HyPhy 插件合集（共 28 个）

【蛋白序列模拟（SimulateProtein）安装教程】—— HyPhy

■ 前置条件
   · 已安装 HyPhy 2.5 及以上（命令行版或 HyPhy-GUI 均可）。

■ 本分析脚本是什么
   按指定氨基酸替换模型模拟蛋白序列，检验分析流程与参数估计的可靠性。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.md）；HyPhy 脚本（.bf）；压缩包（.zip）。
   · .bf 是 HyPhy 批处理脚本本体。

■ 使用方法
   1. 图形界面：打开 HyPhy-GUI → File → Open → 选择本目录的 .bf 脚本。
   2. 命令行：
      hyphy <脚本名>.bf --alignment 你的比对文件.fasta
      （具体参数以脚本内说明为准，多数脚本支持 --help）
   3. 运行结束后结果文件会输出到当前目录。

■ 常见问题
   · 报 alignment 格式错误：HyPhy 需要 fasta/nexus 格式，且序列名不要有特殊字符。
   · 结果看不明：脚本目录里一般自带 README 或用 --help 查看参数说明。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「蛋白序列模拟」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/veg/hyphy-analyses/tree/master/SimulateProtein
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【序列名称清理（clean-names）安装教程】—— HyPhy

■ 前置条件
   · 已安装 HyPhy 2.5 及以上（命令行版或 HyPhy-GUI 均可）。

■ 本分析脚本是什么
   规范化比对文件中的序列名称，去除特殊字符以防解析失败或匹配错误。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：HyPhy 脚本（.bf）；压缩包（.zip）；其它文件（.md）。
   · .bf 是 HyPhy 批处理脚本本体。

■ 使用方法
   1. 图形界面：打开 HyPhy-GUI → File → Open → 选择本目录的 .bf 脚本。
   2. 命令行：
      hyphy <脚本名>.bf --alignment 你的比对文件.fasta
      （具体参数以脚本内说明为准，多数脚本支持 --help）
   3. 运行结束后结果文件会输出到当前目录。

■ 常见问题
   · 报 alignment 格式错误：HyPhy 需要 fasta/nexus 格式，且序列名不要有特殊字符。
   · 结果看不明：脚本目录里一般自带 README 或用 --help 查看参数说明。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「序列名称清理」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/veg/hyphy-analyses/tree/master/clean-names
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【分区位点提取（extract-partitions）安装教程】—— HyPhy

■ 前置条件
   · 已安装 HyPhy 2.5 及以上（命令行版或 HyPhy-GUI 均可）。

■ 本分析脚本是什么
   从比对或分区文件中抽取指定分区与位点范围，生成独立的分析文件。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：HyPhy 脚本（.bf）；压缩包（.zip）；其它文件（.md）。
   · .bf 是 HyPhy 批处理脚本本体。

■ 使用方法
   1. 图形界面：打开 HyPhy-GUI → File → Open → 选择本目录的 .bf 脚本。
   2. 命令行：
      hyphy <脚本名>.bf --alignment 你的比对文件.fasta
      （具体参数以脚本内说明为准，多数脚本支持 --help）
   3. 运行结束后结果文件会输出到当前目录。

■ 常见问题
   · 报 alignment 格式错误：HyPhy 需要 fasta/nexus 格式，且序列名不要有特殊字符。
   · 结果看不明：脚本目录里一般自带 README 或用 --help 查看参数说明。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分区位点提取」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/veg/hyphy-analyses/tree/master/extract-partitions
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【树分支自动标记（LabelTrees）安装教程】—— HyPhy

■ 前置条件
   · 已安装 HyPhy 2.5 及以上（命令行版或 HyPhy-GUI 均可）。

■ 本分析脚本是什么
   按规则或标签文件为系统发育树的分支打标签，便于后续分组选择压力分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 7 个文件：HyPhy 脚本（.bf）；压缩包（.zip）；其它文件（.md）。
   · .bf 是 HyPhy 批处理脚本本体。

■ 使用方法
   1. 图形界面：打开 HyPhy-GUI → File → Open → 选择本目录的 .bf 脚本。
   2. 命令行：
      hyphy <脚本名>.bf --alignment 你的比对文件.fasta
      （具体参数以脚本内说明为准，多数脚本支持 --help）
   3. 运行结束后结果文件会输出到当前目录。

■ 常见问题
   · 报 alignment 格式错误：HyPhy 需要 fasta/nexus 格式，且序列名不要有特殊字符。
   · 结果看不明：脚本目录里一般自带 README 或用 --help 查看参数说明。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「树分支自动标记」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/veg/hyphy-analyses/tree/master/LabelTrees
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【重复序列剔除（remove-duplicates）安装教程】—— HyPhy

■ 前置条件
   · 已安装 HyPhy 2.5 及以上（命令行版或 HyPhy-GUI 均可）。

■ 本分析脚本是什么
   删除比对文件中完全重复的序列，避免重复样本影响系统发育与选择分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.md）；HyPhy 脚本（.bf）；压缩包（.zip）。
   · .bf 是 HyPhy 批处理脚本本体。

■ 使用方法
   1. 图形界面：打开 HyPhy-GUI → File → Open → 选择本目录的 .bf 脚本。
   2. 命令行：
      hyphy <脚本名>.bf --alignment 你的比对文件.fasta
      （具体参数以脚本内说明为准，多数脚本支持 --help）
   3. 运行结束后结果文件会输出到当前目录。

■ 常见问题
   · 报 alignment 格式错误：HyPhy 需要 fasta/nexus 格式，且序列名不要有特殊字符。
   · 结果看不明：脚本目录里一般自带 README 或用 --help 查看参数说明。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「重复序列剔除」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/veg/hyphy-analyses/tree/master/remove-duplicates
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【RELAX联合检验（RELAX-joint）安装教程】—— HyPhy

■ 前置条件
   · 已安装 HyPhy 2.5 及以上（命令行版或 HyPhy-GUI 均可）。

■ 本分析脚本是什么
   RELAX 联合版，同时检验选择压力放松与加强，估计强度参数 k 及显著性。

■ 文件说明
   · 本目录共 4 个文件：其它文件（.md）；HyPhy 脚本（.bf）；压缩包（.zip）。
   · .bf 是 HyPhy 批处理脚本本体。

■ 使用方法
   1. 图形界面：打开 HyPhy-GUI → File → Open → 选择本目录的 .bf 脚本。
   2. 命令行：
      hyphy <脚本名>.bf --alignment 你的比对文件.fasta
      （具体参数以脚本内说明为准，多数脚本支持 --help）
   3. 运行结束后结果文件会输出到当前目录。

■ 常见问题
   · 报 alignment 格式错误：HyPhy 需要 fasta/nexus 格式，且序列名不要有特殊字符。
   · 结果看不明：脚本目录里一般自带 README 或用 --help 查看参数说明。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「RELAX联合检验」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/veg/hyphy-analyses/tree/master/RELAX-joint
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【RELAX扫描检验（RELAX-scan）安装教程】—— HyPhy

■ 前置条件
   · 已安装 HyPhy 2.5 及以上（命令行版或 HyPhy-GUI 均可）。

■ 本分析脚本是什么
   RELAX 扫描版，逐位点或逐基因扫描，定位选择强度发生变化的区域。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.md）；压缩包（.zip）；HyPhy 脚本（.bf）。
   · .bf 是 HyPhy 批处理脚本本体。

■ 使用方法
   1. 图形界面：打开 HyPhy-GUI → File → Open → 选择本目录的 .bf 脚本。
   2. 命令行：
      hyphy <脚本名>.bf --alignment 你的比对文件.fasta
      （具体参数以脚本内说明为准，多数脚本支持 --help）
   3. 运行结束后结果文件会输出到当前目录。

■ 常见问题
   · 报 alignment 格式错误：HyPhy 需要 fasta/nexus 格式，且序列名不要有特殊字符。
   · 结果看不明：脚本目录里一般自带 README 或用 --help 查看参数说明。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「RELAX扫描检验」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/veg/hyphy-analyses/tree/master/RELAX-scan
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【MG94序列模拟（SimulateMG94）安装教程】—— HyPhy

■ 前置条件
   · 已安装 HyPhy 2.5 及以上（命令行版或 HyPhy-GUI 均可）。

■ 本分析脚本是什么
   按 MG94 密码子模型模拟序列数据，用于方法评估与统计功效研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.md）；HyPhy 脚本（.bf）；压缩包（.zip）。
   · .bf 是 HyPhy 批处理脚本本体。

■ 使用方法
   1. 图形界面：打开 HyPhy-GUI → File → Open → 选择本目录的 .bf 脚本。
   2. 命令行：
      hyphy <脚本名>.bf --alignment 你的比对文件.fasta
      （具体参数以脚本内说明为准，多数脚本支持 --help）
   3. 运行结束后结果文件会输出到当前目录。

■ 常见问题
   · 报 alignment 格式错误：HyPhy 需要 fasta/nexus 格式，且序列名不要有特殊字符。
   · 结果看不明：脚本目录里一般自带 README 或用 --help 查看参数说明。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MG94序列模拟」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/veg/hyphy-analyses/tree/master/SimulateMG94
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【祖先序列重建（AncestralSequences）安装教程】—— HyPhy

■ 前置条件
   · 已安装 HyPhy 2.5 及以上（命令行版或 HyPhy-GUI 均可）。

■ 本分析脚本是什么
   基于系统发育树与密码子模型重建内部节点的祖先序列，可输出蛋白或核酸水平的重建结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：HyPhy 脚本（.bf）；压缩包（.zip）；其它文件（.md）。
   · .bf 是 HyPhy 批处理脚本本体。

■ 使用方法
   1. 图形界面：打开 HyPhy-GUI → File → Open → 选择本目录的 .bf 脚本。
   2. 命令行：
      hyphy <脚本名>.bf --alignment 你的比对文件.fasta
      （具体参数以脚本内说明为准，多数脚本支持 --help）
   3. 运行结束后结果文件会输出到当前目录。

■ 常见问题
   · 报 alignment 格式错误：HyPhy 需要 fasta/nexus 格式，且序列名不要有特殊字符。
   · 结果看不明：脚本目录里一般自带 README 或用 --help 查看参数说明。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「祖先序列重建」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/veg/hyphy-analyses/tree/master/AncestralSequences
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【BUSTED位点速率检验（BUSTED-SR）安装教程】—— HyPhy

■ 前置条件
   · 已安装 HyPhy 2.5 及以上（命令行版或 HyPhy-GUI 均可）。

■ 本分析脚本是什么
   BUSTED 扩展版，在模型中引入位点速率变异，使基因水平正选择检验更稳健。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：HyPhy 脚本（.bf）；压缩包（.zip）；其它文件（.md）。
   · .bf 是 HyPhy 批处理脚本本体。

■ 使用方法
   1. 图形界面：打开 HyPhy-GUI → File → Open → 选择本目录的 .bf 脚本。
   2. 命令行：
      hyphy <脚本名>.bf --alignment 你的比对文件.fasta
      （具体参数以脚本内说明为准，多数脚本支持 --help）
   3. 运行结束后结果文件会输出到当前目录。

■ 常见问题
   · 报 alignment 格式错误：HyPhy 需要 fasta/nexus 格式，且序列名不要有特殊字符。
   · 结果看不明：脚本目录里一般自带 README 或用 --help 查看参数说明。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BUSTED位点速率检验」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/veg/hyphy-analyses/tree/master/BUSTED-SR
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【离群序列检测（find-outliers）安装教程】—— HyPhy

■ 前置条件
   · 已安装 HyPhy 2.5 及以上（命令行版或 HyPhy-GUI 均可）。

■ 本分析脚本是什么
   检测比对中的离群或异常序列，提示可能存在的重组、污染或测序错误。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：HyPhy 脚本（.bf）；压缩包（.zip）；其它文件（.md）。
   · .bf 是 HyPhy 批处理脚本本体。

■ 使用方法
   1. 图形界面：打开 HyPhy-GUI → File → Open → 选择本目录的 .bf 脚本。
   2. 命令行：
      hyphy <脚本名>.bf --alignment 你的比对文件.fasta
      （具体参数以脚本内说明为准，多数脚本支持 --help）
   3. 运行结束后结果文件会输出到当前目录。

■ 常见问题
   · 报 alignment 格式错误：HyPhy 需要 fasta/nexus 格式，且序列名不要有特殊字符。
   · 结果看不明：脚本目录里一般自带 README 或用 --help 查看参数说明。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「离群序列检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/veg/hyphy-analyses/tree/master/find-outliers
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【SCUEAL全基因组分型（SCUEAL-WG）安装教程】—— HyPhy

■ 前置条件
   · 已安装 HyPhy 2.5 及以上（命令行版或 HyPhy-GUI 均可）。

■ 本分析脚本是什么
   用 SCUEAL 方法对全基因组数据做重组感知的亚型分类与进化分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 19 个文件：HyPhy 脚本（.bf）；压缩包（.zip）。
   · .bf 是 HyPhy 批处理脚本本体。

■ 使用方法
   1. 图形界面：打开 HyPhy-GUI → File → Open → 选择本目录的 .bf 脚本。
   2. 命令行：
      hyphy <脚本名>.bf --alignment 你的比对文件.fasta
      （具体参数以脚本内说明为准，多数脚本支持 --help）
   3. 运行结束后结果文件会输出到当前目录。

■ 常见问题
   · 报 alignment 格式错误：HyPhy 需要 fasta/nexus 格式，且序列名不要有特殊字符。
   · 结果看不明：脚本目录里一般自带 README 或用 --help 查看参数说明。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「SCUEAL全基因组分型」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/veg/hyphy-analyses/tree/master/SCUEAL-WG
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【序列比对可视化（alignment-viz）安装教程】—— HyPhy

■ 前置条件
   · 已安装 HyPhy 2.5 及以上（命令行版或 HyPhy-GUI 均可）。

■ 本分析脚本是什么
   把序列比对结果图形化展示，直观查看位点变异、缺失与氨基酸替换分布。

■ 文件说明
   · 本目录共 4 个文件：HyPhy 脚本（.bf）；压缩包（.zip）；其它文件（.md）。
   · .bf 是 HyPhy 批处理脚本本体。

■ 使用方法
   1. 图形界面：打开 HyPhy-GUI → File → Open → 选择本目录的 .bf 脚本。
   2. 命令行：
      hyphy <脚本名>.bf --alignment 你的比对文件.fasta
      （具体参数以脚本内说明为准，多数脚本支持 --help）
   3. 运行结束后结果文件会输出到当前目录。

■ 常见问题
   · 报 alignment 格式错误：HyPhy 需要 fasta/nexus 格式，且序列名不要有特殊字符。
   · 结果看不明：脚本目录里一般自带 README 或用 --help 查看参数说明。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「序列比对可视化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/veg/hyphy-analyses/tree/master/alignment-viz
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【BUSTED结果比较（BUSTED-compare）安装教程】—— HyPhy

■ 前置条件
   · 已安装 HyPhy 2.5 及以上（命令行版或 HyPhy-GUI 均可）。

■ 本分析脚本是什么
   汇总比较多个 BUSTED 分析的拟合结果，整理各数据集的正选择检验证据。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：HyPhy 脚本（.bf）；压缩包（.zip）；其它文件（.md）。
   · .bf 是 HyPhy 批处理脚本本体。

■ 使用方法
   1. 图形界面：打开 HyPhy-GUI → File → Open → 选择本目录的 .bf 脚本。
   2. 命令行：
      hyphy <脚本名>.bf --alignment 你的比对文件.fasta
      （具体参数以脚本内说明为准，多数脚本支持 --help）
   3. 运行结束后结果文件会输出到当前目录。

■ 常见问题
   · 报 alignment 格式错误：HyPhy 需要 fasta/nexus 格式，且序列名不要有特殊字符。
   · 结果看不明：脚本目录里一般自带 README 或用 --help 查看参数说明。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BUSTED结果比较」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/veg/hyphy-analyses/tree/master/BUSTED-compare
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【BUSTED保守性分析（BUSTED-conservation）安装教程】—— HyPhy

■ 前置条件
   · 已安装 HyPhy 2.5 及以上（命令行版或 HyPhy-GUI 均可）。

■ 本分析脚本是什么
   BUSTED 扩展版，同时评估正选择信号与氨基酸位点的保守性模式。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：HyPhy 脚本（.bf）；压缩包（.zip）；其它文件（.md）。
   · .bf 是 HyPhy 批处理脚本本体。

■ 使用方法
   1. 图形界面：打开 HyPhy-GUI → File → Open → 选择本目录的 .bf 脚本。
   2. 命令行：
      hyphy <脚本名>.bf --alignment 你的比对文件.fasta
      （具体参数以脚本内说明为准，多数脚本支持 --help）
   3. 运行结束后结果文件会输出到当前目录。

■ 常见问题
   · 报 alignment 格式错误：HyPhy 需要 fasta/nexus 格式，且序列名不要有特殊字符。
   · 结果看不明：脚本目录里一般自带 README 或用 --help 查看参数说明。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BUSTED保守性分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/veg/hyphy-analyses/tree/master/BUSTED-conservation
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【BUSTED多分支模型（BUSTED-MH）安装教程】—— HyPhy

■ 前置条件
   · 已安装 HyPhy 2.5 及以上（命令行版或 HyPhy-GUI 均可）。

■ 本分析脚本是什么
   BUSTED 扩展版，为不同分支组设置各自的选择参数，检测谱系特异的正选择信号。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：HyPhy 脚本（.bf）；压缩包（.zip）；其它文件（.md）。
   · .bf 是 HyPhy 批处理脚本本体。

■ 使用方法
   1. 图形界面：打开 HyPhy-GUI → File → Open → 选择本目录的 .bf 脚本。
   2. 命令行：
      hyphy <脚本名>.bf --alignment 你的比对文件.fasta
      （具体参数以脚本内说明为准，多数脚本支持 --help）
   3. 运行结束后结果文件会输出到当前目录。

■ 常见问题
   · 报 alignment 格式错误：HyPhy 需要 fasta/nexus 格式，且序列名不要有特殊字符。
   · 结果看不明：脚本目录里一般自带 README 或用 --help 查看参数说明。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BUSTED多分支模型」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/veg/hyphy-analyses/tree/master/BUSTED-MH
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【BUSTED表型关联检验（BUSTED-PH）安装教程】—— HyPhy

■ 前置条件
   · 已安装 HyPhy 2.5 及以上（命令行版或 HyPhy-GUI 均可）。

■ 本分析脚本是什么
   BUSTED 扩展版，按表型把分支分组比较，检验表型相关的正选择压力差异。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：HyPhy 脚本（.bf）；压缩包（.zip）；其它文件（.md）。
   · .bf 是 HyPhy 批处理脚本本体。

■ 使用方法
   1. 图形界面：打开 HyPhy-GUI → File → Open → 选择本目录的 .bf 脚本。
   2. 命令行：
      hyphy <脚本名>.bf --alignment 你的比对文件.fasta
      （具体参数以脚本内说明为准，多数脚本支持 --help）
   3. 运行结束后结果文件会输出到当前目录。

■ 常见问题
   · 报 alignment 格式错误：HyPhy 需要 fasta/nexus 格式，且序列名不要有特殊字符。
   · 结果看不明：脚本目录里一般自带 README 或用 --help 查看参数说明。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BUSTED表型关联检验」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/veg/hyphy-analyses/tree/master/BUSTED-PH
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【密码子比对整理（codon-msa）安装教程】—— HyPhy

■ 前置条件
   · 已安装 HyPhy 2.5 及以上（命令行版或 HyPhy-GUI 均可）。

■ 本分析脚本是什么
   把核酸比对按读码框整理成密码子比对，供选择压力与 dN/dS 分析使用。

■ 文件说明
   · 本目录共 5 个文件：压缩包（.zip）；HyPhy 脚本（.bf）；其它文件（.md）。
   · .bf 是 HyPhy 批处理脚本本体。

■ 使用方法
   1. 图形界面：打开 HyPhy-GUI → File → Open → 选择本目录的 .bf 脚本。
   2. 命令行：
      hyphy <脚本名>.bf --alignment 你的比对文件.fasta
      （具体参数以脚本内说明为准，多数脚本支持 --help）
   3. 运行结束后结果文件会输出到当前目录。

■ 常见问题
   · 报 alignment 格式错误：HyPhy 需要 fasta/nexus 格式，且序列名不要有特殊字符。
   · 结果看不明：脚本目录里一般自带 README 或用 --help 查看参数说明。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「密码子比对整理」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/veg/hyphy-analyses/tree/master/codon-msa
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【MG94模型拟合（FitMG94）安装教程】—— HyPhy

■ 前置条件
   · 已安装 HyPhy 2.5 及以上（命令行版或 HyPhy-GUI 均可）。

■ 本分析脚本是什么
   拟合 Muse-Gaut 94 密码子模型，估计同义与非同义替换速率及碱基频率参数。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：HyPhy 脚本（.bf）；压缩包（.zip）；其它文件（.md）。
   · .bf 是 HyPhy 批处理脚本本体。

■ 使用方法
   1. 图形界面：打开 HyPhy-GUI → File → Open → 选择本目录的 .bf 脚本。
   2. 命令行：
      hyphy <脚本名>.bf --alignment 你的比对文件.fasta
      （具体参数以脚本内说明为准，多数脚本支持 --help）
   3. 运行结束后结果文件会输出到当前目录。

■ 常见问题
   · 报 alignment 格式错误：HyPhy 需要 fasta/nexus 格式，且序列名不要有特殊字符。
   · 结果看不明：脚本目录里一般自带 README 或用 --help 查看参数说明。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MG94模型拟合」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/veg/hyphy-analyses/tree/master/FitMG94
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【通用进化模型拟合（FitModel）安装教程】—— HyPhy

■ 前置条件
   · 已安装 HyPhy 2.5 及以上（命令行版或 HyPhy-GUI 均可）。

■ 本分析脚本是什么
   按指定的核苷酸或密码子替换模型拟合数据，输出参数估计与对数似然值。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：HyPhy 脚本（.bf）；压缩包（.zip）；其它文件（.md）。
   · .bf 是 HyPhy 批处理脚本本体。

■ 使用方法
   1. 图形界面：打开 HyPhy-GUI → File → Open → 选择本目录的 .bf 脚本。
   2. 命令行：
      hyphy <脚本名>.bf --alignment 你的比对文件.fasta
      （具体参数以脚本内说明为准，多数脚本支持 --help）
   3. 运行结束后结果文件会输出到当前目录。

■ 常见问题
   · 报 alignment 格式错误：HyPhy 需要 fasta/nexus 格式，且序列名不要有特殊字符。
   · 结果看不明：脚本目录里一般自带 README 或用 --help 查看参数说明。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「通用进化模型拟合」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/veg/hyphy-analyses/tree/master/FitModel
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【多模型拟合并比较（FitMultiModel）安装教程】—— HyPhy

■ 前置条件
   · 已安装 HyPhy 2.5 及以上（命令行版或 HyPhy-GUI 均可）。

■ 本分析脚本是什么
   对同一数据集拟合多个候选进化模型，依据似然或信息准则挑选最优模型。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：HyPhy 脚本（.bf）；压缩包（.zip）；其它文件（.md）。
   · .bf 是 HyPhy 批处理脚本本体。

■ 使用方法
   1. 图形界面：打开 HyPhy-GUI → File → Open → 选择本目录的 .bf 脚本。
   2. 命令行：
      hyphy <脚本名>.bf --alignment 你的比对文件.fasta
      （具体参数以脚本内说明为准，多数脚本支持 --help）
   3. 运行结束后结果文件会输出到当前目录。

■ 常见问题
   · 报 alignment 格式错误：HyPhy 需要 fasta/nexus 格式，且序列名不要有特殊字符。
   · 结果看不明：脚本目录里一般自带 README 或用 --help 查看参数说明。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多模型拟合并比较」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/veg/hyphy-analyses/tree/master/FitMultiModel
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【分子进化速率估计（molerate）安装教程】—— HyPhy

■ 前置条件
   · 已安装 HyPhy 2.5 及以上（命令行版或 HyPhy-GUI 均可）。

■ 本分析脚本是什么
   估计位点或谱系的分子进化速率，比较不同支系间的速率差异与置信区间。

■ 文件说明
   · 本目录共 4 个文件：其它文件（.md）；HyPhy 脚本（.bf）；压缩包（.zip）。
   · .bf 是 HyPhy 批处理脚本本体。

■ 使用方法
   1. 图形界面：打开 HyPhy-GUI → File → Open → 选择本目录的 .bf 脚本。
   2. 命令行：
      hyphy <脚本名>.bf --alignment 你的比对文件.fasta
      （具体参数以脚本内说明为准，多数脚本支持 --help）
   3. 运行结束后结果文件会输出到当前目录。

■ 常见问题
   · 报 alignment 格式错误：HyPhy 需要 fasta/nexus 格式，且序列名不要有特殊字符。
   · 结果看不明：脚本目录里一般自带 README 或用 --help 查看参数说明。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分子进化速率估计」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/veg/hyphy-analyses/tree/master/molerate
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【多类同义替换分析（MulticlassSynonymousSubstitutions）安装教程】—— HyPhy

■ 前置条件
   · 已安装 HyPhy 2.5 及以上（命令行版或 HyPhy-GUI 均可）。

■ 本分析脚本是什么
   分析同义密码子替换的多类别模式，估计各类替换的相对速率与偏好。

■ 文件说明
   · 本目录共 5 个文件：HyPhy 脚本（.bf）；压缩包（.zip）；其它文件（.md）。
   · .bf 是 HyPhy 批处理脚本本体。

■ 使用方法
   1. 图形界面：打开 HyPhy-GUI → File → Open → 选择本目录的 .bf 脚本。
   2. 命令行：
      hyphy <脚本名>.bf --alignment 你的比对文件.fasta
      （具体参数以脚本内说明为准，多数脚本支持 --help）
   3. 运行结束后结果文件会输出到当前目录。

■ 常见问题
   · 报 alignment 格式错误：HyPhy 需要 fasta/nexus 格式，且序列名不要有特殊字符。
   · 结果看不明：脚本目录里一般自带 README 或用 --help 查看参数说明。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多类同义替换分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/veg/hyphy-analyses/tree/master/MulticlassSynonymousSubstitutions
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【非可逆核苷酸模型（NucleotideNonREV）安装教程】—— HyPhy

■ 前置条件
   · 已安装 HyPhy 2.5 及以上（命令行版或 HyPhy-GUI 均可）。

■ 本分析脚本是什么
   拟合非时间可逆的核苷酸替换模型，刻画链特异的突变方向性偏好。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：HyPhy 脚本（.bf）；压缩包（.zip）；其它文件（.md）。
   · .bf 是 HyPhy 批处理脚本本体。

■ 使用方法
   1. 图形界面：打开 HyPhy-GUI → File → Open → 选择本目录的 .bf 脚本。
   2. 命令行：
      hyphy <脚本名>.bf --alignment 你的比对文件.fasta
      （具体参数以脚本内说明为准，多数脚本支持 --help）
   3. 运行结束后结果文件会输出到当前目录。

■ 常见问题
   · 报 alignment 格式错误：HyPhy 需要 fasta/nexus 格式，且序列名不要有特殊字符。
   · 结果看不明：脚本目录里一般自带 README 或用 --help 查看参数说明。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「非可逆核苷酸模型」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/veg/hyphy-analyses/tree/master/NucleotideNonREV
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【PAML位点模型复现（PAML-emulator）安装教程】—— HyPhy

■ 前置条件
   · 已安装 HyPhy 2.5 及以上（命令行版或 HyPhy-GUI 均可）。

■ 本分析脚本是什么
   复现 PAML codeml 位点模型的计算结果，便于与 PAML 输出直接对照。

■ 文件说明
   · 本目录共 4 个文件：HyPhy 脚本（.bf）；压缩包（.zip）；其它文件（.md）。
   · .bf 是 HyPhy 批处理脚本本体。

■ 使用方法
   1. 图形界面：打开 HyPhy-GUI → File → Open → 选择本目录的 .bf 脚本。
   2. 命令行：
      hyphy <脚本名>.bf --alignment 你的比对文件.fasta
      （具体参数以脚本内说明为准，多数脚本支持 --help）
   3. 运行结束后结果文件会输出到当前目录。

■ 常见问题
   · 报 alignment 格式错误：HyPhy 需要 fasta/nexus 格式，且序列名不要有特殊字符。
   · 结果看不明：脚本目录里一般自带 README 或用 --help 查看参数说明。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「PAML位点模型复现」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/veg/hyphy-analyses/tree/master/PAML-emulator
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【分区选择压力分析（PartitionedSelection）安装教程】—— HyPhy

■ 前置条件
   · 已安装 HyPhy 2.5 及以上（命令行版或 HyPhy-GUI 均可）。

■ 本分析脚本是什么
   对多基因或分区数据分别进行选择压力检测，输出各分区独立的结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：HyPhy 脚本（.bf）；压缩包（.zip）；其它文件（.md）。
   · .bf 是 HyPhy 批处理脚本本体。

■ 使用方法
   1. 图形界面：打开 HyPhy-GUI → File → Open → 选择本目录的 .bf 脚本。
   2. 命令行：
      hyphy <脚本名>.bf --alignment 你的比对文件.fasta
      （具体参数以脚本内说明为准，多数脚本支持 --help）
   3. 运行结束后结果文件会输出到当前目录。

■ 常见问题
   · 报 alignment 格式错误：HyPhy 需要 fasta/nexus 格式，且序列名不要有特殊字符。
   · 结果看不明：脚本目录里一般自带 README 或用 --help 查看参数说明。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分区选择压力分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/veg/hyphy-analyses/tree/master/PartitionedSelection
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Pogo模型拟合（PogoFit）安装教程】—— HyPhy

■ 前置条件
   · 已安装 HyPhy 2.5 及以上（命令行版或 HyPhy-GUI 均可）。

■ 本分析脚本是什么
   拟合 Pogo 系列替换模型，对蛋白编码序列进行进化参数估计与比较。

■ 文件说明
   · 本目录共 4 个文件：压缩包（.zip）；HyPhy 脚本（.bf）；其它文件（.md）。
   · .bf 是 HyPhy 批处理脚本本体。

■ 使用方法
   1. 图形界面：打开 HyPhy-GUI → File → Open → 选择本目录的 .bf 脚本。
   2. 命令行：
      hyphy <脚本名>.bf --alignment 你的比对文件.fasta
      （具体参数以脚本内说明为准，多数脚本支持 --help）
   3. 运行结束后结果文件会输出到当前目录。

■ 常见问题
   · 报 alignment 格式错误：HyPhy 需要 fasta/nexus 格式，且序列名不要有特殊字符。
   · 结果看不明：脚本目录里一般自带 README 或用 --help 查看参数说明。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Pogo模型拟合」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/veg/hyphy-analyses/tree/master/PogoFit
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【RELAX修正检验（RELAX-mod）安装教程】—— HyPhy

■ 前置条件
   · 已安装 HyPhy 2.5 及以上（命令行版或 HyPhy-GUI 均可）。

■ 本分析脚本是什么
   RELAX 改进版，调整背景分支速率以降低假阳性，再检验选择压力放松。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.md）；压缩包（.zip）；HyPhy 脚本（.bf）。
   · .bf 是 HyPhy 批处理脚本本体。

■ 使用方法
   1. 图形界面：打开 HyPhy-GUI → File → Open → 选择本目录的 .bf 脚本。
   2. 命令行：
      hyphy <脚本名>.bf --alignment 你的比对文件.fasta
      （具体参数以脚本内说明为准，多数脚本支持 --help）
   3. 运行结束后结果文件会输出到当前目录。

■ 常见问题
   · 报 alignment 格式错误：HyPhy 需要 fasta/nexus 格式，且序列名不要有特殊字符。
   · 结果看不明：脚本目录里一般自带 README 或用 --help 查看参数说明。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「RELAX修正检验」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/veg/hyphy-analyses/tree/master/RELAX-mod
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。