ilastik 插件合集(共 20 个)
交互式机器学习图像分割工具(官方扩展与配套组件) | 分类:病理图片处理 | 每个插件都附中文说明与安装教程,下载走百度网盘 / 夸克网盘。
插件清单
clearscale · 多尺度图像元数据工具
ai | 0.24 MB | 1 个文件
无依赖的 Python 库,用于管理多尺度图像元数据,兼容各版本 OME-Zarr,在缩放时同步维护层级与物理尺寸信息。
包含文件:clearscale-main.zip
安装教程(点击展开)
【多尺度图像元数据工具(clearscale)安装教程】—— ilastik
■ 前置条件
· 已安装 ilastik 1.4 及以上(官网 https://www.ilastik.org/download.html 下载安装包,自带独立 Python 环境)。
■ 本扩展是什么
无依赖的 Python 库,用于管理多尺度图像元数据,兼容各版本 OME-Zarr,在缩放时同步维护层级与物理尺寸信息。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 是官方仓库源码/发布包;Python 库(lazyflow、volumina 等)ilastik 安装包已内置,一般无需单独装。
■ 安装步骤
1. 先确认 ilastik 版本(菜单 帮助 → 关于)。
2. 按扩展类型处理:
· ImageJ 插件(ilastik4ij):把 .jar 复制到 Fiji.app/plugins/,重启 Fiji 后用 Plugins → ilastik。
· napari 插件(ilastik-napari):napari 里 Plugins → Install/Uninstall Plugins 搜 ilastik,或 pip install。
· Python 库:在 ilastik 自带的 Python 环境里 pip install <包名>(解压源码后 pip install .)。
3. ilastik 本体的对象特征/追踪类插件:解压后放入插件目录,或在 ilastik 的 Python 环境里 pip install 后重启。
4. 重启对应软件(ilastik / Fiji / napari)。
■ 验证是否装好
· Fiji 在 Plugins → ilastik 有菜单;napari 在 Plugins 列表里能看到 ilastik。
· ilastik 新建工程时能看到对应的特征/分割选项。
■ 常见问题
· pip 装不上:确认用的是 ilastik 自带的 Python 环境,不要用系统 Python。
· 版本不匹配:ilastik 主版本升级后旧插件可能失效,把版本号发客服换包。
■ 来源与版权
https://github.com/ilastik/clearscale
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多尺度图像元数据工具」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/ilastik/clearscale
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。dpct · 动态规划细胞追踪
ai | 0.21 MB | 1 个文件
独立的细胞追踪工具,用改进的最短路径算法求解可分裂目标的追踪,连起细胞在时间序列中的迁移与分裂路径。
包含文件:dpct-main.zip
安装教程(点击展开)
【动态规划细胞追踪(dpct)安装教程】—— ilastik
■ 前置条件
· 已安装 ilastik 1.4 及以上(官网 https://www.ilastik.org/download.html 下载安装包,自带独立 Python 环境)。
■ 本扩展是什么
独立的细胞追踪工具,用改进的最短路径算法求解可分裂目标的追踪,连起细胞在时间序列中的迁移与分裂路径。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 是官方仓库源码/发布包;Python 库(lazyflow、volumina 等)ilastik 安装包已内置,一般无需单独装。
■ 安装步骤
1. 先确认 ilastik 版本(菜单 帮助 → 关于)。
2. 按扩展类型处理:
· ImageJ 插件(ilastik4ij):把 .jar 复制到 Fiji.app/plugins/,重启 Fiji 后用 Plugins → ilastik。
· napari 插件(ilastik-napari):napari 里 Plugins → Install/Uninstall Plugins 搜 ilastik,或 pip install。
· Python 库:在 ilastik 自带的 Python 环境里 pip install <包名>(解压源码后 pip install .)。
3. ilastik 本体的对象特征/追踪类插件:解压后放入插件目录,或在 ilastik 的 Python 环境里 pip install 后重启。
4. 重启对应软件(ilastik / Fiji / napari)。
■ 验证是否装好
· Fiji 在 Plugins → ilastik 有菜单;napari 在 Plugins 列表里能看到 ilastik。
· ilastik 新建工程时能看到对应的特征/分割选项。
■ 常见问题
· pip 装不上:确认用的是 ilastik 自带的 Python 环境,不要用系统 Python。
· 版本不匹配:ilastik 主版本升级后旧插件可能失效,把版本号发客服换包。
■ 来源与版权
https://github.com/ilastik/dpct
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「动态规划细胞追踪」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/ilastik/dpct
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。fastfilters · 快速图像滤波器
ai | 0.98 MB | 1 个文件
高效计算高斯梯度、拉普拉斯等滤波响应的库,为图像提取纹理与边缘特征,是 ilastik 特征计算流程的底层组件。
包含文件:fastfilters-main.zip
安装教程(点击展开)
【快速图像滤波器(fastfilters)安装教程】—— ilastik
■ 前置条件
· 已安装 ilastik 1.4 及以上(官网 https://www.ilastik.org/download.html 下载安装包,自带独立 Python 环境)。
■ 本扩展是什么
高效计算高斯梯度、拉普拉斯等滤波响应的库,为图像提取纹理与边缘特征,是 ilastik 特征计算流程的底层组件。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 是官方仓库源码/发布包;Python 库(lazyflow、volumina 等)ilastik 安装包已内置,一般无需单独装。
■ 安装步骤
1. 先确认 ilastik 版本(菜单 帮助 → 关于)。
2. 按扩展类型处理:
· ImageJ 插件(ilastik4ij):把 .jar 复制到 Fiji.app/plugins/,重启 Fiji 后用 Plugins → ilastik。
· napari 插件(ilastik-napari):napari 里 Plugins → Install/Uninstall Plugins 搜 ilastik,或 pip install。
· Python 库:在 ilastik 自带的 Python 环境里 pip install <包名>(解压源码后 pip install .)。
3. ilastik 本体的对象特征/追踪类插件:解压后放入插件目录,或在 ilastik 的 Python 环境里 pip install 后重启。
4. 重启对应软件(ilastik / Fiji / napari)。
■ 验证是否装好
· Fiji 在 Plugins → ilastik 有菜单;napari 在 Plugins 列表里能看到 ilastik。
· ilastik 新建工程时能看到对应的特征/分割选项。
■ 常见问题
· pip 装不上:确认用的是 ilastik 自带的 Python 环境,不要用系统 Python。
· 版本不匹配:ilastik 主版本升级后旧插件可能失效,把版本号发客服换包。
■ 来源与版权
https://github.com/ilastik/fastfilters
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「快速图像滤波器」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/ilastik/fastfilters
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。hytra · 多假设追踪工具箱
ai | 1.26 MB | 1 个文件
多假设追踪的 Python 库,为每帧保留多个候选检测,通过联合优化求最优轨迹,适合密集、易错的显微追踪。
包含文件:hytra-main.zip
安装教程(点击展开)
【多假设追踪工具箱(hytra)安装教程】—— ilastik
■ 前置条件
· 已安装 ilastik 1.4 及以上(官网 https://www.ilastik.org/download.html 下载安装包,自带独立 Python 环境)。
■ 本扩展是什么
多假设追踪的 Python 库,为每帧保留多个候选检测,通过联合优化求最优轨迹,适合密集、易错的显微追踪。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 是官方仓库源码/发布包;Python 库(lazyflow、volumina 等)ilastik 安装包已内置,一般无需单独装。
■ 安装步骤
1. 先确认 ilastik 版本(菜单 帮助 → 关于)。
2. 按扩展类型处理:
· ImageJ 插件(ilastik4ij):把 .jar 复制到 Fiji.app/plugins/,重启 Fiji 后用 Plugins → ilastik。
· napari 插件(ilastik-napari):napari 里 Plugins → Install/Uninstall Plugins 搜 ilastik,或 pip install。
· Python 库:在 ilastik 自带的 Python 环境里 pip install <包名>(解压源码后 pip install .)。
3. ilastik 本体的对象特征/追踪类插件:解压后放入插件目录,或在 ilastik 的 Python 环境里 pip install 后重启。
4. 重启对应软件(ilastik / Fiji / napari)。
■ 验证是否装好
· Fiji 在 Plugins → ilastik 有菜单;napari 在 Plugins 列表里能看到 ilastik。
· ilastik 新建工程时能看到对应的特征/分割选项。
■ 常见问题
· pip 装不上:确认用的是 ilastik 自带的 Python 环境,不要用系统 Python。
· 版本不匹配:ilastik 主版本升级后旧插件可能失效,把版本号发客服换包。
■ 来源与版权
https://github.com/ilastik/hytra
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多假设追踪工具箱」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/ilastik/hytra
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。ilastik-carving-tools · 立体雕刻分割工具
ai | 0.02 MB | 1 个文件
服务于 ilastik 立体雕刻工作流的辅助工具集,提供三维体数据的前景背景标注与形态学操作,帮助快速生成训练标签。
包含文件:ilastik-carving-tools-main.zip
安装教程(点击展开)
【立体雕刻分割工具(ilastik-carving-tools)安装教程】—— ilastik
■ 前置条件
· 已安装 ilastik 1.4 及以上(官网 https://www.ilastik.org/download.html 下载安装包,自带独立 Python 环境)。
■ 本扩展是什么
服务于 ilastik 立体雕刻工作流的辅助工具集,提供三维体数据的前景背景标注与形态学操作,帮助快速生成训练标签。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 是官方仓库源码/发布包;Python 库(lazyflow、volumina 等)ilastik 安装包已内置,一般无需单独装。
■ 安装步骤
1. 先确认 ilastik 版本(菜单 帮助 → 关于)。
2. 按扩展类型处理:
· ImageJ 插件(ilastik4ij):把 .jar 复制到 Fiji.app/plugins/,重启 Fiji 后用 Plugins → ilastik。
· napari 插件(ilastik-napari):napari 里 Plugins → Install/Uninstall Plugins 搜 ilastik,或 pip install。
· Python 库:在 ilastik 自带的 Python 环境里 pip install <包名>(解压源码后 pip install .)。
3. ilastik 本体的对象特征/追踪类插件:解压后放入插件目录,或在 ilastik 的 Python 环境里 pip install 后重启。
4. 重启对应软件(ilastik / Fiji / napari)。
■ 验证是否装好
· Fiji 在 Plugins → ilastik 有菜单;napari 在 Plugins 列表里能看到 ilastik。
· ilastik 新建工程时能看到对应的特征/分割选项。
■ 常见问题
· pip 装不上:确认用的是 ilastik 自带的 Python 环境,不要用系统 Python。
· 版本不匹配:ilastik 主版本升级后旧插件可能失效,把版本号发客服换包。
■ 来源与版权
https://github.com/ilastik/ilastik-carving-tools
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「立体雕刻分割工具」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/ilastik/ilastik-carving-tools
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。ilastik-feature-selection · 特征选择工具
ai | 0.46 MB | 1 个文件
基于互信息等方法从候选特征中挑选最有区分度的组合,用于 ilastik 的推荐特征功能,可减少特征数并提升分类效果。
包含文件:ilastik-feature-selection-main.zip
安装教程(点击展开)
【特征选择工具(ilastik-feature-selection)安装教程】—— ilastik
■ 前置条件
· 已安装 ilastik 1.4 及以上(官网 https://www.ilastik.org/download.html 下载安装包,自带独立 Python 环境)。
■ 本扩展是什么
基于互信息等方法从候选特征中挑选最有区分度的组合,用于 ilastik 的推荐特征功能,可减少特征数并提升分类效果。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 是官方仓库源码/发布包;Python 库(lazyflow、volumina 等)ilastik 安装包已内置,一般无需单独装。
■ 安装步骤
1. 先确认 ilastik 版本(菜单 帮助 → 关于)。
2. 按扩展类型处理:
· ImageJ 插件(ilastik4ij):把 .jar 复制到 Fiji.app/plugins/,重启 Fiji 后用 Plugins → ilastik。
· napari 插件(ilastik-napari):napari 里 Plugins → Install/Uninstall Plugins 搜 ilastik,或 pip install。
· Python 库:在 ilastik 自带的 Python 环境里 pip install <包名>(解压源码后 pip install .)。
3. ilastik 本体的对象特征/追踪类插件:解压后放入插件目录,或在 ilastik 的 Python 环境里 pip install 后重启。
4. 重启对应软件(ilastik / Fiji / napari)。
■ 验证是否装好
· Fiji 在 Plugins → ilastik 有菜单;napari 在 Plugins 列表里能看到 ilastik。
· ilastik 新建工程时能看到对应的特征/分割选项。
■ 常见问题
· pip 装不上:确认用的是 ilastik 自带的 Python 环境,不要用系统 Python。
· 版本不匹配:ilastik 主版本升级后旧插件可能失效,把版本号发客服换包。
■ 来源与版权
https://github.com/ilastik/ilastik-feature-selection
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「特征选择工具」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/ilastik/ilastik-feature-selection
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。ilastik-napari · 交互式像素分类插件
ai | 0.02 MB | 1 个文件
为 napari 提供的插件,可在其中做交互式像素分类,少量手绘标注即可训练分类器并批量分割图像。
包含文件:ilastik-napari-main.zip
安装教程(点击展开)
【交互式像素分类插件(ilastik-napari)安装教程】—— ilastik
■ 前置条件
· 已安装 ilastik 1.4 及以上(官网 https://www.ilastik.org/download.html 下载安装包,自带独立 Python 环境)。
■ 本扩展是什么
为 napari 提供的插件,可在其中做交互式像素分类,少量手绘标注即可训练分类器并批量分割图像。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 是官方仓库源码/发布包;Python 库(lazyflow、volumina 等)ilastik 安装包已内置,一般无需单独装。
■ 安装步骤
1. 先确认 ilastik 版本(菜单 帮助 → 关于)。
2. 按扩展类型处理:
· ImageJ 插件(ilastik4ij):把 .jar 复制到 Fiji.app/plugins/,重启 Fiji 后用 Plugins → ilastik。
· napari 插件(ilastik-napari):napari 里 Plugins → Install/Uninstall Plugins 搜 ilastik,或 pip install。
· Python 库:在 ilastik 自带的 Python 环境里 pip install <包名>(解压源码后 pip install .)。
3. ilastik 本体的对象特征/追踪类插件:解压后放入插件目录,或在 ilastik 的 Python 环境里 pip install 后重启。
4. 重启对应软件(ilastik / Fiji / napari)。
■ 验证是否装好
· Fiji 在 Plugins → ilastik 有菜单;napari 在 Plugins 列表里能看到 ilastik。
· ilastik 新建工程时能看到对应的特征/分割选项。
■ 常见问题
· pip 装不上:确认用的是 ilastik 自带的 Python 环境,不要用系统 Python。
· 版本不匹配:ilastik 主版本升级后旧插件可能失效,把版本号发客服换包。
■ 来源与版权
https://github.com/ilastik/ilastik-napari
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「交互式像素分类插件」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/ilastik/ilastik-napari
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。ilastik-notebooks · 示例笔记本合集
ai | 0.8 MB | 1 个文件
收集 ilastik 分析与可视化的 Jupyter 示例笔记本,如追踪结果的速度玫瑰图绘制,供用户参考学习。
包含文件:ilastik-notebooks-main.zip
安装教程(点击展开)
【示例笔记本合集(ilastik-notebooks)安装教程】—— ilastik
■ 前置条件
· 已安装 ilastik 1.4 及以上(官网 https://www.ilastik.org/download.html 下载安装包,自带独立 Python 环境)。
■ 本扩展是什么
收集 ilastik 分析与可视化的 Jupyter 示例笔记本,如追踪结果的速度玫瑰图绘制,供用户参考学习。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 是官方仓库源码/发布包;Python 库(lazyflow、volumina 等)ilastik 安装包已内置,一般无需单独装。
■ 安装步骤
1. 先确认 ilastik 版本(菜单 帮助 → 关于)。
2. 按扩展类型处理:
· ImageJ 插件(ilastik4ij):把 .jar 复制到 Fiji.app/plugins/,重启 Fiji 后用 Plugins → ilastik。
· napari 插件(ilastik-napari):napari 里 Plugins → Install/Uninstall Plugins 搜 ilastik,或 pip install。
· Python 库:在 ilastik 自带的 Python 环境里 pip install <包名>(解压源码后 pip install .)。
3. ilastik 本体的对象特征/追踪类插件:解压后放入插件目录,或在 ilastik 的 Python 环境里 pip install 后重启。
4. 重启对应软件(ilastik / Fiji / napari)。
■ 验证是否装好
· Fiji 在 Plugins → ilastik 有菜单;napari 在 Plugins 列表里能看到 ilastik。
· ilastik 新建工程时能看到对应的特征/分割选项。
■ 常见问题
· pip 装不上:确认用的是 ilastik 自带的 Python 环境,不要用系统 Python。
· 版本不匹配:ilastik 主版本升级后旧插件可能失效,把版本号发客服换包。
■ 来源与版权
https://github.com/ilastik/ilastik-notebooks
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「示例笔记本合集」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/ilastik/ilastik-notebooks
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。ilastik-oc-feats-cookiecutter · 目标特征插件模板
ai | 0.01 MB | 1 个文件
cookiecutter 模板,用于快速生成 ilastik 对象分类自定义特征插件的仓库骨架,便于按规范扩展新特征。
包含文件:ilastik-oc-feats-cookiecutter-main.zip
安装教程(点击展开)
【目标特征插件模板(ilastik-oc-feats-cookiecutter)安装教程】—— ilastik
■ 前置条件
· 已安装 ilastik 1.4 及以上(官网 https://www.ilastik.org/download.html 下载安装包,自带独立 Python 环境)。
■ 本扩展是什么
cookiecutter 模板,用于快速生成 ilastik 对象分类自定义特征插件的仓库骨架,便于按规范扩展新特征。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 是官方仓库源码/发布包;Python 库(lazyflow、volumina 等)ilastik 安装包已内置,一般无需单独装。
■ 安装步骤
1. 先确认 ilastik 版本(菜单 帮助 → 关于)。
2. 按扩展类型处理:
· ImageJ 插件(ilastik4ij):把 .jar 复制到 Fiji.app/plugins/,重启 Fiji 后用 Plugins → ilastik。
· napari 插件(ilastik-napari):napari 里 Plugins → Install/Uninstall Plugins 搜 ilastik,或 pip install。
· Python 库:在 ilastik 自带的 Python 环境里 pip install <包名>(解压源码后 pip install .)。
3. ilastik 本体的对象特征/追踪类插件:解压后放入插件目录,或在 ilastik 的 Python 环境里 pip install 后重启。
4. 重启对应软件(ilastik / Fiji / napari)。
■ 验证是否装好
· Fiji 在 Plugins → ilastik 有菜单;napari 在 Plugins 列表里能看到 ilastik。
· ilastik 新建工程时能看到对应的特征/分割选项。
■ 常见问题
· pip 装不上:确认用的是 ilastik 自带的 Python 环境,不要用系统 Python。
· 版本不匹配:ilastik 主版本升级后旧插件可能失效,把版本号发客服换包。
■ 来源与版权
https://github.com/ilastik/ilastik-oc-feats-cookiecutter
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「目标特征插件模板」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/ilastik/ilastik-oc-feats-cookiecutter
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。ilastik4ij · 图像处理集成插件
ai | 9.05 MB | 1 个文件
把 ilastik 的像素分类与目标分类工作流封装成 ImageJ 和 KNIME 插件,经 HDF5 文件传递数据。
包含文件:ilastik4ij-main.zip
安装教程(点击展开)
【图像处理集成插件(ilastik4ij)安装教程】—— ilastik
■ 前置条件
· 已安装 ilastik 1.4 及以上(官网 https://www.ilastik.org/download.html 下载安装包,自带独立 Python 环境)。
■ 本扩展是什么
把 ilastik 的像素分类与目标分类工作流封装成 ImageJ 和 KNIME 插件,经 HDF5 文件传递数据。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 是官方仓库源码/发布包;Python 库(lazyflow、volumina 等)ilastik 安装包已内置,一般无需单独装。
■ 安装步骤
1. 先确认 ilastik 版本(菜单 帮助 → 关于)。
2. 按扩展类型处理:
· ImageJ 插件(ilastik4ij):把 .jar 复制到 Fiji.app/plugins/,重启 Fiji 后用 Plugins → ilastik。
· napari 插件(ilastik-napari):napari 里 Plugins → Install/Uninstall Plugins 搜 ilastik,或 pip install。
· Python 库:在 ilastik 自带的 Python 环境里 pip install <包名>(解压源码后 pip install .)。
3. ilastik 本体的对象特征/追踪类插件:解压后放入插件目录,或在 ilastik 的 Python 环境里 pip install 后重启。
4. 重启对应软件(ilastik / Fiji / napari)。
■ 验证是否装好
· Fiji 在 Plugins → ilastik 有菜单;napari 在 Plugins 列表里能看到 ilastik。
· ilastik 新建工程时能看到对应的特征/分割选项。
■ 常见问题
· pip 装不上:确认用的是 ilastik 自带的 Python 环境,不要用系统 Python。
· 版本不匹配:ilastik 主版本升级后旧插件可能失效,把版本号发客服换包。
■ 来源与版权
https://github.com/ilastik/ilastik4ij
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「图像处理集成插件」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/ilastik/ilastik4ij
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。ilastikrag · 区域邻接图库
ai | 2.22 MB | 1 个文件
提供多维区域邻接图的数据结构,可在过分割得到的超像素之间计算边缘特征并构图,服务于基于图的分割与追踪算法。
包含文件:ilastikrag-main.zip
安装教程(点击展开)
【区域邻接图库(ilastikrag)安装教程】—— ilastik
■ 前置条件
· 已安装 ilastik 1.4 及以上(官网 https://www.ilastik.org/download.html 下载安装包,自带独立 Python 环境)。
■ 本扩展是什么
提供多维区域邻接图的数据结构,可在过分割得到的超像素之间计算边缘特征并构图,服务于基于图的分割与追踪算法。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 是官方仓库源码/发布包;Python 库(lazyflow、volumina 等)ilastik 安装包已内置,一般无需单独装。
■ 安装步骤
1. 先确认 ilastik 版本(菜单 帮助 → 关于)。
2. 按扩展类型处理:
· ImageJ 插件(ilastik4ij):把 .jar 复制到 Fiji.app/plugins/,重启 Fiji 后用 Plugins → ilastik。
· napari 插件(ilastik-napari):napari 里 Plugins → Install/Uninstall Plugins 搜 ilastik,或 pip install。
· Python 库:在 ilastik 自带的 Python 环境里 pip install <包名>(解压源码后 pip install .)。
3. ilastik 本体的对象特征/追踪类插件:解压后放入插件目录,或在 ilastik 的 Python 环境里 pip install 后重启。
4. 重启对应软件(ilastik / Fiji / napari)。
■ 验证是否装好
· Fiji 在 Plugins → ilastik 有菜单;napari 在 Plugins 列表里能看到 ilastik。
· ilastik 新建工程时能看到对应的特征/分割选项。
■ 常见问题
· pip 装不上:确认用的是 ilastik 自带的 Python 环境,不要用系统 Python。
· 版本不匹配:ilastik 主版本升级后旧插件可能失效,把版本号发客服换包。
■ 来源与版权
https://github.com/ilastik/ilastikrag
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「区域邻接图库」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/ilastik/ilastikrag
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。lazyflow · 惰性计算框架
ai | 0.84 MB | 1 个文件
ilastik 的底层图像处理引擎,用按需求值的图结构组织流程,只计算需要的图像局部区域,从而高效处理超内存的大数据。
包含文件:lazyflow-master.zip
安装教程(点击展开)
【惰性计算框架(lazyflow)安装教程】—— ilastik
■ 前置条件
· 已安装 ilastik 1.4 及以上(官网 https://www.ilastik.org/download.html 下载安装包,自带独立 Python 环境)。
■ 本扩展是什么
ilastik 的底层图像处理引擎,用按需求值的图结构组织流程,只计算需要的图像局部区域,从而高效处理超内存的大数据。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 是官方仓库源码/发布包;Python 库(lazyflow、volumina 等)ilastik 安装包已内置,一般无需单独装。
■ 安装步骤
1. 先确认 ilastik 版本(菜单 帮助 → 关于)。
2. 按扩展类型处理:
· ImageJ 插件(ilastik4ij):把 .jar 复制到 Fiji.app/plugins/,重启 Fiji 后用 Plugins → ilastik。
· napari 插件(ilastik-napari):napari 里 Plugins → Install/Uninstall Plugins 搜 ilastik,或 pip install。
· Python 库:在 ilastik 自带的 Python 环境里 pip install <包名>(解压源码后 pip install .)。
3. ilastik 本体的对象特征/追踪类插件:解压后放入插件目录,或在 ilastik 的 Python 环境里 pip install 后重启。
4. 重启对应软件(ilastik / Fiji / napari)。
■ 验证是否装好
· Fiji 在 Plugins → ilastik 有菜单;napari 在 Plugins 列表里能看到 ilastik。
· ilastik 新建工程时能看到对应的特征/分割选项。
■ 常见问题
· pip 装不上:确认用的是 ilastik 自带的 Python 环境,不要用系统 Python。
· 版本不匹配:ilastik 主版本升级后旧插件可能失效,把版本号发客服换包。
■ 来源与版权
https://github.com/ilastik/lazyflow
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「惰性计算框架」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/ilastik/lazyflow
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。marching_cubes · 等值面提取
ai | 4.56 MB | 1 个文件
从三维体数据中提取等值面的算法实现,为三维查看器生成可渲染的表面网格,便于直观查看分割结果或密度分布形态。
包含文件:marching_cubes-main.zip
安装教程(点击展开)
【等值面提取(marching_cubes)安装教程】—— ilastik
■ 前置条件
· 已安装 ilastik 1.4 及以上(官网 https://www.ilastik.org/download.html 下载安装包,自带独立 Python 环境)。
■ 本扩展是什么
从三维体数据中提取等值面的算法实现,为三维查看器生成可渲染的表面网格,便于直观查看分割结果或密度分布形态。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 是官方仓库源码/发布包;Python 库(lazyflow、volumina 等)ilastik 安装包已内置,一般无需单独装。
■ 安装步骤
1. 先确认 ilastik 版本(菜单 帮助 → 关于)。
2. 按扩展类型处理:
· ImageJ 插件(ilastik4ij):把 .jar 复制到 Fiji.app/plugins/,重启 Fiji 后用 Plugins → ilastik。
· napari 插件(ilastik-napari):napari 里 Plugins → Install/Uninstall Plugins 搜 ilastik,或 pip install。
· Python 库:在 ilastik 自带的 Python 环境里 pip install <包名>(解压源码后 pip install .)。
3. ilastik 本体的对象特征/追踪类插件:解压后放入插件目录,或在 ilastik 的 Python 环境里 pip install 后重启。
4. 重启对应软件(ilastik / Fiji / napari)。
■ 验证是否装好
· Fiji 在 Plugins → ilastik 有菜单;napari 在 Plugins 列表里能看到 ilastik。
· ilastik 新建工程时能看到对应的特征/分割选项。
■ 常见问题
· pip 装不上:确认用的是 ilastik 自带的 Python 环境,不要用系统 Python。
· 版本不匹配:ilastik 主版本升级后旧插件可能失效,把版本号发客服换包。
■ 来源与版权
https://github.com/ilastik/marching_cubes
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「等值面提取」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/ilastik/marching_cubes
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。multiHypothesesTracking · 多假设追踪求解器
ai | 0.41 MB | 1 个文件
独立的多假设追踪工具,为每帧保留多个候选检测,先做结构化学习再以整数规划求最优轨迹,适合处理细胞分裂等难题。
包含文件:multiHypothesesTracking-main.zip
安装教程(点击展开)
【多假设追踪求解器(multiHypothesesTracking)安装教程】—— ilastik
■ 前置条件
· 已安装 ilastik 1.4 及以上(官网 https://www.ilastik.org/download.html 下载安装包,自带独立 Python 环境)。
■ 本扩展是什么
独立的多假设追踪工具,为每帧保留多个候选检测,先做结构化学习再以整数规划求最优轨迹,适合处理细胞分裂等难题。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 是官方仓库源码/发布包;Python 库(lazyflow、volumina 等)ilastik 安装包已内置,一般无需单独装。
■ 安装步骤
1. 先确认 ilastik 版本(菜单 帮助 → 关于)。
2. 按扩展类型处理:
· ImageJ 插件(ilastik4ij):把 .jar 复制到 Fiji.app/plugins/,重启 Fiji 后用 Plugins → ilastik。
· napari 插件(ilastik-napari):napari 里 Plugins → Install/Uninstall Plugins 搜 ilastik,或 pip install。
· Python 库:在 ilastik 自带的 Python 环境里 pip install <包名>(解压源码后 pip install .)。
3. ilastik 本体的对象特征/追踪类插件:解压后放入插件目录,或在 ilastik 的 Python 环境里 pip install 后重启。
4. 重启对应软件(ilastik / Fiji / napari)。
■ 验证是否装好
· Fiji 在 Plugins → ilastik 有菜单;napari 在 Plugins 列表里能看到 ilastik。
· ilastik 新建工程时能看到对应的特征/分割选项。
■ 常见问题
· pip 装不上:确认用的是 ilastik 自带的 Python 环境,不要用系统 Python。
· 版本不匹配:ilastik 主版本升级后旧插件可能失效,把版本号发客服换包。
■ 来源与版权
https://github.com/ilastik/multiHypothesesTracking
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多假设追踪求解器」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/ilastik/multiHypothesesTracking
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。nature_methods_multicut_pipeline · 多割分割流程
ai | 3.13 MB | 1 个文件
论文《Multicut 让神经元突起自动分割接近人工水平》所用的流程代码,基于多割把超像素合并成神经元结构。
包含文件:nature_methods_multicut_pipeline-master.zip
安装教程(点击展开)
【多割分割流程(nature_methods_multicut_pipeline)安装教程】—— ilastik
■ 前置条件
· 已安装 ilastik 1.4 及以上(官网 https://www.ilastik.org/download.html 下载安装包,自带独立 Python 环境)。
■ 本扩展是什么
论文《Multicut 让神经元突起自动分割接近人工水平》所用的流程代码,基于多割把超像素合并成神经元结构。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 是官方仓库源码/发布包;Python 库(lazyflow、volumina 等)ilastik 安装包已内置,一般无需单独装。
■ 安装步骤
1. 先确认 ilastik 版本(菜单 帮助 → 关于)。
2. 按扩展类型处理:
· ImageJ 插件(ilastik4ij):把 .jar 复制到 Fiji.app/plugins/,重启 Fiji 后用 Plugins → ilastik。
· napari 插件(ilastik-napari):napari 里 Plugins → Install/Uninstall Plugins 搜 ilastik,或 pip install。
· Python 库:在 ilastik 自带的 Python 环境里 pip install <包名>(解压源码后 pip install .)。
3. ilastik 本体的对象特征/追踪类插件:解压后放入插件目录,或在 ilastik 的 Python 环境里 pip install 后重启。
4. 重启对应软件(ilastik / Fiji / napari)。
■ 验证是否装好
· Fiji 在 Plugins → ilastik 有菜单;napari 在 Plugins 列表里能看到 ilastik。
· ilastik 新建工程时能看到对应的特征/分割选项。
■ 常见问题
· pip 装不上:确认用的是 ilastik 自带的 Python 环境,不要用系统 Python。
· 版本不匹配:ilastik 主版本升级后旧插件可能失效,把版本号发客服换包。
■ 来源与版权
https://github.com/ilastik/nature_methods_multicut_pipeline
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多割分割流程」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/ilastik/nature_methods_multicut_pipeline
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。ndstructs · 多维数组结构库
ai | 0.05 MB | 1 个文件
面向多维数组的 Python 结构库,为数组的轴、切片与坐标提供带标注的封装,简化多通道、多时间点图像数据的索引与运算。
包含文件:ndstructs-main.zip
安装教程(点击展开)
【多维数组结构库(ndstructs)安装教程】—— ilastik
■ 前置条件
· 已安装 ilastik 1.4 及以上(官网 https://www.ilastik.org/download.html 下载安装包,自带独立 Python 环境)。
■ 本扩展是什么
面向多维数组的 Python 结构库,为数组的轴、切片与坐标提供带标注的封装,简化多通道、多时间点图像数据的索引与运算。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 是官方仓库源码/发布包;Python 库(lazyflow、volumina 等)ilastik 安装包已内置,一般无需单独装。
■ 安装步骤
1. 先确认 ilastik 版本(菜单 帮助 → 关于)。
2. 按扩展类型处理:
· ImageJ 插件(ilastik4ij):把 .jar 复制到 Fiji.app/plugins/,重启 Fiji 后用 Plugins → ilastik。
· napari 插件(ilastik-napari):napari 里 Plugins → Install/Uninstall Plugins 搜 ilastik,或 pip install。
· Python 库:在 ilastik 自带的 Python 环境里 pip install <包名>(解压源码后 pip install .)。
3. ilastik 本体的对象特征/追踪类插件:解压后放入插件目录,或在 ilastik 的 Python 环境里 pip install 后重启。
4. 重启对应软件(ilastik / Fiji / napari)。
■ 验证是否装好
· Fiji 在 Plugins → ilastik 有菜单;napari 在 Plugins 列表里能看到 ilastik。
· ilastik 新建工程时能看到对应的特征/分割选项。
■ 常见问题
· pip 装不上:确认用的是 ilastik 自带的 Python 环境,不要用系统 Python。
· 版本不匹配:ilastik 主版本升级后旧插件可能失效,把版本号发客服换包。
■ 来源与版权
https://github.com/ilastik/ndstructs
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多维数组结构库」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/ilastik/ndstructs
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。org.ilastik.bdvsource · 大数据查看器数据桥
ai | 1.15 MB | 1 个文件
ImageJ2 插件,将 ilastik 服务器的分类项目流式传输到 BigDataViewer,免导出即可浏览。
包含文件:org.ilastik.bdvsource-master.zip
安装教程(点击展开)
【大数据查看器数据桥(org.ilastik.bdvsource)安装教程】—— ilastik
■ 前置条件
· 已安装 ilastik 1.4 及以上(官网 https://www.ilastik.org/download.html 下载安装包,自带独立 Python 环境)。
■ 本扩展是什么
ImageJ2 插件,将 ilastik 服务器的分类项目流式传输到 BigDataViewer,免导出即可浏览。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 是官方仓库源码/发布包;Python 库(lazyflow、volumina 等)ilastik 安装包已内置,一般无需单独装。
■ 安装步骤
1. 先确认 ilastik 版本(菜单 帮助 → 关于)。
2. 按扩展类型处理:
· ImageJ 插件(ilastik4ij):把 .jar 复制到 Fiji.app/plugins/,重启 Fiji 后用 Plugins → ilastik。
· napari 插件(ilastik-napari):napari 里 Plugins → Install/Uninstall Plugins 搜 ilastik,或 pip install。
· Python 库:在 ilastik 自带的 Python 环境里 pip install <包名>(解压源码后 pip install .)。
3. ilastik 本体的对象特征/追踪类插件:解压后放入插件目录,或在 ilastik 的 Python 环境里 pip install 后重启。
4. 重启对应软件(ilastik / Fiji / napari)。
■ 验证是否装好
· Fiji 在 Plugins → ilastik 有菜单;napari 在 Plugins 列表里能看到 ilastik。
· ilastik 新建工程时能看到对应的特征/分割选项。
■ 常见问题
· pip 装不上:确认用的是 ilastik 自带的 Python 环境,不要用系统 Python。
· 版本不匹配:ilastik 主版本升级后旧插件可能失效,把版本号发客服换包。
■ 来源与版权
https://github.com/ilastik/org.ilastik.bdvsource
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「大数据查看器数据桥」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/ilastik/org.ilastik.bdvsource
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。tiktorch · 神经网络推理服务
ai | 0.1 MB | 1 个文件
为 ilastik 提供神经网络预测服务,可在神经网络工作流中加载 bioimage.io 模型库的模型对图像推理分割。
包含文件:tiktorch-main.zip
安装教程(点击展开)
【神经网络推理服务(tiktorch)安装教程】—— ilastik
■ 前置条件
· 已安装 ilastik 1.4 及以上(官网 https://www.ilastik.org/download.html 下载安装包,自带独立 Python 环境)。
■ 本扩展是什么
为 ilastik 提供神经网络预测服务,可在神经网络工作流中加载 bioimage.io 模型库的模型对图像推理分割。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 是官方仓库源码/发布包;Python 库(lazyflow、volumina 等)ilastik 安装包已内置,一般无需单独装。
■ 安装步骤
1. 先确认 ilastik 版本(菜单 帮助 → 关于)。
2. 按扩展类型处理:
· ImageJ 插件(ilastik4ij):把 .jar 复制到 Fiji.app/plugins/,重启 Fiji 后用 Plugins → ilastik。
· napari 插件(ilastik-napari):napari 里 Plugins → Install/Uninstall Plugins 搜 ilastik,或 pip install。
· Python 库:在 ilastik 自带的 Python 环境里 pip install <包名>(解压源码后 pip install .)。
3. ilastik 本体的对象特征/追踪类插件:解压后放入插件目录,或在 ilastik 的 Python 环境里 pip install 后重启。
4. 重启对应软件(ilastik / Fiji / napari)。
■ 验证是否装好
· Fiji 在 Plugins → ilastik 有菜单;napari 在 Plugins 列表里能看到 ilastik。
· ilastik 新建工程时能看到对应的特征/分割选项。
■ 常见问题
· pip 装不上:确认用的是 ilastik 自带的 Python 环境,不要用系统 Python。
· 版本不匹配:ilastik 主版本升级后旧插件可能失效,把版本号发客服换包。
■ 来源与版权
https://github.com/ilastik/tiktorch
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「神经网络推理服务」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/ilastik/tiktorch
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。volumina · 多维图像查看库
ai | 1.33 MB | 1 个文件
ilastik 使用的多维图像查看与编辑库,支持在多个正交切片视图中浏览三维及更高维数据并进行标注。
包含文件:volumina-main.zip
安装教程(点击展开)
【多维图像查看库(volumina)安装教程】—— ilastik
■ 前置条件
· 已安装 ilastik 1.4 及以上(官网 https://www.ilastik.org/download.html 下载安装包,自带独立 Python 环境)。
■ 本扩展是什么
ilastik 使用的多维图像查看与编辑库,支持在多个正交切片视图中浏览三维及更高维数据并进行标注。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 是官方仓库源码/发布包;Python 库(lazyflow、volumina 等)ilastik 安装包已内置,一般无需单独装。
■ 安装步骤
1. 先确认 ilastik 版本(菜单 帮助 → 关于)。
2. 按扩展类型处理:
· ImageJ 插件(ilastik4ij):把 .jar 复制到 Fiji.app/plugins/,重启 Fiji 后用 Plugins → ilastik。
· napari 插件(ilastik-napari):napari 里 Plugins → Install/Uninstall Plugins 搜 ilastik,或 pip install。
· Python 库:在 ilastik 自带的 Python 环境里 pip install <包名>(解压源码后 pip install .)。
3. ilastik 本体的对象特征/追踪类插件:解压后放入插件目录,或在 ilastik 的 Python 环境里 pip install 后重启。
4. 重启对应软件(ilastik / Fiji / napari)。
■ 验证是否装好
· Fiji 在 Plugins → ilastik 有菜单;napari 在 Plugins 列表里能看到 ilastik。
· ilastik 新建工程时能看到对应的特征/分割选项。
■ 常见问题
· pip 装不上:确认用的是 ilastik 自带的 Python 环境,不要用系统 Python。
· 版本不匹配:ilastik 主版本升级后旧插件可能失效,把版本号发客服换包。
■ 来源与版权
https://github.com/ilastik/volumina
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多维图像查看库」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/ilastik/volumina
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。wsdt · 距离变换分水岭
ai | 0.02 MB | 1 个文件
基于距离变换的分水岭分割实现,先计算前景距离图再做分水岭分割,可把粘连的细胞或颗粒分开,适合密集目标的分割计数。
包含文件:wsdt-main.zip
安装教程(点击展开)
【距离变换分水岭(wsdt)安装教程】—— ilastik
■ 前置条件
· 已安装 ilastik 1.4 及以上(官网 https://www.ilastik.org/download.html 下载安装包,自带独立 Python 环境)。
■ 本扩展是什么
基于距离变换的分水岭分割实现,先计算前景距离图再做分水岭分割,可把粘连的细胞或颗粒分开,适合密集目标的分割计数。
■ 文件说明
· 本目录共 1 个文件:压缩包(.zip)。
· .zip 是官方仓库源码/发布包;Python 库(lazyflow、volumina 等)ilastik 安装包已内置,一般无需单独装。
■ 安装步骤
1. 先确认 ilastik 版本(菜单 帮助 → 关于)。
2. 按扩展类型处理:
· ImageJ 插件(ilastik4ij):把 .jar 复制到 Fiji.app/plugins/,重启 Fiji 后用 Plugins → ilastik。
· napari 插件(ilastik-napari):napari 里 Plugins → Install/Uninstall Plugins 搜 ilastik,或 pip install。
· Python 库:在 ilastik 自带的 Python 环境里 pip install <包名>(解压源码后 pip install .)。
3. ilastik 本体的对象特征/追踪类插件:解压后放入插件目录,或在 ilastik 的 Python 环境里 pip install 后重启。
4. 重启对应软件(ilastik / Fiji / napari)。
■ 验证是否装好
· Fiji 在 Plugins → ilastik 有菜单;napari 在 Plugins 列表里能看到 ilastik。
· ilastik 新建工程时能看到对应的特征/分割选项。
■ 常见问题
· pip 装不上:确认用的是 ilastik 自带的 Python 环境,不要用系统 Python。
· 版本不匹配:ilastik 主版本升级后旧插件可能失效,把版本号发客服换包。
■ 来源与版权
https://github.com/ilastik/wsdt
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。
■ 验证是否装好
· 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「距离变换分水岭」,即为成功。
· 若列表里没有,先看软件的日志(一般在 帮助 → 显示日志)里有没有该插件的报错。
■ 常见问题
· 提示版本不兼容:本店提供的插件版本与软件版本有对应关系,升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
· 装完没反应:确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀(如 .txt)。
· 与已有插件冲突:先在插件列表里停用同名插件再试。
■ 来源与版权
https://github.com/ilastik/wsdt
开源/免费发布,仅作学习研究用途;本教程由本店整理,请勿转载。同分类的其他软件