PLUMED 插件合集（26 个）· 安装教程与网盘下载

集体变量与增强采样插件库（官方注册表模块）｜分类：分子与网络分析｜每个插件都附中文说明与安装教程，下载走百度网盘 / 夸克网盘。

插件清单

Crystallization · 结晶集体变量

util ｜ 9.72 MB ｜ 1 个文件

结晶过程集体变量模块，用于监测和驱动分子模拟体系中的成核与晶体生长。

包含文件：Crystallization-main.zip

百度网盘：https://pan.baidu.com/s/1-zCmJ5ZdtylDEI6HgXr3Mw?pwd=6666 提取码 6666 ｜夸克网盘：https://pan.quark.cn/s/d8d01d240dff

安装教程（点击展开）

【结晶集体变量（Crystallization）安装教程】—— PLUMED

■ 前置条件
   · 已装 PLUMED（plumed 命令可用；部分模块需编译环境与 MPI/CUDA）。

■ 本扩展是什么
   结晶过程集体变量模块，用于监测和驱动分子模拟体系中的成核与晶体生长。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是模块源码（含 .cpp/.h 与 README，部分带示例输入）。

■ 安装步骤
   1. 解压到 PLUMED 源码目录下（或按模块 README 说明）。
   2. 用 ./configure --enable-modules=... 或 -DPLUMED_MODE 方式把模块编译进 PLUMED。
   3. 也可编译成运行时加载库，用 PLUMED_LOAD 或 -r 参数加载。
   4. plumed --version / plumed driver 检查模块是否可用，再在模拟输入里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「结晶集体变量」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/Tarakk/Crystallization
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

data-driven-CVs · 数据驱动集体变量

util ｜ 9.33 MB ｜ 1 个文件

数据驱动集体变量方法，用机器学习从模拟数据中自动学习描述反应的低维坐标。

包含文件：data-driven-CVs-master.zip

百度网盘：https://pan.baidu.com/s/1Ifj2DUunDJMQg5QW758NJQ?pwd=6666 提取码 6666 ｜夸克网盘：https://pan.quark.cn/s/ae66ff920322

安装教程（点击展开）

【数据驱动集体变量（data-driven-CVs）安装教程】—— PLUMED

■ 前置条件
   · 已装 PLUMED（plumed 命令可用；部分模块需编译环境与 MPI/CUDA）。

■ 本扩展是什么
   数据驱动集体变量方法，用机器学习从模拟数据中自动学习描述反应的低维坐标。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是模块源码（含 .cpp/.h 与 README，部分带示例输入）。

■ 安装步骤
   1. 解压到 PLUMED 源码目录下（或按模块 README 说明）。
   2. 用 ./configure --enable-modules=... 或 -DPLUMED_MODE 方式把模块编译进 PLUMED。
   3. 也可编译成运行时加载库，用 PLUMED_LOAD 或 -r 参数加载。
   4. plumed --version / plumed driver 检查模块是否可用，再在模拟输入里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「数据驱动集体变量」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/luigibonati/data-driven-CVs
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

deep-learning-slow-modes · 深度学习慢模态

util ｜ 12.71 MB ｜ 1 个文件

深度学习慢模态分析方法，用神经网络识别稀有事件中的慢自由度并构建集体变量。

包含文件：deep-learning-slow-modes-main.zip

百度网盘：https://pan.baidu.com/s/12CPxWBqZz7v3GzZ6K-Tstg?pwd=6666 提取码 6666 ｜夸克网盘：https://pan.quark.cn/s/42e89e4d0e2e

安装教程（点击展开）

【深度学习慢模态（deep-learning-slow-modes）安装教程】—— PLUMED

■ 前置条件
   · 已装 PLUMED（plumed 命令可用；部分模块需编译环境与 MPI/CUDA）。

■ 本扩展是什么
   深度学习慢模态分析方法，用神经网络识别稀有事件中的慢自由度并构建集体变量。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是模块源码（含 .cpp/.h 与 README，部分带示例输入）。

■ 安装步骤
   1. 解压到 PLUMED 源码目录下（或按模块 README 说明）。
   2. 用 ./configure --enable-modules=... 或 -DPLUMED_MODE 方式把模块编译进 PLUMED。
   3. 也可编译成运行时加载库，用 PLUMED_LOAD 或 -r 参数加载。
   4. plumed --version / plumed driver 检查模块是否可用，再在模拟输入里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「深度学习慢模态」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/maxbonomi/deep-learning-slow-modes
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

DeepLNE · 深度潜变量网络

util ｜ 9.77 MB ｜ 1 个文件

深度潜变量网络增强采样方法，用神经网络把高维构型映射到低维反应坐标。

包含文件：DeepLNE-main.zip

百度网盘：https://pan.baidu.com/s/1L_1jnSQv4xsPXHbgzjxq0g?pwd=6666 提取码 6666 ｜夸克网盘：https://pan.quark.cn/s/bffceb0aeabe

安装教程（点击展开）

【深度潜变量网络（DeepLNE）安装教程】—— PLUMED

■ 前置条件
   · 已装 PLUMED（plumed 命令可用；部分模块需编译环境与 MPI/CUDA）。

■ 本扩展是什么
   深度潜变量网络增强采样方法，用神经网络把高维构型映射到低维反应坐标。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是模块源码（含 .cpp/.h 与 README，部分带示例输入）。

■ 安装步骤
   1. 解压到 PLUMED 源码目录下（或按模块 README 说明）。
   2. 用 ./configure --enable-modules=... 或 -DPLUMED_MODE 方式把模块编译进 PLUMED。
   3. 也可编译成运行时加载库，用 PLUMED_LOAD 或 -r 参数加载。
   4. plumed --version / plumed driver 检查模块是否可用，再在模拟输入里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「深度潜变量网络」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/ThorbenF/DeepLNE
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

DeepLNE_PlusPlus · 深度潜变量增强升级

util ｜ 26.33 MB ｜ 1 个文件

深度潜变量网络增强方法的升级版本，改进训练流程与集体变量的表达能力。

包含文件：DeepLNE_PlusPlus-main.zip

百度网盘：https://pan.baidu.com/s/1r9NTMzQLlmAxuFSMszlpyQ?pwd=6666 提取码 6666 ｜夸克网盘：https://pan.quark.cn/s/5bdd80cd5934

安装教程（点击展开）

【深度潜变量增强升级（DeepLNE_PlusPlus）安装教程】—— PLUMED

■ 前置条件
   · 已装 PLUMED（plumed 命令可用；部分模块需编译环境与 MPI/CUDA）。

■ 本扩展是什么
   深度潜变量网络增强方法的升级版本，改进训练流程与集体变量的表达能力。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是模块源码（含 .cpp/.h 与 README，部分带示例输入）。

■ 安装步骤
   1. 解压到 PLUMED 源码目录下（或按模块 README 说明）。
   2. 用 ./configure --enable-modules=... 或 -DPLUMED_MODE 方式把模块编译进 PLUMED。
   3. 也可编译成运行时加载库，用 PLUMED_LOAD 或 -r 参数加载。
   4. plumed --version / plumed driver 检查模块是否可用，再在模拟输入里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「深度潜变量增强升级」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/ThorbenF/DeepLNE_PlusPlus
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

fesbarrier · 自由能垒估计

util ｜ 0.14 MB ｜ 1 个文件

从偏置分子动力学模拟中估计自由能垒的方法，适用于计算化学反应速率。

包含文件：fesbarrier-main.zip

百度网盘：https://pan.baidu.com/s/1v2o2FN_3DMYmTtIzfvSkvg?pwd=6666 提取码 6666 ｜夸克网盘：https://pan.quark.cn/s/153d0f31295d

安装教程（点击展开）

【自由能垒估计（fesbarrier）安装教程】—— PLUMED

■ 前置条件
   · 已装 PLUMED（plumed 命令可用；部分模块需编译环境与 MPI/CUDA）。

■ 本扩展是什么
   从偏置分子动力学模拟中估计自由能垒的方法，适用于计算化学反应速率。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是模块源码（含 .cpp/.h 与 README，部分带示例输入）。

■ 安装步骤
   1. 解压到 PLUMED 源码目录下（或按模块 README 说明）。
   2. 用 ./configure --enable-modules=... 或 -DPLUMED_MODE 方式把模块编译进 PLUMED。
   3. 也可编译成运行时加载库，用 PLUMED_LOAD 或 -r 参数加载。
   4. plumed --version / plumed driver 检查模块是否可用，再在模拟输入里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「自由能垒估计」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/kbal/fesbarrier
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

ff-fitting-tools · 力场拟合工具

util ｜ 22.4 MB ｜ 1 个文件

核糖核酸力场拟合工具集，用于从模拟数据拟合和改进核糖核酸的力场参数。

包含文件：ff-fitting-tools-master.zip

百度网盘：https://pan.baidu.com/s/1DS6ZVl2FieGJ35TKnKCN_A?pwd=6666 提取码 6666 ｜夸克网盘：https://pan.quark.cn/s/700a527d091c

安装教程（点击展开）

【力场拟合工具（ff-fitting-tools）安装教程】—— PLUMED

■ 前置条件
   · 已装 PLUMED（plumed 命令可用；部分模块需编译环境与 MPI/CUDA）。

■ 本扩展是什么
   核糖核酸力场拟合工具集，用于从模拟数据拟合和改进核糖核酸的力场参数。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是模块源码（含 .cpp/.h 与 README，部分带示例输入）。

■ 安装步骤
   1. 解压到 PLUMED 源码目录下（或按模块 README 说明）。
   2. 用 ./configure --enable-modules=... 或 -DPLUMED_MODE 方式把模块编译进 PLUMED。
   3. 也可编译成运行时加载库，用 PLUMED_LOAD 或 -r 参数加载。
   4. plumed --version / plumed driver 检查模块是否可用，再在模拟输入里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「力场拟合工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/bussilab/ff-fitting-tools
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

GAMBES · 混合高斯增强采样

util ｜ 4.66 MB ｜ 1 个文件

混合高斯增强采样方法，用高斯混合模型逼近自由能面并施加自适应偏置。

包含文件：GAMBES-master.zip

百度网盘：https://pan.baidu.com/s/1WQrTuml57_jdqjRzVasSFg?pwd=6666 提取码 6666 ｜夸克网盘：https://pan.quark.cn/s/84ae6eaff80f

安装教程（点击展开）

【混合高斯增强采样（GAMBES）安装教程】—— PLUMED

■ 前置条件
   · 已装 PLUMED（plumed 命令可用；部分模块需编译环境与 MPI/CUDA）。

■ 本扩展是什么
   混合高斯增强采样方法，用高斯混合模型逼近自由能面并施加自适应偏置。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是模块源码（含 .cpp/.h 与 README，部分带示例输入）。

■ 安装步骤
   1. 解压到 PLUMED 源码目录下（或按模块 README 说明）。
   2. 用 ./configure --enable-modules=... 或 -DPLUMED_MODE 方式把模块编译进 PLUMED。
   3. 也可编译成运行时加载库，用 PLUMED_LOAD 或 -r 参数加载。
   4. plumed --version / plumed driver 检查模块是否可用，再在模拟输入里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「混合高斯增强采样」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/Jayashrita/GAMBES
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

ghbfix-training · 氢键修正自动学习

util ｜ 37.57 MB ｜ 1 个文件

自动学习氢键修正参数的工具，为分子力场生成更准确的氢键相互作用参数。

包含文件：ghbfix-training-main.zip

百度网盘：https://pan.baidu.com/s/1dCGhCRVR3MgcHfTPXKcMXQ?pwd=6666 提取码 6666 ｜夸克网盘：https://pan.quark.cn/s/cd4afcb28a4d

安装教程（点击展开）

【氢键修正自动学习（ghbfix-training）安装教程】—— PLUMED

■ 前置条件
   · 已装 PLUMED（plumed 命令可用；部分模块需编译环境与 MPI/CUDA）。

■ 本扩展是什么
   自动学习氢键修正参数的工具，为分子力场生成更准确的氢键相互作用参数。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是模块源码（含 .cpp/.h 与 README，部分带示例输入）。

■ 安装步骤
   1. 解压到 PLUMED 源码目录下（或按模块 README 说明）。
   2. 用 ./configure --enable-modules=... 或 -DPLUMED_MODE 方式把模块编译进 PLUMED。
   3. 也可编译成运行时加载库，用 PLUMED_LOAD 或 -r 参数加载。
   4. plumed --version / plumed driver 检查模块是否可用，再在模拟输入里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「氢键修正自动学习」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/bussilab/ghbfix-training
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

learned-replica-exchange · 学习型副本交换

util ｜ 8.76 MB ｜ 1 个文件

学习型副本交换方法实现，用神经网络跳过部分副本交换阶梯以加速升温采样。

包含文件：learned-replica-exchange-main.zip

百度网盘：https://pan.baidu.com/s/1a6yC3UASv5YFgTJA1Vx46w?pwd=6666 提取码 6666 ｜夸克网盘：https://pan.quark.cn/s/f7eec664903a

安装教程（点击展开）

【学习型副本交换（learned-replica-exchange）安装教程】—— PLUMED

■ 前置条件
   · 已装 PLUMED（plumed 命令可用；部分模块需编译环境与 MPI/CUDA）。

■ 本扩展是什么
   学习型副本交换方法实现，用神经网络跳过部分副本交换阶梯以加速升温采样。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是模块源码（含 .cpp/.h 与 README，部分带示例输入）。

■ 安装步骤
   1. 解压到 PLUMED 源码目录下（或按模块 README 说明）。
   2. 用 ./configure --enable-modules=... 或 -DPLUMED_MODE 方式把模块编译进 PLUMED。
   3. 也可编译成运行时加载库，用 PLUMED_LOAD 或 -r 参数加载。
   4. plumed --version / plumed driver 检查模块是否可用，再在模拟输入里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「学习型副本交换」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/invemichele/learned-replica-exchange
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

mlcolvar · 机器学习集体变量

util ｜ 34.19 MB ｜ 1 个文件

机器学习集体变量库，提供多种神经网络集体变量的训练与分子动力学集成工具。

包含文件：mlcolvar-main.zip

百度网盘：https://pan.baidu.com/s/1D5s6t4hAA7lHB2jFmeUWQA?pwd=6666 提取码 6666 ｜夸克网盘：https://pan.quark.cn/s/e8a03fc1d98e

安装教程（点击展开）

【机器学习集体变量（mlcolvar）安装教程】—— PLUMED

■ 前置条件
   · 已装 PLUMED（plumed 命令可用；部分模块需编译环境与 MPI/CUDA）。

■ 本扩展是什么
   机器学习集体变量库，提供多种神经网络集体变量的训练与分子动力学集成工具。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是模块源码（含 .cpp/.h 与 README，部分带示例输入）。

■ 安装步骤
   1. 解压到 PLUMED 源码目录下（或按模块 README 说明）。
   2. 用 ./configure --enable-modules=... 或 -DPLUMED_MODE 方式把模块编译进 PLUMED。
   3. 也可编译成运行时加载库，用 PLUMED_LOAD 或 -r 参数加载。
   4. plumed --version / plumed driver 检查模块是否可用，再在模拟输入里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「机器学习集体变量」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/luigibonati/mlcolvar
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

multipmd · 多路径元动力学

util ｜ 0.07 MB ｜ 1 个文件

多路径元动力学与路径图方法的实现，用多条反应路径驱动构象转变采样。

包含文件：multipmd-main.zip

百度网盘：https://pan.baidu.com/s/14CLs1YKrCqjzDaHtb-bcZg?pwd=6666 提取码 6666 ｜夸克网盘：https://pan.quark.cn/s/6853df3ff978

安装教程（点击展开）

【多路径元动力学（multipmd）安装教程】—— PLUMED

■ 前置条件
   · 已装 PLUMED（plumed 命令可用；部分模块需编译环境与 MPI/CUDA）。

■ 本扩展是什么
   多路径元动力学与路径图方法的实现，用多条反应路径驱动构象转变采样。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是模块源码（含 .cpp/.h 与 README，部分带示例输入）。

■ 安装步骤
   1. 解压到 PLUMED 源码目录下（或按模块 README 说明）。
   2. 用 ./configure --enable-modules=... 或 -DPLUMED_MODE 方式把模块编译进 PLUMED。
   3. 也可编译成运行时加载库，用 PLUMED_LOAD 或 -r 参数加载。
   4. plumed --version / plumed driver 检查模块是否可用，再在模拟输入里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多路径元动力学」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/apdealbao/multipmd
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

Nonequilibrium_DeepTICA · 非平衡深度时间成分

util ｜ 13.32 MB ｜ 1 个文件

非平衡深度时间独立成分分析方法，从非平衡元动力学数据中学习慢集体变量。

包含文件：Nonequilibrium_DeepTICA-main.zip

百度网盘：https://pan.baidu.com/s/18kkMf7bEby0r24jZeIoyyA?pwd=6666 提取码 6666 ｜夸克网盘：https://pan.quark.cn/s/b2d6e8994243

安装教程（点击展开）

【非平衡深度时间成分（Nonequilibrium_DeepTICA）安装教程】—— PLUMED

■ 前置条件
   · 已装 PLUMED（plumed 命令可用；部分模块需编译环境与 MPI/CUDA）。

■ 本扩展是什么
   非平衡深度时间独立成分分析方法，从非平衡元动力学数据中学习慢集体变量。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是模块源码（含 .cpp/.h 与 README，部分带示例输入）。

■ 安装步骤
   1. 解压到 PLUMED 源码目录下（或按模块 README 说明）。
   2. 用 ./configure --enable-modules=... 或 -DPLUMED_MODE 方式把模块编译进 PLUMED。
   3. 也可编译成运行时加载库，用 PLUMED_LOAD 或 -r 参数加载。
   4. plumed --version / plumed driver 检查模块是否可用，再在模拟输入里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「非平衡深度时间成分」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/dhimanray/Nonequilibrium_DeepTICA
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

opes · 即时概率增强采样

util ｜ 10.9 MB ｜ 1 个文件

即时概率增强采样方法的实现与示例，在线估计偏置势并使自由能面快速收敛。

包含文件：opes-master.zip

百度网盘：https://pan.baidu.com/s/1WKV6AqFeKrgtbIRFLbhLHw?pwd=6666 提取码 6666 ｜夸克网盘：https://pan.quark.cn/s/6f76469dbf93

安装教程（点击展开）

【即时概率增强采样（opes）安装教程】—— PLUMED

■ 前置条件
   · 已装 PLUMED（plumed 命令可用；部分模块需编译环境与 MPI/CUDA）。

■ 本扩展是什么
   即时概率增强采样方法的实现与示例，在线估计偏置势并使自由能面快速收敛。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是模块源码（含 .cpp/.h 与 README，部分带示例输入）。

■ 安装步骤
   1. 解压到 PLUMED 源码目录下（或按模块 README 说明）。
   2. 用 ./configure --enable-modules=... 或 -DPLUMED_MODE 方式把模块编译进 PLUMED。
   3. 也可编译成运行时加载库，用 PLUMED_LOAD 或 -r 参数加载。
   4. plumed --version / plumed driver 检查模块是否可用，再在模拟输入里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「即时概率增强采样」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/invemichele/opes
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

OPES-ala2 · 丙氨酸二肽增强采样

util ｜ 13.45 MB ｜ 1 个文件

丙氨酸二肽体系的即时概率增强采样示例，展示该方法相对元动力学在收敛效率上的优势。

包含文件：OPES-ala2-main.zip

百度网盘：https://pan.baidu.com/s/1o2wClxYLzx7RtD4WVinOxQ?pwd=6666 提取码 6666 ｜夸克网盘：https://pan.quark.cn/s/c3b4d3318bd8

安装教程（点击展开）

【丙氨酸二肽增强采样（OPES-ala2）安装教程】—— PLUMED

■ 前置条件
   · 已装 PLUMED（plumed 命令可用；部分模块需编译环境与 MPI/CUDA）。

■ 本扩展是什么
   丙氨酸二肽体系的即时概率增强采样示例，展示该方法相对元动力学在收敛效率上的优势。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是模块源码（含 .cpp/.h 与 README，部分带示例输入）。

■ 安装步骤
   1. 解压到 PLUMED 源码目录下（或按模块 README 说明）。
   2. 用 ./configure --enable-modules=... 或 -DPLUMED_MODE 方式把模块编译进 PLUMED。
   3. 也可编译成运行时加载库，用 PLUMED_LOAD 或 -r 参数加载。
   4. plumed --version / plumed driver 检查模块是否可用，再在模拟输入里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「丙氨酸二肽增强采样」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/invemichele/OPES-ala2
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

OPES-explore · 即时概率探索采样

util ｜ 49.55 MB ｜ 1 个文件

即时概率探索采样实现，研究自适应偏置方法中系综探索与自由能收敛速度的平衡。

包含文件：OPES-explore-main.zip

百度网盘：https://pan.baidu.com/s/1H2BNkTOGQ59sBkA8UJK2Nw?pwd=6666 提取码 6666 ｜夸克网盘：https://pan.quark.cn/s/e26f6e72da17

安装教程（点击展开）

【即时概率探索采样（OPES-explore）安装教程】—— PLUMED

■ 前置条件
   · 已装 PLUMED（plumed 命令可用；部分模块需编译环境与 MPI/CUDA）。

■ 本扩展是什么
   即时概率探索采样实现，研究自适应偏置方法中系综探索与自由能收敛速度的平衡。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是模块源码（含 .cpp/.h 与 README，部分带示例输入）。

■ 安装步骤
   1. 解压到 PLUMED 源码目录下（或按模块 README 说明）。
   2. 用 ./configure --enable-modules=... 或 -DPLUMED_MODE 方式把模块编译进 PLUMED。
   3. 也可编译成运行时加载库，用 PLUMED_LOAD 或 -r 参数加载。
   4. plumed --version / plumed driver 检查模块是否可用，再在模拟输入里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「即时概率探索采样」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/invemichele/OPES-explore
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

OPES-Flooding · 即时概率泛洪动力学

util ｜ 1.68 MB ｜ 1 个文件

即时概率泛洪增强采样方法，从自适应偏置模拟中提取稀有事件的动力学速率。

包含文件：OPES-Flooding-main.zip

百度网盘：https://pan.baidu.com/s/1htuIbf-r2o7ybg93QyAC8Q?pwd=6666 提取码 6666 ｜夸克网盘：https://pan.quark.cn/s/a56c5bce02a9

安装教程（点击展开）

【即时概率泛洪动力学（OPES-Flooding）安装教程】—— PLUMED

■ 前置条件
   · 已装 PLUMED（plumed 命令可用；部分模块需编译环境与 MPI/CUDA）。

■ 本扩展是什么
   即时概率泛洪增强采样方法，从自适应偏置模拟中提取稀有事件的动力学速率。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是模块源码（含 .cpp/.h 与 README，部分带示例输入）。

■ 安装步骤
   1. 解压到 PLUMED 源码目录下（或按模块 README 说明）。
   2. 用 ./configure --enable-modules=... 或 -DPLUMED_MODE 方式把模块编译进 PLUMED。
   3. 也可编译成运行时加载库，用 PLUMED_LOAD 或 -r 参数加载。
   4. plumed --version / plumed driver 检查模块是否可用，再在模拟输入里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「即时概率泛洪动力学」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/dhimanray/OPES-Flooding
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

OPES_and_OPES-EXPLORE · 即时概率组合采样

util ｜ 7.04 MB ｜ 1 个文件

即时概率增强采样与探索方法的组合实现，兼顾自由能收敛与系综遍历。

包含文件：OPES_and_OPES-EXPLORE-main.zip

百度网盘：https://pan.baidu.com/s/1FudY1zGnCIwfhjK9NR5lvQ?pwd=6666 提取码 6666 ｜夸克网盘：https://pan.quark.cn/s/247f38a07d6b

安装教程（点击展开）

【即时概率组合采样（OPES_and_OPES-EXPLORE）安装教程】—— PLUMED

■ 前置条件
   · 已装 PLUMED（plumed 命令可用；部分模块需编译环境与 MPI/CUDA）。

■ 本扩展是什么
   即时概率增强采样与探索方法的组合实现，兼顾自由能收敛与系综遍历。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是模块源码（含 .cpp/.h 与 README，部分带示例输入）。

■ 安装步骤
   1. 解压到 PLUMED 源码目录下（或按模块 README 说明）。
   2. 用 ./configure --enable-modules=... 或 -DPLUMED_MODE 方式把模块编译进 PLUMED。
   3. 也可编译成运行时加载库，用 PLUMED_LOAD 或 -r 参数加载。
   4. plumed --version / plumed driver 检查模块是否可用，再在模拟输入里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「即时概率组合采样」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/dhimanray/OPES_and_OPES-EXPLORE
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

OPESexpanded · 扩展系综增强采样

util ｜ 34.58 MB ｜ 1 个文件

统一增强采样框架的扩展实现，把即时概率增强采样推广到多温度多压力系综模拟。

包含文件：OPESexpanded-master.zip

百度网盘：https://pan.baidu.com/s/1hqee7sjb10dBekVGWONQbw?pwd=6666 提取码 6666 ｜夸克网盘：https://pan.quark.cn/s/b542519f058f

安装教程（点击展开）

【扩展系综增强采样（OPESexpanded）安装教程】—— PLUMED

■ 前置条件
   · 已装 PLUMED（plumed 命令可用；部分模块需编译环境与 MPI/CUDA）。

■ 本扩展是什么
   统一增强采样框架的扩展实现，把即时概率增强采样推广到多温度多压力系综模拟。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是模块源码（含 .cpp/.h 与 README，部分带示例输入）。

■ 安装步骤
   1. 解压到 PLUMED 源码目录下（或按模块 README 说明）。
   2. 用 ./configure --enable-modules=... 或 -DPLUMED_MODE 方式把模块编译进 PLUMED。
   3. 也可编译成运行时加载库，用 PLUMED_LOAD 或 -r 参数加载。
   4. plumed --version / plumed driver 检查模块是否可用，再在模拟输入里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「扩展系综增强采样」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/invemichele/OPESexpanded
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

pRAVE · 路径集合平均增强

util ｜ 1.21 MB ｜ 1 个文件

路径集合平均增强采样方法实现，通过改进反应路径变量提升稀有事件的采样效率。

包含文件：pRAVE-master.zip

百度网盘：https://pan.baidu.com/s/13lCHotBv-GUtl0TY9rvgVg?pwd=6666 提取码 6666 ｜夸克网盘：https://pan.quark.cn/s/aa7e829307ff

安装教程（点击展开）

【路径集合平均增强（pRAVE）安装教程】—— PLUMED

■ 前置条件
   · 已装 PLUMED（plumed 命令可用；部分模块需编译环境与 MPI/CUDA）。

■ 本扩展是什么
   路径集合平均增强采样方法实现，通过改进反应路径变量提升稀有事件的采样效率。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是模块源码（含 .cpp/.h 与 README，部分带示例输入）。

■ 安装步骤
   1. 解压到 PLUMED 源码目录下（或按模块 README 说明）。
   2. 用 ./configure --enable-modules=... 或 -DPLUMED_MODE 方式把模块编译进 PLUMED。
   3. 也可编译成运行时加载库，用 PLUMED_LOAD 或 -r 参数加载。
   4. plumed --version / plumed driver 检查模块是否可用，再在模拟输入里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「路径集合平均增强」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/yhwang17/pRAVE
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

reweightedjarzynski · 重加权雅辛斯基采样

util ｜ 0.04 MB ｜ 1 个文件

重加权雅辛斯基采样方法，结合非平衡功与重加权估计平衡态自由能差。

包含文件：reweightedjarzynski-main.zip

百度网盘：https://pan.baidu.com/s/10GT6XTJjYFOv174YUUYklg?pwd=6666 提取码 6666 ｜夸克网盘：https://pan.quark.cn/s/8181a2c2944b

安装教程（点击展开）

【重加权雅辛斯基采样（reweightedjarzynski）安装教程】—— PLUMED

■ 前置条件
   · 已装 PLUMED（plumed 命令可用；部分模块需编译环境与 MPI/CUDA）。

■ 本扩展是什么
   重加权雅辛斯基采样方法，结合非平衡功与重加权估计平衡态自由能差。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是模块源码（含 .cpp/.h 与 README，部分带示例输入）。

■ 安装步骤
   1. 解压到 PLUMED 源码目录下（或按模块 README 说明）。
   2. 用 ./configure --enable-modules=... 或 -DPLUMED_MODE 方式把模块编译进 PLUMED。
   3. 也可编译成运行时加载库，用 PLUMED_LOAD 或 -r 参数加载。
   4. plumed --version / plumed driver 检查模块是否可用，再在模拟输入里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「重加权雅辛斯基采样」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/kbal/reweightedjarzynski
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

Surrogate_CV · 代理模型集体变量

util ｜ 1.88 MB ｜ 1 个文件

代理模型集体变量方法，用回归代理模型近似计算昂贵的反应坐标。

包含文件：Surrogate_CV-main.zip

百度网盘：https://pan.baidu.com/s/1WXOkfYYuZXyLkuD0iuBnfg?pwd=6666 提取码 6666 ｜夸克网盘：https://pan.quark.cn/s/652dff646795

安装教程（点击展开）

【代理模型集体变量（Surrogate_CV）安装教程】—— PLUMED

■ 前置条件
   · 已装 PLUMED（plumed 命令可用；部分模块需编译环境与 MPI/CUDA）。

■ 本扩展是什么
   代理模型集体变量方法，用回归代理模型近似计算昂贵的反应坐标。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是模块源码（含 .cpp/.h 与 README，部分带示例输入）。

■ 安装步骤
   1. 解压到 PLUMED 源码目录下（或按模块 README 说明）。
   2. 用 ./configure --enable-modules=... 或 -DPLUMED_MODE 方式把模块编译进 PLUMED。
   3. 也可编译成运行时加载库，用 PLUMED_LOAD 或 -r 参数加载。
   4. plumed --version / plumed driver 检查模块是否可用，再在模拟输入里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「代理模型集体变量」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/sompriya/Surrogate_CV
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

TargetedDiscriminantAnalysisCVs · 靶向判别集体变量

util ｜ 15.03 MB ｜ 1 个文件

靶向判别分析集体变量方法，用判别式降维从增强采样数据中构建反应坐标。

包含文件：TargetedDiscriminantAnalysisCVs-main.zip

百度网盘：https://pan.baidu.com/s/1tiHmtd7uVRb02MR4sMbbDA?pwd=6666 提取码 6666 ｜夸克网盘：https://pan.quark.cn/s/f9d68b642dda

安装教程（点击展开）

【靶向判别集体变量（TargetedDiscriminantAnalysisCVs）安装教程】—— PLUMED

■ 前置条件
   · 已装 PLUMED（plumed 命令可用；部分模块需编译环境与 MPI/CUDA）。

■ 本扩展是什么
   靶向判别分析集体变量方法，用判别式降维从增强采样数据中构建反应坐标。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是模块源码（含 .cpp/.h 与 README，部分带示例输入）。

■ 安装步骤
   1. 解压到 PLUMED 源码目录下（或按模块 README 说明）。
   2. 用 ./configure --enable-modules=... 或 -DPLUMED_MODE 方式把模块编译进 PLUMED。
   3. 也可编译成运行时加载库，用 PLUMED_LOAD 或 -r 参数加载。
   4. plumed --version / plumed driver 检查模块是否可用，再在模拟输入里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「靶向判别集体变量」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/EnricoTrizio/TargetedDiscriminantAnalysisCVs
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

TPI_deepTDA · 时间路径深度判别

util ｜ 18.69 MB ｜ 1 个文件

基于跃迁路径的深度学习集体变量，用深度时间判别分析降维并学习反应坐标。

包含文件：TPI_deepTDA-main.zip

百度网盘：https://pan.baidu.com/s/1zZGJ-OPOBv_dg4C-RWMtXg?pwd=6666 提取码 6666 ｜夸克网盘：https://pan.quark.cn/s/3a1086720352

安装教程（点击展开）

【时间路径深度判别（TPI_deepTDA）安装教程】—— PLUMED

■ 前置条件
   · 已装 PLUMED（plumed 命令可用；部分模块需编译环境与 MPI/CUDA）。

■ 本扩展是什么
   基于跃迁路径的深度学习集体变量，用深度时间判别分析降维并学习反应坐标。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是模块源码（含 .cpp/.h 与 README，部分带示例输入）。

■ 安装步骤
   1. 解压到 PLUMED 源码目录下（或按模块 README 说明）。
   2. 用 ./configure --enable-modules=... 或 -DPLUMED_MODE 方式把模块编译进 PLUMED。
   3. 也可编译成运行时加载库，用 PLUMED_LOAD 或 -r 参数加载。
   4. plumed --version / plumed driver 检查模块是否可用，再在模拟输入里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「时间路径深度判别」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/dhimanray/TPI_deepTDA
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

VESdeltaF · 变分增强采样

util ｜ 59.17 MB ｜ 1 个文件

变分增强采样方法的参考实现，演示如何用增量集体变量估计自由能并加速构象采样。

包含文件：VESdeltaF-master.zip

百度网盘：https://pan.baidu.com/s/1sVVkp7wZkjvi9nN0C_RgjQ?pwd=6666 提取码 6666 ｜夸克网盘：https://pan.quark.cn/s/188a3e9b0f11

安装教程（点击展开）

【变分增强采样（VESdeltaF）安装教程】—— PLUMED

■ 前置条件
   · 已装 PLUMED（plumed 命令可用；部分模块需编译环境与 MPI/CUDA）。

■ 本扩展是什么
   变分增强采样方法的参考实现，演示如何用增量集体变量估计自由能并加速构象采样。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是模块源码（含 .cpp/.h 与 README，部分带示例输入）。

■ 安装步骤
   1. 解压到 PLUMED 源码目录下（或按模块 README 说明）。
   2. 用 ./configure --enable-modules=... 或 -DPLUMED_MODE 方式把模块编译进 PLUMED。
   3. 也可编译成运行时加载库，用 PLUMED_LOAD 或 -r 参数加载。
   4. plumed --version / plumed driver 检查模块是否可用，再在模拟输入里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「变分增强采样」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/invemichele/VESdeltaF
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

vibrationalensemble · 振动系综反应模拟

util ｜ 0.14 MB ｜ 1 个文件

基于振动系综的化学反应模拟方法，用于研究反应自由能面与机理。

包含文件：vibrationalensemble-main.zip

百度网盘：https://pan.baidu.com/s/1jdMrqd1bZVR5s0eHjx9seg?pwd=6666 提取码 6666 ｜夸克网盘：https://pan.quark.cn/s/fdb27d4a3fb4

安装教程（点击展开）

【振动系综反应模拟（vibrationalensemble）安装教程】—— PLUMED

■ 前置条件
   · 已装 PLUMED（plumed 命令可用；部分模块需编译环境与 MPI/CUDA）。

■ 本扩展是什么
   基于振动系综的化学反应模拟方法，用于研究反应自由能面与机理。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是模块源码（含 .cpp/.h 与 README，部分带示例输入）。

■ 安装步骤
   1. 解压到 PLUMED 源码目录下（或按模块 README 说明）。
   2. 用 ./configure --enable-modules=... 或 -DPLUMED_MODE 方式把模块编译进 PLUMED。
   3. 也可编译成运行时加载库，用 PLUMED_LOAD 或 -r 参数加载。
   4. plumed --version / plumed driver 检查模块是否可用，再在模拟输入里调用。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「振动系综反应模拟」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/kbal/vibrationalensemble
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

PLUMED 插件合集（共 26 个）

插件清单

Crystallization · 结晶集体变量

data-driven-CVs · 数据驱动集体变量

deep-learning-slow-modes · 深度学习慢模态

DeepLNE · 深度潜变量网络

DeepLNE_PlusPlus · 深度潜变量增强升级

fesbarrier · 自由能垒估计

ff-fitting-tools · 力场拟合工具

GAMBES · 混合高斯增强采样

ghbfix-training · 氢键修正自动学习

learned-replica-exchange · 学习型副本交换

mlcolvar · 机器学习集体变量

multipmd · 多路径元动力学

Nonequilibrium_DeepTICA · 非平衡深度时间成分

opes · 即时概率增强采样

OPES-ala2 · 丙氨酸二肽增强采样

OPES-explore · 即时概率探索采样

OPES-Flooding · 即时概率泛洪动力学

OPES_and_OPES-EXPLORE · 即时概率组合采样

OPESexpanded · 扩展系综增强采样

pRAVE · 路径集合平均增强

reweightedjarzynski · 重加权雅辛斯基采样

Surrogate_CV · 代理模型集体变量

TargetedDiscriminantAnalysisCVs · 靶向判别集体变量

TPI_deepTDA · 时间路径深度判别

VESdeltaF · 变分增强采样

vibrationalensemble · 振动系综反应模拟

同分类的其他软件