LigPlot+ 插件合集(共 3 个)
蛋白-配体二维相互作用作图(官方与社区脚本) | 分类:分子与网络分析 | 每个插件都附中文说明与安装教程,下载走百度网盘 / 夸克网盘。
插件清单
2DPPI-Viewer · 蛋白互作交互可视化
util | 0.11 MB | 1 个文件
把 DIMPLOT 导出的蛋白质相互作用二维图文件转换为自带矢量图形的交互式网页,可在浏览器中拖拽旋转残基、查看原子级氢键距离与残基接触网络,无需服务器即可本地打开。
包含文件:2DPPI-Viewer-main.zip
安装教程(点击展开)
【蛋白互作交互可视化(2DPPI-Viewer)安装教程】—— LigPlot+
■ 前置条件
· 已装 Python 3(含 biopython/pandas 等按脚本需要的库);PyMOL/Chimera 类插件需先装对应宿主软件。
■ 本扩展是什么
把 DIMPLOT 导出的蛋白质相互作用二维图文件转换为自带矢量图形的交互式网页,可在浏览器中拖拽旋转残基、查看原子级氢键距离与残基接触网络,无需服务器即可本地打开。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 是脚本/插件源码包(含 .py 脚本与说明)。
■ 安装步骤
1. 解压到英文路径目录。
2. Python 脚本:按包内 README 安装依赖(pip install -r requirements.txt 等)后直接运行。
3. PyMOL/Chimera 插件:把脚本复制到宿主的插件目录,或在宿主里 Plugin → Install 选择脚本。
4. 按脚本提示指定 DIMPLOT/LigPlot 导出的 .drw 或 PDB 文件,即可得到相互作用图/结果表。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「蛋白互作交互可视化」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/Yongjin0207/2DPPI-Viewer
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
dimpyplot · 蛋白互作批量绘图
util | 0.01 MB | 1 个文件
批量调用 DIMPLOT 处理目录中的多个 PDB 文件并自动生成蛋白质相互作用界面二维图的 Python 前端脚本,可输出 PostScript 矢量图,便于同源复合物的大规模对比分析。
包含文件:dimpyplot-master.zip
安装教程(点击展开)
【蛋白互作批量绘图(dimpyplot)安装教程】—— LigPlot+
■ 前置条件
· 已装 Python 3(含 biopython/pandas 等按脚本需要的库);PyMOL/Chimera 类插件需先装对应宿主软件。
■ 本扩展是什么
批量调用 DIMPLOT 处理目录中的多个 PDB 文件并自动生成蛋白质相互作用界面二维图的 Python 前端脚本,可输出 PostScript 矢量图,便于同源复合物的大规模对比分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 是脚本/插件源码包(含 .py 脚本与说明)。
■ 安装步骤
1. 解压到英文路径目录。
2. Python 脚本:按包内 README 安装依赖(pip install -r requirements.txt 等)后直接运行。
3. PyMOL/Chimera 插件:把脚本复制到宿主的插件目录,或在宿主里 Plugin → Install 选择脚本。
4. 按脚本提示指定 DIMPLOT/LigPlot 导出的 .drw 或 PDB 文件,即可得到相互作用图/结果表。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「蛋白互作批量绘图」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/eachanjohnson/dimpyplot
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
PDB-Point-Mutation · 点突变互作对比
util | 5.48 MB | 1 个文件
结合 PyMOL 与 LigPlot 的点突变分析工具,对指定残基建模突变后分别运行 LigPlot 绘制二维相互作用图,自动对比突变前后氢键与疏水接触差异并生成网页报告。
包含文件:PDB-Point-Mutation-main.zip
安装教程(点击展开)
【点突变互作对比(PDB-Point-Mutation)安装教程】—— LigPlot+
■ 前置条件
· 已装 Python 3(含 biopython/pandas 等按脚本需要的库);PyMOL/Chimera 类插件需先装对应宿主软件。
■ 本扩展是什么
结合 PyMOL 与 LigPlot 的点突变分析工具,对指定残基建模突变后分别运行 LigPlot 绘制二维相互作用图,自动对比突变前后氢键与疏水接触差异并生成网页报告。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 是脚本/插件源码包(含 .py 脚本与说明)。
■ 安装步骤
1. 解压到英文路径目录。
2. Python 脚本:按包内 README 安装依赖(pip install -r requirements.txt 等)后直接运行。
3. PyMOL/Chimera 插件:把脚本复制到宿主的插件目录,或在宿主里 Plugin → Install 选择脚本。
4. 按脚本提示指定 DIMPLOT/LigPlot 导出的 .drw 或 PDB 文件,即可得到相互作用图/结果表。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「点突变互作对比」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/Anurag6323/PDB-Point-Mutation
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
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