RDKit 插件合集（共 29 个）

【原子路径相似度（AtomAtomSimilarity）安装教程】—— RDKit

■ 前置条件
   · 已装 RDKit（conda install -c conda-forge rdkit 或 pip install rdkit）。

■ 本扩展是什么
   按分子中原子的键路径计算原子两两之间的结构相似性，为原子级指纹、原子匹配与局部环境比较提供量化依据，基于 RDKit 实现。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是贡献/扩展包源码（Python/C++ 工具，含说明与示例）。

■ 安装步骤
   1. Python 类贡献包：解压后进入目录，`pip install .`（或直接用 python 运行包内脚本）。
   2. C++ 类：按包内 README 用 CMake 编译（需 RDKit 开发库）。
   3. 依赖数据处理库时（如 pandas、matplotlib）先 pip 装好。
   4. 用包内示例或自带测试验证。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「原子路径相似度」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/rdkit/rdkit
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【配体对接偏差计算（CalcLigRMSD）安装教程】—— RDKit

■ 前置条件
   · 已装 RDKit（conda install -c conda-forge rdkit 或 pip install rdkit）。

■ 本扩展是什么
   计算两个已对齐分子之间配体原子的均方根偏差，可处理原子名称不一致的情况，用于把对接结果与晶体结构对比、评估分子对接程序的准确性。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是贡献/扩展包源码（Python/C++ 工具，含说明与示例）。

■ 安装步骤
   1. Python 类贡献包：解压后进入目录，`pip install .`（或直接用 python 运行包内脚本）。
   2. C++ 类：按包内 README 用 CMake 编译（需 RDKit 开发库）。
   3. 依赖数据处理库时（如 pandas、matplotlib）先 pip 装好。
   4. 用包内示例或自带测试验证。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「配体对接偏差计算」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/rdkit/rdkit
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【结构标准化管线（ChEMBL_Structure_Pipeline）安装教程】—— RDKit

■ 前置条件
   · 已装 RDKit（conda install -c conda-forge rdkit 或 pip install rdkit）。

■ 本扩展是什么
   ChEMBL 的化合物结构标准化与检查工具，对分子执行去盐、去溶剂、互变异构规范化与结构校验，并可标记潜在结构异常，用于化合物数据的统一清洗。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是贡献/扩展包源码（Python/C++ 工具，含说明与示例）。

■ 安装步骤
   1. Python 类贡献包：解压后进入目录，`pip install .`（或直接用 python 运行包内脚本）。
   2. C++ 类：按包内 README 用 CMake 编译（需 RDKit 开发库）。
   3. 依赖数据处理库时（如 pandas、matplotlib）先 pip 装好。
   4. 用包内示例或自带测试验证。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「结构标准化管线」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/chembl/ChEMBL_Structure_Pipeline
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【手性描述符计算（ChiralPairs）安装教程】—— RDKit

■ 前置条件
   · 已装 RDKit（conda install -c conda-forge rdkit 或 pip install rdkit）。

■ 本扩展是什么
   计算分子二维手性描述符的脚本，依据手性悬崖方法提取成对立体异构体的手性特征，用于研究手性对化合物结合亲和力与活性的影响。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是贡献/扩展包源码（Python/C++ 工具，含说明与示例）。

■ 安装步骤
   1. Python 类贡献包：解压后进入目录，`pip install .`（或直接用 python 运行包内脚本）。
   2. C++ 类：按包内 README 用 CMake 编译（需 RDKit 开发库）。
   3. 依赖数据处理库时（如 pandas、matplotlib）先 pip 装好。
   4. 用包内示例或自带测试验证。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「手性描述符计算」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/rdkit/rdkit
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【多构象解析模块（ConformerParser）安装教程】—— RDKit

■ 前置条件
   · 已装 RDKit（conda install -c conda-forge rdkit 或 pip install rdkit）。

■ 本扩展是什么
   RDKit 的 C++ 扩展模块，从含多个构象的文件中解析构象并批量读入 RDKit 分子，为构象系综的读取、合并与后续处理提供底层支持。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是贡献/扩展包源码（Python/C++ 工具，含说明与示例）。

■ 安装步骤
   1. Python 类贡献包：解压后进入目录，`pip install .`（或直接用 python 运行包内脚本）。
   2. C++ 类：按包内 README 用 CMake 编译（需 RDKit 开发库）。
   3. 依赖数据处理库时（如 pandas、matplotlib）先 pip 装好。
   4. 用包内示例或自带测试验证。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多构象解析模块」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

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【分子数据处理封装（datamol）安装教程】—— RDKit

■ 前置条件
   · 已装 RDKit（conda install -c conda-forge rdkit 或 pip install rdkit）。

■ 本扩展是什么
   面向化合物数据高效处理的 RDKit 封装库，提供分子读写、标准化、聚类、构象生成与数据框集成等高层接口，简化从数据清洗到建模的分子处理流程。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是贡献/扩展包源码（Python/C++ 工具，含说明与示例）。

■ 安装步骤
   1. Python 类贡献包：解压后进入目录，`pip install .`（或直接用 python 运行包内脚本）。
   2. C++ 类：按包内 README 用 CMake 编译（需 RDKit 开发库）。
   3. 依赖数据处理库时（如 pandas、matplotlib）先 pip 装好。
   4. 用包内示例或自带测试验证。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分子数据处理封装」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/datamol-io/datamol
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【官能团标注识别（efgs）安装教程】—— RDKit

■ 前置条件
   · 已装 RDKit（conda install -c conda-forge rdkit 或 pip install rdkit）。

■ 本扩展是什么
   Ertl 官能团检测算法的完整实现，可输出带官能团着色高亮的分子图像、官能团原子编号集合、官能团规范 SMILES 以及标注后的分子对象。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是贡献/扩展包源码（Python/C++ 工具，含说明与示例）。

■ 安装步骤
   1. Python 类贡献包：解压后进入目录，`pip install .`（或直接用 python 运行包内脚本）。
   2. C++ 类：按包内 README 用 CMake 编译（需 RDKit 开发库）。
   3. 依赖数据处理库时（如 pandas、matplotlib）先 pip 装好。
   4. 用包内示例或自带测试验证。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「官能团标注识别」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

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【分子快速聚类（Fastcluster）安装教程】—— RDKit

■ 前置条件
   · 已装 RDKit（conda install -c conda-forge rdkit 或 pip install rdkit）。

■ 本扩展是什么
   基于 Morgan 指纹对分子做快速层次聚类的脚本工作流，输入编号与 SMILES 的表格文件即可完成聚类并输出结果，便于化合物库的子集挑选与多样性分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是贡献/扩展包源码（Python/C++ 工具，含说明与示例）。

■ 安装步骤
   1. Python 类贡献包：解压后进入目录，`pip install .`（或直接用 python 运行包内脚本）。
   2. C++ 类：按包内 README 用 CMake 编译（需 RDKit 开发库）。
   3. 依赖数据处理库时（如 pandas、matplotlib）先 pip 装好。
   4. 用包内示例或自带测试验证。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分子快速聚类」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

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【分子片段化检索（fraggle）安装教程】—— RDKit

■ 前置条件
   · 已装 RDKit（conda install -c conda-forge rdkit 或 pip install rdkit）。

■ 本扩展是什么
   Fraggle 分子片段化与检索算法脚本，把化合物拆分为片段并按片段相似度做相似性搜索，用于基于片段的虚拟筛选、骨架跃迁与片段替换分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是贡献/扩展包源码（Python/C++ 工具，含说明与示例）。

■ 安装步骤
   1. Python 类贡献包：解压后进入目录，`pip install .`（或直接用 python 运行包内脚本）。
   2. C++ 类：按包内 README 用 CMake 编译（需 RDKit 开发库）。
   3. 依赖数据处理库时（如 pandas、matplotlib）先 pip 装好。
   4. 用包内示例或自带测试验证。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分子片段化检索」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/rdkit/rdkit
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【自由威尔逊分析（FreeWilson）安装教程】—— RDKit

■ 前置条件
   · 已装 RDKit（conda install -c conda-forge rdkit 或 pip install rdkit）。

■ 本扩展是什么
   实现 Free-Wilson 定量构效关系分析的 Python 工具，以骨架加取代基的组合方式对化合物活性建模，量化各取代基对活性的贡献，用于先导化合物的结构优化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是贡献/扩展包源码（Python/C++ 工具，含说明与示例）。

■ 安装步骤
   1. Python 类贡献包：解压后进入目录，`pip install .`（或直接用 python 运行包内脚本）。
   2. C++ 类：按包内 README 用 CMake 编译（需 RDKit 开发库）。
   3. 依赖数据处理库时（如 pandas、matplotlib）先 pip 装好。
   4. 用包内示例或自带测试验证。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「自由威尔逊分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/rdkit/rdkit
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【试剂库过滤筛选（Glare）安装教程】—— RDKit

■ 前置条件
   · 已装 RDKit（conda install -c conda-forge rdkit 或 pip install rdkit）。

■ 本扩展是什么
   实现 GLARE 算法的组合库设计工具，依据产物性质与属性范围约束从庞大的试剂组合中筛选可用试剂清单，缩小组合化学库枚举规模并聚焦合理设计空间。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是贡献/扩展包源码（Python/C++ 工具，含说明与示例）。

■ 安装步骤
   1. Python 类贡献包：解压后进入目录，`pip install .`（或直接用 python 运行包内脚本）。
   2. C++ 类：按包内 README 用 CMake 编译（需 RDKit 开发库）。
   3. 依赖数据处理库时（如 pandas、matplotlib）先 pip 装好。
   4. 用包内示例或自带测试验证。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「试剂库过滤筛选」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
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   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【官能团识别工具（IFG）安装教程】—— RDKit

■ 前置条件
   · 已装 RDKit（conda install -c conda-forge rdkit 或 pip install rdkit）。

■ 本扩展是什么
   识别有机分子中官能团的脚本，实现 Ertl 的官能团识别算法，输入 RDKit 分子即可返回各官能团包含的原子编号、原子类型与官能团类别信息。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是贡献/扩展包源码（Python/C++ 工具，含说明与示例）。

■ 安装步骤
   1. Python 类贡献包：解压后进入目录，`pip install .`（或直接用 python 运行包内脚本）。
   2. C++ 类：按包内 README 用 CMake 编译（需 RDKit 开发库）。
   3. 依赖数据处理库时（如 pandas、matplotlib）先 pip 装好。
   4. 用包内示例或自带测试验证。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「官能团识别工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/rdkit/rdkit
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【含氟片段环境库（LEF）安装教程】—— RDKit

■ 前置条件
   · 已装 RDKit（conda install -c conda-forge rdkit 或 pip install rdkit）。

■ 本扩展是什么
   构建与计算含氟片段库的脚本集，用于分析氟原子的局部环境并预测氟核磁化学位移，配合氟指纹描述符开展含氟片段的筛选与分子设计研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是贡献/扩展包源码（Python/C++ 工具，含说明与示例）。

■ 安装步骤
   1. Python 类贡献包：解压后进入目录，`pip install .`（或直接用 python 运行包内脚本）。
   2. C++ 类：按包内 README 用 CMake 编译（需 RDKit 开发库）。
   3. 依赖数据处理库时（如 pandas、matplotlib）先 pip 装好。
   4. 用包内示例或自带测试验证。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「含氟片段环境库」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/rdkit/rdkit
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【骨架片段提取（M_Kossner）安装教程】—— RDKit

■ 前置条件
   · 已装 RDKit（conda install -c conda-forge rdkit 或 pip install rdkit）。

■ 本扩展是什么
   由 Markus Kossner 贡献的脚本，从分子中提取骨架并保留环与环之间的连接链，同时提供功能基团定义文件，用于骨架分解与分子特征分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是贡献/扩展包源码（Python/C++ 工具，含说明与示例）。

■ 安装步骤
   1. Python 类贡献包：解压后进入目录，`pip install .`（或直接用 python 运行包内脚本）。
   2. C++ 类：按包内 README 用 CMake 编译（需 RDKit 开发库）。
   3. 依赖数据处理库时（如 pandas、matplotlib）先 pip 装好。
   4. 用包内示例或自带测试验证。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「骨架片段提取」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/rdkit/rdkit
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【药物化学过滤规则（medchem）安装教程】—— RDKit

■ 前置条件
   · 已装 RDKit（conda install -c conda-forge rdkit 或 pip install rdkit）。

■ 本扩展是什么
   基于 RDKit 的成药性过滤规则集合，内置 Lilly、PAINS、NIBR 等多套药物化学与泛检测子结构过滤，可对化合物库批量标注并剔除不理想结构。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是贡献/扩展包源码（Python/C++ 工具，含说明与示例）。

■ 安装步骤
   1. Python 类贡献包：解压后进入目录，`pip install .`（或直接用 python 运行包内脚本）。
   2. C++ 类：按包内 README 用 CMake 编译（需 RDKit 开发库）。
   3. 依赖数据处理库时（如 pandas、matplotlib）先 pip 装好。
   4. 用包内示例或自带测试验证。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「药物化学过滤规则」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/datamol-io/medchem
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【匹配分子对分析（mmpa）安装教程】—— RDKit

■ 前置条件
   · 已装 RDKit（conda install -c conda-forge rdkit 或 pip install rdkit）。

■ 本扩展是什么
   从 SMILES 列表生成匹配分子对的分析脚本集，含高效的片段索引算法与数据库的构建、搜索工具，用于单点结构变化分析及生物电子等排体替换挖掘。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是贡献/扩展包源码（Python/C++ 工具，含说明与示例）。

■ 安装步骤
   1. Python 类贡献包：解压后进入目录，`pip install .`（或直接用 python 运行包内脚本）。
   2. C++ 类：按包内 README 用 CMake 编译（需 RDKit 开发库）。
   3. 依赖数据处理库时（如 pandas、matplotlib）先 pip 装好。
   4. 用包内示例或自带测试验证。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「匹配分子对分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/rdkit/rdkit
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【分子标准化工具（MolVS）安装教程】—— RDKit

■ 前置条件
   · 已装 RDKit（conda install -c conda-forge rdkit 或 pip install rdkit）。

■ 本扩展是什么
   基于 MolVS 与 RDKit 的分子标准化命令行工具，对输入分子执行结构标准化、去盐、去溶剂与互变异构规范化处理，便于批量清洗化合物数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是贡献/扩展包源码（Python/C++ 工具，含说明与示例）。

■ 安装步骤
   1. Python 类贡献包：解压后进入目录，`pip install .`（或直接用 python 运行包内脚本）。
   2. C++ 类：按包内 README 用 CMake 编译（需 RDKit 开发库）。
   3. 依赖数据处理库时（如 pandas、matplotlib）先 pip 装好。
   4. 用包内示例或自带测试验证。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分子标准化工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/rdkit/rdkit
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【分子描述符计算器（mordred）安装教程】—— RDKit

■ 前置条件
   · 已装 RDKit（conda install -c conda-forge rdkit 或 pip install rdkit）。

■ 本扩展是什么
   基于 RDKit 的分子描述符计算库，可批量计算约一千八百种二维与三维描述符，支持并行处理与缺失值屏蔽，常用于定量构效关系与机器学习建模的特征生成。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是贡献/扩展包源码（Python/C++ 工具，含说明与示例）。

■ 安装步骤
   1. Python 类贡献包：解压后进入目录，`pip install .`（或直接用 python 运行包内脚本）。
   2. C++ 类：按包内 README 用 CMake 编译（需 RDKit 开发库）。
   3. 依赖数据处理库时（如 pandas、matplotlib）先 pip 装好。
   4. 用包内示例或自带测试验证。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分子描述符计算器」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/mordred-descriptor/mordred
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【命中子结构过滤（NIBRSubstructureFilters）安装教程】—— RDKit

■ 前置条件
   · 已装 RDKit（conda install -c conda-forge rdkit 或 pip install rdkit）。

■ 本扩展是什么
   诺华提供的命中物子结构过滤工具，通过一组公开的泛检测子结构与过滤规则识别频繁命中化合物，帮助在苗头筛选中排除假阳性并提升命中质量。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是贡献/扩展包源码（Python/C++ 工具，含说明与示例）。

■ 安装步骤
   1. Python 类贡献包：解压后进入目录，`pip install .`（或直接用 python 运行包内脚本）。
   2. C++ 类：按包内 README 用 CMake 编译（需 RDKit 开发库）。
   3. 依赖数据处理库时（如 pandas、matplotlib）先 pip 装好。
   4. 用包内示例或自带测试验证。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「命中子结构过滤」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/rdkit/rdkit
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【天然产物相似度（NP_Score）安装教程】—— RDKit

■ 前置条件
   · 已装 RDKit（conda install -c conda-forge rdkit 或 pip install rdkit）。

■ 本扩展是什么
   实现 Ertl 天然产物相似性评分的 RDKit 脚本，依据分子片段的贡献为化合物打分，用于评估分子类天然产物的程度并对化合物库做优先级排序。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是贡献/扩展包源码（Python/C++ 工具，含说明与示例）。

■ 安装步骤
   1. Python 类贡献包：解压后进入目录，`pip install .`（或直接用 python 运行包内脚本）。
   2. C++ 类：按包内 README 用 CMake 编译（需 RDKit 开发库）。
   3. 依赖数据处理库时（如 pandas、matplotlib）先 pip 装好。
   4. 用包内示例或自带测试验证。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「天然产物相似度」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/rdkit/rdkit
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【最佳平面拟合度（PBF）安装教程】—— RDKit

■ 前置条件
   · 已装 RDKit（conda install -c conda-forge rdkit 或 pip install rdkit）。

■ 本扩展是什么
   计算分子平面最佳拟合描述符的 C++ 扩展及其 Python 接口，用分子原子到最佳拟合平面的平均距离刻画分子的三维程度，用于筛选更立体的化合物。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是贡献/扩展包源码（Python/C++ 工具，含说明与示例）。

■ 安装步骤
   1. Python 类贡献包：解压后进入目录，`pip install .`（或直接用 python 运行包内脚本）。
   2. C++ 类：按包内 README 用 CMake 编译（需 RDKit 开发库）。
   3. 依赖数据处理库时（如 pandas、matplotlib）先 pip 装好。
   4. 用包内示例或自带测试验证。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「最佳平面拟合度」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/rdkit/rdkit
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【活性数据整理流程（pzc）安装教程】—— RDKit

■ 前置条件
   · 已装 RDKit（conda install -c conda-forge rdkit 或 pip install rdkit）。

■ 本扩展是什么
   从 ChEMBL 下载指定靶点化合物并进行去重、去盐、合并 IC50 与标记活性类别的一系列数据处理流程，可自动整理出用于构效关系建模的分子集合。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是贡献/扩展包源码（Python/C++ 工具，含说明与示例）。

■ 安装步骤
   1. Python 类贡献包：解压后进入目录，`pip install .`（或直接用 python 运行包内脚本）。
   2. C++ 类：按包内 README 用 CMake 编译（需 RDKit 开发库）。
   3. 依赖数据处理库时（如 pandas、matplotlib）先 pip 装好。
   4. 用包内示例或自带测试验证。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「活性数据整理流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/rdkit/rdkit
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【逆合成手性处理（rdchiral）安装教程】—— RDKit

■ 前置条件
   · 已装 RDKit（conda install -c conda-forge rdkit 或 pip install rdkit）。

■ 本扩展是什么
   面向逆合成与反应模板提取的 RDKit 扩展库，可在考虑立体化学与原子映射的前提下规范处理反应产物与反应物，支持逆合成模板的提取与应用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是贡献/扩展包源码（Python/C++ 工具，含说明与示例）。

■ 安装步骤
   1. Python 类贡献包：解压后进入目录，`pip install .`（或直接用 python 运行包内脚本）。
   2. C++ 类：按包内 README 用 CMake 编译（需 RDKit 开发库）。
   3. 依赖数据处理库时（如 pandas、matplotlib）先 pip 装好。
   4. 用包内示例或自带测试验证。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「逆合成手性处理」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/connorcoley/rdchiral
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【网页版化学工具包（rdkit-js）安装教程】—— RDKit

■ 前置条件
   · 已装 RDKit（conda install -c conda-forge rdkit 或 pip install rdkit）。

■ 本扩展是什么
   RDKit 的 JavaScript 版本 RDKit.js，让分子解析与处理能力在浏览器端运行，可用于网页中绘制分子、读取 SMILES 以及开展在线化学计算演示。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是贡献/扩展包源码（Python/C++ 工具，含说明与示例）。

■ 安装步骤
   1. Python 类贡献包：解压后进入目录，`pip install .`（或直接用 python 运行包内脚本）。
   2. C++ 类：按包内 README 用 CMake 编译（需 RDKit 开发库）。
   3. 依赖数据处理库时（如 pandas、matplotlib）先 pip 装好。
   4. 用包内示例或自带测试验证。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「网页版化学工具包」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/rdkit/rdkit-js
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【官方教学笔记本（rdkit-tutorials）安装教程】—— RDKit

■ 前置条件
   · 已装 RDKit（conda install -c conda-forge rdkit 或 pip install rdkit）。

■ 本扩展是什么
   RDKit 官方 Jupyter 教学笔记本合集，覆盖分子读取、SMARTS 子结构匹配、反应处理、与 pandas 结合及化学空间可视化等主题，适合入门与教学使用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是贡献/扩展包源码（Python/C++ 工具，含说明与示例）。

■ 安装步骤
   1. Python 类贡献包：解压后进入目录，`pip install .`（或直接用 python 运行包内脚本）。
   2. C++ 类：按包内 README 用 CMake 编译（需 RDKit 开发库）。
   3. 依赖数据处理库时（如 pandas、matplotlib）先 pip 装好。
   4. 用包内示例或自带测试验证。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「官方教学笔记本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/rdkit/rdkit-tutorials
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【反应角色判定（RxnRoleAssignment）安装教程】—— RDKit

■ 前置条件
   · 已装 RDKit（conda install -c conda-forge rdkit 或 pip install rdkit）。

■ 本扩展是什么
   为化学反应自动判定各组分角色的脚本，区分反应物与试剂，基于反应角色分配算法，用于反应数据的规范化与机器学习建模前的数据清洗。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是贡献/扩展包源码（Python/C++ 工具，含说明与示例）。

■ 安装步骤
   1. Python 类贡献包：解压后进入目录，`pip install .`（或直接用 python 运行包内脚本）。
   2. C++ 类：按包内 README 用 CMake 编译（需 RDKit 开发库）。
   3. 依赖数据处理库时（如 pandas、matplotlib）先 pip 装好。
   4. 用包内示例或自带测试验证。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「反应角色判定」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/rdkit/rdkit
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【合成可及性评分（SA_Score）安装教程】—— RDKit

■ 前置条件
   · 已装 RDKit（conda install -c conda-forge rdkit 或 pip install rdkit）。

■ 本扩展是什么
   实现 Ertl 合成可及性评分的 RDKit 脚本，基于分子复杂度与片段贡献估计化合物的合成难度，常用于虚拟筛选结果的成药性排序与过滤。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是贡献/扩展包源码（Python/C++ 工具，含说明与示例）。

■ 安装步骤
   1. Python 类贡献包：解压后进入目录，`pip install .`（或直接用 python 运行包内脚本）。
   2. C++ 类：按包内 README 用 CMake 编译（需 RDKit 开发库）。
   3. 依赖数据处理库时（如 pandas、matplotlib）先 pip 装好。
   4. 用包内示例或自带测试验证。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「合成可及性评分」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/rdkit/rdkit
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【实用化学信息工具集（useful_rdkit_utils）安装教程】—— RDKit

■ 前置条件
   · 已装 RDKit（conda install -c conda-forge rdkit 或 pip install rdkit）。

■ 本扩展是什么
   由 Pat Walters 维护的 RDKit 实用函数合集，封装了分子标准化、平行坐标图、相似性图、骨架分解等常用操作，可显著简化日常化学信息学分析脚本。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是贡献/扩展包源码（Python/C++ 工具，含说明与示例）。

■ 安装步骤
   1. Python 类贡献包：解压后进入目录，`pip install .`（或直接用 python 运行包内脚本）。
   2. C++ 类：按包内 README 用 CMake 编译（需 RDKit 开发库）。
   3. 依赖数据处理库时（如 pandas、matplotlib）先 pip 装好。
   4. 用包内示例或自带测试验证。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「实用化学信息工具集」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/PatWalters/useful_rdkit_utils
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【坐标转分子结构（xyz2mol）安装教程】—— RDKit

■ 前置条件
   · 已装 RDKit（conda install -c conda-forge rdkit 或 pip install rdkit）。

■ 本扩展是什么
   把仅含原子坐标与元素符号的 XYZ 文件转换为成键结构的工具，基于分子图推断键级与形式电荷并输出 RDKit 分子，用于把量子化学坐标还原为化学结构。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是贡献/扩展包源码（Python/C++ 工具，含说明与示例）。

■ 安装步骤
   1. Python 类贡献包：解压后进入目录，`pip install .`（或直接用 python 运行包内脚本）。
   2. C++ 类：按包内 README 用 CMake 编译（需 RDKit 开发库）。
   3. 依赖数据处理库时（如 pandas、matplotlib）先 pip 装好。
   4. 用包内示例或自带测试验证。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「坐标转分子结构」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/jensengroup/xyz2mol
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。