clusterProfiler 插件合集（共 127 个）

【R 语言 AI 应用框架（aisdk）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   在 R 中构建 AI 应用的生产级框架，封装大模型调用、流式输出与对话流程，便于把智能能力嵌入数据分析脚本。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/aisdk
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「R 语言 AI 应用框架」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/aisdk
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【aisdk 文档门户（aisdk-docs）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   aisdk 系列 R 包的官方文档门户，基于 Quarto 构建，集中展示各扩展包的安装、用法与示例代码。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/aisdk-docs
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「aisdk 文档门户」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/aisdk-docs
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【aisdk 生物数据接口（aisdk.bioc）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   aisdk 的 Bioconductor 扩展包，为工具箱接入生物信息学数据与注释资源，衔接 R 语言的组学生态。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/aisdk.bioc
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「aisdk 生物数据接口」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/aisdk.bioc
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【消息渠道集成（aisdk.channels）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   为 aisdk 工具箱集成各类消息平台渠道，让 AI 助手能够收发消息并与用户持续对话。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/aisdk.channels
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「消息渠道集成」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/aisdk.channels
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【终端对话控制台（aisdk.console）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   aisdk 的交互式终端聊天控制台，支持 REPL 对话、斜杠命令、检查器与粘贴处理，充当命令行智能体。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/aisdk.console
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「终端对话控制台」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/aisdk.console
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【图表报告工具（aisdk.datatools）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   aisdk 工具箱的图表绘制与报告生成组件，把模型输出整理为可读的图形与文档。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/aisdk.datatools
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「图表报告工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/aisdk.datatools
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【证据与引用管理（aisdk.evidence）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   为 aisdk 提供 capR 证据包、策略门控与引用管理，使 AI 输出可溯源并满足合规约束。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/aisdk.evidence
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「证据与引用管理」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/aisdk.evidence
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【MCP 协议接口（aisdk.mcp）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   为 aisdk 实现模型上下文协议（MCP）的客户端与服务端，用于接入外部工具与数据源。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/aisdk.mcp
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MCP 协议接口」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/aisdk.mcp
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【多智能体编排（aisdk.orchestration）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   为 aisdk 提供多智能体编排能力，通过 Flow、Team、Mission 等模式组织协作式任务流程。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/aisdk.orchestration
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多智能体编排」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/aisdk.orchestration
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【模型服务适配（aisdk.providers）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   为 aisdk 工具箱补充更多大模型服务商的接口适配，方便切换与接入不同的模型后端。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/aisdk.providers
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「模型服务适配」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/aisdk.providers
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Shiny 网页界面（aisdk.shiny）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   为 aisdk 工具箱提供基于 Shiny 的网页交互界面，让 AI 对话与分析功能以图形化方式使用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/aisdk.shiny
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Shiny 网页界面」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/aisdk.shiny
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【技能编写与商店（aisdk.skills）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   为 aisdk 提供技能编写、技能存储与内置技能包，用于扩展智能体能够执行的任务能力。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/aisdk.skills
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「技能编写与商店」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/aisdk.skills
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【本地小模型推理（aisdk.slm）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   在本地运行小型语言模型推理的组件，为 aisdk 生态提供可离线使用、隐私友好的模型后端。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/aisdk.slm
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「本地小模型推理」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/aisdk.slm
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【关联图形对齐拼图（aplot）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   把带有对应关系的信息图沿坐标轴对齐并拼合到主图上，常用于组合富集结果、热图与进化树。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/aplot
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「关联图形对齐拼图」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/aplot
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【复合图形扩展（aplotExtra）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   基于 aplot 创建复合图形，简化多子图的对齐、嵌套与组合布局，便于输出复杂科研配图。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/aplotExtra
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「复合图形扩展」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/aplotExtra
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【音频播放组件（audio-player）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   提供音频播放功能的辅助组件，可在 R 的交互场景中播放声音文件或提示音。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/audio-player
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「音频播放组件」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/audio-player
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【富集分析背景偏倚研究（Background-bias-of-functional-enrichment-analysis）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   研究功能富集分析中背景基因集选择引入的偏倚，包含配套论文的分析代码与结果数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/Background-bias-of-functional-enrichment-analysis
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「富集分析背景偏倚研究」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/Background-bias-of-functional-enrichment-analysis
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【生物信息学课程（bioinformatics-course）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   生物信息学课程的教学材料与练习代码，涵盖组学数据处理、可视化与富集分析的完整流程。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/bioinformatics-course
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「生物信息学课程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/bioinformatics-course
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【生物医学知识挖掘书（biomedical-knowledge-mining-book）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   配套书籍《用 GOSemSim 与 clusterProfiler 开展生物医学知识挖掘》的示例代码与数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/biomedical-knowledge-mining-book
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「生物医学知识挖掘书」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/biomedical-knowledge-mining-book
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【碱基修饰可视化（BMplot）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   可视化 DNA 或 RNA 的碱基修饰（如甲基化）信息，展示修饰位点的分布与丰度模式。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/BMplot
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「碱基修饰可视化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/BMplot
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【三维图形转换（cast3d）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   图形转换辅助包，用于在 R 中生成与转换三维图形对象，便于科研图形的立体化展示。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/cast3d
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「三维图形转换」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/cast3d
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【细胞类型多样性（CellDiv）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   度量与展示细胞类型多样性的分析包，用于比较样本间细胞组成的丰富度与均匀程度。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/CellDiv
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「细胞类型多样性」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/CellDiv
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【ChIP 峰注释包（ChIPseeker）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   对 ChIP-seq 等实验产生的峰进行基因组注释、峰间比较与可视化，输出邻近基因与富集结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ChIPseeker
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ChIP 峰注释包」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ChIPseeker
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【ChIPseeker 实验方案（ChIPseeker_current_protocols）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   ChIPseeker 最新实验方案文章的配套代码与数据，演示峰注释、比较与可视化的完整流程。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ChIPseeker_current_protocols
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ChIPseeker 实验方案」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ChIPseeker_current_protocols
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【富集分析核心包（clusterProfiler）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   通用富集分析工具，支持 GO、KEGG、Reactome 等数据库的过表征分析与基因集富集分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/clusterProfiler
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「富集分析核心包」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/clusterProfiler
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【clusterProfiler 大模型补充材料（clusterProfiler-LLM-Supplementary）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   clusterProfiler 与大语言模型结合研究的补充材料，含论文附加分析、代码与数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/clusterProfiler-LLM-Supplementary
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「clusterProfiler 大模型补充材料」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/clusterProfiler-LLM-Supplementary
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【clusterProfiler 实验方案（clusterProfiler_protocol）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   使用 clusterProfiler 开展组学数据分析的方案文章配套代码，逐步演示富集分析流程。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/clusterProfiler_protocol
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「clusterProfiler 实验方案」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/clusterProfiler_protocol
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【细胞语义相似度（COSemSim）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   计算细胞类型、基因与蛋白之间的语义相似度值，用于衡量它们在功能注释上的相近程度。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/COSemSim
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「细胞语义相似度」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/COSemSim
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【KEGG 数据库包生成（createKEGGdb）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   从 KEGG 数据构建 KEGG.db 注释包，生成可供离线富集分析直接调用的通路注释资源。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/createKEGGdb
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「KEGG 数据库包生成」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/createKEGGdb
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【疾病本体富集分析（DOSE）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   疾病本体的语义相似度与富集分析包，支持疾病相关基因集的过表征分析与基因集富集分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/DOSE
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「疾病本体富集分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/DOSE
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【实验数据聚类基类（ecluster）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   为实验检测数据的聚类分析提供基础类与通用函数，统一多种检测数据的聚类接口。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ecluster
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「实验数据聚类基类」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ecluster
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【课程式 AI 学习运行时（edify）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   面向 R 的课程优先 AI 学习运行环境，以先讲解后练习的方式引导用户学习 R 与人工智能。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/edify
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「课程式 AI 学习运行时」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/edify
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【富集分析 C++ 实现（enrichit）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   用 C++ 实现功能富集分析的核心算法，为大规模基因集分析提供更快的计算性能。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/enrichit
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「富集分析 C++ 实现」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/enrichit
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【富集结果可视化（enrichplot）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   富集结果的可视化工具，提供点图、条图、网络图与 GSEA 富集曲线等多种展示方式。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/enrichplot
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「富集结果可视化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/enrichplot
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【表观多组学注释比较（epiSeeker）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   面向多组学表观遗传数据的注释、比较与可视化工具，用于解析染色质与修饰区域特征。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/epiSeeker
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「表观多组学注释比较」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/epiSeeker
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【练习素材（excercise）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   教学与培训中使用的练习文件与示例数据，配合课程内容进行动手实践。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/excercise
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「练习素材」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/excercise
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【在线翻译工具（fanyi）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   调用在线翻译服务，在 R 中翻译单词或句子，方便处理多语言文本内容。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/fanyi
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「在线翻译工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/fanyi
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【R 小游戏集合（games）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   用 R 编写的小游戏与趣味演示项目集合，用于展示 R 的交互与图形绘制能力。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/games
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「R 小游戏集合」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/games
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【基因集嵌入（geneSetEmbedding）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   把基因集转换为向量嵌入表示，便于进行相似度计算、聚类与下游的建模分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/geneSetEmbedding
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「基因集嵌入」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/geneSetEmbedding
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GEO与TCGA数据处理（GeoTcgaData）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   处理 GEO 与 TCGA 平台的 RNA-seq、拷贝数变异与甲基化数据，便于直接开展下游分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/GeoTcgaData
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GEO与TCGA数据处理」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/GeoTcgaData
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【抗原图谱绘制（ggacmap）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   用 ggplot2 绘制抗原图谱（acmap），展示抗原与血清之间的滴度反应关系。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ggacmap
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「抗原图谱绘制」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ggacmap
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【AI 绘图助手（ggai）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   借助大语言模型辅助生成与调整 ggplot2 图形的工具包，降低绘图代码编写成本。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ggai
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「AI 绘图助手」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ggai
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【坐标轴截断（ggbreak）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   为 ggplot2 图形提供坐标轴截断与缩放函数，解决数值跨度过大导致的展示难题。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ggbreak
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「坐标轴截断」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ggbreak
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【环形图绘制（ggcircos）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   用 ggplot2 语法绘制环形（circos）图，用于展示基因组区段及元素之间的关联关系。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ggcircos
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「环形图绘制」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ggcircos
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【流程图画布（ggflow）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   基于 ggtree 绘制流程图，用树形布局呈现步骤、分支与整体的流程走向。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ggflow
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「流程图画布」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ggflow
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【ggplot 实用函数集（ggfun）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   汇集 ggplot2 常用的辅助函数，简化图形主题、图例与几何对象的定制与组合。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ggfun
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ggplot 实用函数集」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ggfun
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【图形嵌图片（ggimage）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   在 ggplot2 图形中嵌入图片，把物种、细胞或样本图像作为图中的点或标签展示。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ggimage
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「图形嵌图片」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ggimage
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【交互图形扩展（ggiraphExtra）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   为 ggiraph 补充更多交互式图形功能，如可交互的饼图、地图与旋转图形等。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ggiraphExtra
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「交互图形扩展」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ggiraphExtra
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【聚糖结构绘制（gglycan）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   用 ggplot2 绘制聚糖结构图，直观展示糖链的单糖组成与连接方式。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/gglycan
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「聚糖结构绘制」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/gglycan
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【多序列比对可视化（ggmsa）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   用 ggplot2 绘制出版级多序列比对图，标注保守位点、序列特征与比对位置。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ggmsa
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多序列比对可视化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ggmsa
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【ggmsa 工作坊材料（ggmsaBioWorkshop2021）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   2021 年 ggmsa 生物信息工作坊的讲义与练习代码，演示多序列比对可视化方法。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ggmsaBioWorkshop2021
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ggmsa 工作坊材料」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ggmsaBioWorkshop2021
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【单细胞空间可视化（ggsc）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   可视化单细胞与空间转录组数据，提供降维聚类、细胞分布与空间表达等图形。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ggsc
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「单细胞空间可视化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ggsc
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【网络布局绘制（ggtangle）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   用数据绘制网络图，按节点之间的连接关系自动布局，并以图形语法定制网络样式。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ggtangle
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「网络布局绘制」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ggtangle
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【进化树可视化与注释（ggtree）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   系统发育树的绘制与注释工具，支持多种布局，并可在树上叠加数据图层。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ggtree
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「进化树可视化与注释」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ggtree
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【树状图绘制（ggtreeDendro）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   用 ggtree 绘制层次聚类树状图，展示样本或基因之间的聚类结构关系。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ggtreeDendro
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「树状图绘制」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ggtreeDendro
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【进化树叠加图层（ggtreeExtra）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   在 ggtree 的环形或其它布局树上添加几何图层，把多维数据对齐到树上展示。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ggtreeExtra
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「进化树叠加图层」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ggtreeExtra
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【形态空间探索（ggtreeSpace）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   用 ggtree 探索系统发育形态空间，展示性状在进化树上的分布与演化趋势。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ggtreeSpace
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「形态空间探索」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ggtreeSpace
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GO 语义相似度（GOSemSim）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   计算 GO 术语以及基因之间的语义相似度，是功能相似性度量的基础分析包。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/GOSemSim
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GO 语义相似度」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/GOSemSim
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【gson 格式基类（gson）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   定义基因集 gson 格式的基类与方法，统一基因集数据的保存、读取与交换方式。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/gson
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「gson 格式基类」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/gson
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【gson 基因集文件（gson-files）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   收录各物种与功能数据库的 gson 格式基因集文件，供离线富集分析直接调用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/gson-files
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「gson 基因集文件」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/gson-files
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【肝癌预后评分（HCCPS）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   用于肝细胞癌（HCC）预后评分计算与分析的 R 包，可基于基因表达数据构建并评估肝癌患者的预后风险模型。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/HCCPS
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「肝癌预后评分」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/HCCPS
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【智能临床组学平台（icare）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   面向临床组学（ClinlAbomics）的智能研究平台，集成数据整合、分析与可视化流程，辅助临床多组学研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/icare
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「智能临床组学平台」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/icare
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【交互式进化树（iggtree）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   基于 ggtree 与 ggiraph 实现的交互式系统发育树可视化工具，支持鼠标悬停、缩放与点击等交互操作。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/iggtree
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「交互式进化树」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/iggtree
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【交互式进化树查看器（iggtree-shiny）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   基于 ggtree 与 Shiny 构建的交互式进化树浏览应用，可在网页端查看、缩放并探索系统发育树结构。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/iggtree-shiny
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「交互式进化树查看器」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/iggtree-shiny
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【测序平台对比（Illumina_NovaSeq_6000-vs-GeneMind_SURFSeq_5000）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   对比 Illumina 与 GeneMind 两个测序平台的测试数据与分析结果，用于评估平台间差异。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/Illumina_NovaSeq_6000-vs-GeneMind_SURFSeq_5000
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「测序平台对比」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/Illumina_NovaSeq_6000-vs-GeneMind_SURFSeq_5000
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【交互式火山图（ivolcano）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   交互式火山图绘制工具，用于展示差异表达分析结果，支持悬浮提示、点击选择与结果导出。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ivolcano
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「交互式火山图」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ivolcano
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【实验室配置文件（lab_dot_files）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   实验室常用的 dotfiles 配置文件集合，用于快速初始化 R 与生信分析环境的个人设置。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/lab_dot_files
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「实验室配置文件」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/lab_dot_files
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【ggtree 学习教程（learnggtree）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   学习 ggtree 的配套教程包，通过示例数据与循序渐进的讲解帮助用户掌握进化树可视化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/learnggtree
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ggtree 学习教程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/learnggtree
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【机制网络图（mechgraph）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   用于构建与展示机制图（mechanism graph）的 R 包，可将通路或功能关系组织成网络结构进行可视化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/mechgraph
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「机制网络图」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/mechgraph
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【MeSH 富集与语义分析（meshes）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   提供 MeSH 词表的富集分析与语义相似度计算功能，用于医学主题词的注释与功能富集研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/meshes
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MeSH 富集与语义分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/meshes
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【MH 数据分析（mh_analysis）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   一套针对 MH 数据的分析脚本集合，用于数据整理、统计检验与结果可视化，便于复用分析流程。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/mh_analysis
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MH 数据分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/mh_analysis
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【微生物组功能富集（MicrobiomeProfiler）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   用于微生物组功能富集分析的 Shiny 应用包，可基于物种或功能注释结果完成富集计算与交互式展示。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/MicrobiomeProfiler
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「微生物组功能富集」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/MicrobiomeProfiler
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【微生物组深度挖掘（MicrobiotaProcess）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   面向微生物组数据的综合 R 包，提供从数据导入、多样性分析到差异比较与可视化的深度挖掘流程。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/MicrobiotaProcess
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「微生物组深度挖掘」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/MicrobiotaProcess
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【微生物组分析工作坊（MicrobiotaProcessWorkshop）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   MicrobiotaProcess 的教学工作坊材料，演示如何利用该包完成微生物组数据集的完整分析流程。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/MicrobiotaProcessWorkshop
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「微生物组分析工作坊」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/MicrobiotaProcessWorkshop
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【镜像源选择器（mirrorselect）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   辅助用户选择 CRAN 与 Bioconductor 镜像源的 R 包，可测试并推荐访问速度较快的下载镜像。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/mirrorselect
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「镜像源选择器」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/mirrorselect
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【杂项工具集（misc）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   R 开发中常用的杂项函数与小工具集合，收录日常分析中反复用到的辅助功能。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/misc
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「杂项工具集」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/misc
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【微生物-代谢物预测器（MMINP）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   基于微生物-代谢物相互作用构建代谢谱预测模型的 R 包，可由微生物组数据推断代谢物丰度。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/MMINP
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「微生物-代谢物预测器」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/MMINP
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【微生物组补充数据（MP_supplementary_file）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   MicrobiotaProcess 相关研究的补充文件与数据，随论文一并提供以供结果复现与查阅。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/MP_supplementary_file
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「微生物组补充数据」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/MP_supplementary_file
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【多尺度图神经网络（MSGNN）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   面向多组学或单细胞数据的多尺度图神经网络方法实现，用于构建图结构并完成特征学习与预测。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/MSGNN
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多尺度图神经网络」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/MSGNN
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【毒素-抗毒素系统分析（mTAS）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   用于毒素-抗毒素系统分析的 Snakemake 工作流，涵盖系统鉴定、注释与统计汇总。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/mTAS
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「毒素-抗毒素系统分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/mTAS
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【新冠数据探索（nCov2019）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   提供 2019 冠状病毒病（COVID-19）疫情数据的访问与分析接口，便于获取并可视化疫情统计信息。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/nCov2019
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「新冠数据探索」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/nCov2019
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【OBO 转 SQLite（obolite）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   将 OBO 格式的本体文件转换为 SQLite 数据库的 R 包，方便对本体术语进行快速查询与检索。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/obolite
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「OBO 转 SQLite」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/obolite
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【药理学资源（Pharmacology-Resource）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   药理学研究相关资源的整理与分享仓库，汇总常用药物、靶点与分析资料以供参考。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/Pharmacology-Resource
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「药理学资源」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/Pharmacology-Resource
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【R 包文档工具（pkgdocs）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   R 包文档的构建与发布工具集，用于生成并托管包的参考文档与帮助页面。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/pkgdocs
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「R 包文档工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/pkgdocs
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【基础绘图语法（plotbb）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   为 R 基础绘图系统提供类似 ggplot2 的图形语法接口，让 base plot 也能以图层方式组合绘制。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/plotbb
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「基础绘图语法」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/plotbb
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【ggtreeExtra 树数据绘图（plotting-tree-with-data-using-ggtreeExtra）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   演示如何使用 ggtreeExtra 将外部数据以图层形式添加到环形或其他布局的进化树上进行可视化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/plotting-tree-with-data-using-ggtreeExtra
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ggtreeExtra 树数据绘图」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/plotting-tree-with-data-using-ggtreeExtra
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【开源协作任务集（ProjectYulab）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   面向初学者的开源协作项目集合，提供小型编码任务，方便用户参与 YuLab 相关包的开发。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ProjectYulab
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「开源协作任务集」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ProjectYulab
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【序列断点可视化（rdpvis）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   用于可视化序列断点（break point）的 R 包，可展示重组或比对结果中序列片段的来源与位置。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/rdpvis
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「序列断点可视化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/rdpvis
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Reactome 通路分析（ReactomePA）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   基于 Reactome 数据库进行通路富集分析的 R 包，支持基因列表的通路注释、富集检验与结果可视化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ReactomePA
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Reactome 通路分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ReactomePA
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【R 智能桌面工作台（Rho）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   面向 R 语言的智能体原生桌面工作台，将会话环境与 AI 助手结合，辅助代码编写与数据分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/Rho
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「R 智能桌面工作台」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/Rho
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【ASCII 艺术字生成（rjfiglet）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   R 语言调用 Julia FIGlet.jl 的接口，可将文本渲染成 FIGlet 风格的 ASCII 艺术字。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/rjfiglet
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ASCII 艺术字生成」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/rjfiglet
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【散点饼图（scatterpie）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   在散点图上绘制饼图的 R 包，常用于在地理或降维坐标中同时展示各组的组成比例。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/scatterpie
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「散点饼图」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/scatterpie
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【单细胞时空分析工具（sclet）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   面向 SingleCellExperiment 的单细胞与空间转录组分析工具箱，支持状态感知的数据处理与可视化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/sclet
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「单细胞时空分析工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/sclet
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【单细胞多尺度图神经网络（scMSGNN）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   用于单细胞分析的多尺度图神经网络方法，可在细胞图结构上学习表征并完成聚类与注释等任务。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/scMSGNN
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「单细胞多尺度图神经网络」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/scMSGNN
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【单细胞分析工具（scsaur）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   单细胞数据相关的分析与可视化 R 包，用于对单细胞表达数据进行处理、统计与作图。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/scsaur
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「单细胞分析工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/scsaur
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【病毒基因重配可视化（seqcombo）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   用于可视化病毒基因重配（reassortment）的 R 包，可清晰展示不同毒株片段的来源组合。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/seqcombo
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「病毒基因重配可视化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/seqcombo
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【序列处理（seqmagick）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   提供序列文件读写与常见操作功能的 R 包，可便捷地处理 FASTA 等格式的生物序列数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/seqmagick
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「序列处理」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/seqmagick
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【系统发育信号探索（shinyTempSignal）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   基于 Shiny 的交互式工具，用于探索系统发育树中的时间信号及其他演化信号的强弱。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/shinyTempSignal
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「系统发育信号探索」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/shinyTempSignal
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【简易 GO 富集分析（simpleGO）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   提供简洁接口的 GO 富集分析 R 包，可快速对基因列表完成 Gene Ontology 富集计算与结果输出。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/simpleGO
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「简易 GO 富集分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/simpleGO
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【抑郁症组学数据库（ssMOOD）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   整合人类与小鼠单细胞及空间转录组数据的主要抑郁症组学在线数据库，支持交互式查询与分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ssMOOD
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「抑郁症组学数据库」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ssMOOD
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【clusterProfiler v4 补充材料（supplemental-clusterProfiler-v4）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   clusterProfiler v4 论文的补充代码与数据，用于复现文中涉及的分析流程与图表结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/supplemental-clusterProfiler-v4
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「clusterProfiler v4 补充材料」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/supplemental-clusterProfiler-v4
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【ggbreak 补充材料（supplemental-ggbreak）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   ggbreak 相关论文的补充材料与示例代码，用于复现坐标轴截断可视化功能的演示结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/supplemental-ggbreak
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ggbreak 补充材料」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/supplemental-ggbreak
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【ggmsa 补充材料（supplemental-ggmsa）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   ggmsa 相关研究的补充文件与代码，用于复现多序列比对可视化的分析结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/supplemental-ggmsa
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ggmsa 补充材料」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/supplemental-ggmsa
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【MMINP 补充材料（Supplemental-MMINP）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   MMINP 论文的补充材料与数据，用于复现微生物-代谢物互作预测模型的相关分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/Supplemental-MMINP
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MMINP 补充材料」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/Supplemental-MMINP
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【ggtree 树放置补充材料（Supplemental_ggtree_placement）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   ggtree 进化树放置相关研究的补充代码与数据，用于复现论文中的分析结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/Supplemental_ggtree_placement
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ggtree 树放置补充材料」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/Supplemental_ggtree_placement
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Tgs 补充材料（supplemental_Tgs）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   相关研究论文（Tgs 主题）的补充代码与数据，供读者复现文中分析流程与结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/supplemental_Tgs
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Tgs 补充材料」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/supplemental_Tgs
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【空间变异分析（SVP）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   空间变异分析工具，用于识别空间转录组数据中呈现空间变异特征的基因。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/SVP
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「空间变异分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/SVP
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【蛋白结构同源建模（swissmodel）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   SWISS-MODEL 蛋白结构同源建模服务的 R 接口，可在 R 中提交序列并获取预测的三维结构模型。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/swissmodel
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「蛋白结构同源建模」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/swissmodel
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【中药数据分析（TCMDATA）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   中药数据分析与可视化 R 包，提供中药相关数据的整理、统计与图形展示功能，服务中医药研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/TCMDATA
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「中药数据分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/TCMDATA
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【进化树数据书配套包（TDbook）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   配合《系统发育树的数据整合、操作与可视化》一书使用的配套 R 包，提供书中示例数据与函数。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/TDbook
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「进化树数据书配套包」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/TDbook
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【降维分析工具（tidydr）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   提供统一接口的降维分析 R 包，可将多种降维方法的结果整理为一致格式并直接用于可视化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/tidydr
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「降维分析工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/tidydr
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【进化树数据整理（tidytree）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   用于系统发育树数据整理的 tidy 风格工具包，可像操作表格一样方便地读写与修改树结构数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/tidytree
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「进化树数据整理」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/tidytree
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【肿瘤免疫治疗分析（tigeR）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   用于肿瘤免疫治疗基因表达数据分析的 R 包，提供数据预处理、免疫特征分析与可视化功能。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/tigeR
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「肿瘤免疫治疗分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/tigeR
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【肿瘤免疫治疗数据（tigeR.data）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   tigeR 包的配套数据集，收录肿瘤免疫治疗相关的基因表达数据，供示例与练习使用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/tigeR.data
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「肿瘤免疫治疗数据」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/tigeR.data
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【树数据参考书（treedata-book）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   treeio、tidytree 与 ggtree 等包的完整参考书配套资源，系统讲解树的输入输出与可视化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/treedata-book
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「树数据参考书」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/treedata-book
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【树数据参考书第二版（treedata-book-2ed）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   《系统发育树的数据整合、操作与可视化》第二版配套资源，提供书中代码与示例数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/treedata-book-2ed
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「树数据参考书第二版」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/treedata-book-2ed
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【树数据集成套件（treedataverse）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   用于处理并可视化带数据进化树的元包，一次安装即可引入 treeio、tidytree、ggtree 等工具。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/treedataverse
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「树数据集成套件」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/treedataverse
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【进化树数据读写（treeio）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   系统发育树输入输出的基础类与函数集合，为树文件解析、注释与转换提供统一的数据结构。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/treeio
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「进化树数据读写」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/treeio
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【序列特征计算（UltraPseR）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   UltraPse 的 R 语言封装包，用于计算蛋白质与 DNA 序列的伪氨基酸组成等特征向量。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/UltraPseR
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「序列特征计算」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/UltraPseR
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【病毒整合可视化（virolink）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   用于可视化病毒在宿主基因组中整合位点的 R 包，可直观展示病毒序列插入的位置与方向。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/virolink
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「病毒整合可视化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/virolink
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【R 文件下载工具（wget）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   在 R 中调用 wget -c 命令下载文件，支持断点续传，便于脚本化批量获取网络数据与样本文件。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/wget
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「R 文件下载工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/wget
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Wiki 剖析工具（wikiprofiler）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   名为 wikiprofiler 的 R 包，按包名可知用于以维基形式剖析对象，生成可浏览的结构化档案页面。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/wikiprofiler
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Wiki 剖析工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/wikiprofiler
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【exe 转 deb 工具（WorkBuddy-Linux）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   把 Windows 的 exe 程序转换为 Linux 下的 deb 安装包，方便在 Linux 系统上打包分发软件。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/WorkBuddy-Linux
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「exe 转 deb 工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/WorkBuddy-Linux
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【余光创博客（ygc-blog）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   生物信息学研究者余光创（YuLab）的个人博客源码，内容涵盖 R 绘图、组学数据挖掘与可视化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ygc-blog
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「余光创博客」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/ygc-blog
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【yplot 绘图工具（yplot）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   名为 yplot 的 R 绘图包，用于在数据分析中生成和调整图表，可作为绘图流程中的辅助工具使用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/yplot
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「yplot 绘图工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/yplot
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【YuLab 通用工具集（yulab.utils）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   YuLab-SMU 实验室日常使用的杂项函数集合，为团队开发的 R 包提供通用、便捷的小工具。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/yulab.utils
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「YuLab 通用工具集」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/yulab.utils
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【YuLab 检查工具（yulabcheck）安装教程】—— clusterProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 R（4.1 及以上）与 RStudio。

■ 本工具是什么
   YuLab 团队编写的检查类 R 包，主要用于对软件包或分析结果进行校验与确认。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 R 包源码包。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 得到源码目录。
   2. 在 RStudio 里执行：
      install.packages("解压后目录的完整路径", repos = NULL, type = "source")
      若报依赖缺失，先装 BiocManager：
      install.packages("BiocManager"); BiocManager::install(c("依赖包名"))
   3. 安装完成后加载： library(包名)

■ 验证是否装好
   · library(包名) 不报错即成功；富集分析可跑通一个最小示例。

■ 常见问题
   · 提示需要 Bioconductor 的依赖：用 BiocManager::install 安装，不要用普通 install.packages。
   · 中文注释乱码：RStudio 里把文件编码设为 UTF-8。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/yulabcheck
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「YuLab 检查工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/YuLab-SMU/yulabcheck
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。