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CellProfiler 插件合集(共 100 个)

细胞图像定量分析平台的官方插件模块 | 分类:病理图片处理 | 每个插件都附中文说明与安装教程,下载走百度网盘 / 夸克网盘。

插件清单

DoGNet · DoGNet 突触检测

ai | 0.01 MB | 1 个文件

基于 DoG 特征与深度神经网络的突触检测模块,输入突触蛋白通道图像,输出突触位置预测图供后续分析。

包含文件:DoGNet.py
安装教程(点击展开)
【DoGNet 突触检测(DoGNet)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   基于 DoG 特征与深度神经网络的突触检测模块,输入突触蛋白通道图像,输出突触位置预测图供后续分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「DoGNet 突触检测」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「DoGNet 突触检测」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

nucleaizer · NucleAIzer 细胞核分割

ai | 0.01 MB | 1 个文件

基于深度学习的细胞核识别模块,需要额外安装相关依赖并准备模型文件才能正常使用。

包含文件:nucleaizer.py
安装教程(点击展开)
【NucleAIzer 细胞核分割(nucleaizer)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   基于深度学习的细胞核识别模块,需要额外安装相关依赖并准备模型文件才能正常使用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「NucleAIzer 细胞核分割」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「NucleAIzer 细胞核分割」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

predict · 像素分类预测

ai | 0.01 MB | 1 个文件

调用已训练的像素分类模型对图像进行预测并生成概率图,现已建议改用 ilastik 相关插件。

包含文件:predict.py
安装教程(点击展开)
【像素分类预测(predict)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   调用已训练的像素分类模型对图像进行预测并生成概率图,现已建议改用 ilastik 相关插件。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「像素分类预测」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「像素分类预测」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

runcellpose · 运行Cellpose

ai | 0.06 MB | 1 个文件

调用 Cellpose 深度学习模型完成细胞分割,无需自行训练即可分割多种细胞与细胞核。

包含文件:runcellpose.py
安装教程(点击展开)
【运行Cellpose(runcellpose)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   调用 Cellpose 深度学习模型完成细胞分割,无需自行训练即可分割多种细胞与细胞核。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「运行Cellpose」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「运行Cellpose」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

boxobjects · 对象框定

annot | 0.02 MB | 1 个文件

用矩形边界框标注检测到的对象并输出坐标,便于与目标检测结果对接或对区域做裁剪。

包含文件:boxobjects.py
安装教程(点击展开)
【对象框定(boxobjects)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   用矩形边界框标注检测到的对象并输出坐标,便于与目标检测结果对接或对区域做裁剪。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「对象框定」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「对象框定」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

index · 极坐标索引结构

batch | 0 MB | 1 个文件

CellStar 中的索引结构,便于用一次数组运算批量处理角度与半径方向上的采样点。

包含文件:index.py
安装教程(点击展开)
【极坐标索引结构(index)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   CellStar 中的索引结构,便于用一次数组运算批量处理角度与半径方向上的采样点。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「极坐标索引结构」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「极坐标索引结构」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

pf_mutator · 参数变异器

batch | 0.01 MB | 1 个文件

对流程参数进行变异以生成新的参数组合,通常与自动优化模块配合完成参数搜索。

包含文件:pf_mutator.py
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【参数变异器(pf_mutator)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   对流程参数进行变异以生成新的参数组合,通常与自动优化模块配合完成参数搜索。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「参数变异器」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「参数变异器」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

pf_process · 流程执行单元

batch | 0.02 MB | 1 个文件

执行单次流程处理并回收各项输出结果,是参数优化与批量运行框架中的基础执行单元。

包含文件:pf_process.py
安装教程(点击展开)
【流程执行单元(pf_process)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   执行单次流程处理并回收各项输出结果,是参数优化与批量运行框架中的基础执行单元。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「流程执行单元」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「流程执行单元」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

pf_rank_process · 结果排序评估

batch | 0.01 MB | 1 个文件

在参数优化过程中按评价指标对多次运行结果排序,挑选表现最好的参数组合与流程。

包含文件:pf_rank_process.py
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【结果排序评估(pf_rank_process)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   在参数优化过程中按评价指标对多次运行结果排序,挑选表现最好的参数组合与流程。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「结果排序评估」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「结果排序评估」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

pf_runner · 拟合流程入口

batch | 0.01 MB | 1 个文件

参数拟合流程的入口脚本,可分别运行轮廓参数与排序参数这两套拟合过程。

包含文件:pf_runner.py
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【拟合流程入口(pf_runner)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   参数拟合流程的入口脚本,可分别运行轮廓参数与排序参数这两套拟合过程。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「拟合流程入口」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「拟合流程入口」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

runimagejscript · 运行ImageJ脚本

batch | 0.03 MB | 1 个文件

在流程中调用 ImageJ 或 Fiji 的宏与脚本,复用既有图像处理功能,扩展分析能力。

包含文件:runimagejscript.py
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【运行ImageJ脚本(runimagejscript)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   在流程中调用 ImageJ 或 Fiji 的宏与脚本,复用既有图像处理功能,扩展分析能力。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「运行ImageJ脚本」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「运行ImageJ脚本」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

setup · 安装配置脚本

batch | 0 MB | 1 个文件

提供软件安装与依赖配置脚本,完成运行环境初始化,便于快速部署该模块集。

包含文件:setup.py
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【安装配置脚本(setup)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   提供软件安装与依赖配置脚本,完成运行环境初始化,便于快速部署该模块集。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「安装配置脚本」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「安装配置脚本」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

test_runimagejscript · ImageJ脚本测试

batch | 0.01 MB | 1 个文件

ImageJ 脚本调用模块的测试用例,检查参数传递、脚本执行与结果返回是否正确。

包含文件:test_runimagejscript.py
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【ImageJ脚本测试(test_runimagejscript)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   ImageJ 脚本调用模块的测试用例,检查参数传递、脚本执行与结果返回是否正确。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「ImageJ脚本测试」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ImageJ脚本测试」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

filterobjects_stringmatch · 字符串筛选对象

filter | 0.01 MB | 1 个文件

按对象名称或元数据的字符串匹配规则筛选对象,仅保留命中的对象进入后续分析。

包含文件:filterobjects_stringmatch.py
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【字符串筛选对象(filterobjects_stringmatch)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   按对象名称或元数据的字符串匹配规则筛选对象,仅保留命中的对象进入后续分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「字符串筛选对象」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「字符串筛选对象」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

gaussian_byslice · 逐切片高斯滤波

filter | 0.01 MB | 1 个文件

对三维图像按 Z 切片逐层执行高斯平滑,避免层间混叠,适合各层噪声水平不同的数据。

包含文件:gaussian_byslice.py
安装教程(点击展开)
【逐切片高斯滤波(gaussian_byslice)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   对三维图像按 Z 切片逐层执行高斯平滑,避免层间混叠,适合各层噪声水平不同的数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「逐切片高斯滤波」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「逐切片高斯滤波」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

snake_filter · 蛇模型轮廓滤波

filter | 0.01 MB | 1 个文件

对蛇模型演化过程中的轮廓点做平滑与滤波,抑制噪声引起的抖动、自交与尖刺。

包含文件:snake_filter.py
安装教程(点击展开)
【蛇模型轮廓滤波(snake_filter)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   对蛇模型演化过程中的轮廓点做平滑与滤波,抑制噪声引起的抖动、自交与尖刺。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「蛇模型轮廓滤波」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「蛇模型轮廓滤波」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

test_laplacianofgaussian · 高斯拉普拉斯测试

filter | 0 MB | 1 个文件

示例测试插件,用于演示高斯拉普拉斯滤波检测亮斑目标的处理效果。

包含文件:test_laplacianofgaussian.py
安装教程(点击展开)
【高斯拉普拉斯测试(test_laplacianofgaussian)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   示例测试插件,用于演示高斯拉普拉斯滤波检测亮斑目标的处理效果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「高斯拉普拉斯测试」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「高斯拉普拉斯测试」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

config · 配置模块

io | 0.01 MB | 1 个文件

集中存放流程运行所需的参数与配置读取逻辑,为其余模块提供统一的设置入口。

包含文件:config.py
安装教程(点击展开)
【配置模块(config)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   集中存放流程运行所需的参数与配置读取逻辑,为其余模块提供统一的设置入口。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「配置模块」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「配置模块」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

conftest · 测试配置文件

io | 0.01 MB | 1 个文件

测试环境的公共配置文件,定义测试夹具与初始化逻辑,便于批量运行各模块测试。

包含文件:conftest.py
安装教程(点击展开)
【测试配置文件(conftest)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   测试环境的公共配置文件,定义测试夹具与初始化逻辑,便于批量运行各模块测试。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「测试配置文件」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「测试配置文件」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
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image_repo · 图像仓库

io | 0.02 MB | 1 个文件

图像仓库管理模块,负责图像的载入、缓存与按需读取,为分析流程统一提供图像数据。

包含文件:image_repo.py
安装教程(点击展开)
【图像仓库(image_repo)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   图像仓库管理模块,负责图像的载入、缓存与按需读取,为分析流程统一提供图像数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「图像仓库」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「图像仓库」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
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callbarcodes · 条形码识别

measure | 0.02 MB | 1 个文件

识别细胞或微珠上携带的条形码标签,逐对象读取编码信息并记录到测量结果中。

包含文件:callbarcodes.py
安装教程(点击展开)
【条形码识别(callbarcodes)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   识别细胞或微珠上携带的条形码标签,逐对象读取编码信息并记录到测量结果中。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「条形码识别」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「条形码识别」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
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compensatecolors · 荧光颜色补偿

measure | 0.02 MB | 1 个文件

对多通道荧光图像做光谱串扰补偿,扣除通道间溢色,使各通道强度更接近真实信号。

包含文件:compensatecolors.py
安装教程(点击展开)
【荧光颜色补偿(compensatecolors)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   对多通道荧光图像做光谱串扰补偿,扣除通道间溢色,使各通道强度更接近真实信号。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「荧光颜色补偿」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「荧光颜色补偿」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

convertoutlinestoobjects · 轮廓转对象

measure | 0 MB | 1 个文件

把图像中的轮廓线或封闭边界转换为可测量的对象标签,便于接续做测量与统计。

包含文件:convertoutlinestoobjects.py
安装教程(点击展开)
【轮廓转对象(convertoutlinestoobjects)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   把图像中的轮廓线或封闭边界转换为可测量的对象标签,便于接续做测量与统计。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「轮廓转对象」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「轮廓转对象」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

enhancedmeasuretexture · 增强纹理测量

measure | 0.05 MB | 1 个文件

在常规纹理测量基础上扩展尺度与方向组合,为每个对象输出更丰富的纹理特征。

包含文件:enhancedmeasuretexture.py
安装教程(点击展开)
【增强纹理测量(enhancedmeasuretexture)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   在常规纹理测量基础上扩展尺度与方向组合,为每个对象输出更丰富的纹理特征。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「增强纹理测量」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「增强纹理测量」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

exporttocellh5 · 导出 CellH5

measure | 0.03 MB | 1 个文件

把测量数据、对象及其相互关系与图像导出为 CellH5 格式,便于后续浏览、交换与共享。

包含文件:exporttocellh5.py
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【导出 CellH5(exporttocellh5)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   把测量数据、对象及其相互关系与图像导出为 CellH5 格式,便于后续浏览、交换与共享。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「导出 CellH5」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「导出 CellH5」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

histogrammatching · 直方图匹配

measure | 0.01 MB | 1 个文件

将图像直方图匹配到参考图像的分布,用于多通道或多批次图像的光照与染色归一化。

包含文件:histogrammatching.py
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【直方图匹配(histogrammatching)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   将图像直方图匹配到参考图像的分布,用于多通道或多批次图像的光照与染色归一化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「直方图匹配」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「直方图匹配」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

identifylinearobjects · 线性对象识别

measure | 0.03 MB | 1 个文件

识别血管、神经纤维等细长线状目标,结合增强与骨架化步骤输出线状对象及其测量值。

包含文件:identifylinearobjects.py
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【线性对象识别(identifylinearobjects)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   识别血管、神经纤维等细长线状目标,结合增强与骨架化步骤输出线状对象及其测量值。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「线性对象识别」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「线性对象识别」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
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imagegradient · 图像梯度

measure | 0.01 MB | 1 个文件

计算图像的局部梯度,用于寻找对象边界;亮区域边缘像素强度最高,背景与区域中心较低。

包含文件:imagegradient.py
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【图像梯度(imagegradient)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   计算图像的局部梯度,用于寻找对象边界;亮区域边缘像素强度最高,背景与区域中心较低。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「图像梯度」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「图像梯度」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
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measure_population_context · 群体背景测量

measure | 0.02 MB | 1 个文件

根据对象邻域计算细胞密度与到边缘的距离,输出邻域计数以及基于 Ripley's K 的密度值。

包含文件:measure_population_context.py
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【群体背景测量(measure_population_context)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   根据对象邻域计算细胞密度与到边缘的距离,输出邻域计数以及基于 Ripley's K 的密度值。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「群体背景测量」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「群体背景测量」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

measureimagefocus · 图像聚焦度测量

measure | 0.01 MB | 1 个文件

评估图像的对焦质量,输出聚焦得分以及该得分对应的可信度指标,便于筛选模糊图像。

包含文件:measureimagefocus.py
安装教程(点击展开)
【图像聚焦度测量(measureimagefocus)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   评估图像的对焦质量,输出聚焦得分以及该得分对应的可信度指标,便于筛选模糊图像。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「图像聚焦度测量」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「图像聚焦度测量」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

measureradialentropy · 径向熵测量

measure | 0.01 MB | 1 个文件

以对象质心为中心把对象分成扇形区域,测量各区域强度的均值、中位数或积分值。

包含文件:measureradialentropy.py
安装教程(点击展开)
【径向熵测量(measureradialentropy)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   以对象质心为中心把对象分成扇形区域,测量各区域强度的均值、中位数或积分值。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「径向熵测量」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「径向熵测量」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

point · 点对象定义

measure | 0 MB | 1 个文件

把图像中的点状标记定义为一类对象,用于统计荧光点、标记点等目标的位置与数量。

包含文件:point.py
安装教程(点击展开)
【点对象定义(point)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   把图像中的点状标记定义为一类对象,用于统计荧光点、标记点等目标的位置与数量。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「点对象定义」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「点对象定义」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
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rescale_mean_sd · 均值标准差重缩放

measure | 0.01 MB | 1 个文件

按照指定的均值与标准差重新缩放图像强度,使不同图像之间的强度分布趋于一致。

包含文件:rescale_mean_sd.py
安装教程(点击展开)
【均值标准差重缩放(rescale_mean_sd)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   按照指定的均值与标准差重新缩放图像强度,使不同图像之间的强度分布趋于一致。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「均值标准差重缩放」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「均值标准差重缩放」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
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rescale_mode_percentile · 众数百分位重缩放

measure | 0.01 MB | 1 个文件

以图像众数和指定百分位为基准重新缩放强度,减少极端像素对归一化结果的影响。

包含文件:rescale_mode_percentile.py
安装教程(点击展开)
【众数百分位重缩放(rescale_mode_percentile)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   以图像众数和指定百分位为基准重新缩放强度,减少极端像素对归一化结果的影响。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「众数百分位重缩放」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「众数百分位重缩放」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
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save16bitpngs · 保存16位PNG

measure | 0.01 MB | 1 个文件

将处理后的图像以 16 位 PNG 格式导出,保留较高的强度动态范围。

包含文件:save16bitpngs.py
安装教程(点击展开)
【保存16位PNG(save16bitpngs)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   将处理后的图像以 16 位 PNG 格式导出,保留较高的强度动态范围。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「保存16位PNG」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「保存16位PNG」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
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shollanalysis · Sholl分析

measure | 0.01 MB | 1 个文件

对神经元等分支结构做 Sholl 分析,统计不同半径处的分支交点数目。

包含文件:shollanalysis.py
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【Sholl分析(shollanalysis)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   对神经元等分支结构做 Sholl 分析,统计不同半径处的分支交点数目。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「Sholl分析」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Sholl分析」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
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spectralanalysis · 光谱分析

measure | 0.06 MB | 1 个文件

对图像强度数据做光谱或频域分析,统计各频率成分的特征与分布。

包含文件:spectralanalysis.py
安装教程(点击展开)
【光谱分析(spectralanalysis)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   对图像强度数据做光谱或频域分析,统计各频率成分的特征与分布。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「光谱分析」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「光谱分析」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

test_histogramequalization · 直方图均衡测试

measure | 0.01 MB | 1 个文件

直方图均衡模块的单元测试,验证不同图像与参数下的输出是否符合预期结果。

包含文件:test_histogramequalization.py
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【直方图均衡测试(test_histogramequalization)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   直方图均衡模块的单元测试,验证不同图像与参数下的输出是否符合预期结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「直方图均衡测试」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「直方图均衡测试」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

test_imagegradient · 图像梯度测试

measure | 0 MB | 1 个文件

示例测试插件,用于计算并演示图像梯度,便于观察边缘强度的分布情况。

包含文件:test_imagegradient.py
安装教程(点击展开)
【图像梯度测试(test_imagegradient)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   示例测试插件,用于计算并演示图像梯度,便于观察边缘强度的分布情况。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「图像梯度测试」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「图像梯度测试」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

bridge · 对象桥接

oio | 0.01 MB | 1 个文件

把被切断或相邻的对象结构重新连接,将一条线状目标分成的多段结果桥接为完整对象。

包含文件:bridge.py
安装教程(点击展开)
【对象桥接(bridge)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   把被切断或相邻的对象结构重新连接,将一条线状目标分成的多段结果桥接为完整对象。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「对象桥接」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「对象桥接」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

server · 流程服务端

oio | 0.02 MB | 1 个文件

以服务方式对外提供流程运行与结果回传接口,支持远程调用与批量提交分析任务。

包含文件:server.py
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【流程服务端(server)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   以服务方式对外提供流程运行与结果回传接口,支持远程调用与批量提交分析任务。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「流程服务端」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「流程服务端」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

classifypixelsunet · U-Net 像素分类

oml | 0.01 MB | 1 个文件

基于 U-Net 的像素级分类器,可把像素分为背景、对象边缘与对象主体三类,现已不再维护。

包含文件:classifypixelsunet.py
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【U-Net 像素分类(classifypixelsunet)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   基于 U-Net 的像素级分类器,可把像素分为背景、对象边缘与对象主体三类,现已不再维护。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「U-Net 像素分类」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「U-Net 像素分类」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
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edgedetection · 边缘检测

reg | 0.01 MB | 1 个文件

使用 Sobel 变换检测图像或体数据中的边缘,多通道图像会先转换为灰度再进行处理。

包含文件:edgedetection.py
安装教程(点击展开)
【边缘检测(edgedetection)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   使用 Sobel 变换检测图像或体数据中的边缘,多通道图像会先转换为灰度再进行处理。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「边缘检测」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「边缘检测」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

gammacorrection · 伽马校正

reg | 0 MB | 1 个文件

对图像施加非线性的伽马变换,用于编码或解码亮度值,调整图像显示的明暗层次。

包含文件:gammacorrection.py
安装教程(点击展开)
【伽马校正(gammacorrection)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   对图像施加非线性的伽马变换,用于编码或解码亮度值,调整图像显示的明暗层次。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「伽马校正」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「伽马校正」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

image_util · 图像处理工具

reg | 0.01 MB | 1 个文件

CellStar 算法附带的图像处理辅助函数集合,提供常用的图像变换与像素操作封装。

包含文件:image_util.py
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【图像处理工具(image_util)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   CellStar 算法附带的图像处理辅助函数集合,提供常用的图像变换与像素操作封装。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「图像处理工具」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「图像处理工具」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

polar_transform · 极坐标变换

reg | 0.01 MB | 1 个文件

把图像由直角坐标变换到极坐标,将环形结构展开为直线,便于分析核周与环状目标。

包含文件:polar_transform.py
安装教程(点击展开)
【极坐标变换(polar_transform)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   把图像由直角坐标变换到极坐标,将环形结构展开为直线,便于分析核周与环状目标。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「极坐标变换」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「极坐标变换」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

test_tophattransform · 顶帽变换测试

reg | 0 MB | 1 个文件

示例测试插件,用于演示顶帽变换增强小尺寸亮目标区域的图像处理效果。

包含文件:test_tophattransform.py
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【顶帽变换测试(test_tophattransform)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   示例测试插件,用于演示顶帽变换增强小尺寸亮目标区域的图像处理效果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「顶帽变换测试」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「顶帽变换测试」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
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tophattransform · 顶帽变换

reg | 0 MB | 1 个文件

通过顶帽变换抑制背景、增强比结构元素更小的亮目标,便于检出。

包含文件:tophattransform.py
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【顶帽变换(tophattransform)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   通过顶帽变换抑制背景、增强比结构元素更小的亮目标,便于检出。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「顶帽变换」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「顶帽变换」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
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transform · 图像几何变换

reg | 0.02 MB | 1 个文件

提供旋转、缩放、平移与镜像等几何变换能力,用于图像配准与数据增强处理。

包含文件:transform.py
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【图像几何变换(transform)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   提供旋转、缩放、平移与镜像等几何变换能力,用于图像配准与数据增强处理。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「图像几何变换」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「图像几何变换」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
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transformfilters · 变换滤波器

reg | 0.02 MB | 1 个文件

提供多种图像变换与滤波算子,可按流程需要自由组合来预处理输入图像。

包含文件:transformfilters.py
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【变换滤波器(transformfilters)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   提供多种图像变换与滤波算子,可按流程需要自由组合来预处理输入图像。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「变换滤波器」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「变换滤波器」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
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transforms · 图像变换集合

reg | 0.02 MB | 1 个文件

汇集多种图像变换算法,供流程中按需组合调用来完成图像的预处理。

包含文件:transforms.py
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【图像变换集合(transforms)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   汇集多种图像变换算法,供流程中按需组合调用来完成图像的预处理。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「图像变换集合」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「图像变换集合」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
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activecontourmodel · 活动轮廓分割

seg | 0.03 MB | 1 个文件

采用活动轮廓(Snake)模型的细胞分割模块,初始轮廓经迭代演化贴合细胞边界,适合明场等低对比图像。

包含文件:activecontourmodel.py
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■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   采用活动轮廓(Snake)模型的细胞分割模块,初始轮廓经迭代演化贴合细胞边界,适合明场等低对比图像。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「活动轮廓分割」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「活动轮廓分割」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

blobdetection · 斑点检测

seg | 0.02 MB | 1 个文件

基于尺度空间与高斯拉普拉斯响应检测圆形亮点,可定位细胞核、荧光珠等斑点状目标的位置。

包含文件:blobdetection.py
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■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   基于尺度空间与高斯拉普拉斯响应检测圆形亮点,可定位细胞核、荧光珠等斑点状目标的位置。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「斑点检测」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「斑点检测」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

calculatehistogram · 直方图计算

seg | 0.02 MB | 1 个文件

统计图像或对象的灰度分布并输出直方图数据,用于评估成像质量与辅助选择阈值参数。

包含文件:calculatehistogram.py
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■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   统计图像或对象的灰度分布并输出直方图数据,用于评估成像质量与辅助选择阈值参数。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「直方图计算」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「直方图计算」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

declump · 粘连对象拆分

seg | 0.01 MB | 1 个文件

基于种子分水岭方法拆分粘连对象,种子可取自欧氏距离变换的局部极大值或参考图像强度。

包含文件:declump.py
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【粘连对象拆分(declump)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   基于种子分水岭方法拆分粘连对象,种子可取自欧氏距离变换的局部极大值或参考图像强度。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「粘连对象拆分」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「粘连对象拆分」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

declumpobjects · 对象去粘连

seg | 0.01 MB | 1 个文件

对被判定为粘连的对象集合做分离,通过分水岭或强度谷切分得到单细胞级对象。

包含文件:declumpobjects.py
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【对象去粘连(declumpobjects)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   对被判定为粘连的对象集合做分离,通过分水岭或强度谷切分得到单细胞级对象。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「对象去粘连」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「对象去粘连」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

distancetransform · 距离变换

seg | 0.01 MB | 1 个文件

计算前景到背景的距离变换图,常作为分水岭分割与对象分离步骤的输入图像。

包含文件:distancetransform.py
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【距离变换(distancetransform)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   计算前景到背景的距离变换图,常作为分水岭分割与对象分离步骤的输入图像。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「距离变换」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「距离变换」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

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histogramequalization · 直方图均衡化

seg | 0.01 MB | 1 个文件

通过重新分配灰度直方图增强图像对比度,使暗弱结构更清晰,便于后续分割处理。

包含文件:histogramequalization.py
安装教程(点击展开)
【直方图均衡化(histogramequalization)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   通过重新分配灰度直方图增强图像对比度,使暗弱结构更清晰,便于后续分割处理。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「直方图均衡化」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「直方图均衡化」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

masktopbottomz · 上下Z层掩膜

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按指定层数对三维图像做掩膜裁剪,去除顶部与底部模糊或无效切片,减少分析干扰。

包含文件:masktopbottomz.py
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【上下Z层掩膜(masktopbottomz)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   按指定层数对三维图像做掩膜裁剪,去除顶部与底部模糊或无效切片,减少分析干扰。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「上下Z层掩膜」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「上下Z层掩膜」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

mergeobjects · 小对象合并

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把低于设定阈值的对象合并到相邻的主要对象中,保留原有标签,可在分割或标注之后使用。

包含文件:mergeobjects.py
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【小对象合并(mergeobjects)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   把低于设定阈值的对象合并到相邻的主要对象中,保留原有标签,可在分割或标注之后使用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「小对象合并」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「小对象合并」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

pf_auto_params · 参数自动优化

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面向流程的参数自动搜索模块,在多组参数中挑选使分割或测量效果最佳的配置。

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【参数自动优化(pf_auto_params)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   面向流程的参数自动搜索模块,在多组参数中挑选使分割或测量效果最佳的配置。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「参数自动优化」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「参数自动优化」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
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randomwalkeralgorithm · 随机游走分割

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使用随机游走算法对图像进行分割,单通道图像支持二维与三维两种情况。

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■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   使用随机游走算法对图像进行分割,单通道图像支持二维与三维两种情况。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「随机游走分割」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「随机游走分割」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
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rescaleintensityslicewise · 逐切片强度重缩放

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对三维图像逐 Z 切片独立重缩放像素强度,消除层间亮度差异,改善三维分割一致性。

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【逐切片强度重缩放(rescaleintensityslicewise)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   对三维图像逐 Z 切片独立重缩放像素强度,消除层间亮度差异,改善三维分割一致性。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「逐切片强度重缩放」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「逐切片强度重缩放」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
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runilastik · 运行ilastik

seg | 0.01 MB | 1 个文件

调用 ilastik 像素分类器对图像进行语义分割,输出概率图或对象掩膜用于后续分析。

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【运行ilastik(runilastik)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   调用 ilastik 像素分类器对图像进行语义分割,输出概率图或对象掩膜用于后续分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「运行ilastik」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「运行ilastik」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
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runimagej · 运行ImageJ宏

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在图像处理流程中执行 ImageJ 宏,借助 ImageJ 的功能完成图像处理或分割。

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【运行ImageJ宏(runimagej)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   在图像处理流程中执行 ImageJ 宏,借助 ImageJ 的功能完成图像处理或分割。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「运行ImageJ宏」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「运行ImageJ宏」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
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runomnipose · 运行Omnipose

seg | 0.03 MB | 1 个文件

调用 Omnipose 模型分割细菌、细长与丝状细胞,对形态复杂、边界模糊的目标效果好。

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■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   调用 Omnipose 模型分割细菌、细长与丝状细胞,对形态复杂、边界模糊的目标效果好。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「运行Omnipose」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「运行Omnipose」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

runstardist · 运行StarDist

seg | 0.02 MB | 1 个文件

调用 StarDist 星凸模型检测并分割细胞核,对密集贴合、相互接触的细胞核效果较好。

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■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   调用 StarDist 星凸模型检测并分割细胞核,对密集贴合、相互接触的细胞核效果较好。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「运行StarDist」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「运行StarDist」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
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runvista2d · 运行VISTA2D

seg | 0.03 MB | 1 个文件

调用 VISTA2D 模型完成二维细胞分割,适合明场等低对比度显微图像中的细胞识别。

包含文件:runvista2d.py
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【运行VISTA2D(runvista2d)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   调用 VISTA2D 模型完成二维细胞分割,适合明场等低对比度显微图像中的细胞识别。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「运行VISTA2D」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「运行VISTA2D」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

seed · 分割种子生成

seg | 0 MB | 1 个文件

为分水岭或区域生长算法生成种子点,也可设定随机数种子以保证分析结果可复现。

包含文件:seed.py
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【分割种子生成(seed)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   为分水岭或区域生长算法生成种子点,也可设定随机数种子以保证分析结果可复现。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「分割种子生成」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分割种子生成」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

seeder · 种子点管理器

seg | 0.01 MB | 1 个文件

生成并管理分割所需的种子点集合,决定区域生长的起始位置、数量与分布方式。

包含文件:seeder.py
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【种子点管理器(seeder)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   生成并管理分割所需的种子点集合,决定区域生长的起始位置、数量与分布方式。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「种子点管理器」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「种子点管理器」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

seedobjects · 对象种子标记

seg | 0.01 MB | 1 个文件

根据已有对象或图像区域为分割流程生成种子标记,用于引导对象分割。

包含文件:seedobjects.py
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【对象种子标记(seedobjects)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   根据已有对象或图像区域为分割流程生成种子标记,用于引导对象分割。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「对象种子标记」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「对象种子标记」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

segmentation · 图像分割

seg | 0.01 MB | 1 个文件

对输入图像执行分割处理,把前景区域划分为可供后续测量与分析的对象。

包含文件:segmentation.py
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■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   对输入图像执行分割处理,把前景区域划分为可供后续测量与分析的对象。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「图像分割」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「图像分割」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

snake · 主动轮廓蛇模型

seg | 0.02 MB | 1 个文件

主动轮廓(Snake)算法的实现,通过能量最小化让曲线逐步贴合细胞边界完成分割。

包含文件:snake.py
安装教程(点击展开)
【主动轮廓蛇模型(snake)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   主动轮廓(Snake)算法的实现,通过能量最小化让曲线逐步贴合细胞边界完成分割。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「主动轮廓蛇模型」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「主动轮廓蛇模型」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

test_constrainobjects · 对象约束测试

seg | 0.01 MB | 1 个文件

示例测试插件,演示按给定条件约束或筛选已分割对象的使用方法。

包含文件:test_constrainobjects.py
安装教程(点击展开)
【对象约束测试(test_constrainobjects)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   示例测试插件,演示按给定条件约束或筛选已分割对象的使用方法。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「对象约束测试」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「对象约束测试」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

test_identifyyeastcells · 酵母细胞识别测试

seg | 0.04 MB | 1 个文件

示例测试插件,用于演示识别酵母细胞的分割流程与相关参数设置方法。

包含文件:test_identifyyeastcells.py
安装教程(点击展开)
【酵母细胞识别测试(test_identifyyeastcells)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   示例测试插件,用于演示识别酵母细胞的分割流程与相关参数设置方法。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「酵母细胞识别测试」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「酵母细胞识别测试」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

test_randomwalkeralgorithm · 随机游走算法测试

seg | 0 MB | 1 个文件

示例测试插件,演示随机游走算法在图像分割中的效果与参数调节。

包含文件:test_randomwalkeralgorithm.py
安装教程(点击展开)
【随机游走算法测试(test_randomwalkeralgorithm)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   示例测试插件,演示随机游走算法在图像分割中的效果与参数调节。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「随机游走算法测试」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「随机游走算法测试」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

test_runvista2d · VISTA2D测试

seg | 0.01 MB | 1 个文件

VISTA2D 分割模块的测试用例,校验模型加载、图像输入与分割输出是否正常。

包含文件:test_runvista2d.py
安装教程(点击展开)
【VISTA2D测试(test_runvista2d)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   VISTA2D 分割模块的测试用例,校验模型加载、图像输入与分割输出是否正常。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「VISTA2D测试」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「VISTA2D测试」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

test_seedobjects · 种子对象测试

seg | 0.01 MB | 1 个文件

示例测试插件,用于演示为分割流程生成并使用种子对象的完整用法。

包含文件:test_seedobjects.py
安装教程(点击展开)
【种子对象测试(test_seedobjects)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   示例测试插件,用于演示为分割流程生成并使用种子对象的完整用法。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「种子对象测试」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「种子对象测试」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

testallthresholds · 全部阈值测试

seg | 0.03 MB | 1 个文件

示例测试插件,用多种阈值方法处理同一图像,便于对比分割效果。

包含文件:testallthresholds.py
安装教程(点击展开)
【全部阈值测试(testallthresholds)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   示例测试插件,用多种阈值方法处理同一图像,便于对比分割效果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「全部阈值测试」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「全部阈值测试」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

thresh_all · 全部阈值方法

seg | 0.03 MB | 1 个文件

一次应用多种阈值方法生成多组分割结果,用于对比不同阈值效果。

包含文件:thresh_all.py
安装教程(点击展开)
【全部阈值方法(thresh_all)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   一次应用多种阈值方法生成多组分割结果,用于对比不同阈值效果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「全部阈值方法」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「全部阈值方法」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

variancetransform · 方差变换增强

seg | 0.01 MB | 1 个文件

基于局部方差对图像做变换增强,突出纹理与边缘细节,便于后续分割与目标检测。

包含文件:variancetransform.py
安装教程(点击展开)
【方差变换增强(variancetransform)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   基于局部方差对图像做变换增强,突出纹理与边缘细节,便于后续分割与目标检测。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「方差变换增强」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「方差变换增强」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

addnoise · 图像加噪

three | 0.01 MB | 1 个文件

向图像添加高斯、泊松或椒盐噪声,常用于数据集扩充与算法鲁棒性检验,支持二维与三维图像。

包含文件:addnoise.py
安装教程(点击展开)
【图像加噪(addnoise)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   向图像添加高斯、泊松或椒盐噪声,常用于数据集扩充与算法鲁棒性检验,支持二维与三维图像。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「图像加噪」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「图像加噪」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

laplacianofgaussian · 高斯拉普拉斯滤波

track | 0 MB | 1 个文件

对图像应用高斯拉普拉斯滤波,用于增强边缘与斑点结构,常见于细胞图像预处理。

包含文件:laplacianofgaussian.py
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【高斯拉普拉斯滤波(laplacianofgaussian)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   对图像应用高斯拉普拉斯滤波,用于增强边缘与斑点结构,常见于细胞图像预处理。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「高斯拉普拉斯滤波」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「高斯拉普拉斯滤波」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

measuretrackquality · 轨迹质量测量

track | 0.04 MB | 1 个文件

对追踪得到的对象轨迹进行质量评估,输出用于判断轨迹是否可靠的测量指标。

包含文件:measuretrackquality.py
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【轨迹质量测量(measuretrackquality)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   对追踪得到的对象轨迹进行质量评估,输出用于判断轨迹是否可靠的测量指标。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「轨迹质量测量」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「轨迹质量测量」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

test_blobdetection · 斑点检测测试

track | 0.01 MB | 1 个文件

示例测试插件,用于演示和验证斑点检测功能在当前流程中的效果。

包含文件:test_blobdetection.py
安装教程(点击展开)
【斑点检测测试(test_blobdetection)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   示例测试插件,用于演示和验证斑点检测功能在当前流程中的效果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「斑点检测测试」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「斑点检测测试」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

test_measuretrackquality · 追踪质量测量测试

track | 0.01 MB | 1 个文件

示例测试插件,用于演示对目标跟踪结果进行质量测量与可靠性评估。

包含文件:test_measuretrackquality.py
安装教程(点击展开)
【追踪质量测量测试(test_measuretrackquality)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   示例测试插件,用于演示对目标跟踪结果进行质量测量与可靠性评估。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「追踪质量测量测试」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「追踪质量测量测试」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

calc_util · 轮廓计算工具

util | 0.01 MB | 1 个文件

CellStar 算法中的计算工具集合,提供轮廓生长与评估过程中使用的多种计算函数。

包含文件:calc_util.py
安装教程(点击展开)
【轮廓计算工具(calc_util)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   CellStar 算法中的计算工具集合,提供轮廓生长与评估过程中使用的多种计算函数。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「轮廓计算工具」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「轮廓计算工具」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

calculatemoments · 图像矩计算

util | 0.02 MB | 1 个文件

计算对象的零阶至高阶图像矩,如重心、方向、偏度与峰度,作为形状描述与分类特征。

包含文件:calculatemoments.py
安装教程(点击展开)
【图像矩计算(calculatemoments)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   计算对象的零阶至高阶图像矩,如重心、方向、偏度与峰度,作为形状描述与分类特征。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「图像矩计算」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「图像矩计算」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

constrainobjects · 对象范围约束

util | 0.01 MB | 1 个文件

移除对象超出父对象边界的部分,前提是对象之间存在对应关系,可先用关联对象模块建立关系。

包含文件:constrainobjects.py
安装教程(点击展开)
【对象范围约束(constrainobjects)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   移除对象超出父对象边界的部分,前提是对象之间存在对应关系,可先用关联对象模块建立关系。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「对象范围约束」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「对象范围约束」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
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debug_util · 调试分析工具

util | 0.01 MB | 1 个文件

CellStar 插件的调试与性能分析工具集合,用于排查运行中的问题并评估各步骤耗时。

包含文件:debug_util.py
安装教程(点击展开)
【调试分析工具(debug_util)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   CellStar 插件的调试与性能分析工具集合,用于排查运行中的问题并评估各步骤耗时。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「调试分析工具」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「调试分析工具」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
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enforceobjectsonetoone · 对象一对一匹配

util | 0.02 MB | 1 个文件

强制两套对象集之间建立一对一对应关系,剔除多对多与孤立对象,便于配对比较分析。

包含文件:enforceobjectsonetoone.py
安装教程(点击展开)
【对象一对一匹配(enforceobjectsonetoone)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   强制两套对象集之间建立一对一对应关系,剔除多对多与孤立对象,便于配对比较分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「对象一对一匹配」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「对象一对一匹配」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
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identifyyeastcells · 酵母细胞识别

util | 0.05 MB | 1 个文件

识别酵母等圆形对象,主要面向明场灰度图像,内置参数拟合机制以适应不同的成像条件。

包含文件:identifyyeastcells.py
安装教程(点击展开)
【酵母细胞识别(identifyyeastcells)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   识别酵母等圆形对象,主要面向明场灰度图像,内置参数拟合机制以适应不同的成像条件。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「酵母细胞识别」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「酵母细胞识别」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
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params_util · 参数处理工具

util | 0.01 MB | 1 个文件

CellStar 中的参数工具模块,用于参数操作以及精度与参数之间的映射处理。

包含文件:params_util.py
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【参数处理工具(params_util)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   CellStar 中的参数工具模块,用于参数操作以及精度与参数之间的映射处理。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「参数处理工具」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「参数处理工具」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
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pf_rank_snake · 排序用真值轮廓

util | 0 MB | 1 个文件

表示用于排序参数拟合的单条真值轮廓,记录该轮廓的坐标与相关属性。

包含文件:pf_rank_snake.py
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【排序用真值轮廓(pf_rank_snake)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   表示用于排序参数拟合的单条真值轮廓,记录该轮廓的坐标与相关属性。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「排序用真值轮廓」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「排序用真值轮廓」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

pf_snake · 拟合轮廓对象

util | 0.01 MB | 1 个文件

定义参数拟合中使用的轮廓对象,包括由种子生长出的轮廓与真值轮廓两类表示。

包含文件:pf_snake.py
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【拟合轮廓对象(pf_snake)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   定义参数拟合中使用的轮廓对象,包括由种子生长出的轮廓与真值轮廓两类表示。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「拟合轮廓对象」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「拟合轮廓对象」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

pixelshuffle · 像素重排

util | 0 MB | 1 个文件

按通道对像素进行重排,既可用于上采样与超分辨率网络,也能实现图像通道重组。

包含文件:pixelshuffle.py
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【像素重排(pixelshuffle)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   按通道对像素进行重排,既可用于上采样与超分辨率网络,也能实现图像通道重组。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「像素重排」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「像素重排」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

snake_grow · 蛇模型轮廓生长

util | 0.01 MB | 1 个文件

控制蛇模型轮廓的生长与扩张过程,经多次迭代逐步逼近并贴合目标细胞边界。

包含文件:snake_grow.py
安装教程(点击展开)
【蛇模型轮廓生长(snake_grow)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   控制蛇模型轮廓的生长与扩张过程,经多次迭代逐步逼近并贴合目标细胞边界。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「蛇模型轮廓生长」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「蛇模型轮廓生长」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

test_edgedetection · 边缘检测测试

util | 0 MB | 1 个文件

示例测试插件,用于演示并验证边缘检测处理在图像上的响应与效果。

包含文件:test_edgedetection.py
安装教程(点击展开)
【边缘检测测试(test_edgedetection)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   示例测试插件,用于演示并验证边缘检测处理在图像上的响应与效果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「边缘检测测试」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「边缘检测测试」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

test_gammacorrection · 伽马校正测试

util | 0 MB | 1 个文件

示例测试插件,用于演示伽马校正对图像亮度与对比度的调整效果。

包含文件:test_gammacorrection.py
安装教程(点击展开)
【伽马校正测试(test_gammacorrection)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   示例测试插件,用于演示伽马校正对图像亮度与对比度的调整效果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「伽马校正测试」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「伽马校正测试」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
   开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。

test_mergeobjects · 对象合并测试

util | 0.01 MB | 1 个文件

示例测试插件,演示把相邻或符合条件的多个对象合并为一个对象。

包含文件:test_mergeobjects.py
安装教程(点击展开)
【对象合并测试(test_mergeobjects)安装教程】—— CellProfiler

■ 前置条件
   · 已安装 CellProfiler 4.x。

■ 本插件是什么
   示例测试插件,演示把相邻或符合条件的多个对象合并为一个对象。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
   · .py 是插件脚本本体。

■ 安装步骤
   1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
   2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
   3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
   4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「对象合并测试」即可拖入流程使用。
   5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。

■ 常见问题
   · 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
   · 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「对象合并测试」,即为成功。
   · 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
   · 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
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