GROMACS 插件合集（共 23 个）

【工作流引擎插件（aiida-gromacs）安装教程】—— GROMACS

■ 前置条件
   · 已装 GROMACS（官网 https://www.gromacs.org/ ），gmx 命令可用；部分工具需 Python。

■ 本扩展是什么
   将 GROMACS 接入 AiiDA 工作流引擎的插件，便于在分子模拟中追踪数据溯源并自动编排计算流程。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是扩展/工具源码或脚本包（Python 工具、C++ 库、Tcl 脚本）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install GromacsWrapper），或解压后 `pip install .`。
   3. 编译型扩展（如 tng、copernicus、gmxapi）：按 README 用 CMake 编译并设置运行库路径。
   4. 验证：运行包内示例，确认能与 gmx 命令联动。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「工作流引擎插件」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CCPBioSim/aiida-gromacs
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【力场格式转换（cgenff_charmm2gmx）安装教程】—— GROMACS

■ 前置条件
   · 已装 GROMACS（官网 https://www.gromacs.org/ ），gmx 命令可用；部分工具需 Python。

■ 本扩展是什么
   将 CGenFF 的 CHARMM 流文件与参数转换为 GROMACS 力场格式的 Python 脚本，简化配体力学参数准备。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是扩展/工具源码或脚本包（Python 工具、C++ 库、Tcl 脚本）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install GromacsWrapper），或解压后 `pip install .`。
   3. 编译型扩展（如 tng、copernicus、gmxapi）：按 README 用 CMake 编译并设置运行库路径。
   4. 验证：运行包内示例，确认能与 gmx 命令联动。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「力场格式转换」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/Lemkul-Lab/cgenff_charmm2gmx
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【分布式模拟调度平台（copernicus）安装教程】—— GROMACS

■ 前置条件
   · 已装 GROMACS（官网 https://www.gromacs.org/ ），gmx 命令可用；部分工具需 Python。

■ 本扩展是什么
   GROMACS 团队开发的分布式计算平台，可将工作站、超算集群与云实例整合，批量自动运行分子动力学模拟任务。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是扩展/工具源码或脚本包（Python 工具、C++ 库、Tcl 脚本）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install GromacsWrapper），或解压后 `pip install .`。
   3. 编译型扩展（如 tng、copernicus、gmxapi）：按 README 用 CMake 编译并设置运行库路径。
   4. 验证：运行包内示例，确认能与 gmx 命令联动。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分布式模拟调度平台」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/gromacs/copernicus
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【结果分析可视化（DuIvyTools）安装教程】—— GROMACS

■ 前置条件
   · 已装 GROMACS（官网 https://www.gromacs.org/ ），gmx 命令可用；部分工具需 Python。

■ 本扩展是什么
   处理与可视化分子动力学结果的工具，可读取 XVG 等输出文件并批量绘图，方便整理 GROMACS 模拟分析数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是扩展/工具源码或脚本包（Python 工具、C++ 库、Tcl 脚本）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install GromacsWrapper），或解压后 `pip install .`。
   3. 编译型扩展（如 tng、copernicus、gmxapi）：按 README 用 CMake 编译并设置运行库路径。
   4. 验证：运行包内示例，确认能与 gmx 命令联动。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「结果分析可视化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/CharlesHahn/DuIvyTools
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【系综模拟工具包（ensemble_md）安装教程】—— GROMACS

■ 前置条件
   · 已装 GROMACS（官网 https://www.gromacs.org/ ），gmx 命令可用；部分工具需 Python。

■ 本扩展是什么
   用 Python 组织和分析 GROMACS 模拟系综的软件包，支持副本交换等方法的自动化设置与后处理。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是扩展/工具源码或脚本包（Python 工具、C++ 库、Tcl 脚本）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install GromacsWrapper），或解压后 `pip install .`。
   3. 编译型扩展（如 tng、copernicus、gmxapi）：按 README 用 CMake 编译并设置运行库路径。
   4. 验证：运行包内示例，确认能与 gmx 命令联动。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「系综模拟工具包」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/weitse-hsu/ensemble_md
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【通量统计工具（g_count）安装教程】—— GROMACS

■ 前置条件
   · 已装 GROMACS（官网 https://www.gromacs.org/ ），gmx 命令可用；部分工具需 Python。

■ 本扩展是什么
   GROMACS 的简单统计工具，用于统计并输出沿某一方向的计数或通量分布，辅助分析粒子穿越行为。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是扩展/工具源码或脚本包（Python 工具、C++ 库、Tcl 脚本）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install GromacsWrapper），或解压后 `pip install .`。
   3. 编译型扩展（如 tng、copernicus、gmxapi）：按 README 用 CMake 编译并设置运行库路径。
   4. 验证：运行包内示例，确认能与 gmx 命令联动。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「通量统计工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/orbeckst/g_count
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【结合自由能计算（gmx_MMPBSA）安装教程】—— GROMACS

■ 前置条件
   · 已装 GROMACS（官网 https://www.gromacs.org/ ），gmx 命令可用；部分工具需 Python。

■ 本扩展是什么
   基于 AMBER MMPBSA.py 开发、适配 GROMACS 文件的端态结合自由能计算工具，支持 MM/PBSA 与 MM/GBSA 分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是扩展/工具源码或脚本包（Python 工具、C++ 库、Tcl 脚本）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install GromacsWrapper），或解压后 `pip install .`。
   3. 编译型扩展（如 tng、copernicus、gmxapi）：按 README 用 CMake 编译并设置运行库路径。
   4. 验证：运行包内示例，确认能与 gmx 命令联动。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「结合自由能计算」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/Valdes-Tresanco-MS/gmx_MMPBSA
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【分子模拟编程接口（gmxapi）安装教程】—— GROMACS

■ 前置条件
   · 已装 GROMACS（官网 https://www.gromacs.org/ ），gmx 命令可用；部分工具需 Python。

■ 本扩展是什么
   GROMACS 官方 Python 编程接口原型，支持用脚本编排与管理 GROMACS 模拟任务及其输入输出数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是扩展/工具源码或脚本包（Python 工具、C++ 库、Tcl 脚本）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install GromacsWrapper），或解压后 `pip install .`。
   3. 编译型扩展（如 tng、copernicus、gmxapi）：按 README 用 CMake 编译并设置运行库路径。
   4. 验证：运行包内示例，确认能与 gmx 命令联动。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分子模拟编程接口」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/kassonlab/gmxapi
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【编程接口教程示例（gmxapi-tutorials）安装教程】—— GROMACS

■ 前置条件
   · 已装 GROMACS（官网 https://www.gromacs.org/ ），gmx 命令可用；部分工具需 Python。

■ 本扩展是什么
   gmxapi 的 Python 教程与示例集合，演示如何用编程接口构建、运行并分析 GROMACS 模拟工作流。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是扩展/工具源码或脚本包（Python 工具、C++ 库、Tcl 脚本）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install GromacsWrapper），或解压后 `pip install .`。
   3. 编译型扩展（如 tng、copernicus、gmxapi）：按 README 用 CMake 编译并设置运行库路径。
   4. 验证：运行包内示例，确认能与 gmx 命令联动。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「编程接口教程示例」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/kassonlab/gmxapi-tutorials
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【代码编辑器扩展（gmxhelper）安装教程】—— GROMACS

■ 前置条件
   · 已装 GROMACS（官网 https://www.gromacs.org/ ），gmx 命令可用；部分工具需 Python。

■ 本扩展是什么
   为 VS Code 提供的 GROMACS 输入文件语法高亮与自动补全扩展，方便编辑 gro、mdp、top 等文件。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是扩展/工具源码或脚本包（Python 工具、C++ 库、Tcl 脚本）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install GromacsWrapper），或解压后 `pip install .`。
   3. 编译型扩展（如 tng、copernicus、gmxapi）：按 README 用 CMake 编译并设置运行库路径。
   4. 验证：运行包内示例，确认能与 gmx 命令联动。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「代码编辑器扩展」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/Zuttergutao/gmxhelper
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【模拟脚本工具箱（gmxtools）安装教程】—— GROMACS

■ 前置条件
   · 已装 GROMACS（官网 https://www.gromacs.org/ ），gmx 命令可用；部分工具需 Python。

■ 本扩展是什么
   作者收集整理的 GROMACS 脚本与工具合集，涵盖单位换算、结构拟合、绘图、氢键与二面角分析等常见处理。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是扩展/工具源码或脚本包（Python 工具、C++ 库、Tcl 脚本）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install GromacsWrapper），或解压后 `pip install .`。
   3. 编译型扩展（如 tng、copernicus、gmxapi）：按 README 用 CMake 编译并设置运行库路径。
   4. 验证：运行包内示例，确认能与 gmx 命令联动。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「模拟脚本工具箱」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/Jerkwin/gmxtools
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【脂质序参数计算（gorder）安装教程】—— GROMACS

■ 前置条件
   · 已装 GROMACS（官网 https://www.gromacs.org/ ），gmx 命令可用；部分工具需 Python。

■ 本扩展是什么
   从 GROMACS 模拟轨迹计算脂质分子序参数的命令行工具，用于表征生物膜的有序程度与微观结构。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是扩展/工具源码或脚本包（Python 工具、C++ 库、Tcl 脚本）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install GromacsWrapper），或解压后 `pip install .`。
   3. 编译型扩展（如 tng、copernicus、gmxapi）：按 README 用 CMake 编译并设置运行库路径。
   4. 验证：运行包内示例，确认能与 gmx 命令联动。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「脂质序参数计算」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/VachaLab/gorder
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【模拟自动化库（gromacs_py）安装教程】—— GROMACS

■ 前置条件
   · 已装 GROMACS（官网 https://www.gromacs.org/ ），gmx 命令可用；部分工具需 Python。

■ 本扩展是什么
   简化 GROMACS 使用流程的 Python 库，覆盖体系构建、能量最小化到生产模拟的自动化组织与运行。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是扩展/工具源码或脚本包（Python 工具、C++ 库、Tcl 脚本）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install GromacsWrapper），或解压后 `pip install .`。
   3. 编译型扩展（如 tng、copernicus、gmxapi）：按 README 用 CMake 编译并设置运行库路径。
   4. 验证：运行包内示例，确认能与 gmx 命令联动。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「模拟自动化库」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/samuelmurail/gromacs_py
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【命令行包装库（GromacsWrapper）安装教程】—— GROMACS

■ 前置条件
   · 已装 GROMACS（官网 https://www.gromacs.org/ ），gmx 命令可用；部分工具需 Python。

■ 本扩展是什么
   用 Python 薄封装 GROMACS 命令行工具的包装库，便于在脚本中调用模拟与分析命令并解析输出结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是扩展/工具源码或脚本包（Python 工具、C++ 库、Tcl 脚本）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install GromacsWrapper），或解压后 `pip install .`。
   3. 编译型扩展（如 tng、copernicus、gmxapi）：按 README 用 CMake 编译并设置运行库路径。
   4. 验证：运行包内示例，确认能与 gmx 命令联动。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「命令行包装库」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/Becksteinlab/GromacsWrapper
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【自动化建模工具（gromit）安装教程】—— GROMACS

■ 前置条件
   · 已装 GROMACS（官网 https://www.gromacs.org/ ），gmx 命令可用；部分工具需 Python。

■ 本扩展是什么
   面向 GROMACS 的自动化建模辅助工具集，支持原子级与粗粒化体系模拟输入文件的快速生成。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是扩展/工具源码或脚本包（Python 工具、C++ 库、Tcl 脚本）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install GromacsWrapper），或解压后 `pip install .`。
   3. 编译型扩展（如 tng、copernicus、gmxapi）：按 README 用 CMake 编译并设置运行库路径。
   4. 验证：运行包内示例，确认能与 gmx 命令联动。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「自动化建模工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/marrink-lab/gromit
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【反应模拟管线（kimmdy）安装教程】—— GROMACS

■ 前置条件
   · 已装 GROMACS（官网 https://www.gromacs.org/ ），gmx 命令可用；部分工具需 Python。

■ 本扩展是什么
   基于动力学蒙特卡洛与分子动力学耦合的反应模拟管线，用于 GROMACS 中化学反应事件的自动化处理。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是扩展/工具源码或脚本包（Python 工具、C++ 库、Tcl 脚本）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install GromacsWrapper），或解压后 `pip install .`。
   3. 编译型扩展（如 tng、copernicus、gmxapi）：按 README 用 CMake 编译并设置运行库路径。
   4. 验证：运行包内示例，确认能与 gmx 命令联动。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「反应模拟管线」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/HITS-MBM/kimmdy
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【集群作业提交工具（Longbow）安装教程】—— GROMACS

■ 前置条件
   · 已装 GROMACS（官网 https://www.gromacs.org/ ），gmx 命令可用；部分工具需 Python。

■ 本扩展是什么
   面向 HPC 集群的自动化模拟提交与监控工具，可在本地体验远程排队运行 GROMACS 等模拟任务。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是扩展/工具源码或脚本包（Python 工具、C++ 库、Tcl 脚本）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install GromacsWrapper），或解压后 `pip install .`。
   3. 编译型扩展（如 tng、copernicus、gmxapi）：按 README 用 CMake 编译并设置运行库路径。
   4. 验证：运行包内示例，确认能与 gmx 命令联动。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「集群作业提交工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/HECBioSim/Longbow
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【性能基准测试（MDBenchmark）安装教程】—— GROMACS

■ 前置条件
   · 已装 GROMACS（官网 https://www.gromacs.org/ ），gmx 命令可用；部分工具需 Python。

■ 本扩展是什么
   快速生成、提交并分析分子动力学基准测试的工具，支持含 GROMACS 在内的多种模拟引擎性能对比。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是扩展/工具源码或脚本包（Python 工具、C++ 库、Tcl 脚本）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install GromacsWrapper），或解压后 `pip install .`。
   3. 编译型扩展（如 tng、copernicus、gmxapi）：按 README 用 CMake 编译并设置运行库路径。
   4. 验证：运行包内示例，确认能与 gmx 命令联动。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「性能基准测试」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/bio-phys/MDBenchmark
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【溶剂分配系数计算（MDPOW）安装教程】—— GROMACS

■ 前置条件
   · 已装 GROMACS（官网 https://www.gromacs.org/ ），gmx 命令可用；部分工具需 Python。

■ 本扩展是什么
   用 GROMACS 计算水与溶剂间分配系数的工具包，基于自由能计算评估小分子的溶剂化与疏水性质。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是扩展/工具源码或脚本包（Python 工具、C++ 库、Tcl 脚本）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install GromacsWrapper），或解压后 `pip install .`。
   3. 编译型扩展（如 tng、copernicus、gmxapi）：按 README 用 CMake 编译并设置运行库路径。
   4. 验证：运行包内示例，确认能与 gmx 命令联动。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「溶剂分配系数计算」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/Becksteinlab/MDPOW
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【拓扑转结构工具（molmaker）安装教程】—— GROMACS

■ 前置条件
   · 已装 GROMACS（官网 https://www.gromacs.org/ ），gmx 命令可用；部分工具需 Python。

■ 本扩展是什么
   根据 GROMACS 拓扑文件生成对应结构文件的小工具，可随机铺排原子坐标并执行简单的能量最小化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是扩展/工具源码或脚本包（Python 工具、C++ 库、Tcl 脚本）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install GromacsWrapper），或解压后 `pip install .`。
   3. 编译型扩展（如 tng、copernicus、gmxapi）：按 README 用 CMake 编译并设置运行库路径。
   4. 验证：运行包内示例，确认能与 gmx 命令联动。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「拓扑转结构工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/mnmelo/molmaker
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【粗粒化模型工具（pycgtool）安装教程】—— GROMACS

■ 前置条件
   · 已装 GROMACS（官网 https://www.gromacs.org/ ），gmx 命令可用；部分工具需 Python。

■ 本扩展是什么
   从全原子模拟轨迹生成粗粒化分子力学模型的工具，辅助为粗粒化力场拟合键长与角度等参数。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是扩展/工具源码或脚本包（Python 工具、C++ 库、Tcl 脚本）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install GromacsWrapper），或解压后 `pip install .`。
   3. 编译型扩展（如 tng、copernicus、gmxapi）：按 README 用 CMake 编译并设置运行库路径。
   4. 验证：运行包内示例，确认能与 gmx 命令联动。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「粗粒化模型工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/jag1g13/pycgtool
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【轨迹格式读写库（tng）安装教程】—— GROMACS

■ 前置条件
   · 已装 GROMACS（官网 https://www.gromacs.org/ ），gmx 命令可用；部分工具需 Python。

■ 本扩展是什么
   GROMACS 采用的 TNG 轨迹文件格式读写库，提供压缩存储与随机访问接口，供分析与可视化工具读取模拟轨迹。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是扩展/工具源码或脚本包（Python 工具、C++ 库、Tcl 脚本）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install GromacsWrapper），或解压后 `pip install .`。
   3. 编译型扩展（如 tng、copernicus、gmxapi）：按 README 用 CMake 编译并设置运行库路径。
   4. 验证：运行包内示例，确认能与 gmx 命令联动。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「轨迹格式读写库」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/gromacs/tng
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【编辑器语法插件（vim-gromacs）安装教程】—— GROMACS

■ 前置条件
   · 已装 GROMACS（官网 https://www.gromacs.org/ ），gmx 命令可用；部分工具需 Python。

■ 本扩展是什么
   面向 Vim 编辑器的 GROMACS 文件插件，为 gro、mdp、top 等输入文件提供语法高亮与便捷操作。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是扩展/工具源码或脚本包（Python 工具、C++ 库、Tcl 脚本）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install GromacsWrapper），或解压后 `pip install .`。
   3. 编译型扩展（如 tng、copernicus、gmxapi）：按 README 用 CMake 编译并设置运行库路径。
   4. 验证：运行包内示例，确认能与 gmx 命令联动。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「编辑器语法插件」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/HubLot/vim-gromacs
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。