Cytoscape 插件合集（共 265 个）

【自动簇标注（autoannotate）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   自动识别网络中的簇，并为其添加标签和分组，方便解读结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「自动簇标注」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「自动簇标注」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/autoannotate
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【BridgeDb 标识符映射（bridgedb）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   借助 BridgeDb 及公共或自定义数据库，完成基因标识符批量转换。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「BridgeDb 标识符映射」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BridgeDb 标识符映射」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/bridgedb
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【聚类模块探索注释（clustnsee3）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   对网络做聚类，探索模块结构并为其补充功能注释。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「聚类模块探索注释」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「聚类模块探索注释」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/clustnsee3
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【SABIO-RK 数据接入（cy3sabiork）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   访问 SABIO-RK 数据库获取生化反应动力学参数，并标注到网络上。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「SABIO-RK 数据接入」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「SABIO-RK 数据接入」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cy3sabiork
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【功能富集应用合集（functionalenrichmentcollection）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   一次安装即可获得整套功能富集分析应用，覆盖富集流程常用功能。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「功能富集应用合集」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「功能富集应用合集」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/functionalenrichmentcollection
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【质谱分析应用集（massspeccollection）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   质谱数据网络分析的应用合集，安装一次即可获得整套相关分析工具。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「质谱分析应用集」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「质谱分析应用集」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/massspeccollection
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【代谢网络疾病注释（metdisease）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   用 MeSH 疾病术语注释代谢网络并链接相关文献，帮助发现代谢物与疾病的联系。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「代谢网络疾病注释」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「代谢网络疾病注释」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/metdisease
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【组学网络分析合集（omicsanalysiscollection）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   一组便于对组学数据做网络分析的应用合集，安装一次即可获得配套的多个分析工具。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「组学网络分析合集」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「组学网络分析合集」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/omicsanalysiscollection
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【本体语义相似度分析（ufo）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   统一计算基于生物医学本体的语义相似度，并做富集分析与可视化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「本体语义相似度分析」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「本体语义相似度分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/ufo
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【化学信息学工具（chemviz2）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   在 Cytoscape 中计算分子描述符，进行化学结构比对与相似性分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「化学信息学工具」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「化学信息学工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/chemviz2
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【NDEx 网络存取（cyndex2）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   浏览 NDEx 服务器上的公共网络，并支持网络的导入与导出。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「NDEx 网络存取」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「NDEx 网络存取」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cyndex2
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【cyREST 接口服务（cyrest）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   提供与语言无关的 RESTful 接口，方便脚本和外部程序调用 Cytoscape。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「cyREST 接口服务」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「cyREST 接口服务」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cyrest
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【R 语言分析接口（cyrface）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   打通 Cytoscape 与 R，直接调用 R 脚本和 Bioconductor 包分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「R 语言分析接口」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「R 语言分析接口」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cyrface
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【富集图可视化（enrichmentmap）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   把通路富集结果可视化为富集图，直观展示通路之间的重叠关系。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「富集图可视化」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「富集图可视化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/enrichmentmap
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【富集图流程合集（enrichmentmappipelinecollection）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   打包 EnrichmentMap 富集分析流程所需的配套应用，一次安装齐全。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「富集图流程合集」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「富集图流程合集」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/enrichmentmappipelinecollection
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【富集分析表（enrichmenttable）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   新建专用表格，用于执行、保存和查看功能富集分析结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「富集分析表」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「富集分析表」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/enrichmenttable
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【残基互作网络中心性分析（rinspector）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   对蛋白质残基互作网络做中心性分析，并结合 DynaMine 柔性预测找出关键残基。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「残基互作网络中心性分析」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「残基互作网络中心性分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/rinspector
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【单细胞RNA测序分析（scnetviz）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   在 Cytoscape 中分析单细胞 RNA-Seq 数据，由表达矩阵构建并展示细胞网络。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「单细胞RNA测序分析」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「单细胞RNA测序分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/scnetviz
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【结构网络联动视图（structureviz2）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   在网络中联动查看大分子三维结构，把节点与结构区域直观对应起来。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「结构网络联动视图」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「结构网络联动视图」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/structureviz2
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Synapse 数据接入（synapseclient）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   在 Cytoscape 内直接访问 Synapse.org 数据，下载或上传项目文件。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「Synapse 数据接入」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Synapse 数据接入」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/synapseclient
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【功能词云汇总（wordcloud）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   把各互作簇的功能富集结果汇总成词云，字号大小表示功能出现的频率。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「功能词云汇总」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「功能词云汇总」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/wordcloud
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【ClusterViz 聚类分析（clusterviz）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   用 FAG-EC、EAGLE、MCODE 聚类，并对结果做 GO 富集分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「ClusterViz 聚类分析」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ClusterViz 聚类分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/clusterviz
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GIANT 网络角色定位（giant）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   按 Guimerà-Amaral 方法刻画网络，展示节点的拓扑与功能角色。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「GIANT 网络角色定位」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GIANT 网络角色定位」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/giant
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Yoshiko 加权聚类编辑（yoshikostandalone）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   用启发式算法求解加权 k 聚类编辑问题，重构网络中的簇结构。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「Yoshiko 加权聚类编辑」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Yoshiko 加权聚类编辑」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/yoshikostandalone
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【集成基因网络推断（cyengnet）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   集成多种推断方法构建基因调控网络，得到更稳健可靠的结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「集成基因网络推断」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「集成基因网络推断」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cyengnet
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【网页版预览当前网络（opencytoscapeweb）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   在浏览器中打开 web.cytoscape.org 展示当前网络视图，方便在线分享。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「网页版预览当前网络」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「网页版预览当前网络」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/opencytoscapeweb
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Agilent 文献挖掘（agilentliteraturesearch）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   从科研文献中挖掘与关键词相关的论文，并据此构建相互作用网络。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「Agilent 文献挖掘」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Agilent 文献挖掘」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/agilentliteraturesearch
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【贝叶斯网络学习生成（bayelviraapp）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   从数据中学习并生成贝叶斯网络模型，用于因果与概率推理。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「贝叶斯网络学习生成」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「贝叶斯网络学习生成」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/bayelviraapp
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【BioGateway 三元组检索（biogatewaycytoscapeplugin）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   连接 BioGateway 三元组库，按语义查询结果逐步搭建探索性网络。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「BioGateway 三元组检索」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BioGateway 三元组检索」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/biogatewaycytoscapeplugin
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Bisogenet 互作检索（bisogenet）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   按输入基因 ID 检索相互作用关系，并提供 GO、KEGG 等注释链接。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「Bisogenet 互作检索」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Bisogenet 互作检索」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/bisogenet
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【CluePedia 通路洞察（cluepedia）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   结合实验与计算数据，为 ClueGO 结果补充通路层面的深度解读。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「CluePedia 通路洞察」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CluePedia 通路洞察」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cluepedia
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【CoNet 关联推断（conet）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   在丰度与存在缺失数据中检测显著关联，推断共现或共排网络。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「CoNet 关联推断」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CoNet 关联推断」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/conet
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【基因调控网络推断（cynetworkbma）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   用贝叶斯模型平均从表达数据推断基因调控网络，识别调控关系。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「基因调控网络推断」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「基因调控网络推断」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cynetworkbma
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【网络推断工具箱（cynitoolbox）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   汇集多种网络推断方法，从生物数据中批量推断出候选网络。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「网络推断工具箱」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「网络推断工具箱」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cynitoolbox
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Pathway Commons 客户端（cypath2）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   通过图形界面查询 Pathway Commons 通路库，获取并导入通路数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「Pathway Commons 客户端」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Pathway Commons 客户端」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cypath2
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【网络灵活扩展（cytargetlinker）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   借助外部调控关系数据库，为已有网络批量添加新的关联节点。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「网络灵活扩展」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「网络灵活扩展」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cytargetlinker
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【基因共表达网络（expressioncorrelation）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   依据表达相关性构建相似性网络，节点为基因、连边表示高度相关。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「基因共表达网络」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「基因共表达网络」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/expressioncorrelation
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GeneMANIA 互作网络（genemania）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   根据基因列表从公共数据库导入互作网络，并预测基因功能与注释。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「GeneMANIA 互作网络」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GeneMANIA 互作网络」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/genemania
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【iRegulon 调控因子（iregulon）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   从基因集预测主调控因子与 cis 调控相互作用，识别上游关键调控者。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「iRegulon 调控因子」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「iRegulon 调控因子」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/iregulon
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【最大连通子网（largestsubnetwork）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   一键选出网络中的最大连通分量，便于聚焦网络主体的结构。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「最大连通子网」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「最大连通子网」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/largestsubnetwork
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【OmniPath 信号通路库（omnipath）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   接入文献整理的人源信号通路资源 OmniPath，直接导入信号网络用于后续分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「OmniPath 信号通路库」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「OmniPath 信号通路库」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/omnipath
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【推断基准数据生成（signetapp）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   生成网络推断的基准测试数据，用于评价各类推断算法的准确度。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「推断基准数据生成」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「推断基准数据生成」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/signetapp
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【主调控因子预测（tetramer）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   用转录调控时序模型预测主调控因子与细胞命运转变过程。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「主调控因子预测」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「主调控因子预测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/tetramer
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【时序多层网络（timenexus）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   构建、管理并可视化时序多层网络，并提取其中活跃的多层子网。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「时序多层网络」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「时序多层网络」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/timenexus
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【WikiPathways 通路导入（wikipathways）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   WikiPathways 网络服务客户端与 GPML 导入器，可检索并直接载入通路图。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「WikiPathways 通路导入」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「WikiPathways 通路导入」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/wikipathways
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【邻接矩阵导出（adjexporter）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   将有向或无向网络导出为邻接矩阵文件，方便用外部数学工具做矩阵分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「邻接矩阵导出」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「邻接矩阵导出」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/adjexporter
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【邻接矩阵读取（amatreader）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   读取 .mat 与 .adj 邻接矩阵文件，直接转换成可用的网络结构。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「邻接矩阵读取」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「邻接矩阵读取」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/amatreader
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【OpenBEL 知识网络浏览（belnavigator）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   在 Cytoscape 中检索和浏览 OpenBEL 知识网络，探索实体之间的关系。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「OpenBEL 知识网络浏览」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「OpenBEL 知识网络浏览」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/belnavigator
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【CDT 聚类文件导入（cdtreader）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   读取 Cluster 3 输出的 CDT 聚类文件，把分组结果作为属性导入。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「CDT 聚类文件导入」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CDT 聚类文件导入」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cdtreader
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【完全图生成（completegraph）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   生成指定节点数的全连接网络，用于构造对照或测试网络。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「完全图生成」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「完全图生成」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/completegraph
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【CX 格式读写（cxsupport）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   提供 Cytoscape CX JSON 格式文件的读取与导出，便于数据交换。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「CX 格式读写」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CX 格式读写」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cxsupport
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【虚拟现实网络浏览（cytodivr）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   把网络导入虚拟现实环境，以沉浸方式查看三维网络结构。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「虚拟现实网络浏览」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「虚拟现实网络浏览」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cytodivr
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【SPARQL 端点查询（generalsparql）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   浏览并查询 SPARQL 端点，内置适配 EBI RDF 与 Bio2RDF 的常用查询。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「SPARQL 端点查询」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「SPARQL 端点查询」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/generalsparql
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【基因标识符映射（idmapper）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   调用 BridgeDB 查找标识符，右键列名即可把整列 ID 批量映射为其它数据库标识。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「基因标识符映射」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「基因标识符映射」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/idmapper
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【JSON 图格式导入导出（jgfapp）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   以 JSON Graph Format 导入导出 OpenBEL 网络，兼容更严格的 BEL 模式。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「JSON 图格式导入导出」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「JSON 图格式导入导出」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/jgfapp
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【NDB 文件读取（ndbreader）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   读取 Genomica NDB 文件，把基因表达数据导入 Cytoscape。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「NDB 文件读取」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「NDB 文件读取」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/ndbreader
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【ARACNE 网络推断（aracne）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   基于互信息的网络反卷积算法，从表达数据推断基因间的调控关系。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「ARACNE 网络推断」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ARACNE 网络推断」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/aracne
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【BNMatch2 网络比对（bnmatch2）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   在 GPU 加速下结合节点信息与拓扑相似度，实现可靠的网络映射。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「BNMatch2 网络比对」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BNMatch2 网络比对」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/bnmatch2
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【CentiScaPe 中心性分析（centiscape）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   计算网络中各节点的中心性参数，找出最关键的核心节点。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「CentiScaPe 中心性分析」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CentiScaPe 中心性分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/centiscape
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【CONAN 原子相互作用（conan）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   分析生物分子结构集合中原子的相互作用网络，并三维可视化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「CONAN 原子相互作用」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CONAN 原子相互作用」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/conan
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【三元组结构统计（counttriplets）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   统计网络中的三元组结构，绘制反馈环与前馈环的显著性图谱。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「三元组结构统计」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「三元组结构统计」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/counttriplets
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【环路检测（cycledetector）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   找出网络中的环路，并把每个环生成为独立的环形布局网络。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「环路检测」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「环路检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cycledetector
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【多尺度社区检测（cycommunitydetection）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   融合多尺度社区发现与功能富集，划分网络模块并解释其功能。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「多尺度社区检测」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多尺度社区检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cycommunitydetection
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【KEGG 通路解析（cykeggparser）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   校正 KEGG 通路数据，生成组织特异和蛋白互作特异的通路网络。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「KEGG 通路解析」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「KEGG 通路解析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cykeggparser
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【共同邻居链路预测（cylinkpredictor）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   基于共同邻居算法，预测网络中可能缺失的连边或未来的关系。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「共同邻居链路预测」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「共同邻居链路预测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cylinkpredictor
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【网络约束 SVM 筛选标志物（cynetsvm）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   用网络约束的支持向量机分析组学数据，筛选癌症生物标志物。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「网络约束 SVM 筛选标志物」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「网络约束 SVM 筛选标志物」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cynetsvm
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【CytoCluster 聚类（cytocluster）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   对网络进行聚类分析，并可视化各个簇的划分结果与结构特征。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「CytoCluster 聚类」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CytoCluster 聚类」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cytocluster
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【逻辑模型训练（cytocopter）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   依据网络结构训练布尔逻辑模型，拟合实验观测到的节点状态。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「逻辑模型训练」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「逻辑模型训练」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cytocopter
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【关键节点挖掘（cytohubba）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   用多种拓扑算法预测网络中的重要节点与子网，筛选核心基因。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「关键节点挖掘」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「关键节点挖掘」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cytohubba
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【最大公共边子图（cytomcs）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   计算多个大型网络之间的最大公共边子图，用于网络比对与差异分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「最大公共边子图」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「最大公共边子图」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cytomcs
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【疾病关联子网分析（cytomobas）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   识别并分析疾病相关的高连通子网，辅助疾病关联机制研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「疾病关联子网分析」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「疾病关联子网分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cytomobas
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【中心性分析（cytonca）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   计算加权与无权网络的多种中心性指标，评估并可视化节点重要性。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「中心性分析」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「中心性分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cytonca
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【RedisGraph 图数据库（cytoscaperedisgraphplugin）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   通过 Redis 接口连接 RedisGraph，导入导出节点与关系数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「RedisGraph 图数据库」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「RedisGraph 图数据库」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cytoscaperedisgraphplugin
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【扩散核子网分析（dkernel）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   用扩散核算法提取子网，用于通路分析、疾病邻近性等研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「扩散核子网分析」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「扩散核子网分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/dkernel
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GASOLINE 网络比对（gasoline）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   对多个蛋白互作网络做局部比对，找出保守的功能模块。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「GASOLINE 网络比对」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GASOLINE 网络比对」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/gasoline
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【功能差异度分析（gfdnet）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   基于 GO 注释分析基因网络，计算网络功能差异度的定量指标。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「功能差异度分析」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「功能差异度分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/gfdnet
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【基因网络一致性分析（gnc）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   基于直接与间接关系计算基因网络的一致性，衡量一组基因在网络中是否协同。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「基因网络一致性分析」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「基因网络一致性分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/gnc
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【HDR 药物重定位（hdr）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   基于药物与疾病异构网络做重定位分析，为已有药物筛选新的适应症。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「HDR 药物重定位」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「HDR 药物重定位」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/hdr
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【网络模体枚举（ismags）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   充分利用模体自身的对称性，高效枚举某一模体在网络中出现的所有实例。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「网络模体枚举」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「网络模体枚举」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/ismags
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【活跃模块检测（jactivemodules）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   找出成员节点表达变化显著的聚簇，定位差异表达关联的功能模块。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「活跃模块检测」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「活跃模块检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/jactivemodules
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【基因集富集与拓扑分析（jepetto）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   基于相互作用网络做人源基因集的富集分析和拓扑分析，找出显著关联的功能通路。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「基因集富集与拓扑分析」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「基因集富集与拓扑分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/jepetto
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Graphlet 度计算（jesse）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   计算网络中所有节点的 graphlet 度，用于比较节点局部的拓扑结构。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「Graphlet 度计算」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Graphlet 度计算」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/jesse
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【知识融合差异依赖网络（kddn）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   融合先验知识从表达数据构建差异依赖网络，找出不同条件下结构发生改变的基因关系。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「知识融合差异依赖网络」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「知识融合差异依赖网络」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/kddn
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【最小连通支配集近似（mcds）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   对有向网络近似求解最小连通支配集，用少量节点覆盖整个网络的连通结构。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「最小连通支配集近似」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「最小连通支配集近似」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/mcds
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【极大团查找（mclique）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   找出给定网络中的极大团并按规模排序，用于挖掘紧密连接的子结构。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「极大团查找」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「极大团查找」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/mclique
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【MCODE 稠密区域聚类（mcode）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   基于网络拓扑做聚类，找出连接紧密的稠密区域，识别潜在的功能模块。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「MCODE 稠密区域聚类」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MCODE 稠密区域聚类」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/mcode
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【ModuLand 模块划分（moduland20）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   提供模块化层级与可调重叠度的划分方法族，用于网络社团与模块分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「ModuLand 模块划分」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ModuLand 模块划分」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/moduland20
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【网络模体发现（motifdiscovery）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   用 G-Tries 算法快速发现网络模体，挖掘网络中重复出现的子图模式。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「网络模体发现」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「网络模体发现」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/motifdiscovery
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【药物重定位候选发现（nedrex）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   构建定制异构分子网络，挖掘疾病模块并发现可重定位的药物候选，支持交互探索。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「药物重定位候选发现」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「药物重定位候选发现」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/nedrex
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【图查询匹配与模体检验（netmatchstar）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   在网络中查找查询图的所有匹配并支持通配符，用 7 种随机模型检验其模体显著性。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「图查询匹配与模体检验」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「图查询匹配与模体检验」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/netmatchstar
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【网络拓扑分析（networkanalyzer）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   计算网络的拓扑属性，包括度分布、聚类系数与各类中心性指标。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「网络拓扑分析」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「网络拓扑分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/networkanalyzer
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【网络一致性计算（networkcoherencecalculator）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   计算网络中差异表达基因的网络一致性，衡量这些基因在网络上是否聚集分布。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「网络一致性计算」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「网络一致性计算」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/networkcoherencecalculator
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【随机网络生成与对比（networkrandomizer）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   生成多种随机网络作为对照，与真实网络比较，判断观测到的网络特征是否显著。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「随机网络生成与对比」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「随机网络生成与对比」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/networkrandomizer
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【OCSANA+ 信号网络控制（ocsana）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   从网络分析出发优化控制信号网络并做模拟，定位关键调控靶点。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「OCSANA+ 信号网络控制」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「OCSANA+ 信号网络控制」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/ocsana
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【路径搜索与筛选（pathexplorer）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   查找网络中的路径，按节点和边的属性过滤候选路径并保存结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「路径搜索与筛选」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「路径搜索与筛选」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/pathexplorer
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【PathLinker 通路重建（pathlinker）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   从蛋白质相互作用网络中重建信号通路，找出连接受体与转录因子的关键路径。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「PathLinker 通路重建」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「PathLinker 通路重建」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/pathlinker
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【连边权重评估（pemeasure）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   计算连边权重并评估网络连边的可靠性，例如蛋白互作关系的可信度。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「连边权重评估」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「连边权重评估」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/pemeasure
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【蛋白质集连接通路搜索（pepper）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   在 PPI 网络中用多目标优化寻找连接给定蛋白质集合的通路或复合物，揭示功能联系。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「蛋白质集连接通路搜索」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「蛋白质集连接通路搜索」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/pepper
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Pesca 网络分析（pesca30）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   面向系统生物学的网络分析与在线数据导入，支持 PPI 网络与通路查找。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「Pesca 网络分析」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Pesca 网络分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/pesca30
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【PEWCC 稠密子网检测（pewcc）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   在 PPI 或基因网络中检测连接稠密的子网络，识别蛋白质复合物和基因模块。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「PEWCC 稠密子网检测」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「PEWCC 稠密子网检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/pewcc
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【疾病关联子网络识别（phenomescape）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   结合已知疾病关联，从基因表达数据中找出差异调控的子网络，定位疾病相关模块。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「疾病关联子网络识别」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「疾病关联子网络识别」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/phenomescape
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【PINBPA 通路分析（pinbpa）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   基于蛋白互作网络做通路富集分析，并对候选基因进行优先级排序。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「PINBPA 通路分析」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「PINBPA 通路分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/pinbpa
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【通路信号流计算（psfc）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   依据基因表达或代谢物丰度和通路拓扑计算信号流，衡量通路的活性高低。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「通路信号流计算」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「通路信号流计算」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/psfc
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Reactome 通路探索（reactomefiplugin）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   基于 Reactome 功能互作网络探索通路，检索疾病相关通路与网络模式并做通路富集。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「Reactome 通路探索」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Reactome 通路探索」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/reactomefiplugin
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【SCODE 复合物识别（scode）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   用监督式图聚类方法从相互作用网络中识别蛋白质复合物。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「SCODE 复合物识别」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「SCODE 复合物识别」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/scode
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【原子互作网络分析（sensenet）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   分析生物分子结构系综中的原子相互作用网络，识别稳定的结构区域。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「原子互作网络分析」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「原子互作网络分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/sensenet
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【最强路径搜索（strongestpath）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   在蛋白质互作网络中搜索信号传递最强的路径，识别两个蛋白之间的关键连接。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「最强路径搜索」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「最强路径搜索」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/strongestpath
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【属性关系主题图（thematicmap）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   按节点属性把网络简化为属性值之间的主题图，突出不同类型节点之间隐藏的关联。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「属性关系主题图」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「属性关系主题图」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/thematicmap
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【端粒维持机制评估（tmm）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   从基因表达数据评估端粒维持机制 TMM 的活性，辅助肿瘤分型与通路改进。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「端粒维持机制评估」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「端粒维持机制评估」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/tmm
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【加权 k-shell 分解（wkshelldecomposition）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   对网络执行加权 k-shell 分解，识别处于不同层级的核心结构。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「加权 k-shell 分解」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「加权 k-shell 分解」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/wkshelldecomposition
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【ZDOG 癌症基因分析（zdog）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   面向癌症数据的基因优先级排序，并支持通路与突变分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「ZDOG 癌症基因分析」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ZDOG 癌症基因分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/zdog
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【蛋白质功能网络推断（anatapp）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   用布尔网络推断蛋白质之间的功能关联，揭示其潜在调控关系。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「蛋白质功能网络推断」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「蛋白质功能网络推断」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/anatapp
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【有害结局通路可视化（aopxplorer）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   可视化有害结局通路网络（AOPN），用于毒理学与生态风险评估。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「有害结局通路可视化」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「有害结局通路可视化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/aopxplorer
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Arena3D 多层网络可视化（arena3dwebapp）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   把二维网络转换为多层三维网络，在 Arena3Dweb 中浏览分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「Arena3D 多层网络可视化」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Arena3D 多层网络可视化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/arena3dwebapp
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GFA 序列组装图导入（assembly）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   导入 1.0/2.0 版 GFA 图形化片段组装格式的序列组装图。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「GFA 序列组装图导入」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GFA 序列组装图导入」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/assembly
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【BiNGO GO 富集分析（bingo）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   计算网络中显著过表达的 GO 术语，并以富集网络形式展示。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「BiNGO GO 富集分析」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BiNGO GO 富集分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/bingo
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【BioGRID 数据源（biogriddatasource）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   为 Cytoscape 提供 BioGRID 相互作用数据的检索与加载支持。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「BioGRID 数据源」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BioGRID 数据源」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/biogriddatasource
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Biomart 服务客户端（biomartwebserviceclient）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   调用 Biomart 网络服务，为网络节点获取基因注释与属性数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「Biomart 服务客户端」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Biomart 服务客户端」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/biomartwebserviceclient
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【BioPAX 文件读取（biopaxreader）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   让 Cytoscape 直接读取并解析 BioPAX 格式的通路数据文件。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「BioPAX 文件读取」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BioPAX 文件读取」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/biopaxreader
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【代码依赖图浏览（codenetvis）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   以交互方式探索软件系统的依赖关系图，快速理清模块调用结构。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「代码依赖图浏览」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「代码依赖图浏览」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/codenetvis
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【共表达网络构建（coexpnetviz）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   计算目标基因与其他基因的共表达关系，并按基因家族分组展示。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「共表达网络构建」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「共表达网络构建」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/coexpnetviz
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【节点配色方案（colorcast）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   一键为网络节点套用 Brewer 调色板，让分类属性颜色更容易区分。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「节点配色方案」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「节点配色方案」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/colorcast
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【属性颜色编码（colorcodingapp）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   按属性值为节点着色，用颜色直观区分分组与数值高低。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「属性颜色编码」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「属性颜色编码」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/colorcodingapp
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【命令行工具支持（commandlineimplementation）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   为 Cytoscape 提供命令行对话框，可直接输入命令批量执行操作。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「命令行工具支持」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「命令行工具支持」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/commandlineimplementation
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【核心应用包（coreapps）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   Cytoscape 标准发行版自带的一组核心应用，无需另行单独安装。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「核心应用包」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「核心应用包」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/coreapps
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Cy3 性能诊断（cy3performancereporter）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   收集 Cytoscape 3 的运行时性能数据，帮助定位卡顿与性能瓶颈。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「Cy3 性能诊断」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Cy3 性能诊断」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cy3performancereporter
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【CyArangoDB 图数据库（cyarangodb）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   连接 ArangoDB 图数据库，在 Cytoscape 与数据库之间导入导出网络。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「CyArangoDB 图数据库」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CyArangoDB 图数据库」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cyarangodb
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【BLANT 连边预测（cyblantedgepredict）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   基于 BLANT 图元算法预测网络中可能缺失的连边，目前仅支持离线模式。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「BLANT 连边预测」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BLANT 连边预测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cyblantedgepredict
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【OpenCL 计算支持（cycl）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   为 Cytoscape 提供 OpenCL 并行计算支持，加速布局等计算任务。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「OpenCL 计算支持」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「OpenCL 计算支持」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cycl
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【时序调控推断（cygenexpi）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   从时间序列表达数据中推断基因调控关系，支持 GPU 加速计算。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「时序调控推断」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「时序调控推断」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cygenexpi
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GraphSpace 上传（cygraphspace）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   把 Cytoscape 中的网络上传到 GraphSpace，便于在线分享与协作。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「GraphSpace 上传」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GraphSpace 上传」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cygraphspace
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【CyNDEx 网络同步（cyndex）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   在 NDEx 平台与 Cytoscape 之间无缝传输网络，并更新已有网络。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「CyNDEx 网络同步」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CyNDEx 网络同步」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cyndex
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【cyNeo4j 数据库连接（cyneo4j）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   连接 Neo4j 数据库，用 Cypher 查询大图并调用其插件做计算。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「cyNeo4j 数据库连接」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「cyNeo4j 数据库连接」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cyneo4j
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【通路机制模型（cypathia）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   建立通路层面的机制模型，把组学数据放到通路背景中解释。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「通路机制模型」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「通路机制模型」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cypathia
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【CytoAsp 逻辑一致性分析（cytoasp）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   对生物网络做定性一致性分析，预测并修复逻辑模型中的矛盾。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「CytoAsp 逻辑一致性分析」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CytoAsp 逻辑一致性分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cytoasp
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【网络可控性分析（cytoctrlanalyser）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   集成九种算法分析网络可控性，找出驱动节点等关键元素。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「网络可控性分析」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「网络可控性分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cytoctrlanalyser
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【CytoGEDEVO 网络比对（cytogedevo）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   用进化算法实现蛋白互作等网络的成对全局比对与结果可视化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「CytoGEDEVO 网络比对」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CytoGEDEVO 网络比对」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cytogedevo
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【表达驱动模块检测（cytogta）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   结合基因表达数据在蛋白互作网络中检测功能模块与簇。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「表达驱动模块检测」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「表达驱动模块检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cytogta
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【MCP 服务接口（cytoscapemcpserver）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   在 Cytoscape 的 CyREST 服务中开放 MCP 端点，供大模型直接调用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「MCP 服务接口」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MCP 服务接口」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cytoscapemcpserver
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Neo4j 图库连接（cytoscapeneo4jplugin）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   用 Cypher 语句直接查询 Neo4j 图数据库，把结果导入为网络。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「Neo4j 图库连接」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Neo4j 图库连接」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cytoscapeneo4jplugin
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【肿瘤演化树推断（cytron）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   用贝叶斯图模型从基因组数据推断肿瘤克隆演化与系统发育树。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「肿瘤演化树推断」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「肿瘤演化树推断」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cytron
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【疾病通路分析（dapath）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   找出疾病相关基因富集的通路，定位疾病相关的功能模块。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「疾病通路分析」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「疾病通路分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/dapath
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【差异网络计算（diffany）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   计算两个条件下网络的差异，突出变化明显的关系与节点。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「差异网络计算」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「差异网络计算」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/diffany
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【DisGeNET 疾病关联（disgenetapp）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   查询、分析和可视化 DisGeNET 中的基因与疾病关联数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「DisGeNET 疾病关联」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「DisGeNET 疾病关联」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/disgenetapp
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【多样本富集分析（enviz）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   在系统注释背景下，对多个匹配样本数据集做联合富集分析与可视化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「多样本富集分析」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多样本富集分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/enviz
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【远程文件互传（filetransfer）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   为远程 Jupyter Notebook 提供文件系统代理，方便网络文件互传。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「远程文件互传」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「远程文件互传」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/filetransfer
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Excel 文件联动（filewatcher）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   把网络与 Excel 表格关联，表格更新后节点属性自动同步。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「Excel 文件联动」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Excel 文件联动」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/filewatcher
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【果蝇代谢网络可视化（flyscape）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   面向黑腹果蝇的代谢网络可视化，展示代谢物与反应之间的关联。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「果蝇代谢网络可视化」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「果蝇代谢网络可视化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/flyscape
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GenomeSpace 数据互通（genomespace）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   与 GenomeSpace 平台通信，在多个基因组分析工具之间共享数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「GenomeSpace 数据互通」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GenomeSpace 数据互通」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/genomespace
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【时延基因调控网络推断（grncop2）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   用无模型组合优化算法，从全基因组时间序列数据推断带时间延迟的基因调控网络。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「时延基因调控网络推断」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「时延基因调控网络推断」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/grncop2
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【超图模块突变分析（hypermodules）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   结合网络模块与临床数据，分析基因突变和临床表型之间的关联，寻找致病的组合突变。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「超图模块突变分析」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「超图模块突变分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/hypermodules
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【近交系数计算（inbreeding）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   根据交配网络计算所有个体的近交系数与亲缘关系系数，用于育种分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「近交系数计算」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「近交系数计算」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/inbreeding
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【网络信息分析器（informationanalyzer）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   对 Cytoscape 网络的结构与信息特征做统计分析，输出结果辅助解读网络数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「网络信息分析器」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「网络信息分析器」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/informationanalyzer
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【JSON 文件读写（jsonsupport）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   核心应用，支持读写 Cytoscape.js 的 JSON 文件。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「JSON 文件读写」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「JSON 文件读写」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/jsonsupport
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【源与目标节点映射（mapsourceandtarget）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   Cytoscape 核心应用，为边生成源节点与目标节点对应的列，便于按方向筛选和分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「源与目标节点映射」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「源与目标节点映射」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/mapsourceandtarget
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【MORO 模块度稳健性分析（moro）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   分析大规模生物网络中模块度与稳健性的关系，评估模块结构对扰动的容忍程度。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「MORO 模块度稳健性分析」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MORO 模块度稳健性分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/moro
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【非编码 RNA 互作网（ncinetview）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   基于 ncRNA-DB 整合数据库，导入并展示人类非编码 RNA 的相互作用网络。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「非编码 RNA 互作网」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「非编码 RNA 互作网」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/ncinetview
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【IMP 通路可视化（netimp）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   查看 IMP 通路建模结果的可视化工具，把建模结果映射到网络。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「IMP 通路可视化」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「IMP 通路可视化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/netimp
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【网络合并工具（networkmerge）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   核心应用，提供多个网络的合并功能，支持按节点取交集或并集。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「网络合并工具」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「网络合并工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/networkmerge
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【网络信息导出（networksinfowriter）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   把控制面板中所有网络的信息写入 csv 文件，便于统计名称与规模。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「网络信息导出」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「网络信息导出」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/networksinfowriter
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【节点名随机化脱敏（obfuscator）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   把节点名替换为随机名并可去掉原网络名，多网络间对应关系保持一致，便于共享数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「节点名随机化脱敏」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「节点名随机化脱敏」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/obfuscator
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【OpenCL 加速布局（openclprefuselayout）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   核心应用，提供基于 OpenCL 加速的 Prefuse 布局，大网络布局速度更快。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「OpenCL 加速布局」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「OpenCL 加速布局」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/openclprefuselayout
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【基因网络进化分析（orthoscape）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   在基因网络与基因集中分析进化信息，比较不同物种间的同源关系。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「基因网络进化分析」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「基因网络进化分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/orthoscape
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【物理与遗传互作整合分析（pangia）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   整合物理互作与遗传互作数据并可视化，推断基因模块图谱，揭示功能关联。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「物理与遗传互作整合分析」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「物理与遗传互作整合分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/pangia
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【通路活性打分（pathwayscoringapplication）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   评估通路中基因与生物过程的活性，把表达数据转换成可比较的通路活性分数。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「通路活性打分」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「通路活性打分」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/pathwayscoringapplication
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Pathway Studio 导入（pathwaystudioimporter）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   导入 Pathway Studio 输出的关系表 CSV 文件并生成网络。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「Pathway Studio 导入」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Pathway Studio 导入」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/pathwaystudioimporter
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【预测簇整合聚类（pcm）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   汇总 MCL、MCODE 等方法预测的簇并合并相似结果，得到更可靠的蛋白复合物。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「预测簇整合聚类」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「预测簇整合聚类」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/pcm
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Petri 网仿真（petriscape）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   对 Petri 网执行离散仿真，并可把 SBML 模型转换为 Petri 网形式。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「Petri 网仿真」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Petri 网仿真」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/petriscape
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【噬菌体组合筛选（phagecocktail）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   针对指定的目标细菌寻找裂解效果最佳的噬菌体组合，辅助噬菌体疗法设计。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「噬菌体组合筛选」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「噬菌体组合筛选」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/phagecocktail
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GO 候选基因筛选（pingo）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   按用户指定的目标 GO 术语，在网络中筛选可能具备相应功能的候选基因。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「GO 候选基因筛选」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GO 候选基因筛选」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/pingo
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【网络传播基因排序（propagate）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   在网络上做传播扩散（Vanunu 等提出的变体），把疾病信号扩散到全网以给基因排序。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「网络传播基因排序」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「网络传播基因排序」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/propagate
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【蛋白组数据可视化（proteovisualizer）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   对质谱蛋白质组数据做功能分析，从蛋白分组一路构建到功能网络。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「蛋白组数据可视化」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「蛋白组数据可视化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/proteovisualizer
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【PSICQUIC 服务客户端（psicquicwebserviceclient）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   核心应用，支持查询 PSICQUIC 网络服务并导入蛋白质相互作用数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「PSICQUIC 服务客户端」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「PSICQUIC 服务客户端」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/psicquicwebserviceclient
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【PSI-MI 文件读取（psimireader）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   Cytoscape 核心应用，提供 PSI-MI 标准分子相互作用文件的读取支持。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「PSI-MI 文件读取」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「PSI-MI 文件读取」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/psimireader
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【SAP HANA 图数据对接（saphanapluginforcytoscape）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   连接 Cytoscape 与 SAP HANA，导入导出并可视化其中存储的图数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「SAP HANA 图数据对接」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「SAP HANA 图数据对接」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/saphanapluginforcytoscape
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【SBML 文件读取（sbmlreader）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   核心应用，支持在 Cytoscape 中读取 SBML 格式的模型文件。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「SBML 文件读取」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「SBML 文件读取」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/sbmlreader
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【网络坐标标尺（scalebar）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   在当前网络视图上叠加坐标标尺，便于按实际尺度标注和排版网络图。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「网络坐标标尺」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「网络坐标标尺」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/scalebar
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【期刊投稿网络准备（sciencedirect）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   按期刊互动网络查看器的要求整理网络数据，方便投稿时一并提交。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「期刊投稿网络准备」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「期刊投稿网络准备」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/sciencedirect
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【SIGNOR 因果互作导入（signorapp）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   接入 SIGNOR 资源中带因果方向与效应的互作数据，构建信号网络并支持布尔建模。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「SIGNOR 因果互作导入」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「SIGNOR 因果互作导入」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/signorapp
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【SIREN 调控网络定向（siren）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   为调控网络推断连边的方向与符号，判断基因间的激活或抑制关系。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「SIREN 调控网络定向」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「SIREN 调控网络定向」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/siren
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【短线性基序分析（slimscape）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   蛋白质短线性基序分析插件，用 QSLiMFinder 在互作网络中寻找基序介导的结合。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「短线性基序分析」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「短线性基序分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/slimscape
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【病毒组合优选（socialviruses）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   在病毒互作网络里筛选宿主范围与毒力最优的病毒组合，减少冗余与相互拮抗。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「病毒组合优选」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「病毒组合优选」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/socialviruses
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【节点属性联网直查（webbymcsearch）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   把选中节点的属性直接提交到 Google、PubMed 等搜索引擎查询。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「节点属性联网直查」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「节点属性联网直查」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/webbymcsearch
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【欢迎界面（welcomescreen）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   Cytoscape 核心应用，提供启动时的欢迎界面，快速打开示例网络和常用功能。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「欢迎界面」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「欢迎界面」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/welcomescreen
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【WikiData 网络浏览（wikidatascape）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   在 Cytoscape 中浏览 WikiData 数据，并完成实体 ID 的映射。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「WikiData 网络浏览」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「WikiData 网络浏览」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/wikidatascape
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【ANIMO 网络动态建模（animo）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   交互式构建生物网络模型，并把模拟出的动态行为与实验数据对比。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「ANIMO 网络动态建模」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ANIMO 网络动态建模」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/animo
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【疾病基因关联预测（autohgpec）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   自动预测新的疾病-基因和疾病-疾病关联，并汇总相关生物医学证据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「疾病基因关联预测」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「疾病基因关联预测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/autohgpec
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【边界约束力导向布局（boundarylayout）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   在自定义边界约束下做力导向布局，让节点按指定区域聚集分布。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「边界约束力导向布局」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「边界约束力导向布局」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/boundarylayout
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【CausalPath 结果可视化（causalpathcytoscapeapp）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   把 CausalPath 的因果通路分析结果导入并可视化为网络。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「CausalPath 结果可视化」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CausalPath 结果可视化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/causalpathcytoscapeapp
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【NCBI 保守域注释（cddapp）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   连接 NCBI 保守域数据库，为蛋白节点添加结构域功能注释。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「NCBI 保守域注释」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「NCBI 保守域注释」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cddapp
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【上下文枢纽识别（chat）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   结合表达数据识别生物学网络中上下文相关的枢纽节点。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「上下文枢纽识别」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「上下文枢纽识别」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/chat
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【ClueGO 功能富集网络（cluego）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   对基因列表做功能富集，生成按功能分组的术语与通路关系网络。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「ClueGO 功能富集网络」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ClueGO 功能富集网络」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cluego
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【clusterMaker2 多算法聚类（clustermaker2）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   提供多种聚类算法，对节点或表达数据分群并生成簇属性。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「clusterMaker2 多算法聚类」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「clusterMaker2 多算法聚类」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/clustermaker2
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【坐标定位布局（coordinateslayout）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   按预设二维坐标（如 GPS 经纬度）摆布节点，还原真实空间位置。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「坐标定位布局」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「坐标定位布局」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/coordinateslayout
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【布局克隆复制（copycatlayout）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   按节点列值做映射，把一个网络视图的布局克隆到另一个网络。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「布局克隆复制」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「布局克隆复制」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/copycatlayout
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Cy3D 三维渲染（cy3d）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   以三维方式渲染网络，可从任意视角观察网络的立体结构。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「Cy3D 三维渲染」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Cy3D 三维渲染」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cy3d
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【cy3sbml 模型可视化（cy3sbml）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   导入并可视化 SBML 系统生物学标记语言模型，查看反应网络。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「cy3sbml 模型可视化」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「cy3sbml 模型可视化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cy3sbml
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【网络动画制作（cyanimator）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   用关键帧方式制作网络动画，展示结构和属性随时间的变化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「网络动画制作」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「网络动画制作」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cyanimator
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【内置网页浏览器（cybrowser）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   在 Cytoscape 内嵌入 HTML 浏览器窗口，边分析边查阅在线资料。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「内置网页浏览器」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「内置网页浏览器」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cybrowser
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【交互式筛选图表（cychart）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   通过交互式图表定义筛选条件，快速圈出符合要求的节点子集。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「交互式筛选图表」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「交互式筛选图表」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cychart
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【时间序列数据扩展（cydataseries）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   为网络节点附加时间序列等有序数据，便于观察动态变化趋势。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「时间序列数据扩展」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「时间序列数据扩展」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cydataseries
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【CyFinder 子网发现（cyfinder）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   在大型网络中检索特定类型的子网，用于癌症等疾病数据分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「CyFinder 子网发现」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CyFinder 子网发现」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cyfinder
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【子图同构枚举（cyisomorphism）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   枚举网络中所有可能的子图同构匹配，用于结构比对与模式查找。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「子图同构枚举」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「子图同构枚举」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cyisomorphism
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【网络小倍数对比（cylineup）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   以小型多图并排展示多个网络，便于横向比较不同条件下的差异。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「网络小倍数对比」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「网络小倍数对比」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cylineup
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【miRNA 基因相关网络（cymircnv）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   构建并可视化 miRNA 与基因的相关性网络，分析拷贝数变异的影响。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「miRNA 基因相关网络」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「miRNA 基因相关网络」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cymircnv
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【数据图表绘制（cyplot）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   在 Cytoscape 中绘制数据图表，直观呈现节点与网络的数值分布。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「数据图表绘制」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「数据图表绘制」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cyplot
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【生成树与 TSP 计算（cyspanningtree）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   计算网络的生成树，并提供求解旅行商问题的 MST 启发式方法。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「生成树与 TSP 计算」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「生成树与 TSP 计算」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cyspanningtree
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【外部程序挂载（cytostructexternalapplicationhooking）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   为节点或边关联并启动外部程序，例如三维结构或序列查看器。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「外部程序挂载」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「外部程序挂载」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cytostructexternalapplicationhooking
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【信号转导通路查找（cytransfinder）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   在网络中检索信号转导通路，帮助定位上下游传导关系。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「信号转导通路查找」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「信号转导通路查找」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/cytransfinder
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【D3.js 数据导出（d3jsexporter）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   把网络与属性表格导出为 D3.js 可用数据，制作定制可视化图表。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「D3.js 数据导出」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「D3.js 数据导出」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/d3jsexporter
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【DeDaL 数据驱动布局（dedal）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   用 PCA 等数据驱动方式布局网络，支持网络比对与形变过渡。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「DeDaL 数据驱动布局」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「DeDaL 数据驱动布局」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/dedal
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【网络传播扩展（diffusion）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   用网络传播算法扩展选中的节点，找出潜在相关的基因集合。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「网络传播扩展」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「网络传播扩展」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/diffusion
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Graphviz 文件互转（dotapp）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   导入导出 Graphviz DOT 文件，与其他图分析工具互通。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「Graphviz 文件互转」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Graphviz 文件互转」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/dotapp
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【动态差异网络分析（dyndiffnet）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   构建、分析和可视化动态差异网络，追踪不同条件下的网络变化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「动态差异网络分析」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「动态差异网络分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/dyndiffnet
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【网络重连节点识别（dynet）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   比较两个及以上网络，找出连接关系变化最大的重连节点。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「网络重连节点识别」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「网络重连节点识别」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/dynet
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【动态网络查看器（dynetviewer）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   构建、分析并可视化随时间变化的动态网络，观察结构演化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「动态网络查看器」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「动态网络查看器」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/dynetviewer
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【动态网络可视化（dynnetwork）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   按时间轴展示网络演化，动态播放节点与边的变化过程。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「动态网络可视化」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「动态网络可视化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/dynnetwork
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【EClerize 力导向布局（eclerize）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   针对带 EC 属性的生物网络，提供定制的力导向图绘制算法。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「EClerize 力导向布局」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「EClerize 力导向布局」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/eclerize
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【图表与渐变映射（enhancedgraphics）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   为节点映射饼图、条形图与渐变填充，把多个属性值直接画在节点上。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「图表与渐变映射」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「图表与渐变映射」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/enhancedgraphics
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【相对熵优化布局（entoptlayout）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   以相对熵优化为目标计算布局，让节点分布更贴合网络的连通结构。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「相对熵优化布局」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「相对熵优化布局」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/entoptlayout
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【模块集合轮廓标注（examine）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   在节点-连线布局上用轮廓线标出节点所属集合，直观显示模块归属。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「模块集合轮廓标注」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「模块集合轮廓标注」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/examine
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【FunCoup 网络导入（funcoup）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   从 FunCoup 数据库导入功能关联网络，并直接在 Cytoscape 中分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「FunCoup 网络导入」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「FunCoup 网络导入」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/funcoup
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GEXF 格式导入（gexfapp）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   导入 GEXF 图交换 XML 格式的数据文件，直接在 Cytoscape 中打开。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「GEXF 格式导入」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GEXF 格式导入」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/gexfapp
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GO 功能布局器（golorize）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   按 GO 功能分类驱动网络布局，让功能相近的节点聚拢，突出节点的生物学功能归属。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「GO 功能布局器」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GO 功能布局器」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/golorize
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【疾病基因关联预测（hgpec）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   整合多组学数据预测新的疾病-基因与疾病-疾病关联，并提供网络和排序可视化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「疾病基因关联预测」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「疾病基因关联预测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/hgpec
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【节点标注高亮（highlighter）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   按自定义节点注释批量高亮和选中节点，快速定位同一类属性的元素。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「节点标注高亮」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「节点标注高亮」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/highlighter
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【IDARE 多组学可视化（idare）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   面向多组学数据的可视化与通量分析，把多层组学结果映射到同一网络展示。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「IDARE 多组学可视化」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「IDARE 多组学可视化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/idare
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【原位表达共表达网（insitunet）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   按空间共表达关系分析原位基因表达数据，观察基因在组织切片中的分布模式。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「原位表达共表达网」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「原位表达共表达网」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/insitunet
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【分子互作网络导入（intactapp）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   从 IntAct 数据库直接导入分子相互作用数据，一键构建互作网络并查看全部细节。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「分子互作网络导入」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分子互作网络导入」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/intactapp
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【KEGG 通路可视化（keggscape）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   读取 KEGG XML（KGML）文件并可视化通路，把组学数据叠加到 KEGG 图上。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「KEGG 通路可视化」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「KEGG 通路可视化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/keggscape
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【关键通路挖掘（keypathwayminer）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   在组学数据中检测高连通子网络，锁定大部分基因表达行为相似的关键通路。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「关键通路挖掘」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「关键通路挖掘」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/keypathwayminer
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【布局位置迁移（layoutsaver）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   按选定列匹配节点，把一个网络的节点 X、Y 位置迁移到另一个网络，让布局保持一致。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「布局位置迁移」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「布局位置迁移」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/layoutsaver
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【图例生成（legendcreator）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   为离散映射与连续映射生成图例并添加到图上，方便解读配色含义。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「图例生成」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「图例生成」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/legendcreator
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【MetaNetter 2 代谢网（metanetter2）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   从高分辨质谱数据自动构建代谢物加合物与转化网络，并生成跨样本对照表。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「MetaNetter 2 代谢网」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MetaNetter 2 代谢网」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/metanetter2
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【MetScape 代谢通路（metscape）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   把人类、小鼠、大鼠的代谢组与表达数据映射到人类代谢网络并做通路分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「MetScape 代谢通路」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MetScape 代谢通路」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/metscape
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【微生物组网络注释（mgg）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   运行 microbetag 流程并对注释后的微生物网络做可视化，辅助微生物组功能分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「微生物组网络注释」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「微生物组网络注释」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/mgg
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【复杂网络层次聚类（msclustering）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   对复杂网络做高效的层次聚类与系统发育分析，快速划分簇并展示聚类树。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「复杂网络层次聚类」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「复杂网络层次聚类」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/msclustering
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【近团挖掘找功能模块（ncmine）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   用近团挖掘算法在基因网络中寻找功能模块，识别彼此紧密关联的基因集合。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「近团挖掘找功能模块」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「近团挖掘找功能模块」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/ncmine
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【多组学数据映射（omicsvisualizer）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   为同一节点导入并可视化多组数据，用环图与饼图展示多来源信息。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「多组学数据映射」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多组学数据映射」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/omicsvisualizer
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【通路小分子作用模拟（pathinsight）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   用 SBGN 表示通路并模拟小分子结合带来的影响，直观展示药物在通路中的作用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「通路小分子作用模拟」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「通路小分子作用模拟」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/pathinsight
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Petri网建模与仿真（petrinetimplementationforcytoscape）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   在 Cytoscape 中创建、载入、导出并仿真 Petri 网，用于刻画网络的动态过程。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「Petri网建模与仿真」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Petri网建模与仿真」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/petrinetimplementationforcytoscape
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【磷酸化蛋白组分析（phosphopath）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   定量蛋白质组与磷酸化蛋白质组数据的可视化分析，追踪磷酸化位点变化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「磷酸化蛋白组分析」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「磷酸化蛋白组分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/phosphopath
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【组织特异蛋白互作整合（pina4ms）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   整合组织特异性蛋白表达与互作数据，找出与功能和疾病相关的关键基因。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「组织特异蛋白互作整合」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「组织特异蛋白互作整合」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/pina4ms
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【多边形分类布局（polylayout）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   按节点列中的类别把节点沿正多边形排布，直观区分不同分组。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「多边形分类布局」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多边形分类布局」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/polylayout
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【PTM 与 PPI 联合分析（ptmoracle）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   把翻译后修饰数据与蛋白互作数据放在一起共可视化、共分析，揭示调控关系。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「PTM 与 PPI 联合分析」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「PTM 与 PPI 联合分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/ptmoracle
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Rene 通路增强（rene）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   在标准 KEGG/Reactome 通路上补充调控关系，丰富通路图的调控信息。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「Rene 通路增强」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Rene 通路增强」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/rene
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【数据知识网络可视分析（renodoi）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   面向数据与知识融合网络的视觉分析，帮助在同一视图中探索证据与结论的关系。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「数据知识网络可视分析」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「数据知识网络可视分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/renodoi
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【残基互作网络分析（rinalyzer）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   分析与可视化蛋白质残基相互作用网络（RIN），支持中心性等指标计算。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「残基互作网络分析」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「残基互作网络分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/rinalyzer
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【调控网络分析器（rna）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   生成并分析调控网络与状态转移网络，计算熵等信息量指标。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「调控网络分析器」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「调控网络分析器」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/rna
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【疾病相关miRNA预测（rwrmtn）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   基于 miRNA-靶基因网络做带重启的随机游走，预测与疾病相关的 microRNA。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「疾病相关miRNA预测」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「疾病相关miRNA预测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/rwrmtn
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【SAFE 空间富集分析（safe）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   结合网络结构做功能富集分析，把富集结果对应到网络的特定区域。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「SAFE 空间富集分析」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「SAFE 空间富集分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/safe
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【群落代谢模型可视化（scynet）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   可视化群落代谢模型，展示不同微生物之间代谢物的交换与依赖关系。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「群落代谢模型可视化」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「群落代谢模型可视化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/scynet
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【SDP 模型构建（sdpmodelbuilder）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   对接 Selventa 开发平台，导入模型数据并做基因表达可视化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「SDP 模型构建」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「SDP 模型构建」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/sdpmodelbuilder
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【语义数据景观可视化（semscape）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   用交互式方式可视化语义数据景观，支持检索并呈现数据之间的语义关联。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「语义数据景观可视化」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「语义数据景观可视化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/semscape
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【节点边集合管理（setsapp）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   保存并操作网络中的节点与边集合，方便分组筛选、批量处理和复用选择结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「节点边集合管理」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「节点边集合管理」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/setsapp
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【合著网络构建（socialnetworkapp）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   以作者为节点、论文为连边构建网络，展示研究者之间的合作与发表关系。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「合著网络构建」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「合著网络构建」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/socialnetworkapp
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【STRING 数据导入（stringapp）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   从 STRING 数据库导入蛋白质互作网络，并为节点补充功能注释信息。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「STRING 数据导入」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「STRING 数据导入」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/stringapp
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【时序网络聚类（ticone）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   面向时间序列数据的交互式聚类方法，结合网络富集发现时序表达模式。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「时序网络聚类」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「时序网络聚类」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/ticone
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【TieDIE 关联扩散分析（tiedie）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   通过关联扩散把基因组改变与表达变化连接起来，找出驱动疾病的关键子网络。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「TieDIE 关联扩散分析」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「TieDIE 关联扩散分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/tiedie
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【变异数据网络整合（variation）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   把变异位点及其功能后果数据整合到生物网络上，直观查看变异对基因功能的影响。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「变异数据网络整合」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「变异数据网络整合」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/variation
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Venn 与 Euler 图（vennandeulerdiagrams）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   同时比较两个以上的分组，用 Venn 或 Euler 图展示交集与特有部分。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「Venn 与 Euler 图」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Venn 与 Euler 图」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/vennandeulerdiagrams
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Vital AI 图可视化（vitalaigraphvisualization）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   借助 Vital AI 软件连接数据库、服务器与 Hadoop/Spark，可视化大规模图数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「Vital AI 图可视化」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Vital AI 图可视化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/vitalaigraphvisualization
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【序列自相似图谱（wormplot）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   把序列自相似比对结果绘成有向图，直观查看重复与相似区域。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「序列自相似图谱」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「序列自相似图谱」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/wormplot
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【交联质谱残基连接（xlinkcynet）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   把 XL-MS 交联质谱数据映射到蛋白互作网络，生成残基到残基的连接并三维查看。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「交联质谱残基连接」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「交联质谱残基连接」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/xlinkcynet
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【yFiles 布局算法（yfileslayoutalgorithms）安装教程】—— Cytoscape

■ 前置条件
   · 已安装 Cytoscape 3.9 或 3.10（新版 Cytoscape 4 的 App 不通用）。

■ 本 App 是什么
   提供 yFiles 系列的高精度布局算法，用于排列复杂的网络图形。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Java 插件包（.jar）。
   · .jar 是 App 本体，请直接使用，不要解压。

■ 安装步骤
   1. 打开 Cytoscape。
   2. 菜单 Apps → App Manager（应用管理器）。
   3. 点「Install from File（从文件安装）」，选择本目录的 .jar。
   4. 安装完成后在 Installed Apps 里确认「yFiles 布局算法」已启用。
   5. Apps 菜单里即可找到该功能。

■ 常见问题
   · 安装卡住或报错：先卸载旧版本（App Manager → Uninstall），再重新安装。
   · 需要 Java：Cytoscape 自带的 Java 即可，不要替换系统 Java。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「yFiles 布局算法」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://apps.cytoscape.org/apps/yfileslayoutalgorithms
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。