Jalview 插件合集（共 8 个）

【BioJSON 数据格式（biojson）安装教程】—— Jalview

■ 前置条件
   · 已安装 Jalview（官方下载：https://www.jalview.org/download/，需要 Java 环境）。

■ 本扩展是什么
   Jalview 的 BioJSON 数据格式定义与解析模块，用于在桌面版与网页版之间传递序列、比对结果和注释信息。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .jar 是 Jalview 扩展包；.zip 是配套源码或数据。

■ 安装步骤
   1. 打开 Jalview。
   2. 菜单 Tools → Preferences → 找到 Extensions 标签（或直接菜单 Tools → Extensions）。
   3. 点 "Add" / "Install from file"，选择本目录的 .jar 文件。
   4. 确认后按提示重启 Jalview。
   5. 重启后该扩展的功能会出现在对应菜单（Alignment / Analysis 等）。

■ 验证是否装好
   · Jalview 的 Extensions 列表里能看到该扩展，且对应菜单项可用。

■ 常见问题
   · 加了没反应：Jalview 版本较老，把版本号发客服确认兼容性。
   · Java 版本报错：Jalview 需要 Java 11 及以上，建议用官方自带的安装包。

■ 来源与版权
   https://github.com/jalview/biojson
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BioJSON 数据格式」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/jalview/biojson
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【导出模板集（exporter-templates）安装教程】—— Jalview

■ 前置条件
   · 已安装 Jalview（官方下载：https://www.jalview.org/download/，需要 Java 环境）。

■ 本扩展是什么
   Jalview 图表与图像导出功能的模板集，定义各类输出格式的排版样式，供导出比对视图时调用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .jar 是 Jalview 扩展包；.zip 是配套源码或数据。

■ 安装步骤
   1. 打开 Jalview。
   2. 菜单 Tools → Preferences → 找到 Extensions 标签（或直接菜单 Tools → Extensions）。
   3. 点 "Add" / "Install from file"，选择本目录的 .jar 文件。
   4. 确认后按提示重启 Jalview。
   5. 重启后该扩展的功能会出现在对应菜单（Alignment / Analysis 等）。

■ 验证是否装好
   · Jalview 的 Extensions 列表里能看到该扩展，且对应菜单项可用。

■ 常见问题
   · 加了没反应：Jalview 版本较老，把版本号发客服确认兼容性。
   · Java 版本报错：Jalview 需要 Java 11 及以上，建议用官方自带的安装包。

■ 来源与版权
   https://github.com/jalview/exporter-templates
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「导出模板集」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/jalview/exporter-templates
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【系统检测脚本（hugo-os-detect）安装教程】—— Jalview

■ 前置条件
   · 已安装 Jalview（官方下载：https://www.jalview.org/download/，需要 Java 环境）。

■ 本扩展是什么
   Hugo 文档站点使用的操作系统检测脚本，访问时自动识别访客平台，以便展示对应系统的安装与下载指引。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .jar 是 Jalview 扩展包；.zip 是配套源码或数据。

■ 安装步骤
   1. 打开 Jalview。
   2. 菜单 Tools → Preferences → 找到 Extensions 标签（或直接菜单 Tools → Extensions）。
   3. 点 "Add" / "Install from file"，选择本目录的 .jar 文件。
   4. 确认后按提示重启 Jalview。
   5. 重启后该扩展的功能会出现在对应菜单（Alignment / Analysis 等）。

■ 验证是否装好
   · Jalview 的 Extensions 列表里能看到该扩展，且对应菜单项可用。

■ 常见问题
   · 加了没反应：Jalview 版本较老，把版本号发客服确认兼容性。
   · Java 版本报错：Jalview 需要 Java 11 及以上，建议用官方自带的安装包。

■ 来源与版权
   https://github.com/jalview/hugo-os-detect
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「系统检测脚本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/jalview/hugo-os-detect
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Debian 打包脚本（jalview-debian-downstream）安装教程】—— Jalview

■ 前置条件
   · 已安装 Jalview（官方下载：https://www.jalview.org/download/，需要 Java 环境）。

■ 本扩展是什么
   面向 Debian 发行版的 Jalview 打包脚本，生成符合规范的安装包与依赖信息，便于进入官方软件仓库。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .jar 是 Jalview 扩展包；.zip 是配套源码或数据。

■ 安装步骤
   1. 打开 Jalview。
   2. 菜单 Tools → Preferences → 找到 Extensions 标签（或直接菜单 Tools → Extensions）。
   3. 点 "Add" / "Install from file"，选择本目录的 .jar 文件。
   4. 确认后按提示重启 Jalview。
   5. 重启后该扩展的功能会出现在对应菜单（Alignment / Analysis 等）。

■ 验证是否装好
   · Jalview 的 Extensions 列表里能看到该扩展，且对应菜单项可用。

■ 常见问题
   · 加了没反应：Jalview 版本较老，把版本号发客服确认兼容性。
   · Java 版本报错：Jalview 需要 Java 11 及以上，建议用官方自带的安装包。

■ 来源与版权
   https://github.com/jalview/jalview-debian-downstream
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Debian 打包脚本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/jalview/jalview-debian-downstream
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【JalviewJS 网页版（jalview-js）安装教程】—— Jalview

■ 前置条件
   · 已安装 Jalview（官方下载：https://www.jalview.org/download/，需要 Java 环境）。

■ 本扩展是什么
   Jalview 的 JavaScript 移植版，让多序列比对与编辑功能直接在浏览器中运行，无需安装桌面程序。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .jar 是 Jalview 扩展包；.zip 是配套源码或数据。

■ 安装步骤
   1. 打开 Jalview。
   2. 菜单 Tools → Preferences → 找到 Extensions 标签（或直接菜单 Tools → Extensions）。
   3. 点 "Add" / "Install from file"，选择本目录的 .jar 文件。
   4. 确认后按提示重启 Jalview。
   5. 重启后该扩展的功能会出现在对应菜单（Alignment / Analysis 等）。

■ 验证是否装好
   · Jalview 的 Extensions 列表里能看到该扩展，且对应菜单项可用。

■ 常见问题
   · 加了没反应：Jalview 版本较老，把版本号发客服确认兼容性。
   · Java 版本报错：Jalview 需要 Java 11 及以上，建议用官方自带的安装包。

■ 来源与版权
   https://github.com/jalview/jalview-js
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「JalviewJS 网页版」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/jalview/jalview-js
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【JavaScript 工具集（js）安装教程】—— Jalview

■ 前置条件
   · 已安装 Jalview（官方下载：https://www.jalview.org/download/，需要 Java 环境）。

■ 本扩展是什么
   Jalview 网页版所用的 JavaScript 工具集，提供前端共用的界面与数据处理代码，供前端组件引用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .jar 是 Jalview 扩展包；.zip 是配套源码或数据。

■ 安装步骤
   1. 打开 Jalview。
   2. 菜单 Tools → Preferences → 找到 Extensions 标签（或直接菜单 Tools → Extensions）。
   3. 点 "Add" / "Install from file"，选择本目录的 .jar 文件。
   4. 确认后按提示重启 Jalview。
   5. 重启后该扩展的功能会出现在对应菜单（Alignment / Analysis 等）。

■ 验证是否装好
   · Jalview 的 Extensions 列表里能看到该扩展，且对应菜单项可用。

■ 常见问题
   · 加了没反应：Jalview 版本较老，把版本号发客服确认兼容性。
   · Java 版本报错：Jalview 需要 Java 11 及以上，建议用官方自带的安装包。

■ 来源与版权
   https://github.com/jalview/js
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「JavaScript 工具集」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/jalview/js
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【仓库维护工具（repo-tools）安装教程】—— Jalview

■ 前置条件
   · 已安装 Jalview（官方下载：https://www.jalview.org/download/，需要 Java 环境）。

■ 本扩展是什么
   Jalview 官方仓库的维护工具集，用于校验、同步和发布代码与文档资源，帮助维护者管理多子项目结构。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .jar 是 Jalview 扩展包；.zip 是配套源码或数据。

■ 安装步骤
   1. 打开 Jalview。
   2. 菜单 Tools → Preferences → 找到 Extensions 标签（或直接菜单 Tools → Extensions）。
   3. 点 "Add" / "Install from file"，选择本目录的 .jar 文件。
   4. 确认后按提示重启 Jalview。
   5. 重启后该扩展的功能会出现在对应菜单（Alignment / Analysis 等）。

■ 验证是否装好
   · Jalview 的 Extensions 列表里能看到该扩展，且对应菜单项可用。

■ 常见问题
   · 加了没反应：Jalview 版本较老，把版本号发客服确认兼容性。
   · Java 版本报错：Jalview 需要 Java 11 及以上，建议用官方自带的安装包。

■ 来源与版权
   https://github.com/jalview/repo-tools
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「仓库维护工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/jalview/repo-tools
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【辅助脚本集（scripts）安装教程】—— Jalview

■ 前置条件
   · 已安装 Jalview（官方下载：https://www.jalview.org/download/，需要 Java 环境）。

■ 本扩展是什么
   Jalview 项目的辅助脚本集，涵盖构建、打包、发布和日常维护等自动化任务，简化开发者的重复操作。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .jar 是 Jalview 扩展包；.zip 是配套源码或数据。

■ 安装步骤
   1. 打开 Jalview。
   2. 菜单 Tools → Preferences → 找到 Extensions 标签（或直接菜单 Tools → Extensions）。
   3. 点 "Add" / "Install from file"，选择本目录的 .jar 文件。
   4. 确认后按提示重启 Jalview。
   5. 重启后该扩展的功能会出现在对应菜单（Alignment / Analysis 等）。

■ 验证是否装好
   · Jalview 的 Extensions 列表里能看到该扩展，且对应菜单项可用。

■ 常见问题
   · 加了没反应：Jalview 版本较老，把版本号发客服确认兼容性。
   · Java 版本报错：Jalview 需要 Java 11 及以上，建议用官方自带的安装包。

■ 来源与版权
   https://github.com/jalview/scripts
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「辅助脚本集」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/jalview/scripts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。