bcftools 插件合集（共 41 个）

【等位深度偏倚检测（ad-bias）安装教程】—— bcftools

■ 前置条件
   · 已安装 bcftools（Linux / macOS 用 conda 或系统包管理器装最省事；Windows 建议装在 WSL2 或 conda 环境里）。
   · 先用命令 bcftools plugin -l 看看你的 bcftools 是否已经自带这个插件（发行版通常已内置）。

■ 本插件是什么
   统计并检验各样本的等位深度（AD）分布是否偏离预期比例，标记等位失衡的位点，常用于排查变异检出与比对错误。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 里是该插件的**源码**（.c 与 .mk 编译脚本），不是可执行文件。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip，把里面的插件文件放进 bcftools 源码目录的 plugins/ 下。
   2. 在 bcftools 源码目录执行 ./configure 然后 make，编译完成后 plugins/ 下会生成 <插件名>.so。
   3. 把生成的 .so 放进 bcftools 的插件目录（默认在 bcftools 安装目录下），或者设置环境变量 BCFTOOLS_PLUGINS 指向存放 .so 的文件夹。
   4. 运行 bcftools plugin -l，列表里出现该插件名即安装成功；调用格式：bcftools +插件名 ...

■ 注意事项
   · Windows 原生版 bcftools 一般不带编译器，编插件请在 WSL2 / Linux 里做。
   · 插件版本要与 bcftools 主程序匹配，升级 bcftools 后最好用新版源码重新编译。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「等位深度偏倚检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samtools/bcftools/tree/develop/plugins/ad-bias
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【添加 VariantKey 编码（add-variantkey）安装教程】—— bcftools

■ 前置条件
   · 已安装 bcftools（Linux / macOS 用 conda 或系统包管理器装最省事；Windows 建议装在 WSL2 或 conda 环境里）。
   · 先用命令 bcftools plugin -l 看看你的 bcftools 是否已经自带这个插件（发行版通常已内置）。

■ 本插件是什么
   为 VCF 中每条变异计算并写入 VariantKey 编码，把变异唯一标识加入记录，便于跨数据集匹配与去重。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 里是该插件的**源码**（.c 与 .mk 编译脚本），不是可执行文件。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip，把里面的插件文件放进 bcftools 源码目录的 plugins/ 下。
   2. 在 bcftools 源码目录执行 ./configure 然后 make，编译完成后 plugins/ 下会生成 <插件名>.so。
   3. 把生成的 .so 放进 bcftools 的插件目录（默认在 bcftools 安装目录下），或者设置环境变量 BCFTOOLS_PLUGINS 指向存放 .so 的文件夹。
   4. 运行 bcftools plugin -l，列表里出现该插件名即安装成功；调用格式：bcftools +插件名 ...

■ 注意事项
   · Windows 原生版 bcftools 一般不带编译器，编插件请在 WSL2 / Linux 里做。
   · 插件版本要与 bcftools 主程序匹配，升级 bcftools 后最好用新版源码重新编译。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「添加 VariantKey 编码」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samtools/bcftools/tree/develop/plugins/add-variantkey
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【等位频率分布统计（af-dist）安装教程】—— bcftools

■ 前置条件
   · 已安装 bcftools（Linux / macOS 用 conda 或系统包管理器装最省事；Windows 建议装在 WSL2 或 conda 环境里）。
   · 先用命令 bcftools plugin -l 看看你的 bcftools 是否已经自带这个插件（发行版通常已内置）。

■ 本插件是什么
   统计位点等位基因频率（AF）的分布，可按群体或分组比较频率谱，用于评估数据集与参考群体之间的差异。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 里是该插件的**源码**（.c 与 .mk 编译脚本），不是可执行文件。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip，把里面的插件文件放进 bcftools 源码目录的 plugins/ 下。
   2. 在 bcftools 源码目录执行 ./configure 然后 make，编译完成后 plugins/ 下会生成 <插件名>.so。
   3. 把生成的 .so 放进 bcftools 的插件目录（默认在 bcftools 安装目录下），或者设置环境变量 BCFTOOLS_PLUGINS 指向存放 .so 的文件夹。
   4. 运行 bcftools plugin -l，列表里出现该插件名即安装成功；调用格式：bcftools +插件名 ...

■ 注意事项
   · Windows 原生版 bcftools 一般不带编译器，编插件请在 WSL2 / Linux 里做。
   · 插件版本要与 bcftools 主程序匹配，升级 bcftools 后最好用新版源码重新编译。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「等位频率分布统计」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samtools/bcftools/tree/develop/plugins/af-dist
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【等位基因长度调整（allele-length）安装教程】—— bcftools

■ 前置条件
   · 已安装 bcftools（Linux / macOS 用 conda 或系统包管理器装最省事；Windows 建议装在 WSL2 或 conda 环境里）。
   · 先用命令 bcftools plugin -l 看看你的 bcftools 是否已经自带这个插件（发行版通常已内置）。

■ 本插件是什么
   按指定的碱基数向左或向右延伸等位基因长度，用于统一不同来源 VCF 中等位基因的表示长度。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 里是该插件的**源码**（.c 与 .mk 编译脚本），不是可执行文件。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip，把里面的插件文件放进 bcftools 源码目录的 plugins/ 下。
   2. 在 bcftools 源码目录执行 ./configure 然后 make，编译完成后 plugins/ 下会生成 <插件名>.so。
   3. 把生成的 .so 放进 bcftools 的插件目录（默认在 bcftools 安装目录下），或者设置环境变量 BCFTOOLS_PLUGINS 指向存放 .so 的文件夹。
   4. 运行 bcftools plugin -l，列表里出现该插件名即安装成功；调用格式：bcftools +插件名 ...

■ 注意事项
   · Windows 原生版 bcftools 一般不带编译器，编插件请在 WSL2 / Linux 里做。
   · 插件版本要与 bcftools 主程序匹配，升级 bcftools 后最好用新版源码重新编译。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「等位基因长度调整」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samtools/bcftools/tree/develop/plugins/allele-length
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【样本倍性检查（check-ploidy）安装教程】—— bcftools

■ 前置条件
   · 已安装 bcftools（Linux / macOS 用 conda 或系统包管理器装最省事；Windows 建议装在 WSL2 或 conda 环境里）。
   · 先用命令 bcftools plugin -l 看看你的 bcftools 是否已经自带这个插件（发行版通常已内置）。

■ 本插件是什么
   检查 VCF 中各样本的实际倍性是否符合预期，输出样本或位点层面的倍性情况，便于发现倍性异常。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 里是该插件的**源码**（.c 与 .mk 编译脚本），不是可执行文件。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip，把里面的插件文件放进 bcftools 源码目录的 plugins/ 下。
   2. 在 bcftools 源码目录执行 ./configure 然后 make，编译完成后 plugins/ 下会生成 <插件名>.so。
   3. 把生成的 .so 放进 bcftools 的插件目录（默认在 bcftools 安装目录下），或者设置环境变量 BCFTOOLS_PLUGINS 指向存放 .so 的文件夹。
   4. 运行 bcftools plugin -l，列表里出现该插件名即安装成功；调用格式：bcftools +插件名 ...

■ 注意事项
   · Windows 原生版 bcftools 一般不带编译器，编插件请在 WSL2 / Linux 里做。
   · 插件版本要与 bcftools 主程序匹配，升级 bcftools 后最好用新版源码重新编译。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「样本倍性检查」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samtools/bcftools/tree/develop/plugins/check-ploidy
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【样本稀疏度检查（check-sparsity）安装教程】—— bcftools

■ 前置条件
   · 已安装 bcftools（Linux / macOS 用 conda 或系统包管理器装最省事；Windows 建议装在 WSL2 或 conda 环境里）。
   · 先用命令 bcftools plugin -l 看看你的 bcftools 是否已经自带这个插件（发行版通常已内置）。

■ 本插件是什么
   评估 VCF 的稀疏程度，统计每个样本或整体的缺失基因型比例，用于判断样本质量与数据完整性。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 里是该插件的**源码**（.c 与 .mk 编译脚本），不是可执行文件。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip，把里面的插件文件放进 bcftools 源码目录的 plugins/ 下。
   2. 在 bcftools 源码目录执行 ./configure 然后 make，编译完成后 plugins/ 下会生成 <插件名>.so。
   3. 把生成的 .so 放进 bcftools 的插件目录（默认在 bcftools 安装目录下），或者设置环境变量 BCFTOOLS_PLUGINS 指向存放 .so 的文件夹。
   4. 运行 bcftools plugin -l，列表里出现该插件名即安装成功；调用格式：bcftools +插件名 ...

■ 注意事项
   · Windows 原生版 bcftools 一般不带编译器，编插件请在 WSL2 / Linux 里做。
   · 插件版本要与 bcftools 主程序匹配，升级 bcftools 后最好用新版源码重新编译。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「样本稀疏度检查」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samtools/bcftools/tree/develop/plugins/check-sparsity
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【染色体着色输出（color-chrs）安装教程】—— bcftools

■ 前置条件
   · 已安装 bcftools（Linux / macOS 用 conda 或系统包管理器装最省事；Windows 建议装在 WSL2 或 conda 环境里）。
   · 先用命令 bcftools plugin -l 看看你的 bcftools 是否已经自带这个插件（发行版通常已内置）。

■ 本插件是什么
   在终端文本输出时给不同染色体赋予不同颜色，方便在命令行界面中快速区分各条染色体的记录。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 里是该插件的**源码**（.c 与 .mk 编译脚本），不是可执行文件。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip，把里面的插件文件放进 bcftools 源码目录的 plugins/ 下。
   2. 在 bcftools 源码目录执行 ./configure 然后 make，编译完成后 plugins/ 下会生成 <插件名>.so。
   3. 把生成的 .so 放进 bcftools 的插件目录（默认在 bcftools 安装目录下），或者设置环境变量 BCFTOOLS_PLUGINS 指向存放 .so 的文件夹。
   4. 运行 bcftools plugin -l，列表里出现该插件名即安装成功；调用格式：bcftools +插件名 ...

■ 注意事项
   · Windows 原生版 bcftools 一般不带编译器，编插件请在 WSL2 / Linux 里做。
   · 插件版本要与 bcftools 主程序匹配，升级 bcftools 后最好用新版源码重新编译。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「染色体着色输出」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samtools/bcftools/tree/develop/plugins/color-chrs
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【病例对照关联检验（contrast）安装教程】—— bcftools

■ 前置条件
   · 已安装 bcftools（Linux / macOS 用 conda 或系统包管理器装最省事；Windows 建议装在 WSL2 或 conda 环境里）。
   · 先用命令 bcftools plugin -l 看看你的 bcftools 是否已经自带这个插件（发行版通常已内置）。

■ 本插件是什么
   对两组样本做病例对照关联检验，可逐位点或按区域进行，统计新等位基因与基因型差异，并输出相应 INFO 注释。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 里是该插件的**源码**（.c 与 .mk 编译脚本），不是可执行文件。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip，把里面的插件文件放进 bcftools 源码目录的 plugins/ 下。
   2. 在 bcftools 源码目录执行 ./configure 然后 make，编译完成后 plugins/ 下会生成 <插件名>.so。
   3. 把生成的 .so 放进 bcftools 的插件目录（默认在 bcftools 安装目录下），或者设置环境变量 BCFTOOLS_PLUGINS 指向存放 .so 的文件夹。
   4. 运行 bcftools plugin -l，列表里出现该插件名即安装成功；调用格式：bcftools +插件名 ...

■ 注意事项
   · Windows 原生版 bcftools 一般不带编译器，编插件请在 WSL2 / Linux 里做。
   · 插件版本要与 bcftools 主程序匹配，升级 bcftools 后最好用新版源码重新编译。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「病例对照关联检验」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samtools/bcftools/tree/develop/plugins/contrast
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【变异类型计数（counts）安装教程】—— bcftools

■ 前置条件
   · 已安装 bcftools（Linux / macOS 用 conda 或系统包管理器装最省事；Windows 建议装在 WSL2 或 conda 环境里）。
   · 先用命令 bcftools plugin -l 看看你的 bcftools 是否已经自带这个插件（发行版通常已内置）。

■ 本插件是什么
   极简统计插件，统计 VCF 中 SNP、Indel 的数目以及位点总数，用于快速了解数据集的变异组成。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 里是该插件的**源码**（.c 与 .mk 编译脚本），不是可执行文件。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip，把里面的插件文件放进 bcftools 源码目录的 plugins/ 下。
   2. 在 bcftools 源码目录执行 ./configure 然后 make，编译完成后 plugins/ 下会生成 <插件名>.so。
   3. 把生成的 .so 放进 bcftools 的插件目录（默认在 bcftools 安装目录下），或者设置环境变量 BCFTOOLS_PLUGINS 指向存放 .so 的文件夹。
   4. 运行 bcftools plugin -l，列表里出现该插件名即安装成功；调用格式：bcftools +插件名 ...

■ 注意事项
   · Windows 原生版 bcftools 一般不带编译器，编插件请在 WSL2 / Linux 里做。
   · 插件版本要与 bcftools 主程序匹配，升级 bcftools 后最好用新版源码重新编译。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「变异类型计数」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samtools/bcftools/tree/develop/plugins/counts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【打印基因型剂量（dosage）安装教程】—— bcftools

■ 前置条件
   · 已安装 bcftools（Linux / macOS 用 conda 或系统包管理器装最省事；Windows 建议装在 WSL2 或 conda 环境里）。
   · 先用命令 bcftools plugin -l 看看你的 bcftools 是否已经自带这个插件（发行版通常已内置）。

■ 本插件是什么
   打印每个样本的基因型剂量，默认按 PL、GL、GT 的顺序查找可用的基因型似然信息来换算剂量。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 里是该插件的**源码**（.c 与 .mk 编译脚本），不是可执行文件。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip，把里面的插件文件放进 bcftools 源码目录的 plugins/ 下。
   2. 在 bcftools 源码目录执行 ./configure 然后 make，编译完成后 plugins/ 下会生成 <插件名>.so。
   3. 把生成的 .so 放进 bcftools 的插件目录（默认在 bcftools 安装目录下），或者设置环境变量 BCFTOOLS_PLUGINS 指向存放 .so 的文件夹。
   4. 运行 bcftools plugin -l，列表里出现该插件名即安装成功；调用格式：bcftools +插件名 ...

■ 注意事项
   · Windows 原生版 bcftools 一般不带编译器，编插件请在 WSL2 / Linux 里做。
   · 插件版本要与 bcftools 主程序匹配，升级 bcftools 后最好用新版源码重新编译。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「打印基因型剂量」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samtools/bcftools/tree/develop/plugins/dosage
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【补全 AN 和 AC 标签（fill-AN-AC）安装教程】—— bcftools

■ 前置条件
   · 已安装 bcftools（Linux / macOS 用 conda 或系统包管理器装最省事；Windows 建议装在 WSL2 或 conda 环境里）。
   · 先用命令 bcftools plugin -l 看看你的 bcftools 是否已经自带这个插件（发行版通常已内置）。

■ 本插件是什么
   根据样本基因型重新计算并填充 INFO 中的 AN（等位基因总数）与 AC（等位基因计数）标签。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 里是该插件的**源码**（.c 与 .mk 编译脚本），不是可执行文件。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip，把里面的插件文件放进 bcftools 源码目录的 plugins/ 下。
   2. 在 bcftools 源码目录执行 ./configure 然后 make，编译完成后 plugins/ 下会生成 <插件名>.so。
   3. 把生成的 .so 放进 bcftools 的插件目录（默认在 bcftools 安装目录下），或者设置环境变量 BCFTOOLS_PLUGINS 指向存放 .so 的文件夹。
   4. 运行 bcftools plugin -l，列表里出现该插件名即安装成功；调用格式：bcftools +插件名 ...

■ 注意事项
   · Windows 原生版 bcftools 一般不带编译器，编插件请在 WSL2 / Linux 里做。
   · 插件版本要与 bcftools 主程序匹配，升级 bcftools 后最好用新版源码重新编译。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「补全 AN 和 AC 标签」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samtools/bcftools/tree/develop/plugins/fill-AN-AC
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【依 FASTA 补全序列（fill-from-fasta）安装教程】—— bcftools

■ 前置条件
   · 已安装 bcftools（Linux / macOS 用 conda 或系统包管理器装最省事；Windows 建议装在 WSL2 或 conda 环境里）。
   · 先用命令 bcftools plugin -l 看看你的 bcftools 是否已经自带这个插件（发行版通常已内置）。

■ 本插件是什么
   从参考 FASTA 文件中取值来填充 VCF 的序列相关字段，例如补全或校正 REF 等位基因序列。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 里是该插件的**源码**（.c 与 .mk 编译脚本），不是可执行文件。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip，把里面的插件文件放进 bcftools 源码目录的 plugins/ 下。
   2. 在 bcftools 源码目录执行 ./configure 然后 make，编译完成后 plugins/ 下会生成 <插件名>.so。
   3. 把生成的 .so 放进 bcftools 的插件目录（默认在 bcftools 安装目录下），或者设置环境变量 BCFTOOLS_PLUGINS 指向存放 .so 的文件夹。
   4. 运行 bcftools plugin -l，列表里出现该插件名即安装成功；调用格式：bcftools +插件名 ...

■ 注意事项
   · Windows 原生版 bcftools 一般不带编译器，编插件请在 WSL2 / Linux 里做。
   · 插件版本要与 bcftools 主程序匹配，升级 bcftools 后最好用新版源码重新编译。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「依 FASTA 补全序列」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samtools/bcftools/tree/develop/plugins/fill-from-fasta
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【补全 INFO 标签（fill-tags）安装教程】—— bcftools

■ 前置条件
   · 已安装 bcftools（Linux / macOS 用 conda 或系统包管理器装最省事；Windows 建议装在 WSL2 或 conda 环境里）。
   · 先用命令 bcftools plugin -l 看看你的 bcftools 是否已经自带这个插件（发行版通常已内置）。

■ 本插件是什么
   根据样本基因型批量填充需要汇总样本信息的 INFO 标签，如 AC、AN、AF、NS 等。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 里是该插件的**源码**（.c 与 .mk 编译脚本），不是可执行文件。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip，把里面的插件文件放进 bcftools 源码目录的 plugins/ 下。
   2. 在 bcftools 源码目录执行 ./configure 然后 make，编译完成后 plugins/ 下会生成 <插件名>.so。
   3. 把生成的 .so 放进 bcftools 的插件目录（默认在 bcftools 安装目录下），或者设置环境变量 BCFTOOLS_PLUGINS 指向存放 .so 的文件夹。
   4. 运行 bcftools plugin -l，列表里出现该插件名即安装成功；调用格式：bcftools +插件名 ...

■ 注意事项
   · Windows 原生版 bcftools 一般不带编译器，编插件请在 WSL2 / Linux 里做。
   · 插件版本要与 bcftools 主程序匹配，升级 bcftools 后最好用新版源码重新编译。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「补全 INFO 标签」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samtools/bcftools/tree/develop/plugins/fill-tags
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【校正样本倍性（fixploidy）安装教程】—— bcftools

■ 前置条件
   · 已安装 bcftools（Linux / macOS 用 conda 或系统包管理器装最省事；Windows 建议装在 WSL2 或 conda 环境里）。
   · 先用命令 bcftools plugin -l 看看你的 bcftools 是否已经自带这个插件（发行版通常已内置）。

■ 本插件是什么
   按给定的性别或倍性文件把样本基因型倍性设置为正确值，例如修正性染色体上样本的倍性。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 里是该插件的**源码**（.c 与 .mk 编译脚本），不是可执行文件。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip，把里面的插件文件放进 bcftools 源码目录的 plugins/ 下。
   2. 在 bcftools 源码目录执行 ./configure 然后 make，编译完成后 plugins/ 下会生成 <插件名>.so。
   3. 把生成的 .so 放进 bcftools 的插件目录（默认在 bcftools 安装目录下），或者设置环境变量 BCFTOOLS_PLUGINS 指向存放 .so 的文件夹。
   4. 运行 bcftools plugin -l，列表里出现该插件名即安装成功；调用格式：bcftools +插件名 ...

■ 注意事项
   · Windows 原生版 bcftools 一般不带编译器，编插件请在 WSL2 / Linux 里做。
   · 插件版本要与 bcftools 主程序匹配，升级 bcftools 后最好用新版源码重新编译。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「校正样本倍性」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samtools/bcftools/tree/develop/plugins/fixploidy
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【校正 REF 链向（fixref）安装教程】—— bcftools

■ 前置条件
   · 已安装 bcftools（Linux / macOS 用 conda 或系统包管理器装最省事；Windows 建议装在 WSL2 或 conda 环境里）。
   · 先用命令 bcftools plugin -l 看看你的 bcftools 是否已经自带这个插件（发行版通常已内置）。

■ 本插件是什么
   判断并校正变异等位基因的链方向，修正与参考序列不一致的 REF 等位基因，使 VCF 与参考基因组一致。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 里是该插件的**源码**（.c 与 .mk 编译脚本），不是可执行文件。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip，把里面的插件文件放进 bcftools 源码目录的 plugins/ 下。
   2. 在 bcftools 源码目录执行 ./configure 然后 make，编译完成后 plugins/ 下会生成 <插件名>.so。
   3. 把生成的 .so 放进 bcftools 的插件目录（默认在 bcftools 安装目录下），或者设置环境变量 BCFTOOLS_PLUGINS 指向存放 .so 的文件夹。
   4. 运行 bcftools plugin -l，列表里出现该插件名即安装成功；调用格式：bcftools +插件名 ...

■ 注意事项
   · Windows 原生版 bcftools 一般不带编译器，编插件请在 WSL2 / Linux 里做。
   · 插件版本要与 bcftools 主程序匹配，升级 bcftools 后最好用新版源码重新编译。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「校正 REF 链向」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samtools/bcftools/tree/develop/plugins/fixref
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【标注移码变异（frameshifts）安装教程】—— bcftools

■ 前置条件
   · 已安装 bcftools（Linux / macOS 用 conda 或系统包管理器装最省事；Windows 建议装在 WSL2 或 conda 环境里）。
   · 先用命令 bcftools plugin -l 看看你的 bcftools 是否已经自带这个插件（发行版通常已内置）。

■ 本插件是什么
   识别并注释由插入缺失引起的移码突变，标记出导致开放阅读框发生移位的变异。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 里是该插件的**源码**（.c 与 .mk 编译脚本），不是可执行文件。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip，把里面的插件文件放进 bcftools 源码目录的 plugins/ 下。
   2. 在 bcftools 源码目录执行 ./configure 然后 make，编译完成后 plugins/ 下会生成 <插件名>.so。
   3. 把生成的 .so 放进 bcftools 的插件目录（默认在 bcftools 安装目录下），或者设置环境变量 BCFTOOLS_PLUGINS 指向存放 .so 的文件夹。
   4. 运行 bcftools plugin -l，列表里出现该插件名即安装成功；调用格式：bcftools +插件名 ...

■ 注意事项
   · Windows 原生版 bcftools 一般不带编译器，编插件请在 WSL2 / Linux 里做。
   · 插件版本要与 bcftools 主程序匹配，升级 bcftools 后最好用新版源码重新编译。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「标注移码变异」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samtools/bcftools/tree/develop/plugins/frameshifts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【基因型交集统计（GTisec）安装教程】—— bcftools

■ 前置条件
   · 已安装 bcftools（Linux / macOS 用 conda 或系统包管理器装最省事；Windows 建议装在 WSL2 或 conda 环境里）。
   · 先用命令 bcftools plugin -l 看看你的 bcftools 是否已经自带这个插件（发行版通常已内置）。

■ 本插件是什么
   统计 VCF 中所有可能样本子集之间的基因型交集，输出各子集共有的基因型位点数量。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 里是该插件的**源码**（.c 与 .mk 编译脚本），不是可执行文件。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip，把里面的插件文件放进 bcftools 源码目录的 plugins/ 下。
   2. 在 bcftools 源码目录执行 ./configure 然后 make，编译完成后 plugins/ 下会生成 <插件名>.so。
   3. 把生成的 .so 放进 bcftools 的插件目录（默认在 bcftools 安装目录下），或者设置环境变量 BCFTOOLS_PLUGINS 指向存放 .so 的文件夹。
   4. 运行 bcftools plugin -l，列表里出现该插件名即安装成功；调用格式：bcftools +插件名 ...

■ 注意事项
   · Windows 原生版 bcftools 一般不带编译器，编插件请在 WSL2 / Linux 里做。
   · 插件版本要与 bcftools 主程序匹配，升级 bcftools 后最好用新版源码重新编译。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「基因型交集统计」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samtools/bcftools/tree/develop/plugins/GTisec
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【基因型独占子集筛选（GTsubset）安装教程】—— bcftools

■ 前置条件
   · 已安装 bcftools（Linux / macOS 用 conda 或系统包管理器装最省事；Windows 建议装在 WSL2 或 conda 环境里）。
   · 先用命令 bcftools plugin -l 看看你的 bcftools 是否已经自带这个插件（发行版通常已内置）。

■ 本插件是什么
   仅输出那些指定样本全部且独占共享同一基因型的位点，用于筛选一组样本特有的基因型模式。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 里是该插件的**源码**（.c 与 .mk 编译脚本），不是可执行文件。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip，把里面的插件文件放进 bcftools 源码目录的 plugins/ 下。
   2. 在 bcftools 源码目录执行 ./configure 然后 make，编译完成后 plugins/ 下会生成 <插件名>.so。
   3. 把生成的 .so 放进 bcftools 的插件目录（默认在 bcftools 安装目录下），或者设置环境变量 BCFTOOLS_PLUGINS 指向存放 .so 的文件夹。
   4. 运行 bcftools plugin -l，列表里出现该插件名即安装成功；调用格式：bcftools +插件名 ...

■ 注意事项
   · Windows 原生版 bcftools 一般不带编译器，编插件请在 WSL2 / Linux 里做。
   · 插件版本要与 bcftools 主程序匹配，升级 bcftools 后最好用新版源码重新编译。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「基因型独占子集筛选」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samtools/bcftools/tree/develop/plugins/GTsubset
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【推断样本倍性（guess-ploidy）安装教程】—— bcftools

■ 前置条件
   · 已安装 bcftools（Linux / macOS 用 conda 或系统包管理器装最省事；Windows 建议装在 WSL2 或 conda 环境里）。
   · 先用命令 bcftools plugin -l 看看你的 bcftools 是否已经自带这个插件（发行版通常已内置）。

■ 本插件是什么
   根据基因型数据自动推断每个样本的倍性，无需事先指定，便于处理倍性未知或混杂的样本。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 里是该插件的**源码**（.c 与 .mk 编译脚本），不是可执行文件。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip，把里面的插件文件放进 bcftools 源码目录的 plugins/ 下。
   2. 在 bcftools 源码目录执行 ./configure 然后 make，编译完成后 plugins/ 下会生成 <插件名>.so。
   3. 把生成的 .so 放进 bcftools 的插件目录（默认在 bcftools 安装目录下），或者设置环境变量 BCFTOOLS_PLUGINS 指向存放 .so 的文件夹。
   4. 运行 bcftools plugin -l，列表里出现该插件名即安装成功；调用格式：bcftools +插件名 ...

■ 注意事项
   · Windows 原生版 bcftools 一般不带编译器，编插件请在 WSL2 / Linux 里做。
   · 插件版本要与 bcftools 主程序匹配，升级 bcftools 后最好用新版源码重新编译。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「推断样本倍性」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samtools/bcftools/tree/develop/plugins/guess-ploidy
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【压缩 gVCF 区块（gvcfz）安装教程】—— bcftools

■ 前置条件
   · 已安装 bcftools（Linux / macOS 用 conda 或系统包管理器装最省事；Windows 建议装在 WSL2 或 conda 环境里）。
   · 先用命令 bcftools plugin -l 看看你的 bcftools 是否已经自带这个插件（发行版通常已内置）。

■ 本插件是什么
   按指定条件调整 gVCF 中非变异区块的大小并重新编码，从而减小 gVCF 文件体积。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 里是该插件的**源码**（.c 与 .mk 编译脚本），不是可执行文件。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip，把里面的插件文件放进 bcftools 源码目录的 plugins/ 下。
   2. 在 bcftools 源码目录执行 ./configure 然后 make，编译完成后 plugins/ 下会生成 <插件名>.so。
   3. 把生成的 .so 放进 bcftools 的插件目录（默认在 bcftools 安装目录下），或者设置环境变量 BCFTOOLS_PLUGINS 指向存放 .so 的文件夹。
   4. 运行 bcftools plugin -l，列表里出现该插件名即安装成功；调用格式：bcftools +插件名 ...

■ 注意事项
   · Windows 原生版 bcftools 一般不带编译器，编插件请在 WSL2 / Linux 里做。
   · 插件版本要与 bcftools 主程序匹配，升级 bcftools 后最好用新版源码重新编译。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「压缩 gVCF 区块」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samtools/bcftools/tree/develop/plugins/gvcfz
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【INFO 标签插补（impute-info）安装教程】—— bcftools

■ 前置条件
   · 已安装 bcftools（Linux / macOS 用 conda 或系统包管理器装最省事；Windows 建议装在 WSL2 或 conda 环境里）。
   · 先用命令 bcftools plugin -l 看看你的 bcftools 是否已经自带这个插件（发行版通常已内置）。

■ 本插件是什么
   利用参考面板或相邻位点的信息对缺失的 INFO 标签进行插补，补全注释字段。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 里是该插件的**源码**（.c 与 .mk 编译脚本），不是可执行文件。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip，把里面的插件文件放进 bcftools 源码目录的 plugins/ 下。
   2. 在 bcftools 源码目录执行 ./configure 然后 make，编译完成后 plugins/ 下会生成 <插件名>.so。
   3. 把生成的 .so 放进 bcftools 的插件目录（默认在 bcftools 安装目录下），或者设置环境变量 BCFTOOLS_PLUGINS 指向存放 .so 的文件夹。
   4. 运行 bcftools plugin -l，列表里出现该插件名即安装成功；调用格式：bcftools +插件名 ...

■ 注意事项
   · Windows 原生版 bcftools 一般不带编译器，编插件请在 WSL2 / Linux 里做。
   · 插件版本要与 bcftools 主程序匹配，升级 bcftools 后最好用新版源码重新编译。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「INFO 标签插补」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samtools/bcftools/tree/develop/plugins/impute-info
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【插入缺失统计（indel-stats）安装教程】—— bcftools

■ 前置条件
   · 已安装 bcftools（Linux / macOS 用 conda 或系统包管理器装最省事；Windows 建议装在 WSL2 或 conda 环境里）。
   · 先用命令 bcftools plugin -l 看看你的 bcftools 是否已经自带这个插件（发行版通常已内置）。

■ 本插件是什么
   统计插入缺失（Indel）变异的长度分布等特征，输出 Indel 的长度谱等相关统计信息。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 里是该插件的**源码**（.c 与 .mk 编译脚本），不是可执行文件。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip，把里面的插件文件放进 bcftools 源码目录的 plugins/ 下。
   2. 在 bcftools 源码目录执行 ./configure 然后 make，编译完成后 plugins/ 下会生成 <插件名>.so。
   3. 把生成的 .so 放进 bcftools 的插件目录（默认在 bcftools 安装目录下），或者设置环境变量 BCFTOOLS_PLUGINS 指向存放 .so 的文件夹。
   4. 运行 bcftools plugin -l，列表里出现该插件名即安装成功；调用格式：bcftools +插件名 ...

■ 注意事项
   · Windows 原生版 bcftools 一般不带编译器，编插件请在 WSL2 / Linux 里做。
   · 插件版本要与 bcftools 主程序匹配，升级 bcftools 后最好用新版源码重新编译。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「插入缺失统计」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samtools/bcftools/tree/develop/plugins/indel-stats
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【基因型一致性比对（isecGT）安装教程】—— bcftools

■ 前置条件
   · 已安装 bcftools（Linux / macOS 用 conda 或系统包管理器装最省事；Windows 建议装在 WSL2 或 conda 环境里）。
   · 先用命令 bcftools plugin -l 看看你的 bcftools 是否已经自带这个插件（发行版通常已内置）。

■ 本插件是什么
   比较两个 VCF 文件，把基因型不一致的位点在其中一个文件中设为缺失，便于进行基因型一致性分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 里是该插件的**源码**（.c 与 .mk 编译脚本），不是可执行文件。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip，把里面的插件文件放进 bcftools 源码目录的 plugins/ 下。
   2. 在 bcftools 源码目录执行 ./configure 然后 make，编译完成后 plugins/ 下会生成 <插件名>.so。
   3. 把生成的 .so 放进 bcftools 的插件目录（默认在 bcftools 安装目录下），或者设置环境变量 BCFTOOLS_PLUGINS 指向存放 .so 的文件夹。
   4. 运行 bcftools plugin -l，列表里出现该插件名即安装成功；调用格式：bcftools +插件名 ...

■ 注意事项
   · Windows 原生版 bcftools 一般不带编译器，编插件请在 WSL2 / Linux 里做。
   · 插件版本要与 bcftools 主程序匹配，升级 bcftools 后最好用新版源码重新编译。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「基因型一致性比对」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samtools/bcftools/tree/develop/plugins/isecGT
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【孟德尔遗传统计（mendelian2）安装教程】—— bcftools

■ 前置条件
   · 已安装 bcftools（Linux / macOS 用 conda 或系统包管理器装最省事；Windows 建议装在 WSL2 或 conda 环境里）。
   · 先用命令 bcftools plugin -l 看看你的 bcftools 是否已经自带这个插件（发行版通常已内置）。

■ 本插件是什么
   在家系（三口之家）数据中统计符合与不符合孟德尔遗传规律的基因型数目，用于评估基因分型或家系错误。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 里是该插件的**源码**（.c 与 .mk 编译脚本），不是可执行文件。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip，把里面的插件文件放进 bcftools 源码目录的 plugins/ 下。
   2. 在 bcftools 源码目录执行 ./configure 然后 make，编译完成后 plugins/ 下会生成 <插件名>.so。
   3. 把生成的 .so 放进 bcftools 的插件目录（默认在 bcftools 安装目录下），或者设置环境变量 BCFTOOLS_PLUGINS 指向存放 .so 的文件夹。
   4. 运行 bcftools plugin -l，列表里出现该插件名即安装成功；调用格式：bcftools +插件名 ...

■ 注意事项
   · Windows 原生版 bcftools 一般不带编译器，编插件请在 WSL2 / Linux 里做。
   · 插件版本要与 bcftools 主程序匹配，升级 bcftools 后最好用新版源码重新编译。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「孟德尔遗传统计」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samtools/bcftools/tree/develop/plugins/mendelian2
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【缺失基因型补为纯合（missing2ref）安装教程】—— bcftools

■ 前置条件
   · 已安装 bcftools（Linux / macOS 用 conda 或系统包管理器装最省事；Windows 建议装在 WSL2 或 conda 环境里）。
   · 先用命令 bcftools plugin -l 看看你的 bcftools 是否已经自带这个插件（发行版通常已内置）。

■ 本插件是什么
   把缺失基因型（./.）替换为参考等位基因纯合（0/0 或 0|0），用于填补未分型的位点。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 里是该插件的**源码**（.c 与 .mk 编译脚本），不是可执行文件。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip，把里面的插件文件放进 bcftools 源码目录的 plugins/ 下。
   2. 在 bcftools 源码目录执行 ./configure 然后 make，编译完成后 plugins/ 下会生成 <插件名>.so。
   3. 把生成的 .so 放进 bcftools 的插件目录（默认在 bcftools 安装目录下），或者设置环境变量 BCFTOOLS_PLUGINS 指向存放 .so 的文件夹。
   4. 运行 bcftools plugin -l，列表里出现该插件名即安装成功；调用格式：bcftools +插件名 ...

■ 注意事项
   · Windows 原生版 bcftools 一般不带编译器，编插件请在 WSL2 / Linux 里做。
   · 插件版本要与 bcftools 主程序匹配，升级 bcftools 后最好用新版源码重新编译。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「缺失基因型补为纯合」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samtools/bcftools/tree/develop/plugins/missing2ref
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【判定等位亲本来源（parental-origin）安装教程】—— bcftools

■ 前置条件
   · 已安装 bcftools（Linux / macOS 用 conda 或系统包管理器装最省事；Windows 建议装在 WSL2 或 conda 环境里）。
   · 先用命令 bcftools plugin -l 看看你的 bcftools 是否已经自带这个插件（发行版通常已内置）。

■ 本插件是什么
   判断子代每个等位基因是来自父方还是母方，输出等位基因的亲本来源信息。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 里是该插件的**源码**（.c 与 .mk 编译脚本），不是可执行文件。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip，把里面的插件文件放进 bcftools 源码目录的 plugins/ 下。
   2. 在 bcftools 源码目录执行 ./configure 然后 make，编译完成后 plugins/ 下会生成 <插件名>.so。
   3. 把生成的 .so 放进 bcftools 的插件目录（默认在 bcftools 安装目录下），或者设置环境变量 BCFTOOLS_PLUGINS 指向存放 .so 的文件夹。
   4. 运行 bcftools plugin -l，列表里出现该插件名即安装成功；调用格式：bcftools +插件名 ...

■ 注意事项
   · Windows 原生版 bcftools 一般不带编译器，编插件请在 WSL2 / Linux 里做。
   · 插件版本要与 bcftools 主程序匹配，升级 bcftools 后最好用新版源码重新编译。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「判定等位亲本来源」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samtools/bcftools/tree/develop/plugins/parental-origin
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【变异窗口剪枝（prune）安装教程】—— bcftools

■ 前置条件
   · 已安装 bcftools（Linux / macOS 用 conda 或系统包管理器装最省事；Windows 建议装在 WSL2 或 conda 环境里）。
   · 先用命令 bcftools plugin -l 看看你的 bcftools 是否已经自带这个插件（发行版通常已内置）。

■ 本插件是什么
   按窗口内变异数目、Lewontin D、Ragsdale D 或相关系数 r 平方对位点进行注释或剪枝，用于去除高度连锁的冗余位点。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 里是该插件的**源码**（.c 与 .mk 编译脚本），不是可执行文件。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip，把里面的插件文件放进 bcftools 源码目录的 plugins/ 下。
   2. 在 bcftools 源码目录执行 ./configure 然后 make，编译完成后 plugins/ 下会生成 <插件名>.so。
   3. 把生成的 .so 放进 bcftools 的插件目录（默认在 bcftools 安装目录下），或者设置环境变量 BCFTOOLS_PLUGINS 指向存放 .so 的文件夹。
   4. 运行 bcftools plugin -l，列表里出现该插件名即安装成功；调用格式：bcftools +插件名 ...

■ 注意事项
   · Windows 原生版 bcftools 一般不带编译器，编插件请在 WSL2 / Linux 里做。
   · 插件版本要与 bcftools 主程序匹配，升级 bcftools 后最好用新版源码重新编译。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「变异窗口剪枝」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samtools/bcftools/tree/develop/plugins/prune
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【去除重叠变异（remove-overlaps）安装教程】—— bcftools

■ 前置条件
   · 已安装 bcftools（Linux / macOS 用 conda 或系统包管理器装最省事；Windows 建议装在 WSL2 或 conda 环境里）。
   · 先用命令 bcftools plugin -l 看看你的 bcftools 是否已经自带这个插件（发行版通常已内置）。

■ 本插件是什么
   在同一位置存在多个变异或等位基因时去除重叠的等位基因或记录，避免记录重复与冲突。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 里是该插件的**源码**（.c 与 .mk 编译脚本），不是可执行文件。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip，把里面的插件文件放进 bcftools 源码目录的 plugins/ 下。
   2. 在 bcftools 源码目录执行 ./configure 然后 make，编译完成后 plugins/ 下会生成 <插件名>.so。
   3. 把生成的 .so 放进 bcftools 的插件目录（默认在 bcftools 安装目录下），或者设置环境变量 BCFTOOLS_PLUGINS 指向存放 .so 的文件夹。
   4. 运行 bcftools plugin -l，列表里出现该插件名即安装成功；调用格式：bcftools +插件名 ...

■ 注意事项
   · Windows 原生版 bcftools 一般不带编译器，编插件请在 WSL2 / Linux 里做。
   · 插件版本要与 bcftools 主程序匹配，升级 bcftools 后最好用新版源码重新编译。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「去除重叠变异」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samtools/bcftools/tree/develop/plugins/remove-overlaps
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【按区块拆分 VCF（scatter）安装教程】—— bcftools

■ 前置条件
   · 已安装 bcftools（Linux / macOS 用 conda 或系统包管理器装最省事；Windows 建议装在 WSL2 或 conda 环境里）。
   · 先用命令 bcftools plugin -l 看看你的 bcftools 是否已经自带这个插件（发行版通常已内置）。

■ 本插件是什么
   把 VCF 按区块或区域拆分成多个小 VCF，是 bcftools concat 的逆操作，便于并行处理大规模数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 里是该插件的**源码**（.c 与 .mk 编译脚本），不是可执行文件。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip，把里面的插件文件放进 bcftools 源码目录的 plugins/ 下。
   2. 在 bcftools 源码目录执行 ./configure 然后 make，编译完成后 plugins/ 下会生成 <插件名>.so。
   3. 把生成的 .so 放进 bcftools 的插件目录（默认在 bcftools 安装目录下），或者设置环境变量 BCFTOOLS_PLUGINS 指向存放 .so 的文件夹。
   4. 运行 bcftools plugin -l，列表里出现该插件名即安装成功；调用格式：bcftools +插件名 ...

■ 注意事项
   · Windows 原生版 bcftools 一般不带编译器，编插件请在 WSL2 / Linux 里做。
   · 插件版本要与 bcftools 主程序匹配，升级 bcftools 后最好用新版源码重新编译。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「按区块拆分 VCF」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samtools/bcftools/tree/develop/plugins/scatter
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【按规则设置基因型（setGT）安装教程】—— bcftools

■ 前置条件
   · 已安装 bcftools（Linux / macOS 用 conda 或系统包管理器装最省事；Windows 建议装在 WSL2 或 conda 环境里）。
   · 先用命令 bcftools plugin -l 看看你的 bcftools 是否已经自带这个插件（发行版通常已内置）。

■ 本插件是什么
   通用的基因型设置工具，根据用户给定的规则和条件批量修改样本的基因型。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 里是该插件的**源码**（.c 与 .mk 编译脚本），不是可执行文件。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip，把里面的插件文件放进 bcftools 源码目录的 plugins/ 下。
   2. 在 bcftools 源码目录执行 ./configure 然后 make，编译完成后 plugins/ 下会生成 <插件名>.so。
   3. 把生成的 .so 放进 bcftools 的插件目录（默认在 bcftools 安装目录下），或者设置环境变量 BCFTOOLS_PLUGINS 指向存放 .so 的文件夹。
   4. 运行 bcftools plugin -l，列表里出现该插件名即安装成功；调用格式：bcftools +插件名 ...

■ 注意事项
   · Windows 原生版 bcftools 一般不带编译器，编插件请在 WSL2 / Linux 里做。
   · 插件版本要与 bcftools 主程序匹配，升级 bcftools 后最好用新版源码重新编译。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「按规则设置基因型」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samtools/bcftools/tree/develop/plugins/setGT
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【样本统计汇总（smpl-stats）安装教程】—— bcftools

■ 前置条件
   · 已安装 bcftools（Linux / macOS 用 conda 或系统包管理器装最省事；Windows 建议装在 WSL2 或 conda 环境里）。
   · 先用命令 bcftools plugin -l 看看你的 bcftools 是否已经自带这个插件（发行版通常已内置）。

■ 本插件是什么
   汇总每个样本的统计信息，如基因型计数与缺失率等，用于评估单个样本的数据质量。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 里是该插件的**源码**（.c 与 .mk 编译脚本），不是可执行文件。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip，把里面的插件文件放进 bcftools 源码目录的 plugins/ 下。
   2. 在 bcftools 源码目录执行 ./configure 然后 make，编译完成后 plugins/ 下会生成 <插件名>.so。
   3. 把生成的 .so 放进 bcftools 的插件目录（默认在 bcftools 安装目录下），或者设置环境变量 BCFTOOLS_PLUGINS 指向存放 .so 的文件夹。
   4. 运行 bcftools plugin -l，列表里出现该插件名即安装成功；调用格式：bcftools +插件名 ...

■ 注意事项
   · Windows 原生版 bcftools 一般不带编译器，编插件请在 WSL2 / Linux 里做。
   · 插件版本要与 bcftools 主程序匹配，升级 bcftools 后最好用新版源码重新编译。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「样本统计汇总」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samtools/bcftools/tree/develop/plugins/smpl-stats
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【按样本拆分 VCF（split）安装教程】—— bcftools

■ 前置条件
   · 已安装 bcftools（Linux / macOS 用 conda 或系统包管理器装最省事；Windows 建议装在 WSL2 或 conda 环境里）。
   · 先用命令 bcftools plugin -l 看看你的 bcftools 是否已经自带这个插件（发行版通常已内置）。

■ 本插件是什么
   按样本拆分 VCF 文件，生成单样本或多样本的子 VCF，便于分样本处理。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 里是该插件的**源码**（.c 与 .mk 编译脚本），不是可执行文件。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip，把里面的插件文件放进 bcftools 源码目录的 plugins/ 下。
   2. 在 bcftools 源码目录执行 ./configure 然后 make，编译完成后 plugins/ 下会生成 <插件名>.so。
   3. 把生成的 .so 放进 bcftools 的插件目录（默认在 bcftools 安装目录下），或者设置环境变量 BCFTOOLS_PLUGINS 指向存放 .so 的文件夹。
   4. 运行 bcftools plugin -l，列表里出现该插件名即安装成功；调用格式：bcftools +插件名 ...

■ 注意事项
   · Windows 原生版 bcftools 一般不带编译器，编插件请在 WSL2 / Linux 里做。
   · 插件版本要与 bcftools 主程序匹配，升级 bcftools 后最好用新版源码重新编译。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「按样本拆分 VCF」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samtools/bcftools/tree/develop/plugins/split
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【拆分 VEP 注释（split-vep）安装教程】—— bcftools

■ 前置条件
   · 已安装 bcftools（Linux / macOS 用 conda 或系统包管理器装最省事；Windows 建议装在 WSL2 或 conda 环境里）。
   · 先用命令 bcftools plugin -l 看看你的 bcftools 是否已经自带这个插件（发行版通常已内置）。

■ 本插件是什么
   把 VEP 注释字段拆分成多行或多记录，或把 CSQ 内容转换为独立的 INFO 字段，便于后续解析与筛选。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 里是该插件的**源码**（.c 与 .mk 编译脚本），不是可执行文件。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip，把里面的插件文件放进 bcftools 源码目录的 plugins/ 下。
   2. 在 bcftools 源码目录执行 ./configure 然后 make，编译完成后 plugins/ 下会生成 <插件名>.so。
   3. 把生成的 .so 放进 bcftools 的插件目录（默认在 bcftools 安装目录下），或者设置环境变量 BCFTOOLS_PLUGINS 指向存放 .so 的文件夹。
   4. 运行 bcftools plugin -l，列表里出现该插件名即安装成功；调用格式：bcftools +插件名 ...

■ 注意事项
   · Windows 原生版 bcftools 一般不带编译器，编插件请在 WSL2 / Linux 里做。
   · 插件版本要与 bcftools 主程序匹配，升级 bcftools 后最好用新版源码重新编译。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「拆分 VEP 注释」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samtools/bcftools/tree/develop/plugins/split-vep
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【标签格式互转（tag2tag）安装教程】—— bcftools

■ 前置条件
   · 已安装 bcftools（Linux / macOS 用 conda 或系统包管理器装最省事；Windows 建议装在 WSL2 或 conda 环境里）。
   · 先用命令 bcftools plugin -l 看看你的 bcftools 是否已经自带这个插件（发行版通常已内置）。

■ 本插件是什么
   在相似的标签之间互相转换，例如 GL、PL、GP 之间，以及采用等位基因局部化的标签如 LPL、LAD 等。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 里是该插件的**源码**（.c 与 .mk 编译脚本），不是可执行文件。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip，把里面的插件文件放进 bcftools 源码目录的 plugins/ 下。
   2. 在 bcftools 源码目录执行 ./configure 然后 make，编译完成后 plugins/ 下会生成 <插件名>.so。
   3. 把生成的 .so 放进 bcftools 的插件目录（默认在 bcftools 安装目录下），或者设置环境变量 BCFTOOLS_PLUGINS 指向存放 .so 的文件夹。
   4. 运行 bcftools plugin -l，列表里出现该插件名即安装成功；调用格式：bcftools +插件名 ...

■ 注意事项
   · Windows 原生版 bcftools 一般不带编译器，编插件请在 WSL2 / Linux 里做。
   · 插件版本要与 bcftools 主程序匹配，升级 bcftools 后最好用新版源码重新编译。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「标签格式互转」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samtools/bcftools/tree/develop/plugins/tag2tag
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【三口之家新生突变检测（trio-dnm3）安装教程】—— bcftools

■ 前置条件
   · 已安装 bcftools（Linux / macOS 用 conda 或系统包管理器装最省事；Windows 建议装在 WSL2 或 conda 环境里）。
   · 先用命令 bcftools plugin -l 看看你的 bcftools 是否已经自带这个插件（发行版通常已内置）。

■ 本插件是什么
   在三口之家数据中检测新生突变（de novo mutation），找出子代新出现而父母均未携带的变异。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 里是该插件的**源码**（.c 与 .mk 编译脚本），不是可执行文件。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip，把里面的插件文件放进 bcftools 源码目录的 plugins/ 下。
   2. 在 bcftools 源码目录执行 ./configure 然后 make，编译完成后 plugins/ 下会生成 <插件名>.so。
   3. 把生成的 .so 放进 bcftools 的插件目录（默认在 bcftools 安装目录下），或者设置环境变量 BCFTOOLS_PLUGINS 指向存放 .so 的文件夹。
   4. 运行 bcftools plugin -l，列表里出现该插件名即安装成功；调用格式：bcftools +插件名 ...

■ 注意事项
   · Windows 原生版 bcftools 一般不带编译器，编插件请在 WSL2 / Linux 里做。
   · 插件版本要与 bcftools 主程序匹配，升级 bcftools 后最好用新版源码重新编译。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「三口之家新生突变检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samtools/bcftools/tree/develop/plugins/trio-dnm3
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【三口之家统计（trio-stats）安装教程】—— bcftools

■ 前置条件
   · 已安装 bcftools（Linux / macOS 用 conda 或系统包管理器装最省事；Windows 建议装在 WSL2 或 conda 环境里）。
   · 先用命令 bcftools plugin -l 看看你的 bcftools 是否已经自带这个插件（发行版通常已内置）。

■ 本插件是什么
   统计三口之家家系的遗传情况与孟德尔错误等指标，用于评估家系基因型数据质量。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 里是该插件的**源码**（.c 与 .mk 编译脚本），不是可执行文件。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip，把里面的插件文件放进 bcftools 源码目录的 plugins/ 下。
   2. 在 bcftools 源码目录执行 ./configure 然后 make，编译完成后 plugins/ 下会生成 <插件名>.so。
   3. 把生成的 .so 放进 bcftools 的插件目录（默认在 bcftools 安装目录下），或者设置环境变量 BCFTOOLS_PLUGINS 指向存放 .so 的文件夹。
   4. 运行 bcftools plugin -l，列表里出现该插件名即安装成功；调用格式：bcftools +插件名 ...

■ 注意事项
   · Windows 原生版 bcftools 一般不带编译器，编插件请在 WSL2 / Linux 里做。
   · 插件版本要与 bcftools 主程序匹配，升级 bcftools 后最好用新版源码重新编译。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「三口之家统计」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samtools/bcftools/tree/develop/plugins/trio-stats
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【三口之家切换率估算（trio-switch-rate）安装教程】—— bcftools

■ 前置条件
   · 已安装 bcftools（Linux / macOS 用 conda 或系统包管理器装最省事；Windows 建议装在 WSL2 或 conda 环境里）。
   · 先用命令 bcftools plugin -l 看看你的 bcftools 是否已经自带这个插件（发行版通常已内置）。

■ 本插件是什么
   估算三口之家数据中基因型的切换错误率，用于评估家系分型与定相的准确性。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 里是该插件的**源码**（.c 与 .mk 编译脚本），不是可执行文件。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip，把里面的插件文件放进 bcftools 源码目录的 plugins/ 下。
   2. 在 bcftools 源码目录执行 ./configure 然后 make，编译完成后 plugins/ 下会生成 <插件名>.so。
   3. 把生成的 .so 放进 bcftools 的插件目录（默认在 bcftools 安装目录下），或者设置环境变量 BCFTOOLS_PLUGINS 指向存放 .so 的文件夹。
   4. 运行 bcftools plugin -l，列表里出现该插件名即安装成功；调用格式：bcftools +插件名 ...

■ 注意事项
   · Windows 原生版 bcftools 一般不带编译器，编插件请在 WSL2 / Linux 里做。
   · 插件版本要与 bcftools 主程序匹配，升级 bcftools 后最好用新版源码重新编译。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「三口之家切换率估算」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samtools/bcftools/tree/develop/plugins/trio-switch-rate
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【变异间距离标注（variant-distance）安装教程】—— bcftools

■ 前置条件
   · 已安装 bcftools（Linux / macOS 用 conda 或系统包管理器装最省事；Windows 建议装在 WSL2 或 conda 环境里）。
   · 先用命令 bcftools plugin -l 看看你的 bcftools 是否已经自带这个插件（发行版通常已内置）。

■ 本插件是什么
   计算并标注每个变异与最近邻变异之间的距离，把距离信息写入相应标签中。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 里是该插件的**源码**（.c 与 .mk 编译脚本），不是可执行文件。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip，把里面的插件文件放进 bcftools 源码目录的 plugins/ 下。
   2. 在 bcftools 源码目录执行 ./configure 然后 make，编译完成后 plugins/ 下会生成 <插件名>.so。
   3. 把生成的 .so 放进 bcftools 的插件目录（默认在 bcftools 安装目录下），或者设置环境变量 BCFTOOLS_PLUGINS 指向存放 .so 的文件夹。
   4. 运行 bcftools plugin -l，列表里出现该插件名即安装成功；调用格式：bcftools +插件名 ...

■ 注意事项
   · Windows 原生版 bcftools 一般不带编译器，编插件请在 WSL2 / Linux 里做。
   · 插件版本要与 bcftools 主程序匹配，升级 bcftools 后最好用新版源码重新编译。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「变异间距离标注」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samtools/bcftools/tree/develop/plugins/variant-distance
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【VariantKey 十六进制（variantkey-hex）安装教程】—— bcftools

■ 前置条件
   · 已安装 bcftools（Linux / macOS 用 conda 或系统包管理器装最省事；Windows 建议装在 WSL2 或 conda 环境里）。
   · 先用命令 bcftools plugin -l 看看你的 bcftools 是否已经自带这个插件（发行版通常已内置）。

■ 本插件是什么
   把变异的 VariantKey 以十六进制形式输出或转换，便于与其他工具及索引衔接。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 里是该插件的**源码**（.c 与 .mk 编译脚本），不是可执行文件。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip，把里面的插件文件放进 bcftools 源码目录的 plugins/ 下。
   2. 在 bcftools 源码目录执行 ./configure 然后 make，编译完成后 plugins/ 下会生成 <插件名>.so。
   3. 把生成的 .so 放进 bcftools 的插件目录（默认在 bcftools 安装目录下），或者设置环境变量 BCFTOOLS_PLUGINS 指向存放 .so 的文件夹。
   4. 运行 bcftools plugin -l，列表里出现该插件名即安装成功；调用格式：bcftools +插件名 ...

■ 注意事项
   · Windows 原生版 bcftools 一般不带编译器，编插件请在 WSL2 / Linux 里做。
   · 插件版本要与 bcftools 主程序匹配，升级 bcftools 后最好用新版源码重新编译。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「VariantKey 十六进制」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samtools/bcftools/tree/develop/plugins/variantkey-hex
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【变异转表格输出（vcf2table）安装教程】—— bcftools

■ 前置条件
   · 已安装 bcftools（Linux / macOS 用 conda 或系统包管理器装最省事；Windows 建议装在 WSL2 或 conda 环境里）。
   · 先用命令 bcftools plugin -l 看看你的 bcftools 是否已经自带这个插件（发行版通常已内置）。

■ 本插件是什么
   把 VCF 中的变异以一组表格的形式打印输出，方便在命令行下查看与整理结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 里是该插件的**源码**（.c 与 .mk 编译脚本），不是可执行文件。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip，把里面的插件文件放进 bcftools 源码目录的 plugins/ 下。
   2. 在 bcftools 源码目录执行 ./configure 然后 make，编译完成后 plugins/ 下会生成 <插件名>.so。
   3. 把生成的 .so 放进 bcftools 的插件目录（默认在 bcftools 安装目录下），或者设置环境变量 BCFTOOLS_PLUGINS 指向存放 .so 的文件夹。
   4. 运行 bcftools plugin -l，列表里出现该插件名即安装成功；调用格式：bcftools +插件名 ...

■ 注意事项
   · Windows 原生版 bcftools 一般不带编译器，编插件请在 WSL2 / Linux 里做。
   · 插件版本要与 bcftools 主程序匹配，升级 bcftools 后最好用新版源码重新编译。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「变异转表格输出」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samtools/bcftools/tree/develop/plugins/vcf2table
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【变异读取频率评分（vrfs）安装教程】—— bcftools

■ 前置条件
   · 已安装 bcftools（Linux / macOS 用 conda 或系统包管理器装最省事；Windows 建议装在 WSL2 或 conda 环境里）。
   · 先用命令 bcftools plugin -l 看看你的 bcftools 是否已经自带这个插件（发行版通常已内置）。

■ 本插件是什么
   利用大量未患病亲本样本估算位点的噪声程度（变异读取频率评分），用于评估位点的可靠性。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 里是该插件的**源码**（.c 与 .mk 编译脚本），不是可执行文件。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip，把里面的插件文件放进 bcftools 源码目录的 plugins/ 下。
   2. 在 bcftools 源码目录执行 ./configure 然后 make，编译完成后 plugins/ 下会生成 <插件名>.so。
   3. 把生成的 .so 放进 bcftools 的插件目录（默认在 bcftools 安装目录下），或者设置环境变量 BCFTOOLS_PLUGINS 指向存放 .so 的文件夹。
   4. 运行 bcftools plugin -l，列表里出现该插件名即安装成功；调用格式：bcftools +插件名 ...

■ 注意事项
   · Windows 原生版 bcftools 一般不带编译器，编插件请在 WSL2 / Linux 里做。
   · 插件版本要与 bcftools 主程序匹配，升级 bcftools 后最好用新版源码重新编译。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「变异读取频率评分」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samtools/bcftools/tree/develop/plugins/vrfs
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。