MDAnalysis 插件合集（共 31 个）

【结构碰撞检测（CheckStructure）安装教程】—— MDAnalysis

■ 前置条件
   · 已装 Python 与 MDAnalysis（pip install mdanalysis）；部分 kit 需额外依赖。

■ 本扩展是什么
   基于分析基类实现的结构检查扩展，沿轨迹逐帧检测原子间的非物理碰撞与重叠，帮助定位建模或模拟过程中出现的结构缺陷。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 MDAKit 扩展包源码（Python 包，含 pyproject.toml 与文档）。

■ 安装步骤
   1. 推荐直接安装：按 kit 名称 `pip install <kit名>`（MDAKits 注册表内的包多数已发布到 PyPI/conda）。
   2. 离线安装：解压后 `pip install .`（源码包方式）。
   3. 在 Python 里 import 对应模块，与 MDAnalysis 的 Universe 配合使用。
   4. 报错缺依赖时，按包内 requirements 安装（常见 numpy/matplotlib/scipy）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「结构碰撞检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/IAlibay/CheckStructure
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【膜有序域识别（domhmm）安装教程】—— MDAnalysis

■ 前置条件
   · 已装 Python 与 MDAnalysis（pip install mdanalysis）；部分 kit 需额外依赖。

■ 本扩展是什么
   利用高斯混合模型与隐马尔可夫模型等无监督机器学习方法检测生物膜中的液态有序结构域，并通过空间自相关分析把有序脂质聚类成域。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 MDAKit 扩展包源码（Python 包，含 pyproject.toml 与文档）。

■ 安装步骤
   1. 推荐直接安装：按 kit 名称 `pip install <kit名>`（MDAKits 注册表内的包多数已发布到 PyPI/conda）。
   2. 离线安装：解压后 `pip install .`（源码包方式）。
   3. 在 Python 里 import 对应模块，与 MDAnalysis 的 Universe 配合使用。
   4. 报错缺依赖时，按包内 requirements 安装（常见 numpy/matplotlib/scipy）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「膜有序域识别」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/BioMemPhys-FAU/domhmm
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【蛋白质螺旋分析（helanal）安装教程】—— MDAnalysis

■ 前置条件
   · 已装 Python 与 MDAnalysis（pip install mdanalysis）；部分 kit 需额外依赖。

■ 本扩展是什么
   基于蛋白质主链的碳原子分析螺旋结构，量化局部弯曲角与全局螺旋轴走向等几何特征，用于描述膜蛋白或纤维结构中螺旋的形变。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 MDAKit 扩展包源码（Python 包，含 pyproject.toml 与文档）。

■ 安装步骤
   1. 推荐直接安装：按 kit 名称 `pip install <kit名>`（MDAKits 注册表内的包多数已发布到 PyPI/conda）。
   2. 离线安装：解压后 `pip install .`（源码包方式）。
   3. 在 Python 里 import 对应模块，与 MDAnalysis 的 Universe 配合使用。
   4. 报错缺依赖时，按包内 requirements 安装（常见 numpy/matplotlib/scipy）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「蛋白质螺旋分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/MDAnalysis/helanal
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【脂质序参数计算（lipidorderkit）安装教程】—— MDAnalysis

■ 前置条件
   · 已装 Python 与 MDAnalysis（pip install mdanalysis）；部分 kit 需额外依赖。

■ 本扩展是什么
   针对全原子分子动力学模拟计算脂质分子的序参数，可批量统计不同脂质类型沿酰基链的氘代序参数曲线，用于评估膜的有序程度。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 MDAKit 扩展包源码（Python 包，含 pyproject.toml 与文档）。

■ 安装步骤
   1. 推荐直接安装：按 kit 名称 `pip install <kit名>`（MDAKits 注册表内的包多数已发布到 PyPI/conda）。
   2. 离线安装：解压后 `pip install .`（源码包方式）。
   3. 在 Python 里 import 对应模块，与 MDAnalysis 的 Universe 配合使用。
   4. 报错缺依赖时，按包内 requirements 安装（常见 numpy/matplotlib/scipy）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「脂质序参数计算」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/ricard1997/lipidorderkit
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【膜叶分析工具包（lipyds）安装教程】—— MDAnalysis

■ 前置条件
   · 已装 Python 与 MDAnalysis（pip install mdanalysis）；部分 kit 需额外依赖。

■ 本扩展是什么
   面向分子动力学轨迹的膜叶分析工具箱，可按脂质头部基团把膜划分为上下叶并计算每叶的组成、面积与厚度随时间的变化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 MDAKit 扩展包源码（Python 包，含 pyproject.toml 与文档）。

■ 安装步骤
   1. 推荐直接安装：按 kit 名称 `pip install <kit名>`（MDAKits 注册表内的包多数已发布到 PyPI/conda）。
   2. 离线安装：解压后 `pip install .`（源码包方式）。
   3. 在 Python 里 import 对应模块，与 MDAnalysis 的 Universe 配合使用。
   4. 报错缺依赖时，按包内 requirements 安装（常见 numpy/matplotlib/scipy）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「膜叶分析工具包」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/lilyminium/lipyds
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【界面受限体系分析（maicos）安装教程】—— MDAnalysis

■ 前置条件
   · 已装 Python 与 MDAnalysis（pip install mdanalysis）；部分 kit 需额外依赖。

■ 本扩展是什么
   用于分析界面与受限体系中分子动力学模拟的扩展库，可计算密度、介电常数、表面张力等沿法向分布的剖面量。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 MDAKit 扩展包源码（Python 包，含 pyproject.toml 与文档）。

■ 安装步骤
   1. 推荐直接安装：按 kit 名称 `pip install <kit名>`（MDAKits 注册表内的包多数已发布到 PyPI/conda）。
   2. 离线安装：解压后 `pip install .`（源码包方式）。
   3. 在 Python 里 import 对应模块，与 MDAnalysis 的 Universe 配合使用。
   4. 报错缺依赖时，按包内 requirements 安装（常见 numpy/matplotlib/scipy）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「界面受限体系分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/maicos-devel/maicos
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【终端轨迹变换工具（mda-tui）安装教程】—— MDAnalysis

■ 前置条件
   · 已装 Python 与 MDAnalysis（pip install mdanalysis）；部分 kit 需额外依赖。

■ 本扩展是什么
   在命令行终端中以交互式界面浏览轨迹并对体系执行变换操作，无需编写脚本即可完成选区、旋转、居中与写帧等常见预处理。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 MDAKit 扩展包源码（Python 包，含 pyproject.toml 与文档）。

■ 安装步骤
   1. 推荐直接安装：按 kit 名称 `pip install <kit名>`（MDAKits 注册表内的包多数已发布到 PyPI/conda）。
   2. 离线安装：解压后 `pip install .`（源码包方式）。
   3. 在 Python 里 import 对应模块，与 MDAnalysis 的 Universe 配合使用。
   4. 报错缺依赖时，按包内 requirements 安装（常见 numpy/matplotlib/scipy）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「终端轨迹变换工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/p-j-smith/mda-tui
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【命令行分析接口（mdacli）安装教程】—— MDAnalysis

■ 前置条件
   · 已装 Python 与 MDAnalysis（pip install mdanalysis）；部分 kit 需额外依赖。

■ 本扩展是什么
   为 MDAnalysis 各类分析模块生成统一的命令行接口，用户无需编写 Python 即可通过参数调用分析类并导出结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 MDAKit 扩展包源码（Python 包，含 pyproject.toml 与文档）。

■ 安装步骤
   1. 推荐直接安装：按 kit 名称 `pip install <kit名>`（MDAKits 注册表内的包多数已发布到 PyPI/conda）。
   2. 离线安装：解压后 `pip install .`（源码包方式）。
   3. 在 Python 里 import 对应模块，与 MDAnalysis 的 Universe 配合使用。
   4. 报错缺依赖时，按包内 requirements 安装（常见 numpy/matplotlib/scipy）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「命令行分析接口」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/MDAnalysis/mdacli
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【系综相似性分析（mdaencore）安装教程】—— MDAnalysis

■ 前置条件
   · 已装 Python 与 MDAnalysis（pip install mdanalysis）；部分 kit 需额外依赖。

■ 本扩展是什么
   面向分子数据的定量系综相似性分析扩展，基于协方差矩阵与主成分等方法比较不同模拟系综之间的相似程度。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 MDAKit 扩展包源码（Python 包，含 pyproject.toml 与文档）。

■ 安装步骤
   1. 推荐直接安装：按 kit 名称 `pip install <kit名>`（MDAKits 注册表内的包多数已发布到 PyPI/conda）。
   2. 离线安装：解压后 `pip install .`（源码包方式）。
   3. 在 Python 里 import 对应模块，与 MDAnalysis 的 Universe 配合使用。
   4. 报错缺依赖时，按包内 requirements 安装（常见 numpy/matplotlib/scipy）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「系综相似性分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/MDAnalysis/mdaencore
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【孔道分析接口（mdahole2）安装教程】—— MDAnalysis

■ 前置条件
   · 已装 Python 与 MDAnalysis（pip install mdanalysis）；部分 kit 需额外依赖。

■ 本扩展是什么
   为 HOLE 套件提供 Python 接口，可沿时间或任意序参量分析离子通道孔道与转运蛋白路径的半径与形状变化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 MDAKit 扩展包源码（Python 包，含 pyproject.toml 与文档）。

■ 安装步骤
   1. 推荐直接安装：按 kit 名称 `pip install <kit名>`（MDAKits 注册表内的包多数已发布到 PyPI/conda）。
   2. 离线安装：解压后 `pip install .`（源码包方式）。
   3. 在 Python 里 import 对应模块，与 MDAnalysis 的 Universe 配合使用。
   4. 报错缺依赖时，按包内 requirements 安装（常见 numpy/matplotlib/scipy）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「孔道分析接口」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/MDAnalysis/mdahole2
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【溶剂可及表面积（mdakit_sasa）安装教程】—— MDAnalysis

■ 前置条件
   · 已装 Python 与 MDAnalysis（pip install mdanalysis）；部分 kit 需额外依赖。

■ 本扩展是什么
   借助 FreeSASA 计算分子动力学轨迹中体系或选区的溶剂可及表面积，可按原子或残基统计并以时间序列输出。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 MDAKit 扩展包源码（Python 包，含 pyproject.toml 与文档）。

■ 安装步骤
   1. 推荐直接安装：按 kit 名称 `pip install <kit名>`（MDAKits 注册表内的包多数已发布到 PyPI/conda）。
   2. 离线安装：解压后 `pip install .`（源码包方式）。
   3. 在 Python 里 import 对应模块，与 MDAnalysis 的 Universe 配合使用。
   4. 报错缺依赖时，按包内 requirements 安装（常见 numpy/matplotlib/scipy）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「溶剂可及表面积」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/pegerto/mdakit_sasa
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【分子系综聚类（MDANCE）安装教程】—— MDAnalysis

■ 前置条件
   · 已装 Python 与 MDAnalysis（pip install mdanalysis）；部分 kit 需额外依赖。

■ 本扩展是什么
   面向分子动力学轨迹的灵活多元聚类程序包，支持基于相似性度量的系综划分与代表性构象选取，适合大规模构象空间的快速归类。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 MDAKit 扩展包源码（Python 包，含 pyproject.toml 与文档）。

■ 安装步骤
   1. 推荐直接安装：按 kit 名称 `pip install <kit名>`（MDAKits 注册表内的包多数已发布到 PyPI/conda）。
   2. 离线安装：解压后 `pip install .`（源码包方式）。
   3. 在 Python 里 import 对应模块，与 MDAnalysis 的 Universe 配合使用。
   4. 报错缺依赖时，按包内 requirements 安装（常见 numpy/matplotlib/scipy）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分子系综聚类」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/mqcomplab/MDANCE
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【分子二维可视化（MDonatello）安装教程】—— MDAnalysis

■ 前置条件
   · 已装 Python 与 MDAnalysis（pip install mdanalysis）；部分 kit 需额外依赖。

■ 本扩展是什么
   在笔记本环境中对小分子进行二维结构可视化的扩展，可结合轨迹高亮显示配体及其周围口袋残基，便于整理模拟结果配图。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 MDAKit 扩展包源码（Python 包，含 pyproject.toml 与文档）。

■ 安装步骤
   1. 推荐直接安装：按 kit 名称 `pip install <kit名>`（MDAKits 注册表内的包多数已发布到 PyPI/conda）。
   2. 离线安装：解压后 `pip install .`（源码包方式）。
   3. 在 Python 里 import 对应模块，与 MDAnalysis 的 Universe 配合使用。
   4. 报错缺依赖时，按包内 requirements 安装（常见 numpy/matplotlib/scipy）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分子二维可视化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/talagayev/MDonatello
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【膜曲率计算（membrane-curvature）安装教程】—— MDAnalysis

■ 前置条件
   · 已装 Python 与 MDAnalysis（pip install mdanalysis）；部分 kit 需额外依赖。

■ 本扩展是什么
   从分子动力学模拟的膜体系中计算高斯曲率与平均曲率，用于研究膜泡、管状结构与蛋白质诱导的膜形变。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 MDAKit 扩展包源码（Python 包，含 pyproject.toml 与文档）。

■ 安装步骤
   1. 推荐直接安装：按 kit 名称 `pip install <kit名>`（MDAKits 注册表内的包多数已发布到 PyPI/conda）。
   2. 离线安装：解压后 `pip install .`（源码包方式）。
   3. 在 Python 里 import 对应模块，与 MDAnalysis 的 Universe 配合使用。
   4. 报错缺依赖时，按包内 requirements 安装（常见 numpy/matplotlib/scipy）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「膜曲率计算」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/MDAnalysis/membrane-curvature
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【门格曲率分析（menger_curvature）安装教程】—— MDAnalysis

■ 前置条件
   · 已装 Python 与 MDAnalysis（pip install mdanalysis）；部分 kit 需额外依赖。

■ 本扩展是什么
   为聚合物提供即时编译加速的门格曲率计算，可为尽可能多的残基赋予曲率数值并统计平均值与标准差，刻画主链局部动力学。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 MDAKit 扩展包源码（Python 包，含 pyproject.toml 与文档）。

■ 安装步骤
   1. 推荐直接安装：按 kit 名称 `pip install <kit名>`（MDAKits 注册表内的包多数已发布到 PyPI/conda）。
   2. 离线安装：解压后 `pip install .`（源码包方式）。
   3. 在 Python 里 import 对应模块，与 MDAnalysis 的 Universe 配合使用。
   4. 报错缺依赖时，按包内 requirements 安装（常见 numpy/matplotlib/scipy）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「门格曲率分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/EtienneReboul/menger_curvature
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【模拟报告器（openmm-mdanalysis-reporter）安装教程】—— MDAnalysis

■ 前置条件
   · 已装 Python 与 MDAnalysis（pip install mdanalysis）；部分 kit 需额外依赖。

■ 本扩展是什么
   面向 OpenMM 的 MDAnalysis 报告器集合，可在模拟过程中实时写出坐标、能量与自定义分析量，便于在线监控模拟。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 MDAKit 扩展包源码（Python 包，含 pyproject.toml 与文档）。

■ 安装步骤
   1. 推荐直接安装：按 kit 名称 `pip install <kit名>`（MDAKits 注册表内的包多数已发布到 PyPI/conda）。
   2. 离线安装：解压后 `pip install .`（源码包方式）。
   3. 在 Python 里 import 对应模块，与 MDAnalysis 的 Universe 配合使用。
   4. 报错缺依赖时，按包内 requirements 安装（常见 numpy/matplotlib/scipy）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「模拟报告器」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/sef43/openmm-mdanalysis-reporter
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【蛋白配体模拟界面（OpenMMDL）安装教程】—— MDAnalysis

■ 前置条件
   · 已装 Python 与 MDAnalysis（pip install mdanalysis）；部分 kit 需额外依赖。

■ 本扩展是什么
   为蛋白配体复合物提供基于 OpenMM 的模拟搭建与分析一体化界面，可自动准备体系、运行模拟并生成包含三维可视化的网页分析报告。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 MDAKit 扩展包源码（Python 包，含 pyproject.toml 与文档）。

■ 安装步骤
   1. 推荐直接安装：按 kit 名称 `pip install <kit名>`（MDAKits 注册表内的包多数已发布到 PyPI/conda）。
   2. 离线安装：解压后 `pip install .`（源码包方式）。
   3. 在 Python 里 import 对应模块，与 MDAnalysis 的 Universe 配合使用。
   4. 报错缺依赖时，按包内 requirements 安装（常见 numpy/matplotlib/scipy）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「蛋白配体模拟界面」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/wolberlab/OpenMMDL
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【膜堆积缺陷分析（packing_defect）安装教程】—— MDAnalysis

■ 前置条件
   · 已装 Python 与 MDAnalysis（pip install mdanalysis）；部分 kit 需额外依赖。

■ 本扩展是什么
   从分子动力学轨迹中分析膜的堆积缺陷，采用网格盖章、膜叶分类与连通域聚类量化蛋白与膜的相互作用，并提供可视化选项。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 MDAKit 扩展包源码（Python 包，含 pyproject.toml 与文档）。

■ 安装步骤
   1. 推荐直接安装：按 kit 名称 `pip install <kit名>`（MDAKits 注册表内的包多数已发布到 PyPI/conda）。
   2. 离线安装：解压后 `pip install .`（源码包方式）。
   3. 在 Python 里 import 对应模块，与 MDAnalysis 的 Universe 配合使用。
   4. 报错缺依赖时，按包内 requirements 安装（常见 numpy/matplotlib/scipy）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「膜堆积缺陷分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/jaybraunjr/packing_defect
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【路径相似度分析（PathSimAnalysis）安装教程】—— MDAnalysis

■ 前置条件
   · 已装 Python 与 MDAnalysis（pip install mdanalysis）；部分 kit 需额外依赖。

■ 本扩展是什么
   使用豪斯多夫距离与弗雷歇距离等路径度量计算分子动力学轨迹之间的几何相似性，用于比较不同路径或过渡态构象。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 MDAKit 扩展包源码（Python 包，含 pyproject.toml 与文档）。

■ 安装步骤
   1. 推荐直接安装：按 kit 名称 `pip install <kit名>`（MDAKits 注册表内的包多数已发布到 PyPI/conda）。
   2. 离线安装：解压后 `pip install .`（源码包方式）。
   3. 在 Python 里 import 对应模块，与 MDAnalysis 的 Universe 配合使用。
   4. 报错缺依赖时，按包内 requirements 安装（常见 numpy/matplotlib/scipy）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「路径相似度分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/MDAnalysis/PathSimAnalysis
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【相互作用指纹（ProLIF）安装教程】—— MDAnalysis

■ 前置条件
   · 已装 Python 与 MDAnalysis（pip install mdanalysis）；部分 kit 需额外依赖。

■ 本扩展是什么
   为蛋白配体复合物等体系计算相互作用指纹，可统计氢键、疏水接触、盐桥与堆积等相互作用并随时间绘制相互作用图谱。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 MDAKit 扩展包源码（Python 包，含 pyproject.toml 与文档）。

■ 安装步骤
   1. 推荐直接安装：按 kit 名称 `pip install <kit名>`（MDAKits 注册表内的包多数已发布到 PyPI/conda）。
   2. 离线安装：解压后 `pip install .`（源码包方式）。
   3. 在 Python 里 import 对应模块，与 MDAnalysis 的 Universe 配合使用。
   4. 报错缺依赖时，按包内 requirements 安装（常见 numpy/matplotlib/scipy）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「相互作用指纹」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/chemosim-lab/ProLIF
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【蛋白酸碱度估算（propkatraj）安装教程】—— MDAnalysis

■ 前置条件
   · 已装 Python 与 MDAnalysis（pip install mdanalysis）；部分 kit 需额外依赖。

■ 本扩展是什么
   采用系综方法对蛋白质中的可解离基团进行酸碱度估算，可把不同构象下的预测结果汇总为残基水平的酸碱度曲线。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 MDAKit 扩展包源码（Python 包，含 pyproject.toml 与文档）。

■ 安装步骤
   1. 推荐直接安装：按 kit 名称 `pip install <kit名>`（MDAKits 注册表内的包多数已发布到 PyPI/conda）。
   2. 离线安装：解压后 `pip install .`（源码包方式）。
   3. 在 Python 里 import 对应模块，与 MDAnalysis 的 Universe 配合使用。
   4. 报错缺依赖时，按包内 requirements 安装（常见 numpy/matplotlib/scipy）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「蛋白酸碱度估算」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/Becksteinlab/propkatraj
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【流体界面检测（pytim）安装教程】—— MDAnalysis

■ 前置条件
   · 已装 Python 与 MDAnalysis（pip install mdanalysis）；部分 kit 需额外依赖。

■ 本扩展是什么
   提供多种流体界面检测方法并分析界面性质，可计算本征表面、界面张力与界面附近密度分布等参量。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 MDAKit 扩展包源码（Python 包，含 pyproject.toml 与文档）。

■ 安装步骤
   1. 推荐直接安装：按 kit 名称 `pip install <kit名>`（MDAKits 注册表内的包多数已发布到 PyPI/conda）。
   2. 离线安装：解压后 `pip install .`（源码包方式）。
   3. 在 Python 里 import 对应模块，与 MDAnalysis 的 Universe 配合使用。
   4. 报错缺依赖时，按包内 requirements 安装（常见 numpy/matplotlib/scipy）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「流体界面检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/Marcello-Sega/pytim
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【量子酶模型生成（QMzyme）安装教程】—— MDAnalysis

■ 前置条件
   · 已装 Python 与 MDAnalysis（pip install mdanalysis）；部分 kit 需额外依赖。

■ 本扩展是什么
   面向酶催化体系的量子力学建模扩展，可自动从蛋白质结构中截取活性位点簇并生成量子化学输入文件，同时提供模型合理性与质子化态校验。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 MDAKit 扩展包源码（Python 包，含 pyproject.toml 与文档）。

■ 安装步骤
   1. 推荐直接安装：按 kit 名称 `pip install <kit名>`（MDAKits 注册表内的包多数已发布到 PyPI/conda）。
   2. 离线安装：解压后 `pip install .`（源码包方式）。
   3. 在 Python 里 import 对应模块，与 MDAnalysis 的 Universe 配合使用。
   4. 报错缺依赖时，按包内 requirements 安装（常见 numpy/matplotlib/scipy）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「量子酶模型生成」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/Klem-Research-Group/QMzyme
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【天然接触分数（qvalue）安装教程】—— MDAnalysis

■ 前置条件
   · 已装 Python 与 MDAnalysis（pip install mdanalysis）；部分 kit 需额外依赖。

■ 本扩展是什么
   计算蛋白质模拟过程中天然接触的保留比例，逐帧给出天然接触分数曲线用以表征折叠或去折叠过程。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 MDAKit 扩展包源码（Python 包，含 pyproject.toml 与文档）。

■ 安装步骤
   1. 推荐直接安装：按 kit 名称 `pip install <kit名>`（MDAKits 注册表内的包多数已发布到 PyPI/conda）。
   2. 离线安装：解压后 `pip install .`（源码包方式）。
   3. 在 Python 里 import 对应模块，与 MDAnalysis 的 Universe 配合使用。
   4. 报错缺依赖时，按包内 requirements 安装（常见 numpy/matplotlib/scipy）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「天然接触分数」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/cabb99/qvalue
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【溶剂化结构分析（solvation-analysis）安装教程】—— MDAnalysis

■ 前置条件
   · 已装 Python 与 MDAnalysis（pip install mdanalysis）；部分 kit 需额外依赖。

■ 本扩展是什么
   综合分析液体中的溶剂化结构，可统计配位数、配体交换与溶剂层组成，用于电解质与溶剂化壳层的研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 MDAKit 扩展包源码（Python 包，含 pyproject.toml 与文档）。

■ 安装步骤
   1. 推荐直接安装：按 kit 名称 `pip install <kit名>`（MDAKits 注册表内的包多数已发布到 PyPI/conda）。
   2. 离线安装：解压后 `pip install .`（源码包方式）。
   3. 在 Python 里 import 对应模块，与 MDAnalysis 的 Universe 配合使用。
   4. 报错缺依赖时，按包内 requirements 安装（常见 numpy/matplotlib/scipy）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「溶剂化结构分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/MDAnalysis/solvation-analysis
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【对称校正偏差（spyrmsdkit）安装教程】—— MDAnalysis

■ 前置条件
   · 已装 Python 与 MDAnalysis（pip install mdanalysis）；部分 kit 需额外依赖。

■ 本扩展是什么
   在分子动力学轨迹上调用 spyrmsd 计算对称性校正的均方根偏差，避免分子对称等效原子造成的偏差虚高，适合药物分子比较。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 MDAKit 扩展包源码（Python 包，含 pyproject.toml 与文档）。

■ 安装步骤
   1. 推荐直接安装：按 kit 名称 `pip install <kit名>`（MDAKits 注册表内的包多数已发布到 PyPI/conda）。
   2. 离线安装：解压后 `pip install .`（源码包方式）。
   3. 在 Python 里 import 对应模块，与 MDAnalysis 的 Universe 配合使用。
   4. 报错缺依赖时，按包内 requirements 安装（常见 numpy/matplotlib/scipy）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「对称校正偏差」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/RMeli/spyrmsdkit
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【输运性质分析（transport-analysis）安装教程】—— MDAnalysis

■ 前置条件
   · 已装 Python 与 MDAnalysis（pip install mdanalysis）；部分 kit 需额外依赖。

■ 本扩展是什么
   从分子模拟中计算并分析输运性质，可估算自扩散系数、离子电导率与黏度等参量并给出误差估计。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 MDAKit 扩展包源码（Python 包，含 pyproject.toml 与文档）。

■ 安装步骤
   1. 推荐直接安装：按 kit 名称 `pip install <kit名>`（MDAKits 注册表内的包多数已发布到 PyPI/conda）。
   2. 离线安装：解压后 `pip install .`（源码包方式）。
   3. 在 Python 里 import 对应模块，与 MDAnalysis 的 Universe 配合使用。
   4. 报错缺依赖时，按包内 requirements 安装（常见 numpy/matplotlib/scipy）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「输运性质分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/MDAnalysis/transport-analysis
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【脂质二维投影（twod-analysis-kit）安装教程】—— MDAnalysis

■ 前置条件
   · 已装 Python 与 MDAnalysis（pip install mdanalysis）；部分 kit 需额外依赖。

■ 本扩展是什么
   把脂质性质以二维方式投影到膜平面，可绘制脂质序参数、膜厚度、单脂面积与堆积缺陷的分布，并研究吸附在膜界面的生物聚合物。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 MDAKit 扩展包源码（Python 包，含 pyproject.toml 与文档）。

■ 安装步骤
   1. 推荐直接安装：按 kit 名称 `pip install <kit名>`（MDAKits 注册表内的包多数已发布到 PyPI/conda）。
   2. 离线安装：解压后 `pip install .`（源码包方式）。
   3. 在 Python 里 import 对应模块，与 MDAnalysis 的 Universe 配合使用。
   4. 报错缺依赖时，按包内 requirements 安装（常见 numpy/matplotlib/scipy）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「脂质二维投影」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/monjegroup/twod-analysis-kit
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【水分子动力学分析（waterdynamics）安装教程】—— MDAnalysis

■ 前置条件
   · 已装 Python 与 MDAnalysis（pip install mdanalysis）；部分 kit 需额外依赖。

■ 本扩展是什么
   分析分子动力学轨迹中水分子的动力学行为及其与其他分子的相互作用，可计算水的扩散、氢键寿命与滞留时间。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 MDAKit 扩展包源码（Python 包，含 pyproject.toml 与文档）。

■ 安装步骤
   1. 推荐直接安装：按 kit 名称 `pip install <kit名>`（MDAKits 注册表内的包多数已发布到 PyPI/conda）。
   2. 离线安装：解压后 `pip install .`（源码包方式）。
   3. 在 Python 里 import 对应模块，与 MDAnalysis 的 Universe 配合使用。
   4. 报错缺依赖时，按包内 requirements 安装（常见 numpy/matplotlib/scipy）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「水分子动力学分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/MDAnalysis/waterdynamics
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【云端轨迹读取（zarrtraj）安装教程】—— MDAnalysis

■ 前置条件
   · 已装 Python 与 MDAnalysis（pip install mdanalysis）；部分 kit 需额外依赖。

■ 本扩展是什么
   支持从对象存储中以流式方式读取与分析 H5MD 格式轨迹，可在不完整下载的情况下访问云端存放的大型模拟数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 MDAKit 扩展包源码（Python 包，含 pyproject.toml 与文档）。

■ 安装步骤
   1. 推荐直接安装：按 kit 名称 `pip install <kit名>`（MDAKits 注册表内的包多数已发布到 PyPI/conda）。
   2. 离线安装：解压后 `pip install .`（源码包方式）。
   3. 在 Python 里 import 对应模块，与 MDAnalysis 的 Universe 配合使用。
   4. 报错缺依赖时，按包内 requirements 安装（常见 numpy/matplotlib/scipy）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「云端轨迹读取」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/Becksteinlab/zarrtraj
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【流体力学性质计算（zenowrapper）安装教程】—— MDAnalysis

■ 前置条件
   · 已装 Python 与 MDAnalysis（pip install mdanalysis）；部分 kit 需额外依赖。

■ 本扩展是什么
   通过布朗运动蒙特卡洛路径积分技术计算颗粒的流体力学与电学性质，可估算流体力学半径、扩散系数与固有黏度等参量。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是 MDAKit 扩展包源码（Python 包，含 pyproject.toml 与文档）。

■ 安装步骤
   1. 推荐直接安装：按 kit 名称 `pip install <kit名>`（MDAKits 注册表内的包多数已发布到 PyPI/conda）。
   2. 离线安装：解压后 `pip install .`（源码包方式）。
   3. 在 Python 里 import 对应模块，与 MDAnalysis 的 Universe 配合使用。
   4. 报错缺依赖时，按包内 requirements 安装（常见 numpy/matplotlib/scipy）。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「流体力学性质计算」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/usnistgov/zenowrapper
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。