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JBrowse 2 插件合集(共 26 个)

基因组浏览器插件(可视化与轨道扩展) | 分类:基因测序与单细胞 | 每个插件都附中文说明与安装教程,下载走百度网盘 / 夸克网盘。

插件清单

@apollo-annotation/jbrowse-plugin-apollo · Apollo 基因组注释插件

annot | 2.16 MB | 1 个文件 | 版本 1.1.3

对接 Apollo 注释平台,可在 JBrowse 2 中直接查看与编辑基因结构注释,支持社区协同审阅与修正。

包含文件:@apollo-annotation_jbrowse-plugin-apollo-1.1.3.tgz
安装教程(点击展开)
【Apollo 基因组注释插件(@apollo-annotation/jbrowse-plugin-apollo)安装教程】—— JBrowse 2

■ 前置条件
   · 有 JBrowse 2 的部署环境(Web 服务或桌面版 JBrowse Desktop),已建好 genome 配置。

■ 本插件是什么
   对接 Apollo 注释平台,可在 JBrowse 2 中直接查看与编辑基因结构注释,支持社区协同审阅与修正。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:压缩包(.tgz)。
   · 压缩包内含插件 JS 与 package.json(部分需先 npm 打包)。

■ 安装步骤
   1. 把插件解压到 JBrowse 2 的 plugins 目录,或放到你的 Web 站点目录下。
   2. 在 JBrowse 配置文件(config.json)的 plugins 数组里加一项,例如:
      { "name": "<插件名>", "url": "plugins/<插件名>/" }
   3. 重新加载 JBrowse 页面(或重启服务)。
   4. 打开 track 菜单,能看到该插件提供的视图/轨道类型即为成功。

■ 常见问题
   · 控制台报 404:config.json 里的 url 路径与实际放置目录不一致。
   · 插件不显示:浏览器强刷(Ctrl+F5)清掉旧缓存。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Apollo 基因组注释插件」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/GMOD/Apollo3.git
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

jbrowse-plugin-multilevel-linear-view2 · 多层级线性视图升级版

annot | 3.51 MB | 1 个文件 | 版本 1.0.2

多层级线性视图插件的更新版本,优化逐级缩放的渲染与交互,便于从染色体全局定位到目标基因。

包含文件:jbrowse-plugin-multilevel-linear-view2-1.0.2.tgz
安装教程(点击展开)
【多层级线性视图升级版(jbrowse-plugin-multilevel-linear-view2)安装教程】—— JBrowse 2

■ 前置条件
   · 有 JBrowse 2 的部署环境(Web 服务或桌面版 JBrowse Desktop),已建好 genome 配置。

■ 本插件是什么
   多层级线性视图插件的更新版本,优化逐级缩放的渲染与交互,便于从染色体全局定位到目标基因。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:压缩包(.tgz)。
   · 压缩包内含插件 JS 与 package.json(部分需先 npm 打包)。

■ 安装步骤
   1. 把插件解压到 JBrowse 2 的 plugins 目录,或放到你的 Web 站点目录下。
   2. 在 JBrowse 配置文件(config.json)的 plugins 数组里加一项,例如:
      { "name": "<插件名>", "url": "plugins/<插件名>/" }
   3. 重新加载 JBrowse 页面(或重启服务)。
   4. 打开 track 菜单,能看到该插件提供的视图/轨道类型即为成功。

■ 常见问题
   · 控制台报 404:config.json 里的 url 路径与实际放置目录不一致。
   · 插件不显示:浏览器强刷(Ctrl+F5)清掉旧缓存。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多层级线性视图升级版」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   git@github.com:GMOD/jbrowse-plugin-multilevel-linear-view.git
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

jbrowse-plugin-reactome · Reactome 通路注释

annot | 0.18 MB | 1 个文件 | 版本 1.0.1

对接 Reactome 通路数据库,在基因轨道上标注其参与的通路并跳转查看通路图,方便功能解读。

包含文件:jbrowse-plugin-reactome-1.0.1.tgz
安装教程(点击展开)
【Reactome 通路注释(jbrowse-plugin-reactome)安装教程】—— JBrowse 2

■ 前置条件
   · 有 JBrowse 2 的部署环境(Web 服务或桌面版 JBrowse Desktop),已建好 genome 配置。

■ 本插件是什么
   对接 Reactome 通路数据库,在基因轨道上标注其参与的通路并跳转查看通路图,方便功能解读。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:压缩包(.tgz)。
   · 压缩包内含插件 JS 与 package.json(部分需先 npm 打包)。

■ 安装步骤
   1. 把插件解压到 JBrowse 2 的 plugins 目录,或放到你的 Web 站点目录下。
   2. 在 JBrowse 配置文件(config.json)的 plugins 数组里加一项,例如:
      { "name": "<插件名>", "url": "plugins/<插件名>/" }
   3. 重新加载 JBrowse 页面(或重启服务)。
   4. 打开 track 菜单,能看到该插件提供的视图/轨道类型即为成功。

■ 常见问题
   · 控制台报 404:config.json 里的 url 路径与实际放置目录不一致。
   · 插件不显示:浏览器强刷(Ctrl+F5)清掉旧缓存。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Reactome 通路注释」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   npm 官方 registry
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

jbrowse-plugin-linkout2 · NCBI 外链跳转增强版

filter | 0.01 MB | 1 个文件 | 版本 0.2.4

NCBI 外部链接插件的增强版本,扩展可跳转的 NCBI 资源类型与跳转参数,方便交叉检索核对。

包含文件:jbrowse-plugin-linkout2-0.2.4.tgz
安装教程(点击展开)
【NCBI 外链跳转增强版(jbrowse-plugin-linkout2)安装教程】—— JBrowse 2

■ 前置条件
   · 有 JBrowse 2 的部署环境(Web 服务或桌面版 JBrowse Desktop),已建好 genome 配置。

■ 本插件是什么
   NCBI 外部链接插件的增强版本,扩展可跳转的 NCBI 资源类型与跳转参数,方便交叉检索核对。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:压缩包(.tgz)。
   · 压缩包内含插件 JS 与 package.json(部分需先 npm 打包)。

■ 安装步骤
   1. 把插件解压到 JBrowse 2 的 plugins 目录,或放到你的 Web 站点目录下。
   2. 在 JBrowse 配置文件(config.json)的 plugins 数组里加一项,例如:
      { "name": "<插件名>", "url": "plugins/<插件名>/" }
   3. 重新加载 JBrowse 页面(或重启服务)。
   4. 打开 track 菜单,能看到该插件提供的视图/轨道类型即为成功。

■ 常见问题
   · 控制台报 404:config.json 里的 url 路径与实际放置目录不一致。
   · 插件不显示:浏览器强刷(Ctrl+F5)清掉旧缓存。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「NCBI 外链跳转增强版」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   git+https://github.com/Chi-HsienChang/jbrowse-plugin-linkout.git
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

@haessar/jbrowse-plugin-bedfeaturecoloring · BED 特征自定义着色

io | 0.02 MB | 1 个文件 | 版本 1.0.4

渲染 BED 文件时提供更多显示与配色选项,可按分数、名称或自定义规则着色,便于快速识别差异区域。

包含文件:@haessar_jbrowse-plugin-bedfeaturecoloring-1.0.4.tgz
安装教程(点击展开)
【BED 特征自定义着色(@haessar/jbrowse-plugin-bedfeaturecoloring)安装教程】—— JBrowse 2

■ 前置条件
   · 有 JBrowse 2 的部署环境(Web 服务或桌面版 JBrowse Desktop),已建好 genome 配置。

■ 本插件是什么
   渲染 BED 文件时提供更多显示与配色选项,可按分数、名称或自定义规则着色,便于快速识别差异区域。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:压缩包(.tgz)。
   · 压缩包内含插件 JS 与 package.json(部分需先 npm 打包)。

■ 安装步骤
   1. 把插件解压到 JBrowse 2 的 plugins 目录,或放到你的 Web 站点目录下。
   2. 在 JBrowse 配置文件(config.json)的 plugins 数组里加一项,例如:
      { "name": "<插件名>", "url": "plugins/<插件名>/" }
   3. 重新加载 JBrowse 页面(或重启服务)。
   4. 打开 track 菜单,能看到该插件提供的视图/轨道类型即为成功。

■ 常见问题
   · 控制台报 404:config.json 里的 url 路径与实际放置目录不一致。
   · 插件不显示:浏览器强刷(Ctrl+F5)清掉旧缓存。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BED 特征自定义着色」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   git+https://github.com/haessar/HackathonAltSplicing.git
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

jbrowse-plugin-graphgenomeviewer · 图基因组_泛基因组视图

io | 1.98 MB | 1 个文件 | 版本 4.0.9

以 rGFA 参考锚定布局展示泛基因组,支持 Bandage 力导向图与从 gbz-base 数据库读取单倍型泳道。

包含文件:jbrowse-plugin-graphgenomeviewer-4.0.9.tgz
安装教程(点击展开)
【图基因组/泛基因组视图(jbrowse-plugin-graphgenomeviewer)安装教程】—— JBrowse 2

■ 前置条件
   · 有 JBrowse 2 的部署环境(Web 服务或桌面版 JBrowse Desktop),已建好 genome 配置。

■ 本插件是什么
   以 rGFA 参考锚定布局展示泛基因组,支持 Bandage 力导向图与从 gbz-base 数据库读取单倍型泳道。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:压缩包(.tgz)。
   · 压缩包内含插件 JS 与 package.json(部分需先 npm 打包)。

■ 安装步骤
   1. 把插件解压到 JBrowse 2 的 plugins 目录,或放到你的 Web 站点目录下。
   2. 在 JBrowse 配置文件(config.json)的 plugins 数组里加一项,例如:
      { "name": "<插件名>", "url": "plugins/<插件名>/" }
   3. 重新加载 JBrowse 页面(或重启服务)。
   4. 打开 track 菜单,能看到该插件提供的视图/轨道类型即为成功。

■ 常见问题
   · 控制台报 404:config.json 里的 url 路径与实际放置目录不一致。
   · 插件不显示:浏览器强刷(Ctrl+F5)清掉旧缓存。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「图基因组/泛基因组视图」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   git+https://github.com/GMOD/jbrowse-plugin-graphgenomeviewer.git
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

jbrowse-plugin-tview · tview 式比对视图

io | 0.86 MB | 1 个文件 | 版本 2.2.3

把 BAM/CRAM 比对堆积图加载到 msaview,呈现类似 samtools tview 的碱基级比对界面。

包含文件:jbrowse-plugin-tview-2.2.3.tgz
安装教程(点击展开)
【tview 式比对视图(jbrowse-plugin-tview)安装教程】—— JBrowse 2

■ 前置条件
   · 有 JBrowse 2 的部署环境(Web 服务或桌面版 JBrowse Desktop),已建好 genome 配置。

■ 本插件是什么
   把 BAM/CRAM 比对堆积图加载到 msaview,呈现类似 samtools tview 的碱基级比对界面。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:压缩包(.tgz)。
   · 压缩包内含插件 JS 与 package.json(部分需先 npm 打包)。

■ 安装步骤
   1. 把插件解压到 JBrowse 2 的 plugins 目录,或放到你的 Web 站点目录下。
   2. 在 JBrowse 配置文件(config.json)的 plugins 数组里加一项,例如:
      { "name": "<插件名>", "url": "plugins/<插件名>/" }
   3. 重新加载 JBrowse 页面(或重启服务)。
   4. 打开 track 菜单,能看到该插件提供的视图/轨道类型即为成功。

■ 常见问题
   · 控制台报 404:config.json 里的 url 路径与实际放置目录不一致。
   · 插件不显示:浏览器强刷(Ctrl+F5)清掉旧缓存。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「tview 式比对视图」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   git+https://github.com/cmdcolin/jbrowse-plugin-tview.git
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

jbrowse-plugin-quantseq · 定量序列轨道

measure | 0.2 MB | 1 个文件 | 版本 0.0.6

实现 QuantitativeSequence 轨道类型,在动态序列基础上叠加每个碱基的定量数值,适合修饰与覆盖度信号。

包含文件:jbrowse-plugin-quantseq-0.0.6.tgz
安装教程(点击展开)
【定量序列轨道(jbrowse-plugin-quantseq)安装教程】—— JBrowse 2

■ 前置条件
   · 有 JBrowse 2 的部署环境(Web 服务或桌面版 JBrowse Desktop),已建好 genome 配置。

■ 本插件是什么
   实现 QuantitativeSequence 轨道类型,在动态序列基础上叠加每个碱基的定量数值,适合修饰与覆盖度信号。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:压缩包(.tgz)。
   · 压缩包内含插件 JS 与 package.json(部分需先 npm 打包)。

■ 安装步骤
   1. 把插件解压到 JBrowse 2 的 plugins 目录,或放到你的 Web 站点目录下。
   2. 在 JBrowse 配置文件(config.json)的 plugins 数组里加一项,例如:
      { "name": "<插件名>", "url": "plugins/<插件名>/" }
   3. 重新加载 JBrowse 页面(或重启服务)。
   4. 打开 track 菜单,能看到该插件提供的视图/轨道类型即为成功。

■ 常见问题
   · 控制台报 404:config.json 里的 url 路径与实际放置目录不一致。
   · 插件不显示:浏览器强刷(Ctrl+F5)清掉旧缓存。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「定量序列轨道」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/GMOD/jbrowse-plugin-quantseq.git
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

jbrowse-plugin-civic · CIViC 肿瘤变异注释

note | 0.12 MB | 1 个文件 | 版本 1.0.8

接入 CIViC 临床变异知识库,在基因组轨道上显示变异的证据等级、靶向药物与临床意义解读。

包含文件:jbrowse-plugin-civic-1.0.8.tgz
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【CIViC 肿瘤变异注释(jbrowse-plugin-civic)安装教程】—— JBrowse 2

■ 前置条件
   · 有 JBrowse 2 的部署环境(Web 服务或桌面版 JBrowse Desktop),已建好 genome 配置。

■ 本插件是什么
   接入 CIViC 临床变异知识库,在基因组轨道上显示变异的证据等级、靶向药物与临床意义解读。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:压缩包(.tgz)。
   · 压缩包内含插件 JS 与 package.json(部分需先 npm 打包)。

■ 安装步骤
   1. 把插件解压到 JBrowse 2 的 plugins 目录,或放到你的 Web 站点目录下。
   2. 在 JBrowse 配置文件(config.json)的 plugins 数组里加一项,例如:
      { "name": "<插件名>", "url": "plugins/<插件名>/" }
   3. 重新加载 JBrowse 页面(或重启服务)。
   4. 打开 track 菜单,能看到该插件提供的视图/轨道类型即为成功。

■ 常见问题
   · 控制台报 404:config.json 里的 url 路径与实际放置目录不一致。
   · 插件不显示:浏览器强刷(Ctrl+F5)清掉旧缓存。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CIViC 肿瘤变异注释」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/cmdcolin/jbrowse-plugin-civic-api.git
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

@cmdcolin/jbrowse-plugin-hubs · JB2 公共数据枢纽连接

oio | 0.02 MB | 1 个文件 | 版本 1.0.15

自动为 JBrowse 2 添加 jb2hubs 公共基因组数据枢纽连接,一键载入常用物种的参考序列与注释轨道。

包含文件:@cmdcolin_jbrowse-plugin-hubs-1.0.15.tgz
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【JB2 公共数据枢纽连接(@cmdcolin/jbrowse-plugin-hubs)安装教程】—— JBrowse 2

■ 前置条件
   · 有 JBrowse 2 的部署环境(Web 服务或桌面版 JBrowse Desktop),已建好 genome 配置。

■ 本插件是什么
   自动为 JBrowse 2 添加 jb2hubs 公共基因组数据枢纽连接,一键载入常用物种的参考序列与注释轨道。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:压缩包(.tgz)。
   · 压缩包内含插件 JS 与 package.json(部分需先 npm 打包)。

■ 安装步骤
   1. 把插件解压到 JBrowse 2 的 plugins 目录,或放到你的 Web 站点目录下。
   2. 在 JBrowse 配置文件(config.json)的 plugins 数组里加一项,例如:
      { "name": "<插件名>", "url": "plugins/<插件名>/" }
   3. 重新加载 JBrowse 页面(或重启服务)。
   4. 打开 track 菜单,能看到该插件提供的视图/轨道类型即为成功。

■ 常见问题
   · 控制台报 404:config.json 里的 url 路径与实际放置目录不一致。
   · 插件不显示:浏览器强刷(Ctrl+F5)清掉旧缓存。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「JB2 公共数据枢纽连接」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   git+https://github.com/GMOD/jbrowse-plugin-hubs.git
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

jbrowse-plugin-biothings · BioThings 注释数据接口

oio | 0.09 MB | 1 个文件 | 版本 1.1.1

接入 BioThings 系列 API(基因、变异、药物等),在浏览轨道上联动查询外部注释信息并跳转详情页。

包含文件:jbrowse-plugin-biothings-1.1.1.tgz
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【BioThings 注释数据接口(jbrowse-plugin-biothings)安装教程】—— JBrowse 2

■ 前置条件
   · 有 JBrowse 2 的部署环境(Web 服务或桌面版 JBrowse Desktop),已建好 genome 配置。

■ 本插件是什么
   接入 BioThings 系列 API(基因、变异、药物等),在浏览轨道上联动查询外部注释信息并跳转详情页。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:压缩包(.tgz)。
   · 压缩包内含插件 JS 与 package.json(部分需先 npm 打包)。

■ 安装步骤
   1. 把插件解压到 JBrowse 2 的 plugins 目录,或放到你的 Web 站点目录下。
   2. 在 JBrowse 配置文件(config.json)的 plugins 数组里加一项,例如:
      { "name": "<插件名>", "url": "plugins/<插件名>/" }
   3. 重新加载 JBrowse 页面(或重启服务)。
   4. 打开 track 菜单,能看到该插件提供的视图/轨道类型即为成功。

■ 常见问题
   · 控制台报 404:config.json 里的 url 路径与实际放置目录不一致。
   · 插件不显示:浏览器强刷(Ctrl+F5)清掉旧缓存。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BioThings 注释数据接口」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   npm 官方 registry
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

jbrowse-plugin-gdc · GDC 癌症基因组数据

oio | 2.82 MB | 1 个文件 | 版本 2.3.4

连接 TCGA/GDC 数据库,直接浏览癌症样本的变异、表达与临床数据轨道,无需自行下载整理。

包含文件:jbrowse-plugin-gdc-2.3.4.tgz
安装教程(点击展开)
【GDC 癌症基因组数据(jbrowse-plugin-gdc)安装教程】—— JBrowse 2

■ 前置条件
   · 有 JBrowse 2 的部署环境(Web 服务或桌面版 JBrowse Desktop),已建好 genome 配置。

■ 本插件是什么
   连接 TCGA/GDC 数据库,直接浏览癌症样本的变异、表达与临床数据轨道,无需自行下载整理。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:压缩包(.tgz)。
   · 压缩包内含插件 JS 与 package.json(部分需先 npm 打包)。

■ 安装步骤
   1. 把插件解压到 JBrowse 2 的 plugins 目录,或放到你的 Web 站点目录下。
   2. 在 JBrowse 配置文件(config.json)的 plugins 数组里加一项,例如:
      { "name": "<插件名>", "url": "plugins/<插件名>/" }
   3. 重新加载 JBrowse 页面(或重启服务)。
   4. 打开 track 菜单,能看到该插件提供的视图/轨道类型即为成功。

■ 常见问题
   · 控制台报 404:config.json 里的 url 路径与实际放置目录不一致。
   · 插件不显示:浏览器强刷(Ctrl+F5)清掉旧缓存。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GDC 癌症基因组数据」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   git+https://github.com/GMOD/jbrowse-plugin-gdc.git
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

jbrowse-plugin-refget-api · RefGet 标准序列获取

oio | 0.02 MB | 1 个文件 | 版本 1.1.0

从符合 GA4GH RefGet 规范的服务器按校验和获取参考序列,无需依赖固定物种的公共参考文件。

包含文件:jbrowse-plugin-refget-api-1.1.0.tgz
安装教程(点击展开)
【RefGet 标准序列获取(jbrowse-plugin-refget-api)安装教程】—— JBrowse 2

■ 前置条件
   · 有 JBrowse 2 的部署环境(Web 服务或桌面版 JBrowse Desktop),已建好 genome 配置。

■ 本插件是什么
   从符合 GA4GH RefGet 规范的服务器按校验和获取参考序列,无需依赖固定物种的公共参考文件。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:压缩包(.tgz)。
   · 压缩包内含插件 JS 与 package.json(部分需先 npm 打包)。

■ 安装步骤
   1. 把插件解压到 JBrowse 2 的 plugins 目录,或放到你的 Web 站点目录下。
   2. 在 JBrowse 配置文件(config.json)的 plugins 数组里加一项,例如:
      { "name": "<插件名>", "url": "plugins/<插件名>/" }
   3. 重新加载 JBrowse 页面(或重启服务)。
   4. 打开 track 菜单,能看到该插件提供的视图/轨道类型即为成功。

■ 常见问题
   · 控制台报 404:config.json 里的 url 路径与实际放置目录不一致。
   · 插件不显示:浏览器强刷(Ctrl+F5)清掉旧缓存。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「RefGet 标准序列获取」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   git+https://github.com/emiliorighi/jbrowse-plugin-refget-api.git
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

jbrowse-plugin-ucsc · UCSC 数据库接口

oio | 0.14 MB | 1 个文件 | 版本 1.0.3

接入 UCSC 基因组浏览器 API,在 JBrowse 2 中直接查询并加载 UCSC 提供的注释轨道与序列数据。

包含文件:jbrowse-plugin-ucsc-1.0.3.tgz
安装教程(点击展开)
【UCSC 数据库接口(jbrowse-plugin-ucsc)安装教程】—— JBrowse 2

■ 前置条件
   · 有 JBrowse 2 的部署环境(Web 服务或桌面版 JBrowse Desktop),已建好 genome 配置。

■ 本插件是什么
   接入 UCSC 基因组浏览器 API,在 JBrowse 2 中直接查询并加载 UCSC 提供的注释轨道与序列数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:压缩包(.tgz)。
   · 压缩包内含插件 JS 与 package.json(部分需先 npm 打包)。

■ 安装步骤
   1. 把插件解压到 JBrowse 2 的 plugins 目录,或放到你的 Web 站点目录下。
   2. 在 JBrowse 配置文件(config.json)的 plugins 数组里加一项,例如:
      { "name": "<插件名>", "url": "plugins/<插件名>/" }
   3. 重新加载 JBrowse 页面(或重启服务)。
   4. 打开 track 菜单,能看到该插件提供的视图/轨道类型即为成功。

■ 常见问题
   · 控制台报 404:config.json 里的 url 路径与实际放置目录不一致。
   · 插件不显示:浏览器强刷(Ctrl+F5)清掉旧缓存。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「UCSC 数据库接口」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/cmdcolin/jbrowse-plugin-ucsc-api.git
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

jbrowse-plugin-icgc · ICGC 癌症基因组资源

omics | 0.39 MB | 1 个文件 | 版本 1.0.2

整合国际癌症基因组联盟(ICGC)数据资源,在浏览器中呈现供体变异与表达信息,支持肿瘤研究检索。

包含文件:jbrowse-plugin-icgc-1.0.2.tgz
安装教程(点击展开)
【ICGC 癌症基因组资源(jbrowse-plugin-icgc)安装教程】—— JBrowse 2

■ 前置条件
   · 有 JBrowse 2 的部署环境(Web 服务或桌面版 JBrowse Desktop),已建好 genome 配置。

■ 本插件是什么
   整合国际癌症基因组联盟(ICGC)数据资源,在浏览器中呈现供体变异与表达信息,支持肿瘤研究检索。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:压缩包(.tgz)。
   · 压缩包内含插件 JS 与 package.json(部分需先 npm 打包)。

■ 安装步骤
   1. 把插件解压到 JBrowse 2 的 plugins 目录,或放到你的 Web 站点目录下。
   2. 在 JBrowse 配置文件(config.json)的 plugins 数组里加一项,例如:
      { "name": "<插件名>", "url": "plugins/<插件名>/" }
   3. 重新加载 JBrowse 页面(或重启服务)。
   4. 打开 track 菜单,能看到该插件提供的视图/轨道类型即为成功。

■ 常见问题
   · 控制台报 404:config.json 里的 url 路径与实际放置目录不一致。
   · 插件不显示:浏览器强刷(Ctrl+F5)清掉旧缓存。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ICGC 癌症基因组资源」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   git@github.com:GMOD/jbrowse-plugin-icgc.git
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

jbrowse-plugin-multilevel-linear-view · 多层级线性视图

omics | 1.26 MB | 1 个文件 | 版本 1.0.0

提供多层级线性浏览视图,从整条染色体逐级放大到碱基细节,快速定位不同尺度的注释特征。

包含文件:jbrowse-plugin-multilevel-linear-view-1.0.0.tgz
安装教程(点击展开)
【多层级线性视图(jbrowse-plugin-multilevel-linear-view)安装教程】—— JBrowse 2

■ 前置条件
   · 有 JBrowse 2 的部署环境(Web 服务或桌面版 JBrowse Desktop),已建好 genome 配置。

■ 本插件是什么
   提供多层级线性浏览视图,从整条染色体逐级放大到碱基细节,快速定位不同尺度的注释特征。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:压缩包(.tgz)。
   · 压缩包内含插件 JS 与 package.json(部分需先 npm 打包)。

■ 安装步骤
   1. 把插件解压到 JBrowse 2 的 plugins 目录,或放到你的 Web 站点目录下。
   2. 在 JBrowse 配置文件(config.json)的 plugins 数组里加一项,例如:
      { "name": "<插件名>", "url": "plugins/<插件名>/" }
   3. 重新加载 JBrowse 页面(或重启服务)。
   4. 打开 track 菜单,能看到该插件提供的视图/轨道类型即为成功。

■ 常见问题
   · 控制台报 404:config.json 里的 url 路径与实际放置目录不一致。
   · 插件不显示:浏览器强刷(Ctrl+F5)清掉旧缓存。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多层级线性视图」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   git@github.com:GMOD/jbrowse-plugin-multilevel-linear-view.git
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

jbrowse-plugin-gwas · GWAS 关联分析视图

reg | 0.25 MB | 1 个文件 | 版本 2.1.6

接入 GWAS 目录 API,浏览全基因组关联研究位点、显著性水平与性状信息,并与基因组轨道对齐查看。

包含文件:jbrowse-plugin-gwas-2.1.6.tgz
安装教程(点击展开)
【GWAS 关联分析视图(jbrowse-plugin-gwas)安装教程】—— JBrowse 2

■ 前置条件
   · 有 JBrowse 2 的部署环境(Web 服务或桌面版 JBrowse Desktop),已建好 genome 配置。

■ 本插件是什么
   接入 GWAS 目录 API,浏览全基因组关联研究位点、显著性水平与性状信息,并与基因组轨道对齐查看。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:压缩包(.tgz)。
   · 压缩包内含插件 JS 与 package.json(部分需先 npm 打包)。

■ 安装步骤
   1. 把插件解压到 JBrowse 2 的 plugins 目录,或放到你的 Web 站点目录下。
   2. 在 JBrowse 配置文件(config.json)的 plugins 数组里加一项,例如:
      { "name": "<插件名>", "url": "plugins/<插件名>/" }
   3. 重新加载 JBrowse 页面(或重启服务)。
   4. 打开 track 菜单,能看到该插件提供的视图/轨道类型即为成功。

■ 常见问题
   · 控制台报 404:config.json 里的 url 路径与实际放置目录不一致。
   · 插件不显示:浏览器强刷(Ctrl+F5)清掉旧缓存。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GWAS 关联分析视图」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/cmdcolin/jbrowse-plugin-gwas.git
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

jbrowse-plugin-mafviewer · MAF 多序列比对查看

reg | 0.61 MB | 1 个文件 | 版本 1.6.1

在 JBrowse 2 中查看 MAF(多重比对格式)文件,按参考基因组坐标对齐展示多物种、多样本比对。

包含文件:jbrowse-plugin-mafviewer-1.6.1.tgz
安装教程(点击展开)
【MAF 多序列比对查看(jbrowse-plugin-mafviewer)安装教程】—— JBrowse 2

■ 前置条件
   · 有 JBrowse 2 的部署环境(Web 服务或桌面版 JBrowse Desktop),已建好 genome 配置。

■ 本插件是什么
   在 JBrowse 2 中查看 MAF(多重比对格式)文件,按参考基因组坐标对齐展示多物种、多样本比对。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:压缩包(.tgz)。
   · 压缩包内含插件 JS 与 package.json(部分需先 npm 打包)。

■ 安装步骤
   1. 把插件解压到 JBrowse 2 的 plugins 目录,或放到你的 Web 站点目录下。
   2. 在 JBrowse 配置文件(config.json)的 plugins 数组里加一项,例如:
      { "name": "<插件名>", "url": "plugins/<插件名>/" }
   3. 重新加载 JBrowse 页面(或重启服务)。
   4. 打开 track 菜单,能看到该插件提供的视图/轨道类型即为成功。

■ 常见问题
   · 控制台报 404:config.json 里的 url 路径与实际放置目录不一致。
   · 插件不显示:浏览器强刷(Ctrl+F5)清掉旧缓存。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MAF 多序列比对查看」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   git+https://github.com/GMOD/jbrowse-plugin-mafviewer.git
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

jbrowse-plugin-trackhub-registry · TrackHub 注册表接入

reg | 0.04 MB | 1 个文件 | 版本 2.0.0

接入 TrackHub Registry 公共数据注册表,可按物种检索并一键添加第三方提交的基因组注释轨道。

包含文件:jbrowse-plugin-trackhub-registry-2.0.0.tgz
安装教程(点击展开)
【TrackHub 注册表接入(jbrowse-plugin-trackhub-registry)安装教程】—— JBrowse 2

■ 前置条件
   · 有 JBrowse 2 的部署环境(Web 服务或桌面版 JBrowse Desktop),已建好 genome 配置。

■ 本插件是什么
   接入 TrackHub Registry 公共数据注册表,可按物种检索并一键添加第三方提交的基因组注释轨道。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:压缩包(.tgz)。
   · 压缩包内含插件 JS 与 package.json(部分需先 npm 打包)。

■ 安装步骤
   1. 把插件解压到 JBrowse 2 的 plugins 目录,或放到你的 Web 站点目录下。
   2. 在 JBrowse 配置文件(config.json)的 plugins 数组里加一项,例如:
      { "name": "<插件名>", "url": "plugins/<插件名>/" }
   3. 重新加载 JBrowse 页面(或重启服务)。
   4. 打开 track 菜单,能看到该插件提供的视图/轨道类型即为成功。

■ 常见问题
   · 控制台报 404:config.json 里的 url 路径与实际放置目录不一致。
   · 插件不显示:浏览器强刷(Ctrl+F5)清掉旧缓存。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「TrackHub 注册表接入」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   npm 官方 registry
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jbrowse-plugin-hgb · HGB 人类基因组浏览器

three | 0.24 MB | 1 个文件 | 版本 0.1.0

对接 HGB 人类基因组资源,在 JBrowse 2 中加载其提供的序列与注释数据,方便快速查看目标区域。

包含文件:jbrowse-plugin-hgb-0.1.0.tgz
安装教程(点击展开)
【HGB 人类基因组浏览器(jbrowse-plugin-hgb)安装教程】—— JBrowse 2

■ 前置条件
   · 有 JBrowse 2 的部署环境(Web 服务或桌面版 JBrowse Desktop),已建好 genome 配置。

■ 本插件是什么
   对接 HGB 人类基因组资源,在 JBrowse 2 中加载其提供的序列与注释数据,方便快速查看目标区域。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:压缩包(.tgz)。
   · 压缩包内含插件 JS 与 package.json(部分需先 npm 打包)。

■ 安装步骤
   1. 把插件解压到 JBrowse 2 的 plugins 目录,或放到你的 Web 站点目录下。
   2. 在 JBrowse 配置文件(config.json)的 plugins 数组里加一项,例如:
      { "name": "<插件名>", "url": "plugins/<插件名>/" }
   3. 重新加载 JBrowse 页面(或重启服务)。
   4. 打开 track 菜单,能看到该插件提供的视图/轨道类型即为成功。

■ 常见问题
   · 控制台报 404:config.json 里的 url 路径与实际放置目录不一致。
   · 插件不显示:浏览器强刷(Ctrl+F5)清掉旧缓存。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「HGB 人类基因组浏览器」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/6br/jbrowse-plugin-hgb.git
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

jbrowse-plugin-linkout · NCBI 外部链接跳转

three | 0.01 MB | 1 个文件 | 版本 0.2.2

为当前浏览的基因、变异等特征生成 NCBI 数据库外链,一键跳转查看官方条目与相关文献信息。

包含文件:jbrowse-plugin-linkout-0.2.2.tgz
安装教程(点击展开)
【NCBI 外部链接跳转(jbrowse-plugin-linkout)安装教程】—— JBrowse 2

■ 前置条件
   · 有 JBrowse 2 的部署环境(Web 服务或桌面版 JBrowse Desktop),已建好 genome 配置。

■ 本插件是什么
   为当前浏览的基因、变异等特征生成 NCBI 数据库外链,一键跳转查看官方条目与相关文献信息。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:压缩包(.tgz)。
   · 压缩包内含插件 JS 与 package.json(部分需先 npm 打包)。

■ 安装步骤
   1. 把插件解压到 JBrowse 2 的 plugins 目录,或放到你的 Web 站点目录下。
   2. 在 JBrowse 配置文件(config.json)的 plugins 数组里加一项,例如:
      { "name": "<插件名>", "url": "plugins/<插件名>/" }
   3. 重新加载 JBrowse 页面(或重启服务)。
   4. 打开 track 菜单,能看到该插件提供的视图/轨道类型即为成功。

■ 常见问题
   · 控制台报 404:config.json 里的 url 路径与实际放置目录不一致。
   · 插件不显示:浏览器强刷(Ctrl+F5)清掉旧缓存。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「NCBI 外部链接跳转」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   git+https://github.com/Chi-HsienChang/jbrowse-plugin-linkout.git
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

jbrowse-plugin-msaview · 多序列比对与进化树

three | 1.49 MB | 1 个文件 | 版本 3.10.0

集成 react-msaview,在同一界面查看多序列比对与系统发育树,并与基因组轨道逐列联动对照。

包含文件:jbrowse-plugin-msaview-3.10.0.tgz
安装教程(点击展开)
【多序列比对与进化树(jbrowse-plugin-msaview)安装教程】—— JBrowse 2

■ 前置条件
   · 有 JBrowse 2 的部署环境(Web 服务或桌面版 JBrowse Desktop),已建好 genome 配置。

■ 本插件是什么
   集成 react-msaview,在同一界面查看多序列比对与系统发育树,并与基因组轨道逐列联动对照。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:压缩包(.tgz)。
   · 压缩包内含插件 JS 与 package.json(部分需先 npm 打包)。

■ 安装步骤
   1. 把插件解压到 JBrowse 2 的 plugins 目录,或放到你的 Web 站点目录下。
   2. 在 JBrowse 配置文件(config.json)的 plugins 数组里加一项,例如:
      { "name": "<插件名>", "url": "plugins/<插件名>/" }
   3. 重新加载 JBrowse 页面(或重启服务)。
   4. 打开 track 菜单,能看到该插件提供的视图/轨道类型即为成功。

■ 常见问题
   · 控制台报 404:config.json 里的 url 路径与实际放置目录不一致。
   · 插件不显示:浏览器强刷(Ctrl+F5)清掉旧缓存。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多序列比对与进化树」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   git+https://github.com/GMOD/jbrowse-plugin-msaview.git
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

jbrowse-plugin-protein3d · 蛋白质三维结构视图

three | 4.43 MB | 1 个文件 | 版本 0.15.2

在 JBrowse 2 中展示蛋白三维结构,并按残基与基因组坐标逐位联动,直观查看变异所在的结构位置。

包含文件:jbrowse-plugin-protein3d-0.15.2.tgz
安装教程(点击展开)
【蛋白质三维结构视图(jbrowse-plugin-protein3d)安装教程】—— JBrowse 2

■ 前置条件
   · 有 JBrowse 2 的部署环境(Web 服务或桌面版 JBrowse Desktop),已建好 genome 配置。

■ 本插件是什么
   在 JBrowse 2 中展示蛋白三维结构,并按残基与基因组坐标逐位联动,直观查看变异所在的结构位置。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:压缩包(.tgz)。
   · 压缩包内含插件 JS 与 package.json(部分需先 npm 打包)。

■ 安装步骤
   1. 把插件解压到 JBrowse 2 的 plugins 目录,或放到你的 Web 站点目录下。
   2. 在 JBrowse 配置文件(config.json)的 plugins 数组里加一项,例如:
      { "name": "<插件名>", "url": "plugins/<插件名>/" }
   3. 重新加载 JBrowse 页面(或重启服务)。
   4. 打开 track 菜单,能看到该插件提供的视图/轨道类型即为成功。

■ 常见问题
   · 控制台报 404:config.json 里的 url 路径与实际放置目录不一致。
   · 插件不显示:浏览器强刷(Ctrl+F5)清掉旧缓存。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「蛋白质三维结构视图」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   git+https://github.com/GMOD/jbrowse-plugin-protein3d.git
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

jbrowse-plugin-reactome2 · Reactome 通路资源整合

three | 0.02 MB | 1 个文件 | 版本 2.0.1

整合 Reactome 通路资源的升级版插件,在 JBrowse 2 中关联基因与反应、通路条目,支持功能查看。

包含文件:jbrowse-plugin-reactome2-2.0.1.tgz
安装教程(点击展开)
【Reactome 通路资源整合(jbrowse-plugin-reactome2)安装教程】—— JBrowse 2

■ 前置条件
   · 有 JBrowse 2 的部署环境(Web 服务或桌面版 JBrowse Desktop),已建好 genome 配置。

■ 本插件是什么
   整合 Reactome 通路资源的升级版插件,在 JBrowse 2 中关联基因与反应、通路条目,支持功能查看。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:压缩包(.tgz)。
   · 压缩包内含插件 JS 与 package.json(部分需先 npm 打包)。

■ 安装步骤
   1. 把插件解压到 JBrowse 2 的 plugins 目录,或放到你的 Web 站点目录下。
   2. 在 JBrowse 配置文件(config.json)的 plugins 数组里加一项,例如:
      { "name": "<插件名>", "url": "plugins/<插件名>/" }
   3. 重新加载 JBrowse 页面(或重启服务)。
   4. 打开 track 菜单,能看到该插件提供的视图/轨道类型即为成功。

■ 常见问题
   · 控制台报 404:config.json 里的 url 路径与实际放置目录不一致。
   · 插件不显示:浏览器强刷(Ctrl+F5)清掉旧缓存。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Reactome 通路资源整合」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   git+https://github.com/GMOD/jbrowse-plugin-reactome.git
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

jbrowse-plugin-ribo-seq · 核糖体测序轨道

three | 0.06 MB | 1 个文件 | 版本 0.0.6

用于展示核糖体印迹测序(Ribo-seq)数据的轨道插件,可查看翻译活跃区域与阅读框的分布情况。

包含文件:jbrowse-plugin-ribo-seq-0.0.6.tgz
安装教程(点击展开)
【核糖体测序轨道(jbrowse-plugin-ribo-seq)安装教程】—— JBrowse 2

■ 前置条件
   · 有 JBrowse 2 的部署环境(Web 服务或桌面版 JBrowse Desktop),已建好 genome 配置。

■ 本插件是什么
   用于展示核糖体印迹测序(Ribo-seq)数据的轨道插件,可查看翻译活跃区域与阅读框的分布情况。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:压缩包(.tgz)。
   · 压缩包内含插件 JS 与 package.json(部分需先 npm 打包)。

■ 安装步骤
   1. 把插件解压到 JBrowse 2 的 plugins 目录,或放到你的 Web 站点目录下。
   2. 在 JBrowse 配置文件(config.json)的 plugins 数组里加一项,例如:
      { "name": "<插件名>", "url": "plugins/<插件名>/" }
   3. 重新加载 JBrowse 页面(或重启服务)。
   4. 打开 track 菜单,能看到该插件提供的视图/轨道类型即为成功。

■ 常见问题
   · 控制台报 404:config.json 里的 url 路径与实际放置目录不一致。
   · 插件不显示:浏览器强刷(Ctrl+F5)清掉旧缓存。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「核糖体测序轨道」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   npm 官方 registry
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

jbrowse-plugin-ideogram · 染色体核型示意图

util | 0.6 MB | 1 个文件 | 版本 2.0.0

在 JBrowse 2 中显示染色体的核型条带示意视图,直观展示当前观测区域在整条染色体上的位置。

包含文件:jbrowse-plugin-ideogram-2.0.0.tgz
安装教程(点击展开)
【染色体核型示意图(jbrowse-plugin-ideogram)安装教程】—— JBrowse 2

■ 前置条件
   · 有 JBrowse 2 的部署环境(Web 服务或桌面版 JBrowse Desktop),已建好 genome 配置。

■ 本插件是什么
   在 JBrowse 2 中显示染色体的核型条带示意视图,直观展示当前观测区域在整条染色体上的位置。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:压缩包(.tgz)。
   · 压缩包内含插件 JS 与 package.json(部分需先 npm 打包)。

■ 安装步骤
   1. 把插件解压到 JBrowse 2 的 plugins 目录,或放到你的 Web 站点目录下。
   2. 在 JBrowse 配置文件(config.json)的 plugins 数组里加一项,例如:
      { "name": "<插件名>", "url": "plugins/<插件名>/" }
   3. 重新加载 JBrowse 页面(或重启服务)。
   4. 打开 track 菜单,能看到该插件提供的视图/轨道类型即为成功。

■ 常见问题
   · 控制台报 404:config.json 里的 url 路径与实际放置目录不一致。
   · 插件不显示:浏览器强刷(Ctrl+F5)清掉旧缓存。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「染色体核型示意图」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   git+https://github.com/GMOD/jbrowse-plugin-ideogram.git
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

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