UCSF ChimeraX 插件合集（共 73 个）

【加氢工具（chimeraxaddh）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   AddH 为 ChimeraX 增加自动加氢能力，可按几何与质子化状态为蛋白质、配体及其他非标准残基补全氢原子，使结构更接近真实化学环境，便于后续做氢键分析、静电计算或分子力学模拟。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「加氢工具」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「加氢工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxaddh
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【金属与水结合位点预测（chimeraxallmetal3d）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   AllMetal3D 用三维卷积神经网络预测蛋白质中可能结合金属离子的位置，并给出可能的水分子分布（Water3D）。可对整条链或选定区域给出预测，帮助判断结构中金属结合位点是否合理、是否需要补建配体，适合结构解析与功能分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「金属与水结合位点预测」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「金属与水结合位点预测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxallmetal3d
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【淀粉样纤维建模器（chimeraxamyloidmodifier）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   AmyloidModifier 面向淀粉样纤维模型的结构生物学与冷冻电镜研究者：自动识别原纤维与横向层状排布，批量修正断裂的链编号、修剪参差的纤维末端，并生成分子动力学或 ISOLDE 精修所需的约束，把繁琐的手工整理集中到一个图形界面完成。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「淀粉样纤维建模器」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「淀粉样纤维建模器」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxamyloidmodifier
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【冷冻断层粒子列表编辑器（chimeraxartiax）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   ArtiaX 用于冷冻电子断层数据的可视化与处理，可把粒子列表叠加显示在断层图上并依据元数据着色与筛选。支持 Artiatomi/AV3/TOM、RELION STAR、Dynamo、IMOD/PEET 等格式，提供粒子拾取、取向显示、等值面呈现与基于元数据的着色渲染。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「冷冻断层粒子列表编辑器」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「冷冻断层粒子列表编辑器」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxartiax
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【糖类分子可视化（chimeraxcarbvis）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   CarbVis 为 ChimeraX 增加糖类分子专用的可视化方式，按糖化学的习惯呈现单糖、糖苷键与糖链走向，便于在糖蛋白或蛋白-糖复合物模型中观察糖基化位点与糖链构象。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「糖类分子可视化」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「糖类分子可视化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxcarbvis
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【蛋白结构分析图形界面（chimeraxchopchopmf）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   ChopChopMF 为 ChimeraX 增加直观的图形界面，把常用的蛋白结构分析与比较操作变成点击式流程，让不熟悉命令语法的新手也能快速上手，同时把重复的分析步骤固定下来，使研究者能更专注于结果本身。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「蛋白结构分析图形界面」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「蛋白结构分析图形界面」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxchopchopmf
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【纤毛与中心粒建模（chimeraxciliabuilder）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   CiliaBuilder 在 ChimeraX 中构建并可视化纤毛与中心粒的三维结构模型，可按理论模型搭建微管二联体、三联体等架构，支持直纤毛、弯曲纤毛、正弦形纤毛、带顶端纤毛、初级纤毛以及带车轮结构的中心粒等多种几何形式。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「纤毛与中心粒建模」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「纤毛与中心粒建模」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxciliabuilder
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【环形接触图绘制（chimeraxcircoscontacts）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   CircosContacts 用 ChimeraX 的 contacts 命令语法对全部或选定结构计算残基接触，并绘制成可编辑的 Circos 环形图：可汇总 AlphaFold 或实验结构集合中反复出现的相互作用，对蛋白-DNA 组装做专门处理，并在交互式浏览器中调整阈值、链序与着色。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「环形接触图绘制」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「环形接触图绘制」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxcircoscontacts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【晶体学密度图支持（chimeraxclipper）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   Clipper 基于 Kevin Cowtan 的 Clipper 库，为 ChimeraX 增加晶体学倒易空间密度图与晶体对称性支持：可读取 MTZ、CIF 的反射数据或预计算图，由 F/sigF、I/sigI 数据计算密度图，并在坐标变化时并行后台重算结构因子与密度图。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「晶体学密度图支持」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「晶体学密度图支持」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxclipper
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【智能命令行界面（chimeraxclix）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   CliX 是 ChimeraX 的增强型命令行界面，提供语法高亮、命令与关键字补全、文件路径与模型链号补全、历史命令内联提示、多行执行、命令帮助浮窗以及动作与最近文件的快速搜索，并可整体替换内置命令行，显著提升输入效率。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「智能命令行界面」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「智能命令行界面」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxclix
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【命令面板（chimeraxcommandpalette）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   Command Palette 提供一个可检索全部 ChimeraX 命令的面板部件，输入关键词即可定位并执行命令，也可以把面板绑定到功能键（例如 F2）实现一键呼出，适合记不住命令拼写或需要快速查找功能的用户。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「命令面板」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「命令面板」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxcommandpalette
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【冷冻断层协同标注（chimeraxcopick）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   ChimeraX-Copick 把 ChimeraX 变成面向 copick 管理的冷冻电镜断层数据标注环境：可按缩略图画廊浏览数据集，以任意分辨率载入断层图，创建和编辑粒子拾取、网格与分割结果，数据保存在可共享的 copick 项目中，兼容本地文件与远程存储。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「冷冻断层协同标注」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「冷冻断层协同标注」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxcopick
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【冷冻电镜抗体识别（chimeraxcrai）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   CrAI 自动预测抗体片段（Fv 或纳米抗体）在冷冻电镜密度图中的位置与取向，以位移模板的方式给出预测结构，之后还可与实验结果叠合比对。适合在解析免疫复合物时快速判断抗体的结合方式，也可用于验证已有的建模结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「冷冻电镜抗体识别」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「冷冻电镜抗体识别」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxcrai
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【冷冻电镜结构预测客户端（chimeraxcryozeta）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   CryoZeta 是 ChimeraX 与 Kihara 实验室冷冻电镜结构预测服务器的对接插件：本地只需载入 mrc 或 map 密度图并粘贴蛋白、DNA、RNA 序列，即可远程提交预测任务，无需本机安装 GPU 版预测程序，任务结果可直接回到 ChimeraX 中查看与分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「冷冻电镜结构预测客户端」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「冷冻电镜结构预测客户端」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxcryozeta
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【立方体圆柱体擦除（chimeraxcubentube）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   Cube'n Tube 扩展 ChimeraX 内置的密度图擦除功能，新增立方体、圆柱（圆台）与自定义体积蒙版三种交互形状，并提供随阈值实时更新的去噪擦除。所有擦除形状（含内置球形擦除）都支持 Ctrl+Z 单步撤销与重做，方便反复试错修剪密度图。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「立方体圆柱体擦除」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「立方体圆柱体擦除」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxcubentube
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Cytoscape 网络联动（chimeraxcytoscape）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   该 bundle 为 ChimeraX 提供与 Cytoscape 的 structureVizX 应用对接的接口，在三维结构可视化与网络分析之间建立联系，可把网络节点与结构中的残基相互对应，便于把互作网络与结构信息放在一起解释。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「Cytoscape 网络联动」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Cytoscape 网络联动」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxcytoscape
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【DAQ 局部质量评分（chimeraxdaqplugin）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   DAQplugin 用于计算、可视化与导出蛋白质模型在冷冻电镜密度图中的 DAQ 分数。DAQ 是基于深度学习的氨基酸级局部质量评分，可发现氨基酸指派错误与局部建模缺陷。插件同时提供图形界面与命令，结果可按残基着色显示在结构上。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「DAQ 局部质量评分」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「DAQ 局部质量评分」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxdaqplugin
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【侧链旋转异构体修正（chimeraxdaqrotfix）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   DaQRotFix 借助实验密度图与 ISOLDE 修正蛋白质侧链旋转异构体异常：先用 ISOLDE 验证找出离群残基，再按出现频率依次尝试标准旋转异构体，运行局部 ISOLDE 柔性拟合，保持主链原子受约束而只放开侧链，最终接受能改善局部拟合的构象。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「侧链旋转异构体修正」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「侧链旋转异构体修正」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxdaqrotfix
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【未安装包调试工具（chimeraxdevelextras）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   DevelExtras 面向 bundle 开发者，提供在 ChimeraX 中直接使用尚未安装的 bundle 的命令与工具：可从文件夹路径加载 bundle、注册模块、重载 Python 模块及其子模块，并打开未安装 bundle 中的工具界面，便于边开发边调试。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「未安装包调试工具」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「未安装包调试工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxdevelextras
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【密度图自动对齐（chimeraxemalign）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   EMalign 为 ChimeraX 实现 EMalign 算法，可直接对齐两张三维密度图，利用投影图像之间的公共线自动处理旋转、镜像与平移。支持设置降采样网格、投影数量与掩膜参数，适合大体积密度图的自动对齐，运算可能需要数分钟。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「密度图自动对齐」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「密度图自动对齐」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxemalign
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【疏水性去湿能映射（chimeraxfasthydromap）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   FastHydroMap 从打开的蛋白质结构直接预测残基级的去湿自由能 Fdewet 与学习得到的水结构主成分，结果保存为残基属性，可映射到原子、卡通与分子表面并配调色板显示。与序列疏水性标度不同，Fdewet 会随残基的三维环境变化，更适合分析疏水界面。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「疏水性去湿能映射」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「疏水性去湿能映射」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxfasthydromap
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【出图样式模板（chimeraxfigurestyle）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   FigureStyle 把反复书写的灯光、背景、卡通样式与导出命令变成可复用的命名模板：定义好光照、按二级结构区分的卡通风格、着色方案（含 AlphaFold pLDDT）与导出参数后保存成名字，之后可在任意结构上一键套用，图形界面与命令行均可调用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「出图样式模板」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「出图样式模板」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxfigurestyle
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【手柄控制支持（chimeraxgamepad）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   Gamepad 让手柄或控制器可以操作 ChimeraX 的三维视图与模型：用模拟摇杆和扳机平移、旋转、缩放视角，移动或旋转选中的模型，并可把任意按键映射为 ChimeraX 命令，还支持灵敏度与死区设置，适合配合空间显示设备或录制动画时使用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「手柄控制支持」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「手柄控制支持」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxgamepad
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【三维基因组模型工具（chimeraxgenometools）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   Genome Tools 提供处理三维基因组模型的工具集，用于读取和操作以 CMM 格式保存的染色质模型：模型中的珠子需带有 chrID 与 beadID 两个属性，插件可据此按染色体或基因组区段选择、着色，并比较不同模型或细胞状态下的排布。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「三维基因组模型工具」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「三维基因组模型工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxgenometools
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【几何引导粒子拾取（chimeraxgeopickr）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   Geopickr 把子断层平均的粒子拾取流程整合进一个多标签页的 ChimeraX 工具：可在断层图上标记球心与管状、丝状轴线，按几何方式在球面、管、丝或任意表面网格上均匀采样粒子的位置与取向，生成 TOM/AV3 动基列表，也可显示与编辑已有动基。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「几何引导粒子拾取」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「几何引导粒子拾取」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxgeopickr
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【二十面体网格绘制（chimeraxhkcage）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   HKCage 提供更新版的 hkcage 命令，用于绘制二十面体网格，以六边形、五边形、正方形与三角形展示病毒衣壳中蛋白亚基的排布规律，便于分析衣壳的准等价结构与不同 T 数衣壳的组装方式。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「二十面体网格绘制」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「二十面体网格绘制」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxhkcage
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【密度图自动刷新浏览器（chimeraxinstantmap）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   InstantMap 是面向单颗粒分析与子断层平均的 MRC 与 CryoSPARC 文件浏览器：自动监视输出目录并在新迭代结果产生时刷新列表，支持一键打开 mrc、mrcs、map 及压缩文件，识别 CryoSPARC 项目与任务目录，追踪 RELION 任务谱系，并可通过 SSH 访问远程集群。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「密度图自动刷新浏览器」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「密度图自动刷新浏览器」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxinstantmap
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【交互式结构精修（chimeraxisolde）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   ISOLDE 基于交互式分子动力学柔性拟合，在晶体学或电镜密度图中交互建模与实空间精修结构，可实时拖动原子并让周围结构随密度调整。面向学术与非营利使用免费，商业使用需另行获取许可。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「交互式结构精修」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「交互式结构精修」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxisolde
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【蛋白-RNA 冷冻电镜精修（chimeraxkurwenal）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   Kurwenal 面向冷冻电镜蛋白-RNA 模型提供顺序化的精修流程：输入与缺口填补、重新编号、序列校正、删除小链、模型准备、冲突解决、顺式肽优化与拉氏图优化。前四步只需原子模型与序列比对，后续步骤需要密度图以及 Clipper、ISOLDE 等 bundle 支持。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「蛋白-RNA 冷冻电镜精修」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「蛋白-RNA 冷冻电镜精修」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxkurwenal
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【LAMMPS 轨迹导入（chimeraxlammps）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   该 bundle 为 ChimeraX 增加对 LAMMPS 数据与轨迹文件的读取支持，可直接打开 data 与 dump 文件（含 gz 压缩）查看原子构型与分子动力学演化过程。注意只有 ChimeraX 1.9 及更早版本需要安装此包，更新版本已内置该格式支持。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「LAMMPS 轨迹导入」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「LAMMPS 轨迹导入」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxlammps
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Leap Motion 手势控制（chimeraxleapmotion）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   该 bundle 增加 leapmotion 命令，把手势跟踪设备 Leap Motion 接入 ChimeraX 的鼠标模式与 VR 模式，用手部的位置与朝向控制结构和视角。由于最新的 LeapC 库只支持 Windows，该功能也仅在 Windows 上可用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「Leap Motion 手势控制」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Leap Motion 手势控制」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxleapmotion
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【配体识别（chimeraxligandrecognizer）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   LigandRecognizer 依据深度学习模型识别冷冻电镜与 X 射线图中的配体类型：在载入部分结构模型与差值密度图后，把预处理过的图区片段提交到服务器预测配体种类，用于确认残差图中未建模的密度属于何种小分子配体。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「配体识别」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「配体识别」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxligandrecognizer
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【胶束密度分割与隐藏（chimeraxlocscalesurfer）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   SURFER 用于在冷冻电镜图中分割膜、胶束或纳米盘的密度并将其隐藏，让注意力回到蛋白本身。它最初面向同时使用 LocScale 命令行程序生成的密度图，但分割流程也可作用于未过滤的半图，并把结果从任意已对齐的后处理图上减除。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「胶束密度分割与隐藏」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「胶束密度分割与隐藏」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxlocscalesurfer
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【链邻近密度掩膜（chimeraxmaskchains）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   maskChains 增加同名命令，可生成只保留与目标蛋白链距离更近的体素掩膜：靠近目标链的体素（包括主链、侧链及周围非蛋白部分）被保留，靠近其他链的体素被掩去，比只能按固定距离截取的 Surface Zone 更适合处理多链复合物。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「链邻近密度掩膜」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「链邻近密度掩膜」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxmaskchains
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【分子动力学轨迹平滑（chimeraxmdsmooth）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   MDSmooth 把含热噪声的分子动力学轨迹转换成表现真实构象运动的的平滑形变动画：从轨迹提取 RMSD、PC1、tICA 慢分量或二面角主成分等一维信号并低通滤波，只在运动转向处保留帧，再用 ChimeraX 的插值引擎生成影片，也可按亚稳态逐帧巡视。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「分子动力学轨迹平滑」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分子动力学轨迹平滑」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxmdsmooth
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【医学影像格式支持（chimeraxmedicalimaging）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   MedicalImaging 为 ChimeraX 增加 DICOM、NIfTI 与 NRRD 医学影像格式的读写能力：可读取单个 dcm 文件或包含多序列的目录，读写 nii、nii.gz 与 nrrd 体数据。内置 DICOM 浏览器可查看患者、检查与序列信息，还可从美国癌症影像档案库下载公开数据集。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「医学影像格式支持」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「医学影像格式支持」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxmedicalimaging
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【水与离子位点分类（chimeraxmic）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   MIC（度量离子分类）是基于机器学习的水与离子位点分类工具，用于判定 X 射线晶体学与冷冻电镜图中的水分子与离子位点并给出置信度。插件同时提供命令行与图形界面，自动做晶体对称展开以提高准确性，并把对称展开后的接触单独显示为一个模型。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「水与离子位点分类」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「水与离子位点分类」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxmic
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【蛋白界面分析与出图（chimeraxmolcompose）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   MolCompose 用于蛋白质相互作用界面的分析与作图：计算界面残基、埋藏表面积与化学相互作用，汇总 PRODIGY 亲和力、预测置信度与 DockQ 等指标，导入 Pythia-PPI 的 ddG、MM/PBSA 能量分解与 GROMACS RMSF 结果，并提供可视化预设与一键生成发表级图件。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「蛋白界面分析与出图」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「蛋白界面分析与出图」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxmolcompose
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【曲面量化着色（chimeraxmorphometricsx）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   MorphometricsX 可打开 surface_morphometrics 与 pycurv 生成的量化表面网格（vtp），在 ChimeraX 中交互查看量化结果：按曲率、形状指数、弯曲度、厚度或膜间距离着色，支持实时调色板、数值范围调整、拖动直方图、伽马与对数缩放、透明度与色标图例。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「曲面量化着色」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「曲面量化着色」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxmorphometricsx
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【3D 打印预设（chimeraxnihpresets）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   NIHPresets 为 ChimeraX 增加一组便于三维打印的预设，可快速得到适合建模软件或切片处理使用的表示方式。需要注意这些预设是破坏性的，会自动删除溶剂分子，使用前请确认当前会话无需保留水分子。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「3D 打印预设」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「3D 打印预设」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxnihpresets
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【NMR 约束显示（chimeraxnmrstar）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   该 bundle 可读取含有距离约束的 NMR-STAR 文件，并把约束以原子间的赝键彩色线显示在结构模型上。既可从 PDB 直接获取核磁约束，也可自行下载 nmr-data 文件后载入，用于检查核磁结构对实验约束的满足情况。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「NMR 约束显示」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「NMR 约束显示」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxnmrstar
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【OME-Zarr 读取（chimeraxomezarr）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   该插件为 ChimeraX 增加读取 OME-Zarr 0.4 格式的能力，支持按 zyx 顺序存储的多尺度体数据：可打开本地或远程 zarr 文件，把指定多尺度层作为体数据按需流式载入并缓存，或把所有层合并为一个体数据并按步长浏览，适合处理大规模图像数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「OME-Zarr 读取」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「OME-Zarr 读取」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxomezarr
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【打开文件自动执行命令（chimeraxopencommands）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   OpenCommands 让 ChimeraX 在打开文件后自动执行预设的命令或 Python 代码，省去每次手动重复输入的步骤，例如打开结构后自动生成分子表面、切换表示方式或应用配色。定义好规则即可自动完成，安装后需重启 ChimeraX 才能在设置中看到选项。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「打开文件自动执行命令」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「打开文件自动执行命令」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxopencommands
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【批量结构出图（chimeraxpdbimages）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   该 bundle 提供 pdbimages 命令，可对某个目录下的全部 mmCIF 文件批量生成图像，每个文件中的各个生物组装体都会被单独渲染并保存。命令支持指定宽高、超采样倍数、图像后缀、排除文件与日志文件等参数，适合为大量结构制作统一风格的示意图。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「批量结构出图」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「批量结构出图」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxpdbimages
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【自然语言助手面板（chimeraxpellaeon）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   Pellaeon 在 ChimeraX 中加入大语言模型聊天面板：用自然语言描述想要完成的操作（打开结构、查看残基、比较模型或准备图件），它会结合当前会话中的模型与选择生成对应的命令并显示出来，用户可以检查、复制或重新运行，做到所见即所执行。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「自然语言助手面板」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「自然语言助手面板」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxpellaeon
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Phenix 功能接入（chimeraxphenixui）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   PhenixUI 提供在 ChimeraX 中调用 Phenix 大分子结构解析功能的工具与命令，需本机已安装 Phenix。工具位于 Tools 菜单的 Phenix 子菜单下，包括按密度图放置水分子的 phenix douse 与局部电镜拟合等，把 ChimeraX 的显示能力与 Phenix 的计算能力结合。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「Phenix 功能接入」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Phenix 功能接入」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxphenixui
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【蛋白界面聚类分析（chimeraxpickluster）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   PICKLUSTER 按距离对蛋白质相互作用界面进行聚类，并给出多种界面打分指标：既可分析实验解析的蛋白复合物结构，也适用于 AlphaFold2 与 AlphaFold3 预测模型，还包含组合评分 C2Qscore，用于快速评估和比较不同界面预测的质量。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「蛋白界面聚类分析」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「蛋白界面聚类分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxpickluster
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【糖类结构验证（chimeraxprivateer）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   Privateer 用于糖类结构的验证、可视化与图形分析：自动指认环构象、端基异构型与绝对构型并与参考值比对。以 SNFG 命名法生成矢量示意图并在交互式验证报告中标注验证信息，点击糖基可把视角居中到该糖，点击糖苷键可显示二面角。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「糖类结构验证」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「糖类结构验证」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxprivateer
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【核酸界面距离分析（chimeraxprona3d）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   ProNA3D 面向蛋白-核酸与纯核酸复合物提供界面距离分析：支持实验结构与 AlphaFold3 等预测模型（含专用评分），可生成交互式二维界面可视化、RNA 与 DNA 二级结构拓扑图，以及面向冷冻电镜图的基于界面的密度分区，并能把界面拆分为独立子界面。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「核酸界面距离分析」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「核酸界面距离分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxprona3d
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【原子级拟合质量评分（chimeraxqscore）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   QScore 实现 Pintille 等人提出的图-模型 Q 分数算法，逐原子评估模型与密度图的契合度和可分辨程度，找出因局部分辨率差或错配而拟合不良的原子。结果以可缩放平移的交互式散点图呈现，点击数据点即聚焦对应残基，主要用于冷冻电镜图。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「原子级拟合质量评分」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「原子级拟合质量评分」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxqscore
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【RealSense 增强现实（chimeraxrealsense）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   该 bundle 增加 device realsense 命令，把 Intel RealSense 深度摄像头的实拍视频与 ChimeraX 渲染的图形混合，用于制作增强现实视频，适合演示与科普内容。目前仅支持 Windows，因为它依赖 Intel 的 pyrealsense2 库。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「RealSense 增强现实」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「RealSense 增强现实」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxrealsense
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【蛋白刚体划分（chimeraxribfind）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   RIBFIND 用于交互式地把蛋白质结构划分为若干刚体，便于分析结构域之间的相对运动，也可为分子动力学模拟、柔性拟合或插值动画准备刚体划分方案。划分结果可以按刚体分别着色与选择，方便检查每个刚体的范围是否合理。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「蛋白刚体划分」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「蛋白刚体划分」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxribfind
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【RMF 格式支持（chimeraxrmf）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   该实验性插件为 ChimeraX 增加 RMF 文件读取能力，RMF 主要由整合建模平台 IMP 产生：可读取并显示文件中全部帧，显示两粒子约束（如交联）与包围盒等几何信息，并展示模型来源（包括外部密度图或输入 PDB），读入残基带有可用于选择的属性。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「RMF 格式支持」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「RMF 格式支持」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxrmf
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【rRNA 元件分析（chimeraxrrnainspector）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   rRNA Inspector 用于在核糖体结构模型中定位、识别、选择与比较 rRNA 元件（结构域与螺旋），可在 RNA 残基上插入 2' 氧甲基修饰，并以定量、不依赖主观判断的方式评估冷冻电镜图对甲基化状态的证据。安装时还会注册一组 rrna 命令供脚本调用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「rRNA 元件分析」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「rRNA 元件分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxrrnainspector
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【3MF 彩色打印导出（chimeraxsave3mf）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   Save3MF 为 ChimeraX 增加 3MF 保存格式，把当前显示的场景连同颜色一起写入模型供三维打印：实例化的球体与圆柱会展开为真实三角面，重合顶点自动合并，模型按毫米缩放并放到打印平台上。多色打印时把颜色输出为挤出机指派，全彩打印机则输出逐顶点颜色。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「3MF 彩色打印导出」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「3MF 彩色打印导出」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxsave3mf
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【增强现实出版标注（chimeraxscholar）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   ScholAR 把 ChimeraX 中的模型制作成 Schol-AR 增强现实项目与网页浏览器数据增强内容：通过界面与命令创建项目、添加与编辑增强内容并导出，用于论文或海报，读者用手机扫描即可看到三维结构。工具位于 Tools 菜单的 General 下。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「增强现实出版标注」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「增强现实出版标注」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxscholar
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【链序列快速显示（chimeraxshowsequences）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   ShowSequences 是一个便捷小工具，用于快速显示结构各条链的序列，免去在日志中翻找不易定位的链列表。装上它以后可以一键列出当前模型的链序列，方便核对编号、确认缺失区段或选择序列范围。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「链序列快速显示」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「链序列快速显示」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxshowsequences
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【信号时间序列显示（chimeraxsignalviewer）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   SignalViewer 用于在三维空间的若干位置上显示信号强度随时间的变化，最初为观察静止细胞在三维显微成像中的荧光强度而开发。输入为 NPZ 文件中名为 coord 与 signal 的两个数组，载入后每个位置显示为球体并绘制其信号曲线。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「信号时间序列显示」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「信号时间序列显示」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxsignalviewer
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Rosetta 自动精修（chimeraxstarmap）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   StarMap 在 ChimeraX 与精修程序 Rosetta 之间充当便捷中介：提供图形界面配置并执行基于 Rosetta 的精修，支持对称与局部精修以及独立于精修的图-模型验证，输出像素尺寸标定、评价精修质量的傅里叶壳层相关曲线与逐残基 Z 分数。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「Rosetta 自动精修」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Rosetta 自动精修」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxstarmap
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【STRING 互作查询（chimeraxstringdb）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   Stringdb 用于为当前结构查询蛋白质-蛋白质相互作用信息：可根据结构中的蛋白检索 STRING 数据库的互作网络，把外部互作数据引入 ChimeraX 会话，便于结合三维结构理解复合物各成员之间的关系与界面位置。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「STRING 互作查询」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「STRING 互作查询」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxstringdb
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【3D-Strudel 验证显示（chimeraxstrudelscore）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   该插件用于显示 3D-Strudel 程序计算的图-模型验证结果：先指定基序库路径（可用 strudel setLib 命令设置），再打开已解压的验证结果项目，即可在 ChimeraX 中按残基查看基序匹配与拟合质量，辅助判断模型在密度图中的可靠性。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「3D-Strudel 验证显示」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「3D-Strudel 验证显示」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxstrudelscore
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Tempy 拟合评分（chimeraxtempy）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   该 bundle 把 Tempy 打分函数引入 ChimeraX，用于评估结构模型与电镜密度图的拟合质量，可对不同的模型或拟合方案给出量化分数以便比较。插件为纯 Python 实现，安装时会自动附带 BioPython 依赖。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「Tempy 拟合评分」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Tempy 拟合评分」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxtempy
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【插件测试管理（chimeraxtestmanager）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   TestManager 为 ChimeraX bundle 开发者提供类似 unittest 的测试用例管理功能：通过继承 TestWithSession 类编写测试，会话对象可直接执行命令或启动工具，从而快速验证插件在代码修改或 ChimeraX 升级后是否仍然正常，也可对源代码做风格与语法检查。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「插件测试管理」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「插件测试管理」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxtestmanager
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【四面体蛋白表征（chimeraxtetrascape）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   TetraScape 依据原子坐标自动生成四面体化的蛋白质表示，用规则四面体作为基本构建单元：既可生成在氨基酸精度上表示整条链的模型，也可把其余部分以体量堆叠的体积渲染方式表现，从而得到轮廓鲜明、适合示意图与科普表达的蛋白模型。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「四面体蛋白表征」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「四面体蛋白表征」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxtetrascape
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【3decision 结构库接入（chimeraxthreedecision）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   该插件让 ChimeraX 直接连接 Discngine 的 3decision 结构数据库：可做文本检索，浏览内部项目与公共领域的结构，并载入与结构关联的密度图等文件。首次使用需设置服务地址与 API 令牌，之后即可在会话中完成检索、项目导航、自动叠合与关联文件载入。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「3decision 结构库接入」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「3decision 结构库接入」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxthreedecision
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【配体牵引模拟参数（chimeraxtugligands）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   该 bundle 为约两万一千余个 PDB 配体提供分子模拟参数，供 ChimeraX 的 tug 与 minimize 鼠标模式使用：参数覆盖截至 2019 年大多数非共价结合配体，由 Nigel Moriarty 依据把 Amber 力场整合进 Phenix 的方案计算得到，使用时残基名需与化学组分字典一致。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「配体牵引模拟参数」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「配体牵引模拟参数」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxtugligands
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【原子名统一重命名（chimeraxuniatom）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   该 bundle 提供 uniatom 命令，用于对配体、底物等非标准残基中的原子重新命名，使同种元素的多个原子获得唯一名称。当非标准残基内存在多个同元素原子且命名不一致时，morph 命令可能匹配错误而在轨迹中出现抖动，改名后即可避免。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「原子名统一重命名」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「原子名统一重命名」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxuniatom
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Vinardock 对接结果读取（chimeraxvinardock）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   Vinardock 提供读取 Vinardock 分子对接输出文件的工具，并可交互设计对接盒子：把对接产生的构象与打分信息载入 ChimeraX 查看，同时在结构上划定下次对接的搜索区域，方便反复调整参数、比较不同对接方案。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「Vinardock 对接结果读取」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Vinardock 对接结果读取」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxvinardock
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【交联质谱数据映射（chimeraxxmas）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   XMAS 把交联质谱数据中的交联肽序列与结构模型序列对齐，得到交联位点并以赝键形式显示在结构上：提供可视化、统计分析与数据处理工具，用于评估交联数据的重现性与可靠性，也可据此评价理论结构模型，并可与 DisVis、HADDOCK 等联用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「交联质谱数据映射」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「交联质谱数据映射」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxxmas
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【裸眼 3D 交互增强（chimeraxxr3d）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   XR3D 为支持 OpenXR 的裸眼三维显示器增加深度正确的三维交互：提供位于正确立体深度的三维光标、深度正确的标签与悬停提示、三维框选区域，以及用 xr3d on 或 off 开关的显示设置，光标样式、大小与颜色均可调并会保存到偏好设置。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「裸眼 3D 交互增强」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「裸眼 3D 交互增强」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/chimeraxxr3d
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GPU 快速拟合（difffit）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   DiffFit 在支持 CUDA 的 GPU 上把分子原子模型快速、可微地拟合到冷冻电镜密度图中：既可在交互模式下拟合单个模型，也可指定文件路径对多个模型批量拟合，适合处理大批量的刚体或柔性拟合任务，显著缩短建模时间。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「GPU 快速拟合」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GPU 快速拟合」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/difffit
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【多帧轨迹播放器（moleculardynamicsviewer）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   Molecular Dynamics Viewer 用于在 ChimeraX 中以影片方式查看多帧 PDB 文件：界面可切换当前显示的帧、调整播放速度、把动画导出为影片，也可直接打开多帧 PDB，并根据属性文件控制模型着色，方便浏览分子动力学模拟中的构象变化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「多帧轨迹播放器」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多帧轨迹播放器」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/moleculardynamicsviewer
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【结构编辑与量子化学工具集（seqcrow）安装教程】—— UCSF ChimeraX

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF ChimeraX 1.7 或更高版本（Windows 版）。
   · 本目录里的 .whl 就是 ChimeraX 的 bundle 安装包，直接安装即可，**不要解压**。

■ 本扩展是什么
   SEQCROW 是基于 AaronTools 的 ChimeraX 工具集，用于处理量子化学计算数据：可读取 XYZ、Gaussian、ORCA、Psi4、Q-Chem、FCHK、NBO 等文件，构建量子化学输入文件，绘制红外、拉曼、核磁与紫外可见光谱，查看轨道与电子密度，并计算埋藏体积与 Sterimol 等参数。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：Python 包（.whl）。
   · .whl 是 Python 轮子包（ChimeraX bundle 的标准格式），请直接交给 ChimeraX 安装。

■ 安装步骤（命令行方式，最稳）
   1. 打开 ChimeraX，菜单 Tools → General → Shell 打开命令行。
   2. 输入下面这条命令（路径换成本目录里的 .whl 完整路径，引号别丢）：
      toolshed install "D:\解压目录\ChimeraX_XXX-1.0-py3-none-any.whl"
   3. 看到 Successfully installed 提示后，重启 ChimeraX。
   4. 菜单 Tools → More Tools… 里即可找到「结构编辑与量子化学工具集」，有的 bundle 会自带面板或新命令。

■ 安装步骤（图形界面方式）
   1. ChimeraX 菜单 Tools → More Tools… 打开 Toolshed 面板。
   2. 切到 Installed Bundles 标签，点 Install from local file…，选择本目录的 .whl。
   3. 重启 ChimeraX 生效。

■ 注意事项
   · 同一 bundle 只需装一个平台对应的 .whl；本店提供的以 Windows 版为主。
   · 装完提示依赖缺失时，在 Toolshed 面板里点该 bundle 的 Install dependencies 自动补齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「结构编辑与量子化学工具集」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://cxtoolshed.rbvi.ucsf.edu/apps/seqcrow
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。