Cytomine 插件合集（共 7 个）

【BigPicture 工具集（bigpicture-utils）安装教程】—— Cytomine

■ 前置条件
   · 一台满足官方要求的服务器/主机（Ubuntu 或 Windows + Java 8 及以上）。

■ 本组件是什么
   BigPicture 工具集，为 Cytomine 内嵌的全切片图像查看器提供辅助脚本，用于切片读取与格式转换。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是该组件的源码/发布包，**不要直接双击运行**。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 到独立文件夹。
   2. 按组件类型处理：
      · 服务端组件（Core / Web / IMS）：按官方部署文档配置数据库与 Java 环境后启动。
      · 客户端/插件组件：把 jar 或源码编译结果放入 Cytomine 对应目录。
   3. 若是 Docker 部署，参考包内 docker 目录的 compose 文件。
   4. 首次启动后到 Cytomine 后台确认组件已注册。

■ 验证是否装好
   · 登录 Cytomine 后台，能看到对应功能模块/服务处于运行状态。

■ 常见问题
   · 启动报数据库连接失败：先确认 PostgreSQL / MongoDB 已就绪。
   · 端口冲突：修改配置文件里的端口后重启。

■ 来源与版权
   https://github.com/cytomine/bigpicture-utils
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BigPicture 工具集」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/cytomine/bigpicture-utils
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Cytomine 核心服务（cytomine）安装教程】—— Cytomine

■ 前置条件
   · 一台满足官方要求的服务器/主机（Ubuntu 或 Windows + Java 8 及以上）。

■ 本组件是什么
   Cytomine 核心服务，负责病理全切片图像存储、项目管理、标注数据与用户权限，是整个数字病理分析平台的中央后端。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是该组件的源码/发布包，**不要直接双击运行**。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 到独立文件夹。
   2. 按组件类型处理：
      · 服务端组件（Core / Web / IMS）：按官方部署文档配置数据库与 Java 环境后启动。
      · 客户端/插件组件：把 jar 或源码编译结果放入 Cytomine 对应目录。
   3. 若是 Docker 部署，参考包内 docker 目录的 compose 文件。
   4. 首次启动后到 Cytomine 后台确认组件已注册。

■ 验证是否装好
   · 登录 Cytomine 后台，能看到对应功能模块/服务处于运行状态。

■ 常见问题
   · 启动报数据库连接失败：先确认 PostgreSQL / MongoDB 已就绪。
   · 端口冲突：修改配置文件里的端口后重启。

■ 来源与版权
   https://github.com/cytomine/cytomine
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Cytomine 核心服务」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/cytomine/cytomine
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Cytomine 应用商店（cytomine-app-store）安装教程】—— Cytomine

■ 前置条件
   · 一台满足官方要求的服务器/主机（Ubuntu 或 Windows + Java 8 及以上）。

■ 本组件是什么
   Cytomine 应用商店，集中托管可安装运行的图像分析应用与算法容器，用户订阅后即可对切片批量跑分析任务。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是该组件的源码/发布包，**不要直接双击运行**。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 到独立文件夹。
   2. 按组件类型处理：
      · 服务端组件（Core / Web / IMS）：按官方部署文档配置数据库与 Java 环境后启动。
      · 客户端/插件组件：把 jar 或源码编译结果放入 Cytomine 对应目录。
   3. 若是 Docker 部署，参考包内 docker 目录的 compose 文件。
   4. 首次启动后到 Cytomine 后台确认组件已注册。

■ 验证是否装好
   · 登录 Cytomine 后台，能看到对应功能模块/服务处于运行状态。

■ 常见问题
   · 启动报数据库连接失败：先确认 PostgreSQL / MongoDB 已就绪。
   · 端口冲突：修改配置文件里的端口后重启。

■ 来源与版权
   https://github.com/cytomine/cytomine-app-store
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Cytomine 应用商店」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/cytomine/cytomine-app-store
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【项目迁移工具（Cytomine-project-migrator）安装教程】—— Cytomine

■ 前置条件
   · 一台满足官方要求的服务器/主机（Ubuntu 或 Windows + Java 8 及以上）。

■ 本组件是什么
   项目迁移工具，把旧版 Cytomine 的项目、图像、标注与用户元数据导出并导入新版服务器，便于平台升级时搬迁数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是该组件的源码/发布包，**不要直接双击运行**。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 到独立文件夹。
   2. 按组件类型处理：
      · 服务端组件（Core / Web / IMS）：按官方部署文档配置数据库与 Java 环境后启动。
      · 客户端/插件组件：把 jar 或源码编译结果放入 Cytomine 对应目录。
   3. 若是 Docker 部署，参考包内 docker 目录的 compose 文件。
   4. 首次启动后到 Cytomine 后台确认组件已注册。

■ 验证是否装好
   · 登录 Cytomine 后台，能看到对应功能模块/服务处于运行状态。

■ 常见问题
   · 启动报数据库连接失败：先确认 PostgreSQL / MongoDB 已就绪。
   · 端口冲突：修改配置文件里的端口后重启。

■ 来源与版权
   https://github.com/cytomine/Cytomine-project-migrator
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「项目迁移工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/cytomine/Cytomine-project-migrator
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【示例任务集（dummy-tasks）安装教程】—— Cytomine

■ 前置条件
   · 一台满足官方要求的服务器/主机（Ubuntu 或 Windows + Java 8 及以上）。

■ 本组件是什么
   示例任务集，提供若干最简可运行的 Cytomine 任务模板，演示参数定义、输入输出与容器打包方式，供开发新应用参考。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是该组件的源码/发布包，**不要直接双击运行**。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 到独立文件夹。
   2. 按组件类型处理：
      · 服务端组件（Core / Web / IMS）：按官方部署文档配置数据库与 Java 环境后启动。
      · 客户端/插件组件：把 jar 或源码编译结果放入 Cytomine 对应目录。
   3. 若是 Docker 部署，参考包内 docker 目录的 compose 文件。
   4. 首次启动后到 Cytomine 后台确认组件已注册。

■ 验证是否装好
   · 登录 Cytomine 后台，能看到对应功能模块/服务处于运行状态。

■ 常见问题
   · 启动报数据库连接失败：先确认 PostgreSQL / MongoDB 已就绪。
   · 端口冲突：修改配置文件里的端口后重启。

■ 来源与版权
   https://github.com/cytomine/dummy-tasks
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「示例任务集」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/cytomine/dummy-tasks
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【PIMS 插件示例（pims-plugin-format-example）安装教程】—— Cytomine

■ 前置条件
   · 一台满足官方要求的服务器/主机（Ubuntu 或 Windows + Java 8 及以上）。

■ 本组件是什么
   PIMS 插件格式示例，展示病理图像管理系统插件的目录结构与接口规范，供开发者照着实现自己格式的导入插件。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是该组件的源码/发布包，**不要直接双击运行**。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 到独立文件夹。
   2. 按组件类型处理：
      · 服务端组件（Core / Web / IMS）：按官方部署文档配置数据库与 Java 环境后启动。
      · 客户端/插件组件：把 jar 或源码编译结果放入 Cytomine 对应目录。
   3. 若是 Docker 部署，参考包内 docker 目录的 compose 文件。
   4. 首次启动后到 Cytomine 后台确认组件已注册。

■ 验证是否装好
   · 登录 Cytomine 后台，能看到对应功能模块/服务处于运行状态。

■ 常见问题
   · 启动报数据库连接失败：先确认 PostgreSQL / MongoDB 已就绪。
   · 端口冲突：修改配置文件里的端口后重启。

■ 来源与版权
   https://github.com/cytomine/pims-plugin-format-example
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「PIMS 插件示例」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/cytomine/pims-plugin-format-example
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【StarDist 分割任务（task-stardist）安装教程】—— Cytomine

■ 前置条件
   · 一台满足官方要求的服务器/主机（Ubuntu 或 Windows + Java 8 及以上）。

■ 本组件是什么
   StarDist 分割任务，基于 StarDist 模型对切片中细胞核做实例分割，接入 Cytomine 任务调度。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是该组件的源码/发布包，**不要直接双击运行**。

■ 安装步骤
   1. 解压本目录的 .zip 到独立文件夹。
   2. 按组件类型处理：
      · 服务端组件（Core / Web / IMS）：按官方部署文档配置数据库与 Java 环境后启动。
      · 客户端/插件组件：把 jar 或源码编译结果放入 Cytomine 对应目录。
   3. 若是 Docker 部署，参考包内 docker 目录的 compose 文件。
   4. 首次启动后到 Cytomine 后台确认组件已注册。

■ 验证是否装好
   · 登录 Cytomine 后台，能看到对应功能模块/服务处于运行状态。

■ 常见问题
   · 启动报数据库连接失败：先确认 PostgreSQL / MongoDB 已就绪。
   · 端口冲突：修改配置文件里的端口后重启。

■ 来源与版权
   https://github.com/cytomine/task-stardist
   官方开源发布，遵循其开源许可，仅作学习研究用途。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「StarDist 分割任务」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/cytomine/task-stardist
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。