Geneious Prime 插件合集（共 40 个）

【基因预测（Augustus）安装教程】—— Geneious Prime

■ 前置条件
   · 已安装 Geneious Prime（9.0 及以上；插件页面标注的版本要求见插件说明）。
   · 本目录是对应的 .gplugin 插件包，官方免费提供。

■ 本插件是什么
   集成 Augustus 的基因预测插件，利用隐马尔可夫模型在真核基因组中预测基因结构。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.gplugin）。
   · .gplugin 是 Geneious 插件安装包，不用解压、不用改名。

■ 安装步骤
   1. 打开 Geneious Prime。
   2. 菜单 工具（Tools）→ 插件（Plugins）→ Install New Plugin，选择本目录的 .gplugin 文件。
      （也可以直接把 .gplugin 文件拖进 Geneious 主窗口。）
   3. 按提示确认安装，然后重启 Geneious。
   4. 重启后在 工具 → 插件 列表里能看到该插件，菜单里也会出现对应功能（如 BBDuk、Bowtie 等）。

■ 注意事项
   · 外部程序类插件（如 BBDuk、Bowtie、MAFFT）首次运行时会提示你指定外部程序的可执行文件路径，按提示下载/指向即可。
   · 插件与 Geneious 主版本有对应关系，升级主程序后若插件报错，把主程序版本发客服换包。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「基因预测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://www.geneious.com/plugins/augustus
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【测序读长修剪（BBDuk）安装教程】—— Geneious Prime

■ 前置条件
   · 已安装 Geneious Prime（9.0 及以上；插件页面标注的版本要求见插件说明）。
   · 本目录是对应的 .gplugin 插件包，官方免费提供。

■ 本插件是什么
   集成 BBDuk 的读长质控插件，用于接头去除、质量修剪和低复杂度序列过滤等测序读长预处理。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.gplugin）。
   · .gplugin 是 Geneious 插件安装包，不用解压、不用改名。

■ 安装步骤
   1. 打开 Geneious Prime。
   2. 菜单 工具（Tools）→ 插件（Plugins）→ Install New Plugin，选择本目录的 .gplugin 文件。
      （也可以直接把 .gplugin 文件拖进 Geneious 主窗口。）
   3. 按提示确认安装，然后重启 Geneious。
   4. 重启后在 工具 → 插件 列表里能看到该插件，菜单里也会出现对应功能（如 BBDuk、Bowtie 等）。

■ 注意事项
   · 外部程序类插件（如 BBDuk、Bowtie、MAFFT）首次运行时会提示你指定外部程序的可执行文件路径，按提示下载/指向即可。
   · 插件与 Geneious 主版本有对应关系，升级主程序后若插件报错，把主程序版本发客服换包。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「测序读长修剪」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://www.geneious.com/plugins/bbduk
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【短读比对组装（BBMap）安装教程】—— Geneious Prime

■ 前置条件
   · 已安装 Geneious Prime（9.0 及以上；插件页面标注的版本要求见插件说明）。
   · 本目录是对应的 .gplugin 插件包，官方免费提供。

■ 本插件是什么
   封装 BBMap 的比对工具，基于高效短读比对完成读长到参考序列的映射。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.gplugin）。
   · .gplugin 是 Geneious 插件安装包，不用解压、不用改名。

■ 安装步骤
   1. 打开 Geneious Prime。
   2. 菜单 工具（Tools）→ 插件（Plugins）→ Install New Plugin，选择本目录的 .gplugin 文件。
      （也可以直接把 .gplugin 文件拖进 Geneious 主窗口。）
   3. 按提示确认安装，然后重启 Geneious。
   4. 重启后在 工具 → 插件 列表里能看到该插件，菜单里也会出现对应功能（如 BBDuk、Bowtie 等）。

■ 注意事项
   · 外部程序类插件（如 BBDuk、Bowtie、MAFFT）首次运行时会提示你指定外部程序的可执行文件路径，按提示下载/指向即可。
   · 插件与 Geneious 主版本有对应关系，升级主程序后若插件报错，把主程序版本发客服换包。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「短读比对组装」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://www.geneious.com/plugins/bbm
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【实验室信息管理（Biocode LIMS）安装教程】—— Geneious Prime

■ 前置条件
   · 已安装 Geneious Prime（9.0 及以上；插件页面标注的版本要求见插件说明）。
   · 本目录是对应的 .gplugin 插件包，官方免费提供。

■ 本插件是什么
   Biocode LIMS 插件，将 Geneious Prime 与 Biocode 实验室信息管理系统集成，管理样本与测序数据流。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.gplugin）。
   · .gplugin 是 Geneious 插件安装包，不用解压、不用改名。

■ 安装步骤
   1. 打开 Geneious Prime。
   2. 菜单 工具（Tools）→ 插件（Plugins）→ Install New Plugin，选择本目录的 .gplugin 文件。
      （也可以直接把 .gplugin 文件拖进 Geneious 主窗口。）
   3. 按提示确认安装，然后重启 Geneious。
   4. 重启后在 工具 → 插件 列表里能看到该插件，菜单里也会出现对应功能（如 BBDuk、Bowtie 等）。

■ 注意事项
   · 外部程序类插件（如 BBDuk、Bowtie、MAFFT）首次运行时会提示你指定外部程序的可执行文件路径，按提示下载/指向即可。
   · 插件与 Geneious 主版本有对应关系，升级主程序后若插件报错，把主程序版本发客服换包。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「实验室信息管理」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://www.geneious.com/plugins/biocode-lims
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【短读比对（Bowtie）安装教程】—— Geneious Prime

■ 前置条件
   · 已安装 Geneious Prime（9.0 及以上；插件页面标注的版本要求见插件说明）。
   · 本目录是对应的 .gplugin 插件包，官方免费提供。

■ 本插件是什么
   集成 Bowtie 的超快速短读比对插件，将高通量测序读长比对到参考序列。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.gplugin）。
   · .gplugin 是 Geneious 插件安装包，不用解压、不用改名。

■ 安装步骤
   1. 打开 Geneious Prime。
   2. 菜单 工具（Tools）→ 插件（Plugins）→ Install New Plugin，选择本目录的 .gplugin 文件。
      （也可以直接把 .gplugin 文件拖进 Geneious 主窗口。）
   3. 按提示确认安装，然后重启 Geneious。
   4. 重启后在 工具 → 插件 列表里能看到该插件，菜单里也会出现对应功能（如 BBDuk、Bowtie 等）。

■ 注意事项
   · 外部程序类插件（如 BBDuk、Bowtie、MAFFT）首次运行时会提示你指定外部程序的可执行文件路径，按提示下载/指向即可。
   · 插件与 Geneious 主版本有对应关系，升级主程序后若插件报错，把主程序版本发客服换包。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「短读比对」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://www.geneious.com/plugins/bowtie
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【序列拼接（CAP3）安装教程】—— Geneious Prime

■ 前置条件
   · 已安装 Geneious Prime（9.0 及以上；插件页面标注的版本要求见插件说明）。
   · 本目录是对应的 .gplugin 插件包，官方免费提供。

■ 本插件是什么
   封装 CAP3 的序列拼接插件，对 Sanger 与短读片段进行重叠群（contig）拼接与装配。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.gplugin）。
   · .gplugin 是 Geneious 插件安装包，不用解压、不用改名。

■ 安装步骤
   1. 打开 Geneious Prime。
   2. 菜单 工具（Tools）→ 插件（Plugins）→ Install New Plugin，选择本目录的 .gplugin 文件。
      （也可以直接把 .gplugin 文件拖进 Geneious 主窗口。）
   3. 按提示确认安装，然后重启 Geneious。
   4. 重启后在 工具 → 插件 列表里能看到该插件，菜单里也会出现对应功能（如 BBDuk、Bowtie 等）。

■ 注意事项
   · 外部程序类插件（如 BBDuk、Bowtie、MAFFT）首次运行时会提示你指定外部程序的可执行文件路径，按提示下载/指向即可。
   · 插件与 Geneious 主版本有对应关系，升级主程序后若插件报错，把主程序版本发客服换包。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「序列拼接」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://www.geneious.com/plugins/cap
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【多序列比对（Clustal Omega）安装教程】—— Geneious Prime

■ 前置条件
   · 已安装 Geneious Prime（9.0 及以上；插件页面标注的版本要求见插件说明）。
   · 本目录是对应的 .gplugin 插件包，官方免费提供。

■ 本插件是什么
   基于 Clustal Omega 的多序列比对插件，为 Geneious Prime 提供高精度、可扩展的蛋白质与核酸序列比对功能。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.gplugin）。
   · .gplugin 是 Geneious 插件安装包，不用解压、不用改名。

■ 安装步骤
   1. 打开 Geneious Prime。
   2. 菜单 工具（Tools）→ 插件（Plugins）→ Install New Plugin，选择本目录的 .gplugin 文件。
      （也可以直接把 .gplugin 文件拖进 Geneious 主窗口。）
   3. 按提示确认安装，然后重启 Geneious。
   4. 重启后在 工具 → 插件 列表里能看到该插件，菜单里也会出现对应功能（如 BBDuk、Bowtie 等）。

■ 注意事项
   · 外部程序类插件（如 BBDuk、Bowtie、MAFFT）首次运行时会提示你指定外部程序的可执行文件路径，按提示下载/指向即可。
   · 插件与 Geneious 主版本有对应关系，升级主程序后若插件报错，把主程序版本发客服换包。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多序列比对」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://www.geneious.com/plugins/clustal-o
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【卷曲螺旋预测（Coiled Coils）安装教程】—— Geneious Prime

■ 前置条件
   · 已安装 Geneious Prime（9.0 及以上；插件页面标注的版本要求见插件说明）。
   · 本目录是对应的 .gplugin 插件包，官方免费提供。

■ 本插件是什么
   基于 EMBOSS 的卷曲螺旋预测插件，预测蛋白质序列中的卷曲螺旋（coiled-coil）结构域。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.gplugin）。
   · .gplugin 是 Geneious 插件安装包，不用解压、不用改名。

■ 安装步骤
   1. 打开 Geneious Prime。
   2. 菜单 工具（Tools）→ 插件（Plugins）→ Install New Plugin，选择本目录的 .gplugin 文件。
      （也可以直接把 .gplugin 文件拖进 Geneious 主窗口。）
   3. 按提示确认安装，然后重启 Geneious。
   4. 重启后在 工具 → 插件 列表里能看到该插件，菜单里也会出现对应功能（如 BBDuk、Bowtie 等）。

■ 注意事项
   · 外部程序类插件（如 BBDuk、Bowtie、MAFFT）首次运行时会提示你指定外部程序的可执行文件路径，按提示下载/指向即可。
   · 插件与 Geneious 主版本有对应关系，升级主程序后若插件报错，把主程序版本发客服换包。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「卷曲螺旋预测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://www.geneious.com/plugins/coiled-coils
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【互补与反向（Complement-Reverse）安装教程】—— Geneious Prime

■ 前置条件
   · 已安装 Geneious Prime（9.0 及以上；插件页面标注的版本要求见插件说明）。
   · 本目录是对应的 .gplugin 插件包，官方免费提供。

■ 本插件是什么
   提供序列互补（Complement）与反向互补（Reverse）操作的轻量插件，可批量处理多条序列。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.gplugin）。
   · .gplugin 是 Geneious 插件安装包，不用解压、不用改名。

■ 安装步骤
   1. 打开 Geneious Prime。
   2. 菜单 工具（Tools）→ 插件（Plugins）→ Install New Plugin，选择本目录的 .gplugin 文件。
      （也可以直接把 .gplugin 文件拖进 Geneious 主窗口。）
   3. 按提示确认安装，然后重启 Geneious。
   4. 重启后在 工具 → 插件 列表里能看到该插件，菜单里也会出现对应功能（如 BBDuk、Bowtie 等）。

■ 注意事项
   · 外部程序类插件（如 BBDuk、Bowtie、MAFFT）首次运行时会提示你指定外部程序的可执行文件路径，按提示下载/指向即可。
   · 插件与 Geneious 主版本有对应关系，升级主程序后若插件报错，把主程序版本发客服换包。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「互补与反向」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://www.geneious.com/plugins/complement-reverse
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【CpG岛预测（CpG Islands）安装教程】—— Geneious Prime

■ 前置条件
   · 已安装 Geneious Prime（9.0 及以上；插件页面标注的版本要求见插件说明）。
   · 本目录是对应的 .gplugin 插件包，官方免费提供。

■ 本插件是什么
   基于 EMBOSS 的 CpG 岛预测插件，识别基因组序列中高 CpG 二核苷酸频率的潜在启动子区域。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.gplugin）。
   · .gplugin 是 Geneious 插件安装包，不用解压、不用改名。

■ 安装步骤
   1. 打开 Geneious Prime。
   2. 菜单 工具（Tools）→ 插件（Plugins）→ Install New Plugin，选择本目录的 .gplugin 文件。
      （也可以直接把 .gplugin 文件拖进 Geneious 主窗口。）
   3. 按提示确认安装，然后重启 Geneious。
   4. 重启后在 工具 → 插件 列表里能看到该插件，菜单里也会出现对应功能（如 BBDuk、Bowtie 等）。

■ 注意事项
   · 外部程序类插件（如 BBDuk、Bowtie、MAFFT）首次运行时会提示你指定外部程序的可执行文件路径，按提示下载/指向即可。
   · 插件与 Geneious 主版本有对应关系，升级主程序后若插件报错，把主程序版本发客服换包。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CpG岛预测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://www.geneious.com/plugins/cpg-islands
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Dotmatics平台集成（Dotmatics Platform Integration）安装教程】—— Geneious Prime

■ 前置条件
   · 已安装 Geneious Prime（9.0 及以上；插件页面标注的版本要求见插件说明）。
   · 本目录是对应的 .gplugin 插件包，官方免费提供。

■ 本插件是什么
   Dotmatics 平台集成插件，将 Geneious Prime 中的序列与实验数据同步到 Dotmatics 研究与数据管理平台。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.gplugin）。
   · .gplugin 是 Geneious 插件安装包，不用解压、不用改名。

■ 安装步骤
   1. 打开 Geneious Prime。
   2. 菜单 工具（Tools）→ 插件（Plugins）→ Install New Plugin，选择本目录的 .gplugin 文件。
      （也可以直接把 .gplugin 文件拖进 Geneious 主窗口。）
   3. 按提示确认安装，然后重启 Geneious。
   4. 重启后在 工具 → 插件 列表里能看到该插件，菜单里也会出现对应功能（如 BBDuk、Bowtie 等）。

■ 注意事项
   · 外部程序类插件（如 BBDuk、Bowtie、MAFFT）首次运行时会提示你指定外部程序的可执行文件路径，按提示下载/指向即可。
   · 插件与 Geneious 主版本有对应关系，升级主程序后若插件报错，把主程序版本发客服换包。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Dotmatics平台集成」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://www.geneious.com/plugins/dotmatics-platform-integration
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【突变与序列打乱（EMBOSS Mutate and Shuffle）安装教程】—— Geneious Prime

■ 前置条件
   · 已安装 Geneious Prime（9.0 及以上；插件页面标注的版本要求见插件说明）。
   · 本目录是对应的 .gplugin 插件包，官方免费提供。

■ 本插件是什么
   基于 EMBOSS 的序列编辑插件，按指定频率随机突变或打乱核酸序列，常用于生成对照数据集。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.gplugin）。
   · .gplugin 是 Geneious 插件安装包，不用解压、不用改名。

■ 安装步骤
   1. 打开 Geneious Prime。
   2. 菜单 工具（Tools）→ 插件（Plugins）→ Install New Plugin，选择本目录的 .gplugin 文件。
      （也可以直接把 .gplugin 文件拖进 Geneious 主窗口。）
   3. 按提示确认安装，然后重启 Geneious。
   4. 重启后在 工具 → 插件 列表里能看到该插件，菜单里也会出现对应功能（如 BBDuk、Bowtie 等）。

■ 注意事项
   · 外部程序类插件（如 BBDuk、Bowtie、MAFFT）首次运行时会提示你指定外部程序的可执行文件路径，按提示下载/指向即可。
   · 插件与 Geneious 主版本有对应关系，升级主程序后若插件报错，把主程序版本发客服换包。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「突变与序列打乱」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://www.geneious.com/plugins/emboss-mutate-and-shuffle
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【核苷酸分析（EMBOSS Nucleotide Analysis）安装教程】—— Geneious Prime

■ 前置条件
   · 已安装 Geneious Prime（9.0 及以上；插件页面标注的版本要求见插件说明）。
   · 本目录是对应的 .gplugin 插件包，官方免费提供。

■ 本插件是什么
   集成 EMBOSS 核苷酸分析工具，提供碱基组成、分子量与翻译等序列统计与基本分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.gplugin）。
   · .gplugin 是 Geneious 插件安装包，不用解压、不用改名。

■ 安装步骤
   1. 打开 Geneious Prime。
   2. 菜单 工具（Tools）→ 插件（Plugins）→ Install New Plugin，选择本目录的 .gplugin 文件。
      （也可以直接把 .gplugin 文件拖进 Geneious 主窗口。）
   3. 按提示确认安装，然后重启 Geneious。
   4. 重启后在 工具 → 插件 列表里能看到该插件，菜单里也会出现对应功能（如 BBDuk、Bowtie 等）。

■ 注意事项
   · 外部程序类插件（如 BBDuk、Bowtie、MAFFT）首次运行时会提示你指定外部程序的可执行文件路径，按提示下载/指向即可。
   · 插件与 Geneious 主版本有对应关系，升级主程序后若插件报错，把主程序版本发客服换包。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「核苷酸分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://www.geneious.com/plugins/emboss-nucleotide-analysis
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【蛋白序列分析（EMBOSS Protein Analysis）安装教程】—— Geneious Prime

■ 前置条件
   · 已安装 Geneious Prime（9.0 及以上；插件页面标注的版本要求见插件说明）。
   · 本目录是对应的 .gplugin 插件包，官方免费提供。

■ 本插件是什么
   集成 EMBOSS 蛋白分析工具，提供氨基酸组成、等电点与疏水性等蛋白质理化性质分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.gplugin）。
   · .gplugin 是 Geneious 插件安装包，不用解压、不用改名。

■ 安装步骤
   1. 打开 Geneious Prime。
   2. 菜单 工具（Tools）→ 插件（Plugins）→ Install New Plugin，选择本目录的 .gplugin 文件。
      （也可以直接把 .gplugin 文件拖进 Geneious 主窗口。）
   3. 按提示确认安装，然后重启 Geneious。
   4. 重启后在 工具 → 插件 列表里能看到该插件，菜单里也会出现对应功能（如 BBDuk、Bowtie 等）。

■ 注意事项
   · 外部程序类插件（如 BBDuk、Bowtie、MAFFT）首次运行时会提示你指定外部程序的可执行文件路径，按提示下载/指向即可。
   · 插件与 Geneious 主版本有对应关系，升级主程序后若插件报错，把主程序版本发客服换包。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「蛋白序列分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://www.geneious.com/plugins/emboss-protein-analysis
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【快速进化树构建（FastTree）安装教程】—— Geneious Prime

■ 前置条件
   · 已安装 Geneious Prime（9.0 及以上；插件页面标注的版本要求见插件说明）。
   · 本目录是对应的 .gplugin 插件包，官方免费提供。

■ 本插件是什么
   封装 FastTree 的系统发育插件，快速构建近似最大似然进化树，适合大规模比对数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.gplugin）。
   · .gplugin 是 Geneious 插件安装包，不用解压、不用改名。

■ 安装步骤
   1. 打开 Geneious Prime。
   2. 菜单 工具（Tools）→ 插件（Plugins）→ Install New Plugin，选择本目录的 .gplugin 文件。
      （也可以直接把 .gplugin 文件拖进 Geneious 主窗口。）
   3. 按提示确认安装，然后重启 Geneious。
   4. 重启后在 工具 → 插件 列表里能看到该插件，菜单里也会出现对应功能（如 BBDuk、Bowtie 等）。

■ 注意事项
   · 外部程序类插件（如 BBDuk、Bowtie、MAFFT）首次运行时会提示你指定外部程序的可执行文件路径，按提示下载/指向即可。
   · 插件与 Geneious 主版本有对应关系，升级主程序后若插件报错，把主程序版本发客服换包。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「快速进化树构建」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://www.geneious.com/plugins/fasttree
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【长读从头组装（Flye）安装教程】—— Geneious Prime

■ 前置条件
   · 已安装 Geneious Prime（9.0 及以上；插件页面标注的版本要求见插件说明）。
   · 本目录是对应的 .gplugin 插件包，官方免费提供。

■ 本插件是什么
   集成 Flye 的长读从头组装插件，支持 PacBio 与 Oxford Nanopore 长读序列的基因组组装。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.gplugin）。
   · .gplugin 是 Geneious 插件安装包，不用解压、不用改名。

■ 安装步骤
   1. 打开 Geneious Prime。
   2. 菜单 工具（Tools）→ 插件（Plugins）→ Install New Plugin，选择本目录的 .gplugin 文件。
      （也可以直接把 .gplugin 文件拖进 Geneious 主窗口。）
   3. 按提示确认安装，然后重启 Geneious。
   4. 重启后在 工具 → 插件 列表里能看到该插件，菜单里也会出现对应功能（如 BBDuk、Bowtie 等）。

■ 注意事项
   · 外部程序类插件（如 BBDuk、Bowtie、MAFFT）首次运行时会提示你指定外部程序的可执行文件路径，按提示下载/指向即可。
   · 插件与 Geneious 主版本有对应关系，升级主程序后若插件报错，把主程序版本发客服换包。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「长读从头组装」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://www.geneious.com/plugins/flye
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【变异检测（FreeBayes）安装教程】—— Geneious Prime

■ 前置条件
   · 已安装 Geneious Prime（9.0 及以上；插件页面标注的版本要求见插件说明）。
   · 本目录是对应的 .gplugin 插件包，官方免费提供。

■ 本插件是什么
   集成 FreeBayes 的变异检测插件，从比对读长中识别 SNP、插入缺失等基因型变异。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.gplugin）。
   · .gplugin 是 Geneious 插件安装包，不用解压、不用改名。

■ 安装步骤
   1. 打开 Geneious Prime。
   2. 菜单 工具（Tools）→ 插件（Plugins）→ Install New Plugin，选择本目录的 .gplugin 文件。
      （也可以直接把 .gplugin 文件拖进 Geneious 主窗口。）
   3. 按提示确认安装，然后重启 Geneious。
   4. 重启后在 工具 → 插件 列表里能看到该插件，菜单里也会出现对应功能（如 BBDuk、Bowtie 等）。

■ 注意事项
   · 外部程序类插件（如 BBDuk、Bowtie、MAFFT）首次运行时会提示你指定外部程序的可执行文件路径，按提示下载/指向即可。
   · 插件与 Geneious 主版本有对应关系，升级主程序后若插件报错，把主程序版本发客服换包。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「变异检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://www.geneious.com/plugins/freebayes
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GenBank提交（GenBank Submission）安装教程】—— Geneious Prime

■ 前置条件
   · 已安装 Geneious Prime（9.0 及以上；插件页面标注的版本要求见插件说明）。
   · 本目录是对应的 .gplugin 插件包，官方免费提供。

■ 本插件是什么
   GenBank 提交插件，帮助整理并直接向 NCBI GenBank 提交带有注释的序列数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.gplugin）。
   · .gplugin 是 Geneious 插件安装包，不用解压、不用改名。

■ 安装步骤
   1. 打开 Geneious Prime。
   2. 菜单 工具（Tools）→ 插件（Plugins）→ Install New Plugin，选择本目录的 .gplugin 文件。
      （也可以直接把 .gplugin 文件拖进 Geneious 主窗口。）
   3. 按提示确认安装，然后重启 Geneious。
   4. 重启后在 工具 → 插件 列表里能看到该插件，菜单里也会出现对应功能（如 BBDuk、Bowtie 等）。

■ 注意事项
   · 外部程序类插件（如 BBDuk、Bowtie、MAFFT）首次运行时会提示你指定外部程序的可执行文件路径，按提示下载/指向即可。
   · 插件与 Geneious 主版本有对应关系，升级主程序后若插件报错，把主程序版本发客服换包。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GenBank提交」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://www.geneious.com/plugins/genbank-submission
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【基因预测（Glimmer Gene Prediction）安装教程】—— Geneious Prime

■ 前置条件
   · 已安装 Geneious Prime（9.0 及以上；插件页面标注的版本要求见插件说明）。
   · 本目录是对应的 .gplugin 插件包，官方免费提供。

■ 本插件是什么
   封装 Glimmer 的基因预测插件，利用插值马尔可夫模型在原核基因组中预测编码基因。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.gplugin）。
   · .gplugin 是 Geneious 插件安装包，不用解压、不用改名。

■ 安装步骤
   1. 打开 Geneious Prime。
   2. 菜单 工具（Tools）→ 插件（Plugins）→ Install New Plugin，选择本目录的 .gplugin 文件。
      （也可以直接把 .gplugin 文件拖进 Geneious 主窗口。）
   3. 按提示确认安装，然后重启 Geneious。
   4. 重启后在 工具 → 插件 列表里能看到该插件，菜单里也会出现对应功能（如 BBDuk、Bowtie 等）。

■ 注意事项
   · 外部程序类插件（如 BBDuk、Bowtie、MAFFT）首次运行时会提示你指定外部程序的可执行文件路径，按提示下载/指向即可。
   · 插件与 Geneious 主版本有对应关系，升级主程序后若插件报错，把主程序版本发客服换包。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「基因预测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://www.geneious.com/plugins/glimmer-gene-prediction
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【杂合子分析（Heterozygotes）安装教程】—— Geneious Prime

■ 前置条件
   · 已安装 Geneious Prime（9.0 及以上；插件页面标注的版本要求见插件说明）。
   · 本目录是对应的 .gplugin 插件包，官方免费提供。

■ 本插件是什么
   基于 Sanger 测序数据的杂合子识别插件，检测峰图双峰位点以辅助变异判断。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.gplugin）。
   · .gplugin 是 Geneious 插件安装包，不用解压、不用改名。

■ 安装步骤
   1. 打开 Geneious Prime。
   2. 菜单 工具（Tools）→ 插件（Plugins）→ Install New Plugin，选择本目录的 .gplugin 文件。
      （也可以直接把 .gplugin 文件拖进 Geneious 主窗口。）
   3. 按提示确认安装，然后重启 Geneious。
   4. 重启后在 工具 → 插件 列表里能看到该插件，菜单里也会出现对应功能（如 BBDuk、Bowtie 等）。

■ 注意事项
   · 外部程序类插件（如 BBDuk、Bowtie、MAFFT）首次运行时会提示你指定外部程序的可执行文件路径，按提示下载/指向即可。
   · 插件与 Geneious 主版本有对应关系，升级主程序后若插件报错，把主程序版本发客服换包。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「杂合子分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://www.geneious.com/plugins/heterozygotes
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【蛋白结构域注释（InterProScan）安装教程】—— Geneious Prime

■ 前置条件
   · 已安装 Geneious Prime（9.0 及以上；插件页面标注的版本要求见插件说明）。
   · 本目录是对应的 .gplugin 插件包，官方免费提供。

■ 本插件是什么
   集成 InterProScan 的功能注释插件，可对蛋白质序列进行结构域与功能位点注释。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.gplugin）。
   · .gplugin 是 Geneious 插件安装包，不用解压、不用改名。

■ 安装步骤
   1. 打开 Geneious Prime。
   2. 菜单 工具（Tools）→ 插件（Plugins）→ Install New Plugin，选择本目录的 .gplugin 文件。
      （也可以直接把 .gplugin 文件拖进 Geneious 主窗口。）
   3. 按提示确认安装，然后重启 Geneious。
   4. 重启后在 工具 → 插件 列表里能看到该插件，菜单里也会出现对应功能（如 BBDuk、Bowtie 等）。

■ 注意事项
   · 外部程序类插件（如 BBDuk、Bowtie、MAFFT）首次运行时会提示你指定外部程序的可执行文件路径，按提示下载/指向即可。
   · 插件与 Geneious 主版本有对应关系，升级主程序后若插件报错，把主程序版本发客服换包。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「蛋白结构域注释」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://www.geneious.com/plugins/interpro-scan
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【全基因组比对（LASTZ）安装教程】—— Geneious Prime

■ 前置条件
   · 已安装 Geneious Prime（9.0 及以上；插件页面标注的版本要求见插件说明）。
   · 本目录是对应的 .gplugin 插件包，官方免费提供。

■ 本插件是什么
   集成 LASTZ 的比对插件，支持 DNA 序列间的全基因组与局部联配，并将比对结果输出到 Geneious。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.gplugin）。
   · .gplugin 是 Geneious 插件安装包，不用解压、不用改名。

■ 安装步骤
   1. 打开 Geneious Prime。
   2. 菜单 工具（Tools）→ 插件（Plugins）→ Install New Plugin，选择本目录的 .gplugin 文件。
      （也可以直接把 .gplugin 文件拖进 Geneious 主窗口。）
   3. 按提示确认安装，然后重启 Geneious。
   4. 重启后在 工具 → 插件 列表里能看到该插件，菜单里也会出现对应功能（如 BBDuk、Bowtie 等）。

■ 注意事项
   · 外部程序类插件（如 BBDuk、Bowtie、MAFFT）首次运行时会提示你指定外部程序的可执行文件路径，按提示下载/指向即可。
   · 插件与 Geneious 主版本有对应关系，升级主程序后若插件报错，把主程序版本发客服换包。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「全基因组比对」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://www.geneious.com/plugins/lastz
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【多序列比对（MAFFT）安装教程】—— Geneious Prime

■ 前置条件
   · 已安装 Geneious Prime（9.0 及以上；插件页面标注的版本要求见插件说明）。
   · 本目录是对应的 .gplugin 插件包，官方免费提供。

■ 本插件是什么
   封装 MAFFT 的多序列比对插件，采用快速傅里叶变换实现高速度、高准确度的核酸或蛋白序列比对。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.gplugin）。
   · .gplugin 是 Geneious 插件安装包，不用解压、不用改名。

■ 安装步骤
   1. 打开 Geneious Prime。
   2. 菜单 工具（Tools）→ 插件（Plugins）→ Install New Plugin，选择本目录的 .gplugin 文件。
      （也可以直接把 .gplugin 文件拖进 Geneious 主窗口。）
   3. 按提示确认安装，然后重启 Geneious。
   4. 重启后在 工具 → 插件 列表里能看到该插件，菜单里也会出现对应功能（如 BBDuk、Bowtie 等）。

■ 注意事项
   · 外部程序类插件（如 BBDuk、Bowtie、MAFFT）首次运行时会提示你指定外部程序的可执行文件路径，按提示下载/指向即可。
   · 插件与 Geneious 主版本有对应关系，升级主程序后若插件报错，把主程序版本发客服换包。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多序列比对」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://www.geneious.com/plugins/mafft
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【基因组重排比对（Mauve）安装教程】—— Geneious Prime

■ 前置条件
   · 已安装 Geneious Prime（9.0 及以上；插件页面标注的版本要求见插件说明）。
   · 本目录是对应的 .gplugin 插件包，官方免费提供。

■ 本插件是什么
   集成 Mauve 基因组比对工具，用于多个近缘基因组的全基因组比对与结构重排可视化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.gplugin）。
   · .gplugin 是 Geneious 插件安装包，不用解压、不用改名。

■ 安装步骤
   1. 打开 Geneious Prime。
   2. 菜单 工具（Tools）→ 插件（Plugins）→ Install New Plugin，选择本目录的 .gplugin 文件。
      （也可以直接把 .gplugin 文件拖进 Geneious 主窗口。）
   3. 按提示确认安装，然后重启 Geneious。
   4. 重启后在 工具 → 插件 列表里能看到该插件，菜单里也会出现对应功能（如 BBDuk、Bowtie 等）。

■ 注意事项
   · 外部程序类插件（如 BBDuk、Bowtie、MAFFT）首次运行时会提示你指定外部程序的可执行文件路径，按提示下载/指向即可。
   · 插件与 Geneious 主版本有对应关系，升级主程序后若插件报错，把主程序版本发客服换包。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「基因组重排比对」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://www.geneious.com/plugins/mauve
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【微卫星查找（Microsatellites）安装教程】—— Geneious Prime

■ 前置条件
   · 已安装 Geneious Prime（9.0 及以上；插件页面标注的版本要求见插件说明）。
   · 本目录是对应的 .gplugin 插件包，官方免费提供。

■ 本插件是什么
   基于 EMBOSS 的微卫星查找插件，在序列中定位短串联重复（SSR）并统计其分布。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.gplugin）。
   · .gplugin 是 Geneious 插件安装包，不用解压、不用改名。

■ 安装步骤
   1. 打开 Geneious Prime。
   2. 菜单 工具（Tools）→ 插件（Plugins）→ Install New Plugin，选择本目录的 .gplugin 文件。
      （也可以直接把 .gplugin 文件拖进 Geneious 主窗口。）
   3. 按提示确认安装，然后重启 Geneious。
   4. 重启后在 工具 → 插件 列表里能看到该插件，菜单里也会出现对应功能（如 BBDuk、Bowtie 等）。

■ 注意事项
   · 外部程序类插件（如 BBDuk、Bowtie、MAFFT）首次运行时会提示你指定外部程序的可执行文件路径，按提示下载/指向即可。
   · 插件与 Geneious 主版本有对应关系，升级主程序后若插件报错，把主程序版本发客服换包。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「微卫星查找」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://www.geneious.com/plugins/microsatellite
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【长读比对（Minimap2）安装教程】—— Geneious Prime

■ 前置条件
   · 已安装 Geneious Prime（9.0 及以上；插件页面标注的版本要求见插件说明）。
   · 本目录是对应的 .gplugin 插件包，官方免费提供。

■ 本插件是什么
   封装 Minimap2 的长读比对插件，将长读或组装序列高效比对到参考基因组。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.gplugin）。
   · .gplugin 是 Geneious 插件安装包，不用解压、不用改名。

■ 安装步骤
   1. 打开 Geneious Prime。
   2. 菜单 工具（Tools）→ 插件（Plugins）→ Install New Plugin，选择本目录的 .gplugin 文件。
      （也可以直接把 .gplugin 文件拖进 Geneious 主窗口。）
   3. 按提示确认安装，然后重启 Geneious。
   4. 重启后在 工具 → 插件 列表里能看到该插件，菜单里也会出现对应功能（如 BBDuk、Bowtie 等）。

■ 注意事项
   · 外部程序类插件（如 BBDuk、Bowtie、MAFFT）首次运行时会提示你指定外部程序的可执行文件路径，按提示下载/指向即可。
   · 插件与 Geneious 主版本有对应关系，升级主程序后若插件报错，把主程序版本发客服换包。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「长读比对」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://www.geneious.com/plugins/minimap2
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【序列拼接组装（MIRA）安装教程】—— Geneious Prime

■ 前置条件
   · 已安装 Geneious Prime（9.0 及以上；插件页面标注的版本要求见插件说明）。
   · 本目录是对应的 .gplugin 插件包，官方免费提供。

■ 本插件是什么
   集成 MIRA 的序列拼接插件，对 Sanger 与 NGS 读长进行从头组装与混合装配。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.gplugin）。
   · .gplugin 是 Geneious 插件安装包，不用解压、不用改名。

■ 安装步骤
   1. 打开 Geneious Prime。
   2. 菜单 工具（Tools）→ 插件（Plugins）→ Install New Plugin，选择本目录的 .gplugin 文件。
      （也可以直接把 .gplugin 文件拖进 Geneious 主窗口。）
   3. 按提示确认安装，然后重启 Geneious。
   4. 重启后在 工具 → 插件 列表里能看到该插件，菜单里也会出现对应功能（如 BBDuk、Bowtie 等）。

■ 注意事项
   · 外部程序类插件（如 BBDuk、Bowtie、MAFFT）首次运行时会提示你指定外部程序的可执行文件路径，按提示下载/指向即可。
   · 插件与 Geneious 主版本有对应关系，升级主程序后若插件报错，把主程序版本发客服换包。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「序列拼接组装」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://www.geneious.com/plugins/mira
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【贝叶斯系统发育（MrBayes）安装教程】—— Geneious Prime

■ 前置条件
   · 已安装 Geneious Prime（9.0 及以上；插件页面标注的版本要求见插件说明）。
   · 本目录是对应的 .gplugin 插件包，官方免费提供。

■ 本插件是什么
   集成 MrBayes 的贝叶斯系统发育插件，通过 MCMC 采样推断进化树的后验概率。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.gplugin）。
   · .gplugin 是 Geneious 插件安装包，不用解压、不用改名。

■ 安装步骤
   1. 打开 Geneious Prime。
   2. 菜单 工具（Tools）→ 插件（Plugins）→ Install New Plugin，选择本目录的 .gplugin 文件。
      （也可以直接把 .gplugin 文件拖进 Geneious 主窗口。）
   3. 按提示确认安装，然后重启 Geneious。
   4. 重启后在 工具 → 插件 列表里能看到该插件，菜单里也会出现对应功能（如 BBDuk、Bowtie 等）。

■ 注意事项
   · 外部程序类插件（如 BBDuk、Bowtie、MAFFT）首次运行时会提示你指定外部程序的可执行文件路径，按提示下载/指向即可。
   · 插件与 Geneious 主版本有对应关系，升级主程序后若插件报错，把主程序版本发客服换包。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「贝叶斯系统发育」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://www.geneious.com/plugins/mrbayes
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【系统发育分析（PAUP）安装教程】—— Geneious Prime

■ 前置条件
   · 已安装 Geneious Prime（9.0 及以上；插件页面标注的版本要求见插件说明）。
   · 本目录是对应的 .gplugin 插件包，官方免费提供。

■ 本插件是什么
   封装 PAUP* 的系统发育分析插件，支持简约法、邻接法等多种建树与树检验方法。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.gplugin）。
   · .gplugin 是 Geneious 插件安装包，不用解压、不用改名。

■ 安装步骤
   1. 打开 Geneious Prime。
   2. 菜单 工具（Tools）→ 插件（Plugins）→ Install New Plugin，选择本目录的 .gplugin 文件。
      （也可以直接把 .gplugin 文件拖进 Geneious 主窗口。）
   3. 按提示确认安装，然后重启 Geneious。
   4. 重启后在 工具 → 插件 列表里能看到该插件，菜单里也会出现对应功能（如 BBDuk、Bowtie 等）。

■ 注意事项
   · 外部程序类插件（如 BBDuk、Bowtie、MAFFT）首次运行时会提示你指定外部程序的可执行文件路径，按提示下载/指向即可。
   · 插件与 Geneious 主版本有对应关系，升级主程序后若插件报错，把主程序版本发客服换包。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「系统发育分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://www.geneious.com/plugins/paup-star
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【蛋白结构比对（PDB Structure Aligner）安装教程】—— Geneious Prime

■ 前置条件
   · 已安装 Geneious Prime（9.0 及以上；插件页面标注的版本要求见插件说明）。
   · 本目录是对应的 .gplugin 插件包，官方免费提供。

■ 本插件是什么
   第三方插件，将 PDB 结构文件与序列数据关联，实现三维结构比对与可视化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.gplugin）。
   · .gplugin 是 Geneious 插件安装包，不用解压、不用改名。

■ 安装步骤
   1. 打开 Geneious Prime。
   2. 菜单 工具（Tools）→ 插件（Plugins）→ Install New Plugin，选择本目录的 .gplugin 文件。
      （也可以直接把 .gplugin 文件拖进 Geneious 主窗口。）
   3. 按提示确认安装，然后重启 Geneious。
   4. 重启后在 工具 → 插件 列表里能看到该插件，菜单里也会出现对应功能（如 BBDuk、Bowtie 等）。

■ 注意事项
   · 外部程序类插件（如 BBDuk、Bowtie、MAFFT）首次运行时会提示你指定外部程序的可执行文件路径，按提示下载/指向即可。
   · 插件与 Geneious 主版本有对应关系，升级主程序后若插件报错，把主程序版本发客服换包。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「蛋白结构比对」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://www.geneious.com/plugins/pdb-structure-aligner
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【串联重复检测（Phobos）安装教程】—— Geneious Prime

■ 前置条件
   · 已安装 Geneious Prime（9.0 及以上；插件页面标注的版本要求见插件说明）。
   · 本目录是对应的 .gplugin 插件包，官方免费提供。

■ 本插件是什么
   集成 Phobos 的串联重复检测插件，精确识别并注释序列中的微卫星与串联重复。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.gplugin）。
   · .gplugin 是 Geneious 插件安装包，不用解压、不用改名。

■ 安装步骤
   1. 打开 Geneious Prime。
   2. 菜单 工具（Tools）→ 插件（Plugins）→ Install New Plugin，选择本目录的 .gplugin 文件。
      （也可以直接把 .gplugin 文件拖进 Geneious 主窗口。）
   3. 按提示确认安装，然后重启 Geneious。
   4. 重启后在 工具 → 插件 列表里能看到该插件，菜单里也会出现对应功能（如 BBDuk、Bowtie 等）。

■ 注意事项
   · 外部程序类插件（如 BBDuk、Bowtie、MAFFT）首次运行时会提示你指定外部程序的可执行文件路径，按提示下载/指向即可。
   · 插件与 Geneious 主版本有对应关系，升级主程序后若插件报错，把主程序版本发客服换包。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「串联重复检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://www.geneious.com/plugins/phobos
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【最大似然系统发育（PhyML）安装教程】—— Geneious Prime

■ 前置条件
   · 已安装 Geneious Prime（9.0 及以上；插件页面标注的版本要求见插件说明）。
   · 本目录是对应的 .gplugin 插件包，官方免费提供。

■ 本插件是什么
   集成 PhyML 的最大似然系统发育插件，用于核酸或蛋白序列的进化树估计。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.gplugin）。
   · .gplugin 是 Geneious 插件安装包，不用解压、不用改名。

■ 安装步骤
   1. 打开 Geneious Prime。
   2. 菜单 工具（Tools）→ 插件（Plugins）→ Install New Plugin，选择本目录的 .gplugin 文件。
      （也可以直接把 .gplugin 文件拖进 Geneious 主窗口。）
   3. 按提示确认安装，然后重启 Geneious。
   4. 重启后在 工具 → 插件 列表里能看到该插件，菜单里也会出现对应功能（如 BBDuk、Bowtie 等）。

■ 注意事项
   · 外部程序类插件（如 BBDuk、Bowtie、MAFFT）首次运行时会提示你指定外部程序的可执行文件路径，按提示下载/指向即可。
   · 插件与 Geneious 主版本有对应关系，升级主程序后若插件报错，把主程序版本发客服换包。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「最大似然系统发育」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://www.geneious.com/plugins/phyml
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【多态微卫星标记（Polymorphic SSRs）安装教程】—— Geneious Prime

■ 前置条件
   · 已安装 Geneious Prime（9.0 及以上；插件页面标注的版本要求见插件说明）。
   · 本目录是对应的 .gplugin 插件包，官方免费提供。

■ 本插件是什么
   用于从序列数据中筛选多态性微卫星（SSR）标记并辅助引物设计的分析插件。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.gplugin）。
   · .gplugin 是 Geneious 插件安装包，不用解压、不用改名。

■ 安装步骤
   1. 打开 Geneious Prime。
   2. 菜单 工具（Tools）→ 插件（Plugins）→ Install New Plugin，选择本目录的 .gplugin 文件。
      （也可以直接把 .gplugin 文件拖进 Geneious 主窗口。）
   3. 按提示确认安装，然后重启 Geneious。
   4. 重启后在 工具 → 插件 列表里能看到该插件，菜单里也会出现对应功能（如 BBDuk、Bowtie 等）。

■ 注意事项
   · 外部程序类插件（如 BBDuk、Bowtie、MAFFT）首次运行时会提示你指定外部程序的可执行文件路径，按提示下载/指向即可。
   · 插件与 Geneious 主版本有对应关系，升级主程序后若插件报错，把主程序版本发客服换包。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多态微卫星标记」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://www.geneious.com/plugins/polymorphic-ssrs
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【最大似然进化树（RAxML）安装教程】—— Geneious Prime

■ 前置条件
   · 已安装 Geneious Prime（9.0 及以上；插件页面标注的版本要求见插件说明）。
   · 本目录是对应的 .gplugin 插件包，官方免费提供。

■ 本插件是什么
   集成 RAxML 的系统发育插件，采用最大似然法构建大规模核酸或蛋白序列进化树。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.gplugin）。
   · .gplugin 是 Geneious 插件安装包，不用解压、不用改名。

■ 安装步骤
   1. 打开 Geneious Prime。
   2. 菜单 工具（Tools）→ 插件（Plugins）→ Install New Plugin，选择本目录的 .gplugin 文件。
      （也可以直接把 .gplugin 文件拖进 Geneious 主窗口。）
   3. 按提示确认安装，然后重启 Geneious。
   4. 重启后在 工具 → 插件 列表里能看到该插件，菜单里也会出现对应功能（如 BBDuk、Bowtie 等）。

■ 注意事项
   · 外部程序类插件（如 BBDuk、Bowtie、MAFFT）首次运行时会提示你指定外部程序的可执行文件路径，按提示下载/指向即可。
   · 插件与 Geneious 主版本有对应关系，升级主程序后若插件报错，把主程序版本发客服换包。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「最大似然进化树」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://www.geneious.com/plugins/raxml
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【重复序列查找（Repeat Finder）安装教程】—— Geneious Prime

■ 前置条件
   · 已安装 Geneious Prime（9.0 及以上；插件页面标注的版本要求见插件说明）。
   · 本目录是对应的 .gplugin 插件包，官方免费提供。

■ 本插件是什么
   封装 Repeat Finder 的重复序列查找插件，识别序列内部的重复片段与重复结构。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.gplugin）。
   · .gplugin 是 Geneious 插件安装包，不用解压、不用改名。

■ 安装步骤
   1. 打开 Geneious Prime。
   2. 菜单 工具（Tools）→ 插件（Plugins）→ Install New Plugin，选择本目录的 .gplugin 文件。
      （也可以直接把 .gplugin 文件拖进 Geneious 主窗口。）
   3. 按提示确认安装，然后重启 Geneious。
   4. 重启后在 工具 → 插件 列表里能看到该插件，菜单里也会出现对应功能（如 BBDuk、Bowtie 等）。

■ 注意事项
   · 外部程序类插件（如 BBDuk、Bowtie、MAFFT）首次运行时会提示你指定外部程序的可执行文件路径，按提示下载/指向即可。
   · 插件与 Geneious 主版本有对应关系，升级主程序后若插件报错，把主程序版本发客服换包。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「重复序列查找」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://www.geneious.com/plugins/repeat-finder
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【序列分区（SeqPartitioner）安装教程】—— Geneious Prime

■ 前置条件
   · 已安装 Geneious Prime（9.0 及以上；插件页面标注的版本要求见插件说明）。
   · 本目录是对应的 .gplugin 插件包，官方免费提供。

■ 本插件是什么
   第三方插件，按指定序列特征把多序列比对结果自动划分为多个分区，便于后续分区建树。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.gplugin）。
   · .gplugin 是 Geneious 插件安装包，不用解压、不用改名。

■ 安装步骤
   1. 打开 Geneious Prime。
   2. 菜单 工具（Tools）→ 插件（Plugins）→ Install New Plugin，选择本目录的 .gplugin 文件。
      （也可以直接把 .gplugin 文件拖进 Geneious 主窗口。）
   3. 按提示确认安装，然后重启 Geneious。
   4. 重启后在 工具 → 插件 列表里能看到该插件，菜单里也会出现对应功能（如 BBDuk、Bowtie 等）。

■ 注意事项
   · 外部程序类插件（如 BBDuk、Bowtie、MAFFT）首次运行时会提示你指定外部程序的可执行文件路径，按提示下载/指向即可。
   · 插件与 Geneious 主版本有对应关系，升级主程序后若插件报错，把主程序版本发客服换包。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「序列分区」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://www.geneious.com/plugins/seqpartitioner
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【序列分类（Sequence Classifier）安装教程】—— Geneious Prime

■ 前置条件
   · 已安装 Geneious Prime（9.0 及以上；插件页面标注的版本要求见插件说明）。
   · 本目录是对应的 .gplugin 插件包，官方免费提供。

■ 本插件是什么
   第三方插件，基于朴素贝叶斯等分类模型将序列自动归类到已知的分类单元。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.gplugin）。
   · .gplugin 是 Geneious 插件安装包，不用解压、不用改名。

■ 安装步骤
   1. 打开 Geneious Prime。
   2. 菜单 工具（Tools）→ 插件（Plugins）→ Install New Plugin，选择本目录的 .gplugin 文件。
      （也可以直接把 .gplugin 文件拖进 Geneious 主窗口。）
   3. 按提示确认安装，然后重启 Geneious。
   4. 重启后在 工具 → 插件 列表里能看到该插件，菜单里也会出现对应功能（如 BBDuk、Bowtie 等）。

■ 注意事项
   · 外部程序类插件（如 BBDuk、Bowtie、MAFFT）首次运行时会提示你指定外部程序的可执行文件路径，按提示下载/指向即可。
   · 插件与 Geneious 主版本有对应关系，升级主程序后若插件报错，把主程序版本发客服换包。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「序列分类」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://www.geneious.com/plugins/sequence-classifier
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【物种界定（Species Delimitation）安装教程】—— Geneious Prime

■ 前置条件
   · 已安装 Geneious Prime（9.0 及以上；插件页面标注的版本要求见插件说明）。
   · 本目录是对应的 .gplugin 插件包，官方免费提供。

■ 本插件是什么
   第三方插件，基于多种算法对序列数据自动进行物种界定与候选物种划分。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.gplugin）。
   · .gplugin 是 Geneious 插件安装包，不用解压、不用改名。

■ 安装步骤
   1. 打开 Geneious Prime。
   2. 菜单 工具（Tools）→ 插件（Plugins）→ Install New Plugin，选择本目录的 .gplugin 文件。
      （也可以直接把 .gplugin 文件拖进 Geneious 主窗口。）
   3. 按提示确认安装，然后重启 Geneious。
   4. 重启后在 工具 → 插件 列表里能看到该插件，菜单里也会出现对应功能（如 BBDuk、Bowtie 等）。

■ 注意事项
   · 外部程序类插件（如 BBDuk、Bowtie、MAFFT）首次运行时会提示你指定外部程序的可执行文件路径，按提示下载/指向即可。
   · 插件与 Geneious 主版本有对应关系，升级主程序后若插件报错，把主程序版本发客服换包。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「物种界定」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://www.geneious.com/plugins/species-delimitation
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【跨膜区预测（Transmembrane Prediction）安装教程】—— Geneious Prime

■ 前置条件
   · 已安装 Geneious Prime（9.0 及以上；插件页面标注的版本要求见插件说明）。
   · 本目录是对应的 .gplugin 插件包，官方免费提供。

■ 本插件是什么
   基于 EMBOSS 的跨膜区预测插件，识别蛋白质序列中的跨膜螺旋与膜拓扑结构。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.gplugin）。
   · .gplugin 是 Geneious 插件安装包，不用解压、不用改名。

■ 安装步骤
   1. 打开 Geneious Prime。
   2. 菜单 工具（Tools）→ 插件（Plugins）→ Install New Plugin，选择本目录的 .gplugin 文件。
      （也可以直接把 .gplugin 文件拖进 Geneious 主窗口。）
   3. 按提示确认安装，然后重启 Geneious。
   4. 重启后在 工具 → 插件 列表里能看到该插件，菜单里也会出现对应功能（如 BBDuk、Bowtie 等）。

■ 注意事项
   · 外部程序类插件（如 BBDuk、Bowtie、MAFFT）首次运行时会提示你指定外部程序的可执行文件路径，按提示下载/指向即可。
   · 插件与 Geneious 主版本有对应关系，升级主程序后若插件报错，把主程序版本发客服换包。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「跨膜区预测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://www.geneious.com/plugins/transmembrane-prediction
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【短读从头组装（Velvet）安装教程】—— Geneious Prime

■ 前置条件
   · 已安装 Geneious Prime（9.0 及以上；插件页面标注的版本要求见插件说明）。
   · 本目录是对应的 .gplugin 插件包，官方免费提供。

■ 本插件是什么
   封装 Velvet 的短读从头组装插件，基于 de Bruijn 图对短读测序数据进行基因组组装。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.gplugin）。
   · .gplugin 是 Geneious 插件安装包，不用解压、不用改名。

■ 安装步骤
   1. 打开 Geneious Prime。
   2. 菜单 工具（Tools）→ 插件（Plugins）→ Install New Plugin，选择本目录的 .gplugin 文件。
      （也可以直接把 .gplugin 文件拖进 Geneious 主窗口。）
   3. 按提示确认安装，然后重启 Geneious。
   4. 重启后在 工具 → 插件 列表里能看到该插件，菜单里也会出现对应功能（如 BBDuk、Bowtie 等）。

■ 注意事项
   · 外部程序类插件（如 BBDuk、Bowtie、MAFFT）首次运行时会提示你指定外部程序的可执行文件路径，按提示下载/指向即可。
   · 插件与 Geneious 主版本有对应关系，升级主程序后若插件报错，把主程序版本发客服换包。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「短读从头组装」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://www.geneious.com/plugins/velvet
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。