UCSF Chimera 插件合集（共 8 个）

【BILD命令行扩展（Chimera_BILD）安装教程】—— UCSF Chimera

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF Chimera 1.15 及以上（Windows 版，注意是 Chimera 1.x，不是 ChimeraX）。
   · 本目录的 .zip 是第三方扩展源码，解压后里面的 ChimeraExtension.py 是加载入口。

■ 本扩展是什么
   Chimera_BILD 把 BILD 格式的几何对象命令实现为 UCSF Chimera 命令行指令，可直接在命令栏创建箭头、方框等三维几何对象，无需另外编写 BILD 输入文件，方便快速添加几何标注。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 为该扩展源码；解压后一般能看到 ChimeraExtension.py（必需）与若干功能 .py 文件。

■ 安装步骤
   1. 完全关闭 Chimera。
   2. 解压 .zip，得到扩展目录（例如 Chimera_BILD\）。
   3. 打开 Chimera 菜单 Favorites → Preferences → Tools，确认/设置扩展（Extensions）路径；
      一般把扩展目录放到用户目录下的 .chimera\extensions\ 里（没有就自己新建）。
   4. 把含 ChimeraExtension.py 的整个扩展目录复制进去。
   5. 重启 Chimera，在 Tools → Utilities（工具 → 实用工具）里就能看到「BILD命令行扩展」。

■ 临时试用
   · 不想动安装目录时，可以用 Chimera 自带的 IDLE（Tools → General → IDLE）打开扩展目录里的 .py 临时加载试用。

■ 注意事项
   · Chimera 1.x 用的是 Python 2.7，扩展里若是 Python 3 语法会加载失败。
   · Chimera 1.x 与 ChimeraX 2.x 的扩展互不通用，请确认自己装的是 Chimera 1.x。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BILD命令行扩展」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/josan82/Chimera_BILD
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【分子声音化插件（Chison）安装教程】—— UCSF Chimera

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF Chimera 1.15 及以上（Windows 版，注意是 Chimera 1.x，不是 ChimeraX）。
   · 本目录的 .zip 是第三方扩展源码，解压后里面的 ChimeraExtension.py 是加载入口。

■ 本扩展是什么
   Chison 是 UCSF Chimera 的声音化（sonification）插件，通过 Open Sound Control 与 SuperCollider 通信，把分子属性数据映射为声音，配合 Ambisonics Toolkit 实现空间化听觉展示，主要用于分子数据的可听化研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 为该扩展源码；解压后一般能看到 ChimeraExtension.py（必需）与若干功能 .py 文件。

■ 安装步骤
   1. 完全关闭 Chimera。
   2. 解压 .zip，得到扩展目录（例如 Chison\）。
   3. 打开 Chimera 菜单 Favorites → Preferences → Tools，确认/设置扩展（Extensions）路径；
      一般把扩展目录放到用户目录下的 .chimera\extensions\ 里（没有就自己新建）。
   4. 把含 ChimeraExtension.py 的整个扩展目录复制进去。
   5. 重启 Chimera，在 Tools → Utilities（工具 → 实用工具）里就能看到「分子声音化插件」。

■ 临时试用
   · 不想动安装目录时，可以用 Chimera 自带的 IDLE（Tools → General → IDLE）打开扩展目录里的 .py 临时加载试用。

■ 注意事项
   · Chimera 1.x 用的是 Python 2.7，扩展里若是 Python 3 语法会加载失败。
   · Chimera 1.x 与 ChimeraX 2.x 的扩展互不通用，请确认自己装的是 Chimera 1.x。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分子声音化插件」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/mortuosplango/chison
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【对接结果可视化查看器（GaudiView）安装教程】—— UCSF Chimera

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF Chimera 1.15 及以上（Windows 版，注意是 Chimera 1.x，不是 ChimeraX）。
   · 本目录的 .zip 是第三方扩展源码，解压后里面的 ChimeraExtension.py 是加载入口。

■ 本扩展是什么
   GaudiView 是 UCSF Chimera 的轻量界面插件，用于浏览和分析 GaudiMM 建模与 GOLD 分子对接产生的解决方案，支持列表多列排序过滤、构象切换、聚类，并可对每个姿态自动执行 Chimera 命令。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 为该扩展源码；解压后一般能看到 ChimeraExtension.py（必需）与若干功能 .py 文件。

■ 安装步骤
   1. 完全关闭 Chimera。
   2. 解压 .zip，得到扩展目录（例如 GaudiView\）。
   3. 打开 Chimera 菜单 Favorites → Preferences → Tools，确认/设置扩展（Extensions）路径；
      一般把扩展目录放到用户目录下的 .chimera\extensions\ 里（没有就自己新建）。
   4. 把含 ChimeraExtension.py 的整个扩展目录复制进去。
   5. 重启 Chimera，在 Tools → Utilities（工具 → 实用工具）里就能看到「对接结果可视化查看器」。

■ 临时试用
   · 不想动安装目录时，可以用 Chimera 自带的 IDLE（Tools → General → IDLE）打开扩展目录里的 .py 临时加载试用。

■ 注意事项
   · Chimera 1.x 用的是 Python 2.7，扩展里若是 Python 3 语法会加载失败。
   · Chimera 1.x 与 ChimeraX 2.x 的扩展互不通用，请确认自己装的是 Chimera 1.x。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「对接结果可视化查看器」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/insilichem/gaudiview
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Chimera Python API扩展（PyChimera）安装教程】—— UCSF Chimera

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF Chimera 1.15 及以上（Windows 版，注意是 Chimera 1.x，不是 ChimeraX）。
   · 本目录的 .zip 是第三方扩展源码，解压后里面的 ChimeraExtension.py 是加载入口。

■ 本扩展是什么
   PyChimera 允许在标准 Python 2.7 解释器中直接调用 UCSF Chimera 的 Python API，从而在 Chimera 之外运行依赖其模块的脚本与程序，便于把 Chimera 的分子可视化能力集成到自动化流程中。由 InsiliChem 团队开发。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 为该扩展源码；解压后一般能看到 ChimeraExtension.py（必需）与若干功能 .py 文件。

■ 安装步骤
   1. 完全关闭 Chimera。
   2. 解压 .zip，得到扩展目录（例如 PyChimera\）。
   3. 打开 Chimera 菜单 Favorites → Preferences → Tools，确认/设置扩展（Extensions）路径；
      一般把扩展目录放到用户目录下的 .chimera\extensions\ 里（没有就自己新建）。
   4. 把含 ChimeraExtension.py 的整个扩展目录复制进去。
   5. 重启 Chimera，在 Tools → Utilities（工具 → 实用工具）里就能看到「Chimera Python API扩展」。

■ 临时试用
   · 不想动安装目录时，可以用 Chimera 自带的 IDLE（Tools → General → IDLE）打开扩展目录里的 .py 临时加载试用。

■ 注意事项
   · Chimera 1.x 用的是 Python 2.7，扩展里若是 Python 3 语法会加载失败。
   · Chimera 1.x 与 ChimeraX 2.x 的扩展互不通用，请确认自己装的是 Chimera 1.x。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Chimera Python API扩展」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/insilichem/pychimera
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【相互作用网络比较插件（SINAPs）安装教程】—— UCSF Chimera

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF Chimera 1.15 及以上（Windows 版，注意是 Chimera 1.x，不是 ChimeraX）。
   · 本目录的 .zip 是第三方扩展源码，解压后里面的 ChimeraExtension.py 是加载入口。

■ 本扩展是什么
   SINAPs（结构相互作用网络分析协议）是 UCSF Chimera 的可视化插件，用于比较两个原子结构或两条分子动力学轨迹的相互作用网络，以网络图展示其相似与差异，需配合仓库中的 Python 分析脚本一同使用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 为该扩展源码；解压后一般能看到 ChimeraExtension.py（必需）与若干功能 .py 文件。

■ 安装步骤
   1. 完全关闭 Chimera。
   2. 解压 .zip，得到扩展目录（例如 SINAPs\）。
   3. 打开 Chimera 菜单 Favorites → Preferences → Tools，确认/设置扩展（Extensions）路径；
      一般把扩展目录放到用户目录下的 .chimera\extensions\ 里（没有就自己新建）。
   4. 把含 ChimeraExtension.py 的整个扩展目录复制进去。
   5. 重启 Chimera，在 Tools → Utilities（工具 → 实用工具）里就能看到「相互作用网络比较插件」。

■ 临时试用
   · 不想动安装目录时，可以用 Chimera 自带的 IDLE（Tools → General → IDLE）打开扩展目录里的 .py 临时加载试用。

■ 注意事项
   · Chimera 1.x 用的是 Python 2.7，扩展里若是 Python 3 语法会加载失败。
   · Chimera 1.x 与 ChimeraX 2.x 的扩展互不通用，请确认自己装的是 Chimera 1.x。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「相互作用网络比较插件」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/ParImmune/SINAPs
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【蛋白三维可视化词典（TALAIA）安装教程】—— UCSF Chimera

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF Chimera 1.15 及以上（Windows 版，注意是 Chimera 1.x，不是 ChimeraX）。
   · 本目录的 .zip 是第三方扩展源码，解压后里面的 ChimeraExtension.py 是加载入口。

■ 本扩展是什么
   TALAIA 是面向 UCSF Chimera 的三维可视化词典插件，用不同形状与颜色的简化图元表示各类氨基酸残基，帮助快速识别分子性质与相互作用类型，适合蛋白质结构与分子动力学轨迹的直观展示。由 InsiliChem 团队开发。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 为该扩展源码；解压后一般能看到 ChimeraExtension.py（必需）与若干功能 .py 文件。

■ 安装步骤
   1. 完全关闭 Chimera。
   2. 解压 .zip，得到扩展目录（例如 TALAIA\）。
   3. 打开 Chimera 菜单 Favorites → Preferences → Tools，确认/设置扩展（Extensions）路径；
      一般把扩展目录放到用户目录下的 .chimera\extensions\ 里（没有就自己新建）。
   4. 把含 ChimeraExtension.py 的整个扩展目录复制进去。
   5. 重启 Chimera，在 Tools → Utilities（工具 → 实用工具）里就能看到「蛋白三维可视化词典」。

■ 临时试用
   · 不想动安装目录时，可以用 Chimera 自带的 IDLE（Tools → General → IDLE）打开扩展目录里的 .py 临时加载试用。

■ 注意事项
   · Chimera 1.x 用的是 Python 2.7，扩展里若是 Python 3 语法会加载失败。
   · Chimera 1.x 与 ChimeraX 2.x 的扩展互不通用，请确认自己装的是 Chimera 1.x。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「蛋白三维可视化词典」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/insilichem/talaia
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【分子建模工具套件（Tangram）安装教程】—— UCSF Chimera

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF Chimera 1.15 及以上（Windows 版，注意是 Chimera 1.x，不是 ChimeraX）。
   · 本目录的 .zip 是第三方扩展源码，解压后里面的 ChimeraExtension.py 是加载入口。

■ 本扩展是什么
   Tangram 是 InsiliChem 团队为 UCSF Chimera 开发的分子建模工具套件，包含糖基化基团表示、蛋白-配体相互作用、pKa 分析、子结构比对、正则模式分析以及分子动力学与量子化学计算设置等多个独立扩展。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 为该扩展源码；解压后一般能看到 ChimeraExtension.py（必需）与若干功能 .py 文件。

■ 安装步骤
   1. 完全关闭 Chimera。
   2. 解压 .zip，得到扩展目录（例如 Tangram\）。
   3. 打开 Chimera 菜单 Favorites → Preferences → Tools，确认/设置扩展（Extensions）路径；
      一般把扩展目录放到用户目录下的 .chimera\extensions\ 里（没有就自己新建）。
   4. 把含 ChimeraExtension.py 的整个扩展目录复制进去。
   5. 重启 Chimera，在 Tools → Utilities（工具 → 实用工具）里就能看到「分子建模工具套件」。

■ 临时试用
   · 不想动安装目录时，可以用 Chimera 自带的 IDLE（Tools → General → IDLE）打开扩展目录里的 .py 临时加载试用。

■ 注意事项
   · Chimera 1.x 用的是 Python 2.7，扩展里若是 Python 3 语法会加载失败。
   · Chimera 1.x 与 ChimeraX 2.x 的扩展互不通用，请确认自己装的是 Chimera 1.x。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分子建模工具套件」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/insilichem/tangram
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【DFT前后处理插件（Tetr_Lev00）安装教程】—— UCSF Chimera

■ 前置条件
   · 已安装 UCSF Chimera 1.15 及以上（Windows 版，注意是 Chimera 1.x，不是 ChimeraX）。
   · 本目录的 .zip 是第三方扩展源码，解压后里面的 ChimeraExtension.py 是加载入口。

■ 本扩展是什么
   本插件把 DFT 前处理工具 Tetr 与后处理工具 Lev00 同 UCSF Chimera 连接：可在 Chimera 中查看 Tetr 正在构建的模型并用图形界面选中原子回传，也可显示 Lev00 生成的电荷与自旋密度 cube 文件。由 Edinburgh EPCC 开发。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 为该扩展源码；解压后一般能看到 ChimeraExtension.py（必需）与若干功能 .py 文件。

■ 安装步骤
   1. 完全关闭 Chimera。
   2. 解压 .zip，得到扩展目录（例如 Tetr_Lev00\）。
   3. 打开 Chimera 菜单 Favorites → Preferences → Tools，确认/设置扩展（Extensions）路径；
      一般把扩展目录放到用户目录下的 .chimera\extensions\ 里（没有就自己新建）。
   4. 把含 ChimeraExtension.py 的整个扩展目录复制进去。
   5. 重启 Chimera，在 Tools → Utilities（工具 → 实用工具）里就能看到「DFT前后处理插件」。

■ 临时试用
   · 不想动安装目录时，可以用 Chimera 自带的 IDLE（Tools → General → IDLE）打开扩展目录里的 .py 临时加载试用。

■ 注意事项
   · Chimera 1.x 用的是 Python 2.7，扩展里若是 Python 3 语法会加载失败。
   · Chimera 1.x 与 ChimeraX 2.x 的扩展互不通用，请确认自己装的是 Chimera 1.x。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「DFT前后处理插件」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/gpsgibb/tetr_lev00_Chimera_plugin
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。