NAMD 插件合集（共 18 个）

【自适应偏置力示例文件（ABF-example-files-for-NAMD-and-OpenMM）安装教程】—— NAMD

■ 前置条件
   · 已装 NAMD（官方发行包）；需要编译的插件另需 C++ 编译环境。

■ 本扩展是什么
   NAMD 与 OpenMM 的自适应偏置力模拟示例文件，包含输入脚本、配置与运行说明，可直接参考搭建自由能计算任务。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件/扩展源码或示例脚本（C++ 源码、Tcl 脚本、示例配置）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. 脚本类（Tcl/Python）：按 README 修改路径后在 namd2 / vmd 里 source 或运行。
   3. 库类（如 Colvars、力场文件）：把文件放到 NAMD 安装目录或工作目录，在 .conf 里用对应关键字启用。
   4. 需要编译的插件按 README 编译得到 so/dll，并设置环境变量指向它。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「自适应偏置力示例文件」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/fhh2626/ABF-example-files-for-NAMD-and-OpenMM
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【AMBER 力场移植文件（AMBERff-in-NAMD）安装教程】—— NAMD

■ 前置条件
   · 已装 NAMD（官方发行包）；需要编译的插件另需 C++ 编译环境。

■ 本扩展是什么
   为 NAMD 提供的 AMBER 力场参数文件与配置，使 NAMD 能使用 AMBER 系列力场进行蛋白与核酸体系模拟，便于与其它软件结果对照。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件/扩展源码或示例脚本（C++ 源码、Tcl 脚本、示例配置）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. 脚本类（Tcl/Python）：按 README 修改路径后在 namd2 / vmd 里 source 或运行。
   3. 库类（如 Colvars、力场文件）：把文件放到 NAMD 安装目录或工作目录，在 .conf 里用对应关键字启用。
   4. 需要编译的插件按 README 编译得到 so/dll，并设置环境变量指向它。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「AMBER 力场移植文件」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/Hadden-lab/AMBERff-in-NAMD
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【云端模拟笔记本集（Colab_NAMD_Suite）安装教程】—— NAMD

■ 前置条件
   · 已装 NAMD（官方发行包）；需要编译的插件另需 C++ 编译环境。

■ 本扩展是什么
   运行 NAMD 分子动力学模拟的 Colab 笔记本集合，可在浏览器中免费搭建并运行 NAMD 模拟，适合教学与快速体验。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件/扩展源码或示例脚本（C++ 源码、Tcl 脚本、示例配置）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. 脚本类（Tcl/Python）：按 README 修改路径后在 namd2 / vmd 里 source 或运行。
   3. 库类（如 Colvars、力场文件）：把文件放到 NAMD 安装目录或工作目录，在 .conf 里用对应关键字启用。
   4. 需要编译的插件按 README 编译得到 so/dll，并设置环境变量指向它。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「云端模拟笔记本集」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/mabdelmaksoud53/Colab_NAMD_Suite
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【集合变量增强采样模块（colvars）安装教程】—— NAMD

■ 前置条件
   · 已装 NAMD（官方发行包）；需要编译的插件另需 C++ 编译环境。

■ 本扩展是什么
   Colvars 集合变量库，为 NAMD 提供高性能的集合变量与自由能采样实现，支持伞形采样、自适应偏置力、元动力学等多种增强采样算法，可与 NAMD 配置文件直接配合使用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件/扩展源码或示例脚本（C++ 源码、Tcl 脚本、示例配置）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. 脚本类（Tcl/Python）：按 README 修改路径后在 namd2 / vmd 里 source 或运行。
   3. 库类（如 Colvars、力场文件）：把文件放到 NAMD 安装目录或工作目录，在 .conf 里用对应关键字启用。
   4. 需要编译的插件按 README 编译得到 so/dll，并设置环境变量指向它。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「集合变量增强采样模块」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/Colvars/colvars
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【自适应偏置力分析工具（eABF-analyzer-for-NAMD）安装教程】—— NAMD

■ 前置条件
   · 已装 NAMD（官方发行包）；需要编译的插件另需 C++ 编译环境。

■ 本扩展是什么
   用于分析 NAMD 中一维扩展自适应偏置力与自适应偏置力模拟结果的分析脚本，可提取平均力势并绘制自由能曲线。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件/扩展源码或示例脚本（C++ 源码、Tcl 脚本、示例配置）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. 脚本类（Tcl/Python）：按 README 修改路径后在 namd2 / vmd 里 source 或运行。
   3. 库类（如 Colvars、力场文件）：把文件放到 NAMD 安装目录或工作目录，在 .conf 里用对应关键字启用。
   4. 需要编译的插件按 README 编译得到 so/dll，并设置环境变量指向它。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「自适应偏置力分析工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/fhh2626/eABF-analyzer-for-NAMD
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【集合变量示例文件集（examples）安装教程】—— NAMD

■ 前置条件
   · 已装 NAMD（官方发行包）；需要编译的插件另需 C++ 编译环境。

■ 本扩展是什么
   Colvars 模块的官方示例文件集合，包含多种集合变量定义与增强采样输入配置，可作为在 NAMD 中编写集合变量与自由能计算脚本的参考模板。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件/扩展源码或示例脚本（C++ 源码、Tcl 脚本、示例配置）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. 脚本类（Tcl/Python）：按 README 修改路径后在 namd2 / vmd 里 source 或运行。
   3. 库类（如 Colvars、力场文件）：把文件放到 NAMD 安装目录或工作目录，在 .conf 里用对应关键字启用。
   4. 需要编译的插件按 README 编译得到 so/dll，并设置环境变量指向它。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「集合变量示例文件集」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/Colvars/examples
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【结合自由能差计算工具（NAMD-FEP）安装教程】—— NAMD

■ 前置条件
   · 已装 NAMD（官方发行包）；需要编译的插件另需 C++ 编译环境。

■ 本扩展是什么
   基于 NAMD3 与云端 GPU 的结合自由能差计算工具，可在两配体之间做炼金自由能微扰计算，并支持云端 GPU 加速运算。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件/扩展源码或示例脚本（C++ 源码、Tcl 脚本、示例配置）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. 脚本类（Tcl/Python）：按 README 修改路径后在 namd2 / vmd 里 source 或运行。
   3. 库类（如 Colvars、力场文件）：把文件放到 NAMD 安装目录或工作目录，在 .conf 里用对应关键字启用。
   4. 需要编译的插件按 README 编译得到 so/dll，并设置环境变量指向它。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「结合自由能差计算工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/quantaosun/NAMD-FEP
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【建模运行一体化脚本（NAMD-MD）安装教程】—— NAMD

■ 前置条件
   · 已装 NAMD（官方发行包）；需要编译的插件另需 C++ 编译环境。

■ 本扩展是什么
   无需安装即可从零准备 NAMD 分子动力学模拟的开源脚本与教程，涵盖体系准备、输入文件生成与结果分析，便于快速上手。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件/扩展源码或示例脚本（C++ 源码、Tcl 脚本、示例配置）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. 脚本类（Tcl/Python）：按 README 修改路径后在 namd2 / vmd 里 source 或运行。
   3. 库类（如 Colvars、力场文件）：把文件放到 NAMD 安装目录或工作目录，在 .conf 里用对应关键字启用。
   4. 需要编译的插件按 README 编译得到 so/dll，并设置环境变量指向它。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「建模运行一体化脚本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/quantaosun/NAMD-MD
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【副本交换模拟工具集（NAMD-replica）安装教程】—— NAMD

■ 前置条件
   · 已装 NAMD（官方发行包）；需要编译的插件另需 C++ 编译环境。

■ 本扩展是什么
   NAMD 副本交换模拟辅助工具，提供多副本并行运行与交换的脚本和配置，简化副本交换增强采样在集群上的搭建与调度。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件/扩展源码或示例脚本（C++ 源码、Tcl 脚本、示例配置）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. 脚本类（Tcl/Python）：按 README 修改路径后在 namd2 / vmd 里 source 或运行。
   3. 库类（如 Colvars、力场文件）：把文件放到 NAMD 安装目录或工作目录，在 .conf 里用对应关键字启用。
   4. 需要编译的插件按 README 编译得到 so/dll，并设置环境变量指向它。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「副本交换模拟工具集」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/sunhwan/NAMD-replica
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【半经验量子力学接口（NAMD-xtb-QMMM-interface）安装教程】—— NAMD

■ 前置条件
   · 已装 NAMD（官方发行包）；需要编译的插件另需 C++ 编译环境。

■ 本扩展是什么
   把半经验量化程序 xtb 接入 NAMD 的 QM/MM 接口，提供编译与配置说明，使 NAMD 能调用 xtb 进行量子力学与分子力学混合计算。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件/扩展源码或示例脚本（C++ 源码、Tcl 脚本、示例配置）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. 脚本类（Tcl/Python）：按 README 修改路径后在 namd2 / vmd 里 source 或运行。
   3. 库类（如 Colvars、力场文件）：把文件放到 NAMD 安装目录或工作目录，在 .conf 里用对应关键字启用。
   4. 需要编译的插件按 README 编译得到 so/dll，并设置环境变量指向它。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「半经验量子力学接口」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/fhh2626/NAMD-xtb-QMMM-interface
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【智能体自动建模服务（NAMD_AGENT）安装教程】—— NAMD

■ 前置条件
   · 已装 NAMD（官方发行包）；需要编译的插件另需 C++ 编译环境。

■ 本扩展是什么
   面向 NAMD3 的智能体工作流服务，基于 MCP 协议封装体系构建、模拟运行与轨迹分析工具，可自动搭建多类蛋白与膜体系并完成分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件/扩展源码或示例脚本（C++ 源码、Tcl 脚本、示例配置）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. 脚本类（Tcl/Python）：按 README 修改路径后在 namd2 / vmd 里 source 或运行。
   3. 库类（如 Colvars、力场文件）：把文件放到 NAMD 安装目录或工作目录，在 .conf 里用对应关键字启用。
   4. 需要编译的插件按 README 编译得到 so/dll，并设置环境变量指向它。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「智能体自动建模服务」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/BaratiLab/NAMD_AGENT
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【神经网络势能接口（NNP-MM）安装教程】—— NAMD

■ 前置条件
   · 已装 NAMD（官方发行包）；需要编译的插件另需 C++ 编译环境。

■ 本扩展是什么
   将 TorchANI 神经网络势与 NAMD 对接的脚本，通过客户端服务器方式把机器学习势能嵌入 NAMD 模拟，实现 AI 势能驱动的分子动力学。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件/扩展源码或示例脚本（C++ 源码、Tcl 脚本、示例配置）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. 脚本类（Tcl/Python）：按 README 修改路径后在 namd2 / vmd 里 source 或运行。
   3. 库类（如 Colvars、力场文件）：把文件放到 NAMD 安装目录或工作目录，在 .conf 里用对应关键字启用。
   4. 需要编译的插件按 README 编译得到 so/dll，并设置环境变量指向它。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「神经网络势能接口」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/RowleyGroup/NNP-MM
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【并行级联采样工具箱（PaCS-Toolkit）安装教程】—— NAMD

■ 前置条件
   · 已装 NAMD（官方发行包）；需要编译的插件另需 C++ 编译环境。

■ 本扩展是什么
   支持 PaCS-MD 并行级联选择分子动力学增强采样的工具箱，可在 NAMD 等引擎上执行采样并进行分析与可视化，提升构象搜索效率。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件/扩展源码或示例脚本（C++ 源码、Tcl 脚本、示例配置）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. 脚本类（Tcl/Python）：按 README 修改路径后在 namd2 / vmd 里 source 或运行。
   3. 库类（如 Colvars、力场文件）：把文件放到 NAMD 安装目录或工作目录，在 .conf 里用对应关键字启用。
   4. 需要编译的插件按 README 编译得到 so/dll，并设置环境变量指向它。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「并行级联采样工具箱」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/Kitaolab/PaCS-Toolkit
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【自动体系构建工具（pestifer）安装教程】—— NAMD

■ 前置条件
   · 已装 NAMD（官方发行包）；需要编译的插件另需 C++ 编译环境。

■ 本扩展是什么
   面向 NAMD 的自动体系构建工具，可根据输入结构自动搭建溶剂化、加离子与膜蛋白模拟体系，生成可直接运行的 NAMD 输入文件与参数。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件/扩展源码或示例脚本（C++ 源码、Tcl 脚本、示例配置）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. 脚本类（Tcl/Python）：按 README 修改路径后在 namd2 / vmd 里 source 或运行。
   3. 库类（如 Colvars、力场文件）：把文件放到 NAMD 安装目录或工作目录，在 .conf 里用对应关键字启用。
   4. 需要编译的插件按 README 编译得到 so/dll，并设置环境变量指向它。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「自动体系构建工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/cameronabrams/pestifer
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【体系生成脚本集（psfgen）安装教程】—— NAMD

■ 前置条件
   · 已装 NAMD（官方发行包）；需要编译的插件另需 C++ 编译环境。

■ 本扩展是什么
   用于生成 NAMD 分子体系结构的 Tcl、psfgen 与 bash 脚本集合，可自动构建蛋白质等体系的 PSF 与 PDB 文件，供 NAMD 模拟直接使用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件/扩展源码或示例脚本（C++ 源码、Tcl 脚本、示例配置）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. 脚本类（Tcl/Python）：按 README 修改路径后在 namd2 / vmd 里 source 或运行。
   3. 库类（如 Colvars、力场文件）：把文件放到 NAMD 安装目录或工作目录，在 .conf 里用对应关键字启用。
   4. 需要编译的插件按 README 编译得到 so/dll，并设置环境变量指向它。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「体系生成脚本集」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/cameronabrams/psfgen
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【混合蒙特卡洛联动工具（py-MCMD）安装教程】—— NAMD

■ 前置条件
   · 已装 NAMD（官方发行包）；需要编译的插件另需 C++ 编译环境。

■ 本扩展是什么
   用于搭建 NAMD 与 GOMC 混合分子动力学与蒙特卡洛模拟的 Python 工具，支持 NVT、NPT 等系综的 MD/MC 联合计算与数据合并。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件/扩展源码或示例脚本（C++ 源码、Tcl 脚本、示例配置）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. 脚本类（Tcl/Python）：按 README 修改路径后在 namd2 / vmd 里 source 或运行。
   3. 库类（如 Colvars、力场文件）：把文件放到 NAMD 安装目录或工作目录，在 .conf 里用对应关键字启用。
   4. 需要编译的插件按 README 编译得到 so/dll，并设置环境变量指向它。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「混合蒙特卡洛联动工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/GOMC-WSU/py-MCMD
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Python 分析工具集（pynamd）安装教程】—— NAMD

■ 前置条件
   · 已装 NAMD（官方发行包）；需要编译的插件另需 C++ 编译环境。

■ 本扩展是什么
   面向 NAMD 的 Python 分析工具集，用于读取与处理 NAMD 输出，提供轨迹分析、数据提取与绘图等功能，方便批量处理模拟结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件/扩展源码或示例脚本（C++ 源码、Tcl 脚本、示例配置）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. 脚本类（Tcl/Python）：按 README 修改路径后在 namd2 / vmd 里 source 或运行。
   3. 库类（如 Colvars、力场文件）：把文件放到 NAMD 安装目录或工作目录，在 .conf 里用对应关键字启用。
   4. 需要编译的插件按 README 编译得到 so/dll，并设置环境变量指向它。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Python 分析工具集」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/radakb/pynamd
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【炼金自由能扰动工具（TIES_MD）安装教程】—— NAMD

■ 前置条件
   · 已装 NAMD（官方发行包）；需要编译的插件另需 C++ 编译环境。

■ 本扩展是什么
   基于 NAMD 与 OpenMM 的 Python 结合自由能计算包，采用炼金自由能微扰方法计算配体与受体的结合自由能，兼容多引擎运行。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是插件/扩展源码或示例脚本（C++ 源码、Tcl 脚本、示例配置）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. 脚本类（Tcl/Python）：按 README 修改路径后在 namd2 / vmd 里 source 或运行。
   3. 库类（如 Colvars、力场文件）：把文件放到 NAMD 安装目录或工作目录，在 .conf 里用对应关键字启用。
   4. 需要编译的插件按 README 编译得到 so/dll，并设置环境变量指向它。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「炼金自由能扰动工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/UCL-CCS/TIES_MD
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。