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Digital Slide Archive Digital Slide Archive 插件合集(共 27 个)
数字病理存档平台(HistomicsUI / HistomicsTK 插件) | 分类:病理图片处理 | 每个插件都附中文说明与安装教程,下载走百度网盘 / 夸克网盘。
插件清单
annotation-tracker · 标注追踪插件
util | 0.04 MB | 1 个文件
Girder 插件,在 HistomicsUI 中记录病理图像标注的创建、修改与删除过程,形成可追溯的标注历史,方便多人协作时审计和复核每一处标注的来源。
包含文件:annotation-tracker-master.zip
安装教程(点击展开)
【标注追踪插件(annotation-tracker)安装教程】—— Digital Slide Archive
■ 前置条件
· 已按官方文档部署好 Digital Slide Archive / HistomicsUI(Docker 或系统安装)。
· 需要能进服务器命令行,并知道 DSA 的安装目录。
■ 本插件是什么
Girder 插件,在 HistomicsUI 中记录病理图像标注的创建、修改与删除过程,形成可追溯的标注历史,方便多人协作时审计和复核每一处标注的来源。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 为官方仓库源码包,解压后按下面方式安装。
· 部分目录带 <插件名>.xml + python 文件,那是 HistomicsTK 的算法插件(CLI 模块)。
■ 安装步骤(Girder 插件,即 HistomicsUI 侧边栏功能)
1. 解压本目录的包。
2. 在 DSA 的 Python 环境里执行: pip install -e 解压目录
3. 把插件名加进 Girder 配置(girder.cfg 的 plugins 列表),或在管理页面 Plugins 里启用。
4. 重启 DSA(docker compose restart 或重启服务),刷新网页即可看到入口。
■ 安装步骤(HistomicsTK 算法插件)
1. 把插件目录放进 HistomicsTK 的 CLI 插件目录(或按官方 README 用 girder 注册)。
2. 重启 DSA,在 HistomicsUI 的 Analysis 面板里就能选到该算法。
■ 验证是否装好
· 网页左侧/分析菜单里出现对应功能名,即为成功。
■ 常见问题
· 页面没变化:插件装完必须重启服务,浏览器清缓存再刷新。
· 依赖报错:插件要求的 Python 包要在 DSA 的同一个环境里装。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/annotation-tracker
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「标注追踪插件」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/annotation-tracker
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
BackgroundIntensity · 背景强度计算
util | 0.01 MB | 1 个文件
数字病理存档平台的官方算法插件,用于估算全片病理图像各区域的背景强度分布,为后续的细胞分割、染色归一化和阈值分析提供可靠的背景基准。
包含文件:BackgroundIntensity-master.zip
安装教程(点击展开)
【背景强度计算(BackgroundIntensity)安装教程】—— Digital Slide Archive
■ 前置条件
· 已按官方文档部署好 Digital Slide Archive / HistomicsUI(Docker 或系统安装)。
· 需要能进服务器命令行,并知道 DSA 的安装目录。
■ 本插件是什么
数字病理存档平台的官方算法插件,用于估算全片病理图像各区域的背景强度分布,为后续的细胞分割、染色归一化和阈值分析提供可靠的背景基准。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 为官方仓库源码包,解压后按下面方式安装。
· 部分目录带 <插件名>.xml + python 文件,那是 HistomicsTK 的算法插件(CLI 模块)。
■ 安装步骤(Girder 插件,即 HistomicsUI 侧边栏功能)
1. 解压本目录的包。
2. 在 DSA 的 Python 环境里执行: pip install -e 解压目录
3. 把插件名加进 Girder 配置(girder.cfg 的 plugins 列表),或在管理页面 Plugins 里启用。
4. 重启 DSA(docker compose restart 或重启服务),刷新网页即可看到入口。
■ 安装步骤(HistomicsTK 算法插件)
1. 把插件目录放进 HistomicsTK 的 CLI 插件目录(或按官方 README 用 girder 注册)。
2. 重启 DSA,在 HistomicsUI 的 Analysis 面板里就能选到该算法。
■ 验证是否装好
· 网页左侧/分析菜单里出现对应功能名,即为成功。
■ 常见问题
· 页面没变化:插件装完必须重启服务,浏览器清缓存再刷新。
· 依赖报错:插件要求的 Python 包要在 DSA 的同一个环境里装。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/HistomicsTK/tree/master/histomicstk/cli/BackgroundIntensity
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「背景强度计算」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/HistomicsTK/tree/master/histomicstk/cli/BackgroundIntensity
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
CNNCellDetection · CNN 细胞核检测
util | 7.45 MB | 1 个文件
基于深度学习目标检测模型的细胞核检测工具,把主流的卷积神经网络适配到组织学病理图像中,可自动定位并框出图像里的细胞核目标。
包含文件:CNNCellDetection-master.zip
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【CNN 细胞核检测(CNNCellDetection)安装教程】—— Digital Slide Archive
■ 前置条件
· 已按官方文档部署好 Digital Slide Archive / HistomicsUI(Docker 或系统安装)。
· 需要能进服务器命令行,并知道 DSA 的安装目录。
■ 本插件是什么
基于深度学习目标检测模型的细胞核检测工具,把主流的卷积神经网络适配到组织学病理图像中,可自动定位并框出图像里的细胞核目标。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 为官方仓库源码包,解压后按下面方式安装。
· 部分目录带 <插件名>.xml + python 文件,那是 HistomicsTK 的算法插件(CLI 模块)。
■ 安装步骤(Girder 插件,即 HistomicsUI 侧边栏功能)
1. 解压本目录的包。
2. 在 DSA 的 Python 环境里执行: pip install -e 解压目录
3. 把插件名加进 Girder 配置(girder.cfg 的 plugins 列表),或在管理页面 Plugins 里启用。
4. 重启 DSA(docker compose restart 或重启服务),刷新网页即可看到入口。
■ 安装步骤(HistomicsTK 算法插件)
1. 把插件目录放进 HistomicsTK 的 CLI 插件目录(或按官方 README 用 girder 注册)。
2. 重启 DSA,在 HistomicsUI 的 Analysis 面板里就能选到该算法。
■ 验证是否装好
· 网页左侧/分析菜单里出现对应功能名,即为成功。
■ 常见问题
· 页面没变化:插件装完必须重启服务,浏览器清缓存再刷新。
· 依赖报错:插件要求的 Python 包要在 DSA 的同一个环境里装。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/CNNCellDetection
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CNN 细胞核检测」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/CNNCellDetection
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ColorDeconvolution · 颜色反卷积
util | 0.01 MB | 1 个文件
数字病理存档平台的官方插件,通过颜色反卷积把病理图像中的苏木精与伊红等染色成分分离成独立通道,便于分别观察和定量分析各染色信号。
包含文件:ColorDeconvolution-master.zip
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【颜色反卷积(ColorDeconvolution)安装教程】—— Digital Slide Archive
■ 前置条件
· 已按官方文档部署好 Digital Slide Archive / HistomicsUI(Docker 或系统安装)。
· 需要能进服务器命令行,并知道 DSA 的安装目录。
■ 本插件是什么
数字病理存档平台的官方插件,通过颜色反卷积把病理图像中的苏木精与伊红等染色成分分离成独立通道,便于分别观察和定量分析各染色信号。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 为官方仓库源码包,解压后按下面方式安装。
· 部分目录带 <插件名>.xml + python 文件,那是 HistomicsTK 的算法插件(CLI 模块)。
■ 安装步骤(Girder 插件,即 HistomicsUI 侧边栏功能)
1. 解压本目录的包。
2. 在 DSA 的 Python 环境里执行: pip install -e 解压目录
3. 把插件名加进 Girder 配置(girder.cfg 的 plugins 列表),或在管理页面 Plugins 里启用。
4. 重启 DSA(docker compose restart 或重启服务),刷新网页即可看到入口。
■ 安装步骤(HistomicsTK 算法插件)
1. 把插件目录放进 HistomicsTK 的 CLI 插件目录(或按官方 README 用 girder 注册)。
2. 重启 DSA,在 HistomicsUI 的 Analysis 面板里就能选到该算法。
■ 验证是否装好
· 网页左侧/分析菜单里出现对应功能名,即为成功。
■ 常见问题
· 页面没变化:插件装完必须重启服务,浏览器清缓存再刷新。
· 依赖报错:插件要求的 Python 包要在 DSA 的同一个环境里装。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/HistomicsTK/tree/master/histomicstk/cli/ColorDeconvolution
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「颜色反卷积」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/HistomicsTK/tree/master/histomicstk/cli/ColorDeconvolution
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ComputeNucleiFeatures · 细胞核特征计算
util | 0.01 MB | 1 个文件
HistomicsTK 应用,计算细胞核的形态大小、傅里叶形状描述、核与细胞质通道的强度以及梯度等特征,形成的特征集可供细胞核分类等下游任务使用。
包含文件:ComputeNucleiFeatures-master.zip
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【细胞核特征计算(ComputeNucleiFeatures)安装教程】—— Digital Slide Archive
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· 已按官方文档部署好 Digital Slide Archive / HistomicsUI(Docker 或系统安装)。
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■ 本插件是什么
HistomicsTK 应用,计算细胞核的形态大小、傅里叶形状描述、核与细胞质通道的强度以及梯度等特征,形成的特征集可供细胞核分类等下游任务使用。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 为官方仓库源码包,解压后按下面方式安装。
· 部分目录带 <插件名>.xml + python 文件,那是 HistomicsTK 的算法插件(CLI 模块)。
■ 安装步骤(Girder 插件,即 HistomicsUI 侧边栏功能)
1. 解压本目录的包。
2. 在 DSA 的 Python 环境里执行: pip install -e 解压目录
3. 把插件名加进 Girder 配置(girder.cfg 的 plugins 列表),或在管理页面 Plugins 里启用。
4. 重启 DSA(docker compose restart 或重启服务),刷新网页即可看到入口。
■ 安装步骤(HistomicsTK 算法插件)
1. 把插件目录放进 HistomicsTK 的 CLI 插件目录(或按官方 README 用 girder 注册)。
2. 重启 DSA,在 HistomicsUI 的 Analysis 面板里就能选到该算法。
■ 验证是否装好
· 网页左侧/分析菜单里出现对应功能名,即为成功。
■ 常见问题
· 页面没变化:插件装完必须重启服务,浏览器清缓存再刷新。
· 依赖报错:插件要求的 Python 包要在 DSA 的同一个环境里装。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/HistomicsTK/tree/master/histomicstk/cli/ComputeNucleiFeatures
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「细胞核特征计算」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/HistomicsTK/tree/master/histomicstk/cli/ComputeNucleiFeatures
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dsa-run-custom-ai-models · 自定义 AI 模型运行
util | 15.84 MB | 1 个文件
面向数字病理存档平台的使用示例,展示如何把用户自行训练的 AI 模型接入平台,对全片病理图像执行推理并查看分析结果。
包含文件:dsa-run-custom-ai-models-master.zip
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【自定义 AI 模型运行(dsa-run-custom-ai-models)安装教程】—— Digital Slide Archive
■ 前置条件
· 已按官方文档部署好 Digital Slide Archive / HistomicsUI(Docker 或系统安装)。
· 需要能进服务器命令行,并知道 DSA 的安装目录。
■ 本插件是什么
面向数字病理存档平台的使用示例,展示如何把用户自行训练的 AI 模型接入平台,对全片病理图像执行推理并查看分析结果。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 为官方仓库源码包,解压后按下面方式安装。
· 部分目录带 <插件名>.xml + python 文件,那是 HistomicsTK 的算法插件(CLI 模块)。
■ 安装步骤(Girder 插件,即 HistomicsUI 侧边栏功能)
1. 解压本目录的包。
2. 在 DSA 的 Python 环境里执行: pip install -e 解压目录
3. 把插件名加进 Girder 配置(girder.cfg 的 plugins 列表),或在管理页面 Plugins 里启用。
4. 重启 DSA(docker compose restart 或重启服务),刷新网页即可看到入口。
■ 安装步骤(HistomicsTK 算法插件)
1. 把插件目录放进 HistomicsTK 的 CLI 插件目录(或按官方 README 用 girder 注册)。
2. 重启 DSA,在 HistomicsUI 的 Analysis 面板里就能选到该算法。
■ 验证是否装好
· 网页左侧/分析菜单里出现对应功能名,即为成功。
■ 常见问题
· 页面没变化:插件装完必须重启服务,浏览器清缓存再刷新。
· 依赖报错:插件要求的 Python 包要在 DSA 的同一个环境里装。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/dsa-run-custom-ai-models
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「自定义 AI 模型运行」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/dsa-run-custom-ai-models
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DSA-WSI-DeID · 全片图像脱敏
util | 3.62 MB | 1 个文件
基于数字病理存档平台的全片图像脱敏工作流,自动识别并抹除图像中的 PHI 隐私信息,帮助科研与临床数据在共享前满足合规要求。
包含文件:DSA-WSI-DeID-master.zip
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【全片图像脱敏(DSA-WSI-DeID)安装教程】—— Digital Slide Archive
■ 前置条件
· 已按官方文档部署好 Digital Slide Archive / HistomicsUI(Docker 或系统安装)。
· 需要能进服务器命令行,并知道 DSA 的安装目录。
■ 本插件是什么
基于数字病理存档平台的全片图像脱敏工作流,自动识别并抹除图像中的 PHI 隐私信息,帮助科研与临床数据在共享前满足合规要求。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 为官方仓库源码包,解压后按下面方式安装。
· 部分目录带 <插件名>.xml + python 文件,那是 HistomicsTK 的算法插件(CLI 模块)。
■ 安装步骤(Girder 插件,即 HistomicsUI 侧边栏功能)
1. 解压本目录的包。
2. 在 DSA 的 Python 环境里执行: pip install -e 解压目录
3. 把插件名加进 Girder 配置(girder.cfg 的 plugins 列表),或在管理页面 Plugins 里启用。
4. 重启 DSA(docker compose restart 或重启服务),刷新网页即可看到入口。
■ 安装步骤(HistomicsTK 算法插件)
1. 把插件目录放进 HistomicsTK 的 CLI 插件目录(或按官方 README 用 girder 注册)。
2. 重启 DSA,在 HistomicsUI 的 Analysis 面板里就能选到该算法。
■ 验证是否装好
· 网页左侧/分析菜单里出现对应功能名,即为成功。
■ 常见问题
· 页面没变化:插件装完必须重启服务,浏览器清缓存再刷新。
· 依赖报错:插件要求的 Python 包要在 DSA 的同一个环境里装。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/DSA-WSI-DeID
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「全片图像脱敏」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/DSA-WSI-DeID
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dsa_girder_webix_base_viewer · Webix 基础查看器
util | 3.6 MB | 1 个文件
基于 Webix 前端框架与 Girder API 构建的全片图像查看程序模板,开发者可在此基础上快速定制属于自己的数字病理阅片与浏览界面。
包含文件:dsa_girder_webix_base_viewer-master.zip
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【Webix 基础查看器(dsa_girder_webix_base_viewer)安装教程】—— Digital Slide Archive
■ 前置条件
· 已按官方文档部署好 Digital Slide Archive / HistomicsUI(Docker 或系统安装)。
· 需要能进服务器命令行,并知道 DSA 的安装目录。
■ 本插件是什么
基于 Webix 前端框架与 Girder API 构建的全片图像查看程序模板,开发者可在此基础上快速定制属于自己的数字病理阅片与浏览界面。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 为官方仓库源码包,解压后按下面方式安装。
· 部分目录带 <插件名>.xml + python 文件,那是 HistomicsTK 的算法插件(CLI 模块)。
■ 安装步骤(Girder 插件,即 HistomicsUI 侧边栏功能)
1. 解压本目录的包。
2. 在 DSA 的 Python 环境里执行: pip install -e 解压目录
3. 把插件名加进 Girder 配置(girder.cfg 的 plugins 列表),或在管理页面 Plugins 里启用。
4. 重启 DSA(docker compose restart 或重启服务),刷新网页即可看到入口。
■ 安装步骤(HistomicsTK 算法插件)
1. 把插件目录放进 HistomicsTK 的 CLI 插件目录(或按官方 README 用 girder 注册)。
2. 重启 DSA,在 HistomicsUI 的 Analysis 面板里就能选到该算法。
■ 验证是否装好
· 网页左侧/分析菜单里出现对应功能名,即为成功。
■ 常见问题
· 页面没变化:插件装完必须重启服务,浏览器清缓存再刷新。
· 依赖报错:插件要求的 Python 包要在 DSA 的同一个环境里装。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/dsa_girder_webix_base_viewer
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Webix 基础查看器」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/dsa_girder_webix_base_viewer
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girder-clamav · 病毒扫描插件
util | 0.01 MB | 1 个文件
为 Girder 平台集成 ClamAV 开源杀毒引擎,在用户上传文件时自动进行病毒扫描,拦截恶意文件,保障数字病理平台的数据与运行安全。
包含文件:girder-clamav-master.zip
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【病毒扫描插件(girder-clamav)安装教程】—— Digital Slide Archive
■ 前置条件
· 已按官方文档部署好 Digital Slide Archive / HistomicsUI(Docker 或系统安装)。
· 需要能进服务器命令行,并知道 DSA 的安装目录。
■ 本插件是什么
为 Girder 平台集成 ClamAV 开源杀毒引擎,在用户上传文件时自动进行病毒扫描,拦截恶意文件,保障数字病理平台的数据与运行安全。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 为官方仓库源码包,解压后按下面方式安装。
· 部分目录带 <插件名>.xml + python 文件,那是 HistomicsTK 的算法插件(CLI 模块)。
■ 安装步骤(Girder 插件,即 HistomicsUI 侧边栏功能)
1. 解压本目录的包。
2. 在 DSA 的 Python 环境里执行: pip install -e 解压目录
3. 把插件名加进 Girder 配置(girder.cfg 的 plugins 列表),或在管理页面 Plugins 里启用。
4. 重启 DSA(docker compose restart 或重启服务),刷新网页即可看到入口。
■ 安装步骤(HistomicsTK 算法插件)
1. 把插件目录放进 HistomicsTK 的 CLI 插件目录(或按官方 README 用 girder 注册)。
2. 重启 DSA,在 HistomicsUI 的 Analysis 面板里就能选到该算法。
■ 验证是否装好
· 网页左侧/分析菜单里出现对应功能名,即为成功。
■ 常见问题
· 页面没变化:插件装完必须重启服务,浏览器清缓存再刷新。
· 依赖报错:插件要求的 Python 包要在 DSA 的同一个环境里装。
■ 来源与版权
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开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「病毒扫描插件」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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girder_assetstore · 远程存储插件
util | 0.02 MB | 1 个文件
Girder 插件,把远端 Girder 实例挂载为本地平台的资产存储,让多个数字病理实例之间可以共享与统一管理切片数据。
包含文件:girder_assetstore-main.zip
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【远程存储插件(girder_assetstore)安装教程】—— Digital Slide Archive
■ 前置条件
· 已按官方文档部署好 Digital Slide Archive / HistomicsUI(Docker 或系统安装)。
· 需要能进服务器命令行,并知道 DSA 的安装目录。
■ 本插件是什么
Girder 插件,把远端 Girder 实例挂载为本地平台的资产存储,让多个数字病理实例之间可以共享与统一管理切片数据。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 为官方仓库源码包,解压后按下面方式安装。
· 部分目录带 <插件名>.xml + python 文件,那是 HistomicsTK 的算法插件(CLI 模块)。
■ 安装步骤(Girder 插件,即 HistomicsUI 侧边栏功能)
1. 解压本目录的包。
2. 在 DSA 的 Python 环境里执行: pip install -e 解压目录
3. 把插件名加进 Girder 配置(girder.cfg 的 plugins 列表),或在管理页面 Plugins 里启用。
4. 重启 DSA(docker compose restart 或重启服务),刷新网页即可看到入口。
■ 安装步骤(HistomicsTK 算法插件)
1. 把插件目录放进 HistomicsTK 的 CLI 插件目录(或按官方 README 用 girder 注册)。
2. 重启 DSA,在 HistomicsUI 的 Analysis 面板里就能选到该算法。
■ 验证是否装好
· 网页左侧/分析菜单里出现对应功能名,即为成功。
■ 常见问题
· 页面没变化:插件装完必须重启服务,浏览器清缓存再刷新。
· 依赖报错:插件要求的 Python 包要在 DSA 的同一个环境里装。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/girder_assetstore
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「远程存储插件」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/girder_assetstore
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
girder_volview · 三维体绘制查看
util | 0.42 MB | 1 个文件
为 Girder 平台接入 VolView 三维查看器,支持对医学与病理影像体数据进行三维浏览、切片观察和交互式分析。
包含文件:girder_volview-main.zip
安装教程(点击展开)
【三维体绘制查看(girder_volview)安装教程】—— Digital Slide Archive
■ 前置条件
· 已按官方文档部署好 Digital Slide Archive / HistomicsUI(Docker 或系统安装)。
· 需要能进服务器命令行,并知道 DSA 的安装目录。
■ 本插件是什么
为 Girder 平台接入 VolView 三维查看器,支持对医学与病理影像体数据进行三维浏览、切片观察和交互式分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 为官方仓库源码包,解压后按下面方式安装。
· 部分目录带 <插件名>.xml + python 文件,那是 HistomicsTK 的算法插件(CLI 模块)。
■ 安装步骤(Girder 插件,即 HistomicsUI 侧边栏功能)
1. 解压本目录的包。
2. 在 DSA 的 Python 环境里执行: pip install -e 解压目录
3. 把插件名加进 Girder 配置(girder.cfg 的 plugins 列表),或在管理页面 Plugins 里启用。
4. 重启 DSA(docker compose restart 或重启服务),刷新网页即可看到入口。
■ 安装步骤(HistomicsTK 算法插件)
1. 把插件目录放进 HistomicsTK 的 CLI 插件目录(或按官方 README 用 girder 注册)。
2. 重启 DSA,在 HistomicsUI 的 Analysis 面板里就能选到该算法。
■ 验证是否装好
· 网页左侧/分析菜单里出现对应功能名,即为成功。
■ 常见问题
· 页面没变化:插件装完必须重启服务,浏览器清缓存再刷新。
· 依赖报错:插件要求的 Python 包要在 DSA 的同一个环境里装。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/girder_volview
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「三维体绘制查看」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/girder_volview
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
histomics-label · 主动学习标注
util | 5.59 MB | 1 个文件
配合 HistomicsUI 使用的标注界面,支持在全片病理图像上开展主动学习,让模型挑选信息量大的区域供人工标注,从而提升标注效率。
包含文件:histomics-label-master.zip
安装教程(点击展开)
【主动学习标注(histomics-label)安装教程】—— Digital Slide Archive
■ 前置条件
· 已按官方文档部署好 Digital Slide Archive / HistomicsUI(Docker 或系统安装)。
· 需要能进服务器命令行,并知道 DSA 的安装目录。
■ 本插件是什么
配合 HistomicsUI 使用的标注界面,支持在全片病理图像上开展主动学习,让模型挑选信息量大的区域供人工标注,从而提升标注效率。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 为官方仓库源码包,解压后按下面方式安装。
· 部分目录带 <插件名>.xml + python 文件,那是 HistomicsTK 的算法插件(CLI 模块)。
■ 安装步骤(Girder 插件,即 HistomicsUI 侧边栏功能)
1. 解压本目录的包。
2. 在 DSA 的 Python 环境里执行: pip install -e 解压目录
3. 把插件名加进 Girder 配置(girder.cfg 的 plugins 列表),或在管理页面 Plugins 里启用。
4. 重启 DSA(docker compose restart 或重启服务),刷新网页即可看到入口。
■ 安装步骤(HistomicsTK 算法插件)
1. 把插件目录放进 HistomicsTK 的 CLI 插件目录(或按官方 README 用 girder 注册)。
2. 重启 DSA,在 HistomicsUI 的 Analysis 面板里就能选到该算法。
■ 验证是否装好
· 网页左侧/分析菜单里出现对应功能名,即为成功。
■ 常见问题
· 页面没变化:插件装完必须重启服务,浏览器清缓存再刷新。
· 依赖报错:插件要求的 Python 包要在 DSA 的同一个环境里装。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/histomics-label
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「主动学习标注」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/histomics-label
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HistomicsDetect · 细胞检测模型包
util | 0.09 MB | 1 个文件
基于 TensorFlow 构建的细胞检测模型工具包,可在全片病理图像中定位并输出细胞检测结果,为后续的计数与形态分析提供基础。
包含文件:HistomicsDetect-main.zip
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【细胞检测模型包(HistomicsDetect)安装教程】—— Digital Slide Archive
■ 前置条件
· 已按官方文档部署好 Digital Slide Archive / HistomicsUI(Docker 或系统安装)。
· 需要能进服务器命令行,并知道 DSA 的安装目录。
■ 本插件是什么
基于 TensorFlow 构建的细胞检测模型工具包,可在全片病理图像中定位并输出细胞检测结果,为后续的计数与形态分析提供基础。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 为官方仓库源码包,解压后按下面方式安装。
· 部分目录带 <插件名>.xml + python 文件,那是 HistomicsTK 的算法插件(CLI 模块)。
■ 安装步骤(Girder 插件,即 HistomicsUI 侧边栏功能)
1. 解压本目录的包。
2. 在 DSA 的 Python 环境里执行: pip install -e 解压目录
3. 把插件名加进 Girder 配置(girder.cfg 的 plugins 列表),或在管理页面 Plugins 里启用。
4. 重启 DSA(docker compose restart 或重启服务),刷新网页即可看到入口。
■ 安装步骤(HistomicsTK 算法插件)
1. 把插件目录放进 HistomicsTK 的 CLI 插件目录(或按官方 README 用 girder 注册)。
2. 重启 DSA,在 HistomicsUI 的 Analysis 面板里就能选到该算法。
■ 验证是否装好
· 网页左侧/分析菜单里出现对应功能名,即为成功。
■ 常见问题
· 页面没变化:插件装完必须重启服务,浏览器清缓存再刷新。
· 依赖报错:插件要求的 Python 包要在 DSA 的同一个环境里装。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/HistomicsDetect
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「细胞检测模型包」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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HistomicsStream · 全片图像读取器
util | 0.87 MB | 1 个文件
面向 TensorFlow 的全片图像读取库,支持以数据流方式从磁盘按需加载超大尺寸的病理切片,方便在深度学习训练中高效读取图像块。
包含文件:HistomicsStream-master.zip
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【全片图像读取器(HistomicsStream)安装教程】—— Digital Slide Archive
■ 前置条件
· 已按官方文档部署好 Digital Slide Archive / HistomicsUI(Docker 或系统安装)。
· 需要能进服务器命令行,并知道 DSA 的安装目录。
■ 本插件是什么
面向 TensorFlow 的全片图像读取库,支持以数据流方式从磁盘按需加载超大尺寸的病理切片,方便在深度学习训练中高效读取图像块。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 为官方仓库源码包,解压后按下面方式安装。
· 部分目录带 <插件名>.xml + python 文件,那是 HistomicsTK 的算法插件(CLI 模块)。
■ 安装步骤(Girder 插件,即 HistomicsUI 侧边栏功能)
1. 解压本目录的包。
2. 在 DSA 的 Python 环境里执行: pip install -e 解压目录
3. 把插件名加进 Girder 配置(girder.cfg 的 plugins 列表),或在管理页面 Plugins 里启用。
4. 重启 DSA(docker compose restart 或重启服务),刷新网页即可看到入口。
■ 安装步骤(HistomicsTK 算法插件)
1. 把插件目录放进 HistomicsTK 的 CLI 插件目录(或按官方 README 用 girder 注册)。
2. 重启 DSA,在 HistomicsUI 的 Analysis 面板里就能选到该算法。
■ 验证是否装好
· 网页左侧/分析菜单里出现对应功能名,即为成功。
■ 常见问题
· 页面没变化:插件装完必须重启服务,浏览器清缓存再刷新。
· 依赖报错:插件要求的 Python 包要在 DSA 的同一个环境里装。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/HistomicsStream
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「全片图像读取器」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/HistomicsStream
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histomicstk-similarity · 组织相似度检索
util | 35.59 MB | 1 个文件
利用基础模型在病理图像中检索形态相似的组织区域,帮助病理研究者快速找到与目标区域相近的样本,便于比对与科研分析。
包含文件:histomicstk-similarity-master.zip
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【组织相似度检索(histomicstk-similarity)安装教程】—— Digital Slide Archive
■ 前置条件
· 已按官方文档部署好 Digital Slide Archive / HistomicsUI(Docker 或系统安装)。
· 需要能进服务器命令行,并知道 DSA 的安装目录。
■ 本插件是什么
利用基础模型在病理图像中检索形态相似的组织区域,帮助病理研究者快速找到与目标区域相近的样本,便于比对与科研分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 为官方仓库源码包,解压后按下面方式安装。
· 部分目录带 <插件名>.xml + python 文件,那是 HistomicsTK 的算法插件(CLI 模块)。
■ 安装步骤(Girder 插件,即 HistomicsUI 侧边栏功能)
1. 解压本目录的包。
2. 在 DSA 的 Python 环境里执行: pip install -e 解压目录
3. 把插件名加进 Girder 配置(girder.cfg 的 plugins 列表),或在管理页面 Plugins 里启用。
4. 重启 DSA(docker compose restart 或重启服务),刷新网页即可看到入口。
■ 安装步骤(HistomicsTK 算法插件)
1. 把插件目录放进 HistomicsTK 的 CLI 插件目录(或按官方 README 用 girder 注册)。
2. 重启 DSA,在 HistomicsUI 的 Analysis 面板里就能选到该算法。
■ 验证是否装好
· 网页左侧/分析菜单里出现对应功能名,即为成功。
■ 常见问题
· 页面没变化:插件装完必须重启服务,浏览器清缓存再刷新。
· 依赖报错:插件要求的 Python 包要在 DSA 的同一个环境里装。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/histomicstk-similarity
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「组织相似度检索」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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HistomicsUI · 病理标注分析界面
util | 0.85 MB | 1 个文件
Girder 插件,为数字病理图像提供标注、浏览与分析界面,是数字病理存档平台的核心交互入口,支持在浏览器中完成阅片与算法调用。
包含文件:HistomicsUI-master.zip
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【病理标注分析界面(HistomicsUI)安装教程】—— Digital Slide Archive
■ 前置条件
· 已按官方文档部署好 Digital Slide Archive / HistomicsUI(Docker 或系统安装)。
· 需要能进服务器命令行,并知道 DSA 的安装目录。
■ 本插件是什么
Girder 插件,为数字病理图像提供标注、浏览与分析界面,是数字病理存档平台的核心交互入口,支持在浏览器中完成阅片与算法调用。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 为官方仓库源码包,解压后按下面方式安装。
· 部分目录带 <插件名>.xml + python 文件,那是 HistomicsTK 的算法插件(CLI 模块)。
■ 安装步骤(Girder 插件,即 HistomicsUI 侧边栏功能)
1. 解压本目录的包。
2. 在 DSA 的 Python 环境里执行: pip install -e 解压目录
3. 把插件名加进 Girder 配置(girder.cfg 的 plugins 列表),或在管理页面 Plugins 里启用。
4. 重启 DSA(docker compose restart 或重启服务),刷新网页即可看到入口。
■ 安装步骤(HistomicsTK 算法插件)
1. 把插件目录放进 HistomicsTK 的 CLI 插件目录(或按官方 README 用 girder 注册)。
2. 重启 DSA,在 HistomicsUI 的 Analysis 面板里就能选到该算法。
■ 验证是否装好
· 网页左侧/分析菜单里出现对应功能名,即为成功。
■ 常见问题
· 页面没变化:插件装完必须重启服务,浏览器清缓存再刷新。
· 依赖报错:插件要求的 Python 包要在 DSA 的同一个环境里装。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/HistomicsUI
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「病理标注分析界面」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/HistomicsUI
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histoqc-dsa-plugin · 切片质量质控
util | 0.02 MB | 1 个文件
把 HistoQC 切片质控工具接入数字病理存档平台,自动评估全片图像的质量指标,标记出存在模糊、伪影等问题的切片供人工复核。
包含文件:histoqc-dsa-plugin-production.zip
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【切片质量质控(histoqc-dsa-plugin)安装教程】—— Digital Slide Archive
■ 前置条件
· 已按官方文档部署好 Digital Slide Archive / HistomicsUI(Docker 或系统安装)。
· 需要能进服务器命令行,并知道 DSA 的安装目录。
■ 本插件是什么
把 HistoQC 切片质控工具接入数字病理存档平台,自动评估全片图像的质量指标,标记出存在模糊、伪影等问题的切片供人工复核。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 为官方仓库源码包,解压后按下面方式安装。
· 部分目录带 <插件名>.xml + python 文件,那是 HistomicsTK 的算法插件(CLI 模块)。
■ 安装步骤(Girder 插件,即 HistomicsUI 侧边栏功能)
1. 解压本目录的包。
2. 在 DSA 的 Python 环境里执行: pip install -e 解压目录
3. 把插件名加进 Girder 配置(girder.cfg 的 plugins 列表),或在管理页面 Plugins 里启用。
4. 重启 DSA(docker compose restart 或重启服务),刷新网页即可看到入口。
■ 安装步骤(HistomicsTK 算法插件)
1. 把插件目录放进 HistomicsTK 的 CLI 插件目录(或按官方 README 用 girder 注册)。
2. 重启 DSA,在 HistomicsUI 的 Analysis 面板里就能选到该算法。
■ 验证是否装好
· 网页左侧/分析菜单里出现对应功能名,即为成功。
■ 常见问题
· 页面没变化:插件装完必须重启服务,浏览器清缓存再刷新。
· 依赖报错:插件要求的 Python 包要在 DSA 的同一个环境里装。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/histoqc-dsa-plugin
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「切片质量质控」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/histoqc-dsa-plugin
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ImageDePHI · 图像隐私脱敏
util | 1.83 MB | 1 个文件
对病理图像中的 PHI 隐私信息进行检测与抹除,包括文字标签等敏感内容,便于图像在合规前提下共享、发布与用于科研训练。
包含文件:ImageDePHI-main.zip
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【图像隐私脱敏(ImageDePHI)安装教程】—— Digital Slide Archive
■ 前置条件
· 已按官方文档部署好 Digital Slide Archive / HistomicsUI(Docker 或系统安装)。
· 需要能进服务器命令行,并知道 DSA 的安装目录。
■ 本插件是什么
对病理图像中的 PHI 隐私信息进行检测与抹除,包括文字标签等敏感内容,便于图像在合规前提下共享、发布与用于科研训练。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 为官方仓库源码包,解压后按下面方式安装。
· 部分目录带 <插件名>.xml + python 文件,那是 HistomicsTK 的算法插件(CLI 模块)。
■ 安装步骤(Girder 插件,即 HistomicsUI 侧边栏功能)
1. 解压本目录的包。
2. 在 DSA 的 Python 环境里执行: pip install -e 解压目录
3. 把插件名加进 Girder 配置(girder.cfg 的 plugins 列表),或在管理页面 Plugins 里启用。
4. 重启 DSA(docker compose restart 或重启服务),刷新网页即可看到入口。
■ 安装步骤(HistomicsTK 算法插件)
1. 把插件目录放进 HistomicsTK 的 CLI 插件目录(或按官方 README 用 girder 注册)。
2. 重启 DSA,在 HistomicsUI 的 Analysis 面板里就能选到该算法。
■ 验证是否装好
· 网页左侧/分析菜单里出现对应功能名,即为成功。
■ 常见问题
· 页面没变化:插件装完必须重启服务,浏览器清缓存再刷新。
· 依赖报错:插件要求的 Python 包要在 DSA 的同一个环境里装。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/ImageDePHI
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「图像隐私脱敏」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/ImageDePHI
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
import-tracker · 导入追踪插件
util | 0.02 MB | 1 个文件
Girder 插件,在 HistomicsUI 中追踪病理数据的导入过程,记录数据来源与处理状态,方便管理员核查与维护平台内的切片资源。
包含文件:import-tracker-main.zip
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【导入追踪插件(import-tracker)安装教程】—— Digital Slide Archive
■ 前置条件
· 已按官方文档部署好 Digital Slide Archive / HistomicsUI(Docker 或系统安装)。
· 需要能进服务器命令行,并知道 DSA 的安装目录。
■ 本插件是什么
Girder 插件,在 HistomicsUI 中追踪病理数据的导入过程,记录数据来源与处理状态,方便管理员核查与维护平台内的切片资源。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 为官方仓库源码包,解压后按下面方式安装。
· 部分目录带 <插件名>.xml + python 文件,那是 HistomicsTK 的算法插件(CLI 模块)。
■ 安装步骤(Girder 插件,即 HistomicsUI 侧边栏功能)
1. 解压本目录的包。
2. 在 DSA 的 Python 环境里执行: pip install -e 解压目录
3. 把插件名加进 Girder 配置(girder.cfg 的 plugins 列表),或在管理页面 Plugins 里启用。
4. 重启 DSA(docker compose restart 或重启服务),刷新网页即可看到入口。
■ 安装步骤(HistomicsTK 算法插件)
1. 把插件目录放进 HistomicsTK 的 CLI 插件目录(或按官方 README 用 girder 注册)。
2. 重启 DSA,在 HistomicsUI 的 Analysis 面板里就能选到该算法。
■ 验证是否装好
· 网页左侧/分析菜单里出现对应功能名,即为成功。
■ 常见问题
· 页面没变化:插件装完必须重启服务,浏览器清缓存再刷新。
· 依赖报错:插件要求的 Python 包要在 DSA 的同一个环境里装。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/import-tracker
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「导入追踪插件」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/import-tracker
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
NucleiClassification · 细胞核分类
util | 0.01 MB | 1 个文件
数字病理存档平台的官方插件,对已检测出的细胞核按形态、强度与纹理等特征进行分类,用于区分不同类型的细胞与病变区域。
包含文件:NucleiClassification-master.zip
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【细胞核分类(NucleiClassification)安装教程】—— Digital Slide Archive
■ 前置条件
· 已按官方文档部署好 Digital Slide Archive / HistomicsUI(Docker 或系统安装)。
· 需要能进服务器命令行,并知道 DSA 的安装目录。
■ 本插件是什么
数字病理存档平台的官方插件,对已检测出的细胞核按形态、强度与纹理等特征进行分类,用于区分不同类型的细胞与病变区域。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 为官方仓库源码包,解压后按下面方式安装。
· 部分目录带 <插件名>.xml + python 文件,那是 HistomicsTK 的算法插件(CLI 模块)。
■ 安装步骤(Girder 插件,即 HistomicsUI 侧边栏功能)
1. 解压本目录的包。
2. 在 DSA 的 Python 环境里执行: pip install -e 解压目录
3. 把插件名加进 Girder 配置(girder.cfg 的 plugins 列表),或在管理页面 Plugins 里启用。
4. 重启 DSA(docker compose restart 或重启服务),刷新网页即可看到入口。
■ 安装步骤(HistomicsTK 算法插件)
1. 把插件目录放进 HistomicsTK 的 CLI 插件目录(或按官方 README 用 girder 注册)。
2. 重启 DSA,在 HistomicsUI 的 Analysis 面板里就能选到该算法。
■ 验证是否装好
· 网页左侧/分析菜单里出现对应功能名,即为成功。
■ 常见问题
· 页面没变化:插件装完必须重启服务,浏览器清缓存再刷新。
· 依赖报错:插件要求的 Python 包要在 DSA 的同一个环境里装。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/HistomicsTK/tree/master/histomicstk/cli/NucleiClassification
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「细胞核分类」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/HistomicsTK/tree/master/histomicstk/cli/NucleiClassification
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
NucleiDetection · 细胞核检测
util | 0.01 MB | 1 个文件
数字病理存档平台的官方插件,自动检测全片病理图像中的细胞核,输出核位置与轮廓,为后续的计数、分类和特征分析提供基础。
包含文件:NucleiDetection-master.zip
安装教程(点击展开)
【细胞核检测(NucleiDetection)安装教程】—— Digital Slide Archive
■ 前置条件
· 已按官方文档部署好 Digital Slide Archive / HistomicsUI(Docker 或系统安装)。
· 需要能进服务器命令行,并知道 DSA 的安装目录。
■ 本插件是什么
数字病理存档平台的官方插件,自动检测全片病理图像中的细胞核,输出核位置与轮廓,为后续的计数、分类和特征分析提供基础。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 为官方仓库源码包,解压后按下面方式安装。
· 部分目录带 <插件名>.xml + python 文件,那是 HistomicsTK 的算法插件(CLI 模块)。
■ 安装步骤(Girder 插件,即 HistomicsUI 侧边栏功能)
1. 解压本目录的包。
2. 在 DSA 的 Python 环境里执行: pip install -e 解压目录
3. 把插件名加进 Girder 配置(girder.cfg 的 plugins 列表),或在管理页面 Plugins 里启用。
4. 重启 DSA(docker compose restart 或重启服务),刷新网页即可看到入口。
■ 安装步骤(HistomicsTK 算法插件)
1. 把插件目录放进 HistomicsTK 的 CLI 插件目录(或按官方 README 用 girder 注册)。
2. 重启 DSA,在 HistomicsUI 的 Analysis 面板里就能选到该算法。
■ 验证是否装好
· 网页左侧/分析菜单里出现对应功能名,即为成功。
■ 常见问题
· 页面没变化:插件装完必须重启服务,浏览器清缓存再刷新。
· 依赖报错:插件要求的 Python 包要在 DSA 的同一个环境里装。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/HistomicsTK/tree/master/histomicstk/cli/NucleiDetection
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「细胞核检测」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/HistomicsTK/tree/master/histomicstk/cli/NucleiDetection
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
PositivePixelCount · 阳性像素计数
util | 0.01 MB | 1 个文件
数字病理存档平台的官方插件,按照染色强度与颜色阈值统计阳性像素的比例,常用于免疫组化等染色结果的定量分析与比较。
包含文件:PositivePixelCount-master.zip
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【阳性像素计数(PositivePixelCount)安装教程】—— Digital Slide Archive
■ 前置条件
· 已按官方文档部署好 Digital Slide Archive / HistomicsUI(Docker 或系统安装)。
· 需要能进服务器命令行,并知道 DSA 的安装目录。
■ 本插件是什么
数字病理存档平台的官方插件,按照染色强度与颜色阈值统计阳性像素的比例,常用于免疫组化等染色结果的定量分析与比较。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 为官方仓库源码包,解压后按下面方式安装。
· 部分目录带 <插件名>.xml + python 文件,那是 HistomicsTK 的算法插件(CLI 模块)。
■ 安装步骤(Girder 插件,即 HistomicsUI 侧边栏功能)
1. 解压本目录的包。
2. 在 DSA 的 Python 环境里执行: pip install -e 解压目录
3. 把插件名加进 Girder 配置(girder.cfg 的 plugins 列表),或在管理页面 Plugins 里启用。
4. 重启 DSA(docker compose restart 或重启服务),刷新网页即可看到入口。
■ 安装步骤(HistomicsTK 算法插件)
1. 把插件目录放进 HistomicsTK 的 CLI 插件目录(或按官方 README 用 girder 注册)。
2. 重启 DSA,在 HistomicsUI 的 Analysis 面板里就能选到该算法。
■ 验证是否装好
· 网页左侧/分析菜单里出现对应功能名,即为成功。
■ 常见问题
· 页面没变化:插件装完必须重启服务,浏览器清缓存再刷新。
· 依赖报错:插件要求的 Python 包要在 DSA 的同一个环境里装。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/HistomicsTK/tree/master/histomicstk/cli/PositivePixelCount
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「阳性像素计数」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/HistomicsTK/tree/master/histomicstk/cli/PositivePixelCount
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
SeparateStainsMacenkoPCA · Macenko 染色分离
util | 0.01 MB | 1 个文件
数字病理存档平台的官方插件,采用 Macenko 与主成分分析等方法,把多重染色全片图像分解为相互独立的染色通道,便于分别定量各染料的分布。
包含文件:SeparateStainsMacenkoPCA-master.zip
安装教程(点击展开)
【Macenko 染色分离(SeparateStainsMacenkoPCA)安装教程】—— Digital Slide Archive
■ 前置条件
· 已按官方文档部署好 Digital Slide Archive / HistomicsUI(Docker 或系统安装)。
· 需要能进服务器命令行,并知道 DSA 的安装目录。
■ 本插件是什么
数字病理存档平台的官方插件,采用 Macenko 与主成分分析等方法,把多重染色全片图像分解为相互独立的染色通道,便于分别定量各染料的分布。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 为官方仓库源码包,解压后按下面方式安装。
· 部分目录带 <插件名>.xml + python 文件,那是 HistomicsTK 的算法插件(CLI 模块)。
■ 安装步骤(Girder 插件,即 HistomicsUI 侧边栏功能)
1. 解压本目录的包。
2. 在 DSA 的 Python 环境里执行: pip install -e 解压目录
3. 把插件名加进 Girder 配置(girder.cfg 的 plugins 列表),或在管理页面 Plugins 里启用。
4. 重启 DSA(docker compose restart 或重启服务),刷新网页即可看到入口。
■ 安装步骤(HistomicsTK 算法插件)
1. 把插件目录放进 HistomicsTK 的 CLI 插件目录(或按官方 README 用 girder 注册)。
2. 重启 DSA,在 HistomicsUI 的 Analysis 面板里就能选到该算法。
■ 验证是否装好
· 网页左侧/分析菜单里出现对应功能名,即为成功。
■ 常见问题
· 页面没变化:插件装完必须重启服务,浏览器清缓存再刷新。
· 依赖报错:插件要求的 Python 包要在 DSA 的同一个环境里装。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/HistomicsTK/tree/master/histomicstk/cli/SeparateStainsMacenkoPCA
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Macenko 染色分离」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/HistomicsTK/tree/master/histomicstk/cli/SeparateStainsMacenkoPCA
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SeparateStainsXuSnmf · Xu SNMF 染色分离
util | 0.01 MB | 1 个文件
数字病理存档平台的官方插件,基于 Xu 提出的稀疏非负矩阵分解算法分离重叠染色,还原各染料在图像中的真实分布。
包含文件:SeparateStainsXuSnmf-master.zip
安装教程(点击展开)
【Xu SNMF 染色分离(SeparateStainsXuSnmf)安装教程】—— Digital Slide Archive
■ 前置条件
· 已按官方文档部署好 Digital Slide Archive / HistomicsUI(Docker 或系统安装)。
· 需要能进服务器命令行,并知道 DSA 的安装目录。
■ 本插件是什么
数字病理存档平台的官方插件,基于 Xu 提出的稀疏非负矩阵分解算法分离重叠染色,还原各染料在图像中的真实分布。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 为官方仓库源码包,解压后按下面方式安装。
· 部分目录带 <插件名>.xml + python 文件,那是 HistomicsTK 的算法插件(CLI 模块)。
■ 安装步骤(Girder 插件,即 HistomicsUI 侧边栏功能)
1. 解压本目录的包。
2. 在 DSA 的 Python 环境里执行: pip install -e 解压目录
3. 把插件名加进 Girder 配置(girder.cfg 的 plugins 列表),或在管理页面 Plugins 里启用。
4. 重启 DSA(docker compose restart 或重启服务),刷新网页即可看到入口。
■ 安装步骤(HistomicsTK 算法插件)
1. 把插件目录放进 HistomicsTK 的 CLI 插件目录(或按官方 README 用 girder 注册)。
2. 重启 DSA,在 HistomicsUI 的 Analysis 面板里就能选到该算法。
■ 验证是否装好
· 网页左侧/分析菜单里出现对应功能名,即为成功。
■ 常见问题
· 页面没变化:插件装完必须重启服务,浏览器清缓存再刷新。
· 依赖报错:插件要求的 Python 包要在 DSA 的同一个环境里装。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/HistomicsTK/tree/master/histomicstk/cli/SeparateStainsXuSnmf
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Xu SNMF 染色分离」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/HistomicsTK/tree/master/histomicstk/cli/SeparateStainsXuSnmf
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superpixel-classification · 超像素分类 CLI
util | 0.03 MB | 1 个文件
命令行工具,使用自定义标签对病理图像的超像素进行分类测试,便于快速验证超像素分类流程与参数设置。
包含文件:superpixel-classification-main.zip
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【超像素分类 CLI(superpixel-classification)安装教程】—— Digital Slide Archive
■ 前置条件
· 已按官方文档部署好 Digital Slide Archive / HistomicsUI(Docker 或系统安装)。
· 需要能进服务器命令行,并知道 DSA 的安装目录。
■ 本插件是什么
命令行工具,使用自定义标签对病理图像的超像素进行分类测试,便于快速验证超像素分类流程与参数设置。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 为官方仓库源码包,解压后按下面方式安装。
· 部分目录带 <插件名>.xml + python 文件,那是 HistomicsTK 的算法插件(CLI 模块)。
■ 安装步骤(Girder 插件,即 HistomicsUI 侧边栏功能)
1. 解压本目录的包。
2. 在 DSA 的 Python 环境里执行: pip install -e 解压目录
3. 把插件名加进 Girder 配置(girder.cfg 的 plugins 列表),或在管理页面 Plugins 里启用。
4. 重启 DSA(docker compose restart 或重启服务),刷新网页即可看到入口。
■ 安装步骤(HistomicsTK 算法插件)
1. 把插件目录放进 HistomicsTK 的 CLI 插件目录(或按官方 README 用 girder 注册)。
2. 重启 DSA,在 HistomicsUI 的 Analysis 面板里就能选到该算法。
■ 验证是否装好
· 网页左侧/分析菜单里出现对应功能名,即为成功。
■ 常见问题
· 页面没变化:插件装完必须重启服务,浏览器清缓存再刷新。
· 依赖报错:插件要求的 Python 包要在 DSA 的同一个环境里装。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/superpixel-classification
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「超像素分类 CLI」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/superpixel-classification
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SuperpixelSegmentation · 超像素分割
util | 0.01 MB | 1 个文件
数字病理存档平台的官方插件,把全片病理图像划分为颜色与纹理相近的超像素区域,为组织分割、分类与定量分析提供基础单元。
包含文件:SuperpixelSegmentation-master.zip
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【超像素分割(SuperpixelSegmentation)安装教程】—— Digital Slide Archive
■ 前置条件
· 已按官方文档部署好 Digital Slide Archive / HistomicsUI(Docker 或系统安装)。
· 需要能进服务器命令行,并知道 DSA 的安装目录。
■ 本插件是什么
数字病理存档平台的官方插件,把全片病理图像划分为颜色与纹理相近的超像素区域,为组织分割、分类与定量分析提供基础单元。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 为官方仓库源码包,解压后按下面方式安装。
· 部分目录带 <插件名>.xml + python 文件,那是 HistomicsTK 的算法插件(CLI 模块)。
■ 安装步骤(Girder 插件,即 HistomicsUI 侧边栏功能)
1. 解压本目录的包。
2. 在 DSA 的 Python 环境里执行: pip install -e 解压目录
3. 把插件名加进 Girder 配置(girder.cfg 的 plugins 列表),或在管理页面 Plugins 里启用。
4. 重启 DSA(docker compose restart 或重启服务),刷新网页即可看到入口。
■ 安装步骤(HistomicsTK 算法插件)
1. 把插件目录放进 HistomicsTK 的 CLI 插件目录(或按官方 README 用 girder 注册)。
2. 重启 DSA,在 HistomicsUI 的 Analysis 面板里就能选到该算法。
■ 验证是否装好
· 网页左侧/分析菜单里出现对应功能名,即为成功。
■ 常见问题
· 页面没变化:插件装完必须重启服务,浏览器清缓存再刷新。
· 依赖报错:插件要求的 Python 包要在 DSA 的同一个环境里装。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/HistomicsTK/tree/master/histomicstk/cli/SuperpixelSegmentation
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「超像素分割」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/DigitalSlideArchive/HistomicsTK/tree/master/histomicstk/cli/SuperpixelSegmentation
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
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