlab.cloud/Enrichr/
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。Virus_Perturbations_from_GEO_down · 病毒扰动下调基因集
omics | 1.41 MB | 1 个文件
汇总 GEO 中病毒感染实验下调表达基因的集合,用于分析病毒抑制的宿主基因与通路富集。
包含文件:Virus_Perturbations_from_GEO_down.gmt
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【病毒扰动下调基因集(Virus_Perturbations_from_GEO_down)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
汇总 GEO 中病毒感染实验下调表达基因的集合,用于分析病毒抑制的宿主基因与通路富集。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「病毒扰动下调基因集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。Virus_Perturbations_from_GEO_up · 病毒扰动上调基因集
omics | 1.41 MB | 1 个文件
汇总 GEO 中病毒感染实验上调表达基因的集合,用于分析病毒激活的宿主基因与通路富集。
包含文件:Virus_Perturbations_from_GEO_up.gmt
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【病毒扰动上调基因集(Virus_Perturbations_from_GEO_up)安装教程】—— Enrichr
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· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
汇总 GEO 中病毒感染实验上调表达基因的集合,用于分析病毒激活的宿主基因与通路富集。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「病毒扰动上调基因集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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VirusMINT 数据库中经实验验证的病毒与宿主蛋白互作基因集,用于病毒感染相关功能富集分析。
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■ 本基因集是什么
VirusMINT 数据库中经实验验证的病毒与宿主蛋白互作基因集,用于病毒感染相关功能富集分析。
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· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
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2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
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omics | 0.18 MB | 1 个文件
WikiPathways 人类通路基因集 2021 年版,由社区协作维护,涵盖多种生物学过程,用于富集分析。
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WikiPathways 人类通路基因集 2021 年版,由社区协作维护,涵盖多种生物学过程,用于富集分析。
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2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
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· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
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omics | 0.27 MB | 1 个文件
WikiPathways 人类通路基因集 2023 年版,收录社区整理的通路与疾病注释,适合通路富集分析。
包含文件:WikiPathway_2023_Human.gmt
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■ 本基因集是什么
WikiPathways 人类通路基因集 2023 年版,收录社区整理的通路与疾病注释,适合通路富集分析。
■ 文件说明
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2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。WikiPathways_2013 · 维基通路库2013版
omics | 0.05 MB | 1 个文件
WikiPathways 经典通路数据库 2013 年版基因集,覆盖人类多种代谢与信号通路,用于功能富集分析。
包含文件:WikiPathways_2013.gmt
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WikiPathways 经典通路数据库 2013 年版基因集,覆盖人类多种代谢与信号通路,用于功能富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
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2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「维基通路库2013版」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。WikiPathways_2015 · 维基通路库2015版
omics | 0.14 MB | 1 个文件
WikiPathways 通路数据库 2015 年版基因集,收录社区审编的通路成员基因,用于通路富集分析。
包含文件:WikiPathways_2015.gmt
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■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
WikiPathways 通路数据库 2015 年版基因集,收录社区审编的通路成员基因,用于通路富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「维基通路库2015版」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。WikiPathways_2016 · 维基通路库2016版
omics | 0.15 MB | 1 个文件
WikiPathways 通路数据库 2016 年版基因集,涵盖人类与模式生物通路,用于基因功能富集分析。
包含文件:WikiPathways_2016.gmt
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【维基通路库2016版(WikiPathways_2016)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
WikiPathways 通路数据库 2016 年版基因集,涵盖人类与模式生物通路,用于基因功能富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「维基通路库2016版」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。WikiPathways_2019_Human · WikiPathways 人类 2019
omics | 0.14 MB | 1 个文件
WikiPathways 人类通路基因集 2019 年版,收录社区维护的通路注释,用于通路与疾病富集分析。
包含文件:WikiPathways_2019_Human.gmt
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【WikiPathways 人类 2019(WikiPathways_2019_Human)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
WikiPathways 人类通路基因集 2019 年版,收录社区维护的通路注释,用于通路与疾病富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「WikiPathways 人类 2019」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。WikiPathways_2019_Mouse · WikiPathways 小鼠 2019
omics | 0.06 MB | 1 个文件
WikiPathways 小鼠通路基因集 2019 年版,收录小鼠基因对应的通路注释,用于动物模型富集分析。
包含文件:WikiPathways_2019_Mouse.gmt
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【WikiPathways 小鼠 2019(WikiPathways_2019_Mouse)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
WikiPathways 小鼠通路基因集 2019 年版,收录小鼠基因对应的通路注释,用于动物模型富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「WikiPathways 小鼠 2019」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。WikiPathways_2024_Human · WikiPathways 人类 2024
omics | 0.24 MB | 1 个文件
WikiPathways 人类通路基因集 2024 年版,涵盖新增与更新的通路条目,适合人类基因富集分析。
包含文件:WikiPathways_2024_Human.gmt
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【WikiPathways 人类 2024(WikiPathways_2024_Human)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
WikiPathways 人类通路基因集 2024 年版,涵盖新增与更新的通路条目,适合人类基因富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「WikiPathways 人类 2024」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。WikiPathways_2024_Mouse · WikiPathways 小鼠 2024
omics | 0.06 MB | 1 个文件
WikiPathways 小鼠通路基因集 2024 年版,涵盖小鼠通路的更新注释,用于小鼠实验数据富集分析。
包含文件:WikiPathways_2024_Mouse.gmt
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【WikiPathways 小鼠 2024(WikiPathways_2024_Mouse)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
WikiPathways 小鼠通路基因集 2024 年版,涵盖小鼠通路的更新注释,用于小鼠实验数据富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「WikiPathways 小鼠 2024」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://maayanlab.cloud/Enrichr/
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。Azimuth_Cell_Types_2021 · Azimuth细胞类型标志集
oml | 0.04 MB | 1 个文件
Azimuth 2021版细胞类型标志基因集,适合单细胞聚类结果的细胞类型判读,辅助人工注释确认。
包含文件:Azimuth_Cell_Types_2021.gmt
安装教程(点击展开)
【Azimuth细胞类型标志集(Azimuth_Cell_Types_2021)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
Azimuth 2021版细胞类型标志基因集,适合单细胞聚类结果的细胞类型判读,辅助人工注释确认。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Azimuth细胞类型标志集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。JASPAR_PWM_Human_2025 · JASPAR 人类 PWM 库
oml | 8.97 MB | 1 个文件
JASPAR 人类转录因子位置权重矩阵基因集,共675个,用于启动子区转录因子结合预测。
包含文件:JASPAR_PWM_Human_2025.gmt
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【JASPAR 人类 PWM 库(JASPAR_PWM_Human_2025)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
JASPAR 人类转录因子位置权重矩阵基因集,共675个,用于启动子区转录因子结合预测。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「JASPAR 人类 PWM 库」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。MSigDB_Computational · MSigDB 计算预测集
oml | 0.54 MB | 1 个文件
MSigDB 计算预测类基因集,由算法整合多来源数据推断的基因功能集合。
包含文件:MSigDB_Computational.gmt
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【MSigDB 计算预测集(MSigDB_Computational)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
MSigDB 计算预测类基因集,由算法整合多来源数据推断的基因功能集合。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MSigDB 计算预测集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。Rare_Diseases_AutoRIF_ARCHS4_Predictions · AutoRIF 罕见病预测
oml | 4.54 MB | 1 个文件
基于 AutoRIF 文本挖掘与 ARCHS4 表达数据预测的罕见病基因集,用于罕见病关联分析。
包含文件:Rare_Diseases_AutoRIF_ARCHS4_Predictions.gmt
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【AutoRIF 罕见病预测(Rare_Diseases_AutoRIF_ARCHS4_Predictions)安装教程】—— Enrichr
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· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
基于 AutoRIF 文本挖掘与 ARCHS4 表达数据预测的罕见病基因集,用于罕见病关联分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「AutoRIF 罕见病预测」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
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oml | 2.75 MB | 1 个文件
基于 GeneRIF 注释与 ARCHS4 表达数据预测的罕见病基因集,用于罕见病关联分析。
包含文件:Rare_Diseases_GeneRIF_ARCHS4_Predictions.gmt
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【GeneRIF 罕见病预测(Rare_Diseases_GeneRIF_ARCHS4_Predictions)安装教程】—— Enrichr
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■ 本基因集是什么
基于 GeneRIF 注释与 ARCHS4 表达数据预测的罕见病基因集,用于罕见病关联分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GeneRIF 罕见病预测」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。TargetScan_microRNA · TargetScan miRNA 靶基因
oml | 0.22 MB | 1 个文件
基于 TargetScan 预测的 microRNA 靶基因集合,用于分析 microRNA 调控的基因群与功能富集。
包含文件:TargetScan_microRNA.gmt
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【TargetScan miRNA 靶基因(TargetScan_microRNA)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
基于 TargetScan 预测的 microRNA 靶基因集合,用于分析 microRNA 调控的基因群与功能富集。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「TargetScan miRNA 靶基因」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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oml | 5.05 MB | 1 个文件
TargetScan 2017 年版 microRNA 靶基因预测集合,按保守位点划分,用于 miRNA 富集分析。
包含文件:TargetScan_microRNA_2017.gmt
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【微小RNA靶基因预测2017(TargetScan_microRNA_2017)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
TargetScan 2017 年版 microRNA 靶基因预测集合,按保守位点划分,用于 miRNA 富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「微小RNA靶基因预测2017」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。TRANSFAC_and_JASPAR_PWMs · TRANSFAC_JASPAR 基序
oml | 2.68 MB | 1 个文件
整合 TRANSFAC 与 JASPAR 转录因子结合位点矩阵的靶基因集,用于预测转录因子调控与富集分析。
包含文件:TRANSFAC_and_JASPAR_PWMs.gmt
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【TRANSFAC/JASPAR 基序(TRANSFAC_and_JASPAR_PWMs)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
整合 TRANSFAC 与 JASPAR 转录因子结合位点矩阵的靶基因集,用于预测转录因子调控与富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「TRANSFAC/JASPAR 基序」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。Virus-Host_PPI_P-HIPSTer_2020 · 病毒-宿主互作 P-HIPSTer
oml | 1.79 MB | 1 个文件
P-HIPSTer 预测的病毒与宿主蛋白互作基因集,2020 年版,用于病毒感染的宿主因子富集分析。
包含文件:Virus-Host_PPI_P-HIPSTer_2020.gmt
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【病毒-宿主互作 P-HIPSTer(Virus-Host_PPI_P-HIPSTer_2020)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
P-HIPSTer 预测的病毒与宿主蛋白互作基因集,2020 年版,用于病毒感染的宿主因子富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「病毒-宿主互作 P-HIPSTer」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。MoTrPAC_2023 · MoTrPAC 运动响应
track | 0.18 MB | 1 个文件
MoTrPAC 项目 2023 年运动干预多组学基因集,用于运动对组织基因表达影响的富集分析。
包含文件:MoTrPAC_2023.gmt
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【MoTrPAC 运动响应(MoTrPAC_2023)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
MoTrPAC 项目 2023 年运动干预多组学基因集,用于运动对组织基因表达影响的富集分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MoTrPAC 运动响应」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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util | 0.18 MB | 1 个文件
来自Achilles筛选的适应度上升基因集,适合寻找敲除后促进细胞生长的基因,辅助耐药与逃逸机制分析。
包含文件:Achilles_fitness_increase.gmt
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【Achilles适应度上升集(Achilles_fitness_increase)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
来自Achilles筛选的适应度上升基因集,适合寻找敲除后促进细胞生长的基因,辅助耐药与逃逸机制分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Achilles适应度上升集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。Aging_Perturbations_from_GEO_down · GEO衰老扰动下调集
util | 0.54 MB | 1 个文件
GEO中衰老相关实验的下调基因集,适合衰老研究,分析差异基因与衰老过程反向变化的生物学意义。
包含文件:Aging_Perturbations_from_GEO_down.gmt
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【GEO衰老扰动下调集(Aging_Perturbations_from_GEO_down)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
GEO中衰老相关实验的下调基因集,适合衰老研究,分析差异基因与衰老过程反向变化的生物学意义。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GEO衰老扰动下调集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://maayanlab.cloud/Enrichr/
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。Aging_Perturbations_from_GEO_up · GEO衰老扰动上调集
util | 0.56 MB | 1 个文件
GEO中衰老相关实验的上调基因集,适合与自身上调基因比对,判断样本是否呈现衰老样表达特征。
包含文件:Aging_Perturbations_from_GEO_up.gmt
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【GEO衰老扰动上调集(Aging_Perturbations_from_GEO_up)安装教程】—— Enrichr
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· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
GEO中衰老相关实验的上调基因集,适合与自身上调基因比对,判断样本是否呈现衰老样表达特征。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GEO衰老扰动上调集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。ARCHS4_IDG_Coexp · ARCHS4 IDG共表达集
util | 0.72 MB | 1 个文件
ARCHS4中与IDG基因共表达的基因集,适合探索药物靶点相关基因的功能网络,用于机制推测与靶点验证。
包含文件:ARCHS4_IDG_Coexp.gmt
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■ 本基因集是什么
ARCHS4中与IDG基因共表达的基因集,适合探索药物靶点相关基因的功能网络,用于机制推测与靶点验证。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ARCHS4 IDG共表达集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
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util | 0.97 MB | 1 个文件
ARCHS4中与蛋白激酶共表达的基因集,适合激酶相关研究,分析激酶调控的下游基因模块与信号通路。
包含文件:ARCHS4_Kinases_Coexp.gmt
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■ 本基因集是什么
ARCHS4中与蛋白激酶共表达的基因集,适合激酶相关研究,分析激酶调控的下游基因模块与信号通路。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
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2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ARCHS4激酶共表达集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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util | 3.5 MB | 1 个文件
ARCHS4中与转录因子共表达的基因集,适合转录调控研究,推测转录因子活性并定位下游靶基因模块。
包含文件:ARCHS4_TFs_Coexp.gmt
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■ 本基因集是什么
ARCHS4中与转录因子共表达的基因集,适合转录调控研究,推测转录因子活性并定位下游靶基因模块。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
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gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ARCHS4转录因子共表达集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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util | 1.62 MB | 1 个文件
ARCHS4中组织特异表达的基因集,适合判断差异基因的组织来源,辅助鉴定样本的组织与细胞组分。
包含文件:ARCHS4_Tissues.gmt
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■ 本基因集是什么
ARCHS4中组织特异表达的基因集,适合判断差异基因的组织来源,辅助鉴定样本的组织与细胞组分。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
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2. 本地(R):
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gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ARCHS4组织基因集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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util | 0.56 MB | 1 个文件
BioPlex蛋白互作基因集,适合分析差异基因编码蛋白的互作网络,寻找功能相关的蛋白复合物。
包含文件:BioPlex_2017.gmt
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【BioPlex蛋白互作集(BioPlex_2017)安装教程】—— Enrichr
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■ 本基因集是什么
BioPlex蛋白互作基因集,适合分析差异基因编码蛋白的互作网络,寻找功能相关的蛋白复合物。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BioPlex蛋白互作集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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util | 1.16 MB | 1 个文件
CCLE癌症细胞系表达基因集,适合肿瘤研究,判断差异基因对应的细胞系来源与肿瘤类型特征。
包含文件:Cancer_Cell_Line_Encyclopedia.gmt
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【CCLE癌症细胞系基因集(Cancer_Cell_Line_Encyclopedia)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
CCLE癌症细胞系表达基因集,适合肿瘤研究,判断差异基因对应的细胞系来源与肿瘤类型特征。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CCLE癌症细胞系基因集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
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util | 3.19 MB | 1 个文件
ChEA转录因子靶基因集2013版,适合转录调控分析,推测上游转录因子并构建调控网络。
包含文件:ChEA_2013.gmt
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【ChEA转录因子靶基因集2013(ChEA_2013)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
ChEA转录因子靶基因集2013版,适合转录调控分析,推测上游转录因子并构建调控网络。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ChEA转录因子靶基因集2013」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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util | 0.06 MB | 1 个文件
U2OS细胞蛋白定位组装基因集,适合蛋白亚细胞定位研究,分析编码蛋白的空间分布特征。
包含文件:CM4AI_U2OS_Protein_Localization_Assemblies.gmt
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【U2OS蛋白定位组装集(CM4AI_U2OS_Protein_Localization_Assemblies)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
U2OS细胞蛋白定位组装基因集,适合蛋白亚细胞定位研究,分析编码蛋白的空间分布特征。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「U2OS蛋白定位组装集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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util | 0.11 MB | 1 个文件
CORUM蛋白复合物基因集,适合将差异基因映射到已知蛋白复合物,分析复合物水平的协同变化。
包含文件:CORUM.gmt
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【CORUM蛋白复合物集(CORUM)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
CORUM蛋白复合物基因集,适合将差异基因映射到已知蛋白复合物,分析复合物水平的协同变化。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CORUM蛋白复合物集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。COVID-19_Related_Gene_Sets · 新冠相关基因集
util | 0.38 MB | 1 个文件
新冠相关基因集,涵盖病毒互作与免疫应答基因,适合感染研究中的差异基因功能解释。
包含文件:COVID-19_Related_Gene_Sets.gmt
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【新冠相关基因集(COVID-19_Related_Gene_Sets)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
新冠相关基因集,涵盖病毒互作与免疫应答基因,适合感染研究中的差异基因功能解释。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「新冠相关基因集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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■ 来源与版权
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util | 1.07 MB | 1 个文件
2021版新冠相关基因集,适合新冠与病毒感染研究,分析宿主免疫应答与病毒互作相关通路。
包含文件:COVID-19_Related_Gene_Sets_2021.gmt
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【新冠相关基因集2021(COVID-19_Related_Gene_Sets_2021)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
2021版新冠相关基因集,适合新冠与病毒感染研究,分析宿主免疫应答与病毒互作相关通路。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「新冠相关基因集2021」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://maayanlab.cloud/Enrichr/
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。Data_Acquisition_Method_Most_Popular_Genes · 检测方法高频基因集
util | 0.01 MB | 1 个文件
不同检测方法的高频基因集,适合质控与数据来源分析,判断样本的检测平台与技术偏好。
包含文件:Data_Acquisition_Method_Most_Popular_Genes.gmt
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【检测方法高频基因集(Data_Acquisition_Method_Most_Popular_Genes)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
不同检测方法的高频基因集,适合质控与数据来源分析,判断样本的检测平台与技术偏好。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「检测方法高频基因集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。DepMap_CRISPR_GeneDependency_CellLines_2023 · DepMap基因依赖性2023
util | 2.73 MB | 1 个文件
DepMap CRISPR基因依赖性基因集,适合肿瘤研究,筛选细胞系存活所依赖的关键基因。
包含文件:DepMap_CRISPR_GeneDependency_CellLines_2023.gmt
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【DepMap基因依赖性2023(DepMap_CRISPR_GeneDependency_CellLines_2023)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
DepMap CRISPR基因依赖性基因集,适合肿瘤研究,筛选细胞系存活所依赖的关键基因。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「DepMap基因依赖性2023」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。DGIdb_Drug_Targets_2024 · DGIdb药物靶点集2024
util | 0.08 MB | 1 个文件
DGIdb药物靶点基因集,适合药物研究与靶点筛选,将差异基因映射到已知药物与其靶点关系。
包含文件:DGIdb_Drug_Targets_2024.gmt
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【DGIdb药物靶点集2024(DGIdb_Drug_Targets_2024)安装教程】—— Enrichr
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■ 本基因集是什么
DGIdb药物靶点基因集,适合药物研究与靶点筛选,将差异基因映射到已知药物与其靶点关系。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「DGIdb药物靶点集2024」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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util | 0.65 MB | 1 个文件
GEO糖尿病扰动基因集,适合代谢疾病研究,分析样本是否呈现糖尿病相关的表达改变。
包含文件:Diabetes_Perturbations_GEO_2022.gmt
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【GEO糖尿病扰动集(Diabetes_Perturbations_GEO_2022)安装教程】—— Enrichr
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■ 本基因集是什么
GEO糖尿病扰动基因集,适合代谢疾病研究,分析样本是否呈现糖尿病相关的表达改变。
■ 文件说明
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· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
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2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
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3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GEO糖尿病扰动集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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util | 1.56 MB | 1 个文件
GEO疾病扰动下调基因集,适合与自身下调基因比对,判断样本是否重现已知疾病的表达特征。
包含文件:Disease_Perturbations_from_GEO_down.gmt
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■ 本基因集是什么
GEO疾病扰动下调基因集,适合与自身下调基因比对,判断样本是否重现已知疾病的表达特征。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
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2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GEO疾病扰动下调集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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util | 1.63 MB | 1 个文件
GEO疾病扰动上调基因集,适合疾病表型分析,识别与已知疾病中共同上调的基因信号。
包含文件:Disease_Perturbations_from_GEO_up.gmt
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【GEO疾病扰动上调集(Disease_Perturbations_from_GEO_up)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
GEO疾病扰动上调基因集,适合疾病表型分析,识别与已知疾病中共同上调的基因信号。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GEO疾病扰动上调集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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util | 0.62 MB | 1 个文件
GEO疾病特征下调基因集2014版,适合经典疾病特征比对,辅助样本表型的分子层面判定。
包含文件:Disease_Signatures_from_GEO_down_2014.gmt
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【GEO疾病特征下调集2014(Disease_Signatures_from_GEO_down_2014)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
GEO疾病特征下调基因集2014版,适合经典疾病特征比对,辅助样本表型的分子层面判定。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GEO疾病特征下调集2014」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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util | 0.62 MB | 1 个文件
GEO疾病特征上调基因集2014版,适合与疾病相关表达谱比对,识别共有上调特征。
包含文件:Disease_Signatures_from_GEO_up_2014.gmt
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【GEO疾病特征上调集2014(Disease_Signatures_from_GEO_up_2014)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
GEO疾病特征上调基因集2014版,适合与疾病相关表达谱比对,识别共有上调特征。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GEO疾病特征上调集2014」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。DisGeNET · DisGeNET疾病关联集
util | 3.74 MB | 1 个文件
DisGeNET疾病关联基因集,适合疾病研究,将差异基因映射到已知疾病关联,解释表型分子基础。
包含文件:DisGeNET.gmt
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【DisGeNET疾病关联集(DisGeNET)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
DisGeNET疾病关联基因集,适合疾病研究,将差异基因映射到已知疾病关联,解释表型分子基础。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「DisGeNET疾病关联集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。Drug_Perturbations_from_GEO_2014 · GEO药物扰动集2014
util | 2.3 MB | 1 个文件
GEO药物扰动基因集2014版,适合药物机制研究,判断样本与已知药物处理组的表达相似性。
包含文件:Drug_Perturbations_from_GEO_2014.gmt
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【GEO药物扰动集2014(Drug_Perturbations_from_GEO_2014)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
GEO药物扰动基因集2014版,适合药物机制研究,判断样本与已知药物处理组的表达相似性。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GEO药物扰动集2014」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
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■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。Drug_Perturbations_from_GEO_down · GEO药物扰动下调集
util | 1.72 MB | 1 个文件
GEO药物扰动下调基因集,适合药物处理样本分析,识别被抑制的基因模块与相关通路。
包含文件:Drug_Perturbations_from_GEO_down.gmt
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【GEO药物扰动下调集(Drug_Perturbations_from_GEO_down)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
GEO药物扰动下调基因集,适合药物处理样本分析,识别被抑制的基因模块与相关通路。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GEO药物扰动下调集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://maayanlab.cloud/Enrichr/
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。Drug_Perturbations_from_GEO_up · GEO药物扰动上调集
util | 1.71 MB | 1 个文件
GEO药物扰动上调基因集,适合药物效应研究,分析与已知药物处理共同激活的基因与通路。
包含文件:Drug_Perturbations_from_GEO_up.gmt
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【GEO药物扰动上调集(Drug_Perturbations_from_GEO_up)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
GEO药物扰动上调基因集,适合药物效应研究,分析与已知药物处理共同激活的基因与通路。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GEO药物扰动上调集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://maayanlab.cloud/Enrichr/
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。DrugMatrix · DrugMatrix毒理基因集
util | 15.53 MB | 1 个文件
DrugMatrix药物毒理基因集,适合安全性评价研究,判断化合物处理样本的肝脏与毒性相关特征。
包含文件:DrugMatrix.gmt
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【DrugMatrix毒理基因集(DrugMatrix)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
DrugMatrix药物毒理基因集,适合安全性评价研究,判断化合物处理样本的肝脏与毒性相关特征。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「DrugMatrix毒理基因集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。DSigDB · DSigDB药物特征基因集
util | 2.86 MB | 1 个文件
DSigDB药物特征基因集,适合药物重定位与化合物筛选,推断差异基因对应的候选药物。
包含文件:DSigDB.gmt
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【DSigDB药物特征基因集(DSigDB)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
DSigDB药物特征基因集,适合药物重定位与化合物筛选,推断差异基因对应的候选药物。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「DSigDB药物特征基因集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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util | 26.5 MB | 1 个文件
ENCODE转录因子ChIP基因集2014版,适合转录调控分析,定位调控差异基因的转录因子。
包含文件:ENCODE_TF_ChIP-seq_2014.gmt
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【ENCODE转录因子ChIP2014(ENCODE_TF_ChIP-seq_2014)安装教程】—— Enrichr
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■ 本基因集是什么
ENCODE转录因子ChIP基因集2014版,适合转录调控分析,定位调控差异基因的转录因子。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ENCODE转录因子ChIP2014」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
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util | 9.59 MB | 1 个文件
ENCODE转录因子ChIP基因集2015版,覆盖更广,适合上游调控因子推断与ChIP结果对照。
包含文件:ENCODE_TF_ChIP-seq_2015.gmt
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【ENCODE转录因子ChIP2015(ENCODE_TF_ChIP-seq_2015)安装教程】—— Enrichr
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■ 本基因集是什么
ENCODE转录因子ChIP基因集2015版,覆盖更广,适合上游调控因子推断与ChIP结果对照。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ENCODE转录因子ChIP2015」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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util | 0.77 MB | 1 个文件
FANTOM6 项目中 lncRNA 敲低实验的差异表达基因集,共350个,用于研究 lncRNA 调控功能。
包含文件:FANTOM6_lncRNA_KD_DEGs.gmt
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【FANTOM6 lncRNA 库(FANTOM6_lncRNA_KD_DEGs)安装教程】—— Enrichr
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■ 本基因集是什么
FANTOM6 项目中 lncRNA 敲低实验的差异表达基因集,共350个,用于研究 lncRNA 调控功能。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
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2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「FANTOM6 lncRNA 库」,即为成功。
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■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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util | 4.7 MB | 1 个文件
基于 GEO 扰动实验提取的下调基因集,共2460个,用于判断基因被抑制后的表达变化。
包含文件:Gene_Perturbations_from_GEO_down.gmt
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【GEO 扰动下调库(Gene_Perturbations_from_GEO_down)安装教程】—— Enrichr
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■ 本基因集是什么
基于 GEO 扰动实验提取的下调基因集,共2460个,用于判断基因被抑制后的表达变化。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
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2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
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■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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util | 4.76 MB | 1 个文件
基于 GEO 扰动实验提取的上调基因集,共2460个,用于判断基因被激活后的表达变化。
包含文件:Gene_Perturbations_from_GEO_up.gmt
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【GEO 扰动上调库(Gene_Perturbations_from_GEO_up)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
基于 GEO 扰动实验提取的上调基因集,共2460个,用于判断基因被激活后的表达变化。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GEO 扰动上调库」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
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util | 2.15 MB | 1 个文件
从 NIH 资助项目中提取的基因关联集,共32876个,反映各领域研究热点基因的分布。
包含文件:Genes_Associated_with_NIH_Grants.gmt
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【NIH 资助基因库(Genes_Associated_with_NIH_Grants)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
从 NIH 资助项目中提取的基因关联集,共32876个,反映各领域研究热点基因的分布。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「NIH 资助基因库」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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util | 26.87 MB | 1 个文件
GTEx 各组织特异性表达下调基因集,共2918个,用于判断目标基因的组织分布与下调趋势。
包含文件:GTEx_Tissue_Expression_Down.gmt
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【GTEx 组织下调库(GTEx_Tissue_Expression_Down)安装教程】—— Enrichr
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· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
GTEx 各组织特异性表达下调基因集,共2918个,用于判断目标基因的组织分布与下调趋势。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GTEx 组织下调库」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
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util | 27.09 MB | 1 个文件
GTEx 各组织特异性表达上调基因集,共2918个,用于判断目标基因的组织分布与上调趋势。
包含文件:GTEx_Tissue_Expression_Up.gmt
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【GTEx 组织上调库(GTEx_Tissue_Expression_Up)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
GTEx 各组织特异性表达上调基因集,共2918个,用于判断目标基因的组织分布与上调趋势。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GTEx 组织上调库」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
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util | 0.48 MB | 1 个文件
GWAS Catalog 疾病关联基因集(2019版),共1737个,用于遗传关联与疾病易感性分析。
包含文件:GWAS_Catalog_2019.gmt
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【GWAS 目录库 2019(GWAS_Catalog_2019)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
GWAS Catalog 疾病关联基因集(2019版),共1737个,用于遗传关联与疾病易感性分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GWAS 目录库 2019」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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util | 1.37 MB | 1 个文件
GWAS Catalog 疾病关联基因集(2023版),共5271个,用于遗传关联与疾病易感性分析。
包含文件:GWAS_Catalog_2023.gmt
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【GWAS 目录库 2023(GWAS_Catalog_2023)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
GWAS Catalog 疾病关联基因集(2023版),共5271个,用于遗传关联与疾病易感性分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GWAS 目录库 2023」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://maayanlab.cloud/Enrichr/
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。GWAS_Catalog_2025 · GWAS 目录库 2025
util | 0.69 MB | 1 个文件
GWAS Catalog 疾病关联基因集(2025版),共2369个,用于遗传关联与疾病易感性分析。
包含文件:GWAS_Catalog_2025.gmt
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【GWAS 目录库 2025(GWAS_Catalog_2025)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
GWAS Catalog 疾病关联基因集(2025版),共2369个,用于遗传关联与疾病易感性分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GWAS 目录库 2025」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。HDSigDB_Mouse_2021 · HDSigDB 小鼠疾病库
util | 13.23 MB | 1 个文件
小鼠疾病相关基因表达签名库(2021版),共2579个,用于模型动物疾病机制与药效研究。
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【HDSigDB 小鼠疾病库(HDSigDB_Mouse_2021)安装教程】—— Enrichr
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· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
小鼠疾病相关基因表达签名库(2021版),共2579个,用于模型动物疾病机制与药效研究。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「HDSigDB 小鼠疾病库」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。HomoloGene · HomoloGene 同源库
util | 0.12 MB | 1 个文件
NCBI 同源基因簇基因集,共12个,用于跨物种基因对应关系与保守性分析。
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【HomoloGene 同源库(HomoloGene)安装教程】—— Enrichr
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■ 本基因集是什么
NCBI 同源基因簇基因集,共12个,用于跨物种基因对应关系与保守性分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
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· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「HomoloGene 同源库」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。Human_Gene_Atlas · 人类基因图谱库
util | 0.31 MB | 1 个文件
基于人类基因图谱表达数据构建的组织特异性基因集,共84个,用于组织溯源与分型分析。
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【人类基因图谱库(Human_Gene_Atlas)安装教程】—— Enrichr
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基于人类基因图谱表达数据构建的组织特异性基因集,共84个,用于组织溯源与分型分析。
■ 文件说明
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· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
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· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
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· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
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· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
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· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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util | 0.09 MB | 1 个文件
IDG 计划整理的药物靶点基因集,共888个,用于靶点成药性与药物研发可行性分析。
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【IDG 药物靶点库(IDG_Drug_Targets_2022)安装教程】—— Enrichr
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IDG 计划整理的药物靶点基因集,共888个,用于靶点成药性与药物研发可行性分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
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2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
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3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
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■ 常见问题
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util | 1.89 MB | 1 个文件
JASPAR 小鼠转录因子位置权重矩阵基因集,共146个,用于小鼠模型转录调控机制分析。
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【JASPAR 小鼠 PWM 库(JASPAR_PWM_Mouse_2025)安装教程】—— Enrichr
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■ 本基因集是什么
JASPAR 小鼠转录因子位置权重矩阵基因集,共146个,用于小鼠模型转录调控机制分析。
■ 文件说明
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■ 使用方法
1. 在线(推荐):
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2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
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· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「JASPAR 小鼠 PWM 库」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
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util | 0.53 MB | 1 个文件
GEO 数据库中激酶扰动实验的下调基因集,用于查询基因在激酶调控下的表达下降变化。
包含文件:Kinase_Perturbations_from_GEO_down.gmt
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【激酶扰动下调基因集(Kinase_Perturbations_from_GEO_down)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
GEO 数据库中激酶扰动实验的下调基因集,用于查询基因在激酶调控下的表达下降变化。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「激酶扰动下调基因集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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util | 0.53 MB | 1 个文件
GEO 数据库中激酶扰动实验的上调基因集,用于查询激酶受抑或激活时的基因表达响应。
包含文件:Kinase_Perturbations_from_GEO_up.gmt
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【激酶扰动上调基因集(Kinase_Perturbations_from_GEO_up)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
GEO 数据库中激酶扰动实验的上调基因集,用于查询激酶受抑或激活时的基因表达响应。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
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· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「激酶扰动上调基因集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
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util | 6.77 MB | 1 个文件
L1000 平台激酶与 GPCR 扰动下调基因集,基于 CMAP 数据构建,用于药物机制方向分析。
包含文件:L1000_Kinase_and_GPCR_Perturbations_down.gmt
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【L1000 激酶GPCR下调(L1000_Kinase_and_GPCR_Perturbations_down)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
L1000 平台激酶与 GPCR 扰动下调基因集,基于 CMAP 数据构建,用于药物机制方向分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「L1000 激酶GPCR下调」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。L1000_Kinase_and_GPCR_Perturbations_up · L1000 激酶GPCR上调
util | 6.85 MB | 1 个文件
L1000 平台激酶与 GPCR 扰动上调基因集,基于 CMAP 数据构建,用于扰动方向与机制分析。
包含文件:L1000_Kinase_and_GPCR_Perturbations_up.gmt
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【L1000 激酶GPCR上调(L1000_Kinase_and_GPCR_Perturbations_up)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
L1000 平台激酶与 GPCR 扰动上调基因集,基于 CMAP 数据构建,用于扰动方向与机制分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「L1000 激酶GPCR上调」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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util | 0.47 MB | 1 个文件
GEO 数据库配体扰动实验的下调基因集,用于研究配体刺激后基因表达的下调响应。
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【GEO 配体扰动下调(Ligand_Perturbations_from_GEO_down)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
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■ 本基因集是什么
GEO 数据库配体扰动实验的下调基因集,用于研究配体刺激后基因表达的下调响应。
■ 文件说明
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■ 使用方法
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2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GEO 配体扰动下调」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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GEO 数据库配体扰动实验的上调基因集,用于研究配体刺激后基因表达的上调响应。
包含文件:Ligand_Perturbations_from_GEO_up.gmt
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【GEO 配体扰动上调(Ligand_Perturbations_from_GEO_up)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
GEO 数据库配体扰动实验的上调基因集,用于研究配体刺激后基因表达的上调响应。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GEO 配体扰动上调」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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LINCS L1000 化学小分子扰动下调基因集,用于筛选药物处理后表达下降的基因与通路。
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· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
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· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「LINCS 化学扰动下调」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
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LINCS L1000 化学小分子扰动上调基因集,用于筛选药物处理后表达上升的基因与通路。
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■ 本基因集是什么
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■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「LINCS 化学扰动上调」,即为成功。
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■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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LINCS L1000 配体扰动下调基因集,覆盖多种配体处理细胞后的基因表达下降特征。
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■ 使用方法
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2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
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res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
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LINCS L1000 配体扰动上调基因集,覆盖多种配体处理细胞后的基因表达上升特征。
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■ 本基因集是什么
LINCS L1000 配体扰动上调基因集,覆盖多种配体处理细胞后的基因表达上升特征。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
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· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
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MGI 哺乳动物表型本体第四级 2021 年版基因集,按精细表型归类小鼠致病基因。
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■ 使用方法
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· 用 clusterProfiler 读取:
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res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
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· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
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· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MGI 哺乳动物表型 L4 2021」,即为成功。
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MGI 哺乳动物表型本体第四级 2024 年版基因集,按精细表型归类小鼠致病基因。
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■ 使用方法
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· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
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3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MGI 哺乳动物表型 L4 2024」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
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GEO 数据库微生物扰动实验的下调基因集,用于病原或菌群刺激后的宿主基因响应研究。
包含文件:Microbe_Perturbations_from_GEO_down.gmt
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· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
GEO 数据库微生物扰动实验的下调基因集,用于病原或菌群刺激后的宿主基因响应研究。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GEO 微生物扰动下调」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
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util | 0.64 MB | 1 个文件
GEO 数据库微生物扰动实验的上调基因集,用于病原或菌群刺激后的宿主基因响应研究。
包含文件:Microbe_Perturbations_from_GEO_up.gmt
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■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
GEO 数据库微生物扰动实验的上调基因集,用于病原或菌群刺激后的宿主基因响应研究。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GEO 微生物扰动上调」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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util | 0.04 MB | 1 个文件
MSigDB 标志性基因集 2020 年版,50 个高度一致的功能通路,用于整体生物学过程分析。
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■ 本基因集是什么
MSigDB 标志性基因集 2020 年版,50 个高度一致的功能通路,用于整体生物学过程分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MSigDB 标志基因集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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util | 0.19 MB | 1 个文件
MSigDB 致癌特征基因集,汇集肿瘤驱动通路与癌基因激活标志,用于肿瘤机制分析。
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■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
MSigDB 致癌特征基因集,汇集肿瘤驱动通路与癌基因激活标志,用于肿瘤机制分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MSigDB 致癌特征集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
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NCI-Nature 通路数据库 2016 年版基因集,收录人工审编的信号转导与调控通路。
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【NCI-Nature 通路 2016(NCI-Nature_2016)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
NCI-Nature 通路数据库 2016 年版基因集,收录人工审编的信号转导与调控通路。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「NCI-Nature 通路 2016」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。NURSA_Human_Endogenous_Complexome · NURSA 内源复合物组
util | 1.72 MB | 1 个文件
NURSA 人内源性复合物组基因集,收录核受体相关蛋白复合体成员,用于复合物功能分析。
包含文件:NURSA_Human_Endogenous_Complexome.gmt
安装教程(点击展开)
【NURSA 内源复合物组(NURSA_Human_Endogenous_Complexome)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
NURSA 人内源性复合物组基因集,收录核受体相关蛋白复合体成员,用于复合物功能分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「NURSA 内源复合物组」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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util | 3.94 MB | 1 个文件
旧版 Connectivity Map 扰动下调基因集,基于早期芯片数据构建,用于药物机制比较。
包含文件:Old_CMAP_down.gmt
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【旧版 CMAP 下调(Old_CMAP_down)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
旧版 Connectivity Map 扰动下调基因集,基于早期芯片数据构建,用于药物机制比较。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「旧版 CMAP 下调」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。Old_CMAP_up · 旧版 CMAP 上调
util | 3.8 MB | 1 个文件
旧版 Connectivity Map 扰动上调基因集,基于早期芯片数据构建,用于药物机制比较。
包含文件:Old_CMAP_up.gmt
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【旧版 CMAP 上调(Old_CMAP_up)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
旧版 Connectivity Map 扰动上调基因集,基于早期芯片数据构建,用于药物机制比较。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「旧版 CMAP 上调」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。OMIM_Expanded · OMIM 扩展疾病集
util | 0.1 MB | 1 个文件
OMIM 扩展版疾病基因集,在疾病基因基础上补充表型字段,覆盖更多遗传病条目。
包含文件:OMIM_Expanded.gmt
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【OMIM 扩展疾病集(OMIM_Expanded)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
OMIM 扩展版疾病基因集,在疾病基因基础上补充表型字段,覆盖更多遗传病条目。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「OMIM 扩展疾病集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
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· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。Panther_2015 · PANTHER 通路 2015
util | 0.03 MB | 1 个文件
PANTHER 分类系统 2015 年版通路基因集,汇总保守的蛋白功能分类与信号通路。
包含文件:Panther_2015.gmt
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【PANTHER 通路 2015(Panther_2015)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
PANTHER 分类系统 2015 年版通路基因集,汇总保守的蛋白功能分类与信号通路。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
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2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「PANTHER 通路 2015」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
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util | 0.04 MB | 1 个文件
PANTHER 分类系统 2016 年版通路基因集,汇总保守的蛋白功能分类与信号通路。
包含文件:Panther_2016.gmt
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【PANTHER 通路 2016(Panther_2016)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
PANTHER 分类系统 2016 年版通路基因集,汇总保守的蛋白功能分类与信号通路。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「PANTHER 通路 2016」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。PerturbAtlas_MouseGenePerturbationSigs · 扰动图谱小鼠特征
util | 4.74 MB | 1 个文件
扰动图谱中的小鼠基因扰动特征集,用于小鼠模型里基因敲减或过表达的效应分析。
包含文件:PerturbAtlas_MouseGenePerturbationSigs.gmt
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【扰动图谱小鼠特征(PerturbAtlas_MouseGenePerturbationSigs)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
扰动图谱中的小鼠基因扰动特征集,用于小鼠模型里基因敲减或过表达的效应分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「扰动图谱小鼠特征」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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util | 2.13 MB | 1 个文件
Replogle 等 Perturb-seq 研究 K562 细胞的基因扰动数据集,用于功能基因筛选分析。
包含文件:PerturbSeq_ReplogleK562.gmt
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【K562细胞扰动数据集(PerturbSeq_ReplogleK562)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
Replogle 等 Perturb-seq 研究 K562 细胞的基因扰动数据集,用于功能基因筛选分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「K562细胞扰动数据集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。Phosphatase_Substrates_from_DEPOD · DEPOD 磷酸酶底物
util | 0.01 MB | 1 个文件
DEPOD 数据库磷酸酶底物基因集,收录去磷酸化作用底物,用于磷酸化调控网络分析。
包含文件:Phosphatase_Substrates_from_DEPOD.gmt
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【DEPOD 磷酸酶底物(Phosphatase_Substrates_from_DEPOD)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
DEPOD 数据库磷酸酶底物基因集,收录去磷酸化作用底物,用于磷酸化调控网络分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「DEPOD 磷酸酶底物」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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util | 1.56 MB | 1 个文件
蛋白组药物图谱 2023 基因集,记录药物处理后的蛋白组变化,用于药物机制与靶点分析。
包含文件:Proteomics_Drug_Atlas_2023.gmt
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【蛋白组药物图谱 2023(Proteomics_Drug_Atlas_2023)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
蛋白组药物图谱 2023 基因集,记录药物处理后的蛋白组变化,用于药物机制与靶点分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「蛋白组药物图谱 2023」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。ProteomicsDB_2020 · ProteomicsDB 蛋白组
util | 2.33 MB | 1 个文件
ProteomicsDB 2020 年版蛋白表达基因集,基于质谱数据整理各组织蛋白丰度信息。
包含文件:ProteomicsDB_2020.gmt
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【ProteomicsDB 蛋白组(ProteomicsDB_2020)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
ProteomicsDB 2020 年版蛋白表达基因集,基于质谱数据整理各组织蛋白丰度信息。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ProteomicsDB 蛋白组」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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util | 1.04 MB | 1 个文件
系统整理的肌肉组织相关基因集,涵盖骨骼肌与心肌的发育、代谢及疾病相关基因,用于肌肉研究。
包含文件:SysMyo_Muscle_Gene_Sets.gmt
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【SysMyo 肌肉基因集(SysMyo_Muscle_Gene_Sets)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
系统整理的肌肉组织相关基因集,涵盖骨骼肌与心肌的发育、代谢及疾病相关基因,用于肌肉研究。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「SysMyo 肌肉基因集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://maayanlab.cloud/Enrichr/
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。TF-LOF_Expression_from_GEO · TF 功能缺失表达集
util | 2.53 MB | 1 个文件
汇总 GEO 中转录因子功能缺失实验产生的表达变化基因集,用于分析转录因子缺失的下游影响。
包含文件:TF-LOF_Expression_from_GEO.gmt
安装教程(点击展开)
【TF 功能缺失表达集(TF-LOF_Expression_from_GEO)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
汇总 GEO 中转录因子功能缺失实验产生的表达变化基因集,用于分析转录因子缺失的下游影响。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「TF 功能缺失表达集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。Tissue_Protein_Expression_from_Human_Proteome_Map · 人类蛋白图谱组织表达
util | 0.13 MB | 1 个文件
来自 Human Proteome Map 的组织蛋白质表达基因集,用于分析基因在不同人体组织中的表达分布。
包含文件:Tissue_Protein_Expression_from_Human_Proteome_Map.gmt
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【人类蛋白图谱组织表达(Tissue_Protein_Expression_from_Human_Proteome_Map)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
来自 Human Proteome Map 的组织蛋白质表达基因集,用于分析基因在不同人体组织中的表达分布。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「人类蛋白图谱组织表达」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。UK_Biobank_GWAS_v1 · 英国生物库全基因组关联
util | 0.67 MB | 1 个文件
基于英国生物样本库 GWAS 结果整理的基因集第 v1 版,收录与多种性状相关的显著关联基因。
包含文件:UK_Biobank_GWAS_v1.gmt
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【英国生物库全基因组关联(UK_Biobank_GWAS_v1)安装教程】—— Enrichr
■ 前置条件
· 需要做富集分析:可用 Enrichr 官网、GSEA、clusterProfiler(R)等工具读取基因集文件。
■ 本基因集是什么
基于英国生物样本库 GWAS 结果整理的基因集第 v1 版,收录与多种性状相关的显著关联基因。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:基因集文件(.gmt)。
· .gmt 是 Gene Matrix Transposed 基因集文件(每行:基因集名 + 描述 + 基因列表)。
■ 使用方法
1. 在线(推荐):
· 打开 Enrichr 官网 → 若列表里已有该库,直接勾选使用;
· 若是自建库,用 Enrichr 的 “Add library” 或上传 GMT 的方式导入。
2. 本地(R):
· 用 clusterProfiler 读取:
gs <- read.gmt("本目录 .gmt 完整路径")
res <- enricher(你的基因列表, TERM2GENE = gs)
3. 本地(Python):
· 用 gseapy: gs = gseapy.read_gmt("本目录 .gmt 完整路径")
4. 验证:读入后基因集条数正常、名字列表显示完整即为成功。
■ 常见问题
· 中文乱码:GMT 是纯文本,用 UTF-8 打开;不要用 Excel 直接保存(会破坏分隔符)。
· 基因名对不上:不同物种的基因符号规则不同(人用大写、小鼠首字母大写),注意匹配。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「英国生物库全基因组关联」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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