Amber / AmberTools 插件合集（共 22 个）

【小分子拓扑生成器（acpype）安装教程】—— Amber 与 AmberTools

■ 前置条件
   · 已装 AmberTools（免费）或 Amber（正版授权），能运行 cpptraj / tleap 等命令。

■ 本扩展是什么
   基于 Antechamber 的自动化脚本，可为小分子生成 Amber 拓扑与坐标文件，也支持转换为 GROMACS 格式，常用于配体参数化与体系构建。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是配套工具/库源码包（Python 包、C++ 工具、力场文件）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install parmed），或解压后 `pip install .`。
   3. 命令行工具：按 README 编译（make/CMake），把可执行文件放入 PATH。
   4. 力场/参数文件：复制到 Amber 工作目录或 $AMBERHOME/dat/leap/parm 后即可在 tleap 里 source。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「小分子拓扑生成器」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/alanwilter/acpype
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【荧光染料参数文件（amber-dyes）安装教程】—— Amber 与 AmberTools

■ 前置条件
   · 已装 AmberTools（免费）或 Amber（正版授权），能运行 cpptraj / tleap 等命令。

■ 本扩展是什么
   为 Amber 提供的荧光染料分子力场参数与建模输入文件，用于模拟荧光探针与生物分子的相互作用及相关光谱性质，采用 LGPL 许可发布。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是配套工具/库源码包（Python 包、C++ 工具、力场文件）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install parmed），或解压后 `pip install .`。
   3. 命令行工具：按 README 编译（make/CMake），把可执行文件放入 PATH。
   4. 力场/参数文件：复制到 Amber 工作目录或 $AMBERHOME/dat/leap/parm 后即可在 tleap 里 source。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「荧光染料参数文件」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/t-/amber-dyes
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【FB15 水分子力场（AMBER-FB15）安装教程】—— Amber 与 AmberTools

■ 前置条件
   · 已装 AmberTools（免费）或 Amber（正版授权），能运行 cpptraj / tleap 等命令。

■ 本扩展是什么
   为 Amber 提供的 FB15 水分子极化力场参数与说明文件，用于需要高精度水性质模拟的体系，配套论文给出力场拟合与使用流程的详细描述。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是配套工具/库源码包（Python 包、C++ 工具、力场文件）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install parmed），或解压后 `pip install .`。
   3. 命令行工具：按 README 编译（make/CMake），把可执行文件放入 PATH。
   4. 力场/参数文件：复制到 Amber 工作目录或 $AMBERHOME/dat/leap/parm 后即可在 tleap 里 source。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「FB15 水分子力场」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/pandegroup/AMBER-FB15
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【磷酸化氨基酸力场（amber-fb18）安装教程】—— Amber 与 AmberTools

■ 前置条件
   · 已装 AmberTools（免费）或 Amber（正版授权），能运行 cpptraj / tleap 等命令。

■ 本扩展是什么
   Amber 的 FB18 磷酸化氨基酸力场参数与示例文件，用于准确模拟含磷酸化修饰的蛋白质及其相互作用，配套论文提供参数拟合过程说明。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是配套工具/库源码包（Python 包、C++ 工具、力场文件）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install parmed），或解压后 `pip install .`。
   3. 命令行工具：按 README 编译（make/CMake），把可执行文件放入 PATH。
   4. 力场/参数文件：复制到 Amber 工作目录或 $AMBERHOME/dat/leap/parm 后即可在 tleap 里 source。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「磷酸化氨基酸力场」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/pnerenberg/amber-fb18
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【工作流辅助工具箱（amberassist）安装教程】—— Amber 与 AmberTools

■ 前置条件
   · 已装 AmberTools（免费）或 Amber（正版授权），能运行 cpptraj / tleap 等命令。

■ 本扩展是什么
   面向 Amber 与 AmberTools 的工作流模板与辅助工具集，覆盖经典与量化分子动力学设置、高性能作业提交以及自由能分析等常见环节。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是配套工具/库源码包（Python 包、C++ 工具、力场文件）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install parmed），或解压后 `pip install .`。
   3. 命令行工具：按 README 编译（make/CMake），把可执行文件放入 PATH。
   4. 力场/参数文件：复制到 Amber 工作目录或 $AMBERHOME/dat/leap/parm 后即可在 tleap 里 source。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「工作流辅助工具箱」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/van-richard/amberassist
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【经典程序数据仓库（AmberClassic）安装教程】—— Amber 与 AmberTools

■ 前置条件
   · 已装 AmberTools（免费）或 Amber（正版授权），能运行 cpptraj / tleap 等命令。

■ 本扩展是什么
   Amber 官方维护的经典程序与数据仓库，包含 sander 的现代化实现 msander，以及核磁、X 射线与冷冻电镜相关的代码、工具和示例数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是配套工具/库源码包（Python 包、C++ 工具、力场文件）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install parmed），或解压后 `pip install .`。
   3. 命令行工具：按 README 编译（make/CMake），把可执行文件放入 PATH。
   4. 力场/参数文件：复制到 Amber 工作目录或 $AMBERHOME/dat/leap/parm 后即可在 tleap 里 source。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「经典程序数据仓库」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/Amber-MD/AmberClassic
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【在线模拟流程平台（AmberMDFlow）安装教程】—— Amber 与 AmberTools

■ 前置条件
   · 已装 AmberTools（免费）或 Amber（正版授权），能运行 cpptraj / tleap 等命令。

■ 本扩展是什么
   面向 Amber 分子动力学的在线模拟流程平台，覆盖体系准备、能量最小化、平衡与生产模拟等步骤，通过网页界面简化常规模拟任务的参数设置与执行。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是配套工具/库源码包（Python 包、C++ 工具、力场文件）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install parmed），或解压后 `pip install .`。
   3. 命令行工具：按 README 编译（make/CMake），把可执行文件放入 PATH。
   4. 力场/参数文件：复制到 Amber 工作目录或 $AMBERHOME/dat/leap/parm 后即可在 tleap 里 source。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「在线模拟流程平台」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nagarh/AmberMDFlow
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【建模准备脚本（AmberMdPrep）安装教程】—— Amber 与 AmberTools

■ 前置条件
   · 已装 AmberTools（免费）或 Amber（正版授权），能运行 cpptraj / tleap 等命令。

■ 本扩展是什么
   由 AmberTools 开发者维护的建模准备脚本，用于从实验结构出发自动完成加氢、加溶剂与离子化等步骤，快速生成可运行的 Amber 输入文件。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是配套工具/库源码包（Python 包、C++ 工具、力场文件）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install parmed），或解压后 `pip install .`。
   3. 命令行工具：按 README 编译（make/CMake），把可执行文件放入 PATH。
   4. 力场/参数文件：复制到 Amber 工作目录或 $AMBERHOME/dat/leap/parm 后即可在 tleap 里 source。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「建模准备脚本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/drroe/AmberMdPrep
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【OpenMM 联用模拟脚本（Ambertools-OpenMM-MD）安装教程】—— Amber 与 AmberTools

■ 前置条件
   · 已装 AmberTools（免费）或 Amber（正版授权），能运行 cpptraj / tleap 等命令。

■ 本扩展是什么
   结合 AmberTools 与 OpenMM 的模拟脚本集合，用 AmberTools 完成蛋白配体体系准备与参数化，再由 OpenMM 执行分子动力学模拟，兼顾建模便利与计算效率。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是配套工具/库源码包（Python 包、C++ 工具、力场文件）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install parmed），或解压后 `pip install .`。
   3. 命令行工具：按 README 编译（make/CMake），把可执行文件放入 PATH。
   4. 力场/参数文件：复制到 Amber 工作目录或 $AMBERHOME/dat/leap/parm 后即可在 tleap 里 source。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「OpenMM 联用模拟脚本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/quantaosun/Ambertools-OpenMM-MD
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GPCR 轨迹分析脚本（AmberTraj-Analysis）安装教程】—— Amber 与 AmberTools

■ 前置条件
   · 已装 AmberTools（免费）或 Amber（正版授权），能运行 cpptraj / tleap 等命令。

■ 本扩展是什么
   基于 MDAnalysis 与 PLIP 的 Amber 轨迹分析脚本，针对 G 蛋白偶联受体体系，可计算配体相互作用与关键残基接触并输出分析结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是配套工具/库源码包（Python 包、C++ 工具、力场文件）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install parmed），或解压后 `pip install .`。
   3. 命令行工具：按 README 编译（make/CMake），把可执行文件放入 PATH。
   4. 力场/参数文件：复制到 Amber 工作目录或 $AMBERHOME/dat/leap/parm 后即可在 tleap 里 source。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GPCR 轨迹分析脚本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/Sfuentes01/AmberTraj-Analysis
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【模拟辅助脚本集（AmberUtils）安装教程】—— Amber 与 AmberTools

■ 前置条件
   · 已装 AmberTools（免费）或 Amber（正版授权），能运行 cpptraj / tleap 等命令。

■ 本扩展是什么
   一组用 Python 编写的 Amber 分子动力学辅助工具，涵盖结果整理、能量分析、绘图与文件处理等常用小工具，帮助简化模拟数据的后处理。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是配套工具/库源码包（Python 包、C++ 工具、力场文件）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install parmed），或解压后 `pip install .`。
   3. 命令行工具：按 README 编译（make/CMake），把可执行文件放入 PATH。
   4. 力场/参数文件：复制到 Amber 工作目录或 $AMBERHOME/dat/leap/parm 后即可在 tleap 里 source。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「模拟辅助脚本集」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/williamdlees/AmberUtils
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【工作流封装模块（biobb_amber）安装教程】—— Amber 与 AmberTools

■ 前置条件
   · 已装 AmberTools（免费）或 Amber（正版授权），能运行 cpptraj / tleap 等命令。

■ 本扩展是什么
   BioExcel 提供的 Amber 工具封装模块，把 tleap、sander 等程序封装为可组合的工作流组件，支持在流程管理器中自动化组织并运行模拟任务。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是配套工具/库源码包（Python 包、C++ 工具、力场文件）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install parmed），或解压后 `pip install .`。
   3. 命令行工具：按 README 编译（make/CMake），把可执行文件放入 PATH。
   4. 力场/参数文件：复制到 Amber 工作目录或 $AMBERHOME/dat/leap/parm 后即可在 tleap 里 source。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「工作流封装模块」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/bioexcel/biobb_amber
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【力场格式转换工具（chamberr）安装教程】—— Amber 与 AmberTools

■ 前置条件
   · 已装 AmberTools（免费）或 Amber（正版授权），能运行 cpptraj / tleap 等命令。

■ 本扩展是什么
   chamber 的逆向工具，基于 ParmEd 将 Amber 格式的力场参数转换为 CHARMM 格式的拓扑与参数文件，便于在 CHARMM 流程中使用 Amber 力场。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是配套工具/库源码包（Python 包、C++ 工具、力场文件）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install parmed），或解压后 `pip install .`。
   3. 命令行工具：按 README 编译（make/CMake），把可执行文件放入 PATH。
   4. 力场/参数文件：复制到 Amber 工作目录或 $AMBERHOME/dat/leap/parm 后即可在 tleap 里 source。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「力场格式转换工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/murfalo/chamberr
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【轨迹分析处理工具（cpptraj）安装教程】—— Amber 与 AmberTools

■ 前置条件
   · 已装 AmberTools（免费）或 Amber（正版授权），能运行 cpptraj / tleap 等命令。

■ 本扩展是什么
   Amber 官方命令行轨迹分析与处理工具，可对多种分子动力学轨迹进行坐标提取、均方根偏差拟合、聚类与结构分析，是 AmberTools 的核心组件之一。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是配套工具/库源码包（Python 包、C++ 工具、力场文件）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install parmed），或解压后 `pip install .`。
   3. 命令行工具：按 README 编译（make/CMake），把可执行文件放入 PATH。
   4. 力场/参数文件：复制到 Amber 工作目录或 $AMBERHOME/dat/leap/parm 后即可在 tleap 里 source。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「轨迹分析处理工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/Amber-MD/cpptraj
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【智能轨迹分析助手（CpptrajAI）安装教程】—— Amber 与 AmberTools

■ 前置条件
   · 已装 AmberTools（免费）或 Amber（正版授权），能运行 cpptraj / tleap 等命令。

■ 本扩展是什么
   基于大语言模型的 cpptraj 辅助工具，可根据自然语言需求生成轨迹分析命令并解释结果，降低 Amber 轨迹处理脚本的编写门槛。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是配套工具/库源码包（Python 包、C++ 工具、力场文件）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install parmed），或解压后 `pip install .`。
   3. 命令行工具：按 README 编译（make/CMake），把可执行文件放入 PATH。
   4. 力场/参数文件：复制到 Amber 工作目录或 $AMBERHOME/dat/leap/parm 后即可在 tleap 里 source。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「智能轨迹分析助手」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nagarh/CpptrajAI
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【模拟实时监测组件（DashMD）安装教程】—— Amber 与 AmberTools

■ 前置条件
   · 已装 AmberTools（免费）或 Amber（正版授权），能运行 cpptraj / tleap 等命令。

■ 本扩展是什么
   用于实时监测 Amber 分子动力学模拟的网页组件，可在浏览器中跟踪温度、压力、体积、密度与能量等运行指标，帮助直观判断模拟是否稳定。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是配套工具/库源码包（Python 包、C++ 工具、力场文件）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install parmed），或解压后 `pip install .`。
   3. 命令行工具：按 README 编译（make/CMake），把可执行文件放入 PATH。
   4. 力场/参数文件：复制到 Amber 工作目录或 $AMBERHOME/dat/leap/parm 后即可在 tleap 里 source。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「模拟实时监测组件」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/cbouy/DashMD
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【力场移植数据仓库（openff-amber-ff-ports）安装教程】—— Amber 与 AmberTools

■ 前置条件
   · 已装 AmberTools（免费）或 Amber（正版授权），能运行 cpptraj / tleap 等命令。

■ 本扩展是什么
   以 SMIRNOFF 格式分发 Amber 力场的参数仓库，便于在 Open Force Field 工具链中读取与使用 Amber 系列力场，由 OpenFF 社区维护。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是配套工具/库源码包（Python 包、C++ 工具、力场文件）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install parmed），或解压后 `pip install .`。
   3. 命令行工具：按 README 编译（make/CMake），把可执行文件放入 PATH。
   4. 力场/参数文件：复制到 Amber 工作目录或 $AMBERHOME/dat/leap/parm 后即可在 tleap 里 source。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「力场移植数据仓库」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/openforcefield/openff-amber-ff-ports
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【拓扑参数编辑器（ParmEd）安装教程】—— Amber 与 AmberTools

■ 前置条件
   · 已装 AmberTools（免费）或 Amber（正版授权），能运行 cpptraj / tleap 等命令。

■ 本扩展是什么
   跨程序的分子拓扑与参数编辑库，支持 Amber 拓扑坐标格式的读取与修改，可在不同模拟程序间转换体系、调整力场参数并合成复合体系。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是配套工具/库源码包（Python 包、C++ 工具、力场文件）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install parmed），或解压后 `pip install .`。
   3. 命令行工具：按 README 编译（make/CMake），把可执行文件放入 PATH。
   4. 力场/参数文件：复制到 Amber 工作目录或 $AMBERHOME/dat/leap/parm 后即可在 tleap 里 source。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「拓扑参数编辑器」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/ParmEd/ParmEd
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【结构预处理工具（pdb4amber）安装教程】—— Amber 与 AmberTools

■ 前置条件
   · 已装 AmberTools（免费）或 Amber（正版授权），能运行 cpptraj / tleap 等命令。

■ 本扩展是什么
   用于将 PDB 结构文件清理并转换为 Amber 可识别格式的工具，可补加缺失氢原子、规范残基与链命名，为 tleap 建模做好准备。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是配套工具/库源码包（Python 包、C++ 工具、力场文件）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install parmed），或解压后 `pip install .`。
   3. 命令行工具：按 README 编译（make/CMake），把可执行文件放入 PATH。
   4. 力场/参数文件：复制到 Amber 工作目录或 $AMBERHOME/dat/leap/parm 后即可在 tleap 里 source。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「结构预处理工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/hainm/pdb4amber
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【金属酶参数准备脚本（prep-mcpb）安装教程】—— Amber 与 AmberTools

■ 前置条件
   · 已装 AmberTools（免费）或 Amber（正版授权），能运行 cpptraj / tleap 等命令。

■ 本扩展是什么
   MCPB.py 建模流程的预备脚本，借助 UCSF Chimera 与 AmberTools 对含金属结构进行预处理，为金属酶体系的参数化与建模做好准备。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是配套工具/库源码包（Python 包、C++ 工具、力场文件）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install parmed），或解压后 `pip install .`。
   3. 命令行工具：按 README 编译（make/CMake），把可执行文件放入 PATH。
   4. 力场/参数文件：复制到 Amber 工作目录或 $AMBERHOME/dat/leap/parm 后即可在 tleap 里 source。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「金属酶参数准备脚本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/jaimergp/prep-mcpb
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Sander 输出统计工具（pyss）安装教程】—— Amber 与 AmberTools

■ 前置条件
   · 已装 AmberTools（免费）或 Amber（正版授权），能运行 cpptraj / tleap 等命令。

■ 本扩展是什么
   用于解析 Amber sander 运行输出的小工具，可提取能量与统计信息并执行自定义计算，以易读格式打印结果，方便快速查看模拟收敛情况。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是配套工具/库源码包（Python 包、C++ 工具、力场文件）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install parmed），或解压后 `pip install .`。
   3. 命令行工具：按 README 编译（make/CMake），把可执行文件放入 PATH。
   4. 力场/参数文件：复制到 Amber 工作目录或 $AMBERHOME/dat/leap/parm 后即可在 tleap 里 source。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Sander 输出统计工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/ethho/pyss
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Python 轨迹分析接口（pytraj）安装教程】—— Amber 与 AmberTools

■ 前置条件
   · 已装 AmberTools（免费）或 Amber（正版授权），能运行 cpptraj / tleap 等命令。

■ 本扩展是什么
   Amber 官方 Python 轨迹分析接口，基于 cpptraj 实现，支持读取处理多种轨迹格式并进行距离、二面角与均方根偏差等分析，便于在脚本与笔记本中调用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .zip 是配套工具/库源码包（Python 包、C++ 工具、力场文件）。

■ 安装步骤
   1. 解压到英文路径目录。
   2. Python 工具：用 conda/pip 安装（如 pip install parmed），或解压后 `pip install .`。
   3. 命令行工具：按 README 编译（make/CMake），把可执行文件放入 PATH。
   4. 力场/参数文件：复制到 Amber 工作目录或 $AMBERHOME/dat/leap/parm 后即可在 tleap 里 source。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Python 轨迹分析接口」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/Amber-MD/pytraj
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。