AutoDockTools (MGLTools) 插件合集（共 14 个）

【共价对接残基扩展（adCovalentDockResidue）安装教程】—— AutoDockTools (MGLTools)

■ 前置条件
   · 已装 MGLTools / AutoDockTools（官方安装包自带 Python 2.7 环境），或对应版本的 AutoDock 程序。

■ 本扩展是什么
   AutoDock 共价对接扩展，提供 prepareCovalent.py 等脚本与测试数据，用于准备共价配体并完成残基共价对接计算。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：源码压缩包（.tar.gz）。
   · .zip/.tgz 是工具源码或脚本包（.py/.pl/源码）；对接引擎需自行编译。

■ 安装步骤
   1. 解压到任意目录（建议英文路径）。
   2. 把目录加入 PATH / PYTHONPATH；Python 脚本用 MGLTools 自带的 python 运行。
   3. 网格生成、GPU 引擎等按仓库 README 编译（GPU 版需 CUDA）。
   4. 运行脚本或可执行程序，输入受体与配体文件即可开始对接/分析。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「共价对接残基扩展」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://autodock.scripps.edu/resources/covalent-docking/
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【多肽对接引擎ADCP（ADCP）安装教程】—— AutoDockTools (MGLTools)

■ 前置条件
   · 已装 MGLTools / AutoDockTools（官方安装包自带 Python 2.7 环境），或对应版本的 AutoDock 程序。

■ 本扩展是什么
   AutoDock CrankPep 多肽对接引擎，结合蛋白折叠思想与受体亲和网格，可将 PDB 结构或序列形式的多肽折叠对接到受体。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip/.tgz 是工具源码或脚本包（.py/.pl/源码）；对接引擎需自行编译。

■ 安装步骤
   1. 解压到任意目录（建议英文路径）。
   2. 把目录加入 PATH / PYTHONPATH；Python 脚本用 MGLTools 自带的 python 运行。
   3. 网格生成、GPU 引擎等按仓库 README 编译（GPU 版需 CUDA）。
   4. 运行脚本或可执行程序，输入受体与配体文件即可开始对接/分析。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多肽对接引擎ADCP」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/ccsb-scripps/ADCP
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GPU加速对接引擎（AutoDock-GPU）安装教程】—— AutoDockTools (MGLTools)

■ 前置条件
   · 已装 MGLTools / AutoDockTools（官方安装包自带 Python 2.7 环境），或对应版本的 AutoDock 程序。

■ 本扩展是什么
   AutoDock 的 GPU 加速对接引擎，利用 OpenCL 并行计算大幅提升大规模虚拟筛选速度，输出 DLG 对接结果日志。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip/.tgz 是工具源码或脚本包（.py/.pl/源码）；对接引擎需自行编译。

■ 安装步骤
   1. 解压到任意目录（建议英文路径）。
   2. 把目录加入 PATH / PYTHONPATH；Python 脚本用 MGLTools 自带的 python 运行。
   3. 网格生成、GPU 引擎等按仓库 README 编译（GPU 版需 CUDA）。
   4. 运行脚本或可执行程序，输入受体与配体文件即可开始对接/分析。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GPU加速对接引擎」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/ccsb-scripps/AutoDock-GPU
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Vina分子对接引擎（AutoDock-Vina）安装教程】—— AutoDockTools (MGLTools)

■ 前置条件
   · 已装 MGLTools / AutoDockTools（官方安装包自带 Python 2.7 环境），或对应版本的 AutoDock 程序。

■ 本扩展是什么
   AutoDock Vina 分子对接引擎，采用蒙特卡洛与梯度优化，速度快、精度高，广泛用于虚拟筛选与结合模式预测。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip/.tgz 是工具源码或脚本包（.py/.pl/源码）；对接引擎需自行编译。

■ 安装步骤
   1. 解压到任意目录（建议英文路径）。
   2. 把目录加入 PATH / PYTHONPATH；Python 脚本用 MGLTools 自带的 python 运行。
   3. 网格生成、GPU 引擎等按仓库 README 编译（GPU 版需 CUDA）。
   4. 运行脚本或可执行程序，输入受体与配体文件即可开始对接/分析。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Vina分子对接引擎」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/ccsb-scripps/AutoDock-Vina
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【AutoDock4对接程序（AutoDock4）安装教程】—— AutoDockTools (MGLTools)

■ 前置条件
   · 已装 MGLTools / AutoDockTools（官方安装包自带 Python 2.7 环境），或对应版本的 AutoDock 程序。

■ 本扩展是什么
   AutoDock4 经典分子对接程序，基于拉马克遗传算法与半经验自由能场，预测小分子配体与受体蛋白的结合构象。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip/.tgz 是工具源码或脚本包（.py/.pl/源码）；对接引擎需自行编译。

■ 安装步骤
   1. 解压到任意目录（建议英文路径）。
   2. 把目录加入 PATH / PYTHONPATH；Python 脚本用 MGLTools 自带的 python 运行。
   3. 网格生成、GPU 引擎等按仓库 README 编译（GPU 版需 CUDA）。
   4. 运行脚本或可执行程序，输入受体与配体文件即可开始对接/分析。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「AutoDock4对接程序」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/ccsb-scripps/AutoDock4
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【锌配位对接扩展（AutoDockZN）安装教程】—— AutoDockTools (MGLTools)

■ 前置条件
   · 已装 MGLTools / AutoDockTools（官方安装包自带 Python 2.7 环境），或对应版本的 AutoDock 程序。

■ 本扩展是什么
   AutoDock 锌配位对接扩展，提供 AD4Zn.dat 参数与 prepare_gpf4zn.py 等脚本，支持含锌金属蛋白分子对接。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：源码压缩包（.tar.gz）。
   · .zip/.tgz 是工具源码或脚本包（.py/.pl/源码）；对接引擎需自行编译。

■ 安装步骤
   1. 解压到任意目录（建议英文路径）。
   2. 把目录加入 PATH / PYTHONPATH；Python 脚本用 MGLTools 自带的 python 运行。
   3. 网格生成、GPU 引擎等按仓库 README 编译（GPU 版需 CUDA）。
   4. 运行脚本或可执行程序，输入受体与配体文件即可开始对接/分析。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「锌配位对接扩展」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://autodock.scripps.edu/resources/autodock-zn/
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【AutoGrid网格生成（AutoGrid）安装教程】—— AutoDockTools (MGLTools)

■ 前置条件
   · 已装 MGLTools / AutoDockTools（官方安装包自带 Python 2.7 环境），或对应版本的 AutoDock 程序。

■ 本扩展是什么
   AutoGrid4 网格计算程序，为 AutoDock4 与 AutoDock-GPU 预计算受体原子亲和网格及静电、去溶剂化势能图。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip/.tgz 是工具源码或脚本包（.py/.pl/源码）；对接引擎需自行编译。

■ 安装步骤
   1. 解压到任意目录（建议英文路径）。
   2. 把目录加入 PATH / PYTHONPATH；Python 脚本用 MGLTools 自带的 python 运行。
   3. 网格生成、GPU 引擎等按仓库 README 编译（GPU 版需 CUDA）。
   4. 运行脚本或可执行程序，输入受体与配体文件即可开始对接/分析。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「AutoGrid网格生成」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/ccsb-scripps/AutoGrid
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【水合对接扩展（hydrated_docking）安装教程】—— AutoDockTools (MGLTools)

■ 前置条件
   · 已装 MGLTools / AutoDockTools（官方安装包自带 Python 2.7 环境），或对应版本的 AutoDock 程序。

■ 本扩展是什么
   AutoDock 水合对接扩展，提供水分子力场与 mapwater.py 水图脚本及示例教程，可把结构水分子纳入对接计算。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：源码压缩包（.tar.gz）。
   · .zip/.tgz 是工具源码或脚本包（.py/.pl/源码）；对接引擎需自行编译。

■ 安装步骤
   1. 解压到任意目录（建议英文路径）。
   2. 把目录加入 PATH / PYTHONPATH；Python 脚本用 MGLTools 自带的 python 运行。
   3. 网格生成、GPU 引擎等按仓库 README 编译（GPU 版需 CUDA）。
   4. 运行脚本或可执行程序，输入受体与配体文件即可开始对接/分析。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「水合对接扩展」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://autodock.scripps.edu/resources/hydrated-docking/
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Illustrate分子插画（Illustrate）安装教程】—— AutoDockTools (MGLTools)

■ 前置条件
   · 已装 MGLTools / AutoDockTools（官方安装包自带 Python 2.7 环境），或对应版本的 AutoDock 程序。

■ 本扩展是什么
   David Goodsell 开发的生物分子插画程序，读取坐标与命令文件渲染非真实感分子图像，用于文献配图与教学展示。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip/.tgz 是工具源码或脚本包（.py/.pl/源码）；对接引擎需自行编译。

■ 安装步骤
   1. 解压到任意目录（建议英文路径）。
   2. 把目录加入 PATH / PYTHONPATH；Python 脚本用 MGLTools 自带的 python 运行。
   3. 网格生成、GPU 引擎等按仓库 README 编译（GPU 版需 CUDA）。
   4. 运行脚本或可执行程序，输入受体与配体文件即可开始对接/分析。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Illustrate分子插画」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/ccsb-scripps/Illustrate
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Meeko配体参数化（Meeko）安装教程】—— AutoDockTools (MGLTools)

■ 前置条件
   · 已装 MGLTools / AutoDockTools（官方安装包自带 Python 2.7 环境），或对应版本的 AutoDock 程序。

■ 本扩展是什么
   AutoDock 的分子参数化接口，将小分子配体与蛋白、核酸受体转换为 PDBQT，并与 AutoDock-GPU 和 Vina 配套使用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip/.tgz 是工具源码或脚本包（.py/.pl/源码）；对接引擎需自行编译。

■ 安装步骤
   1. 解压到任意目录（建议英文路径）。
   2. 把目录加入 PATH / PYTHONPATH；Python 脚本用 MGLTools 自带的 python 运行。
   3. 网格生成、GPU 引擎等按仓库 README 编译（GPU 版需 CUDA）。
   4. 运行脚本或可执行程序，输入受体与配体文件即可开始对接/分析。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Meeko配体参数化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/forlilab/Meeko
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【ProDy蛋白动力学（ProDy）安装教程】—— AutoDockTools (MGLTools)

■ 前置条件
   · 已装 MGLTools / AutoDockTools（官方安装包自带 Python 2.7 环境），或对应版本的 AutoDock 程序。

■ 本扩展是什么
   蛋白质结构与动力学分析 Python 包，支持正态模式分析、序列共进化与结构建模，可辅助对接前的结构准备与分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip/.tgz 是工具源码或脚本包（.py/.pl/源码）；对接引擎需自行编译。

■ 安装步骤
   1. 解压到任意目录（建议英文路径）。
   2. 把目录加入 PATH / PYTHONPATH；Python 脚本用 MGLTools 自带的 python 运行。
   3. 网格生成、GPU 引擎等按仓库 README 编译（GPU 版需 CUDA）。
   4. 运行脚本或可执行程序，输入受体与配体文件即可开始对接/分析。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ProDy蛋白动力学」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/prody/ProDy
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Raccoon虚拟筛选（Raccoon）安装教程】—— AutoDockTools (MGLTools)

■ 前置条件
   · 已装 MGLTools / AutoDockTools（官方安装包自带 Python 2.7 环境），或对应版本的 AutoDock 程序。

■ 本扩展是什么
   Raccoon 虚拟筛选图形界面，用于准备 AutoDock 虚拟筛选输入、批量运行对接并分析筛选结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip/.tgz 是工具源码或脚本包（.py/.pl/源码）；对接引擎需自行编译。

■ 安装步骤
   1. 解压到任意目录（建议英文路径）。
   2. 把目录加入 PATH / PYTHONPATH；Python 脚本用 MGLTools 自带的 python 运行。
   3. 网格生成、GPU 引擎等按仓库 README 编译（GPU 版需 CUDA）。
   4. 运行脚本或可执行程序，输入受体与配体文件即可开始对接/分析。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Raccoon虚拟筛选」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://autodock.scripps.edu/resources/raccoon/
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Ringtail筛选结果管理（Ringtail）安装教程】—— AutoDockTools (MGLTools)

■ 前置条件
   · 已装 MGLTools / AutoDockTools（官方安装包自带 Python 2.7 环境），或对应版本的 AutoDock 程序。

■ 本扩展是什么
   虚拟筛选结果管理工具，把 AutoDock-GPU 与 Vina 的对接结果存入 SQLite 数据库，支持过滤、聚类、散点与导出。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip/.tgz 是工具源码或脚本包（.py/.pl/源码）；对接引擎需自行编译。

■ 安装步骤
   1. 解压到任意目录（建议英文路径）。
   2. 把目录加入 PATH / PYTHONPATH；Python 脚本用 MGLTools 自带的 python 运行。
   3. 网格生成、GPU 引擎等按仓库 README 编译（GPU 版需 CUDA）。
   4. 运行脚本或可执行程序，输入受体与配体文件即可开始对接/分析。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Ringtail筛选结果管理」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/forlilab/Ringtail
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【砹原子Vina对接分支（vina-astatine）安装教程】—— AutoDockTools (MGLTools)

■ 前置条件
   · 已装 MGLTools / AutoDockTools（官方安装包自带 Python 2.7 环境），或对应版本的 AutoDock 程序。

■ 本扩展是什么
   AutoDock Vina 的实验分支，新增砹（At）原子类型与参数，用于含重卤素原子配体的对接与卤键相关研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip/.tgz 是工具源码或脚本包（.py/.pl/源码）；对接引擎需自行编译。

■ 安装步骤
   1. 解压到任意目录（建议英文路径）。
   2. 把目录加入 PATH / PYTHONPATH；Python 脚本用 MGLTools 自带的 python 运行。
   3. 网格生成、GPU 引擎等按仓库 README 编译（GPU 版需 CUDA）。
   4. 运行脚本或可执行程序，输入受体与配体文件即可开始对接/分析。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「砹原子Vina对接分支」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/ccsb-scripps/vina-astatine
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。