PyMOL 插件合集(共 224 个)
分子结构可视化的官方插件与脚本 | 分类:分子与网络分析 | 每个插件都附中文说明与安装教程,下载走百度网盘 / 夸克网盘。
插件清单
Angle_between_domains · 结构域夹角计算
pm_ana | 0.02 MB | 1 个文件
计算同一结构内两个结构域之间的夹角,用于比较结构域取向
包含文件:orientation.py
安装教程(点击展开)
【结构域夹角计算(Angle_between_domains)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
计算同一结构内两个结构域之间的夹角,用于比较结构域取向
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「结构域夹角计算」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「结构域夹角计算」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Angle_between_domains
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
AngleBetweenHelices · 螺旋夹角计算
pm_ana | 0.01 MB | 1 个文件
用四种拟合方法计算两条 α 螺旋或 β 折叠之间的夹角
包含文件:anglebetweenhelices.py
安装教程(点击展开)
【螺旋夹角计算(AngleBetweenHelices)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
用四种拟合方法计算两条 α 螺旋或 β 折叠之间的夹角
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「螺旋夹角计算」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「螺旋夹角计算」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/AngleBetweenHelices
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Ccp4_contact · contact CONTACT 接触结果选择
pm_ana | 0.01 MB | 1 个文件
读取 CCP4 中 CONTACT 输出的接触列表,自动选择对应的残基与原子。
包含文件:ccp4_contact.py
安装教程(点击展开)
【CONTACT 接触结果选择(Ccp4_contact)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
读取 CCP4 中 CONTACT 输出的接触列表,自动选择对应的残基与原子。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「CONTACT 接触结果选择」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CONTACT 接触结果选择」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Ccp4_contact
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Cealign_plugin · plugin CE 结构比对
pm_ana | 0.01 MB | 1 个文件
用 CE 算法做不依赖序列的结构比对,并给出叠合结果与 RMSD。
包含文件:Cealign_plugin.py
安装教程(点击展开)
【CE 结构比对(Cealign_plugin)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
用 CE 算法做不依赖序列的结构比对,并给出叠合结果与 RMSD。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「CE 结构比对」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CE 结构比对」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Cealign_plugin
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Cluster_Count · Count B 值聚类统计
pm_ana | 0.01 MB | 1 个文件
统计所选对象原子的 B 值分布,打印结果并写入文本文件保存。
包含文件:Cluster_Count.py
安装教程(点击展开)
【B 值聚类统计(Cluster_Count)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
统计所选对象原子的 B 值分布,打印结果并写入文本文件保存。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「B 值聚类统计」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「B 值聚类统计」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Cluster_Count
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
ColorByDistance · 按距离着色
pm_ana | 0 MB | 1 个文件
按选定的距离度量给残基着色,便于观察空间分布规律
包含文件:ColorByDistance.py
安装教程(点击展开)
【按距离着色(ColorByDistance)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
按选定的距离度量给残基着色,便于观察空间分布规律
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「按距离着色」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「按距离着色」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/ColorByDistance
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
ColorByRMSD · RMSD 偏差着色
pm_ana | 0.01 MB | 1 个文件
按叠合后 Cα 原子对的 RMSD 着色,用量色标显示结构偏差区域。
包含文件:colorbyrmsd.py
安装教程(点击展开)
【RMSD 偏差着色(ColorByRMSD)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
按叠合后 Cα 原子对的 RMSD 着色,用量色标显示结构偏差区域。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「RMSD 偏差着色」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「RMSD 偏差着色」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/ColorByRMSD
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Contact_map_visualizer · map visualizer 接触图可视化
pm_ana | 0.01 MB | 1 个文件
将接触图上的像素与残基关联,点击图像即可在结构中定位残基。
包含文件:contact_map_visualizer.py
安装教程(点击展开)
【接触图可视化(Contact_map_visualizer)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
将接触图上的像素与残基关联,点击图像即可在结构中定位残基。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「接触图可视化」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「接触图可视化」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Contact_map_visualizer
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Contact_Surface · Surface 对接接触面积
pm_ana | 0.01 MB | 1 个文件
计算受体与对接配体之间的个体或总体接触面积,结果以平方埃输出。
包含文件:Contact_Surface.py
安装教程(点击展开)
【对接接触面积(Contact_Surface)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
计算受体与对接配体之间的个体或总体接触面积,结果以平方埃输出。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「对接接触面积」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「对接接触面积」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Contact_Surface
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
CreateSecondaryStructure · 二级结构构建
pm_ana | 0.01 MB | 1 个文件
手工生成或补全蛋白质的二级结构片段,用于搭建与修改结构模型。
包含文件:CreateSecondaryStructure.py
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【二级结构构建(CreateSecondaryStructure)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
手工生成或补全蛋白质的二级结构片段,用于搭建与修改结构模型。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「二级结构构建」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「二级结构构建」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/CreateSecondaryStructure
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
DistancesRH · 半径内成对距离计算
pm_ana | 0.01 MB | 1 个文件
给定对象、参考氨基酸与半径,计算参考原子与该半径内所有原子的成对距离。
包含文件:DistancesRH.py
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【半径内成对距离计算(DistancesRH)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
给定对象、参考氨基酸与半径,计算参考原子与该半径内所有原子的成对距离。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「半径内成对距离计算」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「半径内成对距离计算」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/DistancesRH
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Distancetoatom · 原子间距批量测量
pm_ana | 0.01 MB | 1 个文件
输出指定原子、坐标或选组中心与截断距离内所有原子之间的距离列表。
包含文件:distancetoatom.py
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【原子间距批量测量(Distancetoatom)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
输出指定原子、坐标或选组中心与截断距离内所有原子之间的距离列表。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「原子间距批量测量」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「原子间距批量测量」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Distancetoatom
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
DSSP_Stride · Stride DSSP 与 Stride 二级结构
pm_ana | 0.04 MB | 1 个文件
用 DSSP 或 Stride 指派蛋白质二级结构,并按类型给结构着色。
包含文件:dssp_stride.py
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【DSSP 与 Stride 二级结构(DSSP_Stride)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
用 DSSP 或 Stride 指派蛋白质二级结构,并按类型给结构着色。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「DSSP 与 Stride 二级结构」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「DSSP 与 Stride 二级结构」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/DSSP_Stride
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Dynamic_mesh · mesh 动态等值面网格
pm_ana | 0.01 MB | 1 个文件
在视图中心显示等值面并随视图移动自动更新,翻页键可调整等值水平。
包含文件:dynamic_mesh.py
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【动态等值面网格(Dynamic_mesh)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
在视图中心显示等值面并随视图移动自动更新,翻页键可调整等值水平。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「动态等值面网格」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「动态等值面网格」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Dynamic_mesh
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
DynoPlot · 通用数据曲线绘图
pm_ana | 0.02 MB | 1 个文件
给出一组数据与坐标轴标签即可生成曲线图,也可直接在 PyMOL 中绘制保存。
包含文件:dynoplot.py
安装教程(点击展开)
【通用数据曲线绘图(DynoPlot)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
给出一组数据与坐标轴标签即可生成曲线图,也可直接在 PyMOL 中绘制保存。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「通用数据曲线绘图」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「通用数据曲线绘图」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/DynoPlot
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Elbow_angle · angle 抗体 Fab 肘部夹角计算
pm_ana | 0.01 MB | 1 个文件
计算抗体 Fab 片段的肘部夹角,并可绘制用于计算的两条向量示意图。
包含文件:elbow_angle.py
安装教程(点击展开)
【抗体 Fab 肘部夹角计算(Elbow_angle)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
计算抗体 Fab 片段的肘部夹角,并可绘制用于计算的两条向量示意图。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「抗体 Fab 肘部夹角计算」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「抗体 Fab 肘部夹角计算」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Elbow_angle
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Forster_distance_calculator · distance calculator Förster 距离计算
pm_ana | 0.02 MB | 1 个文件
由两种染料的参数计算 FRET 共振能量转移的 Förster 距离 R0,便于实验设计。
包含文件:forster_distance_calculator.py
安装教程(点击展开)
【Förster 距离计算(Forster_distance_calculator)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
由两种染料的参数计算 FRET 共振能量转移的 Förster 距离 R0,便于实验设计。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「Förster 距离计算」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Förster 距离计算」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Forster_distance_calculator
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Geo_Measures_Plugin · 几何参数测量
pm_ana | 0.03 MB | 1 个文件
批量测量键长、键角、二面角等几何参数
包含文件:master.zip
安装教程(点击展开)
【几何参数测量(Geo_Measures_Plugin)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
批量测量键长、键角、二面角等几何参数
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「几何参数测量」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「几何参数测量」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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Get_raw_alignment · 读取比对原始数据
pm_ana | 0 MB | 1 个文件
取回比对结果的原始序列与下标,便于二次统计
包含文件:Get_raw_alignment.py
安装教程(点击展开)
【读取比对原始数据(Get_raw_alignment)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
取回比对结果的原始序列与下标,便于二次统计
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「读取比对原始数据」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「读取比对原始数据」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Get_raw_alignment
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Get_raw_distances · raw distances 原始距离数据导出
pm_ana | 0.01 MB | 1 个文件
导出由 distance 命令创建的距离对象,输出每个距离的原始数值供分析使用。
包含文件:get_raw_distances.py
安装教程(点击展开)
【原始距离数据导出(Get_raw_distances)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
导出由 distance 命令创建的距离对象,输出每个距离的原始数值供分析使用。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「原始距离数据导出」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「原始距离数据导出」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Get_raw_distances
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HighlightAlignedSS · 配对二级结构着色
pm_ana | 0 MB | 1 个文件
对两个蛋白对齐后配对的二级结构,使用相近的彩虹色进行高亮着色。
包含文件:HighlightAlignedSS.py
安装教程(点击展开)
【配对二级结构着色(HighlightAlignedSS)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
对两个蛋白对齐后配对的二级结构,使用相近的彩虹色进行高亮着色。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「配对二级结构着色」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「配对二级结构着色」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/HighlightAlignedSS
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Intra_xfit · 内部片段叠合
pm_ana | 0.26 MB | 1 个文件
在同一结构内部做片段叠合与构象比较
包含文件:Intra_xfit.zip
安装教程(点击展开)
【内部片段叠合(Intra_xfit)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
在同一结构内部做片段叠合与构象比较
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「内部片段叠合」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「内部片段叠合」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
GitHub 仓库源码打包(https://github.com/csb-toolbox/CSB)
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Kabsch · Kabsch 叠合算法
pm_ana | 0.02 MB | 1 个文件
实现 Kabsch 算法用于结构叠合;PyMOL 已内置 RMSD 拟合命令,通常无需使用。
包含文件:Kabsch.py
安装教程(点击展开)
【Kabsch 叠合算法(Kabsch)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
实现 Kabsch 算法用于结构叠合;PyMOL 已内置 RMSD 拟合命令,通常无需使用。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「Kabsch 叠合算法」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Kabsch 叠合算法」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Kabsch
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List_Secondary_Structures · 二级结构列出
pm_ana | 0 MB | 1 个文件
列出并统计结构的二级结构组成
包含文件:List_Secondary_Structures.py
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【二级结构列出(List_Secondary_Structures)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
列出并统计结构的二级结构组成
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「二级结构列出」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「二级结构列出」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
GitHub 仓库构建产物 / Wiki 页面代码
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Mcsalign · MCS 对齐
pm_ana | 0.26 MB | 1 个文件
按最大公共子结构(MCS)对齐多个分子
包含文件:Mcsalign.zip
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【MCS 对齐(Mcsalign)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
按最大公共子结构(MCS)对齐多个分子
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「MCS 对齐」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MCS 对齐」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
GitHub 仓库源码打包(https://github.com/csb-toolbox/CSB)
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Measure_Distance · Distance 原子距离写入文件
pm_ana | 0 MB | 1 个文件
把指定两个原子之间的距离写入文本文件,修改选择即可测量不同原子对。
包含文件:Measure_Distance.py
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【原子距离写入文件(Measure_Distance)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
把指定两个原子之间的距离写入文本文件,修改选择即可测量不同原子对。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「原子距离写入文件」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「原子距离写入文件」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Measure_Distance
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Pairwise_distances · distances 两组选择成对距离
pm_ana | 0.01 MB | 1 个文件
对任意两个选择,计算并返回彼此距离在设定范围内的所有原子之间的成对距离。
包含文件:Pairwise_distances.py
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【两组选择成对距离(Pairwise_distances)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
对任意两个选择,计算并返回彼此距离在设定范围内的所有原子之间的成对距离。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「两组选择成对距离」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「两组选择成对距离」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Pairwise_distances
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
RmsdByResidue · 逐残基RMSD对比
pm_ana | 0.01 MB | 1 个文件
比较同一蛋白的两个结构,输出每个残基全部原子的 RMSD,类似逐残基的 RMSF 分析。
包含文件:RmsdByResidue.py
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【逐残基RMSD对比(RmsdByResidue)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
比较同一蛋白的两个结构,输出每个残基全部原子的 RMSD,类似逐残基的 RMSF 分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「逐残基RMSD对比」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「逐残基RMSD对比」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/RmsdByResidue
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Show_contacts · contacts 极性接触可视化插件
pm_ana | 0.02 MB | 1 个文件
显示分子间极性接触:良好氢键标黄,同性电荷排斥标红,过近但不理想的接触另行标示。
包含文件:show_contacts.py
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【极性接触可视化插件(Show_contacts)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
显示分子间极性接触:良好氢键标黄,同性电荷排斥标红,过近但不理想的接触另行标示。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「极性接触可视化插件」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「极性接触可视化插件」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Show_contacts
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Stride · Stride 二级结构着色
pm_ana | 0.04 MB | 1 个文件
用 Stride 指派蛋白质二级结构,并按螺旋、折叠与无规卷曲着色。
包含文件:dssp_stride.py
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【Stride 二级结构着色(Stride)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
用 Stride 指派蛋白质二级结构,并按螺旋、折叠与无规卷曲着色。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「Stride 二级结构着色」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Stride 二级结构着色」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Stride
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SuperSym · 空间群可视化工具集
pm_ana | 0.05 MB | 1 个文件
集成大量空间群工具,可显示空间群、晶胞以及对称轴、对称操作与对称等价分子。
包含文件:SuperSymPlugin.py
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【空间群可视化工具集(SuperSym)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
集成大量空间群工具,可显示空间群、晶胞以及对称轴、对称操作与对称等价分子。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「空间群可视化工具集」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「空间群可视化工具集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/SuperSym
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
SuperSymSource · 空间群对称扩展
pm_ana | 0.63 MB | 1 个文件
按空间群信息生成对称单元,构建超分子组装体
包含文件:SuperSymPlugin.py
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【空间群对称扩展(SuperSymSource)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
按空间群信息生成对称单元,构建超分子组装体
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「空间群对称扩展」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「空间群对称扩展」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Symmetry_Axis · Axis 对称轴绘制
pm_ana | 0.01 MB | 1 个文件
根据给定点与方向绘制对称轴,可选显示箭头与标签,用于分析分子对称性。
包含文件:Symmetry_Axis.py
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【对称轴绘制(Symmetry_Axis)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
根据给定点与方向绘制对称轴,可选显示箭头与标签,用于分析分子对称性。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「对称轴绘制」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「对称轴绘制」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Symmetry_Axis
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
TMalign · TMalign结构比对接口
pm_ana | 0.01 MB | 1 个文件
为 TMalign、TMscore 与 MMalign 提供调用接口,可在 PyMOL 内完成结构叠合与相似性打分。
包含文件:tmalign.py
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【TMalign结构比对接口(TMalign)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
为 TMalign、TMscore 与 MMalign 提供调用接口,可在 PyMOL 内完成结构叠合与相似性打分。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「TMalign结构比对接口」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「TMalign结构比对接口」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/TMalign
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TransformSelectionByCameraView · 按相机视角定向分子
pm_ana | 0 MB | 1 个文件
像 orient 命令那样摆正分子,但依据当前相机视角来定向,便于得到一致的观察角度。
包含文件:TransformSelectionByCameraView.py
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【按相机视角定向分子(TransformSelectionByCameraView)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
像 orient 命令那样摆正分子,但依据当前相机视角来定向,便于得到一致的观察角度。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「按相机视角定向分子」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「按相机视角定向分子」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/TransformSelectionByCameraView
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Translate_And_Measure · And Measure 平移并检测重叠
pm_ana | 0 MB | 1 个文件
把分子按指定向量平移后,检查两者原子是否落在给定距离内,并返回是否重叠。
包含文件:Translate_And_Measure.py
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【平移并检测重叠(Translate_And_Measure)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
把分子按指定向量平移后,检查两者原子是否落在给定距离内,并返回是否重叠。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「平移并检测重叠」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「平移并检测重叠」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Translate_And_Measure
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Xfit · Xfit 交互建模
pm_ana | 0.26 MB | 1 个文件
经典交互式建模/拟合工具集,含大量辅助脚本
包含文件:Xfit.zip
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【Xfit 交互建模(Xfit)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
经典交互式建模/拟合工具集,含大量辅助脚本
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「Xfit 交互建模」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Xfit 交互建模」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
GitHub 仓库源码打包(https://github.com/csb-toolbox/CSB)
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AutoMultiFit · 多链多态自动拟合
pm_batch | 0.01 MB | 1 个文件
在多状态结构中自动拟合指定链,用于 MD 轨迹与 NMR 结构对齐。
包含文件:AutoMultiFit.py
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【多链多态自动拟合(AutoMultiFit)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
在多状态结构中自动拟合指定链,用于 MD 轨迹与 NMR 结构对齐。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「多链多态自动拟合」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多链多态自动拟合」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/AutoMultiFit
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Iterate_sses · sses 二级结构遍历函数
pm_batch | 0 MB | 1 个文件
ss 的增强版本,允许传入自定义函数对二级结构列表逐项处理。
包含文件:Iterate_sses.py
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【二级结构遍历函数(Iterate_sses)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
ss 的增强版本,允许传入自定义函数对二级结构列表逐项处理。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「二级结构遍历函数」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「二级结构遍历函数」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Iterate_sses
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Process_All_Files_In_Directory · All Files In Directory 批量处理PDB目录
pm_batch | 0 MB | 1 个文件
遍历目录中所有 PDB 文件,逐个计算并输出每个结构中二硫键的键长数据。
包含文件:Process_All_Files_In_Directory.py
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【批量处理PDB目录(Process_All_Files_In_Directory)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
遍历目录中所有 PDB 文件,逐个计算并输出每个结构中二硫键的键长数据。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「批量处理PDB目录」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「批量处理PDB目录」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Process_All_Files_In_Directory
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Autodock_plugin · plugin AutoDock 分子对接
pm_dock | 0.17 MB | 1 个文件
在 PyMOL 中设置 AutoDock 对接参数、运行对接并查看结果构象。
包含文件:autodock_plugin.py
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【AutoDock 分子对接(Autodock_plugin)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
在 PyMOL 中设置 AutoDock 对接参数、运行对接并查看结果构象。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「AutoDock 分子对接」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「AutoDock 分子对接」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Autodock_plugin
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Color_By_Mutations · By Mutations 突变位点着色
pm_dock | 0.01 MB | 1 个文件
比对并叠合两个蛋白,按 BLOSUM90 差异给发生突变的残基着色。
包含文件:Color_By_Mutations.py
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【突变位点着色(Color_By_Mutations)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
比对并叠合两个蛋白,按 BLOSUM90 差异给发生突变的残基着色。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「突变位点着色」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「突变位点着色」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Color_By_Mutations
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Dockingpie · 对接结果统计图
pm_dock | 2.19 MB | 1 个文件
把分子对接结果按结合模式汇总成饼图与统计图
包含文件:main.zip
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【对接结果统计图(Dockingpie)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
把分子对接结果按结合模式汇总成饼图与统计图
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「对接结果统计图」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「对接结果统计图」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
GetBox · 对接盒子生成
pm_dock | 0.01 MB | 1 个文件
为 AutoDock Vina、AutoDock、LeDock 自动计算对接盒子,支持三种格式导出,免去手工量取坐标。
包含文件:GetBox.py
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【对接盒子生成(GetBox)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
为 AutoDock Vina、AutoDock、LeDock 自动计算对接盒子,支持三种格式导出,免去手工量取坐标。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「对接盒子生成」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「对接盒子生成」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/MengwuXiao/GetBox-PyMOL-Plugin
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MtsslDock · MTSSL 自旋标记对接
pm_dock | 0.08 MB | 1 个文件
把自旋标记侧链对接进蛋白结构,评估标记位置是否合理
包含文件:mtsslDockGui.py
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【MTSSL 自旋标记对接(MtsslDock)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
把自旋标记侧链对接进蛋白结构,评估标记位置是否合理
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「MTSSL 自旋标记对接」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MTSSL 自旋标记对接」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/MtsslDock
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ShowLigandWaters · 配体周围水分子显示
pm_dock | 0.01 MB | 1 个文件
找出配体指定距离内的水分子并以球体显示,同时标出水与配体氮氧原子间可能的氢键距离。
包含文件:ShowLigandWaters.py
安装教程(点击展开)
【配体周围水分子显示(ShowLigandWaters)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
找出配体指定距离内的水分子并以球体显示,同时标出水与配体氮氧原子间可能的氢键距离。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「配体周围水分子显示」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「配体周围水分子显示」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/ShowLigandWaters
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
BiologicalUnit_Quat · 生物单元加载器
pm_io | 0.01 MB | 1 个文件
按 mmCIF 里的生物组装信息,加载具有生物学意义的完整装配体
包含文件:BiologicalUnit_Quat.py
安装教程(点击展开)
【生物单元加载器(BiologicalUnit_Quat)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
按 mmCIF 里的生物组装信息,加载具有生物学意义的完整装配体
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「生物单元加载器」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「生物单元加载器」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/BiologicalUnit/Quat
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
FetchLocal · 本地优先获取结构
pm_io | 0.01 MB | 1 个文件
获取结构时先在本地目录查找 PDB 文件副本,找不到再联网下载,加快加载速度。
包含文件:FetchLocal.py
安装教程(点击展开)
【本地优先获取结构(FetchLocal)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
获取结构时先在本地目录查找 PDB 文件副本,找不到再联网下载,加快加载速度。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「本地优先获取结构」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「本地优先获取结构」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/FetchLocal
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
FilterByMol · 按分子筛选配体
pm_io | 0 MB | 1 个文件
扫描上级目录中的全部 PDB 文件,逐个分子只提取并保存其中的配体部分。
包含文件:FilterByMol.py
安装教程(点击展开)
【按分子筛选配体(FilterByMol)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
扫描上级目录中的全部 PDB 文件,逐个分子只提取并保存其中的配体部分。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「按分子筛选配体」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「按分子筛选配体」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/FilterByMol
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Findseq · 序列模式查找
pm_io | 0.01 MB | 1 个文件
在蛋白质序列中查找指定字符串或正则表达式并标出匹配残基,例如查找 FLVEW。
包含文件:findseq.py
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【序列模式查找(Findseq)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
在蛋白质序列中查找指定字符串或正则表达式并标出匹配残基,例如查找 FLVEW。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「序列模式查找」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「序列模式查找」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Findseq
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
LatticeGenerator · 重复原子晶格生成
pm_io | 0 MB | 1 个文件
生成周期性重复的原子点阵并以 PDB 格式写出,加载后自动连接相邻原子。
包含文件:LatticeGenerator.py
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【重复原子晶格生成(LatticeGenerator)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
生成周期性重复的原子点阵并以 PDB 格式写出,加载后自动连接相邻原子。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「重复原子晶格生成」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「重复原子晶格生成」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/LatticeGenerator
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Load_brick · 体素砖块加载
pm_io | 0 MB | 1 个文件
加载规则砖块状的体素数据,用于测试与演示
包含文件:Load_brick.py
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【体素砖块加载(Load_brick)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
加载规则砖块状的体素数据,用于测试与演示
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「体素砖块加载」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「体素砖块加载」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Load_brick
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Load_img_stack · img stack 图像堆栈载入为 map
pm_io | 0.01 MB | 1 个文件
新增 load_img_stack 命令,把单张图片或多页图像文件载入为一个 map 对象。
包含文件:load_img_stack.py
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【图像堆栈载入为 map(Load_img_stack)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
新增 load_img_stack 命令,把单张图片或多页图像文件载入为一个 map 对象。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「图像堆栈载入为 map」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「图像堆栈载入为 map」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Load_img_stack
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Load_new_B-factors · new B-factors 替换结构 B 因子值
pm_io | 0 MB | 1 个文件
用新的数值批量替换 PDB 结构中的 B 因子,便于自定义着色或筛选残基。
包含文件:Load_new_B-factors.py
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【替换结构 B 因子值(Load_new_B-factors)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
用新的数值批量替换 PDB 结构中的 B 因子,便于自定义着色或筛选残基。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「替换结构 B 因子值」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「替换结构 B 因子值」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Load_new_B-factors
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LoadDir · 按后缀批量载入目录
pm_io | 0 MB | 1 个文件
从指定目录中载入所有指定后缀的文件,目录名与后缀均为函数参数。
包含文件:LoadDir.py
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【按后缀批量载入目录(LoadDir)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
从指定目录中载入所有指定后缀的文件,目录名与后缀均为函数参数。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「按后缀批量载入目录」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「按后缀批量载入目录」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/LoadDir
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Monitor_file_continuously · file continuously 文件变更自动重载
pm_io | 0 MB | 1 个文件
持续监控文件的修改时间,一旦检测到更新就把该文件重新载入 PyMOL。
包含文件:Monitor_file_continuously.py
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【文件变更自动重载(Monitor_file_continuously)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
持续监控文件的修改时间,一旦检测到更新就把该文件重新载入 PyMOL。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「文件变更自动重载」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「文件变更自动重载」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Monitor_file_continuously
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PDB_plugin · PDB 快速加载
pm_io | 0.05 MB | 1 个文件
按 PDB 编号快速加载结构,提供简单操作界面
包含文件:PDB_plugin.py
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【PDB 快速加载(PDB_plugin)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
按 PDB 编号快速加载结构,提供简单操作界面
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「PDB 快速加载」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「PDB 快速加载」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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PDB_Web_Services_Script · Web Services Script PDB 网络服务调用
pm_io | 0 MB | 1 个文件
一段利用 PDB Web Services 接口检索结构信息的代码片段示例。
包含文件:PDB_Web_Services_Script.py
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【PDB 网络服务调用(PDB_Web_Services_Script)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
一段利用 PDB Web Services 接口检索结构信息的代码片段示例。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「PDB 网络服务调用」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「PDB 网络服务调用」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/PDB_Web_Services_Script
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Pdbsurvey · PDB 结构批量检索
pm_io | 0.01 MB | 1 个文件
读取文本文件中的关键词列表并批量检索 PDB,筛选符合研究方向的候选结构。
包含文件:Pdbsurvey.py
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【PDB 结构批量检索(Pdbsurvey)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
读取文本文件中的关键词列表并批量检索 PDB,筛选符合研究方向的候选结构。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「PDB 结构批量检索」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「PDB 结构批量检索」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Pdbsurvey
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Read_PDB-String · PDB-String 读取PDB文本字符串
pm_io | 0 MB | 1 个文件
直接读取内嵌的 PDB 格式文本字符串并生成对象,免去先写出文件再加载的步骤。
包含文件:Read_PDB-String.py
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【读取PDB文本字符串(Read_PDB-String)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
直接读取内嵌的 PDB 格式文本字符串并生成对象,免去先写出文件再加载的步骤。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「读取PDB文本字符串」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「读取PDB文本字符串」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Read_PDB-String
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Save2traj · 导出多状态轨迹
pm_io | 0.01 MB | 1 个文件
把多状态对象写成轨迹文件,脚本仍在开发中,使用需自行承担风险。
包含文件:Save2traj.py
安装教程(点击展开)
【导出多状态轨迹(Save2traj)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
把多状态对象写成轨迹文件,脚本仍在开发中,使用需自行承担风险。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「导出多状态轨迹」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「导出多状态轨迹」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Save2traj
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Save_Mopac · Mopac 导出MOPAC输入文件
pm_io | 0 MB | 1 个文件
尝试把当前结构保存为 MOPAC 量子化学计算所需的输入文件格式。
包含文件:save_mopac.py
安装教程(点击展开)
【导出MOPAC输入文件(Save_Mopac)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
尝试把当前结构保存为 MOPAC 量子化学计算所需的输入文件格式。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「导出MOPAC输入文件」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「导出MOPAC输入文件」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Save_Mopac
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Save_pdb_with_anisou · pdb with anisou 导出含ANISOU的PDB
pm_io | 0 MB | 1 个文件
把各向异性温度因子写入 PDB 的 ANISOU 记录后保存;注意旋转对象时 PyMOL 不会同步旋转该因子。
包含文件:save_pdb_with_anisou.py
安装教程(点击展开)
【导出含ANISOU的PDB(Save_pdb_with_anisou)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
把各向异性温度因子写入 PDB 的 ANISOU 记录后保存;注意旋转对象时 PyMOL 不会同步旋转该因子。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「导出含ANISOU的PDB」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「导出含ANISOU的PDB」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Save_pdb_with_anisou
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Save_sep · sep 对象分文件保存
pm_io | 0 MB | 1 个文件
把所有对象分别保存为独立的 PDB 文件,便于合并或拆分多个会话文件。
包含文件:Save_sep.py
安装教程(点击展开)
【对象分文件保存(Save_sep)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
把所有对象分别保存为独立的 PDB 文件,便于合并或拆分多个会话文件。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「对象分文件保存」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「对象分文件保存」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Save_sep
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Save_settings · settings 导出非默认设置
pm_io | 0 MB | 1 个文件
把所有被修改过的设置项即非默认值导出到文件,方便备份或迁移到其他会话。
包含文件:save_settings.py
安装教程(点击展开)
【导出非默认设置(Save_settings)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
把所有被修改过的设置项即非默认值导出到文件,方便备份或迁移到其他会话。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「导出非默认设置」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「导出非默认设置」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Save_settings
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SaveGroup · 群组对象批量保存
pm_io | 0 MB | 1 个文件
新增 saveGroup 命令,可将指定群组保存为单个文件,或每个对象各存一个 PDB 文件。
包含文件:SaveGroup.py
安装教程(点击展开)
【群组对象批量保存(SaveGroup)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
新增 saveGroup 命令,可将指定群组保存为单个文件,或每个对象各存一个 PDB 文件。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「群组对象批量保存」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「群组对象批量保存」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/SaveGroup
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Select_sites · sites 按PDB记录建选择
pm_io | 0.01 MB | 1 个文件
依据 PDB 中的 SITE、LINK、SSBOND、HET 记录生成命名选择,快速标注蛋白功能位点。
包含文件:select_sites.py
安装教程(点击展开)
【按PDB记录建选择(Select_sites)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
依据 PDB 中的 SITE、LINK、SSBOND、HET 记录生成命名选择,快速标注蛋白功能位点。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「按PDB记录建选择」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「按PDB记录建选择」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Select_sites
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WriteSS · 导出残基二级结构
pm_io | 0 MB | 1 个文件
把指定目录下每个 PDB 文件的残基二级结构类型逐个写入输出文本文件,供批量统计。
包含文件:WriteSS.py
安装教程(点击展开)
【导出残基二级结构(WriteSS)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
把指定目录下每个 PDB 文件的残基二级结构类型逐个写入输出文本文件,供批量统计。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「导出残基二级结构」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「导出残基二级结构」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/WriteSS
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
XML-RPC_server · server XML-RPC远程控制服务
pm_io | 0.01 MB | 1 个文件
自定义实现的 XML-RPC 服务器,可让外部程序通过网络远程调用 PyMOL 命令。
包含文件:XML-RPC_server.py
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【XML-RPC远程控制服务(XML-RPC_server)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
自定义实现的 XML-RPC 服务器,可让外部程序通过网络远程调用 PyMOL 命令。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「XML-RPC远程控制服务」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「XML-RPC远程控制服务」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/XML-RPC_server
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Count_molecules_in_selection · molecules in selection 选择内分子计数
pm_sel | 0 MB | 1 个文件
统计选择中包含的不同分子对象数目,不指定时默认使用 sele。
包含文件:Count_molecules_in_selection.py
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【选择内分子计数(Count_molecules_in_selection)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
统计选择中包含的不同分子对象数目,不指定时默认使用 sele。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「选择内分子计数」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「选择内分子计数」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Count_molecules_in_selection
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
FindObjectsNearby · 邻近对象查找
pm_sel | 0 MB | 1 个文件
返回第一状态下与指定目标在给定截断距离内的所有对象名称。
包含文件:FindObjectsNearby.py
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【邻近对象查找(FindObjectsNearby)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
返回第一状态下与指定目标在给定截断距离内的所有对象名称。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「邻近对象查找」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「邻近对象查找」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/FindObjectsNearby
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
List_Selection · Selection 列出选择残基信息
pm_sel | 0 MB | 1 个文件
遍历选择内容并输出残基序号与残基名,例如列出主链 alpha 碳所在残基。
包含文件:List_Selection.py
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【列出选择残基信息(List_Selection)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
遍历选择内容并输出残基序号与残基名,例如列出主链 alpha 碳所在残基。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「列出选择残基信息」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「列出选择残基信息」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/List_Selection
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
ListSelection2 · 选择残基列表增强
pm_sel | 0 MB | 1 个文件
列出选择中的残基,重复残基只列一次,并包含水与杂原子,区分不同链和对象。
包含文件:ListSelection2.py
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【选择残基列表增强(ListSelection2)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
列出选择中的残基,重复残基只列一次,并包含水与杂原子,区分不同链和对象。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「选择残基列表增强」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「选择残基列表增强」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/ListSelection2
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
ObjectByArrows · 方向键切换对象
pm_sel | 0 MB | 1 个文件
把左右方向键绑定用于在对象面板中快速切换对象,省去反复点击列表。
包含文件:ObjectByArrows.py
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【方向键切换对象(ObjectByArrows)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
把左右方向键绑定用于在对象面板中快速切换对象,省去反复点击列表。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「方向键切换对象」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「方向键切换对象」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/ObjectByArrows
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
ObjectFocus · 对象面板顺序浏览
pm_sel | 0 MB | 1 个文件
按顺序遍历对象菜单面板中的各个对象,便于逐个查看已载入的结构。
包含文件:ObjectFocus.py
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【对象面板顺序浏览(ObjectFocus)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
按顺序遍历对象菜单面板中的各个对象,便于逐个查看已载入的结构。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「对象面板顺序浏览」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「对象面板顺序浏览」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/ObjectFocus
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Removealt · 清除多余构象原子
pm_sel | 0 MB | 1 个文件
删除对象中所有交替构象原子,仅保留指定的 altloc,使结构整洁以供后续计算。
包含文件:removealt.py
安装教程(点击展开)
【清除多余构象原子(Removealt)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
删除对象中所有交替构象原子,仅保留指定的 altloc,使结构整洁以供后续计算。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「清除多余构象原子」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「清除多余构象原子」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Removealt
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
SelectClipped · 选择裁剪面内原子
pm_sel | 0 MB | 1 个文件
选中位于近裁剪面与远裁剪面之间的原子,方便只对可见区域做操作或分析。
包含文件:SelectClipped.py
安装教程(点击展开)
【选择裁剪面内原子(SelectClipped)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
选中位于近裁剪面与远裁剪面之间的原子,方便只对可见区域做操作或分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「选择裁剪面内原子」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「选择裁剪面内原子」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/SelectClipped
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Show_bumps · bumps 范德华重叠检测
pm_sel | 0 MB | 1 个文件
检测并标出分子中范德华半径重叠即空间位阻冲突的位置,以红色圆盘显示。
包含文件:show_bumps.py
安装教程(点击展开)
【范德华重叠检测(Show_bumps)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
检测并标出分子中范德华半径重叠即空间位阻冲突的位置,以红色圆盘显示。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「范德华重叠检测」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「范德华重叠检测」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Show_bumps
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Split_object · object 多分子对象转多状态
pm_sel | 0 MB | 1 个文件
把包含多个分子的对象转换成多状态对象,作用类似 split_states 但针对分子而非状态。
包含文件:Split_object.py
安装教程(点击展开)
【多分子对象转多状态(Split_object)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
把包含多个分子的对象转换成多状态对象,作用类似 split_states 但针对分子而非状态。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「多分子对象转多状态」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多分子对象转多状态」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Split_object
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Split_Object_Along_Axis · Object Along Axis 沿轴拆分并旋转片段
pm_sel | 0.01 MB | 1 个文件
按指定轴把小分子的不同片段分开并旋转,用于观察以单键连接的两个部分的构象。
包含文件:Split_Object_Along_Axis.py
安装教程(点击展开)
【沿轴拆分并旋转片段(Split_Object_Along_Axis)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
按指定轴把小分子的不同片段分开并旋转,用于观察以单键连接的两个部分的构象。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「沿轴拆分并旋转片段」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「沿轴拆分并旋转片段」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Split_Object_Along_Axis
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Split_selection · selection 按原子编号拆分选择
pm_sel | 0 MB | 1 个文件
以指定原子为界把初始选择拆成两个,ID 较小的原子归 lo,较大的归 hi。
包含文件:Split_selection.py
安装教程(点击展开)
【按原子编号拆分选择(Split_selection)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
以指定原子为界把初始选择拆成两个,ID 较小的原子归 lo,较大的归 hi。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「按原子编号拆分选择」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「按原子编号拆分选择」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Split_selection
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ToGroup · 多状态对象转群组
pm_sel | 0 MB | 1 个文件
把多状态对象拆成一个群组内的多个单状态对象;默认会删除原对象,需注意备份。
包含文件:togroup.py
安装教程(点击展开)
【多状态对象转群组(ToGroup)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
把多状态对象拆成一个群组内的多个单状态对象;默认会删除原对象,需注意备份。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「多状态对象转群组」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多状态对象转群组」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/ToGroup
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Aa_codes · 氨基酸单字母对照表
pm_tool | 0 MB | 1 个文件
打印常用氨基酸的三字母缩写与单字母代码对照表
包含文件:Aa_codes.py
安装教程(点击展开)
【氨基酸单字母对照表(Aa_codes)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
打印常用氨基酸的三字母缩写与单字母代码对照表
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「氨基酸单字母对照表」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「氨基酸单字母对照表」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Aa_codes
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AAindex · AAindex 氨基酸指数
pm_tool | 0.02 MB | 1 个文件
接入 AAindex 数据库,提供氨基酸理化性质的数值索引用于分析。
包含文件:aaindex.py
安装教程(点击展开)
【AAindex 氨基酸指数(AAindex)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
接入 AAindex 数据库,提供氨基酸理化性质的数值索引用于分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「AAindex 氨基酸指数」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「AAindex 氨基酸指数」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/AAindex
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
AKMT_Lys_pred · aKMT 赖氨酸预测
pm_tool | 0.02 MB | 1 个文件
预测蛋白质上 aKMT 酶催化的赖氨酸修饰位点并高亮标注
包含文件:aKMT_Lys_pred.py
安装教程(点击展开)
【aKMT 赖氨酸预测(AKMT_Lys_pred)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
预测蛋白质上 aKMT 酶催化的赖氨酸修饰位点并高亮标注
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「aKMT 赖氨酸预测」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「aKMT 赖氨酸预测」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/AKMT_Lys_pred
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
AlphaToAll · alpha 属性批量设置
pm_tool | 0 MB | 1 个文件
一次性为全部原子设置 alpha 属性,省去逐个手工调整的麻烦。
包含文件:AlphaToAll.py
安装教程(点击展开)
【alpha 属性批量设置(AlphaToAll)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
一次性为全部原子设置 alpha 属性,省去逐个手工调整的麻烦。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「alpha 属性批量设置」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「alpha 属性批量设置」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/AlphaToAll
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Annocryst · 三维晶体模型注释
pm_tool | 0.05 MB | 1 个文件
为三维晶体模型添加并浏览协同注释,便于团队共享结构解析结果。
包含文件:annocryst.py
安装教程(点击展开)
【三维晶体模型注释(Annocryst)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
为三维晶体模型添加并浏览协同注释,便于团队共享结构解析结果。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「三维晶体模型注释」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「三维晶体模型注释」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Annocryst
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Annotate_v · v 抗体序列区注释
pm_tool | 0.02 MB | 1 个文件
借助 Abnum 接口标注抗体 VH 或 VL 序列的 FR 与 CDR 区。
包含文件:annotate_v.py
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【抗体序列区注释(Annotate_v)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
借助 Abnum 接口标注抗体 VH 或 VL 序列的 FR 与 CDR 区。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「抗体序列区注释」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「抗体序列区注释」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Annotate_v
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Apbsplugin · APBS 静电势工具 2.1
pm_tool | 0.11 MB | 1 个文件
在 PyMOL 里调用 APBS 计算并渲染静电势表面,开源版可用
包含文件:apbsplugin.py
安装教程(点击展开)
【APBS 静电势工具 2.1(Apbsplugin)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
在 PyMOL 里调用 APBS 计算并渲染静电势表面,开源版可用
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「APBS 静电势工具 2.1」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「APBS 静电势工具 2.1」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Apbsplugin
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Apropos · 命令帮助检索
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
在全部命令的文档中检索关键词,列出匹配的命令及其用法。
包含文件:Apropos.py
安装教程(点击展开)
【命令帮助检索(Apropos)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
在全部命令的文档中检索关键词,列出匹配的命令及其用法。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「命令帮助检索」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「命令帮助检索」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Apropos
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Average_b · b 平均 B 因子统计
pm_tool | 0 MB | 1 个文件
计算所选原子的平均 B 因子,快速评估局部柔性高低与温度效应。
包含文件:Average_b.py
安装教程(点击展开)
【平均 B 因子统计(Average_b)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
计算所选原子的平均 B 因子,快速评估局部柔性高低与温度效应。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「平均 B 因子统计」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「平均 B 因子统计」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Average_b
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Axes · 坐标轴绘制
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
在原点或指定位置绘制 X、Y、Z 坐标轴与标签,便于观察取向。
包含文件:Axes.py
安装教程(点击展开)
【坐标轴绘制(Axes)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
在原点或指定位置绘制 X、Y、Z 坐标轴与标签,便于观察取向。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「坐标轴绘制」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「坐标轴绘制」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Axes
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Azahar · Azahar 可视化工具
pm_tool | 0.04 MB | 1 个文件
面向结构生物学家的交互式可视化插件,含界面与脚本工具集
包含文件:v0.8.8-beta.zip
安装教程(点击展开)
【Azahar 可视化工具(Azahar)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
面向结构生物学家的交互式可视化插件,含界面与脚本工具集
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「Azahar 可视化工具」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Azahar 可视化工具」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
B2transparency · B 因子透明度映射
pm_tool | 0 MB | 1 个文件
按 B 因子或其他数值属性缩放设置原子透明度与球体透明度。
包含文件:b2transparency.py
安装教程(点击展开)
【B 因子透明度映射(B2transparency)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
按 B 因子或其他数值属性缩放设置原子透明度与球体透明度。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「B 因子透明度映射」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「B 因子透明度映射」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/B2transparency
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
BbPlane · 肽平面绘制
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
在相邻残基的主链原子之间绘制平面,直观显示肽键原子的共面性。
包含文件:bbPlane.py
安装教程(点击展开)
【肽平面绘制(BbPlane)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
在相邻残基的主链原子之间绘制平面,直观显示肽键原子的共面性。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「肽平面绘制」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「肽平面绘制」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/BbPlane
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
BiologicalUnit · 生物学组装体生成
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
由晶体对称操作生成蛋白质的生物学功能单元,便于分析寡聚形式。
包含文件:BiologicalUnit.py
安装教程(点击展开)
【生物学组装体生成(BiologicalUnit)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
由晶体对称操作生成蛋白质的生物学功能单元,便于分析寡聚形式。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「生物学组装体生成」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「生物学组装体生成」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/BiologicalUnit
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Bnitools · BNI 界面功能扩展
pm_tool | 0.2 MB | 1 个文件
为 PyMOL 图形界面补充额外功能与预设,简化常用显示操作。
包含文件:bnitools.py
安装教程(点击展开)
【BNI 界面功能扩展(Bnitools)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
为 PyMOL 图形界面补充额外功能与预设,简化常用显示操作。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「BNI 界面功能扩展」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BNI 界面功能扩展」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Bnitools
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Bondpack · Bondpack 键可视化
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
自定义化学键的绘制样式与颜色
包含文件:Bondpack.zip
安装教程(点击展开)
【Bondpack 键可视化(Bondpack)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
自定义化学键的绘制样式与颜色
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「Bondpack 键可视化」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Bondpack 键可视化」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
GitHub 仓库源码打包(https://github.com/rasbt/BondPack)
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Bounding_Box · Box 包围盒绘制
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
为所选对象绘制最小包围盒并给出尺寸,便于检查空间占据范围。
包含文件:Bounding_Box.py
安装教程(点击展开)
【包围盒绘制(Bounding_Box)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
为所选对象绘制最小包围盒并给出尺寸,便于检查空间占据范围。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「包围盒绘制」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「包围盒绘制」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Bounding_Box
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
CalcArea · 选择面积计算
pm_tool | 0 MB | 1 个文件
计算指定选择所含表面的面积,用于比较不同区域的暴露程度。
包含文件:CalcArea.py
安装教程(点击展开)
【选择面积计算(CalcArea)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
计算指定选择所含表面的面积,用于比较不同区域的暴露程度。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「选择面积计算」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「选择面积计算」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/CalcArea
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Cart_to_frac · to frac 笛卡尔转分数坐标
pm_tool | 0 MB | 1 个文件
依据已载入的晶胞对称,把笛卡尔坐标换算为分数坐标便于比较。
包含文件:Cart_to_frac.py
安装教程(点击展开)
【笛卡尔转分数坐标(Cart_to_frac)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
依据已载入的晶胞对称,把笛卡尔坐标换算为分数坐标便于比较。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「笛卡尔转分数坐标」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「笛卡尔转分数坐标」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Cart_to_frac
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
CASTp · CASTp 口袋空腔可视化
pm_tool | 0.02 MB | 1 个文件
显示 CASTp 计算得到的蛋白质表面口袋与内部空腔区域。
包含文件:castp.py
安装教程(点击展开)
【CASTp 口袋空腔可视化(CASTp)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
显示 CASTp 计算得到的蛋白质表面口袋与内部空腔区域。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「CASTp 口袋空腔可视化」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CASTp 口袋空腔可视化」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/CASTp
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Caver2 · CAVER 通道检测
pm_tool | 0.05 MB | 1 个文件
检测并从埋藏空腔通向外部溶剂的通道,可视化其路径与瓶颈。
包含文件:Caver2_1_2.py
安装教程(点击展开)
【CAVER 通道检测(Caver2)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
检测并从埋藏空腔通向外部溶剂的通道,可视化其路径与瓶颈。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「CAVER 通道检测」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CAVER 通道检测」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Caver2
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Caver3 · CAVER 3 通道分析
pm_tool | 1.27 MB | 1 个文件
调用 CAVER 3 计算并展示蛋白内部通道与隧道的工具集
包含文件:master.zip
安装教程(点击展开)
【CAVER 3 通道分析(Caver3)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
调用 CAVER 3 计算并展示蛋白内部通道与隧道的工具集
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「CAVER 3 通道分析」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CAVER 3 通道分析」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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Ccp4_ncont · ncont NCONT 接触结果选择
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
读取 CCP4 中 NCONT 输出的原子接触列表,选择对应的残基与原子。
包含文件:ccp4_ncont.py
安装教程(点击展开)
【NCONT 接触结果选择(Ccp4_ncont)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
读取 CCP4 中 NCONT 输出的原子接触列表,选择对应的残基与原子。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「NCONT 接触结果选择」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「NCONT 接触结果选择」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Ccp4_ncont
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Ccp4_pisa · pisa PISA 界面原子选择
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
读取 PISA 输出的界面列表,按界面类型分别选择对应的原子。
包含文件:ccp4_pisa.py
安装教程(点击展开)
【PISA 界面原子选择(Ccp4_pisa)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
读取 PISA 输出的界面列表,按界面类型分别选择对应的原子。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「PISA 界面原子选择」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「PISA 界面原子选择」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Ccp4_pisa
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Center_of_mass · of mass 质心与几何中心
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
计算所选部分的真实质心或几何中心,以伪原子形式返回坐标。
包含文件:center_of_mass.py
安装教程(点击展开)
【质心与几何中心(Center_of_mass)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
计算所选部分的真实质心或几何中心,以伪原子形式返回坐标。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「质心与几何中心」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「质心与几何中心」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Center_of_mass
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Centroid · 几何中心计算
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
计算所选对象的几何中心坐标,并可把对象平移至坐标原点。
包含文件:centroid.py
安装教程(点击展开)
【几何中心计算(Centroid)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
计算所选对象的几何中心坐标,并可把对象平移至坐标原点。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「几何中心计算」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「几何中心计算」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Centroid
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Check_Key · Key 快捷键键位校验
pm_tool | 0 MB | 1 个文件
检查某个键位能否作为快捷键绑定,避免设置热键时因键名无效而出错。
包含文件:Check_Key.py
安装教程(点击展开)
【快捷键键位校验(Check_Key)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
检查某个键位能否作为快捷键绑定,避免设置热键时因键名无效而出错。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「快捷键键位校验」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「快捷键键位校验」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Check_Key
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Cheshift · 化学位移计算
pm_tool | 17.61 MB | 1 个文件
预测或展示蛋白化学位移相关数据
包含文件:v3.6.zip
安装教程(点击展开)
【化学位移计算(Cheshift)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
预测或展示蛋白化学位移相关数据
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「化学位移计算」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「化学位移计算」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
CollapseSel · 选择式压缩
pm_tool | 0 MB | 1 个文件
把冗长散乱的残基编号选择式压缩成区间写法,方便阅读与复用。
包含文件:CollapseSel.py
安装教程(点击展开)
【选择式压缩(CollapseSel)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
把冗长散乱的残基编号选择式压缩成区间写法,方便阅读与复用。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「选择式压缩」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「选择式压缩」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/CollapseSel
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
ConnectedCloud · 连通对象聚类
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
把间距小于设定阈值的对象按单链聚类连成对象簇,便于分组观察。
包含文件:ConnectedCloud.py
安装教程(点击展开)
【连通对象聚类(ConnectedCloud)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
把间距小于设定阈值的对象按单链聚类连成对象簇,便于分组观察。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「连通对象聚类」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「连通对象聚类」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/ConnectedCloud
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Consistent_View_Map_Inspect · 构象一致视图检查
pm_tool | 0.04 MB | 1 个文件
用左右方向键快速逐帧检查同系列构象与密度图是否一致
包含文件:Consistent_View_Map_Inspect.py
安装教程(点击展开)
【构象一致视图检查(Consistent_View_Map_Inspect)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
用左右方向键快速逐帧检查同系列构象与密度图是否一致
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「构象一致视图检查」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「构象一致视图检查」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Consistent_View/_Map_Inspect
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
CreateAtom · 按键方向创建原子
pm_tool | 0 MB | 1 个文件
沿两个原子的连线方向在给定距离处创建新原子,用于补全模型。
包含文件:CreateAtom.py
安装教程(点击展开)
【按键方向创建原子(CreateAtom)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
沿两个原子的连线方向在给定距离处创建新原子,用于补全模型。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「按键方向创建原子」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「按键方向创建原子」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/CreateAtom
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Cubes · 立方体四面体表示
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
为所选原子生成立方体或四面体图形,形象展示原子的空间体积。
包含文件:cubes.py
安装教程(点击展开)
【立方体四面体表示(Cubes)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
为所选原子生成立方体或四面体图形,形象展示原子的空间体积。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「立方体四面体表示」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「立方体四面体表示」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Cubes
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Cyspka · 半胱氨酸 pKa 预测
pm_tool | 0.04 MB | 1 个文件
预测表面半胱氨酸的 pKa 值,用于评估其反应活性与质子化状态。
包含文件:cyspka.py
安装教程(点击展开)
【半胱氨酸 pKa 预测(Cyspka)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
预测表面半胱氨酸的 pKa 值,用于评估其反应活性与质子化状态。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「半胱氨酸 pKa 预测」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「半胱氨酸 pKa 预测」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Cyspka
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Dehydron · 脱水子检测分析
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
识别骨架氢键中未被水充分屏蔽的脱水子,评估结构稳定性。
包含文件:dehydron.py
安装教程(点击展开)
【脱水子检测分析(Dehydron)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
识别骨架氢键中未被水充分屏蔽的脱水子,评估结构稳定性。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「脱水子检测分析」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「脱水子检测分析」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Dehydron
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Displacementmap · 半胱氨酸突变位点筛选
pm_tool | 0.02 MB | 1 个文件
为定点突变引入半胱氨酸并做 FRET/EPR 标记,评估残基中适合替换的位置。
包含文件:displacementmap.py
安装教程(点击展开)
【半胱氨酸突变位点筛选(Displacementmap)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
为定点突变引入半胱氨酸并做 FRET/EPR 标记,评估残基中适合替换的位置。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「半胱氨酸突变位点筛选」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「半胱氨酸突变位点筛选」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Displacementmap
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Draw_Protein_Dimensions · Protein Dimensions 蛋白尺寸标注绘制
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
基于惯性主轴对齐包围盒 IABB 绘制蛋白质各方向的尺寸标注线。
包含文件:Draw_Protein_Dimensions.py
安装教程(点击展开)
【蛋白尺寸标注绘制(Draw_Protein_Dimensions)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
基于惯性主轴对齐包围盒 IABB 绘制蛋白质各方向的尺寸标注线。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「蛋白尺寸标注绘制」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「蛋白尺寸标注绘制」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Draw_Protein_Dimensions
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
DrawBoundingBox · 最小包围盒绘制
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
围绕结构绘制最小包围盒,可设置留白角度来放大或收紧边框范围。
包含文件:DrawBoundingBox.py
安装教程(点击展开)
【最小包围盒绘制(DrawBoundingBox)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
围绕结构绘制最小包围盒,可设置留白角度来放大或收紧边框范围。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「最小包围盒绘制」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「最小包围盒绘制」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/DrawBoundingBox
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
DrawGridBox · 选择对象网格框绘制
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
新增 drawgridbox 命令,围绕指定选择对象绘制网格立方框。
包含文件:drawgridbox.py
安装教程(点击展开)
【选择对象网格框绘制(DrawGridBox)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
新增 drawgridbox 命令,围绕指定选择对象绘制网格立方框。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「选择对象网格框绘制」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「选择对象网格框绘制」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/DrawGridBox
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Dssr_block · DSSR 核酸结构块标注
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
调用 DSSR 程序标注核酸的二级结构块与碱基配对
包含文件:dssr_block.py
安装教程(点击展开)
【DSSR 核酸结构块标注(Dssr_block)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
调用 DSSR 程序标注核酸的二级结构块与碱基配对
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「DSSR 核酸结构块标注」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「DSSR 核酸结构块标注」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Dssr_block
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Ex · 自定义命令示例
pm_tool | 0 MB | 1 个文件
演示如何用 Python 给 PyMOL 增加自己的命令
包含文件:ex.py
安装教程(点击展开)
【自定义命令示例(Ex)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
演示如何用 Python 给 PyMOL 增加自己的命令
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「自定义命令示例」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「自定义命令示例」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Ex
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Extend · 命令扩展最小示例
pm_tool | 0 MB | 1 个文件
最小的 cmd.extend 自定义命令范例,改一改就能用
包含文件:Extend.py
安装教程(点击展开)
【命令扩展最小示例(Extend)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
最小的 cmd.extend 自定义命令范例,改一改就能用
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「命令扩展最小示例」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「命令扩展最小示例」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Extend
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Find_buried_waters · buried waters 埋藏水分子查找
pm_tool | 0 MB | 1 个文件
在选择中找出没有溶剂可及性的埋藏水分子并生成新选择,判定阈值可自定义。
包含文件:Find_buried_waters.py
安装教程(点击展开)
【埋藏水分子查找(Find_buried_waters)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
在选择中找出没有溶剂可及性的埋藏水分子并生成新选择,判定阈值可自定义。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「埋藏水分子查找」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「埋藏水分子查找」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Find_buried_waters
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Find_symbol · symbol 模块符号查找
pm_tool | 0 MB | 1 个文件
在指定模块中搜索符号或子串,方便回忆某个函数或变量位于哪个模块。
包含文件:Find_symbol.py
安装教程(点击展开)
【模块符号查找(Find_symbol)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
在指定模块中搜索符号或子串,方便回忆某个函数或变量位于哪个模块。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「模块符号查找」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「模块符号查找」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Find_symbol
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Flatten_obj · obj 多对象合并展平
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
把多个对象或状态合并成单个对象,必要时自动重命名链名以避免冲突。
包含文件:flatten_obj.py
安装教程(点击展开)
【多对象合并展平(Flatten_obj)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
把多个对象或状态合并成单个对象,必要时自动重命名链名以避免冲突。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「多对象合并展平」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多对象合并展平」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Flatten_obj
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FocalBlur · 焦距景深虚化
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
为图像添加焦点虚化效果,位于原点附近的对象保持清晰,其余部分虚化。
包含文件:FocalBlur.py
安装教程(点击展开)
【焦距景深虚化(FocalBlur)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
为图像添加焦点虚化效果,位于原点附近的对象保持清晰,其余部分虚化。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「焦距景深虚化」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「焦距景深虚化」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/FocalBlur
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Format_bonds · bonds 氨基酸键自动整理
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
自动规范氨基酸中的化学键显示,让键级与连接关系看起来更整齐。
包含文件:format_bonds.py
安装教程(点击展开)
【氨基酸键自动整理(Format_bonds)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
自动规范氨基酸中的化学键显示,让键级与连接关系看起来更整齐。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「氨基酸键自动整理」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「氨基酸键自动整理」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Format_bonds
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Frame_slider · slider 帧滑动条控制
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
提供滑动条在 PyMOL 中快速跳转动画帧,也可输入帧号直接定位到指定帧。
包含文件:frame_slider.py
安装教程(点击展开)
【帧滑动条控制(Frame_slider)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
提供滑动条在 PyMOL 中快速跳转动画帧,也可输入帧号直接定位到指定帧。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「帧滑动条控制」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「帧滑动条控制」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Frame_slider
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GetNamesInSel · 选择内对象名列表
pm_tool | 0 MB | 1 个文件
返回任意给定选择中包含的所有对象名称,例如查看多个配体姿势来自哪些对象。
包含文件:GetNamesInSel.py
安装教程(点击展开)
【选择内对象名列表(GetNamesInSel)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
返回任意给定选择中包含的所有对象名称,例如查看多个配体姿势来自哪些对象。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「选择内对象名列表」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「选择内对象名列表」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/GetNamesInSel
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
GROMACS_Plugin · GROMACS 结果可视化
pm_tool | 0.84 MB | 1 个文件
在 PyMOL 中读取并可视化 GROMACS 模拟轨迹
包含文件:master.zip
安装教程(点击展开)
【GROMACS 结果可视化(GROMACS_Plugin)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
在 PyMOL 中读取并可视化 GROMACS 模拟轨迹
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「GROMACS 结果可视化」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GROMACS 结果可视化」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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Hbplus · HBPLUS 氢键显示
pm_tool | 0 MB | 1 个文件
为 HBPLUS 程序提供 PyMOL 封装,把 HBPLUS 找到的氢键绘制为距离对象。
包含文件:hbplus.py
安装教程(点击展开)
【HBPLUS 氢键显示(Hbplus)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
为 HBPLUS 程序提供 PyMOL 封装,把 HBPLUS 找到的氢键绘制为距离对象。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「HBPLUS 氢键显示」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「HBPLUS 氢键显示」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Hbplus
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Helicity_check · check 螺旋 O-N 间距检验
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
沿氨基酸序列展示主链 O—N 原子间距的变化,用于判断二级结构的螺旋程度。
包含文件:Helicity_check.py
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【螺旋 O-N 间距检验(Helicity_check)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
沿氨基酸序列展示主链 O—N 原子间距的变化,用于判断二级结构的螺旋程度。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「螺旋 O-N 间距检验」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「螺旋 O-N 间距检验」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Helicity_check
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Inertia_tensor · tensor 惯量张量主轴绘制
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
计算所选分子部分的惯量张量并绘制其特征向量,用于观察结构的主轴方向。
包含文件:inertia_tensor.py
安装教程(点击展开)
【惯量张量主轴绘制(Inertia_tensor)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
计算所选分子部分的惯量张量并绘制其特征向量,用于观察结构的主轴方向。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「惯量张量主轴绘制」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「惯量张量主轴绘制」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Inertia_tensor
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
InterfaceResidues · 蛋白界面残基识别
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
通过比较复合物与单体的面积,找出两个蛋白或两条链之间的界面残基。
包含文件:InterfaceResidues.py
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【蛋白界面残基识别(InterfaceResidues)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
通过比较复合物与单体的面积,找出两个蛋白或两条链之间的界面残基。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「蛋白界面残基识别」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「蛋白界面残基识别」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/InterfaceResidues
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Isoslider · 等值面滑块调节
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
为每个等值面与等值线对象提供滑块对话框,实时调整密度阈值。
包含文件:isoslider.py
安装教程(点击展开)
【等值面滑块调节(Isoslider)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
为每个等值面与等值线对象提供滑块对话框,实时调整密度阈值。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「等值面滑块调节」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「等值面滑块调节」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Isoslider
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Jump · 指定帧快速跳转
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
在电影或模拟轨迹中按自定义列表在任意帧之间快速跳转,无需按顺序播放。
包含文件:Jump.py
安装教程(点击展开)
【指定帧快速跳转(Jump)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
在电影或模拟轨迹中按自定义列表在任意帧之间快速跳转,无需按顺序播放。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「指定帧快速跳转」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「指定帧快速跳转」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Jump
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Launching_From_a_Script · From a Script 脚本调用 PyMOL 解释器
pm_tool | 0 MB | 1 个文件
说明如何以 PyMOL 作为解释器来运行 PyMOL-Python 脚本,各版本均支持。
包含文件:Launching_From_a_Script.py
安装教程(点击展开)
【脚本调用 PyMOL 解释器(Launching_From_a_Script)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
说明如何以 PyMOL 作为解释器来运行 PyMOL-Python 脚本,各版本均支持。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「脚本调用 PyMOL 解释器」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「脚本调用 PyMOL 解释器」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Launching_From_a_Script
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Lisica · LiSiCA 配体相似性
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
用最大团算法比较配体的相似性,用于虚拟筛选与骨架跃迁研究。
包含文件:lisica.py
安装教程(点击展开)
【LiSiCA 配体相似性(Lisica)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
用最大团算法比较配体的相似性,用于虚拟筛选与骨架跃迁研究。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「LiSiCA 配体相似性」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「LiSiCA 配体相似性」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Lisica
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Make_Figures · Figures 出版级配图生成
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
为当前显示场景生成出版级配图,内置多种预设模式并支持自定义尺寸。
包含文件:Make_Figures.py
安装教程(点击展开)
【出版级配图生成(Make_Figures)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
为当前显示场景生成出版级配图,内置多种预设模式并支持自定义尺寸。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「出版级配图生成」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「出版级配图生成」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Make_Figures
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
MakeVinaCommand · Vina 对接命令生成
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
为 Vina 分子对接程序生成运行命令,需先安装 MGLTools 等依赖环境。
包含文件:MakeVinaCommand.py
安装教程(点击展开)
【Vina 对接命令生成(MakeVinaCommand)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
为 Vina 分子对接程序生成运行命令,需先安装 MGLTools 等依赖环境。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「Vina 对接命令生成」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Vina 对接命令生成」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/MakeVinaCommand
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Modevectors · 运动模式向量绘制
pm_tool | 0.02 MB | 1 个文件
把正则模式分析等计算得到的运动模式绘制为箭头向量,直观展示原子位移方向。
包含文件:modevectors.py
安装教程(点击展开)
【运动模式向量绘制(Modevectors)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
把正则模式分析等计算得到的运动模式绘制为箭头向量,直观展示原子位移方向。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「运动模式向量绘制」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「运动模式向量绘制」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Modevectors
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Motif · 主链片段显示
pm_tool | 0 MB | 1 个文件
快速显示指定残基区间的主链片段,例如输入 motif 10-12 显示第 10 到 12 位残基。
包含文件:Motif.py
安装教程(点击展开)
【主链片段显示(Motif)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
快速显示指定残基区间的主链片段,例如输入 motif 10-12 显示第 10 到 12 位残基。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「主链片段显示」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「主链片段显示」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Motif
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Mouse_modes · modes 鼠标模式配置
pm_tool | 0 MB | 1 个文件
演示如何通过 mouse_modes.py 自定义 PyMOL 的鼠标按键操作模式。
包含文件:Mouse_modes.py
安装教程(点击展开)
【鼠标模式配置(Mouse_modes)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
演示如何通过 mouse_modes.py 自定义 PyMOL 的鼠标按键操作模式。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「鼠标模式配置」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「鼠标模式配置」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Mouse_modes
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Movit · 鼠标手动对接蛋白质
pm_tool | 0 MB | 1 个文件
用鼠标直接拖动一个蛋白在另一个蛋白上移动旋转,粗略判断两者能否对接。
包含文件:Movit.py
安装教程(点击展开)
【鼠标手动对接蛋白质(Movit)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
用鼠标直接拖动一个蛋白在另一个蛋白上移动旋转,粗略判断两者能否对接。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「鼠标手动对接蛋白质」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「鼠标手动对接蛋白质」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Movit
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
MSMS · MSMS 分子表面计算
pm_tool | 0.06 MB | 1 个文件
调用 MSMS 计算蛋白质的溶剂排除表面,并在 PyMOL 中显示。
包含文件:msms.py
安装教程(点击展开)
【MSMS 分子表面计算(MSMS)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
调用 MSMS 计算蛋白质的溶剂排除表面,并在 PyMOL 中显示。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「MSMS 分子表面计算」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MSMS 分子表面计算」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/MSMS
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
MtsslTrilaterate · MTSSL 距离三边定位
pm_tool | 0.07 MB | 1 个文件
用 DEER 距离约束做三边定位,推算自旋标记的空间位置
包含文件:mtsslTrilaterate.py
安装教程(点击展开)
【MTSSL 距离三边定位(MtsslTrilaterate)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
用 DEER 距离约束做三边定位,推算自旋标记的空间位置
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「MTSSL 距离三边定位」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MTSSL 距离三边定位」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/MtsslTrilaterate
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
MtsslWizard · MTSSL 自旋标记建模向导
pm_tool | 0.1 MB | 1 个文件
位点定向自旋标记建模向导,可批量生成标记构象并打分
包含文件:mtsslWizard.py
安装教程(点击展开)
【MTSSL 自旋标记建模向导(MtsslWizard)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
位点定向自旋标记建模向导,可批量生成标记构象并打分
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「MTSSL 自旋标记建模向导」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MTSSL 自旋标记建模向导」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/MtsslWizard
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Nmr_cnstr · cnstr 显示NMR约束
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
把结构计算所用的 NMR 约束叠加显示在结构上,支持 upl 与 cns 等约束文件格式。
包含文件:nmr_cnstr.py
安装教程(点击展开)
【显示NMR约束(Nmr_cnstr)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
把结构计算所用的 NMR 约束叠加显示在结构上,支持 upl 与 cns 等约束文件格式。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「显示NMR约束」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「显示NMR约束」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Nmr_cnstr
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Optimize · OpenBabel 能量优化
pm_tool | 0.02 MB | 1 个文件
调用 OpenBabel 的分子力学功能,对载入的分子做能量最小化。
包含文件:optimize.py
安装教程(点击展开)
【OpenBabel 能量优化(Optimize)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
调用 OpenBabel 的分子力学功能,对载入的分子做能量最小化。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「OpenBabel 能量优化」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「OpenBabel 能量优化」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Optimize
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Outline · 轮廓描边效果
pm_tool | 0 MB | 1 个文件
给对象加上轮廓描边,出图时结构更清晰醒目
包含文件:Outline.py
安装教程(点击展开)
【轮廓描边效果(Outline)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
给对象加上轮廓描边,出图时结构更清晰醒目
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「轮廓描边效果」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「轮廓描边效果」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Outline
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Plot_noe · noe NOE 约束距离显示
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
读取 XPLOR 格式的 NOE 距离约束文件,把约束显示为 PyMOL 距离对象。
包含文件:plot_noe.py
安装教程(点击展开)
【NOE 约束距离显示(Plot_noe)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
读取 XPLOR 格式的 NOE 距离约束文件,把约束显示为 PyMOL 距离对象。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「NOE 约束距离显示」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「NOE 约束距离显示」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Plot_noe
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Pml2py · PML转Python脚本
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
把 PML 宏脚本转换为等效的 PyMOL Python 脚本,便于改用 Python 编程控制 PyMOL。
包含文件:Pml2py.py
安装教程(点击展开)
【PML转Python脚本(Pml2py)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
把 PML 宏脚本转换为等效的 PyMOL Python 脚本,便于改用 Python 编程控制 PyMOL。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「PML转Python脚本」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「PML转Python脚本」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Pml2py
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Pmlbeta · 非天然氨基酸建模
pm_tool | 0.23 MB | 1 个文件
为 β 氨基酸等非天然残基生成建模所需参数与对象
包含文件:pmlbeta_latest.zip
安装教程(点击展开)
【非天然氨基酸建模(Pmlbeta)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
为 β 氨基酸等非天然残基生成建模所需参数与对象
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「非天然氨基酸建模」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「非天然氨基酸建模」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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Polarpairs · 极性原子对查找
pm_tool | 0 MB | 1 个文件
查找满足距离与角度条件的极性原子对,并以原子对列表返回。
包含文件:Polarpairs.py
安装教程(点击展开)
【极性原子对查找(Polarpairs)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
查找满足距离与角度条件的极性原子对,并以原子对列表返回。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「极性原子对查找」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「极性原子对查找」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Polarpairs
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
PoseView · PoseView二维相互作用图
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
调用 PoseView 程序为蛋白-配体复合物生成二维结构图,直观展示两者之间的相互作用模式。
包含文件:poseview.py
安装教程(点击展开)
【PoseView二维相互作用图(PoseView)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
调用 PoseView 程序为蛋白-配体复合物生成二维结构图,直观展示两者之间的相互作用模式。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「PoseView二维相互作用图」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「PoseView二维相互作用图」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/PoseView
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PowerMate_Dial_OS_X · Dial OS X PowerMate旋钮视角控制
pm_tool | 0 MB | 1 个文件
在 Mac 上用 Griffin PowerMate 旋钮旋转控制 PyMOL 视角,需先安装并配置该旋钮驱动。
包含文件:PowerMate_Dial_OS_X.py
安装教程(点击展开)
【PowerMate旋钮视角控制(PowerMate_Dial_OS_X)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
在 Mac 上用 Griffin PowerMate 旋钮旋转控制 PyMOL 视角,需先安装并配置该旋钮驱动。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「PowerMate旋钮视角控制」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「PowerMate旋钮视角控制」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/PowerMate_Dial_OS_X
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PPIIMoL · PPII 螺旋建模
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
构建并分析聚脯氨酸 II 型螺旋结构
包含文件:PPIIMoL.zip
安装教程(点击展开)
【PPII 螺旋建模(PPIIMoL)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
构建并分析聚脯氨酸 II 型螺旋结构
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「PPII 螺旋建模」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「PPII 螺旋建模」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
GitHub 仓库源码打包(https://github.com/silviaenma/PPIIMoL.git)
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ProMOL · ProMOL 酶位点分析
pm_tool | 8.07 MB | 1 个文件
识别并匹配蛋白质的酶活性位点基序
包含文件:promol-plugin-54r461u.zip
安装教程(点击展开)
【ProMOL 酶位点分析(ProMOL)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
识别并匹配蛋白质的酶活性位点基序
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「ProMOL 酶位点分析」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ProMOL 酶位点分析」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Propka · PROPKA在线pKa预测
pm_tool | 0.05 MB | 1 个文件
从 PROPKA 服务器获取蛋白质残基的 pKa 值,自动生成 PyMOL 命令文件并执行以着色显示。
包含文件:propka.py
安装教程(点击展开)
【PROPKA在线pKa预测(Propka)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
从 PROPKA 服务器获取蛋白质残基的 pKa 值,自动生成 PyMOL 命令文件并执行以着色显示。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「PROPKA在线pKa预测」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「PROPKA在线pKa预测」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Propka
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Psico · Psico 工具箱
pm_tool | 0.12 MB | 1 个文件
精选 PyMOL 脚本合集,含选择、对齐、导出等常用功能
包含文件:Psico.zip
安装教程(点击展开)
【Psico 工具箱(Psico)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
精选 PyMOL 脚本合集,含选择、对齐、导出等常用功能
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「Psico 工具箱」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Psico 工具箱」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
GitHub 仓库源码打包(https://github.com/speleo3/pymol-psico)
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Pucker · 糖环褶皱参数计算
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
对给定选择计算核苷酸糖环的褶皱信息,输出相位角、振幅与褶皱类型等参数。
包含文件:Pucker.py
安装教程(点击展开)
【糖环褶皱参数计算(Pucker)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
对给定选择计算核苷酸糖环的褶皱信息,输出相位角、振幅与褶皱类型等参数。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「糖环褶皱参数计算」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「糖环褶皱参数计算」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Pucker
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
PyANM · PyANM 弹性网络模型
pm_tool | 0.04 MB | 1 个文件
用弹性网络模型分析蛋白质构象波动,预测柔性区与运动模式。
包含文件:pyanm.py
安装教程(点击展开)
【PyANM 弹性网络模型(PyANM)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
用弹性网络模型分析蛋白质构象波动,预测柔性区与运动模式。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「PyANM 弹性网络模型」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「PyANM 弹性网络模型」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/PyANM
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
PyMod · PyMod 同源建模
pm_tool | 1.48 MB | 1 个文件
集成序列搜索、比对与同源建模的完整流程
包含文件:pymod3.zip
安装教程(点击展开)
【PyMod 同源建模(PyMod)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
集成序列搜索、比对与同源建模的完整流程
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「PyMod 同源建模」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「PyMod 同源建模」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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Pymol2glmol · 导出GLmol网页查看器
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
把 PyMOL 场景导出为 GLmol 文件,用浏览器中的 WebGL 分子查看器展示结构。
包含文件:pymol2glmol.py
安装教程(点击展开)
【导出GLmol网页查看器(Pymol2glmol)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
把 PyMOL 场景导出为 GLmol 文件,用浏览器中的 WebGL 分子查看器展示结构。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「导出GLmol网页查看器」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「导出GLmol网页查看器」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Pymol2glmol
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
PyMOLProbity · PyMOLProbity 校验
pm_tool | 0.03 MB | 1 个文件
调用 MolProbity 校验结构并可视化异常区域
包含文件:PyMOLProbity.zip
安装教程(点击展开)
【PyMOLProbity 校验(PyMOLProbity)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
调用 MolProbity 校验结构并可视化异常区域
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「PyMOLProbity 校验」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「PyMOLProbity 校验」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
GitHub 仓库源码打包(https://github.com/jaredsampson/pymolprobity)
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Pytms · 蛋白质翻译后修饰建模
pm_tool | 0.27 MB | 1 个文件
便捷地为蛋白质模型添加多种常见翻译后修饰,如磷酸化、甲基化与糖基化等。
包含文件:pytms.py
安装教程(点击展开)
【蛋白质翻译后修饰建模(Pytms)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
便捷地为蛋白质模型添加多种常见翻译后修饰,如磷酸化、甲基化与糖基化等。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「蛋白质翻译后修饰建模」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「蛋白质翻译后修饰建模」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Pytms
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Quick_dist · dist 快速成对距离计算
pm_tool | 0 MB | 1 个文件
快速计算并写出两个选择之间所有原子的成对距离,每秒可处理约八万条距离。
包含文件:Quick_dist.py
安装教程(点击展开)
【快速成对距离计算(Quick_dist)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
快速计算并写出两个选择之间所有原子的成对距离,每秒可处理约八万条距离。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「快速成对距离计算」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「快速成对距离计算」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Quick_dist
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Quickdisplays · 常用显示方案快捷库
pm_tool | 0.02 MB | 1 个文件
汇集多个快速标准显示函数,一键切换分子常用的线条、球体与表面等展示样式。
包含文件:quickdisplays.py
安装教程(点击展开)
【常用显示方案快捷库(Quickdisplays)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
汇集多个快速标准显示函数,一键切换分子常用的线条、球体与表面等展示样式。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「常用显示方案快捷库」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「常用显示方案快捷库」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Quickdisplays
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Radius_of_gyration · of gyration 回转半径计算
pm_tool | 0 MB | 1 个文件
计算目标分子的回转半径,用于衡量结构整体的尺寸大小与紧凑程度。
包含文件:Radius_of_gyration.py
安装教程(点击展开)
【回转半径计算(Radius_of_gyration)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
计算目标分子的回转半径,用于衡量结构整体的尺寸大小与紧凑程度。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「回转半径计算」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「回转半径计算」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Radius_of_gyration
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Rasmolify · RasMol风格命令兼容
pm_tool | 0 MB | 1 个文件
在 PyMOL 中提供 RasMol 风格的简化命令与选择语法,方便老用户沿用习惯操作。
包含文件:Rasmolify.py
安装教程(点击展开)
【RasMol风格命令兼容(Rasmolify)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
在 PyMOL 中提供 RasMol 风格的简化命令与选择语法,方便老用户沿用习惯操作。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「RasMol风格命令兼容」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「RasMol风格命令兼容」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Rasmolify
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Renumber · 按连接性重编残基号
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
根据主链连接关系为多肽重新编号残基序号,解决链断裂或缺失导致的编号混乱。
包含文件:renumber.py
安装教程(点击展开)
【按连接性重编残基号(Renumber)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
根据主链连接关系为多肽重新编号残基序号,解决链断裂或缺失导致的编号混乱。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「按连接性重编残基号」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「按连接性重编残基号」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Renumber
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Rotamer_Toggle · Toggle 侧链旋转异构体切换
pm_tool | 0.02 MB | 1 个文件
导入 Dunbrack 主链依赖旋转异构体库,可查询残基的最优侧链构象并在模型中切换显示。
包含文件:Rotamer_Toggle.py
安装教程(点击展开)
【侧链旋转异构体切换(Rotamer_Toggle)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
导入 Dunbrack 主链依赖旋转异构体库,可查询残基的最优侧链构象并在模型中切换显示。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「侧链旋转异构体切换」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「侧链旋转异构体切换」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Rotamer_Toggle
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Rotkit · 分子精确定位工具箱
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
集合多个小脚本,用于把染料等分子精确摆放到相对蛋白质的指定位置。
包含文件:rotkit.py
安装教程(点击展开)
【分子精确定位工具箱(Rotkit)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
集合多个小脚本,用于把染料等分子精确摆放到相对蛋白质的指定位置。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「分子精确定位工具箱」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分子精确定位工具箱」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Rotkit
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
RUCAP_UM-5 · UM-5 RUCAP UM-5摇杆控制
pm_tool | 0 MB | 1 个文件
支持用 RUCAP UM-5 无线摇杆控制 PyMOL 视角,代码基于 ImmersiveViz 项目。
包含文件:RUCAP_UM-5.py
安装教程(点击展开)
【RUCAP UM-5摇杆控制(RUCAP_UM-5)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
支持用 RUCAP UM-5 无线摇杆控制 PyMOL 视角,代码基于 ImmersiveViz 项目。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「RUCAP UM-5摇杆控制」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「RUCAP UM-5摇杆控制」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/RUCAP_UM-5
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
SelInside · 框内原子选择
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
选中落在某个选择所定义包围盒内、且属于指定原子类型的全部原子。
包含文件:SelInside.py
安装教程(点击展开)
【框内原子选择(SelInside)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
选中落在某个选择所定义包围盒内、且属于指定原子类型的全部原子。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「框内原子选择」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「框内原子选择」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/SelInside
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Set_toggle · toggle 按键切换设置开关
pm_tool | 0 MB | 1 个文件
把某个设置项绑定到键盘按键,一键在开与关之间切换,方便实时对比显示效果。
包含文件:Set_toggle.py
安装教程(点击展开)
【按键切换设置开关(Set_toggle)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
把某个设置项绑定到键盘按键,一键在开与关之间切换,方便实时对比显示效果。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「按键切换设置开关」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「按键切换设置开关」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Set_toggle
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Sidechaincenters · 侧链质心单原子表示
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
把氨基酸侧链简化为单个伪原子表示,常用于推导成对势能等粗粒化计算。
包含文件:Sidechaincenters.py
安装教程(点击展开)
【侧链质心单原子表示(Sidechaincenters)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
把氨基酸侧链简化为单个伪原子表示,常用于推导成对势能等粗粒化计算。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「侧链质心单原子表示」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「侧链质心单原子表示」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Sidechaincenters
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Slerpy · 关键帧动画扩展
pm_tool | 0.03 MB | 1 个文件
为 PyMOL 扩展出较易上手的关键帧动画环境,可制作平滑的视角与对象运动动画。
包含文件:Slerpy.py
安装教程(点击展开)
【关键帧动画扩展(Slerpy)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
为 PyMOL 扩展出较易上手的关键帧动画环境,可制作平滑的视角与对象运动动画。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「关键帧动画扩展」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「关键帧动画扩展」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Slerpy
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Spectrum_states · states 多状态分色着色
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
为多状态对象的每个状态着不同颜色,颜色沿用户自定义的调色板渐变,用法类似 spectrumany。
包含文件:spectrum_states.py
安装教程(点击展开)
【多状态分色着色(Spectrum_states)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
为多状态对象的每个状态着不同颜色,颜色沿用户自定义的调色板渐变,用法类似 spectrumany。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「多状态分色着色」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多状态分色着色」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Spectrum_states
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Spectrumany · 任意色阶光谱着色
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
功能类似 spectrum 命令,但可自定义任意颜色序列作为渐变,按数值为结构着色。
包含文件:spectrumany.py
安装教程(点击展开)
【任意色阶光谱着色(Spectrumany)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
功能类似 spectrum 命令,但可自定义任意颜色序列作为渐变,按数值为结构着色。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「任意色阶光谱着色」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「任意色阶光谱着色」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Spectrumany
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Spectrumbar · 色谱标尺绘制
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
在结构旁绘制颜色标尺与刻度,方便在论文插图中说明配色所对应的取值含义。
包含文件:spectrumbar.py
安装教程(点击展开)
【色谱标尺绘制(Spectrumbar)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
在结构旁绘制颜色标尺与刻度,方便在论文插图中说明配色所对应的取值含义。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「色谱标尺绘制」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「色谱标尺绘制」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Spectrumbar
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Split_chains · chains 按链拆分为独立对象
pm_tool | 0 MB | 1 个文件
把选择中的每条链分别创建为独立对象,便于单独显示或分析各条链。
包含文件:Split_chains.py
安装教程(点击展开)
【按链拆分为独立对象(Split_chains)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
把选择中的每条链分别创建为独立对象,便于单独显示或分析各条链。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「按链拆分为独立对象」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「按链拆分为独立对象」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Split_chains
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Ss · 二级结构摘要列表
pm_tool | 0 MB | 1 个文件
列出指定选择的二级结构摘要,输入 ss 加名称即可查看各段螺旋、折叠与转角。
包含文件:Ss.py
安装教程(点击展开)
【二级结构摘要列表(Ss)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
列出指定选择的二级结构摘要,输入 ss 加名称即可查看各段螺旋、折叠与转角。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「二级结构摘要列表」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「二级结构摘要列表」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Ss
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Stereo_Figures · 立体图生成
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
生成可供立体观看的成对图像
包含文件:Stereo_Figures.py
安装教程(点击展开)
【立体图生成(Stereo_Figures)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
生成可供立体观看的成对图像
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「立体图生成」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「立体图生成」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
GitHub 仓库构建产物 / Wiki 页面代码
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Tiff2ccp4 · TIFF序列转CCP4密度图
pm_tool | 0.02 MB | 1 个文件
把 TIFF 图像序列转换为 CCP4 格式电子密度图,可直接在 PyMOL 中读取显示。
包含文件:Tiff2ccp4.py
安装教程(点击展开)
【TIFF序列转CCP4密度图(Tiff2ccp4)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
把 TIFF 图像序列转换为 CCP4 格式电子密度图,可直接在 PyMOL 中读取显示。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「TIFF序列转CCP4密度图」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「TIFF序列转CCP4密度图」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Tiff2ccp4
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Transform_odb · odb 按O型矩阵变换坐标
pm_tool | 0 MB | 1 个文件
读取 O 程序风格的 .odb 变换矩阵文件,对指定选择做坐标变换并生成新对象。
包含文件:Transform_odb.py
安装教程(点击展开)
【按O型矩阵变换坐标(Transform_odb)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
读取 O 程序风格的 .odb 变换矩阵文件,对指定选择做坐标变换并生成新对象。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「按O型矩阵变换坐标」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「按O型矩阵变换坐标」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Transform_odb
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Transformations · 矩阵与向量运算库
pm_tool | 0.07 MB | 1 个文件
提供矩阵和向量操作函数库,用于比较多组对象的叠合结果,由 Christoph Gohlke 编写。
包含文件:transformations.py
安装教程(点击展开)
【矩阵与向量运算库(Transformations)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
提供矩阵和向量操作函数库,用于比较多组对象的叠合结果,由 Christoph Gohlke 编写。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「矩阵与向量运算库」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「矩阵与向量运算库」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Transformations
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Uniprot_features · features UniProt注释特征选择
pm_tool | 0.01 MB | 1 个文件
从 uniprot.org 获取序列注释特征,并为每个特征自动创建命名选择。
包含文件:uniprot_features.py
安装教程(点击展开)
【UniProt注释特征选择(Uniprot_features)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
从 uniprot.org 获取序列注释特征,并为每个特征自动创建命名选择。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「UniProt注释特征选择」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「UniProt注释特征选择」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Uniprot_features
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Vina · AutoDock Vina 分子对接
pm_tool | 0.05 MB | 1 个文件
在 PyMOL 内准备配体、运行 Vina 对接并查看结果构象
包含文件:vina.py
安装教程(点击展开)
【AutoDock Vina 分子对接(Vina)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
在 PyMOL 内准备配体、运行 Vina 对接并查看结果构象
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「AutoDock Vina 分子对接」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「AutoDock Vina 分子对接」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Vina
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Zero_residues · residues 残基从零重新编号
pm_tool | 0 MB | 1 个文件
把所有残基重新编号,使第一个残基编号为零,在做序列比对时较为方便。
包含文件:Zero_residues.py
安装教程(点击展开)
【残基从零重新编号(Zero_residues)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
把所有残基重新编号,使第一个残基编号为零,在做序列比对时较为方便。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「残基从零重新编号」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「残基从零重新编号」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Zero_residues
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Cgo_arrow · arrow CGO 箭头绘制
pm_vis | 0 MB | 1 个文件
在指定原子或坐标之间绘制箭头图形,用于标注方向与相互作用。
包含文件:cgo_arrow.py
安装教程(点击展开)
【CGO 箭头绘制(Cgo_arrow)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
在指定原子或坐标之间绘制箭头图形,用于标注方向与相互作用。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「CGO 箭头绘制」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CGO 箭头绘制」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Cgo_arrow
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Cgo_grid · grid CGO 流动网格生成
pm_vis | 0.02 MB | 1 个文件
由给定点或当前视图生成流动网格对象,可模拟膜结构示意图形。
包含文件:cgo_grid.py
安装教程(点击展开)
【CGO 流动网格生成(Cgo_grid)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
由给定点或当前视图生成流动网格对象,可模拟膜结构示意图形。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「CGO 流动网格生成」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CGO 流动网格生成」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Cgo_grid
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
CgoCircle · CGO 圆环绘制
pm_vis | 0.01 MB | 1 个文件
在指定坐标处生成圆环图形,可设置半径与颜色用于圈出区域。
包含文件:CgoCircle.py
安装教程(点击展开)
【CGO 圆环绘制(CgoCircle)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
在指定坐标处生成圆环图形,可设置半径与颜色用于圈出区域。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「CGO 圆环绘制」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CGO 圆环绘制」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/CgoCircle
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Color_by_conservation · by conservation 序列保守性着色
pm_vis | 0 MB | 1 个文件
读取比对对象,按序列保守程度给对应的蛋白质结构区域着色。
包含文件:color_by_conservation.py
安装教程(点击展开)
【序列保守性着色(Color_by_conservation)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
读取比对对象,按序列保守程度给对应的蛋白质结构区域着色。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「序列保守性着色」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「序列保守性着色」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Color_by_conservation
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Color_cbcobj · cbcobj 按对象分色
pm_vis | 0.01 MB | 1 个文件
按对象逐个分配颜色,把复杂体系中的各条链清晰区分开。
包含文件:Color_cbcobj.py
安装教程(点击展开)
【按对象分色(Color_cbcobj)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
按对象逐个分配颜色,把复杂体系中的各条链清晰区分开。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「按对象分色」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「按对象分色」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Color_cbcobj
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Color_h · h 疏水性着色
pm_vis | 0.01 MB | 1 个文件
按 Eisenberg 共识疏水标度给残基着色,显示疏水与亲水分布。
包含文件:Color_h.py
安装教程(点击展开)
【疏水性着色(Color_h)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
按 Eisenberg 共识疏水标度给残基着色,显示疏水与亲水分布。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「疏水性着色」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「疏水性着色」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Color_h
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Color_Objects · Objects 对象逐一着色
pm_vis | 0.01 MB | 1 个文件
为每个对象分配互不相同的颜色,便于在一张图中区分多个分子。
包含文件:Color_Objects.py
安装教程(点击展开)
【对象逐一着色(Color_Objects)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
为每个对象分配互不相同的颜色,便于在一张图中区分多个分子。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「对象逐一着色」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「对象逐一着色」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Color_Objects
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Colorama · 可调色标着色
pm_vis | 0.03 MB | 1 个文件
通过可调节的色标条为对象着色,配色范围与颜色映射都能自由调整。
包含文件:colorama.py
安装教程(点击展开)
【可调色标着色(Colorama)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
通过可调节的色标条为对象着色,配色范围与颜色映射都能自由调整。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「可调色标着色」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「可调色标着色」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Colorama
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Colorblindfriendly · 色盲友好配色
pm_vis | 0.01 MB | 1 个文件
替换难以区分的颜色组合,输出对色盲读者友好的配色方案。
包含文件:colorblindfriendly.py
安装教程(点击展开)
【色盲友好配色(Colorblindfriendly)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
替换难以区分的颜色组合,输出对色盲读者友好的配色方案。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「色盲友好配色」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「色盲友好配色」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Colorblindfriendly
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Colorbydisplacement · 构象位移着色
pm_vis | 0.01 MB | 1 个文件
比较开放与闭合两种构象,按原子对的位移距离着色显示运动幅度。
包含文件:colorbydisplacement.py
安装教程(点击展开)
【构象位移着色(Colorbydisplacement)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
比较开放与闭合两种构象,按原子对的位移距离着色显示运动幅度。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「构象位移着色」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「构象位移着色」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Colorbydisplacement
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ColorByGroup · 按分组着色
pm_vis | 0 MB | 1 个文件
给不同对象或分组分配不同颜色,快速分辨多个结构
包含文件:ColorByGroup.py
安装教程(点击展开)
【按分组着色(ColorByGroup)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
给不同对象或分组分配不同颜色,快速分辨多个结构
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「按分组着色」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「按分组着色」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/ColorByGroup
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Dump2CGO · 转储几何转 CGO 对象
pm_vis | 0 MB | 1 个文件
读取导出的 dump 文件中的三角面数据,生成可供 PyMOL 显示的 CGO 表面对象。
包含文件:Dump2CGO.py
安装教程(点击展开)
【转储几何转 CGO 对象(Dump2CGO)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
读取导出的 dump 文件中的三角面数据,生成可供 PyMOL 显示的 CGO 表面对象。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「转储几何转 CGO 对象」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「转储几何转 CGO 对象」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Dump2CGO
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Ellipsoid · 椭球体 CGO 绘制
pm_vis | 0.01 MB | 1 个文件
提供以三角面方式生成 CGO 的方法,用于在 PyMOL 中绘制椭球等几何体。
包含文件:Ellipsoid.py
安装教程(点击展开)
【椭球体 CGO 绘制(Ellipsoid)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
提供以三角面方式生成 CGO 的方法,用于在 PyMOL 中绘制椭球等几何体。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「椭球体 CGO 绘制」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「椭球体 CGO 绘制」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Ellipsoid
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
EMovie · eMovie 分子动画制作
pm_vis | 0.11 MB | 1 个文件
通过故事板界面直观创建分子电影动画,快速做出演示片段。
包含文件:emovie.py
安装教程(点击展开)
【eMovie 分子动画制作(EMovie)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
通过故事板界面直观创建分子电影动画,快速做出演示片段。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「eMovie 分子动画制作」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「eMovie 分子动画制作」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/EMovie
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Expand_To_Surface · To Surface 表面按 B 因子着色
pm_vis | 0 MB | 1 个文件
把蛋白质表面按各氨基酸 alpha 碳的 B 因子配色,让表面颜色反映结构柔性。
包含文件:Expand_To_Surface.py
安装教程(点击展开)
【表面按 B 因子着色(Expand_To_Surface)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
把蛋白质表面按各氨基酸 alpha 碳的 B 因子配色,让表面颜色反映结构柔性。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「表面按 B 因子着色」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「表面按 B 因子着色」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Expand_To_Surface
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
FindSurfaceCharge · 表面带电残基识别
pm_vis | 0.01 MB | 1 个文件
在 findSurfaceResidues 基础上识别并列出选择对象表面上的所有带电残基。
包含文件:findSurfaceCharge.py
安装教程(点击展开)
【表面带电残基识别(FindSurfaceCharge)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
在 findSurfaceResidues 基础上识别并列出选择对象表面上的所有带电残基。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「表面带电残基识别」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「表面带电残基识别」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/FindSurfaceCharge
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
FindSurfaceResidues · 表面残基选择
pm_vis | 0.01 MB | 1 个文件
选出对象或选择上暴露于表面的残基与原子,可选按设定阈值自动着色。
包含文件:findSurfaceResidues.py
安装教程(点击展开)
【表面残基选择(FindSurfaceResidues)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
选出对象或选择上暴露于表面的残基与原子,可选按设定阈值自动着色。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「表面残基选择」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「表面残基选择」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/FindSurfaceResidues
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Get_colors · colors 颜色列表与随机色
pm_vis | 0.01 MB | 1 个文件
提供返回全部可用 PyMOL 颜色名称的函数,以及随机取一种可用颜色的函数。
包含文件:get_colors.py
安装教程(点击展开)
【颜色列表与随机色(Get_colors)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
提供返回全部可用 PyMOL 颜色名称的函数,以及随机取一种可用颜色的函数。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「颜色列表与随机色」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「颜色列表与随机色」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Get_colors
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Grepsel · 正则匹配建选择
pm_vis | 0.01 MB | 1 个文件
使用 Python 正则表达式语法匹配序列或原子信息,批量创建对应的选择。
包含文件:Grepsel.py
安装教程(点击展开)
【正则匹配建选择(Grepsel)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
使用 Python 正则表达式语法匹配序列或原子信息,批量创建对应的选择。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「正则匹配建选择」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「正则匹配建选择」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Grepsel
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Grepset · 设置项关键字检索
pm_vis | 0 MB | 1 个文件
用关键字或正则搜索 PyMOL 的全部设置项并列出匹配名称,记不住参数名时查用。
包含文件:grepset.py
安装教程(点击展开)
【设置项关键字检索(Grepset)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
用关键字或正则搜索 PyMOL 的全部设置项并列出匹配名称,记不住参数名时查用。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「设置项关键字检索」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「设置项关键字检索」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Grepset
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Movie_color_fade · color fade 电影颜色渐变动画
pm_vis | 0.01 MB | 1 个文件
在电影中让对象颜色平滑渐变,只需指定起止颜色与对应的起始结束帧号。
包含文件:movie_color_fade.py
安装教程(点击展开)
【电影颜色渐变动画(Movie_color_fade)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
在电影中让对象颜色平滑渐变,只需指定起止颜色与对应的起始结束帧号。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「电影颜色渐变动画」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「电影颜色渐变动画」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Movie_color_fade
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Movie_fade · fade 电影参数渐变
pm_vis | 0 MB | 1 个文件
在电影中让指定设置项从起始帧的初值平滑过渡到结束帧的目标值。
包含文件:movie_fade.py
安装教程(点击展开)
【电影参数渐变(Movie_fade)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
在电影中让指定设置项从起始帧的初值平滑过渡到结束帧的目标值。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「电影参数渐变」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「电影参数渐变」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Movie_fade
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Perp_maker · maker 垂直背景三角形绘制
pm_vis | 0.01 MB | 1 个文件
根据当前场景创建垂直于指定向量的 CGO 背景三角形,用作场景的衬底背景。
包含文件:perp_maker.py
安装教程(点击展开)
【垂直背景三角形绘制(Perp_maker)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
根据当前场景创建垂直于指定向量的 CGO 背景三角形,用作场景的衬底背景。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「垂直背景三角形绘制」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「垂直背景三角形绘制」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Perp_maker
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Plane_Wizard · Wizard 三点建平面向导
pm_vis | 0.02 MB | 1 个文件
向导选取三个原子后绘制穿过这三点的 CGO 平面,用于观察结构中的空间平面。
包含文件:Plane_Wizard.py
安装教程(点击展开)
【三点建平面向导(Plane_Wizard)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
向导选取三个原子后绘制穿过这三点的 CGO 平面,用于观察结构中的空间平面。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「三点建平面向导」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「三点建平面向导」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Plane_Wizard
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
PovRay · POV-Ray 光线追踪渲染
pm_vis | 0.01 MB | 1 个文件
调用 POV-Ray 渲染出出版级高质量图像
包含文件:PovRay.py
安装教程(点击展开)
【POV-Ray 光线追踪渲染(PovRay)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
调用 POV-Ray 渲染出出版级高质量图像
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「POV-Ray 光线追踪渲染」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「POV-Ray 光线追踪渲染」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/PovRay
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Rendering_plugin · plugin 指定 DPI 渲染出图
pm_vis | 0.01 MB | 1 个文件
按指定的 DPI 参数渲染输出图像,方便论文插图排版与打印。
包含文件:rendering_plugin.py
安装教程(点击展开)
【指定 DPI 渲染出图(Rendering_plugin)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
按指定的 DPI 参数渲染输出图像,方便论文插图排版与打印。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「指定 DPI 渲染出图」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「指定 DPI 渲染出图」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Rendering_plugin
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Resicolor · 按残基类型着色
pm_vis | 0 MB | 1 个文件
按残基类型为蛋白质着色,支持选择语句,一条命令即可套用整套配色方案。
包含文件:Resicolor.py
安装教程(点击展开)
【按残基类型着色(Resicolor)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
按残基类型为蛋白质着色,支持选择语句,一条命令即可套用整套配色方案。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「按残基类型着色」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「按残基类型着色」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Resicolor
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Resicolor_plugin · plugin 残基类型着色插件
pm_vis | 0 MB | 1 个文件
以图形界面插件的形式按残基类型给蛋白质上色,功能与同名脚本版本一致。
包含文件:resicolor_plugin.py
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【残基类型着色插件(Resicolor_plugin)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
以图形界面插件的形式按残基类型给蛋白质上色,功能与同名脚本版本一致。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「残基类型着色插件」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「残基类型着色插件」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Resicolor_plugin
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
RotationAxis · 旋转轴圆柱绘制
pm_vis | 0.01 MB | 1 个文件
为给定变换绘制代表旋转轴的 CGO 圆柱,适合标出寡聚体装配中的旋转对称轴。
包含文件:draw_rotation_axis.py
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【旋转轴圆柱绘制(RotationAxis)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
为给定变换绘制代表旋转轴的 CGO 圆柱,适合标出寡聚体装配中的旋转对称轴。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「旋转轴圆柱绘制」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「旋转轴圆柱绘制」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/RotationAxis
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Stereo_ray · ray 立体光线追踪出图
pm_vis | 0 MB | 1 个文件
提供 stereo_ray 命令,分别以左右各旋转三度渲染并保存两张 PNG,供立体观察。
包含文件:stereo_ray.py
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【立体光线追踪出图(Stereo_ray)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
提供 stereo_ray 命令,分别以左右各旋转三度渲染并保存两张 PNG,供立体观察。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「立体光线追踪出图」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「立体光线追踪出图」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Stereo_ray
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Wfmesh · 导入OBJ网格模型
pm_vis | 0.01 MB | 1 个文件
把 Wavefront(.OBJ) 网格文件导入为 PyMOL 对象,可自由控制颜色、变换等属性。
包含文件:wfmesh.py
安装教程(点击展开)
【导入OBJ网格模型(Wfmesh)安装教程】—— PyMOL
■ 前置条件
· 已安装 PyMOL 2.x / 3.x(开源版或商业版均可)。
■ 本插件是什么
把 Wavefront(.OBJ) 网格文件导入为 PyMOL 对象,可自由控制颜色、变换等属性。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本(部分插件是 .py + 同名目录,需一起放置)。
■ 安装步骤
1. 打开 PyMOL。
2. 命令行输入: Plugin → Plugin Manager(插件管理器)。
3. 切到 Install New Plugin 标签 → Choose file → 选择本目录的 .py。
4. 指定安装目录(默认即可)→ 确认安装,重启 PyMOL。
5. 菜单 Plugin 里即可看到「导入OBJ网格模型」。
6. 若插件依赖 numpy/scipy 等库,请在 PyMOL 的 Python 环境里先 pip install 对应库。
■ 常见问题
· 提示 No module named xxx:缺依赖库,按提示 pip install 后再启动。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「导入OBJ网格模型」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://pymolwiki.org/index.php/Wfmesh
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
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