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Orbit Image Analysis Orbit Image Analysis 插件合集(共 35 个)
生物图像分析平台(官方脚本插件) | 分类:病理图片处理 | 每个插件都附中文说明与安装教程,下载走百度网盘 / 夸克网盘。
插件清单
AnnotationReader · 注释读取脚本
batch | 0.01 MB | 1 个文件
读取图像中的注释与分类信息并输出,用于校验标注结果,也可作为其他脚本读取注释数据的参考示例。
包含文件:AnnotationReader.groovy
安装教程(点击展开)
【注释读取脚本(AnnotationReader)安装教程】—— Orbit Image Analysis
■ 前置条件
· 已安装 Orbit Image Analysis(官网 https://www.orbit.bio/ ,下载对应系统版本解压即用)。
· 脚本用 Groovy 编写,Orbit 内置 Groovy 运行时,无需另装 Java。
■ 本脚本是什么
读取图像中的注释与分类信息并输出,用于校验标注结果,也可作为其他脚本读取注释数据的参考示例。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.groovy)。
· .groovy 是 Orbit 的脚本插件,直接在软件里运行,不要改后缀。
■ 安装步骤
1. 打开 Orbit,先加载一张切片(File → Open)。
2. 菜单 Scripts → Run script... ,选中本目录的 .groovy。
3. 脚本会弹参数窗口,按提示填写后点 Run。
4. 想长期使用:Scripts → Edit scripts,把 .groovy 复制到脚本目录,之后可在下拉列表直接选。
5. 批处理类脚本(TileAccess 系列)先看脚本开头注释,按注释设置输入输出目录。
■ 验证是否装好
· Scripts 菜单能加载脚本,运行后能在 Orbit 里看到结果(新图层 / 统计表 / 导出文件)。
■ 常见问题
· 脚本报语法错误:Groovy 版本差异,把报错发客服换对应版本脚本。
· 运行慢或内存溢出:大切片用 TileAccess 系列脚本,并在 Orbit 启动脚本里调大 -Xmx 内存。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布(GPL-3.0),仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「注释读取脚本」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Annotations2Maps · 注释转热点图
batch | 0.01 MB | 1 个文件
按注释分类统计并生成彩色热点图或分布图,直观展示各类别在组织切片上的空间分布情况。
包含文件:Annotations2Maps.groovy
安装教程(点击展开)
【注释转热点图(Annotations2Maps)安装教程】—— Orbit Image Analysis
■ 前置条件
· 已安装 Orbit Image Analysis(官网 https://www.orbit.bio/ ,下载对应系统版本解压即用)。
· 脚本用 Groovy 编写,Orbit 内置 Groovy 运行时,无需另装 Java。
■ 本脚本是什么
按注释分类统计并生成彩色热点图或分布图,直观展示各类别在组织切片上的空间分布情况。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.groovy)。
· .groovy 是 Orbit 的脚本插件,直接在软件里运行,不要改后缀。
■ 安装步骤
1. 打开 Orbit,先加载一张切片(File → Open)。
2. 菜单 Scripts → Run script... ,选中本目录的 .groovy。
3. 脚本会弹参数窗口,按提示填写后点 Run。
4. 想长期使用:Scripts → Edit scripts,把 .groovy 复制到脚本目录,之后可在下拉列表直接选。
5. 批处理类脚本(TileAccess 系列)先看脚本开头注释,按注释设置输入输出目录。
■ 验证是否装好
· Scripts 菜单能加载脚本,运行后能在 Orbit 里看到结果(新图层 / 统计表 / 导出文件)。
■ 常见问题
· 脚本报语法错误:Groovy 版本差异,把报错发客服换对应版本脚本。
· 运行慢或内存溢出:大切片用 TileAccess 系列脚本,并在 Orbit 启动脚本里调大 -Xmx 内存。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布(GPL-3.0),仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「注释转热点图」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
Annotations2MapsInsulin · 胰岛素注释热点图
batch | 0.01 MB | 1 个文件
面向胰岛素染色图像的专用版本,把胰岛相关注释转为分布热点图,用于胰岛面积与密度分析。
包含文件:Annotations2MapsInsulin.groovy
安装教程(点击展开)
【胰岛素注释热点图(Annotations2MapsInsulin)安装教程】—— Orbit Image Analysis
■ 前置条件
· 已安装 Orbit Image Analysis(官网 https://www.orbit.bio/ ,下载对应系统版本解压即用)。
· 脚本用 Groovy 编写,Orbit 内置 Groovy 运行时,无需另装 Java。
■ 本脚本是什么
面向胰岛素染色图像的专用版本,把胰岛相关注释转为分布热点图,用于胰岛面积与密度分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.groovy)。
· .groovy 是 Orbit 的脚本插件,直接在软件里运行,不要改后缀。
■ 安装步骤
1. 打开 Orbit,先加载一张切片(File → Open)。
2. 菜单 Scripts → Run script... ,选中本目录的 .groovy。
3. 脚本会弹参数窗口,按提示填写后点 Run。
4. 想长期使用:Scripts → Edit scripts,把 .groovy 复制到脚本目录,之后可在下拉列表直接选。
5. 批处理类脚本(TileAccess 系列)先看脚本开头注释,按注释设置输入输出目录。
■ 验证是否装好
· Scripts 菜单能加载脚本,运行后能在 Orbit 里看到结果(新图层 / 统计表 / 导出文件)。
■ 常见问题
· 脚本报语法错误:Groovy 版本差异,把报错发客服换对应版本脚本。
· 运行慢或内存溢出:大切片用 TileAccess 系列脚本,并在 Orbit 启动脚本里调大 -Xmx 内存。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布(GPL-3.0),仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「胰岛素注释热点图」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
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AnnotationWriter · 注释写入脚本
batch | 0.01 MB | 1 个文件
向图像写入或修改注释对象,用于批量生成、修正标注,可与分类结果联动写回图像。
包含文件:AnnotationWriter.groovy
安装教程(点击展开)
【注释写入脚本(AnnotationWriter)安装教程】—— Orbit Image Analysis
■ 前置条件
· 已安装 Orbit Image Analysis(官网 https://www.orbit.bio/ ,下载对应系统版本解压即用)。
· 脚本用 Groovy 编写,Orbit 内置 Groovy 运行时,无需另装 Java。
■ 本脚本是什么
向图像写入或修改注释对象,用于批量生成、修正标注,可与分类结果联动写回图像。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.groovy)。
· .groovy 是 Orbit 的脚本插件,直接在软件里运行,不要改后缀。
■ 安装步骤
1. 打开 Orbit,先加载一张切片(File → Open)。
2. 菜单 Scripts → Run script... ,选中本目录的 .groovy。
3. 脚本会弹参数窗口,按提示填写后点 Run。
4. 想长期使用:Scripts → Edit scripts,把 .groovy 复制到脚本目录,之后可在下拉列表直接选。
5. 批处理类脚本(TileAccess 系列)先看脚本开头注释,按注释设置输入输出目录。
■ 验证是否装好
· Scripts 菜单能加载脚本,运行后能在 Orbit 里看到结果(新图层 / 统计表 / 导出文件)。
■ 常见问题
· 脚本报语法错误:Groovy 版本差异,把报错发客服换对应版本脚本。
· 运行慢或内存溢出:大切片用 TileAccess 系列脚本,并在 Orbit 启动脚本里调大 -Xmx 内存。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布(GPL-3.0),仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「注释写入脚本」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
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ClassificationDemo1 · 分类演示一
batch | 0.01 MB | 1 个文件
官方分类功能入门示例,演示如何用随机森林等分类器对图像像素或对象做简单分类。
包含文件:ClassificationDemo1.groovy
安装教程(点击展开)
【分类演示一(ClassificationDemo1)安装教程】—— Orbit Image Analysis
■ 前置条件
· 已安装 Orbit Image Analysis(官网 https://www.orbit.bio/ ,下载对应系统版本解压即用)。
· 脚本用 Groovy 编写,Orbit 内置 Groovy 运行时,无需另装 Java。
■ 本脚本是什么
官方分类功能入门示例,演示如何用随机森林等分类器对图像像素或对象做简单分类。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.groovy)。
· .groovy 是 Orbit 的脚本插件,直接在软件里运行,不要改后缀。
■ 安装步骤
1. 打开 Orbit,先加载一张切片(File → Open)。
2. 菜单 Scripts → Run script... ,选中本目录的 .groovy。
3. 脚本会弹参数窗口,按提示填写后点 Run。
4. 想长期使用:Scripts → Edit scripts,把 .groovy 复制到脚本目录,之后可在下拉列表直接选。
5. 批处理类脚本(TileAccess 系列)先看脚本开头注释,按注释设置输入输出目录。
■ 验证是否装好
· Scripts 菜单能加载脚本,运行后能在 Orbit 里看到结果(新图层 / 统计表 / 导出文件)。
■ 常见问题
· 脚本报语法错误:Groovy 版本差异,把报错发客服换对应版本脚本。
· 运行慢或内存溢出:大切片用 TileAccess 系列脚本,并在 Orbit 启动脚本里调大 -Xmx 内存。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布(GPL-3.0),仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分类演示一」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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ClassificationDemo2 · 分类演示二
batch | 0.01 MB | 1 个文件
分类功能进阶示例,在演示一基础上加入更多特征或类别设置,展示更完整的分类流程。
包含文件:ClassificationDemo2.groovy
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【分类演示二(ClassificationDemo2)安装教程】—— Orbit Image Analysis
■ 前置条件
· 已安装 Orbit Image Analysis(官网 https://www.orbit.bio/ ,下载对应系统版本解压即用)。
· 脚本用 Groovy 编写,Orbit 内置 Groovy 运行时,无需另装 Java。
■ 本脚本是什么
分类功能进阶示例,在演示一基础上加入更多特征或类别设置,展示更完整的分类流程。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.groovy)。
· .groovy 是 Orbit 的脚本插件,直接在软件里运行,不要改后缀。
■ 安装步骤
1. 打开 Orbit,先加载一张切片(File → Open)。
2. 菜单 Scripts → Run script... ,选中本目录的 .groovy。
3. 脚本会弹参数窗口,按提示填写后点 Run。
4. 想长期使用:Scripts → Edit scripts,把 .groovy 复制到脚本目录,之后可在下拉列表直接选。
5. 批处理类脚本(TileAccess 系列)先看脚本开头注释,按注释设置输入输出目录。
■ 验证是否装好
· Scripts 菜单能加载脚本,运行后能在 Orbit 里看到结果(新图层 / 统计表 / 导出文件)。
■ 常见问题
· 脚本报语法错误:Groovy 版本差异,把报错发客服换对应版本脚本。
· 运行慢或内存溢出:大切片用 TileAccess 系列脚本,并在 Orbit 启动脚本里调大 -Xmx 内存。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布(GPL-3.0),仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分类演示二」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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ClassificationDemo3 · 分类演示三
batch | 0.01 MB | 1 个文件
分类功能进阶示例,演示多类别训练与分类结果的进一步处理及统计。
包含文件:ClassificationDemo3.groovy
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【分类演示三(ClassificationDemo3)安装教程】—— Orbit Image Analysis
■ 前置条件
· 已安装 Orbit Image Analysis(官网 https://www.orbit.bio/ ,下载对应系统版本解压即用)。
· 脚本用 Groovy 编写,Orbit 内置 Groovy 运行时,无需另装 Java。
■ 本脚本是什么
分类功能进阶示例,演示多类别训练与分类结果的进一步处理及统计。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.groovy)。
· .groovy 是 Orbit 的脚本插件,直接在软件里运行,不要改后缀。
■ 安装步骤
1. 打开 Orbit,先加载一张切片(File → Open)。
2. 菜单 Scripts → Run script... ,选中本目录的 .groovy。
3. 脚本会弹参数窗口,按提示填写后点 Run。
4. 想长期使用:Scripts → Edit scripts,把 .groovy 复制到脚本目录,之后可在下拉列表直接选。
5. 批处理类脚本(TileAccess 系列)先看脚本开头注释,按注释设置输入输出目录。
■ 验证是否装好
· Scripts 菜单能加载脚本,运行后能在 Orbit 里看到结果(新图层 / 统计表 / 导出文件)。
■ 常见问题
· 脚本报语法错误:Groovy 版本差异,把报错发客服换对应版本脚本。
· 运行慢或内存溢出:大切片用 TileAccess 系列脚本,并在 Orbit 启动脚本里调大 -Xmx 内存。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布(GPL-3.0),仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分类演示三」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
ClassificationDemo4_MergeGroups · 分类演示四合并组
batch | 0.01 MB | 1 个文件
分类示例的扩展版本,演示如何把多个分类组合并后再输出结果,适合多类别归并分析。
包含文件:ClassificationDemo4_MergeGroups.groovy
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【分类演示四合并组(ClassificationDemo4_MergeGroups)安装教程】—— Orbit Image Analysis
■ 前置条件
· 已安装 Orbit Image Analysis(官网 https://www.orbit.bio/ ,下载对应系统版本解压即用)。
· 脚本用 Groovy 编写,Orbit 内置 Groovy 运行时,无需另装 Java。
■ 本脚本是什么
分类示例的扩展版本,演示如何把多个分类组合并后再输出结果,适合多类别归并分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.groovy)。
· .groovy 是 Orbit 的脚本插件,直接在软件里运行,不要改后缀。
■ 安装步骤
1. 打开 Orbit,先加载一张切片(File → Open)。
2. 菜单 Scripts → Run script... ,选中本目录的 .groovy。
3. 脚本会弹参数窗口,按提示填写后点 Run。
4. 想长期使用:Scripts → Edit scripts,把 .groovy 复制到脚本目录,之后可在下拉列表直接选。
5. 批处理类脚本(TileAccess 系列)先看脚本开头注释,按注释设置输入输出目录。
■ 验证是否装好
· Scripts 菜单能加载脚本,运行后能在 Orbit 里看到结果(新图层 / 统计表 / 导出文件)。
■ 常见问题
· 脚本报语法错误:Groovy 版本差异,把报错发客服换对应版本脚本。
· 运行慢或内存溢出:大切片用 TileAccess 系列脚本,并在 Orbit 启动脚本里调大 -Xmx 内存。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布(GPL-3.0),仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分类演示四合并组」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
ClassificationImage · 分类结果图像
batch | 0.01 MB | 1 个文件
根据分类结果生成分类着色图像或标签图,用于可视化每个像素或对象所属的类别。
包含文件:ClassificationImage.groovy
安装教程(点击展开)
【分类结果图像(ClassificationImage)安装教程】—— Orbit Image Analysis
■ 前置条件
· 已安装 Orbit Image Analysis(官网 https://www.orbit.bio/ ,下载对应系统版本解压即用)。
· 脚本用 Groovy 编写,Orbit 内置 Groovy 运行时,无需另装 Java。
■ 本脚本是什么
根据分类结果生成分类着色图像或标签图,用于可视化每个像素或对象所属的类别。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.groovy)。
· .groovy 是 Orbit 的脚本插件,直接在软件里运行,不要改后缀。
■ 安装步骤
1. 打开 Orbit,先加载一张切片(File → Open)。
2. 菜单 Scripts → Run script... ,选中本目录的 .groovy。
3. 脚本会弹参数窗口,按提示填写后点 Run。
4. 想长期使用:Scripts → Edit scripts,把 .groovy 复制到脚本目录,之后可在下拉列表直接选。
5. 批处理类脚本(TileAccess 系列)先看脚本开头注释,按注释设置输入输出目录。
■ 验证是否装好
· Scripts 菜单能加载脚本,运行后能在 Orbit 里看到结果(新图层 / 统计表 / 导出文件)。
■ 常见问题
· 脚本报语法错误:Groovy 版本差异,把报错发客服换对应版本脚本。
· 运行慢或内存溢出:大切片用 TileAccess 系列脚本,并在 Orbit 启动脚本里调大 -Xmx 内存。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布(GPL-3.0),仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分类结果图像」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
ClassifyPerAnnotation · 按注释逐类分类
batch | 0.01 MB | 1 个文件
针对每一个注释区域分别进行像素分类,常用于感兴趣区域内的精细分类与定量分析。
包含文件:ClassifyPerAnnotation.groovy
安装教程(点击展开)
【按注释逐类分类(ClassifyPerAnnotation)安装教程】—— Orbit Image Analysis
■ 前置条件
· 已安装 Orbit Image Analysis(官网 https://www.orbit.bio/ ,下载对应系统版本解压即用)。
· 脚本用 Groovy 编写,Orbit 内置 Groovy 运行时,无需另装 Java。
■ 本脚本是什么
针对每一个注释区域分别进行像素分类,常用于感兴趣区域内的精细分类与定量分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.groovy)。
· .groovy 是 Orbit 的脚本插件,直接在软件里运行,不要改后缀。
■ 安装步骤
1. 打开 Orbit,先加载一张切片(File → Open)。
2. 菜单 Scripts → Run script... ,选中本目录的 .groovy。
3. 脚本会弹参数窗口,按提示填写后点 Run。
4. 想长期使用:Scripts → Edit scripts,把 .groovy 复制到脚本目录,之后可在下拉列表直接选。
5. 批处理类脚本(TileAccess 系列)先看脚本开头注释,按注释设置输入输出目录。
■ 验证是否装好
· Scripts 菜单能加载脚本,运行后能在 Orbit 里看到结果(新图层 / 统计表 / 导出文件)。
■ 常见问题
· 脚本报语法错误:Groovy 版本差异,把报错发客服换对应版本脚本。
· 运行慢或内存溢出:大切片用 TileAccess 系列脚本,并在 Orbit 启动脚本里调大 -Xmx 内存。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布(GPL-3.0),仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「按注释逐类分类」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
ClassifySimple · 简单分类脚本
batch | 0.01 MB | 1 个文件
最简化的分类示例,加载模型对图像快速分类,适合初学者理解分类接口的调用方式。
包含文件:ClassifySimple.groovy
安装教程(点击展开)
【简单分类脚本(ClassifySimple)安装教程】—— Orbit Image Analysis
■ 前置条件
· 已安装 Orbit Image Analysis(官网 https://www.orbit.bio/ ,下载对应系统版本解压即用)。
· 脚本用 Groovy 编写,Orbit 内置 Groovy 运行时,无需另装 Java。
■ 本脚本是什么
最简化的分类示例,加载模型对图像快速分类,适合初学者理解分类接口的调用方式。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.groovy)。
· .groovy 是 Orbit 的脚本插件,直接在软件里运行,不要改后缀。
■ 安装步骤
1. 打开 Orbit,先加载一张切片(File → Open)。
2. 菜单 Scripts → Run script... ,选中本目录的 .groovy。
3. 脚本会弹参数窗口,按提示填写后点 Run。
4. 想长期使用:Scripts → Edit scripts,把 .groovy 复制到脚本目录,之后可在下拉列表直接选。
5. 批处理类脚本(TileAccess 系列)先看脚本开头注释,按注释设置输入输出目录。
■ 验证是否装好
· Scripts 菜单能加载脚本,运行后能在 Orbit 里看到结果(新图层 / 统计表 / 导出文件)。
■ 常见问题
· 脚本报语法错误:Groovy 版本差异,把报错发客服换对应版本脚本。
· 运行慢或内存溢出:大切片用 TileAccess 系列脚本,并在 Orbit 启动脚本里调大 -Xmx 内存。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布(GPL-3.0),仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「简单分类脚本」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
DeepLearningSegmentation · 深度学习分割
batch | 0.01 MB | 1 个文件
调用深度学习模型对图像做分割并输出掩膜,适合细胞、组织等复杂目标的自动识别。
包含文件:DeepLearningSegmentation.groovy
安装教程(点击展开)
【深度学习分割(DeepLearningSegmentation)安装教程】—— Orbit Image Analysis
■ 前置条件
· 已安装 Orbit Image Analysis(官网 https://www.orbit.bio/ ,下载对应系统版本解压即用)。
· 脚本用 Groovy 编写,Orbit 内置 Groovy 运行时,无需另装 Java。
■ 本脚本是什么
调用深度学习模型对图像做分割并输出掩膜,适合细胞、组织等复杂目标的自动识别。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.groovy)。
· .groovy 是 Orbit 的脚本插件,直接在软件里运行,不要改后缀。
■ 安装步骤
1. 打开 Orbit,先加载一张切片(File → Open)。
2. 菜单 Scripts → Run script... ,选中本目录的 .groovy。
3. 脚本会弹参数窗口,按提示填写后点 Run。
4. 想长期使用:Scripts → Edit scripts,把 .groovy 复制到脚本目录,之后可在下拉列表直接选。
5. 批处理类脚本(TileAccess 系列)先看脚本开头注释,按注释设置输入输出目录。
■ 验证是否装好
· Scripts 菜单能加载脚本,运行后能在 Orbit 里看到结果(新图层 / 统计表 / 导出文件)。
■ 常见问题
· 脚本报语法错误:Groovy 版本差异,把报错发客服换对应版本脚本。
· 运行慢或内存溢出:大切片用 TileAccess 系列脚本,并在 Orbit 启动脚本里调大 -Xmx 内存。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布(GPL-3.0),仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「深度学习分割」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
HistogramDemo · 直方图统计演示
batch | 0.01 MB | 1 个文件
演示如何统计图像像素或对象特征的直方图分布,用于亮度、面积等指标的分布分析。
包含文件:HistogramDemo.groovy
安装教程(点击展开)
【直方图统计演示(HistogramDemo)安装教程】—— Orbit Image Analysis
■ 前置条件
· 已安装 Orbit Image Analysis(官网 https://www.orbit.bio/ ,下载对应系统版本解压即用)。
· 脚本用 Groovy 编写,Orbit 内置 Groovy 运行时,无需另装 Java。
■ 本脚本是什么
演示如何统计图像像素或对象特征的直方图分布,用于亮度、面积等指标的分布分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.groovy)。
· .groovy 是 Orbit 的脚本插件,直接在软件里运行,不要改后缀。
■ 安装步骤
1. 打开 Orbit,先加载一张切片(File → Open)。
2. 菜单 Scripts → Run script... ,选中本目录的 .groovy。
3. 脚本会弹参数窗口,按提示填写后点 Run。
4. 想长期使用:Scripts → Edit scripts,把 .groovy 复制到脚本目录,之后可在下拉列表直接选。
5. 批处理类脚本(TileAccess 系列)先看脚本开头注释,按注释设置输入输出目录。
■ 验证是否装好
· Scripts 菜单能加载脚本,运行后能在 Orbit 里看到结果(新图层 / 统计表 / 导出文件)。
■ 常见问题
· 脚本报语法错误:Groovy 版本差异,把报错发客服换对应版本脚本。
· 运行慢或内存溢出:大切片用 TileAccess 系列脚本,并在 Orbit 启动脚本里调大 -Xmx 内存。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布(GPL-3.0),仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「直方图统计演示」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
ImageJMacro · 调用ImageJ宏脚本
batch | 0.01 MB | 1 个文件
在Orbit脚本中调用ImageJ宏或插件,把ImageJ丰富的图像处理能力接入Orbit分析流程。
包含文件:ImageJMacro.groovy
安装教程(点击展开)
【调用ImageJ宏脚本(ImageJMacro)安装教程】—— Orbit Image Analysis
■ 前置条件
· 已安装 Orbit Image Analysis(官网 https://www.orbit.bio/ ,下载对应系统版本解压即用)。
· 脚本用 Groovy 编写,Orbit 内置 Groovy 运行时,无需另装 Java。
■ 本脚本是什么
在Orbit脚本中调用ImageJ宏或插件,把ImageJ丰富的图像处理能力接入Orbit分析流程。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.groovy)。
· .groovy 是 Orbit 的脚本插件,直接在软件里运行,不要改后缀。
■ 安装步骤
1. 打开 Orbit,先加载一张切片(File → Open)。
2. 菜单 Scripts → Run script... ,选中本目录的 .groovy。
3. 脚本会弹参数窗口,按提示填写后点 Run。
4. 想长期使用:Scripts → Edit scripts,把 .groovy 复制到脚本目录,之后可在下拉列表直接选。
5. 批处理类脚本(TileAccess 系列)先看脚本开头注释,按注释设置输入输出目录。
■ 验证是否装好
· Scripts 菜单能加载脚本,运行后能在 Orbit 里看到结果(新图层 / 统计表 / 导出文件)。
■ 常见问题
· 脚本报语法错误:Groovy 版本差异,把报错发客服换对应版本脚本。
· 运行慢或内存溢出:大切片用 TileAccess 系列脚本,并在 Orbit 启动脚本里调大 -Xmx 内存。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布(GPL-3.0),仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「调用ImageJ宏脚本」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
InsulinTrainingDatasetGeneration · 胰岛素训练集生成
batch | 0.01 MB | 1 个文件
从带注释的胰岛素图像中裁剪并生成深度学习训练数据集,供后续模型训练使用。
包含文件:InsulinTrainingDatasetGeneration.groovy
安装教程(点击展开)
【胰岛素训练集生成(InsulinTrainingDatasetGeneration)安装教程】—— Orbit Image Analysis
■ 前置条件
· 已安装 Orbit Image Analysis(官网 https://www.orbit.bio/ ,下载对应系统版本解压即用)。
· 脚本用 Groovy 编写,Orbit 内置 Groovy 运行时,无需另装 Java。
■ 本脚本是什么
从带注释的胰岛素图像中裁剪并生成深度学习训练数据集,供后续模型训练使用。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.groovy)。
· .groovy 是 Orbit 的脚本插件,直接在软件里运行,不要改后缀。
■ 安装步骤
1. 打开 Orbit,先加载一张切片(File → Open)。
2. 菜单 Scripts → Run script... ,选中本目录的 .groovy。
3. 脚本会弹参数窗口,按提示填写后点 Run。
4. 想长期使用:Scripts → Edit scripts,把 .groovy 复制到脚本目录,之后可在下拉列表直接选。
5. 批处理类脚本(TileAccess 系列)先看脚本开头注释,按注释设置输入输出目录。
■ 验证是否装好
· Scripts 菜单能加载脚本,运行后能在 Orbit 里看到结果(新图层 / 统计表 / 导出文件)。
■ 常见问题
· 脚本报语法错误:Groovy 版本差异,把报错发客服换对应版本脚本。
· 运行慢或内存溢出:大切片用 TileAccess 系列脚本,并在 Orbit 启动脚本里调大 -Xmx 内存。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布(GPL-3.0),仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「胰岛素训练集生成」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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InsulinUploadToOrbit · 胰岛素数据上传
batch | 0.01 MB | 1 个文件
把本地胰岛素图像与注释批量上传到Orbit服务器,便于集中管理与远程分析。
包含文件:InsulinUploadToOrbit.groovy
安装教程(点击展开)
【胰岛素数据上传(InsulinUploadToOrbit)安装教程】—— Orbit Image Analysis
■ 前置条件
· 已安装 Orbit Image Analysis(官网 https://www.orbit.bio/ ,下载对应系统版本解压即用)。
· 脚本用 Groovy 编写,Orbit 内置 Groovy 运行时,无需另装 Java。
■ 本脚本是什么
把本地胰岛素图像与注释批量上传到Orbit服务器,便于集中管理与远程分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.groovy)。
· .groovy 是 Orbit 的脚本插件,直接在软件里运行,不要改后缀。
■ 安装步骤
1. 打开 Orbit,先加载一张切片(File → Open)。
2. 菜单 Scripts → Run script... ,选中本目录的 .groovy。
3. 脚本会弹参数窗口,按提示填写后点 Run。
4. 想长期使用:Scripts → Edit scripts,把 .groovy 复制到脚本目录,之后可在下拉列表直接选。
5. 批处理类脚本(TileAccess 系列)先看脚本开头注释,按注释设置输入输出目录。
■ 验证是否装好
· Scripts 菜单能加载脚本,运行后能在 Orbit 里看到结果(新图层 / 统计表 / 导出文件)。
■ 常见问题
· 脚本报语法错误:Groovy 版本差异,把报错发客服换对应版本脚本。
· 运行慢或内存溢出:大切片用 TileAccess 系列脚本,并在 Orbit 启动脚本里调大 -Xmx 内存。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布(GPL-3.0),仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「胰岛素数据上传」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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Investigate · 图像探查脚本
batch | 0 MB | 1 个文件
遍历图像并输出元数据、通道等基本信息,用于快速了解图像内容、排查数据问题。
包含文件:Investigate.groovy
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【图像探查脚本(Investigate)安装教程】—— Orbit Image Analysis
■ 前置条件
· 已安装 Orbit Image Analysis(官网 https://www.orbit.bio/ ,下载对应系统版本解压即用)。
· 脚本用 Groovy 编写,Orbit 内置 Groovy 运行时,无需另装 Java。
■ 本脚本是什么
遍历图像并输出元数据、通道等基本信息,用于快速了解图像内容、排查数据问题。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.groovy)。
· .groovy 是 Orbit 的脚本插件,直接在软件里运行,不要改后缀。
■ 安装步骤
1. 打开 Orbit,先加载一张切片(File → Open)。
2. 菜单 Scripts → Run script... ,选中本目录的 .groovy。
3. 脚本会弹参数窗口,按提示填写后点 Run。
4. 想长期使用:Scripts → Edit scripts,把 .groovy 复制到脚本目录,之后可在下拉列表直接选。
5. 批处理类脚本(TileAccess 系列)先看脚本开头注释,按注释设置输入输出目录。
■ 验证是否装好
· Scripts 菜单能加载脚本,运行后能在 Orbit 里看到结果(新图层 / 统计表 / 导出文件)。
■ 常见问题
· 脚本报语法错误:Groovy 版本差异,把报错发客服换对应版本脚本。
· 运行慢或内存溢出:大切片用 TileAccess 系列脚本,并在 Orbit 启动脚本里调大 -Xmx 内存。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布(GPL-3.0),仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「图像探查脚本」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
lib-orbit-common · 公共脚本函数库
batch | 0.11 MB | 1 个文件
官方公共Groovy库,封装读写注释、分类、图像等常用函数,供其他脚本导入复用,非独立可运行脚本。
包含文件:lib-orbit-common-master.zip
安装教程(点击展开)
【公共脚本函数库(lib-orbit-common)安装教程】—— Orbit Image Analysis
■ 前置条件
· 已安装 Orbit Image Analysis(官网 https://www.orbit.bio/ ,下载对应系统版本解压即用)。
· 脚本用 Groovy 编写,Orbit 内置 Groovy 运行时,无需另装 Java。
■ 本脚本是什么
官方公共Groovy库,封装读写注释、分类、图像等常用函数,供其他脚本导入复用,非独立可运行脚本。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .groovy 是 Orbit 的脚本插件,直接在软件里运行,不要改后缀。
■ 安装步骤
1. 打开 Orbit,先加载一张切片(File → Open)。
2. 菜单 Scripts → Run script... ,选中本目录的 .groovy。
3. 脚本会弹参数窗口,按提示填写后点 Run。
4. 想长期使用:Scripts → Edit scripts,把 .groovy 复制到脚本目录,之后可在下拉列表直接选。
5. 批处理类脚本(TileAccess 系列)先看脚本开头注释,按注释设置输入输出目录。
■ 验证是否装好
· Scripts 菜单能加载脚本,运行后能在 Orbit 里看到结果(新图层 / 统计表 / 导出文件)。
■ 常见问题
· 脚本报语法错误:Groovy 版本差异,把报错发客服换对应版本脚本。
· 运行慢或内存溢出:大切片用 TileAccess 系列脚本,并在 Orbit 启动脚本里调大 -Xmx 内存。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/lib-orbit-common
开源/免费发布(GPL-3.0),仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「公共脚本函数库」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/lib-orbit-common
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MaskImage · 图像掩膜处理
batch | 0.01 MB | 1 个文件
按注释或分类生成掩膜并应用到图像上,用于只保留感兴趣区域或屏蔽背景像素。
包含文件:MaskImage.groovy
安装教程(点击展开)
【图像掩膜处理(MaskImage)安装教程】—— Orbit Image Analysis
■ 前置条件
· 已安装 Orbit Image Analysis(官网 https://www.orbit.bio/ ,下载对应系统版本解压即用)。
· 脚本用 Groovy 编写,Orbit 内置 Groovy 运行时,无需另装 Java。
■ 本脚本是什么
按注释或分类生成掩膜并应用到图像上,用于只保留感兴趣区域或屏蔽背景像素。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.groovy)。
· .groovy 是 Orbit 的脚本插件,直接在软件里运行,不要改后缀。
■ 安装步骤
1. 打开 Orbit,先加载一张切片(File → Open)。
2. 菜单 Scripts → Run script... ,选中本目录的 .groovy。
3. 脚本会弹参数窗口,按提示填写后点 Run。
4. 想长期使用:Scripts → Edit scripts,把 .groovy 复制到脚本目录,之后可在下拉列表直接选。
5. 批处理类脚本(TileAccess 系列)先看脚本开头注释,按注释设置输入输出目录。
■ 验证是否装好
· Scripts 菜单能加载脚本,运行后能在 Orbit 里看到结果(新图层 / 统计表 / 导出文件)。
■ 常见问题
· 脚本报语法错误:Groovy 版本差异,把报错发客服换对应版本脚本。
· 运行慢或内存溢出:大切片用 TileAccess 系列脚本,并在 Orbit 启动脚本里调大 -Xmx 内存。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布(GPL-3.0),仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「图像掩膜处理」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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OutputLayerAsTiff · 图层导出为Tiff
batch | 0.01 MB | 1 个文件
把分类图层或分割结果导出为TIFF图像文件,便于外部软件查看与后续处理。
包含文件:OutputLayerAsTiff.groovy
安装教程(点击展开)
【图层导出为Tiff(OutputLayerAsTiff)安装教程】—— Orbit Image Analysis
■ 前置条件
· 已安装 Orbit Image Analysis(官网 https://www.orbit.bio/ ,下载对应系统版本解压即用)。
· 脚本用 Groovy 编写,Orbit 内置 Groovy 运行时,无需另装 Java。
■ 本脚本是什么
把分类图层或分割结果导出为TIFF图像文件,便于外部软件查看与后续处理。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.groovy)。
· .groovy 是 Orbit 的脚本插件,直接在软件里运行,不要改后缀。
■ 安装步骤
1. 打开 Orbit,先加载一张切片(File → Open)。
2. 菜单 Scripts → Run script... ,选中本目录的 .groovy。
3. 脚本会弹参数窗口,按提示填写后点 Run。
4. 想长期使用:Scripts → Edit scripts,把 .groovy 复制到脚本目录,之后可在下拉列表直接选。
5. 批处理类脚本(TileAccess 系列)先看脚本开头注释,按注释设置输入输出目录。
■ 验证是否装好
· Scripts 菜单能加载脚本,运行后能在 Orbit 里看到结果(新图层 / 统计表 / 导出文件)。
■ 常见问题
· 脚本报语法错误:Groovy 版本差异,把报错发客服换对应版本脚本。
· 运行慢或内存溢出:大切片用 TileAccess 系列脚本,并在 Orbit 启动脚本里调大 -Xmx 内存。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布(GPL-3.0),仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「图层导出为Tiff」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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QuantifyPerGroup · 分组定量统计
batch | 0.01 MB | 1 个文件
按注释分组或类别分别统计面积、数量、强度等指标并输出表格,用于分组对比分析。
包含文件:QuantifyPerGroup.groovy
安装教程(点击展开)
【分组定量统计(QuantifyPerGroup)安装教程】—— Orbit Image Analysis
■ 前置条件
· 已安装 Orbit Image Analysis(官网 https://www.orbit.bio/ ,下载对应系统版本解压即用)。
· 脚本用 Groovy 编写,Orbit 内置 Groovy 运行时,无需另装 Java。
■ 本脚本是什么
按注释分组或类别分别统计面积、数量、强度等指标并输出表格,用于分组对比分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.groovy)。
· .groovy 是 Orbit 的脚本插件,直接在软件里运行,不要改后缀。
■ 安装步骤
1. 打开 Orbit,先加载一张切片(File → Open)。
2. 菜单 Scripts → Run script... ,选中本目录的 .groovy。
3. 脚本会弹参数窗口,按提示填写后点 Run。
4. 想长期使用:Scripts → Edit scripts,把 .groovy 复制到脚本目录,之后可在下拉列表直接选。
5. 批处理类脚本(TileAccess 系列)先看脚本开头注释,按注释设置输入输出目录。
■ 验证是否装好
· Scripts 菜单能加载脚本,运行后能在 Orbit 里看到结果(新图层 / 统计表 / 导出文件)。
■ 常见问题
· 脚本报语法错误:Groovy 版本差异,把报错发客服换对应版本脚本。
· 运行慢或内存溢出:大切片用 TileAccess 系列脚本,并在 Orbit 启动脚本里调大 -Xmx 内存。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布(GPL-3.0),仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分组定量统计」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
QuantPerGroupLocal · 本地分组定量
batch | 0.01 MB | 1 个文件
分组定量的本地文件版本,从本地图像目录执行分组统计并保存结果,无需连接服务器。
包含文件:QuantPerGroupLocal.groovy
安装教程(点击展开)
【本地分组定量(QuantPerGroupLocal)安装教程】—— Orbit Image Analysis
■ 前置条件
· 已安装 Orbit Image Analysis(官网 https://www.orbit.bio/ ,下载对应系统版本解压即用)。
· 脚本用 Groovy 编写,Orbit 内置 Groovy 运行时,无需另装 Java。
■ 本脚本是什么
分组定量的本地文件版本,从本地图像目录执行分组统计并保存结果,无需连接服务器。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.groovy)。
· .groovy 是 Orbit 的脚本插件,直接在软件里运行,不要改后缀。
■ 安装步骤
1. 打开 Orbit,先加载一张切片(File → Open)。
2. 菜单 Scripts → Run script... ,选中本目录的 .groovy。
3. 脚本会弹参数窗口,按提示填写后点 Run。
4. 想长期使用:Scripts → Edit scripts,把 .groovy 复制到脚本目录,之后可在下拉列表直接选。
5. 批处理类脚本(TileAccess 系列)先看脚本开头注释,按注释设置输入输出目录。
■ 验证是否装好
· Scripts 菜单能加载脚本,运行后能在 Orbit 里看到结果(新图层 / 统计表 / 导出文件)。
■ 常见问题
· 脚本报语法错误:Groovy 版本差异,把报错发客服换对应版本脚本。
· 运行慢或内存溢出:大切片用 TileAccess 系列脚本,并在 Orbit 启动脚本里调大 -Xmx 内存。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布(GPL-3.0),仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「本地分组定量」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
ReportResolution · 分辨率信息报告
batch | 0.01 MB | 1 个文件
读取并输出图像的分辨率与像素尺寸等元数据,用于核对物理尺度与定量单位是否正确。
包含文件:ReportResolution.groovy
安装教程(点击展开)
【分辨率信息报告(ReportResolution)安装教程】—— Orbit Image Analysis
■ 前置条件
· 已安装 Orbit Image Analysis(官网 https://www.orbit.bio/ ,下载对应系统版本解压即用)。
· 脚本用 Groovy 编写,Orbit 内置 Groovy 运行时,无需另装 Java。
■ 本脚本是什么
读取并输出图像的分辨率与像素尺寸等元数据,用于核对物理尺度与定量单位是否正确。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.groovy)。
· .groovy 是 Orbit 的脚本插件,直接在软件里运行,不要改后缀。
■ 安装步骤
1. 打开 Orbit,先加载一张切片(File → Open)。
2. 菜单 Scripts → Run script... ,选中本目录的 .groovy。
3. 脚本会弹参数窗口,按提示填写后点 Run。
4. 想长期使用:Scripts → Edit scripts,把 .groovy 复制到脚本目录,之后可在下拉列表直接选。
5. 批处理类脚本(TileAccess 系列)先看脚本开头注释,按注释设置输入输出目录。
■ 验证是否装好
· Scripts 菜单能加载脚本,运行后能在 Orbit 里看到结果(新图层 / 统计表 / 导出文件)。
■ 常见问题
· 脚本报语法错误:Groovy 版本差异,把报错发客服换对应版本脚本。
· 运行慢或内存溢出:大切片用 TileAccess 系列脚本,并在 Orbit 启动脚本里调大 -Xmx 内存。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布(GPL-3.0),仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分辨率信息报告」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
ResolutionMetaAdder · 分辨率元数据写入
batch | 0 MB | 1 个文件
为缺失分辨率信息的图像补充像素尺寸等元数据,保证后续定量计算得到正确的物理单位。
包含文件:ResolutionMetaAdder.groovy
安装教程(点击展开)
【分辨率元数据写入(ResolutionMetaAdder)安装教程】—— Orbit Image Analysis
■ 前置条件
· 已安装 Orbit Image Analysis(官网 https://www.orbit.bio/ ,下载对应系统版本解压即用)。
· 脚本用 Groovy 编写,Orbit 内置 Groovy 运行时,无需另装 Java。
■ 本脚本是什么
为缺失分辨率信息的图像补充像素尺寸等元数据,保证后续定量计算得到正确的物理单位。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.groovy)。
· .groovy 是 Orbit 的脚本插件,直接在软件里运行,不要改后缀。
■ 安装步骤
1. 打开 Orbit,先加载一张切片(File → Open)。
2. 菜单 Scripts → Run script... ,选中本目录的 .groovy。
3. 脚本会弹参数窗口,按提示填写后点 Run。
4. 想长期使用:Scripts → Edit scripts,把 .groovy 复制到脚本目录,之后可在下拉列表直接选。
5. 批处理类脚本(TileAccess 系列)先看脚本开头注释,按注释设置输入输出目录。
■ 验证是否装好
· Scripts 菜单能加载脚本,运行后能在 Orbit 里看到结果(新图层 / 统计表 / 导出文件)。
■ 常见问题
· 脚本报语法错误:Groovy 版本差异,把报错发客服换对应版本脚本。
· 运行慢或内存溢出:大切片用 TileAccess 系列脚本,并在 Orbit 启动脚本里调大 -Xmx 内存。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布(GPL-3.0),仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分辨率元数据写入」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
SaveClassificationImage · 保存分类图像
batch | 0.01 MB | 1 个文件
将分类结果渲染为彩色图像并保存到输出目录,用于生成分类结果的可视化存档。
包含文件:SaveClassificationImage.groovy
安装教程(点击展开)
【保存分类图像(SaveClassificationImage)安装教程】—— Orbit Image Analysis
■ 前置条件
· 已安装 Orbit Image Analysis(官网 https://www.orbit.bio/ ,下载对应系统版本解压即用)。
· 脚本用 Groovy 编写,Orbit 内置 Groovy 运行时,无需另装 Java。
■ 本脚本是什么
将分类结果渲染为彩色图像并保存到输出目录,用于生成分类结果的可视化存档。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.groovy)。
· .groovy 是 Orbit 的脚本插件,直接在软件里运行,不要改后缀。
■ 安装步骤
1. 打开 Orbit,先加载一张切片(File → Open)。
2. 菜单 Scripts → Run script... ,选中本目录的 .groovy。
3. 脚本会弹参数窗口,按提示填写后点 Run。
4. 想长期使用:Scripts → Edit scripts,把 .groovy 复制到脚本目录,之后可在下拉列表直接选。
5. 批处理类脚本(TileAccess 系列)先看脚本开头注释,按注释设置输入输出目录。
■ 验证是否装好
· Scripts 菜单能加载脚本,运行后能在 Orbit 里看到结果(新图层 / 统计表 / 导出文件)。
■ 常见问题
· 脚本报语法错误:Groovy 版本差异,把报错发客服换对应版本脚本。
· 运行慢或内存溢出:大切片用 TileAccess 系列脚本,并在 Orbit 启动脚本里调大 -Xmx 内存。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布(GPL-3.0),仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「保存分类图像」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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SaveClassificationLocal · 本地保存分类结果
batch | 0.01 MB | 1 个文件
分类图像保存的本地文件版本,直接处理本地目录图像并写出分类结果图。
包含文件:SaveClassificationLocal.groovy
安装教程(点击展开)
【本地保存分类结果(SaveClassificationLocal)安装教程】—— Orbit Image Analysis
■ 前置条件
· 已安装 Orbit Image Analysis(官网 https://www.orbit.bio/ ,下载对应系统版本解压即用)。
· 脚本用 Groovy 编写,Orbit 内置 Groovy 运行时,无需另装 Java。
■ 本脚本是什么
分类图像保存的本地文件版本,直接处理本地目录图像并写出分类结果图。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.groovy)。
· .groovy 是 Orbit 的脚本插件,直接在软件里运行,不要改后缀。
■ 安装步骤
1. 打开 Orbit,先加载一张切片(File → Open)。
2. 菜单 Scripts → Run script... ,选中本目录的 .groovy。
3. 脚本会弹参数窗口,按提示填写后点 Run。
4. 想长期使用:Scripts → Edit scripts,把 .groovy 复制到脚本目录,之后可在下拉列表直接选。
5. 批处理类脚本(TileAccess 系列)先看脚本开头注释,按注释设置输入输出目录。
■ 验证是否装好
· Scripts 菜单能加载脚本,运行后能在 Orbit 里看到结果(新图层 / 统计表 / 导出文件)。
■ 常见问题
· 脚本报语法错误:Groovy 版本差异,把报错发客服换对应版本脚本。
· 运行慢或内存溢出:大切片用 TileAccess 系列脚本,并在 Orbit 启动脚本里调大 -Xmx 内存。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布(GPL-3.0),仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「本地保存分类结果」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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ScaleColor · 颜色缩放调整
batch | 0 MB | 1 个文件
调整图像显示的颜色范围与对比度映射,用于改善可视化效果或突出目标信号。
包含文件:ScaleColor.groovy
安装教程(点击展开)
【颜色缩放调整(ScaleColor)安装教程】—— Orbit Image Analysis
■ 前置条件
· 已安装 Orbit Image Analysis(官网 https://www.orbit.bio/ ,下载对应系统版本解压即用)。
· 脚本用 Groovy 编写,Orbit 内置 Groovy 运行时,无需另装 Java。
■ 本脚本是什么
调整图像显示的颜色范围与对比度映射,用于改善可视化效果或突出目标信号。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.groovy)。
· .groovy 是 Orbit 的脚本插件,直接在软件里运行,不要改后缀。
■ 安装步骤
1. 打开 Orbit,先加载一张切片(File → Open)。
2. 菜单 Scripts → Run script... ,选中本目录的 .groovy。
3. 脚本会弹参数窗口,按提示填写后点 Run。
4. 想长期使用:Scripts → Edit scripts,把 .groovy 复制到脚本目录,之后可在下拉列表直接选。
5. 批处理类脚本(TileAccess 系列)先看脚本开头注释,按注释设置输入输出目录。
■ 验证是否装好
· Scripts 菜单能加载脚本,运行后能在 Orbit 里看到结果(新图层 / 统计表 / 导出文件)。
■ 常见问题
· 脚本报语法错误:Groovy 版本差异,把报错发客服换对应版本脚本。
· 运行慢或内存溢出:大切片用 TileAccess 系列脚本,并在 Orbit 启动脚本里调大 -Xmx 内存。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布(GPL-3.0),仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「颜色缩放调整」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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SegmentationSimple · 简单分割脚本
batch | 0.01 MB | 1 个文件
最简化分割示例,基于阈值或简单算法分割目标并输出掩膜,适合入门参考。
包含文件:SegmentationSimple.groovy
安装教程(点击展开)
【简单分割脚本(SegmentationSimple)安装教程】—— Orbit Image Analysis
■ 前置条件
· 已安装 Orbit Image Analysis(官网 https://www.orbit.bio/ ,下载对应系统版本解压即用)。
· 脚本用 Groovy 编写,Orbit 内置 Groovy 运行时,无需另装 Java。
■ 本脚本是什么
最简化分割示例,基于阈值或简单算法分割目标并输出掩膜,适合入门参考。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.groovy)。
· .groovy 是 Orbit 的脚本插件,直接在软件里运行,不要改后缀。
■ 安装步骤
1. 打开 Orbit,先加载一张切片(File → Open)。
2. 菜单 Scripts → Run script... ,选中本目录的 .groovy。
3. 脚本会弹参数窗口,按提示填写后点 Run。
4. 想长期使用:Scripts → Edit scripts,把 .groovy 复制到脚本目录,之后可在下拉列表直接选。
5. 批处理类脚本(TileAccess 系列)先看脚本开头注释,按注释设置输入输出目录。
■ 验证是否装好
· Scripts 菜单能加载脚本,运行后能在 Orbit 里看到结果(新图层 / 统计表 / 导出文件)。
■ 常见问题
· 脚本报语法错误:Groovy 版本差异,把报错发客服换对应版本脚本。
· 运行慢或内存溢出:大切片用 TileAccess 系列脚本,并在 Orbit 启动脚本里调大 -Xmx 内存。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布(GPL-3.0),仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「简单分割脚本」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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TileAccess · 分块访问处理
batch | 0.01 MB | 1 个文件
把大图切成小块逐块读取与处理,适用于超大图像无法一次性载入内存的场景。
包含文件:TileAccess.groovy
安装教程(点击展开)
【分块访问处理(TileAccess)安装教程】—— Orbit Image Analysis
■ 前置条件
· 已安装 Orbit Image Analysis(官网 https://www.orbit.bio/ ,下载对应系统版本解压即用)。
· 脚本用 Groovy 编写,Orbit 内置 Groovy 运行时,无需另装 Java。
■ 本脚本是什么
把大图切成小块逐块读取与处理,适用于超大图像无法一次性载入内存的场景。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.groovy)。
· .groovy 是 Orbit 的脚本插件,直接在软件里运行,不要改后缀。
■ 安装步骤
1. 打开 Orbit,先加载一张切片(File → Open)。
2. 菜单 Scripts → Run script... ,选中本目录的 .groovy。
3. 脚本会弹参数窗口,按提示填写后点 Run。
4. 想长期使用:Scripts → Edit scripts,把 .groovy 复制到脚本目录,之后可在下拉列表直接选。
5. 批处理类脚本(TileAccess 系列)先看脚本开头注释,按注释设置输入输出目录。
■ 验证是否装好
· Scripts 菜单能加载脚本,运行后能在 Orbit 里看到结果(新图层 / 统计表 / 导出文件)。
■ 常见问题
· 脚本报语法错误:Groovy 版本差异,把报错发客服换对应版本脚本。
· 运行慢或内存溢出:大切片用 TileAccess 系列脚本,并在 Orbit 启动脚本里调大 -Xmx 内存。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布(GPL-3.0),仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分块访问处理」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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TileAccessBig · 大图分块处理
batch | 0.01 MB | 1 个文件
分块访问的扩展版本,面向超大图像的稳健分块处理,有效降低内存占用。
包含文件:TileAccessBig.groovy
安装教程(点击展开)
【大图分块处理(TileAccessBig)安装教程】—— Orbit Image Analysis
■ 前置条件
· 已安装 Orbit Image Analysis(官网 https://www.orbit.bio/ ,下载对应系统版本解压即用)。
· 脚本用 Groovy 编写,Orbit 内置 Groovy 运行时,无需另装 Java。
■ 本脚本是什么
分块访问的扩展版本,面向超大图像的稳健分块处理,有效降低内存占用。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.groovy)。
· .groovy 是 Orbit 的脚本插件,直接在软件里运行,不要改后缀。
■ 安装步骤
1. 打开 Orbit,先加载一张切片(File → Open)。
2. 菜单 Scripts → Run script... ,选中本目录的 .groovy。
3. 脚本会弹参数窗口,按提示填写后点 Run。
4. 想长期使用:Scripts → Edit scripts,把 .groovy 复制到脚本目录,之后可在下拉列表直接选。
5. 批处理类脚本(TileAccess 系列)先看脚本开头注释,按注释设置输入输出目录。
■ 验证是否装好
· Scripts 菜单能加载脚本,运行后能在 Orbit 里看到结果(新图层 / 统计表 / 导出文件)。
■ 常见问题
· 脚本报语法错误:Groovy 版本差异,把报错发客服换对应版本脚本。
· 运行慢或内存溢出:大切片用 TileAccess 系列脚本,并在 Orbit 启动脚本里调大 -Xmx 内存。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布(GPL-3.0),仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「大图分块处理」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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TileAccessExclusion · 分块排除处理
batch | 0.01 MB | 1 个文件
分块处理时支持排除指定区域或注释,只对感兴趣区域逐块进行分析。
包含文件:TileAccessExclusion.groovy
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【分块排除处理(TileAccessExclusion)安装教程】—— Orbit Image Analysis
■ 前置条件
· 已安装 Orbit Image Analysis(官网 https://www.orbit.bio/ ,下载对应系统版本解压即用)。
· 脚本用 Groovy 编写,Orbit 内置 Groovy 运行时,无需另装 Java。
■ 本脚本是什么
分块处理时支持排除指定区域或注释,只对感兴趣区域逐块进行分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.groovy)。
· .groovy 是 Orbit 的脚本插件,直接在软件里运行,不要改后缀。
■ 安装步骤
1. 打开 Orbit,先加载一张切片(File → Open)。
2. 菜单 Scripts → Run script... ,选中本目录的 .groovy。
3. 脚本会弹参数窗口,按提示填写后点 Run。
4. 想长期使用:Scripts → Edit scripts,把 .groovy 复制到脚本目录,之后可在下拉列表直接选。
5. 批处理类脚本(TileAccess 系列)先看脚本开头注释,按注释设置输入输出目录。
■ 验证是否装好
· Scripts 菜单能加载脚本,运行后能在 Orbit 里看到结果(新图层 / 统计表 / 导出文件)。
■ 常见问题
· 脚本报语法错误:Groovy 版本差异,把报错发客服换对应版本脚本。
· 运行慢或内存溢出:大切片用 TileAccess 系列脚本,并在 Orbit 启动脚本里调大 -Xmx 内存。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布(GPL-3.0),仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分块排除处理」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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TileAccessExclusionUI · 分块排除处理界面
batch | 0.01 MB | 1 个文件
在分块排除处理基础上带用户交互界面,可手动选择需要处理或排除的区域。
包含文件:TileAccessExclusionUI.groovy
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【分块排除处理界面(TileAccessExclusionUI)安装教程】—— Orbit Image Analysis
■ 前置条件
· 已安装 Orbit Image Analysis(官网 https://www.orbit.bio/ ,下载对应系统版本解压即用)。
· 脚本用 Groovy 编写,Orbit 内置 Groovy 运行时,无需另装 Java。
■ 本脚本是什么
在分块排除处理基础上带用户交互界面,可手动选择需要处理或排除的区域。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.groovy)。
· .groovy 是 Orbit 的脚本插件,直接在软件里运行,不要改后缀。
■ 安装步骤
1. 打开 Orbit,先加载一张切片(File → Open)。
2. 菜单 Scripts → Run script... ,选中本目录的 .groovy。
3. 脚本会弹参数窗口,按提示填写后点 Run。
4. 想长期使用:Scripts → Edit scripts,把 .groovy 复制到脚本目录,之后可在下拉列表直接选。
5. 批处理类脚本(TileAccess 系列)先看脚本开头注释,按注释设置输入输出目录。
■ 验证是否装好
· Scripts 菜单能加载脚本,运行后能在 Orbit 里看到结果(新图层 / 统计表 / 导出文件)。
■ 常见问题
· 脚本报语法错误:Groovy 版本差异,把报错发客服换对应版本脚本。
· 运行慢或内存溢出:大切片用 TileAccess 系列脚本,并在 Orbit 启动脚本里调大 -Xmx 内存。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布(GPL-3.0),仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分块排除处理界面」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
TileAccessParallel · 分块并行处理脚本
batch | 0.01 MB | 1 个文件
分块访问的多线程并行版本,多个分块同时处理以加速大图分析。
包含文件:TileAccessParallel.groovy
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【分块并行处理脚本(TileAccessParallel)安装教程】—— Orbit Image Analysis
■ 前置条件
· 已安装 Orbit Image Analysis(官网 https://www.orbit.bio/ ,下载对应系统版本解压即用)。
· 脚本用 Groovy 编写,Orbit 内置 Groovy 运行时,无需另装 Java。
■ 本脚本是什么
分块访问的多线程并行版本,多个分块同时处理以加速大图分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.groovy)。
· .groovy 是 Orbit 的脚本插件,直接在软件里运行,不要改后缀。
■ 安装步骤
1. 打开 Orbit,先加载一张切片(File → Open)。
2. 菜单 Scripts → Run script... ,选中本目录的 .groovy。
3. 脚本会弹参数窗口,按提示填写后点 Run。
4. 想长期使用:Scripts → Edit scripts,把 .groovy 复制到脚本目录,之后可在下拉列表直接选。
5. 批处理类脚本(TileAccess 系列)先看脚本开头注释,按注释设置输入输出目录。
■ 验证是否装好
· Scripts 菜单能加载脚本,运行后能在 Orbit 里看到结果(新图层 / 统计表 / 导出文件)。
■ 常见问题
· 脚本报语法错误:Groovy 版本差异,把报错发客服换对应版本脚本。
· 运行慢或内存溢出:大切片用 TileAccess 系列脚本,并在 Orbit 启动脚本里调大 -Xmx 内存。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布(GPL-3.0),仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分块并行处理脚本」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
TileAccessUI · 分块处理界面
batch | 0.01 MB | 1 个文件
分块访问的带界面版本,通过图形界面配置分块参数与处理流程。
包含文件:TileAccessUI.groovy
安装教程(点击展开)
【分块处理界面(TileAccessUI)安装教程】—— Orbit Image Analysis
■ 前置条件
· 已安装 Orbit Image Analysis(官网 https://www.orbit.bio/ ,下载对应系统版本解压即用)。
· 脚本用 Groovy 编写,Orbit 内置 Groovy 运行时,无需另装 Java。
■ 本脚本是什么
分块访问的带界面版本,通过图形界面配置分块参数与处理流程。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.groovy)。
· .groovy 是 Orbit 的脚本插件,直接在软件里运行,不要改后缀。
■ 安装步骤
1. 打开 Orbit,先加载一张切片(File → Open)。
2. 菜单 Scripts → Run script... ,选中本目录的 .groovy。
3. 脚本会弹参数窗口,按提示填写后点 Run。
4. 想长期使用:Scripts → Edit scripts,把 .groovy 复制到脚本目录,之后可在下拉列表直接选。
5. 批处理类脚本(TileAccess 系列)先看脚本开头注释,按注释设置输入输出目录。
■ 验证是否装好
· Scripts 菜单能加载脚本,运行后能在 Orbit 里看到结果(新图层 / 统计表 / 导出文件)。
■ 常见问题
· 脚本报语法错误:Groovy 版本差异,把报错发客服换对应版本脚本。
· 运行慢或内存溢出:大切片用 TileAccess 系列脚本,并在 Orbit 启动脚本里调大 -Xmx 内存。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布(GPL-3.0),仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分块处理界面」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
TwoModelClassification · 双模型分类脚本
batch | 0.01 MB | 1 个文件
串联两个分类模型依次处理图像,例如先分割再分类,实现多阶段分析。
包含文件:TwoModelClassification.groovy
安装教程(点击展开)
【双模型分类脚本(TwoModelClassification)安装教程】—— Orbit Image Analysis
■ 前置条件
· 已安装 Orbit Image Analysis(官网 https://www.orbit.bio/ ,下载对应系统版本解压即用)。
· 脚本用 Groovy 编写,Orbit 内置 Groovy 运行时,无需另装 Java。
■ 本脚本是什么
串联两个分类模型依次处理图像,例如先分割再分类,实现多阶段分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.groovy)。
· .groovy 是 Orbit 的脚本插件,直接在软件里运行,不要改后缀。
■ 安装步骤
1. 打开 Orbit,先加载一张切片(File → Open)。
2. 菜单 Scripts → Run script... ,选中本目录的 .groovy。
3. 脚本会弹参数窗口,按提示填写后点 Run。
4. 想长期使用:Scripts → Edit scripts,把 .groovy 复制到脚本目录,之后可在下拉列表直接选。
5. 批处理类脚本(TileAccess 系列)先看脚本开头注释,按注释设置输入输出目录。
■ 验证是否装好
· Scripts 菜单能加载脚本,运行后能在 Orbit 里看到结果(新图层 / 统计表 / 导出文件)。
■ 常见问题
· 脚本报语法错误:Groovy 版本差异,把报错发客服换对应版本脚本。
· 运行慢或内存溢出:大切片用 TileAccess 系列脚本,并在 Orbit 启动脚本里调大 -Xmx 内存。
■ 来源与版权
https://github.com/mstritt/orbit-image-analysis
开源/免费发布(GPL-3.0),仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「双模型分类脚本」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
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