VMD 插件合集（共 95 个）

【结构对齐脚本（align.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   对分子结构进行叠合与取向对齐的 VMD 脚本，可选取参考结构自动计算最佳旋转平移，输出对齐后坐标用于构象比较。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「结构对齐脚本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/giribio/VMDscripts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【键角测量脚本（angle.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   测量选定三个原子之间键角的脚本，能在轨迹中逐帧计算角度并输出数值，用于分析键角随时间的变化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「键角测量脚本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/giribio/VMDscripts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【三点键角计算（angle_btw_three_atoms_V1.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   测量三个原子间键角的脚本第一版，逐帧计算角度并输出结果，用于分析键角随模拟时间的变化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「三点键角计算」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/anjibabuIITK/TCL_VMD_scripts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【三点键角进阶（angle_btw_three_atoms_V2.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   测量三个原子间键角的脚本第二版，改进输出与选择方式，适合批量分析多组原子的键角。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「三点键角进阶」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/anjibabuIITK/TCL_VMD_scripts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【键角分布统计（angle_distribution.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   统计选定键角在整段轨迹中的分布，输出角度直方图数据，便于观察构象偏好与角度波动范围。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「键角分布统计」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/giribio/VMDscripts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【二级结构占比统计（avg_str_anji.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   统计蛋白质二级结构占比的脚本，汇总螺旋、折叠与卷曲比例，用于比较不同体系的构象。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「二级结构占比统计」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/anjibabuIITK/TCL_VMD_scripts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【结合自由能估计（Binding-free-energy-estimator-BFEE-）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   结合自由能估计插件，基于轨迹数据估算配体与受体的结合自由能，提供图形界面便于设置与输出。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「结合自由能估计」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/fhh2626/Binding-free-energy-estimator-BFEE-
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【结合亲和力预测（CaFE_Plugin）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   结合亲和力预测插件，基于端点自由能方法从模拟轨迹估算配体结合强度，便于设置与比较。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「结合亲和力预测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/HuiLiuCode/CaFE_Plugin
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【粗粒化建模插件（CG-it）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   粗粒化建模插件，帮助搭建与转换粗粒化模拟体系，可简化分子组装与力场设置的流程。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「粗粒化建模插件」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CG-it/CG-it
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【通道可视化脚本（chview.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   在 VMD 中可视化通道与孔道的脚本，辅助绘制通道轮廓与开口，用于离子通道与孔道分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「通道可视化脚本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/MasaakiMisawa/VMD-utils
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【构象聚类分析（clustering）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   构象聚类分析插件，对轨迹结构进行聚类并可视化各簇，用于识别代表构象与构象分布。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「构象聚类分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/luisico/clustering
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【构象聚类工具（clusteringtool）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   构象聚类工具插件，提供图形界面按多种算法对轨迹聚类，并输出代表结构与簇分布。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「构象聚类工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/alanklam/VMDplugins
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【等高线绘制脚本（cntr.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   在分子结构上绘制等高线或等值面的脚本，用于展示电子密度、势能等标量场的分布。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「等高线绘制脚本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/MasaakiMisawa/VMD-utils
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【自定义配色脚本（color_palette.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   自定义 VMD 颜色方案的脚本，可生成与管理配色表，便于按需求为分子着色。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「自定义配色脚本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/MasaakiMisawa/VMD-utils
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【集体变量计算（colvars）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   集体变量计算库及其 VMD 插件，用于定义与应用集体变量，支持自由能与增强采样分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「集体变量计算」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/Colvars/colvars
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【水分子计数脚本（Count_water.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   统计体系或指定区域内水分子数量的脚本，可沿轨迹逐帧计数，用于分析通道与界面水行为。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「水分子计数脚本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/anjibabuIITK/TCL_VMD_scripts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【晶体学取向绘图（crystallography）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   晶体学绘图插件，可绘制晶轴矢量并沿晶向对齐分子，用于展示晶格取向与结构关系。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「晶体学取向绘图」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/danmichaelo/crystallography
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【方向箭头绘制脚本（darrow.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   绘制方向箭头的脚本，可在指定位置与方向添加箭头，用于表示力、偶极或运动方向。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「方向箭头绘制脚本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/MasaakiMisawa/VMD-utils
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【二面角测量脚本（dihedral.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   测量选定四个原子之间二面角的脚本，可逐帧计算扭转角并导出结果，用于主链或侧链构象分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「二面角测量脚本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/giribio/VMDscripts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【二面角分布统计（dihedral_distribution.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   统计选定二面角在轨迹中的分布情况，生成角度分布数据，用于分析扭转构象偏好与翻转事件。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「二面角分布统计」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/giribio/VMDscripts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【显示参数设置脚本（display_settings.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   批量设置显示参数的脚本，可统一调整背景、光照与材质，便于生成风格一致的图像。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「显示参数设置脚本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/MasaakiMisawa/VMD-utils
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【双原子距离测量甲（dist_two_atoms_V1.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   测量两个原子间距离的脚本第一版，沿轨迹逐帧输出距离数值，用于跟踪接触与配位变化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「双原子距离测量甲」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/anjibabuIITK/TCL_VMD_scripts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【双原子距离测量乙（dist_two_atoms_V2.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   测量两个原子间距离的脚本第二版，改进原子选择与输出格式，便于同时分析多对原子。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「双原子距离测量乙」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/anjibabuIITK/TCL_VMD_scripts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【原子距离测量（distance.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   测量选定两个原子或基团之间距离的脚本，可沿轨迹逐帧计算并导出距离序列，用于分析相互作用变化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「原子距离测量」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/giribio/VMDscripts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【原子组间距测量（Distance_bwn_two_group_of_atoms.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   测量两组原子之间距离的脚本，按组计算最近或质心间距，用于分析分子间相互作用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「原子组间距测量」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/anjibabuIITK/TCL_VMD_scripts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【距离分布统计（distance_distribution.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   统计选定原子间距离在轨迹中的分布，输出距离直方图数据，便于判断接触的形成与断裂。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「距离分布统计」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/anjibabuIITK/TCL_VMD_scripts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【二级结构指认（dssp.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   为蛋白质标记螺旋、折叠与无规卷曲的脚本，逐残基输出二级结构类型，用于结构组成分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「二级结构指认」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/giribio/VMDscripts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【二级结构指认增强（dssp_v2.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   增强版的蛋白质二级结构指认脚本，改进判定逻辑后输出更稳定的螺旋、折叠与转角标记结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「二级结构指认增强」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/giribio/VMDscripts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【端到端距离测量（end-to-end_dostance.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   计算聚合物或链状分子端到端距离的脚本，可沿轨迹逐帧输出，用于表征链的伸展程度。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「端到端距离测量」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/anjibabuIITK/TCL_VMD_scripts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【能量分解插件（energySplit）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   能量分解插件，把体系总能量拆分到指定分子或基团上，用于分析相互作用与能量贡献。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「能量分解插件」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/BioSIM-Research-Group/energySplit
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【主链二面角提取（Extract_phi_psi.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   提取蛋白质主链二面角数据的脚本，逐残基输出角度值，便于绘制拉氏图并做构象分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「主链二面角提取」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/anjibabuIITK/TCL_VMD_scripts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【自由能计算脚本（FE.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   用于自由能相关计算的 VMD 脚本，配合伞形采样等方法处理轨迹并输出自由能曲线数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「自由能计算脚本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/giribio/VMDscripts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【溶剂可及面积计算（freesasa.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   计算蛋白质溶剂可及表面积的脚本，按残基输出面积数值，用于分析暴露程度与结合界面变化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「溶剂可及面积计算」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/giribio/VMDscripts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【相互作用提取脚本（get_interactions.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   识别并列出分子间相互作用的脚本，可检测氢键与接触残基对，用于分析结合界面。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「相互作用提取脚本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/anjibabuIITK/TCL_VMD_scripts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【界面水分子统计（get_no_of_waters.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   统计结合口袋或界面附近水分子数目的脚本，沿轨迹逐帧输出，用于分析水合状态变化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「界面水分子统计」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/anjibabuIITK/TCL_VMD_scripts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【内部原子选取脚本（getinside.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   选取位于结构内部原子的脚本，按几何或表面判据筛出内部原子，用于分析空腔与包埋。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「内部原子选取脚本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/MasaakiMisawa/VMD-utils
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【受力应力可视化（gromacs-fda-vmd）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   受力与应力可视化插件，把逐原子受力与应力张量映射到分子上着色显示，用于分析力学响应。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「受力应力可视化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/HITS-MBM/gromacs-fda-vmd
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【通用轨迹读取插件（gsd-vmd）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   通用模拟数据读取插件，为 VMD 增加读取通用格式轨迹与结构文件的能力，便于载入外部数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「通用轨迹读取插件」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/mphowardlab/gsd-vmd
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【氢键分析脚本集（Hbond-analysis）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   氢键分析脚本集，含统计氢键数目与展示氢键的脚本，配合笔记本用于分析氢键网络。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「氢键分析脚本集」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/MChavent/Hbond-analysis
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【空腔通道分析（HoleHelper）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   空腔与通道分析插件，提供图形与命令行界面调用空腔探测程序，用于分析孔道与内部空腔。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「空腔通道分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/joshuamae/HoleHelper
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【木质素建模插件（LigninBuilder）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   木质素建模插件，按规则在纤维素或其它基底上搭建木质素结构，并配套建模与分析脚本。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「木质素建模插件」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/jvermaas/LigninBuilder
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【液体体系构建（Liquefy）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   液体体系构建插件，按给定密度与组成填充小分子构建液相盒子，用于搭建液体模拟体系。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「液体体系构建」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/RowleyGroup/Liquefy
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【化学键生成脚本（makebonds.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   为缺少键信息的结构自动生成化学键的脚本，可按距离判据补全拓扑连接关系。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「化学键生成脚本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/MasaakiMisawa/VMD-utils
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【分子动力学脚本集（MD-Scripts-Tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   分子动力学分析脚本集，包含在 VMD 中处理与统计轨迹的多个脚本，用于常规分析流程。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分子动力学脚本集」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/yeguang-xue/MD-Scripts-Tcl
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【氢键测量脚本（measure_hbonds_V1.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   测量氢键数量的脚本，基于距离与角度判据逐帧统计氢键，用于分析氢键网络稳定性。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「氢键测量脚本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/anjibabuIITK/TCL_VMD_scripts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【膜体系构建脚本（membrane_builder）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   膜体系构建脚本，使用脚本与 VMD 搭建脂质双分子层并生成模拟输入，便于快速准备膜蛋白体系。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「膜体系构建脚本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samuelmiver/membrane_builder
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【分子模型编辑（ModelMaker）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   分子模型编辑插件，可在 VMD 中增删原子与成键并调整结构，用于快速修饰与搭建模型。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分子模型编辑」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/ryanmcgreevy/ModelMaker
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【分子启动器（MolLaunch）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   分子启动器插件，提供图形界面便捷地新建与修改分子，简化建模与编辑操作。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分子启动器」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/brit228/MolLaunch
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【高级绘图插件（moregraphics）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   高级绘图图形插件，为 VMD 增加复杂图形对象与绘制功能，用于制作更丰富的示意图。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「高级绘图插件」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/olenz/moregraphics
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【多重限制插件（MultiRests）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   多重限制插件，可在图形界面定义多个原子限制并导出约束文件，用于设置模拟中的限制。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多重限制插件」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/alanklam/VMDplugins
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【动力学分析脚本集（NAMD-VMD-Tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   动力学分析脚本集，收集运行与分析模拟所需的脚本，便于在 VMD 中处理轨迹数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「动力学分析脚本集」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/asgharrazavi/NAMD-VMD-Tcl
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【自由能微扰分析（parseFEP）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   自由能微扰分析插件，解析模拟输出并计算自由能变化，提供界面用于设置与绘图。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「自由能微扰分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/jhenin/parseFEP
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【电子隧穿路径（pathways）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   电子隧穿路径插件，识别并可视化分子内电子转移路径，用于分析氧化还原与电子耦合。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「电子隧穿路径」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/balabin/pathways
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【周期性边界平移脚本（pbcmove.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   处理周期性边界平移的脚本，可将跨边界的分子重新拼合到盒子中央便于观察与分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「周期性边界平移脚本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/MasaakiMisawa/VMD-utils
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【周期性边界处理（pbctools）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   周期性边界处理插件，提供按边界包裹与解包分子的常用命令，是 VMD 轨迹处理的基础工具。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「周期性边界处理」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/frobnitzem/pbctools
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【原子选取配置脚本（pickconfig.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   保存与读取原子选择配置的脚本，便于重复使用常用的选区设置以提高分析效率。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「原子选取配置脚本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/MasaakiMisawa/VMD-utils
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【邻近残基提取脚本（Print_Residues_around_selection.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   列出选定区域周围残基的脚本，按距离筛选邻近残基并输出清单，用于分析结合位点环境。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「邻近残基提取脚本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/anjibabuIITK/TCL_VMD_scripts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【结构拓扑生成（psfgen）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   结构拓扑生成脚本，利用脚本为体系生成连接与拓扑文件，用于搭建模拟所需的分子结构。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「结构拓扑生成」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/cameronabrams/psfgen
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【彩虹着色脚本（rainbow.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   按残基序号对分子进行彩虹渐变色着色的脚本，便于直观分辨链段走向与序列位置。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「彩虹着色脚本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/giribio/VMDscripts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【键信息读取脚本（readbonds.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   读取外来文件中键连接信息的脚本，把自定义键表载入 VMD 用于展示或拓扑分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「键信息读取脚本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/MasaakiMisawa/VMD-utils
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【数据文件读取脚本（readdata.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   读取外部数据文件并映射到原子上的脚本，可把数值场着色到结构上便于可视化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「数据文件读取脚本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/MasaakiMisawa/VMD-utils
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【特征向量读取脚本（readeigv.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   读取单个特征向量的脚本，把简正模式或主成分结果载入 VMD 用于绘制运动矢量。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「特征向量读取脚本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/MasaakiMisawa/VMD-utils
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【多特征向量读取（readeigvs.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   批量读取多个特征向量的脚本，可同时载入多条模式数据用于比较不同振动或主成分。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多特征向量读取」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/MasaakiMisawa/VMD-utils
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【旋转矩阵计算脚本（rmat.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   计算与处理旋转矩阵的脚本，输出原子坐标变换所需矩阵，用于对齐与装配结构。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「旋转矩阵计算脚本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/MasaakiMisawa/VMD-utils
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【均方根偏差计算（rmsd.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   计算选定原子相对参考结构均方根偏差的脚本，可沿轨迹逐帧输出偏差曲线用于评估稳定性。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「均方根偏差计算」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/giribio/VMDscripts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【逐残基偏差分解（rmsd_decompose.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   将均方根偏差按残基逐项分解的脚本，帮助定位波动最大的残基与结构差异的主要来源。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「逐残基偏差分解」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/giribio/VMDscripts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【均方根偏差拟合（rmsdtt）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   均方根偏差拟合插件，提供图形界面计算与拟合并对齐分子，输出偏差随帧变化的结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「均方根偏差拟合」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/luisico/rmsdtt
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【均方根涨落计算（rmsf.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   计算各原子均方根涨落的脚本，逐残基输出涨落数值，用于识别柔性区域与刚性核心。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「均方根涨落计算」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/giribio/VMDscripts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【模块化脚本集（salotz-vmd-modules）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   模块化插件脚本集，按模块组织加载脚本与工具，便于扩展 VMD 的分析与操作功能。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「模块化脚本集」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/salotz/salotz-vmd-modules
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【疏水面积分析脚本（sasa-dmp.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   基于改进算法计算溶剂可及表面积的脚本，按原子或残基输出疏水与亲水暴露数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「疏水面积分析脚本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/giribio/VMDscripts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【溶剂可及面积统计（sasa.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   计算分子溶剂可及表面积的脚本，可沿轨迹逐帧统计暴露面积变化，用于分析折叠与埋藏。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「溶剂可及面积统计」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/giribio/VMDscripts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【残基排序脚本（sort_resid.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   按残基编号或名称重新排序分子结构的脚本，便于统一不同来源结构文件的残基顺序。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「残基排序脚本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/giribio/VMDscripts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【二级结构识别脚本（ssr.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   识别蛋白质二级结构的脚本，逐残基输出螺旋折叠等标记，用于结构组成分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「二级结构识别脚本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/MasaakiMisawa/VMD-utils
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【编辑器语法高亮（sublime-vmd）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   文本编辑器语法高亮插件，为编写 VMD 脚本提供语法着色，便于阅读与编辑脚本文件。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「编辑器语法高亮」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/rajikaimal/sublime-vmd
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【生物分子脚本集（tcl-bioscripts）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   生物分子脚本集，收集在 VMD 中做建模与轨迹分析的脚本，用于常见结构分析任务。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「生物分子脚本集」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/jeargle/tcl-bioscripts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【个人脚本工具集（tcl_scripts）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   个人脚本工具集，汇总用于分子建模与分析的 VMD 脚本，便于按需调用常用功能。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「个人脚本工具集」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/myonkunas/tcl_scripts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【轨迹分析脚本集（TCL_VMD_SCRIPTS）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   轨迹分析脚本集，提供读取与统计轨迹数据的脚本，用于常规的分子模拟分析工作。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「轨迹分析脚本集」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/NNairIITK/TCL_VMD_SCRIPTS
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【坐标导出脚本（topdb.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   把当前结构导出为坐标文件的脚本，可按帧保存便于后续处理或重新载入。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「坐标导出脚本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/MasaakiMisawa/VMD-utils
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【拓扑操作插件（topotools）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   拓扑操作插件，提供增删原子与键、合并结构等命令，是 VMD 中搭建与修改拓扑的常用工具。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「拓扑操作插件」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/akohlmey/topotools
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【常用脚本合集（vmd）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   常用脚本合集，收集在 VMD 中做建模与分析的多段脚本，便于快速调用基础功能。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「常用脚本合集」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/er1czz/vmd
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【分析脚本合集（VMD-analysis-tcl-scripts）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   分析脚本合集，汇集若干用于结构分析的 VMD 脚本，用于计算几何量并绘制结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分析脚本合集」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/gcjeevan/VMD-analysis-tcl-scripts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【科学数据格式插件（VMD-h5mdplugin）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   科学数据格式插件，为 VMD 增加读取通用分层数据格式轨迹的能力，便于载入大体系数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「科学数据格式插件」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/h5md/VMD-h5mdplugin
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【红外谱密度插件（vmd-irspec-plugins）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   红外谱密度插件，从模拟轨迹计算红外与谱密度并绘图，用于分析振动光谱特征。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「红外谱密度插件」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/akohlmey/vmd-irspec-plugins
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【分子文件格式插件库（vmd-plugins）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   分子文件格式插件库，汇总多种结构格式的读写插件，为静态编译提供统一的插件源码集合。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分子文件格式插件库」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/cresset-group/vmd-plugins
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【简易工具脚本集（vmd-scripts）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   简易工具脚本集，收录若干小巧的 VMD 脚本，用于执行常见的选择、统计与绘图小任务。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「简易工具脚本集」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/naotohori/vmd-scripts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【脚本扩展函数库（vmd_extensions）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   脚本扩展函数库，为 VMD 脚本提供一组便利函数，简化常用操作与批量处理流程。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「脚本扩展函数库」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/giorginolab/vmd_extensions
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【轨道云图绘制（vmd_plot_complex）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   轨道云图绘制脚本，从立方体文件读取数据并绘制分子轨道，用于展示电子云分布。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「轨道云图绘制」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/rbeck4/vmd_plot_complex
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【增强采样分析（vmd_plumed）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   增强采样分析插件，提供图形界面在 VMD 中调用集体变量与增强采样分析工具。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「增强采样分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/giorginolab/vmd_plumed
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【结构数据文件插件（vmd_sdf_plugin）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   结构数据文件插件，为 VMD 增加读取常见小分子结构文件的能力，便于载入配体结构。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「结构数据文件插件」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/yuxuanzhuang/vmd_sdf_plugin
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【二级结构缓存脚本（vmd_sscache.tcl）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   为轨迹预计算并缓存二级结构的脚本，可加速后续二级结构相关分析并输出逐帧结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：其它文件（.tcl）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「二级结构缓存脚本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/anjibabuIITK/TCL_VMD_scripts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【偶极可视化脚本（VMDDipoleViewer）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   偶极可视化脚本，计算并绘制分子或基团的偶极矢量，用于分析电荷分布与取向。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「偶极可视化脚本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/biomembranes/VMDDipoleViewer
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【外部控制接口（vmdpipe）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   外部控制接口脚本，允许从 Python 调用 VMD 执行 Tcl 命令，便于自动化与脚本集成。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「外部控制接口」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/s-cosseddu/vmdpipe
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【密度泛函输出读取（VMDvaspouth5plugin-cpp）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   密度泛函输出读取插件，解析平面波计算输出文件，把结构与电荷数据载入 VMD 显示。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「密度泛函输出读取」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/yang-tsao/VMDvaspouth5plugin-cpp
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【粗粒化轨迹插件（vtfplugin）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   粗粒化轨迹格式插件，为 VMD 增加读取粗粒化模拟轨迹的能力，便于载入相关体系。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「粗粒化轨迹插件」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/olenz/vtfplugin
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【水团簇计数脚本（wccnt）安装教程】—— VMD

■ 前置条件
   · 已装 VMD（官网 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 下载）。

■ 本扩展是什么
   水团簇计数脚本，识别并统计体系中的水团簇大小与分布，用于分析水的团聚行为。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件源码；.tcl 是 VMD 脚本（可直接 source 使用）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Tcl 脚本：VMD 控制台里 `source 脚本路径.tcl`，或写进 .vmdrc 让启动时自动加载。
   3. 插件（含源码）：按 README 编译成 .so/.dll，并把插件目录加入 VMD 的 plugin 路径（环境变量 VMDPATH / PLUGINDIR）。
   4. 重启 VMD，在 Extensions 菜单或命令行里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「水团簇计数脚本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/cselab/wccnt
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。