BEAST 2 插件合集（共 31 个）

【细菌抗性基因推断（bacter）安装教程】—— BEAST 2

■ 前置条件
   · 已安装 BEAST 2（2.6 及以上）与 BEAUti；需要 Java 8/11 运行时。

■ 本包是什么
   细菌抗性基因推断，从细菌基因组数据重建抗生素抗性基因的获得与传播历史。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 BEAST 2 的 addon 安装包，**不要解压**。

■ 安装步骤
   1. 打开 BEAST 2 的 Package Manager（BEAUti 菜单 File → Manage Packages，
      或独立程序 Package Manager）。
   2. 点 "Install Package from File"，选择本目录的 .zip 文件。
   3. 安装完成后按提示重启 BEAUti / BEAST。
   4. 重启后在 BEAUti 的模块树里即可看到该包提供的模型（Site Model / Tree Prior 等）。

■ 验证是否装好
   · Package Manager 的已安装列表里能看到它；BEAUti 对应面板里能选到该模型。

■ 常见问题
   · 提示依赖缺失：先安装它依赖的包（见插件说明里的"依赖"）。
   · 版本不兼容：该包要求更高的 BEAST 2 版本，升级 BEAST 即可。

■ 来源与版权
   http://tgvaughan.github.io/bacter
   BEAST 2 官方包仓库发布，开源/免费，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「细菌抗性基因推断」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   http://tgvaughan.github.io/bacter
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【贝叶斯结构化溯祖近似（BASTA）安装教程】—— BEAST 2

■ 前置条件
   · 已安装 BEAST 2（2.6 及以上）与 BEAUti；需要 Java 8/11 运行时。

■ 本包是什么
   结构化溯祖的贝叶斯近似方法，在存在种群结构时高效估计系统发育关系与迁移历史。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 BEAST 2 的 addon 安装包，**不要解压**。

■ 安装步骤
   1. 打开 BEAST 2 的 Package Manager（BEAUti 菜单 File → Manage Packages，
      或独立程序 Package Manager）。
   2. 点 "Install Package from File"，选择本目录的 .zip 文件。
   3. 安装完成后按提示重启 BEAUti / BEAST。
   4. 重启后在 BEAUti 的模块树里即可看到该包提供的模型（Site Model / Tree Prior 等）。

■ 验证是否装好
   · Package Manager 的已安装列表里能看到它；BEAUti 对应面板里能选到该模型。

■ 常见问题
   · 提示依赖缺失：先安装它依赖的包（见插件说明里的"依赖"）。
   · 版本不兼容：该包要求更高的 BEAST 2 版本，升级 BEAST 即可。

■ 来源与版权
   https://bitbucket.org/nicofmay/basta-bayesian-structured-coalescent-approximation
   BEAST 2 官方包仓库发布，开源/免费，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「贝叶斯结构化溯祖近似」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://bitbucket.org/nicofmay/basta-bayesian-structured-coalescent-approximation
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【多类型生灭迁移模型（bdmm）安装教程】—— BEAST 2

■ 前置条件
   · 已安装 BEAST 2（2.6 及以上）与 BEAUti；需要 Java 8/11 运行时。

■ 本包是什么
   多类型生灭迁移模型的预发布版本，用于带结构种群的多样化与迁移速率联合推断。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 BEAST 2 的 addon 安装包，**不要解压**。

■ 安装步骤
   1. 打开 BEAST 2 的 Package Manager（BEAUti 菜单 File → Manage Packages，
      或独立程序 Package Manager）。
   2. 点 "Install Package from File"，选择本目录的 .zip 文件。
   3. 安装完成后按提示重启 BEAUti / BEAST。
   4. 重启后在 BEAUti 的模块树里即可看到该包提供的模型（Site Model / Tree Prior 等）。

■ 验证是否装好
   · Package Manager 的已安装列表里能看到它；BEAUti 对应面板里能选到该模型。

■ 常见问题
   · 提示依赖缺失：先安装它依赖的包（见插件说明里的"依赖"）。
   · 版本不兼容：该包要求更高的 BEAST 2 版本，升级 BEAST 即可。

■ 来源与版权
   https://github.com/denisekuehnert/bdmm
   BEAST 2 官方包仓库发布，开源/免费，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多类型生灭迁移模型」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/denisekuehnert/bdmm
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【生灭天际线模型（BDSKY）安装教程】—— BEAST 2

■ 前置条件
   · 已安装 BEAST 2（2.6 及以上）与 BEAUti；需要 Java 8/11 运行时。

■ 本包是什么
   生灭天际线模型，可处理序列采样末端、随时间分段恒定的速率变化以及祖先采样，联合估计多样化与灭绝速率。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 BEAST 2 的 addon 安装包，**不要解压**。

■ 安装步骤
   1. 打开 BEAST 2 的 Package Manager（BEAUti 菜单 File → Manage Packages，
      或独立程序 Package Manager）。
   2. 点 "Install Package from File"，选择本目录的 .zip 文件。
   3. 安装完成后按提示重启 BEAUti / BEAST。
   4. 重启后在 BEAUti 的模块树里即可看到该包提供的模型（Site Model / Tree Prior 等）。

■ 验证是否装好
   · Package Manager 的已安装列表里能看到它；BEAUti 对应面板里能选到该模型。

■ 常见问题
   · 提示依赖缺失：先安装它依赖的包（见插件说明里的"依赖"）。
   · 版本不兼容：该包要求更高的 BEAST 2 版本，升级 BEAST 即可。

■ 来源与版权
   https://github.com/BEAST2-Dev/bdsky/
   BEAST 2 官方包仓库发布，开源/免费，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「生灭天际线模型」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/BEAST2-Dev/bdsky/
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【BEAST核心引擎（BEAST）安装教程】—— BEAST 2

■ 前置条件
   · 已安装 BEAST 2（2.6 及以上）与 BEAUti；需要 Java 8/11 运行时。

■ 本包是什么
   BEAST 核心引擎，提供贝叶斯系统发育与种群动态分析的马尔可夫链蒙特卡洛采样框架。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 BEAST 2 的 addon 安装包，**不要解压**。

■ 安装步骤
   1. 打开 BEAST 2 的 Package Manager（BEAUti 菜单 File → Manage Packages，
      或独立程序 Package Manager）。
   2. 点 "Install Package from File"，选择本目录的 .zip 文件。
   3. 安装完成后按提示重启 BEAUti / BEAST。
   4. 重启后在 BEAUti 的模块树里即可看到该包提供的模型（Site Model / Tree Prior 等）。

■ 验证是否装好
   · Package Manager 的已安装列表里能看到它；BEAUti 对应面板里能选到该模型。

■ 常见问题
   · 提示依赖缺失：先安装它依赖的包（见插件说明里的"依赖"）。
   · 版本不兼容：该包要求更高的 BEAST 2 版本，升级 BEAST 即可。

■ 来源与版权
   http://beast2.org
   BEAST 2 官方包仓库发布，开源/免费，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BEAST核心引擎」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   http://beast2.org
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【一代经典类移植包（BEAST_CLASSIC）安装教程】—— BEAST 2

■ 前置条件
   · 已安装 BEAST 2（2.6 及以上）与 BEAUti；需要 Java 8/11 运行时。

■ 本包是什么
   将 BEAST 1 的经典类以包装器形式移植到 BEAST 2，方便沿用一代的模型与分析配置。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 BEAST 2 的 addon 安装包，**不要解压**。

■ 安装步骤
   1. 打开 BEAST 2 的 Package Manager（BEAUti 菜单 File → Manage Packages，
      或独立程序 Package Manager）。
   2. 点 "Install Package from File"，选择本目录的 .zip 文件。
   3. 安装完成后按提示重启 BEAUti / BEAST。
   4. 重启后在 BEAUti 的模块树里即可看到该包提供的模型（Site Model / Tree Prior 等）。

■ 验证是否装好
   · Package Manager 的已安装列表里能看到它；BEAUti 对应面板里能选到该模型。

■ 常见问题
   · 提示依赖缺失：先安装它依赖的包（见插件说明里的"依赖"）。
   · 版本不兼容：该包要求更高的 BEAST 2 版本，升级 BEAST 即可。

■ 来源与版权
   https://github.com/BEAST2-Dev/beast-classic/
   BEAST 2 官方包仓库发布，开源/免费，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「一代经典类移植包」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/BEAST2-Dev/beast-classic/
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【BEAST扩展工具集（BEASTLabs）安装教程】—— BEAST 2

■ 前置条件
   · 已安装 BEAST 2（2.6 及以上）与 BEAUti；需要 Java 8/11 运行时。

■ 本包是什么
   BEAST 扩展工具集，提供脚本编写、多单系约束等功能，便于搭建和运行复杂分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 BEAST 2 的 addon 安装包，**不要解压**。

■ 安装步骤
   1. 打开 BEAST 2 的 Package Manager（BEAUti 菜单 File → Manage Packages，
      或独立程序 Package Manager）。
   2. 点 "Install Package from File"，选择本目录的 .zip 文件。
   3. 安装完成后按提示重启 BEAUti / BEAST。
   4. 重启后在 BEAUti 的模块树里即可看到该包提供的模型（Site Model / Tree Prior 等）。

■ 验证是否装好
   · Package Manager 的已安装列表里能看到它；BEAUti 对应面板里能选到该模型。

■ 常见问题
   · 提示依赖缺失：先安装它依赖的包（见插件说明里的"依赖"）。
   · 版本不兼容：该包要求更高的 BEAST 2 版本，升级 BEAST 即可。

■ 来源与版权
   https://github.com/BEAST2-Dev/BEASTLabs/
   BEAST 2 官方包仓库发布，开源/免费，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BEAST扩展工具集」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/BEAST2-Dev/BEASTLabs/
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【BEAST脚本外壳（BEASTShell）安装教程】—— BEAST 2

■ 前置条件
   · 已安装 BEAST 2（2.6 及以上）与 BEAUti；需要 Java 8/11 运行时。

■ 本包是什么
   BEAST 脚本外壳，基于 BeanShell 语言，可在 BEAST 环境中交互式编写与调试分析脚本。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 BEAST 2 的 addon 安装包，**不要解压**。

■ 安装步骤
   1. 打开 BEAST 2 的 Package Manager（BEAUti 菜单 File → Manage Packages，
      或独立程序 Package Manager）。
   2. 点 "Install Package from File"，选择本目录的 .zip 文件。
   3. 安装完成后按提示重启 BEAUti / BEAST。
   4. 重启后在 BEAUti 的模块树里即可看到该包提供的模型（Site Model / Tree Prior 等）。

■ 验证是否装好
   · Package Manager 的已安装列表里能看到它；BEAUti 对应面板里能选到该模型。

■ 常见问题
   · 提示依赖缺失：先安装它依赖的包（见插件说明里的"依赖"）。
   · 版本不兼容：该包要求更高的 BEAST 2 版本，升级 BEAST 即可。

■ 来源与版权
   https://github.com/CompEvol/beastshell
   BEAST 2 官方包仓库发布，开源/免费，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BEAST脚本外壳」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CompEvol/beastshell
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【串联重复序列数据分析（BEASTvntr）安装教程】—— BEAST 2

■ 前置条件
   · 已安装 BEAST 2（2.6 及以上）与 BEAUti；需要 Java 8/11 运行时。

■ 本包是什么
   支持可变数目串联重复序列（如微卫星）数据的贝叶斯分析，估计重复数目的演化过程。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 BEAST 2 的 addon 安装包，**不要解压**。

■ 安装步骤
   1. 打开 BEAST 2 的 Package Manager（BEAUti 菜单 File → Manage Packages，
      或独立程序 Package Manager）。
   2. 点 "Install Package from File"，选择本目录的 .zip 文件。
   3. 安装完成后按提示重启 BEAUti / BEAST。
   4. 重启后在 BEAUti 的模块树里即可看到该包提供的模型（Site Model / Tree Prior 等）。

■ 验证是否装好
   · Package Manager 的已安装列表里能看到它；BEAUti 对应面板里能选到该模型。

■ 常见问题
   · 提示依赖缺失：先安装它依赖的包（见插件说明里的"依赖"）。
   · 版本不兼容：该包要求更高的 BEAST 2 版本，升级 BEAST 即可。

■ 来源与版权
   https://github.com/arjun-1/BEASTvntr
   BEAST 2 官方包仓库发布，开源/免费，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「串联重复序列数据分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/arjun-1/BEASTvntr
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【核苷酸替换模型贝叶斯检验（bModelTest）安装教程】—— BEAST 2

■ 前置条件
   · 已安装 BEAST 2（2.6 及以上）与 BEAUti；需要 Java 8/11 运行时。

■ 本包是什么
   对核苷酸替换模型、伽马速率异质性与不变位点进行贝叶斯模型检验，自动平均模型不确定性。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 BEAST 2 的 addon 安装包，**不要解压**。

■ 安装步骤
   1. 打开 BEAST 2 的 Package Manager（BEAUti 菜单 File → Manage Packages，
      或独立程序 Package Manager）。
   2. 点 "Install Package from File"，选择本目录的 .zip 文件。
   3. 安装完成后按提示重启 BEAUti / BEAST。
   4. 重启后在 BEAUti 的模块树里即可看到该包提供的模型（Site Model / Tree Prior 等）。

■ 验证是否装好
   · Package Manager 的已安装列表里能看到它；BEAUti 对应面板里能选到该模型。

■ 常见问题
   · 提示依赖缺失：先安装它依赖的包（见插件说明里的"依赖"）。
   · 版本不兼容：该包要求更高的 BEAST 2 版本，升级 BEAST 即可。

■ 来源与版权
   https://github.com/BEAST2-Dev/bModelTest/wiki
   BEAST 2 官方包仓库发布，开源/免费，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「核苷酸替换模型贝叶斯检验」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/BEAST2-Dev/bModelTest/wiki
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【化石校准分支年龄模型（CA）安装教程】—— BEAST 2

■ 前置条件
   · 已安装 BEAST 2（2.6 及以上）与 BEAUti；需要 Java 8/11 运行时。

■ 本包是什么
   CladeAge 化石校准包，通过分支年龄分布为系统发育树提供化石标定信息。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 BEAST 2 的 addon 安装包，**不要解压**。

■ 安装步骤
   1. 打开 BEAST 2 的 Package Manager（BEAUti 菜单 File → Manage Packages，
      或独立程序 Package Manager）。
   2. 点 "Install Package from File"，选择本目录的 .zip 文件。
   3. 安装完成后按提示重启 BEAUti / BEAST。
   4. 重启后在 BEAUti 的模块树里即可看到该包提供的模型（Site Model / Tree Prior 等）。

■ 验证是否装好
   · Package Manager 的已安装列表里能看到它；BEAUti 对应面板里能选到该模型。

■ 常见问题
   · 提示依赖缺失：先安装它依赖的包（见插件说明里的"依赖"）。
   · 版本不兼容：该包要求更高的 BEAST 2 版本，升级 BEAST 即可。

■ 来源与版权
   https://github.com/BEAST2-Dev/cladeage/
   BEAST 2 官方包仓库发布，开源/免费，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「化石校准分支年龄模型」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/BEAST2-Dev/cladeage/
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【流行病传播轨迹推断（EpiInf）安装教程】—— BEAST 2

■ 前置条件
   · 已安装 BEAST 2（2.6 及以上）与 BEAUti；需要 Java 8/11 运行时。

■ 本包是什么
   基于生灭、SIR 与 SIS 模型推断流行病传播轨迹，重建疫情随时间变化的动态过程。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 BEAST 2 的 addon 安装包，**不要解压**。

■ 安装步骤
   1. 打开 BEAST 2 的 Package Manager（BEAUti 菜单 File → Manage Packages，
      或独立程序 Package Manager）。
   2. 点 "Install Package from File"，选择本目录的 .zip 文件。
   3. 安装完成后按提示重启 BEAUti / BEAST。
   4. 重启后在 BEAUti 的模块树里即可看到该包提供的模型（Site Model / Tree Prior 等）。

■ 验证是否装好
   · Package Manager 的已安装列表里能看到它；BEAUti 对应面板里能选到该模型。

■ 常见问题
   · 提示依赖缺失：先安装它依赖的包（见插件说明里的"依赖"）。
   · 版本不兼容：该包要求更高的 BEAST 2 版本，升级 BEAST 即可。

■ 来源与版权
   http://tgvaughan.github.io/EpiInf
   BEAST 2 官方包仓库发布，开源/免费，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「流行病传播轨迹推断」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   http://tgvaughan.github.io/EpiInf
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【灵活局域分子钟模型（FLC）安装教程】—— BEAST 2

■ 前置条件
   · 已安装 BEAST 2（2.6 及以上）与 BEAUti；需要 Java 8/11 运行时。

■ 本包是什么
   灵活局域分子钟模型，允许不同分支或位点具有不同演化速率，更准确地估计分歧时间。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 BEAST 2 的 addon 安装包，**不要解压**。

■ 安装步骤
   1. 打开 BEAST 2 的 Package Manager（BEAUti 菜单 File → Manage Packages，
      或独立程序 Package Manager）。
   2. 点 "Install Package from File"，选择本目录的 .zip 文件。
   3. 安装完成后按提示重启 BEAUti / BEAST。
   4. 重启后在 BEAUti 的模块树里即可看到该包提供的模型（Site Model / Tree Prior 等）。

■ 验证是否装好
   · Package Manager 的已安装列表里能看到它；BEAUti 对应面板里能选到该模型。

■ 常见问题
   · 提示依赖缺失：先安装它依赖的包（见插件说明里的"依赖"）。
   · 版本不兼容：该包要求更高的 BEAST 2 版本，升级 BEAST 即可。

■ 来源与版权
   https://github.com/4ment/flc
   BEAST 2 官方包仓库发布，开源/免费，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「灵活局域分子钟模型」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/4ment/flc
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【全球系统地理扩散分析（GEO_SPHERE）安装教程】—— BEAST 2

■ 前置条件
   · 已安装 BEAST 2（2.6 及以上）与 BEAUti；需要 Java 8/11 运行时。

■ 本包是什么
   全球系统地理扩散分析，利用经纬度与球面距离重建物种在全球尺度上的扩散历史。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 BEAST 2 的 addon 安装包，**不要解压**。

■ 安装步骤
   1. 打开 BEAST 2 的 Package Manager（BEAUti 菜单 File → Manage Packages，
      或独立程序 Package Manager）。
   2. 点 "Install Package from File"，选择本目录的 .zip 文件。
   3. 安装完成后按提示重启 BEAUti / BEAST。
   4. 重启后在 BEAUti 的模块树里即可看到该包提供的模型（Site Model / Tree Prior 等）。

■ 验证是否装好
   · Package Manager 的已安装列表里能看到它；BEAUti 对应面板里能选到该模型。

■ 常见问题
   · 提示依赖缺失：先安装它依赖的包（见插件说明里的"依赖"）。
   · 版本不兼容：该包要求更高的 BEAST 2 版本，升级 BEAST 即可。

■ 来源与版权
   https://github.com/BEAST2-Dev/beast-geo/
   BEAST 2 官方包仓库发布，开源/免费，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「全球系统地理扩散分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/BEAST2-Dev/beast-geo/
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【结构化溯祖边缘近似（Mascot）安装教程】—— BEAST 2

■ 前置条件
   · 已安装 BEAST 2（2.6 及以上）与 BEAUti；需要 Java 8/11 运行时。

■ 本包是什么
   结构化溯祖的边缘近似方法，高效计算带种群结构的溯祖似然，显著降低计算复杂度。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 BEAST 2 的 addon 安装包，**不要解压**。

■ 安装步骤
   1. 打开 BEAST 2 的 Package Manager（BEAUti 菜单 File → Manage Packages，
      或独立程序 Package Manager）。
   2. 点 "Install Package from File"，选择本目录的 .zip 文件。
   3. 安装完成后按提示重启 BEAUti / BEAST。
   4. 重启后在 BEAUti 的模块树里即可看到该包提供的模型（Site Model / Tree Prior 等）。

■ 验证是否装好
   · Package Manager 的已安装列表里能看到它；BEAUti 对应面板里能选到该模型。

■ 常见问题
   · 提示依赖缺失：先安装它依赖的包（见插件说明里的"依赖"）。
   · 版本不兼容：该包要求更高的 BEAST 2 版本，升级 BEAST 即可。

■ 来源与版权
   https://github.com/nicfel/Mascot-Tutorial
   BEAST 2 官方包仓库发布，开源/免费，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「结构化溯祖边缘近似」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nicfel/Mascot-Tutorial
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【随机种群动态模拟（MASTER）安装教程】—— BEAST 2

■ 前置条件
   · 已安装 BEAST 2（2.6 及以上）与 BEAUti；需要 Java 8/11 运行时。

■ 本包是什么
   随机种群动态模拟，按出生、死亡、迁移等随机过程在 BEAST 中模拟种群演化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 BEAST 2 的 addon 安装包，**不要解压**。

■ 安装步骤
   1. 打开 BEAST 2 的 Package Manager（BEAUti 菜单 File → Manage Packages，
      或独立程序 Package Manager）。
   2. 点 "Install Package from File"，选择本目录的 .zip 文件。
   3. 安装完成后按提示重启 BEAUti / BEAST。
   4. 重启后在 BEAUti 的模块树里即可看到该包提供的模型（Site Model / Tree Prior 等）。

■ 验证是否装好
   · Package Manager 的已安装列表里能看到它；BEAUti 对应面板里能选到该模型。

■ 常见问题
   · 提示依赖缺失：先安装它依赖的包（见插件说明里的"依赖"）。
   · 版本不兼容：该包要求更高的 BEAST 2 版本，升级 BEAST 即可。

■ 来源与版权
   http://tgvaughan.github.io/MASTER
   BEAST 2 官方包仓库发布，开源/免费，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「随机种群动态模拟」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   http://tgvaughan.github.io/MASTER
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【多伽马与松弛位点模型（MGSM）安装教程】—— BEAST 2

■ 前置条件
   · 已安装 BEAST 2（2.6 及以上）与 BEAUti；需要 Java 8/11 运行时。

■ 本包是什么
   多伽马与松弛伽马位点模型，用于刻画不同位点间替换速率的异质性。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 BEAST 2 的 addon 安装包，**不要解压**。

■ 安装步骤
   1. 打开 BEAST 2 的 Package Manager（BEAUti 菜单 File → Manage Packages，
      或独立程序 Package Manager）。
   2. 点 "Install Package from File"，选择本目录的 .zip 文件。
   3. 安装完成后按提示重启 BEAUti / BEAST。
   4. 重启后在 BEAUti 的模块树里即可看到该包提供的模型（Site Model / Tree Prior 等）。

■ 验证是否装好
   · Package Manager 的已安装列表里能看到它；BEAUti 对应面板里能选到该模型。

■ 常见问题
   · 提示依赖缺失：先安装它依赖的包（见插件说明里的"依赖"）。
   · 版本不兼容：该包要求更高的 BEAST 2 版本，升级 BEAST 即可。

■ 来源与版权
   https://github.com/BEAST2-Dev/MGSM/wiki
   BEAST 2 官方包仓库发布，开源/免费，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多伽马与松弛位点模型」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/BEAST2-Dev/MGSM/wiki
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【形态性状演化模型（MM）安装教程】—— BEAST 2

■ 前置条件
   · 已安装 BEAST 2（2.6 及以上）与 BEAUti；需要 Java 8/11 运行时。

■ 本包是什么
   提供形态性状演化模型，可在系统发育分析中联合分子与形态数据估计树形。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 BEAST 2 的 addon 安装包，**不要解压**。

■ 安装步骤
   1. 打开 BEAST 2 的 Package Manager（BEAUti 菜单 File → Manage Packages，
      或独立程序 Package Manager）。
   2. 点 "Install Package from File"，选择本目录的 .zip 文件。
   3. 安装完成后按提示重启 BEAUti / BEAST。
   4. 重启后在 BEAUti 的模块树里即可看到该包提供的模型（Site Model / Tree Prior 等）。

■ 验证是否装好
   · Package Manager 的已安装列表里能看到它；BEAUti 对应面板里能选到该模型。

■ 常见问题
   · 提示依赖缺失：先安装它依赖的包（见插件说明里的"依赖"）。
   · 版本不兼容：该包要求更高的 BEAST 2 版本，升级 BEAST 即可。

■ 来源与版权
   https://github.com/CompEvol/morph-models
   BEAST 2 官方包仓库发布，开源/免费，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「形态性状演化模型」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CompEvol/morph-models
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【路径采样模型选择（MODEL_SELECTION）安装教程】—— BEAST 2

■ 前置条件
   · 已安装 BEAST 2（2.6 及以上）与 BEAUti；需要 Java 8/11 运行时。

■ 本包是什么
   通过路径采样与热石法分析比较各模型的边际似然，实现贝叶斯模型选择。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 BEAST 2 的 addon 安装包，**不要解压**。

■ 安装步骤
   1. 打开 BEAST 2 的 Package Manager（BEAUti 菜单 File → Manage Packages，
      或独立程序 Package Manager）。
   2. 点 "Install Package from File"，选择本目录的 .zip 文件。
   3. 安装完成后按提示重启 BEAUti / BEAST。
   4. 重启后在 BEAUti 的模块树里即可看到该包提供的模型（Site Model / Tree Prior 等）。

■ 验证是否装好
   · Package Manager 的已安装列表里能看到它；BEAUti 对应面板里能选到该模型。

■ 常见问题
   · 提示依赖缺失：先安装它依赖的包（见插件说明里的"依赖"）。
   · 版本不兼容：该包要求更高的 BEAST 2 版本，升级 BEAST 即可。

■ 来源与版权
   https://github.com/BEAST2-Dev/model-selection
   BEAST 2 官方包仓库发布，开源/免费，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「路径采样模型选择」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/BEAST2-Dev/model-selection
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【结构化溯祖推断（MultiTypeTree）安装教程】—— BEAST 2

■ 前置条件
   · 已安装 BEAST 2（2.6 及以上）与 BEAUti；需要 Java 8/11 运行时。

■ 本包是什么
   结构化溯祖推断，在存在种群结构时重建基因谱系与迁移过程，估计系统发育关系。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 BEAST 2 的 addon 安装包，**不要解压**。

■ 安装步骤
   1. 打开 BEAST 2 的 Package Manager（BEAUti 菜单 File → Manage Packages，
      或独立程序 Package Manager）。
   2. 点 "Install Package from File"，选择本目录的 .zip 文件。
   3. 安装完成后按提示重启 BEAUti / BEAST。
   4. 重启后在 BEAUti 的模块树里即可看到该包提供的模型（Site Model / Tree Prior 等）。

■ 验证是否装好
   · Package Manager 的已安装列表里能看到它；BEAUti 对应面板里能选到该模型。

■ 常见问题
   · 提示依赖缺失：先安装它依赖的包（见插件说明里的"依赖"）。
   · 版本不兼容：该包要求更高的 BEAST 2 版本，升级 BEAST 即可。

■ 来源与版权
   http://tgvaughan.github.io/MultiTypeTree
   BEAST 2 官方包仓库发布，开源/免费，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「结构化溯祖推断」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   http://tgvaughan.github.io/MultiTypeTree
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【流行病系统动力学建模（PhyDyn）安装教程】—— BEAST 2

■ 前置条件
   · 已安装 BEAST 2（2.6 及以上）与 BEAUti；需要 Java 8/11 运行时。

■ 本包是什么
   PhyDyn 流行病系统动力学建模包，结合病原体基因序列与流行病学模型推断传播动态。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 BEAST 2 的 addon 安装包，**不要解压**。

■ 安装步骤
   1. 打开 BEAST 2 的 Package Manager（BEAUti 菜单 File → Manage Packages，
      或独立程序 Package Manager）。
   2. 点 "Install Package from File"，选择本目录的 .zip 文件。
   3. 安装完成后按提示重启 BEAUti / BEAST。
   4. 重启后在 BEAUti 的模块树里即可看到该包提供的模型（Site Model / Tree Prior 等）。

■ 验证是否装好
   · Package Manager 的已安装列表里能看到它；BEAUti 对应面板里能选到该模型。

■ 常见问题
   · 提示依赖缺失：先安装它依赖的包（见插件说明里的"依赖"）。
   · 版本不兼容：该包要求更高的 BEAST 2 版本，升级 BEAST 即可。

■ 来源与版权
   https://github.com/mrc-ide/PhyDyn
   BEAST 2 官方包仓库发布，开源/免费，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「流行病系统动力学建模」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/mrc-ide/PhyDyn
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【系统动力学与溯祖模型（phylodynamics）安装教程】—— BEAST 2

■ 前置条件
   · 已安装 BEAST 2（2.6 及以上）与 BEAUti；需要 Java 8/11 运行时。

■ 本包是什么
   提供 BDSIR 与随机溯祖模型，结合流行病学隔室模型与溯祖过程推断传播动态。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 BEAST 2 的 addon 安装包，**不要解压**。

■ 安装步骤
   1. 打开 BEAST 2 的 Package Manager（BEAUti 菜单 File → Manage Packages，
      或独立程序 Package Manager）。
   2. 点 "Install Package from File"，选择本目录的 .zip 文件。
   3. 安装完成后按提示重启 BEAUti / BEAST。
   4. 重启后在 BEAUti 的模块树里即可看到该包提供的模型（Site Model / Tree Prior 等）。

■ 验证是否装好
   · Package Manager 的已安装列表里能看到它；BEAUti 对应面板里能选到该模型。

■ 常见问题
   · 提示依赖缺失：先安装它依赖的包（见插件说明里的"依赖"）。
   · 版本不兼容：该包要求更高的 BEAST 2 版本，升级 BEAST 即可。

■ 来源与版权
   https://github.com/BEAST2-Dev/phylodynamics
   BEAST 2 官方包仓库发布，开源/免费，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「系统动力学与溯祖模型」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/BEAST2-Dev/phylodynamics
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【分离突变与漂变模型（PoMo）安装教程】—— BEAST 2

■ 前置条件
   · 已安装 BEAST 2（2.6 及以上）与 BEAUti；需要 Java 8/11 运行时。

■ 本包是什么
   PoMo 替换模型，将突变与遗传漂变过程分离，适用于种群水平的等位基因频率数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 BEAST 2 的 addon 安装包，**不要解压**。

■ 安装步骤
   1. 打开 BEAST 2 的 Package Manager（BEAUti 菜单 File → Manage Packages，
      或独立程序 Package Manager）。
   2. 点 "Install Package from File"，选择本目录的 .zip 文件。
   3. 安装完成后按提示重启 BEAUti / BEAST。
   4. 重启后在 BEAUti 的模块树里即可看到该包提供的模型（Site Model / Tree Prior 等）。

■ 验证是否装好
   · Package Manager 的已安装列表里能看到它；BEAUti 对应面板里能选到该模型。

■ 常见问题
   · 提示依赖缺失：先安装它依赖的包（见插件说明里的"依赖"）。
   · 版本不兼容：该包要求更高的 BEAST 2 版本，升级 BEAST 即可。

■ 来源与版权
   https://bitbucket.org/nicofmay/pomo-beast
   BEAST 2 官方包仓库发布，开源/免费，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分离突变与漂变模型」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://bitbucket.org/nicofmay/pomo-beast
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【可逆跳跃替换模型（RBS）安装教程】—— BEAST 2

■ 前置条件
   · 已安装 BEAST 2（2.6 及以上）与 BEAUti；需要 Java 8/11 运行时。

■ 本包是什么
   基于可逆跳跃的替换模型，可在模型空间间自动跳转，实现替换模型选择的贝叶斯平均。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 BEAST 2 的 addon 安装包，**不要解压**。

■ 安装步骤
   1. 打开 BEAST 2 的 Package Manager（BEAUti 菜单 File → Manage Packages，
      或独立程序 Package Manager）。
   2. 点 "Install Package from File"，选择本目录的 .zip 文件。
   3. 安装完成后按提示重启 BEAUti / BEAST。
   4. 重启后在 BEAUti 的模块树里即可看到该包提供的模型（Site Model / Tree Prior 等）。

■ 验证是否装好
   · Package Manager 的已安装列表里能看到它；BEAUti 对应面板里能选到该模型。

■ 常见问题
   · 提示依赖缺失：先安装它依赖的包（见插件说明里的"依赖"）。
   · 版本不兼容：该包要求更高的 BEAST 2 版本，升级 BEAST 即可。

■ 来源与版权
   https://github.com/BEAST2-Dev/rb-beast
   BEAST 2 官方包仓库发布，开源/免费，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「可逆跳跃替换模型」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/BEAST2-Dev/rb-beast
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【祖先采样树模型（SA）安装教程】—— BEAST 2

■ 前置条件
   · 已安装 BEAST 2（2.6 及以上）与 BEAUti；需要 Java 8/11 运行时。

■ 本包是什么
   祖先采样树模型，允许直接采样到的序列代表祖先节点，适用于采样密集的疫情数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 BEAST 2 的 addon 安装包，**不要解压**。

■ 安装步骤
   1. 打开 BEAST 2 的 Package Manager（BEAUti 菜单 File → Manage Packages，
      或独立程序 Package Manager）。
   2. 点 "Install Package from File"，选择本目录的 .zip 文件。
   3. 安装完成后按提示重启 BEAUti / BEAST。
   4. 重启后在 BEAUti 的模块树里即可看到该包提供的模型（Site Model / Tree Prior 等）。

■ 验证是否装好
   · Package Manager 的已安装列表里能看到它；BEAUti 对应面板里能选到该模型。

■ 常见问题
   · 提示依赖缺失：先安装它依赖的包（见插件说明里的"依赖"）。
   · 版本不兼容：该包要求更高的 BEAST 2 版本，升级 BEAST 即可。

■ 来源与版权
   https://github.com/CompEvol/sampled-ancestors
   BEAST 2 官方包仓库发布，开源/免费，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「祖先采样树模型」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CompEvol/sampled-ancestors
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【结构溯祖传播树推断（SCOTTI）安装教程】—— BEAST 2

■ 前置条件
   · 已安装 BEAST 2（2.6 及以上）与 BEAUti；需要 Java 8/11 运行时。

■ 本包是什么
   结构化溯祖传播树推断，从宿主内序列数据重建个体间传播链与感染来源关系。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 BEAST 2 的 addon 安装包，**不要解压**。

■ 安装步骤
   1. 打开 BEAST 2 的 Package Manager（BEAUti 菜单 File → Manage Packages，
      或独立程序 Package Manager）。
   2. 点 "Install Package from File"，选择本目录的 .zip 文件。
   3. 安装完成后按提示重启 BEAUti / BEAST。
   4. 重启后在 BEAUti 的模块树里即可看到该包提供的模型（Site Model / Tree Prior 等）。

■ 验证是否装好
   · Package Manager 的已安装列表里能看到它；BEAUti 对应面板里能选到该模型。

■ 常见问题
   · 提示依赖缺失：先安装它依赖的包（见插件说明里的"依赖"）。
   · 版本不兼容：该包要求更高的 BEAST 2 版本，升级 BEAST 即可。

■ 来源与版权
   https://bitbucket.org/nicofmay/scotti
   BEAST 2 官方包仓库发布，开源/免费，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「结构溯祖传播树推断」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://bitbucket.org/nicofmay/scotti
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【SNP数据物种树推断（SNAPP）安装教程】—— BEAST 2

■ 前置条件
   · 已安装 BEAST 2（2.6 及以上）与 BEAUti；需要 Java 8/11 运行时。

■ 本包是什么
   利用 SNP 与 AFLP 标记直接推断物种树，无需预先估计各个基因树。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 BEAST 2 的 addon 安装包，**不要解压**。

■ 安装步骤
   1. 打开 BEAST 2 的 Package Manager（BEAUti 菜单 File → Manage Packages，
      或独立程序 Package Manager）。
   2. 点 "Install Package from File"，选择本目录的 .zip 文件。
   3. 安装完成后按提示重启 BEAUti / BEAST。
   4. 重启后在 BEAUti 的模块树里即可看到该包提供的模型（Site Model / Tree Prior 等）。

■ 验证是否装好
   · Package Manager 的已安装列表里能看到它；BEAUti 对应面板里能选到该模型。

■ 常见问题
   · 提示依赖缺失：先安装它依赖的包（见插件说明里的"依赖"）。
   · 版本不兼容：该包要求更高的 BEAST 2 版本，升级 BEAST 即可。

■ 来源与版权
   http://beast2.org/snapp/
   BEAST 2 官方包仓库发布，开源/免费，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「SNP数据物种树推断」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   http://beast2.org/snapp/
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【标准核苷酸替换模型（SSM）安装教程】—— BEAST 2

■ 前置条件
   · 已安装 BEAST 2（2.6 及以上）与 BEAUti；需要 Java 8/11 运行时。

■ 本包是什么
   标准核苷酸替换模型集合，包含常用的 DNA 演化模型，供系统发育分析选择使用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 BEAST 2 的 addon 安装包，**不要解压**。

■ 安装步骤
   1. 打开 BEAST 2 的 Package Manager（BEAUti 菜单 File → Manage Packages，
      或独立程序 Package Manager）。
   2. 点 "Install Package from File"，选择本目录的 .zip 文件。
   3. 安装完成后按提示重启 BEAUti / BEAST。
   4. 重启后在 BEAUti 的模块树里即可看到该包提供的模型（Site Model / Tree Prior 等）。

■ 验证是否装好
   · Package Manager 的已安装列表里能看到它；BEAUti 对应面板里能选到该模型。

■ 常见问题
   · 提示依赖缺失：先安装它依赖的包（见插件说明里的"依赖"）。
   · 版本不兼容：该包要求更高的 BEAST 2 版本，升级 BEAST 即可。

■ 来源与版权
   https://github.com/BEAST2-Dev/substmodels/
   BEAST 2 官方包仓库发布，开源/免费，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「标准核苷酸替换模型」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/BEAST2-Dev/substmodels/
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【物种界定与物种树估计（STACEY）安装教程】—— BEAST 2

■ 前置条件
   · 已安装 BEAST 2（2.6 及以上）与 BEAUti；需要 Java 8/11 运行时。

■ 本包是什么
   联合实现物种界定与物种树估计，采用允许基因树与物种树不一致的溯祖模型。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 BEAST 2 的 addon 安装包，**不要解压**。

■ 安装步骤
   1. 打开 BEAST 2 的 Package Manager（BEAUti 菜单 File → Manage Packages，
      或独立程序 Package Manager）。
   2. 点 "Install Package from File"，选择本目录的 .zip 文件。
   3. 安装完成后按提示重启 BEAUti / BEAST。
   4. 重启后在 BEAUti 的模块树里即可看到该包提供的模型（Site Model / Tree Prior 等）。

■ 验证是否装好
   · Package Manager 的已安装列表里能看到它；BEAUti 对应面板里能选到该模型。

■ 常见问题
   · 提示依赖缺失：先安装它依赖的包（见插件说明里的"依赖"）。
   · 版本不兼容：该包要求更高的 BEAST 2 版本，升级 BEAST 即可。

■ 来源与版权
   http://www.indriid.com
   BEAST 2 官方包仓库发布，开源/免费，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「物种界定与物种树估计」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   http://www.indriid.com
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【多物种溯祖物种树推断（StarBEAST2）安装教程】—— BEAST 2

■ 前置条件
   · 已安装 BEAST 2（2.6 及以上）与 BEAUti；需要 Java 8/11 运行时。

■ 本包是什么
   基于多物种溯祖模型，联合多位点与化石数据推断物种树，允许基因谱系不完全分选。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 BEAST 2 的 addon 安装包，**不要解压**。

■ 安装步骤
   1. 打开 BEAST 2 的 Package Manager（BEAUti 菜单 File → Manage Packages，
      或独立程序 Package Manager）。
   2. 点 "Install Package from File"，选择本目录的 .zip 文件。
   3. 安装完成后按提示重启 BEAUti / BEAST。
   4. 重启后在 BEAUti 的模块树里即可看到该包提供的模型（Site Model / Tree Prior 等）。

■ 验证是否装好
   · Package Manager 的已安装列表里能看到它；BEAUti 对应面板里能选到该模型。

■ 常见问题
   · 提示依赖缺失：先安装它依赖的包（见插件说明里的"依赖"）。
   · 版本不兼容：该包要求更高的 BEAST 2 版本，升级 BEAST 即可。

■ 来源与版权
   https://github.com/genomescale/starbeast2
   BEAST 2 官方包仓库发布，开源/免费，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多物种溯祖物种树推断」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/genomescale/starbeast2
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【替换模型贝叶斯平均（substBMA）安装教程】—— BEAST 2

■ 前置条件
   · 已安装 BEAST 2（2.6 及以上）与 BEAUti；需要 Java 8/11 运行时。

■ 本包是什么
   替换模型贝叶斯平均，对多个替换模型加权平均，降低模型选择带来的推断偏差。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 BEAST 2 的 addon 安装包，**不要解压**。

■ 安装步骤
   1. 打开 BEAST 2 的 Package Manager（BEAUti 菜单 File → Manage Packages，
      或独立程序 Package Manager）。
   2. 点 "Install Package from File"，选择本目录的 .zip 文件。
   3. 安装完成后按提示重启 BEAUti / BEAST。
   4. 重启后在 BEAUti 的模块树里即可看到该包提供的模型（Site Model / Tree Prior 等）。

■ 验证是否装好
   · Package Manager 的已安装列表里能看到它；BEAUti 对应面板里能选到该模型。

■ 常见问题
   · 提示依赖缺失：先安装它依赖的包（见插件说明里的"依赖"）。
   · 版本不兼容：该包要求更高的 BEAST 2 版本，升级 BEAST 即可。

■ 来源与版权
   https://github.com/jessiewu/substBMA
   BEAST 2 官方包仓库发布，开源/免费，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「替换模型贝叶斯平均」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/jessiewu/substBMA
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。