GenePattern 插件合集（共 167 个）

【基因集富集星座图（ConstellationMap）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   针对基因集富集结果的下游可视化工具，以交互式网络图展示富集通路之间的关联关系。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「基因集富集星座图」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「基因集富集星座图」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「基因集富集星座图」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/ConstellationMap
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【层次聚类结果查看器（HierarchicalClusteringViewer）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   交互式查看层次聚类结果，可调整热图与树枝显示方式，深入浏览聚类结构。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「层次聚类结果查看器」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「层次聚类结果查看器」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「层次聚类结果查看器」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/HierarchicalClusteringViewer
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【MyVariant 变异注释（MyVariantAnnotation）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   调用 myvariant.info 服务为变异位点批量添加功能、频率与临床相关注释信息。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「MyVariant 变异注释」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「MyVariant 变异注释」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MyVariant 变异注释」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/MyVariantAnnotation
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【单细胞聚类分析（single_cell_clustering_notebook）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   单细胞 RNA 测序数据聚类分析的 GenePattern 交互式笔记本。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「单细胞聚类分析」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「单细胞聚类分析」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「单细胞聚类分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/single_cell_clustering_notebook
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【STREAM二维可视化（STREAM.Plot2DVisualization）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   绘制UMAP或tSNE的验证图，直观展示单细胞数据的二维分布结构。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「STREAM二维可视化」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「STREAM二维可视化」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「STREAM二维可视化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/STREAM.Plot2DVisualization
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【可视化启动器（VisualizerLauncher）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   从桌面启动GenePattern可视化工具，快速打开结果查看与交互界面。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「可视化启动器」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「可视化启动器」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「可视化启动器」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/VisualizerLauncher
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【AmpliconSuite 扩增区识别（AmpliconSuite）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   封装 AmpliconSuite-pipeline 工作流，从拷贝数数据中识别相互连通的基因组扩增区域。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「AmpliconSuite 扩增区识别」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「AmpliconSuite 扩增区识别」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「AmpliconSuite 扩增区识别」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/AmpliconSuite
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【计算转化基因组学工具（computational-translational-genomics）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   用于计算转化基因组学研究的一整套软件工具，支持数据准备与分析流程。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「计算转化基因组学工具」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「计算转化基因组学工具」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「计算转化基因组学工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/computational-translational-genomics
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【容器化服务器（containerized-server）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   构建Docker或Singularity容器化GenePattern服务器栈的脚本，支持编排部署。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「容器化服务器」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「容器化服务器」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「容器化服务器」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/containerized-server
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【AWS容器通用脚本（docker-aws-common-scripts）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   GenePattern模块所用Docker与AWS Batch容器的通用脚本集合，便于复用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「AWS容器通用脚本」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「AWS容器通用脚本」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「AWS容器通用脚本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/docker-aws-common-scripts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【MutSigCV容器模块（docker-mutsigcv）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   MutSigCV模块的Docker与AWS Batch容器，用于识别显著突变的癌症基因。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「MutSigCV容器模块」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「MutSigCV容器模块」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MutSigCV容器模块」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/docker-mutsigcv
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Perl容器环境（docker-perl52）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   Perl 5.20容器环境，支持GenePattern模块在Docker或AWS Batch上运行。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「Perl容器环境」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「Perl容器环境」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Perl容器环境」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/docker-perl52
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Python3.6容器环境（docker-python36）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   Python 3.6.2容器环境，用于在AWS Batch上运行GenePattern的Python模块。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「Python3.6容器环境」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「Python3.6容器环境」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Python3.6容器环境」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/docker-python36
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Python3.7容器环境（docker-python37）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   Python 3.7容器环境，用于在AWS Batch上运行GenePattern的Python模块。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「Python3.7容器环境」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「Python3.7容器环境」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Python3.7容器环境」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/docker-python37
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【R2.10容器环境（docker-r-2-10）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   R 2.10容器环境，用于在Docker或AWS Batch上运行依赖该版本的GenePattern模块。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「R2.10容器环境」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「R2.10容器环境」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「R2.10容器环境」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/docker-r-2-10
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【R2.11容器环境（docker-r-2-11）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   R 2.11容器环境，用于在Docker或AWS Batch上运行依赖该版本的GenePattern模块。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「R2.11容器环境」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「R2.11容器环境」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「R2.11容器环境」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/docker-r-2-11
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【R2.14容器环境（docker-r-2-14）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   R 2.14容器环境，用于在Docker或AWS Batch上运行依赖该版本的GenePattern模块。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「R2.14容器环境」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「R2.14容器环境」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「R2.14容器环境」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/docker-r-2-14
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【R2.15容器环境（docker-r-2-15）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   R 2.15容器环境，用于在Docker或AWS Batch上运行依赖该版本的GenePattern模块。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「R2.15容器环境」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「R2.15容器环境」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「R2.15容器环境」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/docker-r-2-15
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【R2.5容器环境（docker-r-2-5）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   R 2.5容器环境，用于在Docker或AWS Batch上运行依赖该旧版本的GenePattern模块。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「R2.5容器环境」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「R2.5容器环境」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「R2.5容器环境」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/docker-r-2-5
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【R2.7容器环境（docker-r-2-7）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   R 2.7容器环境，用于在Docker或AWS Batch上运行依赖该版本的GenePattern模块。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「R2.7容器环境」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「R2.7容器环境」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「R2.7容器环境」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/docker-r-2-7
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【R 2.8 容器（docker-r-2-8）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   基于 R 2.8 的 GenePattern 模块容器，可在 Docker 或 AWS Batch 中运行分析模块。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「R 2.8 容器」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「R 2.8 容器」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「R 2.8 容器」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/docker-r-2-8
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【R 3.1.3 容器（docker-r-3-13）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   R 3.1.3 的 GenePattern 模块 Docker 容器，可在 Docker 或 AWS Batch 中运行。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「R 3.1.3 容器」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「R 3.1.3 容器」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「R 3.1.3 容器」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/docker-r-3-13
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【R 3.2 容器（docker-r-3-2）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   基于 R 3.2 的 GenePattern 模块容器，支持在 Docker 与 AWS Batch 中批量运行。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「R 3.2 容器」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「R 3.2 容器」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「R 3.2 容器」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/docker-r-3-2
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Seurat 脚本容器（docker-r-seurat-scripts）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   封装 bioconda 的 r-seurat-scripts 包与生物容器的 GenePattern 包装模块。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「Seurat 脚本容器」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「Seurat 脚本容器」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Seurat 脚本容器」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/docker-r-seurat-scripts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【模块开发工具包（module-devkit）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   GenePattern 模块开发辅助工具，提供打包与发布模块的脚本。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「模块开发工具包」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「模块开发工具包」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「模块开发工具包」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/module-devkit
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【R 模块编写教程（RTutorialModule）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   用 R 语言编写 GenePattern 模块的入门教程，演示模块结构、参数定义与打包发布流程。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「R 模块编写教程」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「R 模块编写教程」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「R 模块编写教程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/RTutorialModule
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【工作坊教学笔记本（workshop-notebooks）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   用于 GenePattern 培训工作坊教学演示的笔记本集合，覆盖典型分析流程。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「工作坊教学笔记本」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「工作坊教学笔记本」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「工作坊教学笔记本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/workshop-notebooks
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Affy ST 表达文件创建（AffySTExpressionFileCreator）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   将 Affymetrix ST 芯片的 CEL 原始文件批量转换为 GCT 表达矩阵文件，便于后续差异表达分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「Affy ST 表达文件创建」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「Affy ST 表达文件创建」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Affy ST 表达文件创建」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/AffySTExpressionFileCreator
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【BWA 序列比对（BWA_module）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   封装 BWA 比对工具，将测序读段比对上参考基因组并生成比对文件，是变异检测的前置步骤。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「BWA 序列比对」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「BWA 序列比对」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BWA 序列比对」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/BWA_module
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【CLS 类标签文件创建（ClsFileCreator）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   从 GCT 表达矩阵文件生成 CLS 分类标签文件，标明每个样本所属类别，供分类与差异分析使用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「CLS 类标签文件创建」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「CLS 类标签文件创建」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CLS 类标签文件创建」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/ClsFileCreator
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Amaretto社区模块（community-amaretto）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   community-amaretto模块的Docker构建文件与模块制品，用于打包部署。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「Amaretto社区模块」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「Amaretto社区模块」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Amaretto社区模块」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/community-amaretto
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GDC下载容器（docker-download-from-gdc）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   用于从GDC下载数据的GenePattern Docker容器模块，支持批量获取文件。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「GDC下载容器」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「GDC下载容器」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GDC下载容器」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/docker-download-from-gdc
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【表达矩阵文件创建（ExpressionFileCreator）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   从 Affymetrix 芯片的 CEL 原始文件生成 GCT 表达矩阵文件，为后续分析准备标准输入数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「表达矩阵文件创建」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「表达矩阵文件创建」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「表达矩阵文件创建」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/ExpressionFileCreator
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【样本保留过滤（keepSamples）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   按 keeplist 文件过滤数据集，仅保留指定样本，属于 Achilles 工作流。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「样本保留过滤」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「样本保留过滤」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「样本保留过滤」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/keepSamples
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【笔记本运行容器（notebook-docker）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   支撑 GenePattern Notebook 运行环境的 Docker 镜像定义文件集合。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「笔记本运行容器」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「笔记本运行容器」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「笔记本运行容器」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/notebook-docker
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Picard 比对文件排序（Picard.SortSAM）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   封装 Picard SortSam 工具，按坐标或读段名称排序比对文件，生成规范化的 BAM 文件。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「Picard 比对文件排序」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「Picard 比对文件排序」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Picard 比对文件排序」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/Picard.SortSAM
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【样本移除（removeSamples）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   按照给定的样本列表，从 .gct 格式数据集中移除指定样本，便于筛选。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「样本移除」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「样本移除」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「样本移除」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/removeSamples
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【SNP 文件创建（SNPFileCreator）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   从基因型数据生成 GenePattern 的 SNP 格式文件，为后续关联分析准备标准输入数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「SNP 文件创建」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「SNP 文件创建」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「SNP 文件创建」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/SNPFileCreator
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【列拆分工具（SplitColumns）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   按指定列将输入文件拆分为多个独立文件，便于按分组分别开展后续分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「列拆分工具」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「列拆分工具」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「列拆分工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/SplitColumns
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【TXT 转 ODF（txt2odf.20211130.colparams）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   将 TXT 文件转换为可供其他 GenePattern 模块使用的 ODF 文件。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「TXT 转 ODF」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「TXT 转 ODF」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「TXT 转 ODF」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/txt2odf.20211130.colparams
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【比较标志物筛选（ComparativeMarkerSelection）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   比较两类样本的表达谱，筛选能区分不同类别样本的差异表达基因，并给出显著性统计量。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「比较标志物筛选」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「比较标志物筛选」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「比较标志物筛选」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/ComparativeMarkerSelection
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Alevin 结果转换（Convert.Alevin）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   将 alevin 单细胞定量结果转换为 GenePattern 通用格式，方便接入平台内的下游分析流程。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「Alevin 结果转换」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「Alevin 结果转换」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Alevin 结果转换」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/Convert.Alevin
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Cuffdiff 结果分析（CummeRbund）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   读取 Cuffdiff 差异表达结果并做可视化与统计比较，便于分析转录本表达与可变剪接变化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「Cuffdiff 结果分析」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「Cuffdiff 结果分析」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Cuffdiff 结果分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/CummeRbund
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【差异表达分析模式（differential-expression-modalities）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   若干差异表达分析的实现模式，提供多种统计方案用于比较基因表达差异。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「差异表达分析模式」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「差异表达分析模式」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「差异表达分析模式」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/differential-expression-modalities
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【差异表达结果查看器（DifferentialExpressionViewer）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   可视化查看 ComparativeMarkerSelection 的差异分析结果，交互浏览基因排序与统计指标。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「差异表达结果查看器」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「差异表达结果查看器」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「差异表达结果查看器」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/DifferentialExpressionViewer
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【ESI-MS 肽段信号预测（ESPPredictor）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   预测胰蛋白酶酶切肽段在电喷雾质谱中的信号强度，辅助挑选更易检出的目标肽段。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「ESI-MS 肽段信号预测」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「ESI-MS 肽段信号预测」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ESI-MS 肽段信号预测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/ESPPredictor
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【云端用量报告（gpcloud-report）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   统计并生成 GenePattern 云服务器使用情况的报告工具。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「云端用量报告」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「云端用量报告」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「云端用量报告」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/gpcloud-report
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【HTSeq 读段计数（HTSeq.Count）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   基于 HTSeq 统计比对到各个基因特征的读段数目，生成表达计数矩阵供差异分析使用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「HTSeq 读段计数」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「HTSeq 读段计数」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「HTSeq 读段计数」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/HTSeq.Count
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Kallisto 转录本定量（Kallisto.Quant）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   在 GenePattern Notebook 中运行 Kallisto，对 RNA-seq 数据做转录本水平的快速定量。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「Kallisto 转录本定量」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「Kallisto 转录本定量」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Kallisto 转录本定量」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/Kallisto.Quant
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【HTSeq 计数结果合并（MergeHTSeqCounts）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   将多个样本的 HTSeq 读段计数文件合并成一张表格，便于统一开展下游差异表达分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「HTSeq 计数结果合并」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「HTSeq 计数结果合并」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「HTSeq 计数结果合并」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/MergeHTSeqCounts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【RNA 速率转录组预处理（PreprocessVelocityTranscriptome）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   为 RNA 速率分析预处理转录组数据，完成剪接与未剪接读段计数等前期准备工作。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「RNA 速率转录组预处理」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「RNA 速率转录组预处理」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「RNA 速率转录组预处理」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/PreprocessVelocityTranscriptome
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Salmon定量模块（Salmon）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   调用Salmon进行RNA-seq转录本定量，快速估计表达丰度且无需比对。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「Salmon定量模块」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「Salmon定量模块」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Salmon定量模块」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/Salmon
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Salmon单细胞定量（Salmon.Alevin.Quant）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   Salmon Alevin单细胞RNA-seq定量包装模块，输出细胞与基因的计数矩阵。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「Salmon单细胞定量」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「Salmon单细胞定量」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Salmon单细胞定量」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/Salmon.Alevin.Quant
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Salmon索引构建（Salmon.Indexer）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   为Salmon定量构建转录组索引，是后续定量分析前的必要准备步骤。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「Salmon索引构建」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「Salmon索引构建」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Salmon索引构建」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/Salmon.Indexer
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Salmon定量包装（Salmon.Quant）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   Salmon定量功能的包装模块，基于索引文件完成转录本表达量估计。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「Salmon定量包装」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「Salmon定量包装」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Salmon定量包装」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/Salmon.Quant
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【转录本定量差异分析（tximport.DESeq2）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   封装 tximport 与 DESeq2 流程的 GenePattern 差异表达分析模块。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「转录本定量差异分析」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「转录本定量差异分析」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「转录本定量差异分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/tximport.DESeq2
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Voom标准化（VoomNormalize）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   基于limma voom方法对RNA-seq计数数据进行标准化，便于下游差异分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「Voom标准化」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「Voom标准化」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Voom标准化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/VoomNormalize
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Seurat 容器（docker-seurat）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   在 GenePattern Notebook 环境中运行 Seurat 单细胞分析的 Docker 容器。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「Seurat 容器」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「Seurat 容器」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Seurat 容器」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/docker-seurat
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【示例笔记本（example-notebooks）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   演示 GenePattern Notebook 环境各项功能用法的示例笔记本集合。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「示例笔记本」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「示例笔记本」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「示例笔记本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/example-notebooks
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【精选笔记本（featured-notebooks）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   在 notebook.genepattern.org 上作为精选内容发布的笔记本仓库。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「精选笔记本」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「精选笔记本」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「精选笔记本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/featured-notebooks
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【笔记本模板库（gp-notebook-template）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   创建 GenePattern Notebook 分析的标准模板仓库，便于快速搭建新项目。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「笔记本模板库」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「笔记本模板库」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「笔记本模板库」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/gp-notebook-template
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【笔记本旧版网站（gpnotebook-website）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   GenePattern Notebook 旧版官方网站的源代码仓库。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「笔记本旧版网站」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「笔记本旧版网站」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「笔记本旧版网站」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/gpnotebook-website
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【笔记本网站文档（gpnotebook-website-docs）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   GenePattern Notebook 官方网站配套文档的源码仓库。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「笔记本网站文档」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「笔记本网站文档」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「笔记本网站文档」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/gpnotebook-website-docs
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【甲基化拷贝数分析（methylation_cnv_analysis_notebook）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   基于 450k 与 EPIC 甲基化芯片的拷贝数变异分析 GenePattern 笔记本。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「甲基化拷贝数分析」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「甲基化拷贝数分析」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「甲基化拷贝数分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/methylation_cnv_analysis_notebook
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【笔记本内容管理（notebook-cms）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   GenePattern Notebook 的内容管理系统模块，用于管理笔记本内容资源。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「笔记本内容管理」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「笔记本内容管理」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「笔记本内容管理」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/notebook-cms
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【笔记本门户网站（notebook-portal）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   GenePattern Notebook 的官方网站与门户系统源码。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「笔记本门户网站」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「笔记本门户网站」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「笔记本门户网站」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/notebook-portal
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【笔记本导览（notebook-tour）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   对 GenePattern 笔记本仓库进行简单网页导览展示的应用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「笔记本导览」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「笔记本导览」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「笔记本导览」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/notebook-tour
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【笔记本运行 Seurat（seurat-on-gpnb）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   在 GenePattern Notebook 中运行 Seurat 单细胞分析的工具模块。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「笔记本运行 Seurat」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「笔记本运行 Seurat」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「笔记本运行 Seurat」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/seurat-on-gpnb
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【ssGSEA 分析笔记本（ssGSEA-notebook）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   用于执行 ssGSEA 基因集富集分析的 GenePattern Notebook。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「ssGSEA 分析笔记本」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「ssGSEA 分析笔记本」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ssGSEA 分析笔记本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/ssGSEA-notebook
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【DAPPLE 疾病蛋白网络（DAPPLE）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   疾病相关蛋白互作连接评估工具，检验疾病易感基因对应的蛋白在互作网络中是否显著互联。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「DAPPLE 疾病蛋白网络」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「DAPPLE 疾病蛋白网络」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「DAPPLE 疾病蛋白网络」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/DAPPLE
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GEO 数据导入（GEOImporter）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   从基因表达综合数据库 GEO 导入数据集与样本元信息，直接生成平台可用的表达数据文件。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「GEO 数据导入」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「GEO 数据导入」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GEO 数据导入」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/GEOImporter
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【表达热图生成（HeatMapImage）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   将表达数据集渲染为热图图像，直观展示基因与样本之间的表达模式差异。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「表达热图生成」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「表达热图生成」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「表达热图生成」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/HeatMapImage
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GeneLab 客户端（notebook-genelab-client）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   用于连接 NASA GeneLab 系统的 GenePattern 笔记本客户端工具。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「GeneLab 客户端」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「GeneLab 客户端」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GeneLab 客户端」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/notebook-genelab-client
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【TCGA数据导入（TCGAImporter）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   读取GDC清单文件并下载其中列出的数据文件，同时重命名为易读的文件名。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「TCGA数据导入」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「TCGA数据导入」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「TCGA数据导入」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/TCGAImporter
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【TCGA导入笔记本（TCGAImporter-notebooks）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   使用TCGAImporter生成不同数据集的GenePattern笔记本集合，附完整示例。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「TCGA导入笔记本」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「TCGA导入笔记本」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「TCGA导入笔记本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/TCGAImporter-notebooks
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【CellFie 代谢任务推断（CellFie）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   由转录组数据推断细胞代谢任务活跃度，评估各代谢功能模块的表达水平，用于代谢表型分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「CellFie 代谢任务推断」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「CellFie 代谢任务推断」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CellFie 代谢任务推断」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/CellFie
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GISTIC容器模块（docker-gistic）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   GISTIC 2.0.23的Docker容器，用于检测基因组拷贝数显著变化区域。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「GISTIC容器模块」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「GISTIC容器模块」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GISTIC容器模块」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/docker-gistic
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【单细胞工具包容器（docker-sctk）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   R 语言单细胞工具包 sctk 的 Docker 模块，用于单细胞数据的处理与分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「单细胞工具包容器」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「单细胞工具包容器」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「单细胞工具包容器」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/docker-sctk
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【测序数据质控（FastQC）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   对高通量测序原始数据做质量评估，输出碱基质量、GC 含量、接头污染等质控报告。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「测序数据质控」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「测序数据质控」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「测序数据质控」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/FastQC
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GISTIC 2.0 拷贝数分析（GISTIC_2.0）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   在肿瘤基因组中识别显著扩增或缺失的染色体区域，找出驱动肿瘤发生的关键拷贝数变异。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「GISTIC 2.0 拷贝数分析」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「GISTIC 2.0 拷贝数分析」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GISTIC 2.0 拷贝数分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/GISTIC_2.0
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【MACS3 富集峰识别（MACS3.CallPeaks）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   调用 MACS3 从比对结果中识别富集峰，定位蛋白结合位点或开放染色质区域。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「MACS3 富集峰识别」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「MACS3 富集峰识别」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MACS3 富集峰识别」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/MACS3.CallPeaks
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【甲基化拷贝数分析（MethylationCNVAnalysis）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   从 DNA 甲基化芯片数据推断拷贝数变异，识别肿瘤样本中发生的扩增与缺失事件。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「甲基化拷贝数分析」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「甲基化拷贝数分析」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「甲基化拷贝数分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/MethylationCNVAnalysis
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【MutPanning 突变识别（MutPanning）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   以 Docker 方式运行 MutPanning 单细胞工具，从测序数据中识别非编码区的显著突变。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「MutPanning 突变识别」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「MutPanning 突变识别」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MutPanning 突变识别」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/MutPanning
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【MutSigCV 驱动基因识别（MutSigCV）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   结合突变协变量模型分析肿瘤基因组，识别突变率显著高于背景的驱动基因。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「MutSigCV 驱动基因识别」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「MutSigCV 驱动基因识别」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MutSigCV 驱动基因识别」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/MutSigCV
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【OpenCRAVAT 变异注释（OpenCRAVAT）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   以 GenePattern 模块形式运行 OpenCRAVAT，为变异位点提供多数据库的综合功能注释。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「OpenCRAVAT 变异注释」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「OpenCRAVAT 变异注释」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「OpenCRAVAT 变异注释」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/OpenCRAVAT
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【RNA 测序预处理（preprocessing-rnaseq）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   面向 RNA 测序数据的预处理分析模块，用于表达数据的规范化处理。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「RNA 测序预处理」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「RNA 测序预处理」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「RNA 测序预处理」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/preprocessing-rnaseq
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【REVEALER 互补变异发现（REVEALER）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   基于条件熵与冗余度的迭代评估方法，寻找与功能激活或药物反应互补匹配的基因组变异组合。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「REVEALER 互补变异发现」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「REVEALER 互补变异发现」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「REVEALER 互补变异发现」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/REVEALER
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Scanpy质控模块（ScanpyQC）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   基于Scanpy的单细胞数据质控模块，计算质控指标并筛选高质量细胞。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「Scanpy质控模块」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「Scanpy质控模块」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Scanpy质控模块」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/ScanpyQC
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Scanpy预处理工具（ScanpyUtilities）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   使用Scanpy完成单细胞数据注释与过滤等预处理操作，输出标准化矩阵。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「Scanpy预处理工具」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「Scanpy预处理工具」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Scanpy预处理工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/ScanpyUtilities
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Seurat数据整合（Seurat.IntegrateData）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   实现Seurat中的批次校正算法，整合多批次单细胞数据以消除技术偏差。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「Seurat数据整合」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「Seurat数据整合」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Seurat数据整合」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/Seurat.IntegrateData
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Seurat预处理（Seurat.Preprocessing）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   Seurat套件中的预处理模块，完成单细胞数据标准化与高变基因筛选。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「Seurat预处理」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「Seurat预处理」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Seurat预处理」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/Seurat.Preprocessing
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Seurat质量控制（Seurat.QC）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   使用Seurat对单细胞RNA-seq数据进行质量控制，过滤低质量细胞与基因。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「Seurat质量控制」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「Seurat质量控制」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Seurat质量控制」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/Seurat.QC
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【单细胞数据整合（single-cell-data-harmonization）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   面向单细胞 RNA 测序数据的批次校正与数据整合处理方法，消除批次效应。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「单细胞数据整合」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「单细胞数据整合」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「单细胞数据整合」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/single-cell-data-harmonization
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【STREAM标签特异标志物（STREAM.DetectLabelSpecificMarkers）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   比较不同细胞群体间的基因表达，检测各群体特异的标志基因，用于区分与注释细胞类型。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「STREAM标签特异标志物」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「STREAM标签特异标志物」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「STREAM标签特异标志物」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/STREAM.DetectLabelSpecificMarkers
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【测序数据修剪（Trimmomatic）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   修剪 Illumina 测序数据中的接头与低质量碱基，提升下游比对与组装质量。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「测序数据修剪」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「测序数据修剪」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「测序数据修剪」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/Trimmomatic
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Conos 联合聚类（Conos.Cluster）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   Conos 单细胞分析流程第 2 步，基于构建的细胞图做联合聚类，识别跨样本一致的细胞类型。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「Conos 联合聚类」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「Conos 联合聚类」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Conos 联合聚类」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/Conos.Cluster
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Conos 数据预处理（Conos.Preprocess）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   Conos 单细胞分析流程第 1 步，读取并预处理各样本数据，构建细胞图供后续联合聚类使用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「Conos 数据预处理」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「Conos 数据预处理」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Conos 数据预处理」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/Conos.Preprocess
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【FLAME 最优簇数选择（FLAMEChooseOptimalClusterNumber）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   根据用户指定的评价准则，为流式细胞数据中每个样本确定最佳的聚类数目。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「FLAME 最优簇数选择」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「FLAME 最优簇数选择」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「FLAME 最优簇数选择」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/FLAMEChooseOptimalClusterNumber
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【FLAME 跨样本簇匹配（FLAMEMetacluster）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   在数据集全部样本之间匹配相同的细胞群体，并汇总各样本群体参数生成统一表格。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「FLAME 跨样本簇匹配」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「FLAME 跨样本簇匹配」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「FLAME 跨样本簇匹配」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/FLAMEMetacluster
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【层次聚类分析（HierarchicalClustering）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   对表达数据做层次聚类，按样本与基因之间的相似度逐级合并，形成树状聚类结构。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「层次聚类分析」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「层次聚类分析」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「层次聚类分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/HierarchicalClustering
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【层次聚类树图输出（HierarchicalClusteringImage）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   将层次聚类生成的树状图输出为图像文件，便于结果保存与论文配图使用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「层次聚类树图输出」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「层次聚类树图输出」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「层次聚类树图输出」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/HierarchicalClusteringImage
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【最近模板类别预测（NearestTemplatePrediction）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   基于标志基因列表构建类别模板，用最近邻方法预测待测样本所属的类别。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「最近模板类别预测」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「最近模板类别预测」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「最近模板类别预测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/NearestTemplatePrediction
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【NMF 一致性聚类（NMFClustering）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   实现非负矩阵分解一致性聚类算法，可在 SDSC Expanse 的 GPU 节点上高效运行。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「NMF 一致性聚类」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「NMF 一致性聚类」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「NMF 一致性聚类」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/NMFClustering
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Seurat聚类分析（Seurat.Clustering）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   对Seurat RDS文件进行聚类与差异表达分析，识别细胞群体并输出标记基因。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「Seurat聚类分析」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「Seurat聚类分析」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Seurat聚类分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/Seurat.Clustering
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Seurat单细胞ATAC（Seurat.scATAC-seq）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   Seurat单细胞ATAC-seq分析模块，处理染色质可及性数据并完成降维聚类。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「Seurat单细胞ATAC」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「Seurat单细胞ATAC」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Seurat单细胞ATAC」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/Seurat.scATAC-seq
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Cox 比例风险回归（CoxRegression）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   结合临床数据与 CLS 分类文件做 Cox 比例风险回归，评估基因表达对生存时间的影响。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「Cox 比例风险回归」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「Cox 比例风险回归」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Cox 比例风险回归」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/CoxRegression
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【模块输出结果比对（DiffModule）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   将模块实际运行的输出结果与已知正确文件逐项比对，多用于模块开发中的回归测试。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「模块输出结果比对」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「模块输出结果比对」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「模块输出结果比对」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/DiffModule
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【CoGAPS容器模块（docker-cogaps）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   CoGAPS贝叶斯矩阵分解工具的容器与模块包装，用于模式发现分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「CoGAPS容器模块」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「CoGAPS容器模块」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CoGAPS容器模块」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/docker-cogaps
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【FLAME 混合模型聚类（FLAMEMixtureModel）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   基于预处理后的流式细胞数据做聚类，并估计各个细胞群体的分布参数。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「FLAME 混合模型聚类」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「FLAME 混合模型聚类」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「FLAME 混合模型聚类」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/FLAMEMixtureModel
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【STAR索引构建模块（STAR.indexer）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   构建STAR比对所需的基因组索引文件，供后续RNA-seq比对流程直接调用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「STAR索引构建模块」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「STAR索引构建模块」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「STAR索引构建模块」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/STAR.indexer
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【StarAligner 容器（docker-staraligner）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   为 StarAligner 序列比对工具提供的 Docker 容器镜像，用于测序数据比对。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「StarAligner 容器」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「StarAligner 容器」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「StarAligner 容器」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/docker-staraligner
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【FLAME 流式数据预处理（FLAMEPreprocess）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   对 FCS 或 TXT 格式的流式细胞数据文件进行预处理，完成数值变换与质控等准备工作。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「FLAME 流式数据预处理」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「FLAME 流式数据预处理」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「FLAME 流式数据预处理」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/FLAMEPreprocess
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【热图交互查看器（HeatMapViewer）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   可配置的交互式热图查看器，支持多种数据变换与聚类选项，便于探索芯片表达数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「热图交互查看器」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「热图交互查看器」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「热图交互查看器」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/HeatMapViewer
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【HISAT2 序列比对（HISAT2.aligner）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   封装 HISAT2 剪接感知比对工具，将 RNA-seq 读段比对到参考基因组并输出排序后的 BAM 文件。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「HISAT2 序列比对」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「HISAT2 序列比对」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「HISAT2 序列比对」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/HISAT2.aligner
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【HISAT2 索引构建（HISAT2.indexer）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   为 HISAT2 比对模块构建参考基因组索引文件，是运行 HISAT2.aligner 比对的前置步骤。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「HISAT2 索引构建」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「HISAT2 索引构建」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「HISAT2 索引构建」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/HISAT2.indexer
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【STAR序列比对模块（STAR.aligner）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   基于STAR的RNA-seq读段比对工具，将测序reads比对到参考基因组并输出比对结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「STAR序列比对模块」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「STAR序列比对模块」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「STAR序列比对模块」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/STAR.aligner
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【表达数据预处理（PreprocessDataset）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   对 RES、GCT 或 ODF 格式的表达数据做阈值过滤、对数变换与标准化等预处理操作。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「表达数据预处理」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「表达数据预处理」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「表达数据预处理」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/PreprocessDataset
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Conos 基因表达可视化（Conos.VisualizeGeneExpression）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   在 Conos 联合聚类完成后，可视化目标基因在不同细胞簇中的表达，辅助细胞类型注释。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「Conos 基因表达可视化」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「Conos 基因表达可视化」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Conos 基因表达可视化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/Conos.VisualizeGeneExpression
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【DESeq2 结果转 ODF（DESeq2ToOdf）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   将 DESeq2 输出的文本结果转换为差异表达查看器可读的 ODF 格式文件。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「DESeq2 结果转 ODF」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「DESeq2 结果转 ODF」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「DESeq2 结果转 ODF」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/DESeq2ToOdf
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GSEA 前沿子集查看（GSEALeadingEdgeViewer）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   查看 GSEA 富集结果中的前沿子集基因，定位真正驱动富集信号的核心基因集合。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「GSEA 前沿子集查看」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「GSEA 前沿子集查看」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GSEA 前沿子集查看」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/GSEALeadingEdgeViewer
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【IGV 基因组浏览（igv.js）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   封装 igv.js 的 GenePattern 模块，用于基因组数据的可视化浏览。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「IGV 基因组浏览」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「IGV 基因组浏览」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「IGV 基因组浏览」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/igv.js
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【预测结果查看器（PredictionResultsViewer）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   可视化查看分类预测结果，展示各样本的预测类别与置信度，评估模型判别效果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「预测结果查看器」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「预测结果查看器」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「预测结果查看器」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/PredictionResultsViewer
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Seurat标志物可视化（Seurat.VisualizeMarkerExpression）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   以小提琴图和UMAP展示标志基因表达，需在Seurat聚类分析之后使用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「Seurat标志物可视化」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「Seurat标志物可视化」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Seurat标志物可视化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/Seurat.VisualizeMarkerExpression
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Monocle 轨迹分析（monocle）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   将 Monocle 轨迹分析打包为 GenePattern 模块，用于单细胞发育研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「Monocle 轨迹分析」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「Monocle 轨迹分析」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Monocle 轨迹分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/monocle
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【单细胞速率分析（scVelo）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   从单细胞测序数据推断细胞状态转换方向与速率，解析发育与分化轨迹。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「单细胞速率分析」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「单细胞速率分析」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「单细胞速率分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/scVelo
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【STREAM差异基因检测（STREAM.DetectDifferentiallyExpressedGenes）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   在轨迹分支配对之间检测差异表达基因，用于识别分支特异的表达变化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「STREAM差异基因检测」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「STREAM差异基因检测」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「STREAM差异基因检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/STREAM.DetectDifferentiallyExpressedGenes
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【STREAM叶节点基因检测（STREAM.DetectLeafGenes）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   检测能够区分不同细胞轨迹分支的标志基因，揭示分支间表达差异。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「STREAM叶节点基因检测」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「STREAM叶节点基因检测」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「STREAM叶节点基因检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/STREAM.DetectLeafGenes
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【STREAM转换基因检测（STREAM.DetectTransitionGenes）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   针对轨迹的每个分支检测转换基因，刻画细胞状态转变过程中的基因变化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「STREAM转换基因检测」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「STREAM转换基因检测」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「STREAM转换基因检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/STREAM.DetectTransitionGenes
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【STREAM降维分析（STREAM.DimensionReduction）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   对单细胞表达数据进行降维处理，为轨迹推断与可视化提供低维表示。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「STREAM降维分析」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「STREAM降维分析」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「STREAM降维分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/STREAM.DimensionReduction
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【STREAM弹性主图构建（STREAM.ElasticPrincipalGraph）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   在STREAM单细胞轨迹分析中构建弹性主图，是轨迹推断的核心计算步骤。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「STREAM弹性主图构建」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「STREAM弹性主图构建」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「STREAM弹性主图构建」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/STREAM.ElasticPrincipalGraph
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【STREAM弹性主图优化（STREAM.EPGAdjustFinalGraph）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   在生成弹性主图后优化分支结构，修剪图或延伸叶节点以改善轨迹形态。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「STREAM弹性主图优化」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「STREAM弹性主图优化」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「STREAM弹性主图优化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/STREAM.EPGAdjustFinalGraph
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【STREAM特征选择（STREAM.FeatureSelection）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   从单细胞表达数据中筛选信息量高的基因特征，用于后续轨迹构建与降维。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「STREAM特征选择」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「STREAM特征选择」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「STREAM特征选择」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/STREAM.FeatureSelection
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【STREAM数据预处理（STREAM.Preprocess）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   STREAM单细胞RNA-seq轨迹分析流程的第一步，完成数据读取与标准化预处理。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「STREAM数据预处理」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「STREAM数据预处理」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「STREAM数据预处理」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/STREAM.Preprocess
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【STREAM主图结构初始化（STREAM.SeedEPGStructure）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   为弹性主图生成初始种子结构，为后续主图优化与轨迹拟合提供起点。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「STREAM主图结构初始化」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「STREAM主图结构初始化」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「STREAM主图结构初始化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/STREAM.SeedEPGStructure
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【STREAM轨迹可视化（STREAM.VisualizeTrajectories）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   生成signature地铁图与流向图，可视化细胞轨迹与分支结构结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「STREAM轨迹可视化」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「STREAM轨迹可视化」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「STREAM轨迹可视化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/STREAM.VisualizeTrajectories
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Bulk ATAC-seq 预处理（BulkATACseq.Preprocess）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   对 bulk ATAC-seq 数据进行预处理，完成质控、比对与去重等步骤，得到可用的染色质可及性数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「Bulk ATAC-seq 预处理」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「Bulk ATAC-seq 预处理」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Bulk ATAC-seq 预处理」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/BulkATACseq.Preprocess
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【CCAL无R版本（ccal-noir）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   CCAL工具的去R调用克隆版本，可在无R依赖的环境中运行通路分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「CCAL无R版本」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「CCAL无R版本」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CCAL无R版本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/ccal-noir
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【ComBat 批次校正（ComBat）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   对来自多个批次的基因表达数据做批次效应校正，消除技术批次差异，使样本之间可直接比较。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「ComBat 批次校正」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「ComBat 批次校正」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ComBat 批次校正」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/ComBat
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Cuzcatlan支持库（cuzcatlan）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   Edwin Juarez为GenePattern开发的支持库，提供模块开发与运行的辅助功能。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「Cuzcatlan支持库」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「Cuzcatlan支持库」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Cuzcatlan支持库」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/cuzcatlan
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【差异表达分析（DESeq2）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   基于负二项分布的 RNA-seq 差异表达分析，生信最常用的差异基因检测方法之一。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「差异表达分析」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「差异表达分析」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「差异表达分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/DESeq2
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【数据集差异比较（DiffDatasets）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   比较两个数据集之间的数值差异，逐行找出不一致的条目，常用于结果核对与版本比对。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「数据集差异比较」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「数据集差异比较」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「数据集差异比较」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/DiffDatasets
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【DiffEx 差异表达分析（DiffEx）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   使用皮尔逊相关系数或信息系数进行差异表达分析，发现与表型相关的基因表达变化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「DiffEx 差异表达分析」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「DiffEx 差异表达分析」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「DiffEx 差异表达分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/DiffEx
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【DiSCoVER 肿瘤去卷积（DiSCoVER）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   实现 DiSCoVER 算法，从肿瘤表达数据解卷积估计细胞组分比例并推断疾病相关信号通路。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「DiSCoVER 肿瘤去卷积」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「DiSCoVER 肿瘤去卷积」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「DiSCoVER 肿瘤去卷积」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/DiSCoVER
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Amaretto容器模块（docker-amaretto）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   斯坦福Gevaert实验室Amaretto工具的Docker容器与模块包装，用于网络推断分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「Amaretto容器模块」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「Amaretto容器模块」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Amaretto容器模块」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/docker-amaretto
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【HISAT2容器模块（docker-hisat2）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   hisat2比对模块的Docker容器，提供剪接感知的RNA-seq序列比对环境。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「HISAT2容器模块」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「HISAT2容器模块」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「HISAT2容器模块」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/docker-hisat2
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Java17容器环境（docker-java17）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   基于Java 17的GenePattern容器环境，为Java模块提供统一运行基础。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「Java17容器环境」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「Java17容器环境」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Java17容器环境」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/docker-java17
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Java17开放JDK环境（docker-java17openjdk）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   采用OpenJDK 17的GenePattern容器环境，为Java模块提供开源JDK运行基础。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「Java17开放JDK环境」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「Java17开放JDK环境」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Java17开放JDK环境」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/docker-java17openjdk
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Java18容器环境（docker-java18）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   基于Oracle JDK 18的容器环境，为需要新版Java的GenePattern模块提供支持。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「Java18容器环境」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「Java18容器环境」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Java18容器环境」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/docker-java18
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Java18开放JDK环境（docker-java18openjdk）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   采用OpenJDK 18的GenePattern容器环境，为Java模块提供开源JDK运行基础。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「Java18开放JDK环境」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「Java18开放JDK环境」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Java18开放JDK环境」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/docker-java18openjdk
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【OpenJDK11容器环境（docker-openjdk_11）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   基于AdoptOpenJDK构建的OpenJDK 11容器，为GenePattern模块提供Java运行环境。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「OpenJDK11容器环境」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「OpenJDK11容器环境」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「OpenJDK11容器环境」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/docker-openjdk_11
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【R 3.0 容器（docker-r-3-0）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   基于 R 3.0 运行环境的 GenePattern 模块容器镜像，用于封装与运行分析模块。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「R 3.0 容器」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「R 3.0 容器」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「R 3.0 容器」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/docker-r-3-0
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【甲基化分析容器（docker-r-3-4-MethylationAnalysis）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   R 3.4 环境下的甲基化数据分析模块容器，封装所需依赖供 GenePattern 调用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「甲基化分析容器」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「甲基化分析容器」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「甲基化分析容器」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/docker-r-3-4-MethylationAnalysis
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【表达数据集编辑（EditDataset）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   编辑表达数据集，可删减样本或修改数据内容，是 GParc 中 removeSamples 模块的升级扩充版。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「表达数据集编辑」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「表达数据集编辑」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「表达数据集编辑」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/EditDataset
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【模块开发示例模板（ExampleModule）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   用 Python 3 编写的基础 GenePattern 模块模板，可作为新模块开发的起点直接参考。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「模块开发示例模板」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「模块开发示例模板」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「模块开发示例模板」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/ExampleModule
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【主题扩展模块（genepattern-theme-extension）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   GenePattern 平台的主题扩展模块，用于定制与调整界面外观样式。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「主题扩展模块」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「主题扩展模块」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「主题扩展模块」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/genepattern-theme-extension
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Actions 测试库（github-actions-testing）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   用于试验与研究 GitHub Actions 持续集成配置方式的测试代码仓库。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「Actions 测试库」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「Actions 测试库」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Actions 测试库」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/github-actions-testing
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【DRMAA 作业运行器（gp-jobrunner-drmaa_v1）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   面向 GridEngine 集群集成的 GenePattern 作业运行器组件，负责任务提交。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「DRMAA 作业运行器」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「DRMAA 作业运行器」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「DRMAA 作业运行器」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/gp-jobrunner-drmaa_v1
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【站点跳转落地页（gp.broad-landingpage）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   将 genepattern.broadinstitute.org 用户重定向到云端的落地页。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「站点跳转落地页」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「站点跳转落地页」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「站点跳转落地页」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/gp.broad-landingpage
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【模块文档归档（gparc-module-docs）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   截至 2021 年 12 月 9 日的 GPARC 模块文档归档资料，可供模块开发参考。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「模块文档归档」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「模块文档归档」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「模块文档归档」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/gparc-module-docs
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【R 依赖包安装（InstallRPackages）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   为 GenePattern 中的 R 语言模块安装所需依赖包，确保模块运行环境完整可用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「R 依赖包安装」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「R 依赖包安装」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「R 依赖包安装」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/InstallRPackages
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【维护提示页面（maintenance-page）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   服务器升级维护期间展示的小型网页应用，用于向访问用户提示当前状态。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「维护提示页面」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「维护提示页面」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「维护提示页面」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/maintenance-page
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【甲基化数据预处理（minfi_preprocessing_module）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   面向 450k 与 EPIC 甲基化芯片数据的预处理 GenePattern 模块。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「甲基化数据预处理」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「甲基化数据预处理」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「甲基化数据预处理」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/minfi_preprocessing_module
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GPU 非负矩阵分解（nmf-gpu）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   利用 GPU 加速的非负矩阵分解算法及其多种改进变体，提升计算效率。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「GPU 非负矩阵分解」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「GPU 非负矩阵分解」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GPU 非负矩阵分解」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/nmf-gpu
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【秩次归一化（RankNormalize）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   对表达数据做秩次归一化处理，消除样本之间整体分布差异，便于跨样本直接比较。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「秩次归一化」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「秩次归一化」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「秩次归一化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/RankNormalize
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【ssGSEA 的 ROC 分析（ssGSEA.ROC）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   根据 ssGSEA 结果与二分类表型生成 ROC 曲线并计算 AUC 值。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「ssGSEA 的 ROC 分析」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「ssGSEA 的 ROC 分析」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ssGSEA 的 ROC 分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/ssGSEA.ROC
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【STAR运行环境（STAR.env）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   STAR比对器的运行环境与依赖镜像，为相关模块提供可复用的执行基础。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「STAR运行环境」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「STAR运行环境」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「STAR运行环境」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/STAR.env
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【TCGA样本筛选（TCGA.SampleSelection）安装教程】—— GenePattern

■ 前置条件
   · 有 GenePattern 服务器地址与管理员账号（自建服务器），或使用官方公共服务器。

■ 本模块是什么
   TCGA样本筛选包装模块，按条件从TCGA数据中挑选合适的样本子集。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 或 .jar 是 GenePattern 模块安装包。

■ 安装步骤（管理员）
   1. 用管理员账号登录 GenePattern。
   2. 进入 Administration → Install Module（或 Modules → Install）。
   3. 上传本目录的模块包，等待安装完成。
   4. 刷新页面，模块列表里出现「TCGA样本筛选」即为成功。

■ 普通用户
   · 若服务器已装好该模块，直接在 Modules 里搜「TCGA样本筛选」即可使用，无需自行安装。

■ 常见问题
   · 上传报 400/500：确认是用管理员账号、且文件后缀是 GenePattern 认可的模块包。
   · 模块装好后运行报缺库：按模块说明补装依赖（部分老模块依赖特定 Java 版本）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「TCGA样本筛选」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genepattern/TCGA.SampleSelection
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。