Open Babel 插件合集(共 39 个)
化学格式转换工具箱(操作与格式插件集) | 分类:分子与网络分析 | 每个插件都附中文说明与安装教程,下载走百度网盘 / 夸克网盘。
插件清单
addfilename · 添加文件名列
util | 0 MB | 1 个文件
Open Babel 操作插件,把当前输入文件的文件名作为附加信息写入输出分子记录,便于批量转换时追踪每个分子来源于哪个文件。
包含文件:addfilename.cpp
安装教程(点击展开)
【添加文件名列(addfilename)安装教程】—— Open Babel
■ 前置条件
· 已装 Open Babel(obabel 命令可用);若要用源码插件需 Open Babel 源码与编译环境。
■ 本扩展是什么
Open Babel 操作插件,把当前输入文件的文件名作为附加信息写入输出分子记录,便于批量转换时追踪每个分子来源于哪个文件。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.cpp)。
· .zip 是插件/格式扩展源码;.cpp 是单独的操作插件源码。
■ 安装步骤
1. 解压后把源码放入 Open Babel 源码树对应目录(formats/ 或 ops/)。
2. 重新用 CMake 配置并编译安装(或按仓库 README 编译出插件库)。
3. 命令行运行 obabel -L formats 或 obabel -L ops 查看插件是否注册成功。
4. 之后即可用 obabel -i/-o 指定新格式,或用 --ops 调用新操作。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「添加文件名列」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/openbabel/openbabel
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
addinindex · 添加输入序号
util | 0 MB | 1 个文件
Open Babel 操作插件,把分子在输入文件中的序号写入输出标题或指定字段,批量处理时方便定位和比对原始记录。
包含文件:addinindex.cpp
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【添加输入序号(addinindex)安装教程】—— Open Babel
■ 前置条件
· 已装 Open Babel(obabel 命令可用);若要用源码插件需 Open Babel 源码与编译环境。
■ 本扩展是什么
Open Babel 操作插件,把分子在输入文件中的序号写入输出标题或指定字段,批量处理时方便定位和比对原始记录。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.cpp)。
· .zip 是插件/格式扩展源码;.cpp 是单独的操作插件源码。
■ 安装步骤
1. 解压后把源码放入 Open Babel 源码树对应目录(formats/ 或 ops/)。
2. 重新用 CMake 配置并编译安装(或按仓库 README 编译出插件库)。
3. 命令行运行 obabel -L formats 或 obabel -L ops 查看插件是否注册成功。
4. 之后即可用 obabel -i/-o 指定新格式,或用 --ops 调用新操作。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「添加输入序号」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/openbabel/openbabel
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
addnonpolarh · 补加非极性氢
util | 0 MB | 1 个文件
Open Babel 操作插件,按分子价键规则为体系补加非极性氢原子(如碳上的氢),常用于补全隐式氢后再导出三维结构。
包含文件:addnonpolarh.cpp
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【补加非极性氢(addnonpolarh)安装教程】—— Open Babel
■ 前置条件
· 已装 Open Babel(obabel 命令可用);若要用源码插件需 Open Babel 源码与编译环境。
■ 本扩展是什么
Open Babel 操作插件,按分子价键规则为体系补加非极性氢原子(如碳上的氢),常用于补全隐式氢后再导出三维结构。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.cpp)。
· .zip 是插件/格式扩展源码;.cpp 是单独的操作插件源码。
■ 安装步骤
1. 解压后把源码放入 Open Babel 源码树对应目录(formats/ 或 ops/)。
2. 重新用 CMake 配置并编译安装(或按仓库 README 编译出插件库)。
3. 命令行运行 obabel -L formats 或 obabel -L ops 查看插件是否注册成功。
4. 之后即可用 obabel -i/-o 指定新格式,或用 --ops 调用新操作。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「补加非极性氢」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/openbabel/openbabel
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
addpolarh · 补加极性氢
util | 0 MB | 1 个文件
Open Babel 操作插件,为含杂原子(氮、氧、硫等)的位点补加极性氢并设置电荷,用于补全可能形成氢键的氢原子。
包含文件:addpolarh.cpp
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【补加极性氢(addpolarh)安装教程】—— Open Babel
■ 前置条件
· 已装 Open Babel(obabel 命令可用);若要用源码插件需 Open Babel 源码与编译环境。
■ 本扩展是什么
Open Babel 操作插件,为含杂原子(氮、氧、硫等)的位点补加极性氢并设置电荷,用于补全可能形成氢键的氢原子。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.cpp)。
· .zip 是插件/格式扩展源码;.cpp 是单独的操作插件源码。
■ 安装步骤
1. 解压后把源码放入 Open Babel 源码树对应目录(formats/ 或 ops/)。
2. 重新用 CMake 配置并编译安装(或按仓库 README 编译出插件库)。
3. 命令行运行 obabel -L formats 或 obabel -L ops 查看插件是否注册成功。
4. 之后即可用 obabel -i/-o 指定新格式,或用 --ops 调用新操作。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「补加极性氢」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/openbabel/openbabel
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builder · 多肽链构建器
util | 0.04 MB | 1 个文件
Open Babel 官方 contributed 仓库中的蛋白质多肽构建工具,按氨基酸序列(如 Ala-Gly-Ser)结合 zmat 模板坐标生成直链寡肽的三维结构。
包含文件:builder.zip
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【多肽链构建器(builder)安装教程】—— Open Babel
■ 前置条件
· 已装 Open Babel(obabel 命令可用);若要用源码插件需 Open Babel 源码与编译环境。
■ 本扩展是什么
Open Babel 官方 contributed 仓库中的蛋白质多肽构建工具,按氨基酸序列(如 Ala-Gly-Ser)结合 zmat 模板坐标生成直链寡肽的三维结构。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 是插件/格式扩展源码;.cpp 是单独的操作插件源码。
■ 安装步骤
1. 解压后把源码放入 Open Babel 源码树对应目录(formats/ 或 ops/)。
2. 重新用 CMake 配置并编译安装(或按仓库 README 编译出插件库)。
3. 命令行运行 obabel -L formats 或 obabel -L ops 查看插件是否注册成功。
4. 之后即可用 obabel -i/-o 指定新格式,或用 --ops 调用新操作。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多肽链构建器」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/openbabel/contributed
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canonical · 规范化原子编号
util | 0 MB | 1 个文件
Open Babel 操作插件,按规范排序算法对原子重新编号,使同一分子在不同输入下得到一致的原子次序,便于结果比对与去重。
包含文件:canonical.cpp
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【规范化原子编号(canonical)安装教程】—— Open Babel
■ 前置条件
· 已装 Open Babel(obabel 命令可用);若要用源码插件需 Open Babel 源码与编译环境。
■ 本扩展是什么
Open Babel 操作插件,按规范排序算法对原子重新编号,使同一分子在不同输入下得到一致的原子次序,便于结果比对与去重。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.cpp)。
· .zip 是插件/格式扩展源码;.cpp 是单独的操作插件源码。
■ 安装步骤
1. 解压后把源码放入 Open Babel 源码树对应目录(formats/ 或 ops/)。
2. 重新用 CMake 配置并编译安装(或按仓库 README 编译出插件库)。
3. 命令行运行 obabel -L formats 或 obabel -L ops 查看插件是否注册成功。
4. 之后即可用 obabel -i/-o 指定新格式,或用 --ops 调用新操作。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「规范化原子编号」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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changecell · 修改晶胞参数
util | 0.01 MB | 1 个文件
Open Babel 操作插件,用于修改或重设晶体结构的晶胞参数,方便把周期性体系调整到指定空间格子后再导出为其它格式。
包含文件:changecell.cpp
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【修改晶胞参数(changecell)安装教程】—— Open Babel
■ 前置条件
· 已装 Open Babel(obabel 命令可用);若要用源码插件需 Open Babel 源码与编译环境。
■ 本扩展是什么
Open Babel 操作插件,用于修改或重设晶体结构的晶胞参数,方便把周期性体系调整到指定空间格子后再导出为其它格式。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.cpp)。
· .zip 是插件/格式扩展源码;.cpp 是单独的操作插件源码。
■ 安装步骤
1. 解压后把源码放入 Open Babel 源码树对应目录(formats/ 或 ops/)。
2. 重新用 CMake 配置并编译安装(或按仓库 README 编译出插件库)。
3. 命令行运行 obabel -L formats 或 obabel -L ops 查看插件是否注册成功。
4. 之后即可用 obabel -i/-o 指定新格式,或用 --ops 调用新操作。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「修改晶胞参数」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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conformer · 生成构象异构体
util | 0.01 MB | 1 个文件
Open Babel 操作插件,调用构象搜索为分子生成多个低能构象异构体并依次输出,用于柔性分子的构象采样与准备。
包含文件:conformer.cpp
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【生成构象异构体(conformer)安装教程】—— Open Babel
■ 前置条件
· 已装 Open Babel(obabel 命令可用);若要用源码插件需 Open Babel 源码与编译环境。
■ 本扩展是什么
Open Babel 操作插件,调用构象搜索为分子生成多个低能构象异构体并依次输出,用于柔性分子的构象采样与准备。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.cpp)。
· .zip 是插件/格式扩展源码;.cpp 是单独的操作插件源码。
■ 安装步骤
1. 解压后把源码放入 Open Babel 源码树对应目录(formats/ 或 ops/)。
2. 重新用 CMake 配置并编译安装(或按仓库 README 编译出插件库)。
3. 命令行运行 obabel -L formats 或 obabel -L ops 查看插件是否注册成功。
4. 之后即可用 obabel -i/-o 指定新格式,或用 --ops 调用新操作。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「生成构象异构体」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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delnonpolarh · 删除非极性氢
util | 0 MB | 1 个文件
Open Babel 操作插件,删除体系中的非极性氢原子,可简化结构、减小文件体积,常用于把显式氢结构转换为更简洁的表示。
包含文件:delnonpolarh.cpp
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【删除非极性氢(delnonpolarh)安装教程】—— Open Babel
■ 前置条件
· 已装 Open Babel(obabel 命令可用);若要用源码插件需 Open Babel 源码与编译环境。
■ 本扩展是什么
Open Babel 操作插件,删除体系中的非极性氢原子,可简化结构、减小文件体积,常用于把显式氢结构转换为更简洁的表示。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.cpp)。
· .zip 是插件/格式扩展源码;.cpp 是单独的操作插件源码。
■ 安装步骤
1. 解压后把源码放入 Open Babel 源码树对应目录(formats/ 或 ops/)。
2. 重新用 CMake 配置并编译安装(或按仓库 README 编译出插件库)。
3. 命令行运行 obabel -L formats 或 obabel -L ops 查看插件是否注册成功。
4. 之后即可用 obabel -i/-o 指定新格式,或用 --ops 调用新操作。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「删除非极性氢」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/openbabel/openbabel
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delpolarh · 删除极性氢
util | 0 MB | 1 个文件
Open Babel 操作插件,删除与杂原子相连的极性氢原子,便于统一处理、比对分子或为特定建模流程准备结构。
包含文件:delpolarh.cpp
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【删除极性氢(delpolarh)安装教程】—— Open Babel
■ 前置条件
· 已装 Open Babel(obabel 命令可用);若要用源码插件需 Open Babel 源码与编译环境。
■ 本扩展是什么
Open Babel 操作插件,删除与杂原子相连的极性氢原子,便于统一处理、比对分子或为特定建模流程准备结构。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.cpp)。
· .zip 是插件/格式扩展源码;.cpp 是单独的操作插件源码。
■ 安装步骤
1. 解压后把源码放入 Open Babel 源码树对应目录(formats/ 或 ops/)。
2. 重新用 CMake 配置并编译安装(或按仓库 README 编译出插件库)。
3. 命令行运行 obabel -L formats 或 obabel -L ops 查看插件是否注册成功。
4. 之后即可用 obabel -i/-o 指定新格式,或用 --ops 调用新操作。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「删除极性氢」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/openbabel/openbabel
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dock · 分子对接插件
util | 0.01 MB | 1 个文件
基于 Open Babel 库的简单分子对接扩展源码,使用打分算法把一个配体分子在受体口袋中反复摆放搜索,适合教学示例与轻量刚性对接实验。
包含文件:dock.zip
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【分子对接插件(dock)安装教程】—— Open Babel
■ 前置条件
· 已装 Open Babel(obabel 命令可用);若要用源码插件需 Open Babel 源码与编译环境。
■ 本扩展是什么
基于 Open Babel 库的简单分子对接扩展源码,使用打分算法把一个配体分子在受体口袋中反复摆放搜索,适合教学示例与轻量刚性对接实验。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 是插件/格式扩展源码;.cpp 是单独的操作插件源码。
■ 安装步骤
1. 解压后把源码放入 Open Babel 源码树对应目录(formats/ 或 ops/)。
2. 重新用 CMake 配置并编译安装(或按仓库 README 编译出插件库)。
3. 命令行运行 obabel -L formats 或 obabel -L ops 查看插件是否注册成功。
4. 之后即可用 obabel -i/-o 指定新格式,或用 --ops 调用新操作。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分子对接插件」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/openbabel/contributed
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fillUC · 补全晶胞内容
util | 0.01 MB | 1 个文件
Open Babel 操作插件,按晶体对称性把晶胞边界处的原子补全,生成完整的周期性单胞内容,便于可视化与后续计算。
包含文件:fillUC.cpp
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【补全晶胞内容(fillUC)安装教程】—— Open Babel
■ 前置条件
· 已装 Open Babel(obabel 命令可用);若要用源码插件需 Open Babel 源码与编译环境。
■ 本扩展是什么
Open Babel 操作插件,按晶体对称性把晶胞边界处的原子补全,生成完整的周期性单胞内容,便于可视化与后续计算。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.cpp)。
· .zip 是插件/格式扩展源码;.cpp 是单独的操作插件源码。
■ 安装步骤
1. 解压后把源码放入 Open Babel 源码树对应目录(formats/ 或 ops/)。
2. 重新用 CMake 配置并编译安装(或按仓库 README 编译出插件库)。
3. 命令行运行 obabel -L formats 或 obabel -L ops 查看插件是否注册成功。
4. 之后即可用 obabel -i/-o 指定新格式,或用 --ops 调用新操作。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「补全晶胞内容」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/openbabel/openbabel
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
forcefield · 力场能量优化
util | 0.01 MB | 1 个文件
Open Babel 操作插件,调用内置力场对分子进行能量计算与几何优化,输出优化后的低能构型,可选 MMFF94、UFF 等力场。
包含文件:forcefield.cpp
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【力场能量优化(forcefield)安装教程】—— Open Babel
■ 前置条件
· 已装 Open Babel(obabel 命令可用);若要用源码插件需 Open Babel 源码与编译环境。
■ 本扩展是什么
Open Babel 操作插件,调用内置力场对分子进行能量计算与几何优化,输出优化后的低能构型,可选 MMFF94、UFF 等力场。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.cpp)。
· .zip 是插件/格式扩展源码;.cpp 是单独的操作插件源码。
■ 安装步骤
1. 解压后把源码放入 Open Babel 源码树对应目录(formats/ 或 ops/)。
2. 重新用 CMake 配置并编译安装(或按仓库 README 编译出插件库)。
3. 命令行运行 obabel -L formats 或 obabel -L ops 查看插件是否注册成功。
4. 之后即可用 obabel -i/-o 指定新格式,或用 --ops 调用新操作。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「力场能量优化」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/openbabel/openbabel
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
fragments · 分子碎片拆分
util | 0.01 MB | 1 个文件
从分子库中按环与碎片刻分并统计碎片出现频率的工具集,含碎片生成、频率排序与去重脚本,可用于片段骨架和子结构频次分析。
包含文件:fragments.zip
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【分子碎片拆分(fragments)安装教程】—— Open Babel
■ 前置条件
· 已装 Open Babel(obabel 命令可用);若要用源码插件需 Open Babel 源码与编译环境。
■ 本扩展是什么
从分子库中按环与碎片刻分并统计碎片出现频率的工具集,含碎片生成、频率排序与去重脚本,可用于片段骨架和子结构频次分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 是插件/格式扩展源码;.cpp 是单独的操作插件源码。
■ 安装步骤
1. 解压后把源码放入 Open Babel 源码树对应目录(formats/ 或 ops/)。
2. 重新用 CMake 配置并编译安装(或按仓库 README 编译出插件库)。
3. 命令行运行 obabel -L formats 或 obabel -L ops 查看插件是否注册成功。
4. 之后即可用 obabel -i/-o 指定新格式,或用 --ops 调用新操作。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分子碎片拆分」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/openbabel/contributed
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
gen2D · 生成二维坐标
util | 0.01 MB | 1 个文件
Open Babel 操作插件,为分子生成二维平面坐标,便于绘制结构式或导出可读的二维结构图。
包含文件:gen2D.cpp
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【生成二维坐标(gen2D)安装教程】—— Open Babel
■ 前置条件
· 已装 Open Babel(obabel 命令可用);若要用源码插件需 Open Babel 源码与编译环境。
■ 本扩展是什么
Open Babel 操作插件,为分子生成二维平面坐标,便于绘制结构式或导出可读的二维结构图。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.cpp)。
· .zip 是插件/格式扩展源码;.cpp 是单独的操作插件源码。
■ 安装步骤
1. 解压后把源码放入 Open Babel 源码树对应目录(formats/ 或 ops/)。
2. 重新用 CMake 配置并编译安装(或按仓库 README 编译出插件库)。
3. 命令行运行 obabel -L formats 或 obabel -L ops 查看插件是否注册成功。
4. 之后即可用 obabel -i/-o 指定新格式,或用 --ops 调用新操作。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「生成二维坐标」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/openbabel/openbabel
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gen3d · 生成三维坐标
util | 0.01 MB | 1 个文件
Open Babel 操作插件,依据分子连接关系生成三维坐标并初步优化几何,把仅有二维坐标或 SMILES 的分子转为三维结构。
包含文件:gen3d.cpp
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【生成三维坐标(gen3d)安装教程】—— Open Babel
■ 前置条件
· 已装 Open Babel(obabel 命令可用);若要用源码插件需 Open Babel 源码与编译环境。
■ 本扩展是什么
Open Babel 操作插件,依据分子连接关系生成三维坐标并初步优化几何,把仅有二维坐标或 SMILES 的分子转为三维结构。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.cpp)。
· .zip 是插件/格式扩展源码;.cpp 是单独的操作插件源码。
■ 安装步骤
1. 解压后把源码放入 Open Babel 源码树对应目录(formats/ 或 ops/)。
2. 重新用 CMake 配置并编译安装(或按仓库 README 编译出插件库)。
3. 命令行运行 obabel -L formats 或 obabel -L ops 查看插件是否注册成功。
4. 之后即可用 obabel -i/-o 指定新格式,或用 --ops 调用新操作。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「生成三维坐标」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/openbabel/openbabel
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
gui · Qt分子显示控件
util | 0.01 MB | 1 个文件
基于 Qt 的 Open Babel 图形控件示例(QMolecule),可在自研 Qt 程序里嵌入二维分子结构绘制与显示功能,需链接 Qt4/5 与 Open Babel 库。
包含文件:gui.zip
安装教程(点击展开)
【Qt分子显示控件(gui)安装教程】—— Open Babel
■ 前置条件
· 已装 Open Babel(obabel 命令可用);若要用源码插件需 Open Babel 源码与编译环境。
■ 本扩展是什么
基于 Qt 的 Open Babel 图形控件示例(QMolecule),可在自研 Qt 程序里嵌入二维分子结构绘制与显示功能,需链接 Qt4/5 与 Open Babel 库。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 是插件/格式扩展源码;.cpp 是单独的操作插件源码。
■ 安装步骤
1. 解压后把源码放入 Open Babel 源码树对应目录(formats/ 或 ops/)。
2. 重新用 CMake 配置并编译安装(或按仓库 README 编译出插件库)。
3. 命令行运行 obabel -L formats 或 obabel -L ops 查看插件是否注册成功。
4. 之后即可用 obabel -i/-o 指定新格式,或用 --ops 调用新操作。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Qt分子显示控件」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/openbabel/contributed
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imolecule · 网页分子查看器
util | 0.31 MB | 1 个文件
可嵌入网页的 WebGL 三维分子查看器与文件格式转换器,纯前端 JavaScript 实现,能在浏览器中旋转缩放查看分子结构并配合脚本完成格式转换。
包含文件:imolecule.zip
安装教程(点击展开)
【网页分子查看器(imolecule)安装教程】—— Open Babel
■ 前置条件
· 已装 Open Babel(obabel 命令可用);若要用源码插件需 Open Babel 源码与编译环境。
■ 本扩展是什么
可嵌入网页的 WebGL 三维分子查看器与文件格式转换器,纯前端 JavaScript 实现,能在浏览器中旋转缩放查看分子结构并配合脚本完成格式转换。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 是插件/格式扩展源码;.cpp 是单独的操作插件源码。
■ 安装步骤
1. 解压后把源码放入 Open Babel 源码树对应目录(formats/ 或 ops/)。
2. 重新用 CMake 配置并编译安装(或按仓库 README 编译出插件库)。
3. 命令行运行 obabel -L formats 或 obabel -L ops 查看插件是否注册成功。
4. 之后即可用 obabel -i/-o 指定新格式,或用 --ops 调用新操作。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「网页分子查看器」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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largest · 提取最大片段
util | 0.01 MB | 1 个文件
Open Babel 操作插件,当分子包含多个不相连片段时只保留原子数最多的片段,便于去除盐离子、溶剂等杂质碎片。
包含文件:largest.cpp
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【提取最大片段(largest)安装教程】—— Open Babel
■ 前置条件
· 已装 Open Babel(obabel 命令可用);若要用源码插件需 Open Babel 源码与编译环境。
■ 本扩展是什么
Open Babel 操作插件,当分子包含多个不相连片段时只保留原子数最多的片段,便于去除盐离子、溶剂等杂质碎片。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.cpp)。
· .zip 是插件/格式扩展源码;.cpp 是单独的操作插件源码。
■ 安装步骤
1. 解压后把源码放入 Open Babel 源码树对应目录(formats/ 或 ops/)。
2. 重新用 CMake 配置并编译安装(或按仓库 README 编译出插件库)。
3. 命令行运行 obabel -L formats 或 obabel -L ops 查看插件是否注册成功。
4. 之后即可用 obabel -i/-o 指定新格式,或用 --ops 调用新操作。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「提取最大片段」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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loader · 按文件拆分载入
util | 0.01 MB | 1 个文件
Open Babel 操作插件,从单个文件里逐个载入分子并分别处理或输出,常用于把含多分子的批量文件拆分为单分子记录。
包含文件:loader.cpp
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【按文件拆分载入(loader)安装教程】—— Open Babel
■ 前置条件
· 已装 Open Babel(obabel 命令可用);若要用源码插件需 Open Babel 源码与编译环境。
■ 本扩展是什么
Open Babel 操作插件,从单个文件里逐个载入分子并分别处理或输出,常用于把含多分子的批量文件拆分为单分子记录。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.cpp)。
· .zip 是插件/格式扩展源码;.cpp 是单独的操作插件源码。
■ 安装步骤
1. 解压后把源码放入 Open Babel 源码树对应目录(formats/ 或 ops/)。
2. 重新用 CMake 配置并编译安装(或按仓库 README 编译出插件库)。
3. 命令行运行 obabel -L formats 或 obabel -L ops 查看插件是否注册成功。
4. 之后即可用 obabel -i/-o 指定新格式,或用 --ops 调用新操作。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「按文件拆分载入」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
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mcs-cliquer · 最大公共子结构
util | 0.04 MB | 1 个文件
借助 cliquer 图算法库在 Open Babel 上实现的多个分子最大公共子结构搜索,输出分子间的共有骨架,用于结构比对与活性骨架挖掘。
包含文件:mcs-cliquer.zip
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【最大公共子结构(mcs-cliquer)安装教程】—— Open Babel
■ 前置条件
· 已装 Open Babel(obabel 命令可用);若要用源码插件需 Open Babel 源码与编译环境。
■ 本扩展是什么
借助 cliquer 图算法库在 Open Babel 上实现的多个分子最大公共子结构搜索,输出分子间的共有骨架,用于结构比对与活性骨架挖掘。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 是插件/格式扩展源码;.cpp 是单独的操作插件源码。
■ 安装步骤
1. 解压后把源码放入 Open Babel 源码树对应目录(formats/ 或 ops/)。
2. 重新用 CMake 配置并编译安装(或按仓库 README 编译出插件库)。
3. 命令行运行 obabel -L formats 或 obabel -L ops 查看插件是否注册成功。
4. 之后即可用 obabel -i/-o 指定新格式,或用 --ops 调用新操作。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「最大公共子结构」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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neutralize · 中和分子电荷
util | 0.01 MB | 1 个文件
Open Babel 操作插件,通过增删氢原子使分子整体呈电中性,用于消除形式电荷、准备中性的起始结构。
包含文件:neutralize.cpp
安装教程(点击展开)
【中和分子电荷(neutralize)安装教程】—— Open Babel
■ 前置条件
· 已装 Open Babel(obabel 命令可用);若要用源码插件需 Open Babel 源码与编译环境。
■ 本扩展是什么
Open Babel 操作插件,通过增删氢原子使分子整体呈电中性,用于消除形式电荷、准备中性的起始结构。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.cpp)。
· .zip 是插件/格式扩展源码;.cpp 是单独的操作插件源码。
■ 安装步骤
1. 解压后把源码放入 Open Babel 源码树对应目录(formats/ 或 ops/)。
2. 重新用 CMake 配置并编译安装(或按仓库 README 编译出插件库)。
3. 命令行运行 obabel -L formats 或 obabel -L ops 查看插件是否注册成功。
4. 之后即可用 obabel -i/-o 指定新格式,或用 --ops 调用新操作。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「中和分子电荷」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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op2d · 二维平面排布
util | 0.01 MB | 1 个文件
Open Babel 操作插件,为分子生成二维平面排布坐标的旧式命令,可把三维结构投影简化为便于绘制的二维示意图。
包含文件:op2d.cpp
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【二维平面排布(op2d)安装教程】—— Open Babel
■ 前置条件
· 已装 Open Babel(obabel 命令可用);若要用源码插件需 Open Babel 源码与编译环境。
■ 本扩展是什么
Open Babel 操作插件,为分子生成二维平面排布坐标的旧式命令,可把三维结构投影简化为便于绘制的二维示意图。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.cpp)。
· .zip 是插件/格式扩展源码;.cpp 是单独的操作插件源码。
■ 安装步骤
1. 解压后把源码放入 Open Babel 源码树对应目录(formats/ 或 ops/)。
2. 重新用 CMake 配置并编译安装(或按仓库 README 编译出插件库)。
3. 命令行运行 obabel -L formats 或 obabel -L ops 查看插件是否注册成功。
4. 之后即可用 obabel -i/-o 指定新格式,或用 --ops 调用新操作。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「二维平面排布」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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opalign · 分子叠合对齐
util | 0.01 MB | 1 个文件
Open Babel 操作插件,把一组分子按公共子结构对齐叠合,输出排布一致的构象集合,便于观察构象差异与做聚类分析。
包含文件:opalign.cpp
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【分子叠合对齐(opalign)安装教程】—— Open Babel
■ 前置条件
· 已装 Open Babel(obabel 命令可用);若要用源码插件需 Open Babel 源码与编译环境。
■ 本扩展是什么
Open Babel 操作插件,把一组分子按公共子结构对齐叠合,输出排布一致的构象集合,便于观察构象差异与做聚类分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.cpp)。
· .zip 是插件/格式扩展源码;.cpp 是单独的操作插件源码。
■ 安装步骤
1. 解压后把源码放入 Open Babel 源码树对应目录(formats/ 或 ops/)。
2. 重新用 CMake 配置并编译安装(或按仓库 README 编译出插件库)。
3. 命令行运行 obabel -L formats 或 obabel -L ops 查看插件是否注册成功。
4. 之后即可用 obabel -i/-o 指定新格式,或用 --ops 调用新操作。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分子叠合对齐」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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opconfab · 构象系综生成
util | 0.01 MB | 1 个文件
Open Babel 操作插件,调用 Confab 构象生成算法为分子批量生成构象系综,用于虚拟筛选前的多构象准备。
包含文件:opconfab.cpp
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【构象系综生成(opconfab)安装教程】—— Open Babel
■ 前置条件
· 已装 Open Babel(obabel 命令可用);若要用源码插件需 Open Babel 源码与编译环境。
■ 本扩展是什么
Open Babel 操作插件,调用 Confab 构象生成算法为分子批量生成构象系综,用于虚拟筛选前的多构象准备。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.cpp)。
· .zip 是插件/格式扩展源码;.cpp 是单独的操作插件源码。
■ 安装步骤
1. 解压后把源码放入 Open Babel 源码树对应目录(formats/ 或 ops/)。
2. 重新用 CMake 配置并编译安装(或按仓库 README 编译出插件库)。
3. 命令行运行 obabel -L formats 或 obabel -L ops 查看插件是否注册成功。
4. 之后即可用 obabel -i/-o 指定新格式,或用 --ops 调用新操作。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「构象系综生成」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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openmp · 力场并行加速
util | 0.03 MB | 1 个文件
采用 OpenMP 多线程并行加速 MMFF94 力场能量与梯度计算的源码示例,可明显提升大规模分子力场计算的吞吐与速度。
包含文件:openmp.zip
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【力场并行加速(openmp)安装教程】—— Open Babel
■ 前置条件
· 已装 Open Babel(obabel 命令可用);若要用源码插件需 Open Babel 源码与编译环境。
■ 本扩展是什么
采用 OpenMP 多线程并行加速 MMFF94 力场能量与梯度计算的源码示例,可明显提升大规模分子力场计算的吞吐与速度。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 是插件/格式扩展源码;.cpp 是单独的操作插件源码。
■ 安装步骤
1. 解压后把源码放入 Open Babel 源码树对应目录(formats/ 或 ops/)。
2. 重新用 CMake 配置并编译安装(或按仓库 README 编译出插件库)。
3. 命令行运行 obabel -L formats 或 obabel -L ops 查看插件是否注册成功。
4. 之后即可用 obabel -i/-o 指定新格式,或用 --ops 调用新操作。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「力场并行加速」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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ophighlight · 子结构高亮显示
util | 0.01 MB | 1 个文件
Open Babel 操作插件,用 SMARTS 匹配把命中的子结构原子高亮标记,用于结构式展示和子结构命中检查。
包含文件:ophighlight.cpp
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【子结构高亮显示(ophighlight)安装教程】—— Open Babel
■ 前置条件
· 已装 Open Babel(obabel 命令可用);若要用源码插件需 Open Babel 源码与编译环境。
■ 本扩展是什么
Open Babel 操作插件,用 SMARTS 匹配把命中的子结构原子高亮标记,用于结构式展示和子结构命中检查。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.cpp)。
· .zip 是插件/格式扩展源码;.cpp 是单独的操作插件源码。
■ 安装步骤
1. 解压后把源码放入 Open Babel 源码树对应目录(formats/ 或 ops/)。
2. 重新用 CMake 配置并编译安装(或按仓库 README 编译出插件库)。
3. 命令行运行 obabel -L formats 或 obabel -L ops 查看插件是否注册成功。
4. 之后即可用 obabel -i/-o 指定新格式,或用 --ops 调用新操作。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「子结构高亮显示」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
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opisomorph · 同分异构枚举
util | 0.02 MB | 1 个文件
Open Babel 操作插件,按给定分子式枚举可能的同分异构体结构,用于生成并探索指定元素组成的异构体空间。
包含文件:opisomorph.cpp
安装教程(点击展开)
【同分异构枚举(opisomorph)安装教程】—— Open Babel
■ 前置条件
· 已装 Open Babel(obabel 命令可用);若要用源码插件需 Open Babel 源码与编译环境。
■ 本扩展是什么
Open Babel 操作插件,按给定分子式枚举可能的同分异构体结构,用于生成并探索指定元素组成的异构体空间。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.cpp)。
· .zip 是插件/格式扩展源码;.cpp 是单独的操作插件源码。
■ 安装步骤
1. 解压后把源码放入 Open Babel 源码树对应目录(formats/ 或 ops/)。
2. 重新用 CMake 配置并编译安装(或按仓库 README 编译出插件库)。
3. 命令行运行 obabel -L formats 或 obabel -L ops 查看插件是否注册成功。
4. 之后即可用 obabel -i/-o 指定新格式,或用 --ops 调用新操作。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「同分异构枚举」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/openbabel/openbabel
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
opsplit · 拆分多组分分子
util | 0.01 MB | 1 个文件
Open Babel 操作插件,把包含多个片段的分子按连通性拆分成多个独立分子分别输出,常用于分离盐、溶剂或复合物。
包含文件:opsplit.cpp
安装教程(点击展开)
【拆分多组分分子(opsplit)安装教程】—— Open Babel
■ 前置条件
· 已装 Open Babel(obabel 命令可用);若要用源码插件需 Open Babel 源码与编译环境。
■ 本扩展是什么
Open Babel 操作插件,把包含多个片段的分子按连通性拆分成多个独立分子分别输出,常用于分离盐、溶剂或复合物。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.cpp)。
· .zip 是插件/格式扩展源码;.cpp 是单独的操作插件源码。
■ 安装步骤
1. 解压后把源码放入 Open Babel 源码树对应目录(formats/ 或 ops/)。
2. 重新用 CMake 配置并编译安装(或按仓库 README 编译出插件库)。
3. 命令行运行 obabel -L formats 或 obabel -L ops 查看插件是否注册成功。
4. 之后即可用 obabel -i/-o 指定新格式,或用 --ops 调用新操作。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「拆分多组分分子」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/openbabel/openbabel
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
optransform · 坐标变换矩阵
util | 0.01 MB | 1 个文件
Open Babel 操作插件,按给定的旋转与平移变换矩阵对分子坐标做刚体变换,用于把分子对齐到指定坐标系。
包含文件:optransform.cpp
安装教程(点击展开)
【坐标变换矩阵(optransform)安装教程】—— Open Babel
■ 前置条件
· 已装 Open Babel(obabel 命令可用);若要用源码插件需 Open Babel 源码与编译环境。
■ 本扩展是什么
Open Babel 操作插件,按给定的旋转与平移变换矩阵对分子坐标做刚体变换,用于把分子对齐到指定坐标系。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.cpp)。
· .zip 是插件/格式扩展源码;.cpp 是单独的操作插件源码。
■ 安装步骤
1. 解压后把源码放入 Open Babel 源码树对应目录(formats/ 或 ops/)。
2. 重新用 CMake 配置并编译安装(或按仓库 README 编译出插件库)。
3. 命令行运行 obabel -L formats 或 obabel -L ops 查看插件是否注册成功。
4. 之后即可用 obabel -i/-o 指定新格式,或用 --ops 调用新操作。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「坐标变换矩阵」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/openbabel/openbabel
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
orcaformat · ORCA量化格式
util | 0.02 MB | 1 个文件
社区贡献的 Open Babel 格式插件,可读取 ORCA 量子化学软件的输出文件(.out)并写出 ORCA 输入模板,方便把量化计算结果导入 Open Babel 做结构转换与后续处理。
包含文件:orcaformat.cpp
安装教程(点击展开)
【ORCA量化格式(orcaformat)安装教程】—— Open Babel
■ 前置条件
· 已装 Open Babel(obabel 命令可用);若要用源码插件需 Open Babel 源码与编译环境。
■ 本扩展是什么
社区贡献的 Open Babel 格式插件,可读取 ORCA 量子化学软件的输出文件(.out)并写出 ORCA 输入模板,方便把量化计算结果导入 Open Babel 做结构转换与后续处理。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.cpp)。
· .zip 是插件/格式扩展源码;.cpp 是单独的操作插件源码。
■ 安装步骤
1. 解压后把源码放入 Open Babel 源码树对应目录(formats/ 或 ops/)。
2. 重新用 CMake 配置并编译安装(或按仓库 README 编译出插件库)。
3. 命令行运行 obabel -L formats 或 obabel -L ops 查看插件是否注册成功。
4. 之后即可用 obabel -i/-o 指定新格式,或用 --ops 调用新操作。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ORCA量化格式」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/lenkd/orcaOpenbabel
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
partialcharges · 计算部分电荷
util | 0.01 MB | 1 个文件
Open Babel 操作插件,为分子计算原子部分电荷并写入输出,供后续建模或打分使用,支持多种电荷模型。
包含文件:partialcharges.cpp
安装教程(点击展开)
【计算部分电荷(partialcharges)安装教程】—— Open Babel
■ 前置条件
· 已装 Open Babel(obabel 命令可用);若要用源码插件需 Open Babel 源码与编译环境。
■ 本扩展是什么
Open Babel 操作插件,为分子计算原子部分电荷并写入输出,供后续建模或打分使用,支持多种电荷模型。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.cpp)。
· .zip 是插件/格式扩展源码;.cpp 是单独的操作插件源码。
■ 安装步骤
1. 解压后把源码放入 Open Babel 源码树对应目录(formats/ 或 ops/)。
2. 重新用 CMake 配置并编译安装(或按仓库 README 编译出插件库)。
3. 命令行运行 obabel -L formats 或 obabel -L ops 查看插件是否注册成功。
4. 之后即可用 obabel -i/-o 指定新格式,或用 --ops 调用新操作。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「计算部分电荷」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/openbabel/openbabel
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
readconformers · 读取多构象文件
util | 0.01 MB | 1 个文件
Open Babel 操作插件,一次性读取含多个构象的文件并逐帧载入分子,便于对构象系综做批量处理与分析。
包含文件:readconformers.cpp
安装教程(点击展开)
【读取多构象文件(readconformers)安装教程】—— Open Babel
■ 前置条件
· 已装 Open Babel(obabel 命令可用);若要用源码插件需 Open Babel 源码与编译环境。
■ 本扩展是什么
Open Babel 操作插件,一次性读取含多个构象的文件并逐帧载入分子,便于对构象系综做批量处理与分析。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.cpp)。
· .zip 是插件/格式扩展源码;.cpp 是单独的操作插件源码。
■ 安装步骤
1. 解压后把源码放入 Open Babel 源码树对应目录(formats/ 或 ops/)。
2. 重新用 CMake 配置并编译安装(或按仓库 README 编译出插件库)。
3. 命令行运行 obabel -L formats 或 obabel -L ops 查看插件是否注册成功。
4. 之后即可用 obabel -i/-o 指定新格式,或用 --ops 调用新操作。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「读取多构象文件」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/openbabel/openbabel
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
S4 · 结构检索服务
util | 0.01 MB | 1 个文件
简单结构检索服务器(Simple Structure Search Server),把 Open Babel 的相似性检索与子结构检索封装成 RESTful Web 服务,便于在网络中远程查询化合物库。
包含文件:S4.zip
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【结构检索服务(S4)安装教程】—— Open Babel
■ 前置条件
· 已装 Open Babel(obabel 命令可用);若要用源码插件需 Open Babel 源码与编译环境。
■ 本扩展是什么
简单结构检索服务器(Simple Structure Search Server),把 Open Babel 的相似性检索与子结构检索封装成 RESTful Web 服务,便于在网络中远程查询化合物库。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 是插件/格式扩展源码;.cpp 是单独的操作插件源码。
■ 安装步骤
1. 解压后把源码放入 Open Babel 源码树对应目录(formats/ 或 ops/)。
2. 重新用 CMake 配置并编译安装(或按仓库 README 编译出插件库)。
3. 命令行运行 obabel -L formats 或 obabel -L ops 查看插件是否注册成功。
4. 之后即可用 obabel -i/-o 指定新格式,或用 --ops 调用新操作。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「结构检索服务」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/openbabel/contributed
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
semantic-web-openbabel · 语义网化学插件
util | 0.12 MB | 1 个文件
面向化学知识表示的开源 Open Babel 插件,把分子结构导出为语义网可读的化学知识数据(RDF/OWL),便于在知识图谱与关联数据中发布和查询化合物信息。
包含文件:semantic-web-openbabel-master.zip
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【语义网化学插件(semantic-web-openbabel)安装教程】—— Open Babel
■ 前置条件
· 已装 Open Babel(obabel 命令可用);若要用源码插件需 Open Babel 源码与编译环境。
■ 本扩展是什么
面向化学知识表示的开源 Open Babel 插件,把分子结构导出为语义网可读的化学知识数据(RDF/OWL),便于在知识图谱与关联数据中发布和查询化合物信息。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 是插件/格式扩展源码;.cpp 是单独的操作插件源码。
■ 安装步骤
1. 解压后把源码放入 Open Babel 源码树对应目录(formats/ 或 ops/)。
2. 重新用 CMake 配置并编译安装(或按仓库 README 编译出插件库)。
3. 命令行运行 obabel -L formats 或 obabel -L ops 查看插件是否注册成功。
4. 之后即可用 obabel -i/-o 指定新格式,或用 --ops 调用新操作。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「语义网化学插件」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/ttvd/semantic-web-openbabel
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
sort · 按属性排序
util | 0.01 MB | 1 个文件
Open Babel 操作插件,按指定的分子属性(如分子量、原子数等)对一批分子排序后输出,方便挑选和对比结果。
包含文件:sort.cpp
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【按属性排序(sort)安装教程】—— Open Babel
■ 前置条件
· 已装 Open Babel(obabel 命令可用);若要用源码插件需 Open Babel 源码与编译环境。
■ 本扩展是什么
Open Babel 操作插件,按指定的分子属性(如分子量、原子数等)对一批分子排序后输出,方便挑选和对比结果。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.cpp)。
· .zip 是插件/格式扩展源码;.cpp 是单独的操作插件源码。
■ 安装步骤
1. 解压后把源码放入 Open Babel 源码树对应目录(formats/ 或 ops/)。
2. 重新用 CMake 配置并编译安装(或按仓库 README 编译出插件库)。
3. 命令行运行 obabel -L formats 或 obabel -L ops 查看插件是否注册成功。
4. 之后即可用 obabel -i/-o 指定新格式,或用 --ops 调用新操作。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「按属性排序」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/openbabel/openbabel
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
superatoms · 超原子别名库
util | 0.01 MB | 1 个文件
Open Babel 官方维护的化学别名(超原子、SMILES 缩写)公共数据仓库,提供 superatom.txt 等别名与 SMILES 展开定义,供程序识别并展开复杂基团缩写。
包含文件:superatoms-master.zip
安装教程(点击展开)
【超原子别名库(superatoms)安装教程】—— Open Babel
■ 前置条件
· 已装 Open Babel(obabel 命令可用);若要用源码插件需 Open Babel 源码与编译环境。
■ 本扩展是什么
Open Babel 官方维护的化学别名(超原子、SMILES 缩写)公共数据仓库,提供 superatom.txt 等别名与 SMILES 展开定义,供程序识别并展开复杂基团缩写。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 是插件/格式扩展源码;.cpp 是单独的操作插件源码。
■ 安装步骤
1. 解压后把源码放入 Open Babel 源码树对应目录(formats/ 或 ops/)。
2. 重新用 CMake 配置并编译安装(或按仓库 README 编译出插件库)。
3. 命令行运行 obabel -L formats 或 obabel -L ops 查看插件是否注册成功。
4. 之后即可用 obabel -i/-o 指定新格式,或用 --ops 调用新操作。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「超原子别名库」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/openbabel/superatoms
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
unique · 去除重复结构
util | 0.01 MB | 1 个文件
Open Babel 操作插件,依据规范化表达式识别并剔除重复分子,只保留唯一结构,用于化合物库去重。
包含文件:unique.cpp
安装教程(点击展开)
【去除重复结构(unique)安装教程】—— Open Babel
■ 前置条件
· 已装 Open Babel(obabel 命令可用);若要用源码插件需 Open Babel 源码与编译环境。
■ 本扩展是什么
Open Babel 操作插件,依据规范化表达式识别并剔除重复分子,只保留唯一结构,用于化合物库去重。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.cpp)。
· .zip 是插件/格式扩展源码;.cpp 是单独的操作插件源码。
■ 安装步骤
1. 解压后把源码放入 Open Babel 源码树对应目录(formats/ 或 ops/)。
2. 重新用 CMake 配置并编译安装(或按仓库 README 编译出插件库)。
3. 命令行运行 obabel -L formats 或 obabel -L ops 查看插件是否注册成功。
4. 之后即可用 obabel -i/-o 指定新格式,或用 --ops 调用新操作。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「去除重复结构」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/openbabel/openbabel
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
xout · 输出XML结构
util | 0.01 MB | 1 个文件
Open Babel 操作插件,把分子及其坐标以 XML 结构形式导出,便于与其他程序交换带结构信息的分子数据。
包含文件:xout.cpp
安装教程(点击展开)
【输出XML结构(xout)安装教程】—— Open Babel
■ 前置条件
· 已装 Open Babel(obabel 命令可用);若要用源码插件需 Open Babel 源码与编译环境。
■ 本扩展是什么
Open Babel 操作插件,把分子及其坐标以 XML 结构形式导出,便于与其他程序交换带结构信息的分子数据。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:其它文件(.cpp)。
· .zip 是插件/格式扩展源码;.cpp 是单独的操作插件源码。
■ 安装步骤
1. 解压后把源码放入 Open Babel 源码树对应目录(formats/ 或 ops/)。
2. 重新用 CMake 配置并编译安装(或按仓库 README 编译出插件库)。
3. 命令行运行 obabel -L formats 或 obabel -L ops 查看插件是否注册成功。
4. 之后即可用 obabel -i/-o 指定新格式,或用 --ops 调用新操作。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「输出XML结构」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/openbabel/openbabel
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
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