CellProfiler 插件合集(共 100 个)
细胞图像定量分析平台的官方插件模块 | 分类:病理图片处理 | 每个插件都附中文说明与安装教程,下载走百度网盘 / 夸克网盘。
插件清单
DoGNet · DoGNet 突触检测
ai | 0.01 MB | 1 个文件
基于 DoG 特征与深度神经网络的突触检测模块,输入突触蛋白通道图像,输出突触位置预测图供后续分析。
包含文件:DoGNet.py
安装教程(点击展开)
【DoGNet 突触检测(DoGNet)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
基于 DoG 特征与深度神经网络的突触检测模块,输入突触蛋白通道图像,输出突触位置预测图供后续分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「DoGNet 突触检测」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「DoGNet 突触检测」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
nucleaizer · NucleAIzer 细胞核分割
ai | 0.01 MB | 1 个文件
基于深度学习的细胞核识别模块,需要额外安装相关依赖并准备模型文件才能正常使用。
包含文件:nucleaizer.py
安装教程(点击展开)
【NucleAIzer 细胞核分割(nucleaizer)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
基于深度学习的细胞核识别模块,需要额外安装相关依赖并准备模型文件才能正常使用。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「NucleAIzer 细胞核分割」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「NucleAIzer 细胞核分割」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
predict · 像素分类预测
ai | 0.01 MB | 1 个文件
调用已训练的像素分类模型对图像进行预测并生成概率图,现已建议改用 ilastik 相关插件。
包含文件:predict.py
安装教程(点击展开)
【像素分类预测(predict)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
调用已训练的像素分类模型对图像进行预测并生成概率图,现已建议改用 ilastik 相关插件。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「像素分类预测」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「像素分类预测」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
runcellpose · 运行Cellpose
ai | 0.06 MB | 1 个文件
调用 Cellpose 深度学习模型完成细胞分割,无需自行训练即可分割多种细胞与细胞核。
包含文件:runcellpose.py
安装教程(点击展开)
【运行Cellpose(runcellpose)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
调用 Cellpose 深度学习模型完成细胞分割,无需自行训练即可分割多种细胞与细胞核。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「运行Cellpose」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「运行Cellpose」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
boxobjects · 对象框定
annot | 0.02 MB | 1 个文件
用矩形边界框标注检测到的对象并输出坐标,便于与目标检测结果对接或对区域做裁剪。
包含文件:boxobjects.py
安装教程(点击展开)
【对象框定(boxobjects)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
用矩形边界框标注检测到的对象并输出坐标,便于与目标检测结果对接或对区域做裁剪。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「对象框定」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「对象框定」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
index · 极坐标索引结构
batch | 0 MB | 1 个文件
CellStar 中的索引结构,便于用一次数组运算批量处理角度与半径方向上的采样点。
包含文件:index.py
安装教程(点击展开)
【极坐标索引结构(index)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
CellStar 中的索引结构,便于用一次数组运算批量处理角度与半径方向上的采样点。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「极坐标索引结构」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「极坐标索引结构」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
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pf_mutator · 参数变异器
batch | 0.01 MB | 1 个文件
对流程参数进行变异以生成新的参数组合,通常与自动优化模块配合完成参数搜索。
包含文件:pf_mutator.py
安装教程(点击展开)
【参数变异器(pf_mutator)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
对流程参数进行变异以生成新的参数组合,通常与自动优化模块配合完成参数搜索。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「参数变异器」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「参数变异器」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
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pf_process · 流程执行单元
batch | 0.02 MB | 1 个文件
执行单次流程处理并回收各项输出结果,是参数优化与批量运行框架中的基础执行单元。
包含文件:pf_process.py
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【流程执行单元(pf_process)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
执行单次流程处理并回收各项输出结果,是参数优化与批量运行框架中的基础执行单元。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「流程执行单元」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「流程执行单元」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
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pf_rank_process · 结果排序评估
batch | 0.01 MB | 1 个文件
在参数优化过程中按评价指标对多次运行结果排序,挑选表现最好的参数组合与流程。
包含文件:pf_rank_process.py
安装教程(点击展开)
【结果排序评估(pf_rank_process)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
在参数优化过程中按评价指标对多次运行结果排序,挑选表现最好的参数组合与流程。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「结果排序评估」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「结果排序评估」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
pf_runner · 拟合流程入口
batch | 0.01 MB | 1 个文件
参数拟合流程的入口脚本,可分别运行轮廓参数与排序参数这两套拟合过程。
包含文件:pf_runner.py
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【拟合流程入口(pf_runner)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
参数拟合流程的入口脚本,可分别运行轮廓参数与排序参数这两套拟合过程。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「拟合流程入口」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「拟合流程入口」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
runimagejscript · 运行ImageJ脚本
batch | 0.03 MB | 1 个文件
在流程中调用 ImageJ 或 Fiji 的宏与脚本,复用既有图像处理功能,扩展分析能力。
包含文件:runimagejscript.py
安装教程(点击展开)
【运行ImageJ脚本(runimagejscript)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
在流程中调用 ImageJ 或 Fiji 的宏与脚本,复用既有图像处理功能,扩展分析能力。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「运行ImageJ脚本」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「运行ImageJ脚本」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
setup · 安装配置脚本
batch | 0 MB | 1 个文件
提供软件安装与依赖配置脚本,完成运行环境初始化,便于快速部署该模块集。
包含文件:setup.py
安装教程(点击展开)
【安装配置脚本(setup)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
提供软件安装与依赖配置脚本,完成运行环境初始化,便于快速部署该模块集。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「安装配置脚本」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「安装配置脚本」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
test_runimagejscript · ImageJ脚本测试
batch | 0.01 MB | 1 个文件
ImageJ 脚本调用模块的测试用例,检查参数传递、脚本执行与结果返回是否正确。
包含文件:test_runimagejscript.py
安装教程(点击展开)
【ImageJ脚本测试(test_runimagejscript)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
ImageJ 脚本调用模块的测试用例,检查参数传递、脚本执行与结果返回是否正确。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「ImageJ脚本测试」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ImageJ脚本测试」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
filterobjects_stringmatch · 字符串筛选对象
filter | 0.01 MB | 1 个文件
按对象名称或元数据的字符串匹配规则筛选对象,仅保留命中的对象进入后续分析。
包含文件:filterobjects_stringmatch.py
安装教程(点击展开)
【字符串筛选对象(filterobjects_stringmatch)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
按对象名称或元数据的字符串匹配规则筛选对象,仅保留命中的对象进入后续分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「字符串筛选对象」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「字符串筛选对象」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
gaussian_byslice · 逐切片高斯滤波
filter | 0.01 MB | 1 个文件
对三维图像按 Z 切片逐层执行高斯平滑,避免层间混叠,适合各层噪声水平不同的数据。
包含文件:gaussian_byslice.py
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【逐切片高斯滤波(gaussian_byslice)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
对三维图像按 Z 切片逐层执行高斯平滑,避免层间混叠,适合各层噪声水平不同的数据。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「逐切片高斯滤波」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「逐切片高斯滤波」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
snake_filter · 蛇模型轮廓滤波
filter | 0.01 MB | 1 个文件
对蛇模型演化过程中的轮廓点做平滑与滤波,抑制噪声引起的抖动、自交与尖刺。
包含文件:snake_filter.py
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【蛇模型轮廓滤波(snake_filter)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
对蛇模型演化过程中的轮廓点做平滑与滤波,抑制噪声引起的抖动、自交与尖刺。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「蛇模型轮廓滤波」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「蛇模型轮廓滤波」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
test_laplacianofgaussian · 高斯拉普拉斯测试
filter | 0 MB | 1 个文件
示例测试插件,用于演示高斯拉普拉斯滤波检测亮斑目标的处理效果。
包含文件:test_laplacianofgaussian.py
安装教程(点击展开)
【高斯拉普拉斯测试(test_laplacianofgaussian)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
示例测试插件,用于演示高斯拉普拉斯滤波检测亮斑目标的处理效果。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「高斯拉普拉斯测试」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「高斯拉普拉斯测试」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
config · 配置模块
io | 0.01 MB | 1 个文件
集中存放流程运行所需的参数与配置读取逻辑,为其余模块提供统一的设置入口。
包含文件:config.py
安装教程(点击展开)
【配置模块(config)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
集中存放流程运行所需的参数与配置读取逻辑,为其余模块提供统一的设置入口。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「配置模块」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「配置模块」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
conftest · 测试配置文件
io | 0.01 MB | 1 个文件
测试环境的公共配置文件,定义测试夹具与初始化逻辑,便于批量运行各模块测试。
包含文件:conftest.py
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【测试配置文件(conftest)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
测试环境的公共配置文件,定义测试夹具与初始化逻辑,便于批量运行各模块测试。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「测试配置文件」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「测试配置文件」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
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image_repo · 图像仓库
io | 0.02 MB | 1 个文件
图像仓库管理模块,负责图像的载入、缓存与按需读取,为分析流程统一提供图像数据。
包含文件:image_repo.py
安装教程(点击展开)
【图像仓库(image_repo)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
图像仓库管理模块,负责图像的载入、缓存与按需读取,为分析流程统一提供图像数据。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「图像仓库」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「图像仓库」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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callbarcodes · 条形码识别
measure | 0.02 MB | 1 个文件
识别细胞或微珠上携带的条形码标签,逐对象读取编码信息并记录到测量结果中。
包含文件:callbarcodes.py
安装教程(点击展开)
【条形码识别(callbarcodes)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
识别细胞或微珠上携带的条形码标签,逐对象读取编码信息并记录到测量结果中。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「条形码识别」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「条形码识别」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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compensatecolors · 荧光颜色补偿
measure | 0.02 MB | 1 个文件
对多通道荧光图像做光谱串扰补偿,扣除通道间溢色,使各通道强度更接近真实信号。
包含文件:compensatecolors.py
安装教程(点击展开)
【荧光颜色补偿(compensatecolors)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
对多通道荧光图像做光谱串扰补偿,扣除通道间溢色,使各通道强度更接近真实信号。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「荧光颜色补偿」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「荧光颜色补偿」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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convertoutlinestoobjects · 轮廓转对象
measure | 0 MB | 1 个文件
把图像中的轮廓线或封闭边界转换为可测量的对象标签,便于接续做测量与统计。
包含文件:convertoutlinestoobjects.py
安装教程(点击展开)
【轮廓转对象(convertoutlinestoobjects)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
把图像中的轮廓线或封闭边界转换为可测量的对象标签,便于接续做测量与统计。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「轮廓转对象」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「轮廓转对象」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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enhancedmeasuretexture · 增强纹理测量
measure | 0.05 MB | 1 个文件
在常规纹理测量基础上扩展尺度与方向组合,为每个对象输出更丰富的纹理特征。
包含文件:enhancedmeasuretexture.py
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【增强纹理测量(enhancedmeasuretexture)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
在常规纹理测量基础上扩展尺度与方向组合,为每个对象输出更丰富的纹理特征。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「增强纹理测量」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「增强纹理测量」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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exporttocellh5 · 导出 CellH5
measure | 0.03 MB | 1 个文件
把测量数据、对象及其相互关系与图像导出为 CellH5 格式,便于后续浏览、交换与共享。
包含文件:exporttocellh5.py
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【导出 CellH5(exporttocellh5)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
把测量数据、对象及其相互关系与图像导出为 CellH5 格式,便于后续浏览、交换与共享。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「导出 CellH5」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「导出 CellH5」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
histogrammatching · 直方图匹配
measure | 0.01 MB | 1 个文件
将图像直方图匹配到参考图像的分布,用于多通道或多批次图像的光照与染色归一化。
包含文件:histogrammatching.py
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【直方图匹配(histogrammatching)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
将图像直方图匹配到参考图像的分布,用于多通道或多批次图像的光照与染色归一化。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「直方图匹配」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「直方图匹配」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
identifylinearobjects · 线性对象识别
measure | 0.03 MB | 1 个文件
识别血管、神经纤维等细长线状目标,结合增强与骨架化步骤输出线状对象及其测量值。
包含文件:identifylinearobjects.py
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【线性对象识别(identifylinearobjects)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
识别血管、神经纤维等细长线状目标,结合增强与骨架化步骤输出线状对象及其测量值。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「线性对象识别」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「线性对象识别」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
imagegradient · 图像梯度
measure | 0.01 MB | 1 个文件
计算图像的局部梯度,用于寻找对象边界;亮区域边缘像素强度最高,背景与区域中心较低。
包含文件:imagegradient.py
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【图像梯度(imagegradient)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
计算图像的局部梯度,用于寻找对象边界;亮区域边缘像素强度最高,背景与区域中心较低。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「图像梯度」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「图像梯度」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
measure_population_context · 群体背景测量
measure | 0.02 MB | 1 个文件
根据对象邻域计算细胞密度与到边缘的距离,输出邻域计数以及基于 Ripley's K 的密度值。
包含文件:measure_population_context.py
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【群体背景测量(measure_population_context)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
根据对象邻域计算细胞密度与到边缘的距离,输出邻域计数以及基于 Ripley's K 的密度值。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「群体背景测量」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「群体背景测量」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
measureimagefocus · 图像聚焦度测量
measure | 0.01 MB | 1 个文件
评估图像的对焦质量,输出聚焦得分以及该得分对应的可信度指标,便于筛选模糊图像。
包含文件:measureimagefocus.py
安装教程(点击展开)
【图像聚焦度测量(measureimagefocus)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
评估图像的对焦质量,输出聚焦得分以及该得分对应的可信度指标,便于筛选模糊图像。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「图像聚焦度测量」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「图像聚焦度测量」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
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measureradialentropy · 径向熵测量
measure | 0.01 MB | 1 个文件
以对象质心为中心把对象分成扇形区域,测量各区域强度的均值、中位数或积分值。
包含文件:measureradialentropy.py
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【径向熵测量(measureradialentropy)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
以对象质心为中心把对象分成扇形区域,测量各区域强度的均值、中位数或积分值。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「径向熵测量」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「径向熵测量」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
point · 点对象定义
measure | 0 MB | 1 个文件
把图像中的点状标记定义为一类对象,用于统计荧光点、标记点等目标的位置与数量。
包含文件:point.py
安装教程(点击展开)
【点对象定义(point)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
把图像中的点状标记定义为一类对象,用于统计荧光点、标记点等目标的位置与数量。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「点对象定义」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「点对象定义」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
rescale_mean_sd · 均值标准差重缩放
measure | 0.01 MB | 1 个文件
按照指定的均值与标准差重新缩放图像强度,使不同图像之间的强度分布趋于一致。
包含文件:rescale_mean_sd.py
安装教程(点击展开)
【均值标准差重缩放(rescale_mean_sd)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
按照指定的均值与标准差重新缩放图像强度,使不同图像之间的强度分布趋于一致。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「均值标准差重缩放」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「均值标准差重缩放」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
rescale_mode_percentile · 众数百分位重缩放
measure | 0.01 MB | 1 个文件
以图像众数和指定百分位为基准重新缩放强度,减少极端像素对归一化结果的影响。
包含文件:rescale_mode_percentile.py
安装教程(点击展开)
【众数百分位重缩放(rescale_mode_percentile)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
以图像众数和指定百分位为基准重新缩放强度,减少极端像素对归一化结果的影响。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「众数百分位重缩放」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「众数百分位重缩放」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
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save16bitpngs · 保存16位PNG
measure | 0.01 MB | 1 个文件
将处理后的图像以 16 位 PNG 格式导出,保留较高的强度动态范围。
包含文件:save16bitpngs.py
安装教程(点击展开)
【保存16位PNG(save16bitpngs)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
将处理后的图像以 16 位 PNG 格式导出,保留较高的强度动态范围。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「保存16位PNG」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「保存16位PNG」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
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shollanalysis · Sholl分析
measure | 0.01 MB | 1 个文件
对神经元等分支结构做 Sholl 分析,统计不同半径处的分支交点数目。
包含文件:shollanalysis.py
安装教程(点击展开)
【Sholl分析(shollanalysis)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
对神经元等分支结构做 Sholl 分析,统计不同半径处的分支交点数目。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「Sholl分析」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Sholl分析」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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spectralanalysis · 光谱分析
measure | 0.06 MB | 1 个文件
对图像强度数据做光谱或频域分析,统计各频率成分的特征与分布。
包含文件:spectralanalysis.py
安装教程(点击展开)
【光谱分析(spectralanalysis)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
对图像强度数据做光谱或频域分析,统计各频率成分的特征与分布。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「光谱分析」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「光谱分析」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
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test_histogramequalization · 直方图均衡测试
measure | 0.01 MB | 1 个文件
直方图均衡模块的单元测试,验证不同图像与参数下的输出是否符合预期结果。
包含文件:test_histogramequalization.py
安装教程(点击展开)
【直方图均衡测试(test_histogramequalization)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
直方图均衡模块的单元测试,验证不同图像与参数下的输出是否符合预期结果。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「直方图均衡测试」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「直方图均衡测试」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
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test_imagegradient · 图像梯度测试
measure | 0 MB | 1 个文件
示例测试插件,用于计算并演示图像梯度,便于观察边缘强度的分布情况。
包含文件:test_imagegradient.py
安装教程(点击展开)
【图像梯度测试(test_imagegradient)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
示例测试插件,用于计算并演示图像梯度,便于观察边缘强度的分布情况。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「图像梯度测试」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「图像梯度测试」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
bridge · 对象桥接
oio | 0.01 MB | 1 个文件
把被切断或相邻的对象结构重新连接,将一条线状目标分成的多段结果桥接为完整对象。
包含文件:bridge.py
安装教程(点击展开)
【对象桥接(bridge)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
把被切断或相邻的对象结构重新连接,将一条线状目标分成的多段结果桥接为完整对象。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「对象桥接」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「对象桥接」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
server · 流程服务端
oio | 0.02 MB | 1 个文件
以服务方式对外提供流程运行与结果回传接口,支持远程调用与批量提交分析任务。
包含文件:server.py
安装教程(点击展开)
【流程服务端(server)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
以服务方式对外提供流程运行与结果回传接口,支持远程调用与批量提交分析任务。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「流程服务端」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「流程服务端」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
classifypixelsunet · U-Net 像素分类
oml | 0.01 MB | 1 个文件
基于 U-Net 的像素级分类器,可把像素分为背景、对象边缘与对象主体三类,现已不再维护。
包含文件:classifypixelsunet.py
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【U-Net 像素分类(classifypixelsunet)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
基于 U-Net 的像素级分类器,可把像素分为背景、对象边缘与对象主体三类,现已不再维护。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「U-Net 像素分类」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「U-Net 像素分类」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
edgedetection · 边缘检测
reg | 0.01 MB | 1 个文件
使用 Sobel 变换检测图像或体数据中的边缘,多通道图像会先转换为灰度再进行处理。
包含文件:edgedetection.py
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【边缘检测(edgedetection)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
使用 Sobel 变换检测图像或体数据中的边缘,多通道图像会先转换为灰度再进行处理。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「边缘检测」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「边缘检测」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
gammacorrection · 伽马校正
reg | 0 MB | 1 个文件
对图像施加非线性的伽马变换,用于编码或解码亮度值,调整图像显示的明暗层次。
包含文件:gammacorrection.py
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【伽马校正(gammacorrection)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
对图像施加非线性的伽马变换,用于编码或解码亮度值,调整图像显示的明暗层次。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「伽马校正」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「伽马校正」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
image_util · 图像处理工具
reg | 0.01 MB | 1 个文件
CellStar 算法附带的图像处理辅助函数集合,提供常用的图像变换与像素操作封装。
包含文件:image_util.py
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【图像处理工具(image_util)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
CellStar 算法附带的图像处理辅助函数集合,提供常用的图像变换与像素操作封装。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「图像处理工具」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「图像处理工具」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
polar_transform · 极坐标变换
reg | 0.01 MB | 1 个文件
把图像由直角坐标变换到极坐标,将环形结构展开为直线,便于分析核周与环状目标。
包含文件:polar_transform.py
安装教程(点击展开)
【极坐标变换(polar_transform)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
把图像由直角坐标变换到极坐标,将环形结构展开为直线,便于分析核周与环状目标。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「极坐标变换」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「极坐标变换」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
test_tophattransform · 顶帽变换测试
reg | 0 MB | 1 个文件
示例测试插件,用于演示顶帽变换增强小尺寸亮目标区域的图像处理效果。
包含文件:test_tophattransform.py
安装教程(点击展开)
【顶帽变换测试(test_tophattransform)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
示例测试插件,用于演示顶帽变换增强小尺寸亮目标区域的图像处理效果。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「顶帽变换测试」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「顶帽变换测试」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
tophattransform · 顶帽变换
reg | 0 MB | 1 个文件
通过顶帽变换抑制背景、增强比结构元素更小的亮目标,便于检出。
包含文件:tophattransform.py
安装教程(点击展开)
【顶帽变换(tophattransform)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
通过顶帽变换抑制背景、增强比结构元素更小的亮目标,便于检出。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「顶帽变换」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「顶帽变换」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
transform · 图像几何变换
reg | 0.02 MB | 1 个文件
提供旋转、缩放、平移与镜像等几何变换能力,用于图像配准与数据增强处理。
包含文件:transform.py
安装教程(点击展开)
【图像几何变换(transform)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
提供旋转、缩放、平移与镜像等几何变换能力,用于图像配准与数据增强处理。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「图像几何变换」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「图像几何变换」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
transformfilters · 变换滤波器
reg | 0.02 MB | 1 个文件
提供多种图像变换与滤波算子,可按流程需要自由组合来预处理输入图像。
包含文件:transformfilters.py
安装教程(点击展开)
【变换滤波器(transformfilters)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
提供多种图像变换与滤波算子,可按流程需要自由组合来预处理输入图像。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「变换滤波器」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「变换滤波器」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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transforms · 图像变换集合
reg | 0.02 MB | 1 个文件
汇集多种图像变换算法,供流程中按需组合调用来完成图像的预处理。
包含文件:transforms.py
安装教程(点击展开)
【图像变换集合(transforms)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
汇集多种图像变换算法,供流程中按需组合调用来完成图像的预处理。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「图像变换集合」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「图像变换集合」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
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activecontourmodel · 活动轮廓分割
seg | 0.03 MB | 1 个文件
采用活动轮廓(Snake)模型的细胞分割模块,初始轮廓经迭代演化贴合细胞边界,适合明场等低对比图像。
包含文件:activecontourmodel.py
安装教程(点击展开)
【活动轮廓分割(activecontourmodel)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
采用活动轮廓(Snake)模型的细胞分割模块,初始轮廓经迭代演化贴合细胞边界,适合明场等低对比图像。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「活动轮廓分割」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「活动轮廓分割」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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blobdetection · 斑点检测
seg | 0.02 MB | 1 个文件
基于尺度空间与高斯拉普拉斯响应检测圆形亮点,可定位细胞核、荧光珠等斑点状目标的位置。
包含文件:blobdetection.py
安装教程(点击展开)
【斑点检测(blobdetection)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
基于尺度空间与高斯拉普拉斯响应检测圆形亮点,可定位细胞核、荧光珠等斑点状目标的位置。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「斑点检测」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「斑点检测」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
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calculatehistogram · 直方图计算
seg | 0.02 MB | 1 个文件
统计图像或对象的灰度分布并输出直方图数据,用于评估成像质量与辅助选择阈值参数。
包含文件:calculatehistogram.py
安装教程(点击展开)
【直方图计算(calculatehistogram)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
统计图像或对象的灰度分布并输出直方图数据,用于评估成像质量与辅助选择阈值参数。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「直方图计算」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「直方图计算」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
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declump · 粘连对象拆分
seg | 0.01 MB | 1 个文件
基于种子分水岭方法拆分粘连对象,种子可取自欧氏距离变换的局部极大值或参考图像强度。
包含文件:declump.py
安装教程(点击展开)
【粘连对象拆分(declump)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
基于种子分水岭方法拆分粘连对象,种子可取自欧氏距离变换的局部极大值或参考图像强度。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「粘连对象拆分」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「粘连对象拆分」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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declumpobjects · 对象去粘连
seg | 0.01 MB | 1 个文件
对被判定为粘连的对象集合做分离,通过分水岭或强度谷切分得到单细胞级对象。
包含文件:declumpobjects.py
安装教程(点击展开)
【对象去粘连(declumpobjects)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
对被判定为粘连的对象集合做分离,通过分水岭或强度谷切分得到单细胞级对象。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「对象去粘连」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「对象去粘连」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
distancetransform · 距离变换
seg | 0.01 MB | 1 个文件
计算前景到背景的距离变换图,常作为分水岭分割与对象分离步骤的输入图像。
包含文件:distancetransform.py
安装教程(点击展开)
【距离变换(distancetransform)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
计算前景到背景的距离变换图,常作为分水岭分割与对象分离步骤的输入图像。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「距离变换」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「距离变换」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
histogramequalization · 直方图均衡化
seg | 0.01 MB | 1 个文件
通过重新分配灰度直方图增强图像对比度,使暗弱结构更清晰,便于后续分割处理。
包含文件:histogramequalization.py
安装教程(点击展开)
【直方图均衡化(histogramequalization)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
通过重新分配灰度直方图增强图像对比度,使暗弱结构更清晰,便于后续分割处理。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「直方图均衡化」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「直方图均衡化」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
masktopbottomz · 上下Z层掩膜
seg | 0.01 MB | 1 个文件
按指定层数对三维图像做掩膜裁剪,去除顶部与底部模糊或无效切片,减少分析干扰。
包含文件:masktopbottomz.py
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【上下Z层掩膜(masktopbottomz)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
按指定层数对三维图像做掩膜裁剪,去除顶部与底部模糊或无效切片,减少分析干扰。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「上下Z层掩膜」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「上下Z层掩膜」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
mergeobjects · 小对象合并
seg | 0.01 MB | 1 个文件
把低于设定阈值的对象合并到相邻的主要对象中,保留原有标签,可在分割或标注之后使用。
包含文件:mergeobjects.py
安装教程(点击展开)
【小对象合并(mergeobjects)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
把低于设定阈值的对象合并到相邻的主要对象中,保留原有标签,可在分割或标注之后使用。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「小对象合并」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「小对象合并」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
pf_auto_params · 参数自动优化
seg | 0.01 MB | 1 个文件
面向流程的参数自动搜索模块,在多组参数中挑选使分割或测量效果最佳的配置。
包含文件:pf_auto_params.py
安装教程(点击展开)
【参数自动优化(pf_auto_params)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
面向流程的参数自动搜索模块,在多组参数中挑选使分割或测量效果最佳的配置。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「参数自动优化」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「参数自动优化」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
randomwalkeralgorithm · 随机游走分割
seg | 0.01 MB | 1 个文件
使用随机游走算法对图像进行分割,单通道图像支持二维与三维两种情况。
包含文件:randomwalkeralgorithm.py
安装教程(点击展开)
【随机游走分割(randomwalkeralgorithm)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
使用随机游走算法对图像进行分割,单通道图像支持二维与三维两种情况。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「随机游走分割」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「随机游走分割」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
rescaleintensityslicewise · 逐切片强度重缩放
seg | 0.02 MB | 1 个文件
对三维图像逐 Z 切片独立重缩放像素强度,消除层间亮度差异,改善三维分割一致性。
包含文件:rescaleintensityslicewise.py
安装教程(点击展开)
【逐切片强度重缩放(rescaleintensityslicewise)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
对三维图像逐 Z 切片独立重缩放像素强度,消除层间亮度差异,改善三维分割一致性。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「逐切片强度重缩放」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「逐切片强度重缩放」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
runilastik · 运行ilastik
seg | 0.01 MB | 1 个文件
调用 ilastik 像素分类器对图像进行语义分割,输出概率图或对象掩膜用于后续分析。
包含文件:runilastik.py
安装教程(点击展开)
【运行ilastik(runilastik)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
调用 ilastik 像素分类器对图像进行语义分割,输出概率图或对象掩膜用于后续分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「运行ilastik」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「运行ilastik」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
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runimagej · 运行ImageJ宏
seg | 0.01 MB | 1 个文件
在图像处理流程中执行 ImageJ 宏,借助 ImageJ 的功能完成图像处理或分割。
包含文件:runimagej.py
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【运行ImageJ宏(runimagej)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
在图像处理流程中执行 ImageJ 宏,借助 ImageJ 的功能完成图像处理或分割。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「运行ImageJ宏」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「运行ImageJ宏」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
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runomnipose · 运行Omnipose
seg | 0.03 MB | 1 个文件
调用 Omnipose 模型分割细菌、细长与丝状细胞,对形态复杂、边界模糊的目标效果好。
包含文件:runomnipose.py
安装教程(点击展开)
【运行Omnipose(runomnipose)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
调用 Omnipose 模型分割细菌、细长与丝状细胞,对形态复杂、边界模糊的目标效果好。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「运行Omnipose」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「运行Omnipose」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
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runstardist · 运行StarDist
seg | 0.02 MB | 1 个文件
调用 StarDist 星凸模型检测并分割细胞核,对密集贴合、相互接触的细胞核效果较好。
包含文件:runstardist.py
安装教程(点击展开)
【运行StarDist(runstardist)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
调用 StarDist 星凸模型检测并分割细胞核,对密集贴合、相互接触的细胞核效果较好。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「运行StarDist」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「运行StarDist」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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runvista2d · 运行VISTA2D
seg | 0.03 MB | 1 个文件
调用 VISTA2D 模型完成二维细胞分割,适合明场等低对比度显微图像中的细胞识别。
包含文件:runvista2d.py
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【运行VISTA2D(runvista2d)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
调用 VISTA2D 模型完成二维细胞分割,适合明场等低对比度显微图像中的细胞识别。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「运行VISTA2D」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「运行VISTA2D」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
seed · 分割种子生成
seg | 0 MB | 1 个文件
为分水岭或区域生长算法生成种子点,也可设定随机数种子以保证分析结果可复现。
包含文件:seed.py
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【分割种子生成(seed)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
为分水岭或区域生长算法生成种子点,也可设定随机数种子以保证分析结果可复现。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「分割种子生成」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分割种子生成」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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seeder · 种子点管理器
seg | 0.01 MB | 1 个文件
生成并管理分割所需的种子点集合,决定区域生长的起始位置、数量与分布方式。
包含文件:seeder.py
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【种子点管理器(seeder)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
生成并管理分割所需的种子点集合,决定区域生长的起始位置、数量与分布方式。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「种子点管理器」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「种子点管理器」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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seedobjects · 对象种子标记
seg | 0.01 MB | 1 个文件
根据已有对象或图像区域为分割流程生成种子标记,用于引导对象分割。
包含文件:seedobjects.py
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【对象种子标记(seedobjects)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
根据已有对象或图像区域为分割流程生成种子标记,用于引导对象分割。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「对象种子标记」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「对象种子标记」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
segmentation · 图像分割
seg | 0.01 MB | 1 个文件
对输入图像执行分割处理,把前景区域划分为可供后续测量与分析的对象。
包含文件:segmentation.py
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【图像分割(segmentation)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
对输入图像执行分割处理,把前景区域划分为可供后续测量与分析的对象。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「图像分割」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「图像分割」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
snake · 主动轮廓蛇模型
seg | 0.02 MB | 1 个文件
主动轮廓(Snake)算法的实现,通过能量最小化让曲线逐步贴合细胞边界完成分割。
包含文件:snake.py
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【主动轮廓蛇模型(snake)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
主动轮廓(Snake)算法的实现,通过能量最小化让曲线逐步贴合细胞边界完成分割。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「主动轮廓蛇模型」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「主动轮廓蛇模型」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
test_constrainobjects · 对象约束测试
seg | 0.01 MB | 1 个文件
示例测试插件,演示按给定条件约束或筛选已分割对象的使用方法。
包含文件:test_constrainobjects.py
安装教程(点击展开)
【对象约束测试(test_constrainobjects)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
示例测试插件,演示按给定条件约束或筛选已分割对象的使用方法。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「对象约束测试」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「对象约束测试」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
test_identifyyeastcells · 酵母细胞识别测试
seg | 0.04 MB | 1 个文件
示例测试插件,用于演示识别酵母细胞的分割流程与相关参数设置方法。
包含文件:test_identifyyeastcells.py
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【酵母细胞识别测试(test_identifyyeastcells)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
示例测试插件,用于演示识别酵母细胞的分割流程与相关参数设置方法。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「酵母细胞识别测试」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「酵母细胞识别测试」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
test_randomwalkeralgorithm · 随机游走算法测试
seg | 0 MB | 1 个文件
示例测试插件,演示随机游走算法在图像分割中的效果与参数调节。
包含文件:test_randomwalkeralgorithm.py
安装教程(点击展开)
【随机游走算法测试(test_randomwalkeralgorithm)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
示例测试插件,演示随机游走算法在图像分割中的效果与参数调节。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「随机游走算法测试」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「随机游走算法测试」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
test_runvista2d · VISTA2D测试
seg | 0.01 MB | 1 个文件
VISTA2D 分割模块的测试用例,校验模型加载、图像输入与分割输出是否正常。
包含文件:test_runvista2d.py
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【VISTA2D测试(test_runvista2d)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
VISTA2D 分割模块的测试用例,校验模型加载、图像输入与分割输出是否正常。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「VISTA2D测试」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「VISTA2D测试」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
test_seedobjects · 种子对象测试
seg | 0.01 MB | 1 个文件
示例测试插件,用于演示为分割流程生成并使用种子对象的完整用法。
包含文件:test_seedobjects.py
安装教程(点击展开)
【种子对象测试(test_seedobjects)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
示例测试插件,用于演示为分割流程生成并使用种子对象的完整用法。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「种子对象测试」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「种子对象测试」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
testallthresholds · 全部阈值测试
seg | 0.03 MB | 1 个文件
示例测试插件,用多种阈值方法处理同一图像,便于对比分割效果。
包含文件:testallthresholds.py
安装教程(点击展开)
【全部阈值测试(testallthresholds)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
示例测试插件,用多种阈值方法处理同一图像,便于对比分割效果。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「全部阈值测试」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「全部阈值测试」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
thresh_all · 全部阈值方法
seg | 0.03 MB | 1 个文件
一次应用多种阈值方法生成多组分割结果,用于对比不同阈值效果。
包含文件:thresh_all.py
安装教程(点击展开)
【全部阈值方法(thresh_all)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
一次应用多种阈值方法生成多组分割结果,用于对比不同阈值效果。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「全部阈值方法」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「全部阈值方法」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
variancetransform · 方差变换增强
seg | 0.01 MB | 1 个文件
基于局部方差对图像做变换增强,突出纹理与边缘细节,便于后续分割与目标检测。
包含文件:variancetransform.py
安装教程(点击展开)
【方差变换增强(variancetransform)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
基于局部方差对图像做变换增强,突出纹理与边缘细节,便于后续分割与目标检测。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「方差变换增强」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「方差变换增强」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
addnoise · 图像加噪
three | 0.01 MB | 1 个文件
向图像添加高斯、泊松或椒盐噪声,常用于数据集扩充与算法鲁棒性检验,支持二维与三维图像。
包含文件:addnoise.py
安装教程(点击展开)
【图像加噪(addnoise)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
向图像添加高斯、泊松或椒盐噪声,常用于数据集扩充与算法鲁棒性检验,支持二维与三维图像。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「图像加噪」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「图像加噪」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
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laplacianofgaussian · 高斯拉普拉斯滤波
track | 0 MB | 1 个文件
对图像应用高斯拉普拉斯滤波,用于增强边缘与斑点结构,常见于细胞图像预处理。
包含文件:laplacianofgaussian.py
安装教程(点击展开)
【高斯拉普拉斯滤波(laplacianofgaussian)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
对图像应用高斯拉普拉斯滤波,用于增强边缘与斑点结构,常见于细胞图像预处理。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「高斯拉普拉斯滤波」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「高斯拉普拉斯滤波」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
measuretrackquality · 轨迹质量测量
track | 0.04 MB | 1 个文件
对追踪得到的对象轨迹进行质量评估,输出用于判断轨迹是否可靠的测量指标。
包含文件:measuretrackquality.py
安装教程(点击展开)
【轨迹质量测量(measuretrackquality)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
对追踪得到的对象轨迹进行质量评估,输出用于判断轨迹是否可靠的测量指标。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「轨迹质量测量」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「轨迹质量测量」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
test_blobdetection · 斑点检测测试
track | 0.01 MB | 1 个文件
示例测试插件,用于演示和验证斑点检测功能在当前流程中的效果。
包含文件:test_blobdetection.py
安装教程(点击展开)
【斑点检测测试(test_blobdetection)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
示例测试插件,用于演示和验证斑点检测功能在当前流程中的效果。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「斑点检测测试」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「斑点检测测试」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
test_measuretrackquality · 追踪质量测量测试
track | 0.01 MB | 1 个文件
示例测试插件,用于演示对目标跟踪结果进行质量测量与可靠性评估。
包含文件:test_measuretrackquality.py
安装教程(点击展开)
【追踪质量测量测试(test_measuretrackquality)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
示例测试插件,用于演示对目标跟踪结果进行质量测量与可靠性评估。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「追踪质量测量测试」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「追踪质量测量测试」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
calc_util · 轮廓计算工具
util | 0.01 MB | 1 个文件
CellStar 算法中的计算工具集合,提供轮廓生长与评估过程中使用的多种计算函数。
包含文件:calc_util.py
安装教程(点击展开)
【轮廓计算工具(calc_util)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
CellStar 算法中的计算工具集合,提供轮廓生长与评估过程中使用的多种计算函数。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「轮廓计算工具」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「轮廓计算工具」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
calculatemoments · 图像矩计算
util | 0.02 MB | 1 个文件
计算对象的零阶至高阶图像矩,如重心、方向、偏度与峰度,作为形状描述与分类特征。
包含文件:calculatemoments.py
安装教程(点击展开)
【图像矩计算(calculatemoments)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
计算对象的零阶至高阶图像矩,如重心、方向、偏度与峰度,作为形状描述与分类特征。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「图像矩计算」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「图像矩计算」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
constrainobjects · 对象范围约束
util | 0.01 MB | 1 个文件
移除对象超出父对象边界的部分,前提是对象之间存在对应关系,可先用关联对象模块建立关系。
包含文件:constrainobjects.py
安装教程(点击展开)
【对象范围约束(constrainobjects)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
移除对象超出父对象边界的部分,前提是对象之间存在对应关系,可先用关联对象模块建立关系。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「对象范围约束」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「对象范围约束」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
debug_util · 调试分析工具
util | 0.01 MB | 1 个文件
CellStar 插件的调试与性能分析工具集合,用于排查运行中的问题并评估各步骤耗时。
包含文件:debug_util.py
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【调试分析工具(debug_util)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
CellStar 插件的调试与性能分析工具集合,用于排查运行中的问题并评估各步骤耗时。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「调试分析工具」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「调试分析工具」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
enforceobjectsonetoone · 对象一对一匹配
util | 0.02 MB | 1 个文件
强制两套对象集之间建立一对一对应关系,剔除多对多与孤立对象,便于配对比较分析。
包含文件:enforceobjectsonetoone.py
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【对象一对一匹配(enforceobjectsonetoone)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
强制两套对象集之间建立一对一对应关系,剔除多对多与孤立对象,便于配对比较分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「对象一对一匹配」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「对象一对一匹配」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
identifyyeastcells · 酵母细胞识别
util | 0.05 MB | 1 个文件
识别酵母等圆形对象,主要面向明场灰度图像,内置参数拟合机制以适应不同的成像条件。
包含文件:identifyyeastcells.py
安装教程(点击展开)
【酵母细胞识别(identifyyeastcells)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
识别酵母等圆形对象,主要面向明场灰度图像,内置参数拟合机制以适应不同的成像条件。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「酵母细胞识别」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「酵母细胞识别」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
params_util · 参数处理工具
util | 0.01 MB | 1 个文件
CellStar 中的参数工具模块,用于参数操作以及精度与参数之间的映射处理。
包含文件:params_util.py
安装教程(点击展开)
【参数处理工具(params_util)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
CellStar 中的参数工具模块,用于参数操作以及精度与参数之间的映射处理。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「参数处理工具」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「参数处理工具」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
pf_rank_snake · 排序用真值轮廓
util | 0 MB | 1 个文件
表示用于排序参数拟合的单条真值轮廓,记录该轮廓的坐标与相关属性。
包含文件:pf_rank_snake.py
安装教程(点击展开)
【排序用真值轮廓(pf_rank_snake)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
表示用于排序参数拟合的单条真值轮廓,记录该轮廓的坐标与相关属性。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「排序用真值轮廓」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「排序用真值轮廓」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
pf_snake · 拟合轮廓对象
util | 0.01 MB | 1 个文件
定义参数拟合中使用的轮廓对象,包括由种子生长出的轮廓与真值轮廓两类表示。
包含文件:pf_snake.py
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【拟合轮廓对象(pf_snake)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
定义参数拟合中使用的轮廓对象,包括由种子生长出的轮廓与真值轮廓两类表示。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「拟合轮廓对象」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「拟合轮廓对象」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
pixelshuffle · 像素重排
util | 0 MB | 1 个文件
按通道对像素进行重排,既可用于上采样与超分辨率网络,也能实现图像通道重组。
包含文件:pixelshuffle.py
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【像素重排(pixelshuffle)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
按通道对像素进行重排,既可用于上采样与超分辨率网络,也能实现图像通道重组。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「像素重排」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「像素重排」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
snake_grow · 蛇模型轮廓生长
util | 0.01 MB | 1 个文件
控制蛇模型轮廓的生长与扩张过程,经多次迭代逐步逼近并贴合目标细胞边界。
包含文件:snake_grow.py
安装教程(点击展开)
【蛇模型轮廓生长(snake_grow)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
控制蛇模型轮廓的生长与扩张过程,经多次迭代逐步逼近并贴合目标细胞边界。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「蛇模型轮廓生长」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「蛇模型轮廓生长」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
test_edgedetection · 边缘检测测试
util | 0 MB | 1 个文件
示例测试插件,用于演示并验证边缘检测处理在图像上的响应与效果。
包含文件:test_edgedetection.py
安装教程(点击展开)
【边缘检测测试(test_edgedetection)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
示例测试插件,用于演示并验证边缘检测处理在图像上的响应与效果。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「边缘检测测试」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「边缘检测测试」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
test_gammacorrection · 伽马校正测试
util | 0 MB | 1 个文件
示例测试插件,用于演示伽马校正对图像亮度与对比度的调整效果。
包含文件:test_gammacorrection.py
安装教程(点击展开)
【伽马校正测试(test_gammacorrection)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
示例测试插件,用于演示伽马校正对图像亮度与对比度的调整效果。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「伽马校正测试」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「伽马校正测试」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
test_mergeobjects · 对象合并测试
util | 0.01 MB | 1 个文件
示例测试插件,演示把相邻或符合条件的多个对象合并为一个对象。
包含文件:test_mergeobjects.py
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【对象合并测试(test_mergeobjects)安装教程】—— CellProfiler
■ 前置条件
· 已安装 CellProfiler 4.x。
■ 本插件是什么
示例测试插件,演示把相邻或符合条件的多个对象合并为一个对象。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:Python 脚本(.py)。
· .py 是插件脚本本体。
■ 安装步骤
1. 打开 CellProfiler → File → Preferences(首选项)。
2. 在「CellProfiler plugins directory」里填入一个你专门放插件的文件夹,保存。
3. 把本目录的 .py 文件复制进该文件夹。
4. 重启 CellProfiler,在模块列表里搜索「对象合并测试」即可拖入流程使用。
5. 高级用法:也可把 .py 放到 CellProfiler 安装目录的 plugins/ 下。
■ 常见问题
· 模块列表里搜不到:确认文件名没有被改成 xxx.py.txt;确认重启过软件。
· 报错 ImportError:插件依赖的 Python 库未安装,按报错提示 pip install。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「对象合并测试」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
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