Snakemake 插件合集（共 384 个）

【深度学习变异检测（deepvariant）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   谷歌DeepVariant工具，从比对结果中识别SNP与indel，变异检出准确率高。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「深度学习变异检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/deepvariant
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【MOFAflex多组学训练（training）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   MOFAflex 功能：对多组学数据进行因子模型训练，挖掘样本潜在因子，用于多组学整合分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MOFAflex多组学训练」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/mofaflex/training
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【SnpEff 变异注释（annotate）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   对VCF变异结果做功能注释，判断变异位于基因区还是调控区、是否改变氨基酸，输出注释后文件。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「SnpEff 变异注释」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/snpeff/annotate
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Mehari 变异注释（annotate-seqvars）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   基于临床级转录本数据库注释变异，评估其对蛋白结构与剪接的影响，常用于遗传病解读流程。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Mehari 变异注释」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/mehari/annotate-seqvars
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【fgbio 添加UMI标签（annotatebamwithumis）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   把分子标签UMI信息写入BAM文件，便于后续按分子去重与纠错，提高低频变异的检测灵敏度。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「fgbio 添加UMI标签」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/fgbio/annotatebamwithumis
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【HOMER peak 注释（annotatePeaks）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   为ChIP-seq、ATAC-seq富集区域注释最近的基因、基因组位置与注释类型，输出结果表供下游分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「HOMER peak 注释」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/homer/annotatePeaks
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【信号矩阵计算（computematrix）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   deepTools工具，计算基因组区间上的测序覆盖信号矩阵，用于绘制热图。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「信号矩阵计算」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/deeptools/computematrix
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【拷贝数图绘制（diagram）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   CNVkit工具，把拷贝数分析结果绘制成染色体分布图，直观展示变异区域。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「拷贝数图绘制」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/cnvkit/diagram
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【IGV 报告生成（igv-reports）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   为每个变异位点生成可交互的 IGV 网页报告，方便人工审核候选变异。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「IGV 报告生成」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/igv-reports
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【质控报告汇总（multiqc）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   汇总多种生信工具的质控结果，生成统一的交互式 HTML 报告，便于批量检查。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「质控报告汇总」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/multiqc
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Nonpareil 绘图（plot）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   根据 Nonpareil 计算结果绘制测序覆盖度曲线，用于评估测序深度与微生物群落复杂度。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Nonpareil 绘图」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/nonpareil/plot
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【deepTools 相关性图（plotcorrelation）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   deepTools 模块，计算样本间信号相关性并绘制热图或散点图，用于评估生物学重复一致性。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「deepTools 相关性图」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/deeptools/plotcorrelation
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【deepTools 信号热图（plotheatmap）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   deepTools 模块，在基因或峰区间附近绘制信号热图，直观展示信号在区间上的分布模式。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「deepTools 信号热图」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/deeptools/plotheatmap
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【deepTools 信号分布图（plotprofile）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   deepTools 模块，绘制信号在基因或区间上的平均分布曲线，用于比较不同样本的信号特征。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「deepTools 信号分布图」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/deeptools/plotprofile
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Cooltools 鞍图分析（saddle）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Cooltools 模块，计算并绘制染色体内接触的鞍图，用于分析区室化等高级结构特征。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Cooltools 鞍图分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/cooltools/saddle
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GATK变异功能注释（variantannotator）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   GATK 功能：为 VCF 中的变异添加基因、转录本与功能影响等注释信息，便于解读与筛选。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GATK变异功能注释」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gatk/variantannotator
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【BWA 序列比对（aln）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   把短读长测序数据比对到参考基因组，是基因组重测序、外显子测序流程中最经典的比对工具。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BWA 序列比对」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bwa/aln
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【CNVkit 非靶区基线（antitarget）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   为捕获测序的拷贝数检测构建非目标区域参考基线，平衡拷贝数计算，是CNVkit流程的中间步骤。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CNVkit 非靶区基线」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/cnvkit/antitarget
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GATK 变异质量重校准（applyvqsr）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   应用变异质量重校准模型过滤假阳性变异，是GATK最佳实践流程中SNP与indel过滤的关键步骤。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GATK 变异质量重校准」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gatk/applyvqsr
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Bismark 多样本汇总（bismark2summary）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   把多样本的Bismark报告合并成一份汇总表，方便批量比较各样本的甲基化测序质量与覆盖情况。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Bismark 多样本汇总」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bismark/bismark2summary
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【CHM变异检测评估（chm-eval）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   基于CHM13单倍型组装评估变异检测结果的准确性与召回率，常用于流程基准测试。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CHM变异检测评估」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/benchmark/chm-eval
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【CHM评估套件（chm-eval-kit）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   配套CHM评估工具使用的数据集与脚本集合，用于搭建变异检测基准测试流程。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CHM评估套件」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/benchmark/chm-eval-kit
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【CHM评估抽样（chm-eval-sample）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   从CHM基准数据中抽取样本子集，快速验证变异检测流程的效果与稳定性。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CHM评估抽样」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/benchmark/chm-eval-sample
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【ClinVar库下载（download-clinvar-db）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   下载并整理ClinVar变异临床注释数据库，供本地变异解读流程离线使用。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ClinVar库下载」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/mehari/download-clinvar-db
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【序列记录获取（efetch）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Entrez工具，按编号从NCBI抓取序列和文献等记录，实现数据自动批量获取。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「序列记录获取」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/entrez/efetch
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Samtools 建索引取序列（faidx）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   为 FASTA 参考基因组建立 .fai 索引，并按区域快速提取序列，是多数流程的必备前置步骤。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Samtools 建索引取序列」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/samtools/faidx
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【RagTag 补洞（patch）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   RagTag 流程步骤，借助参考基因组在组装序列的缺口处进行补洞，提升基因组组装完整度。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「RagTag 补洞」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/ragtag/patch
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Refgenie 参考管理（refgenie）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Refgenie 用于下载、管理与获取各类参考基因组及其索引资产，方便流程统一调用。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Refgenie 参考管理」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/refgenie
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【RagTag 序列挂载（scaffold）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   RagTag 流程步骤，借助参考基因组定向并挂载组装片段，提升染色体级别的连续性。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「RagTag 序列挂载」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/ragtag/scaffold
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Shovill细菌基因组组装（shovill）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Shovill 细菌组装流程：对 Illumina 短读长数据修整后组装与优化，输出高质量 contig 序列。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Shovill细菌基因组组装」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/shovill
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【VG 读段模拟（sim）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   封装 vg sim，基于变异图与索引模拟生成测序读段，用于流程与比对方法的评测。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「VG 读段模拟」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/vg/sim
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【NanoSim模拟纳米孔数据（simulator）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   NanoSim 功能：按真实数据特征模拟 Oxford Nanopore 长读长测序数据，用于流程测试与评估。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「NanoSim模拟纳米孔数据」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/nanosim/simulator
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【wgsim模拟短读长数据（wgsim）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   wgsim 功能：从参考基因组模拟 Illumina 双端短读长序列并引入变异，用于流程测试与评估。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「wgsim模拟短读长数据」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/wgsim
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【调控元件下载（ensembl-regulation）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   从Ensembl下载启动子与增强子等调控元件注释文件，用于功能区域分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「调控元件下载」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/reference/ensembl-regulation
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【BamTools 读段过滤（filter）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   按比对位置、比对质量等条件过滤 BAM 读段，输出符合条件的子集便于后续分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BamTools 读段过滤」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bamtools/filter
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【BamTools JSON 过滤（filter_json）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   依据 JSON 配置文件对 BAM 文件批量执行读段过滤，便于复用和管理复杂筛选规则。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BamTools JSON 过滤」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bamtools/filter_json
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【fgbio 共识读段过滤（filterconsensusreads）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   从 UMI 共识序列中过滤掉低支持度或质量不合格的读段，提升超低频变异检出可信度。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「fgbio 共识读段过滤」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/fgbio/filterconsensusreads
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GATK 过滤 Mutect2 变异（filtermutectcalls）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   对 Mutect2 检出的体细胞变异进行过滤，去除比对伪影和污染导致的可疑位点。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GATK 过滤 Mutect2 变异」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gatk/filtermutectcalls
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Swarm聚类去噪（swarm）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Swarm 工具：对扩增子序列做快速聚类去噪，生成 OTU/ASV 丰度表，常用于微生物多样性分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Swarm聚类去噪」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/swarm
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【pyfastaq 碱基替换（replace_bases）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   pyfastaq 模块，按指定规则替换或掩蔽序列中的特定碱基，用于屏蔽污染或低质量区域。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「pyfastaq 碱基替换」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/pyfastaq/replace_bases
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Picard 添加读组标签（addorreplacereadgroups）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   为BAM文件添加或替换测序读组信息，记录样本来源与测序平台，是GATK变异检测前的必备预处理。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Picard 添加读组标签」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/picard/addorreplacereadgroups
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【AGAT 基因注释处理（agat）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   对GFF/GTF注释文件做校验、格式转换与增删修改，把不同来源的基因组注释整理成统一规范格式。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「AGAT 基因注释处理」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/agat
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【VG 图索引自动构建（autoindex）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   封装 vg autoindex，按参考基因组与变异信息自动构建 Giraffe 或比对所需的图索引文件。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「VG 图索引自动构建」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/vg/autoindex
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Qualimap BAM质控（bamqc）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   对BAM比对文件生成全面质控报告，涵盖覆盖度、GC含量、插入片段长度与染色体分布等指标。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Qualimap BAM质控」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/qualimap/bamqc
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【biobambam2 排序去重（bamsormadup）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   对测序比对文件做坐标排序并标记或去除重复读长，是替代Picard MarkDuplicates的快速实现。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「biobambam2 排序去重」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/biobambam2/bamsormadup
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【bedtools BAM转BED（bamtobed）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   把BAM比对文件转换为BED区间格式，方便与注释区间做交集、覆盖度等基因组区间运算。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「bedtools BAM转BED」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bedtools/bamtobed
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【CNVkit 拷贝数分析（batch）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   一站式完成从比对文件到拷贝数变异结果的完整分析，包含归一化、分段与基因水平拷贝数输出。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CNVkit 拷贝数分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/cnvkit/batch
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Bazam 从BAM提取读长（bazam）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   直接从压缩BAM文件中抽取读长并以FASTQ流形式输出，省去单独存储FASTQ的空间与步骤。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Bazam 从BAM提取读长」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bazam
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【bedGraph 转 bigWig（bedGraphToBigWig）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   封装 UCSC bedGraphToBigWig，把 bedGraph 信号文件转换为浏览器可读的 bigWig 格式。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「bedGraph 转 bigWig」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/ucsc/bedGraphToBigWig
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Picard BED转区间表（bedtointervallist）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   把BED区间文件转换为GATK位点区间列表格式，保证下游工具按顺序处理目标区间数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Picard BED转区间表」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/picard/bedtointervallist
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【bgzip 分块压缩（bgzip）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   对基因组文本文件做分块压缩，生成可随机访问的.gz文件并支持建立索引，是VCF/BED标准存储方式。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「bgzip 分块压缩」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bgzip
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【cooltools 基因组分箱（binnify）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   按固定窗口长度把基因组划分为等长bin，为Hi-C接触矩阵的构建与分析准备基因组坐标文件。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「cooltools 基因组分箱」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/cooltools/genome/binnify
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Bioconvert 格式转换（bioconvert）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   在不同生信文件格式之间批量转换，如FASTQ、BAM、VCF、BED等，统一流程中的输入输出格式。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Bioconvert 格式转换」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bioconvert
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Bismark 基因组转换（bismark_genome_preparation）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   把参考基因组转换为亚硫酸氢盐比对所需的C到T与G到A双链索引，是甲基化分析的前置步骤。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Bismark 基因组转换」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bismark/bismark_genome_preparation
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Mehari 转录本库构建（build-transcript-db）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   从注释文件构建临床级转录本数据库，为变异注释提供统一参考，是注释流程的准备步骤。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Mehari 转录本库构建」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/mehari/build-transcript-db
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Microphaser 参考构建（build_reference）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   为微生物单倍型分型构建参考序列与索引文件，为后续读长比对和菌株水平定相做准备。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Microphaser 参考构建」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/microphaser/build_reference
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【bcftools 变异检测（call）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   从比对文件中识别SNP与indel变异并输出VCF文件，是多样本联合变异检测的常用工具。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「bcftools 变异检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bcftools/call
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【MACS2 peak 检测（callpeak）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   从ChIP-seq或ATAC-seq比对文件中检测蛋白结合与开放染色质富集区域，输出peak区间与信号值。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MACS2 peak 检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/macs2/callpeak
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【samtools 计算MD标签（calmd）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   计算比对文件中的MD与NM标签并与参考序列比对校正，方便下游工具快速定位变异位点。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「samtools 计算MD标签」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/samtools/calmd
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【BAM配对重排（collate）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   samtools工具，把比对文件中成对的读长重新排列到一起，提升后续处理效率。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BAM配对重排」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/samtools/collate
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【多项质量指标（collectmultiplemetrics）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Picard工具，一次性收集多种比对质量指标，快速完成BAM文件的整体质控。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多项质量指标」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/picard/collectmultiplemetrics
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GVCF合并（combinegvcfs）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   GATK工具，将多个样本的GVCF文件合并，供联合基因分型与队列分析使用。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GVCF合并」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gatk/combinegvcfs
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【VG 变异图构建（construct）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   封装 vg construct，由参考序列与 VCF 变异文件构建变异图，作为图比对与索引的输入。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「VG 变异图构建」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/vg/construct
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Hi-C堆叠分析（coolpuppy）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   基于cool文件的Hi-C互作堆叠分析，比较不同区域或样本的染色质互作模式。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Hi-C堆叠分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/coolpuppy
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【序列字典创建（createsequencedictionary）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Picard工具，为参考基因组FASTA生成序列字典文件，供GATK等工具调用。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「序列字典创建」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/picard/createsequencedictionary
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GDC数据下载（download）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   从GDC门户批量下载TCGA等公共测序数据，支持清单文件和断点续传。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GDC数据下载」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gdc-client/download
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【ENCODE数据下载（encode_fastq_downloader）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   按实验编号从ENCODE项目批量下载FASTQ测序文件，方便复现公共数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ENCODE数据下载」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/encode_fastq_downloader
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Ensembl变异下载（ensembl-variation）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   从Ensembl下载已知变异VCF文件，用于变异过滤、注释和人群频率比较。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Ensembl变异下载」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/reference/ensembl-variation
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【CNVkit 导出结果（export）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   将 CNVkit 的拷贝数分析结果导出为 CSV、VCF 等通用格式，便于下游注释与报告。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CNVkit 导出结果」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/cnvkit/export
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【MethylDackel 提取甲基化（extract）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   从比对好的 BAM 文件中提取 CpG 等位点的甲基化比例，生成下游分析用的甲基化水平文件。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MethylDackel 提取甲基化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/methyldackel/extract
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【FastAguard 序列处理（fastaguard）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   对 FASTA 核酸序列文件进行检测与规范化处理，供流程中序列文件的相应操作使用。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「FastAguard 序列处理」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/fastaguard
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【SRA 转 FASTQ（fasterq-dump）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   从 NCBI SRA 数据库下载并转换为 FASTQ 格式，支持多线程拆分，常用作数据获取起点。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「SRA 转 FASTQ」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/sra-tools/fasterq-dump
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Samtools 序列格式转换（fastx）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   在 SAM/BAM 与 FASTA/FASTQ 之间转换，提取读段序列用于下游比对或组装分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Samtools 序列格式转换」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/samtools/fastx
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【FASTA 转 2bit（faToTwoBit）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   封装 UCSC faToTwoBit，把 FASTA 序列转换为压缩的 2bit 格式，便于快速随机访问。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「FASTA 转 2bit」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/ucsc/faToTwoBit
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【EGA 数据下载（fetch）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   从欧洲基因组档案库（EGA）下载受控访问的测序数据文件，用于本地二次分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「EGA 数据下载」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/ega/fetch
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【HOMER 峰识别（findPeaks）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   从 ChIP-seq、ATAC-seq 等比对文件中识别富集峰，输出峰位置与注释结果文件。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「HOMER 峰识别」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/homer/findPeaks
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Samtools 补全配对信息（fixmate）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   为 BAM 文件补充读段配对与模板长度信息，是标记重复等后续处理的前置步骤。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Samtools 补全配对信息」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/samtools/fixmate
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【VG GCSA 索引构建（gcsa）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   封装 vg index -g，为变异图构建 GCSA 索引与 LCP 文件，加速图上的序列检索与比对。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「VG GCSA 索引构建」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/vg/index/gcsa
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【genePred 转 BED（genePredToBed）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   封装 UCSC genePredToBed，把基因结构注释由 genePred 格式转换为 BED 区间格式。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「genePred 转 BED」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/ucsc/genePredToBed
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【SnpSift 基因集注释（genesets）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   把基因集或通路信息注释到 VCF 变异文件，判断变异是否落在关注的基因列表中。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「SnpSift 基因集注释」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/snpsift/genesets
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GenomePy 基因组管理（genomepy）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   自动下载并索引常用参考基因组与注释文件，一行命令为流程准备好参考序列。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GenomePy 基因组管理」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/genomepy
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GATK 联合基因分型（genotypegvcfs）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   对 GenomicsDB 中的多样本 GVCF 联合调用基因型，输出合并后的 VCF 变异文件。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GATK 联合基因分型」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gatk/genotypegvcfs
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Purge_dups 提取序列（get_seqs）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   根据 purged 或 hap 标签文件从组装序列中提取指定区域，用于去冗余后续处理。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Purge_dups 提取序列」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/purge_dups/get_seqs
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GenomeTools GFF3 处理（gff3）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   使用 GenomeTools 检查、转换和整理 GFF3 基因注释文件，方便流程读取注释。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GenomeTools GFF3 处理」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/genometools/gff3
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GFF3 注释校验（gff3validator）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   检查 GFF3 注释文件是否符合规范，报出层级与字段错误，保证下游注释可靠。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GFF3 注释校验」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/genometools/gff3validator
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GffRead 注释转换（gffread）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   在 GFF 与 GTF 之间转换注释格式，可按注释提取对应的转录本与蛋白序列。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GffRead 注释转换」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gffread
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GRIT 基因组区间工具（grit_genomics）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   在流程中调用 GRIT 工具集处理基因组区间文件，完成区间合并、注释等操作。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GRIT 基因组区间工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/grit_genomics
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GTF 转 genePred（gtfToGenePred）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   封装 UCSC gtfToGenePred，把 GTF 基因注释文件转换为 genePred 结构注释格式。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GTF 转 genePred」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/ucsc/gtfToGenePred
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【HMMER 模型索引（hmmpress）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   对 HMM 数据库建立索引，使 hmmscan 等搜索程序能够快速读取模型库。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「HMMER 模型索引」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/hmmer/hmmpress
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【LoFreq indel 质量重估（indelqual）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   为 BAM 文件中的 indel 补充质量值，提升低频 indel 变异检出的可靠性。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「LoFreq indel 质量重估」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/lofreq/indelqual
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【BCFtools 索引构建（index）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   为 VCF/BCF 文件建立索引，便于后续按染色体区域快速随机访问与提取变异位点。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BCFtools 索引构建」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bcftools/index
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【FASTQ 交错合并（interleaved）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   将双端 FASTQ 按 read 名交错合并为单个文件，方便只支持交错输入的工具调用。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「FASTQ 交错合并」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/samtools/fastq/interleaved
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【区间列表转 BED（intervallisttobed）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   把 GATK 区间列表文件转换为标准 BED 格式，便于与其它区间处理工具互通。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「区间列表转 BED」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gatk/intervallisttobed
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【迭代同源搜索（jackhmmer）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   HMMER 迭代式同源搜索，自动多轮构建 profile 以发现更远缘的同源序列。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「迭代同源搜索」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/hmmer/jackhmmer
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【BLAST 库构建（makeblastdb）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   把 FASTA 序列格式化为 BLAST 数据库，供 blastn、blastp 等检索快速调用。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BLAST 库构建」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/blast/makeblastdb
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【HOMER 标签目录（makeTagDirectory）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   HOMER 将比对结果转换为标签目录，作为峰识别、注释等后续分析的输入。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「HOMER 标签目录」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/homer/makeTagDirectory
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【结构变异检测（manta）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Manta 从双端比对结果中快速检测结构变异与小 indel，输出 VCF 结果文件。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「结构变异检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/manta
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【甲基化数据比对（memx）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   bwa-meth 针对亚硫酸氢盐测序优化比对，正确处理 C 到 T 转换，用于甲基化分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「甲基化数据比对」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bwameth/memx
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【VCF 文件合并（merge）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   BCFtools 合并多个 VCF 或 BCF 文件，支持多样本位点求并集，便于联合分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「VCF 文件合并」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bcftools/merge
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【HOMER 峰合并（mergePeaks）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   HOMER 合并多个样本的峰文件，输出共有峰或特异峰集合，便于比较分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「HOMER 峰合并」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/homer/mergePeaks
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【SAM 文件合并（mergesamfiles）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Picard 将多个 SAM 或 BAM 文件按 read 组顺序合并为一个文件，保留头信息。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「SAM 文件合并」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/picard/mergesamfiles
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Picard VCF 合并（mergevcfs）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Picard 合并多个 VCF 文件并按染色体排序，适合同一批样本的变异合并。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Picard VCF 合并」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/picard/mergevcfs
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【VarScan 插入缺失检测（mpileup2indel）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   封装 varscan mpileup2indel，从 samtools 堆积结果中检测插入缺失变异并输出 VCF 文件。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「VarScan 插入缺失检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/varscan/mpileup2indel
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【VarScan SNP 检测（mpileup2snp）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   封装 varscan mpileup2snp，从 samtools 堆积结果中检测单核苷酸变异并输出 VCF 文件。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「VarScan SNP 检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/varscan/mpileup2snp
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【pbmarkdup 重复标记（pbmarkdup）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   对 PacBio HiFi 等长读长的比对结果标记 PCR 重复，输出保留或去除重复的 BAM 文件。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「pbmarkdup 重复标记」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/pbmarkdup
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Cutadapt 双端去接头（pe）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   使用 Cutadapt 对双端测序数据进行接头和引物去除，输出过滤后的配对 FASTQ 文件。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Cutadapt 双端去接头」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/cutadapt/pe
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【EPIC 峰检测（peaks）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   EPIC 流程中基于 ChIP-seq 比对结果进行峰检测，识别蛋白结合富集区域并输出峰的区间文件。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「EPIC 峰检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/epic/peaks
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Pindel 结果转 VCF（pindel2vcf）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   将 Pindel 检测得到的结构变异结果转换为标准 VCF 格式，方便下游注释与多样本比较分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Pindel 结果转 VCF」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/pindel/pindel2vcf
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【hap.py 变异预处理（pre.py）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   hap.py 流程的预处理步骤，对 VCF 与参考文件做规范化整理，为变异比较分析做准备。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「hap.py 变异预处理」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/hap.py/pre.py
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Paladin 比对准备（prepare）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Paladin 流程的准备步骤，为蛋白序列比对构建所需的索引与配置文件。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Paladin 比对准备」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/paladin/prepare
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GRIDSS 预处理（preprocess）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   GRIDSS 结构变异检测流程的预处理步骤，完成比对文件的整理、排序等准备工作。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GRIDSS 预处理」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gridss/preprocess
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【PrimerClip 引物剪切（primerclip）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   按扩增子引物位置剪切比对文件，去除引物序列以提高变异检测结果的准确性。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「PrimerClip 引物剪切」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/primerclip
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GATK3 读段输出（printreads）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   GATK3 工具模块，对 BAM 文件进行过滤、重比对或碱基校正后重新输出比对文件。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GATK3 读段输出」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gatk3/printreads
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GATK4 Spark 读段输出（printreadsspark）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   GATK4 基于 Spark 的读段输出模块，支持超大规模 BAM 文件的过滤与重新输出。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GATK4 Spark 读段输出」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gatk/printreadsspark
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【ART Illumina 模拟（profiler_illumina）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   ART 工具模块，模拟 Illumina 平台测序读段，用于评估比对软件与变异检测流程。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ART Illumina 模拟」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/art/profiler_illumina
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【pyEffGenomeSize 估算（pyeffgenomesize）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   封装 pyEffGenomeSize，依据 BED 与 GTF 文件计算测序可及的有效基因组大小。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「pyEffGenomeSize 估算」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/tmb/pyeffgenomesize
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【pyfaidx 序列提取（pyfaidx）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   快速按坐标从 FASTA 文件中提取子序列，常用于获取基因或区间对应的参考序列。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「pyfaidx 序列提取」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/pyfaidx
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Tabix 区间查询（query）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   封装 tabix 查询命令，按染色体区间从压缩索引文件中快速提取所需的记录行。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Tabix 区间查询」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/tabix/query
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【BCFtools 表头修改（reheader）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   BCFtools 模块，对 VCF 或 BCF 文件的样本名与表头信息进行修改或重新排列。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BCFtools 表头修改」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bcftools/reheader
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Picard SAM 还原（revertsam）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Picard 模块，将已处理的 BAM 文件还原为未排序的 SAM 文件，方便回退到原始格式。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Picard SAM 还原」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/picard/revertsam
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【BWA 双端比对（sampe）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   BWA 模块，把双端测序读段比对到参考基因组并输出 SAM 文件，适用于短读长数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BWA 双端比对」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bwa/sampe
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【BWA 单端比对（samse）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   BWA 模块，把单端测序读段比对到参考基因组并输出 SAM 文件，适用于短读长数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BWA 单端比对」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bwa/samse
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Samshee 格式校验（samshee）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Samshee 用于校验 SAM、BAM、CRAM 文件的格式是否规范，帮助排查流程中的文件问题。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Samshee 格式校验」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/samshee
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Picard SAM 转 FASTQ（samtofastq）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Picard 模块，把 SAM 或 BAM 文件转换为 FASTQ 序列文件，便于重新比对或数据处理。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Picard SAM 转 FASTQ」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/picard/samtofastq
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GATK按染色体拆分区间（scatterintervalsbyns）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   GATK 功能：按染色体长度把区间列表拆分成多个文件，常用于并行化处理和 Spark 流程的预处理。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GATK按染色体拆分区间」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gatk/scatterintervalsbyns
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GATK筛选变异位点（selectvariants）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   GATK 功能：按样本、染色体、变异类型等条件从 VCF 中筛选出需要的变异位点并输出新文件。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GATK筛选变异位点」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gatk/selectvariants
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【samtools拆分双端FASTQ（separate）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   samtools 功能：把 BAM 拆分成 R1/R2 双端 FASTQ 文件，用于序列重分析、上传或重新比对。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「samtools拆分双端FASTQ」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/samtools/fastq/separate
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【fgbio补齐配对信息（setmateinformation）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   fgbio 功能：修正并补齐 BAM 中 reads 的配对信息，包括 mate 位置与链方向，保证配对记录一致。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「fgbio补齐配对信息」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/fgbio/setmateinformation
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GRIDSS准备参考索引（setupreference）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   GRIDSS 功能：为参考基因组生成后续分析所需的索引文件，是结构变异检测流程的前置步骤。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GRIDSS准备参考索引」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gridss/setupreference
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Sniffles结构变异检测（sniffles）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Sniffles 长读长结构变异检测工具：从比对结果识别插入、缺失、倒位等变异并输出 VCF 文件。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Sniffles结构变异检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/sniffles
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Picard排序SAM/BAM（sortsam）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Picard 功能：按坐标对 SAM/BAM 文件重新排序并建立索引，便于区域查询与下游变异检测分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Picard排序SAM/BAM」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/picard/sortsam
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【bamtools拆分BAM（split）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   bamtools 功能：把一个 BAM 文件按指定规则拆分成多个子文件，便于分区域或分样本并行处理。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「bamtools拆分BAM」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bamtools/split
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GATK拆分区间文件（splitintervals）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   GATK 功能：把区间列表拆分成多个大小均衡的子文件，便于 GATK4 流程并行加速处理大数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GATK拆分区间文件」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gatk/splitintervals
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【TaxonKit物种注释（taxonkit）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   TaxonKit 工具：基于 NCBI 分类数据库为物种名或 TaxID 做格式化、谱系查询与名称转换等处理。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「TaxonKit物种注释」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/taxonkit
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【UCSC 2bit 转 FASTA（twoBitToFa）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   封装 UCSC twoBitToFa，把 2bit 序列文件转换为 FASTA 格式，方便其他工具读取使用。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「UCSC 2bit 转 FASTA」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/ucsc/twoBitToFa
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GATK变异转表格（variantstotable）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   GATK 功能：把 VCF 变异信息导出为制表符分隔的表格文件，方便在 Excel 或脚本中处理。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GATK变异转表格」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gatk/variantstotable
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【vcf2maf 变异格式转换（vcf2maf）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   封装 vcf2maf.pl，把 VCF 变异转换为 MAF 格式并附注释，便于肿瘤变异分析与比较。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「vcf2maf 变异格式转换」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/vcf2maf/vcf2maf
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【VG XG 索引构建（xg）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   封装 vg index --xg-name，为变异图构建 XG 索引，供 Giraffe 等图比对工具快速加载。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）；压缩包（.zip）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「VG XG 索引构建」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/vg/index/xg
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Emu 物种丰度估计（abundance）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   基于期望最大化算法对长读长16S测序数据做物种丰度定量，无需比对参考序列即可估计菌群组成。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Emu 物种丰度估计」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/emu/abundance
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【AdapterRemoval 接头去除（adapterremoval）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   去除测序读长中的接头序列并修剪低质量碱基，支持双端数据合并与质量统计，是质控的第一步。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「AdapterRemoval 接头去除」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/adapterremoval
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【组装结果统计（assembly-stats）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   统计基因组组装结果的contig数量、N50、总长度等指标，快速评估组装质量并输出汇总表。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「组装结果统计」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/assembly-stats
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Bismark 核苷酸覆盖（bam2nuc）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   统计BAM文件中每个CG位点的测序覆盖深度，为甲基化水平计算提供核苷酸水平的覆盖信息。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Bismark 核苷酸覆盖」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bismark/bam2nuc
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【RSeQC 比对统计（bam_stat）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   统计RNA-seq比对文件中的比对情况，包括唯一比对、多重比对与剪接读长比例，用于评估文库质量。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「RSeQC 比对统计」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/rseqc/bam_stat
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【UMI-tools BAM 加标签（bamtag）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   封装 umis bamtag，为比对文件中的读段添加 UMI 标签信息，便于后续去重与分子计数。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「UMI-tools BAM 加标签」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/umis/bamtag
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GATK 建立重校准模型（baserecalibrator）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   根据已知变异位点统计碱基质量的系统偏差并建立重校准模型，是变异检测前的标准准备步骤。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GATK 建立重校准模型」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gatk/baserecalibrator
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GATK BQSR建模并行版（baserecalibratorspark）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   以Spark并行方式统计碱基质量偏差并建立重校准模型，适合大规模样本或大基因组的加速处理。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GATK BQSR建模并行版」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gatk/baserecalibratorspark
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【BBTools 通用工具箱（bbtools）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   集成去污染、去接头、比对与统计等常用功能的生信工具套件，常用于宏基因组数据清洗。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BBTools 通用工具箱」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bbtools
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Bismark 甲基化提取（bismark_methylation_extractor）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   从比对结果中提取每个胞嘧啶的甲基化状态与覆盖深度，输出CG、CHG、CHH各类型甲基化统计。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Bismark 甲基化提取」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bismark/bismark_methylation_extractor
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【RSEM 表达量计算（calculate-expression）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   从比对结果计算基因与转录本的表达量，输出FPKM、TPM与读长计数，支持转录组定量与差异分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「RSEM 表达量计算」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/rsem/calculate-expression
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【读长折叠为片段（collapse_reads_to_fragments-bam）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   rbt工具，将BAM中的双端读长折叠为片段单元，便于按片段统计甲基化等信息。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「读长折叠为片段」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/rbt/collapse_reads_to_fragments-bam
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【等位计数收集（collectalleliccounts）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   GATK工具，统计指定位点的等位基因支持读数，供拷贝数分析计算等位不平衡。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「等位计数收集」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gatk/collectalleliccounts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【双链标签统计（collectduplexseqmetrics）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   fgbio工具，统计双链分子标签测序数据的各项指标，评估文库复杂度与错误率。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「双链标签统计」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/fgbio/collectduplexseqmetrics
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GC偏好统计（collectgcbiasmetrics）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Picard工具，评估测序数据在不同GC含量区间的覆盖偏好，帮助发现建库问题。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GC偏好统计」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/picard/collectgcbiasmetrics
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【杂交捕获统计（collecthsmetrics）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Picard工具，统计靶向捕获测序的覆盖度与重复率等指标，评估捕获效率。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「杂交捕获统计」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/picard/collecthsmetrics
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【读数计数收集（collectreadcounts）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   GATK工具，统计基因组分箱内的读数并生成计数文件，供拷贝数变异分析使用。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「读数计数收集」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gatk/collectreadcounts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【RNA测序质控统计（collectrnaseqmetrics）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Picard工具，评估RNA测序数据的链特异性与覆盖均一性等指标，用于质控。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「RNA测序质控统计」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/picard/collectrnaseqmetrics
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【靶向PCR统计（collecttargetedpcrmetrics）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Picard工具，针对扩增子测序统计覆盖均一性与漏检位点，评估panel表现。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「靶向PCR统计」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/picard/collecttargetedpcrmetrics
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【UMI计数工具（count）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   bustools工具，把单细胞测序的barcode与UMI比对到转录本并统计读数。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「UMI计数工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bustools/count
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【区间覆盖度统计（coveragebed）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   bedtools工具，统计BED区间内读长的覆盖深度和比例，用于靶区覆盖评估。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「区间覆盖度统计」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bedtools/coveragebed
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【CRISPR读数计数（crispr-count）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   dotmatch工具，统计CRISPR筛选测序中每个sgRNA的读数，输出计数矩阵。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CRISPR读数计数」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/dotmatch/crispr-count
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【CSV报告生成（csvreport）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   rbt工具，把分析结果整理导出为CSV报告，方便用表格软件查看与统计。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CSV报告生成」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/rbt/csvreport
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【诱饵序列生成（decoys）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Salmon工具，从转录组生成诱饵序列文件，减少定量时错误比对带来的偏差。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「诱饵序列生成」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/salmon/decoys
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【甲基化去重（deduplicate_bismark）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Bismark工具，对亚硫酸氢盐测序比对结果去除PCR重复，保证甲基化定量准确。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「甲基化去重」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bismark/deduplicate_bismark
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【计数去噪工具（denoisereadcounts）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   GATK工具，对分箱读数计数做去噪处理，提高拷贝数变异检测的准确性。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「计数去噪工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gatk/denoisereadcounts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【覆盖深度统计（depth）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   samtools工具，逐位点统计读长覆盖深度，用于评估测序均一性与目标区覆盖。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「覆盖深度统计」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/samtools/depth
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【k-mer计数导出（dump）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Jellyfish工具，把k-mer计数结果导出为文本文件，便于后续统计与比较。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「k-mer计数导出」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/jellyfish/dump
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Ensembl注释下载（ensembl-annotation）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   从Ensembl下载基因注释GTF文件，为定量和变异注释提供参考信息。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Ensembl注释下载」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/reference/ensembl-annotation
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Falco 测序质控（falco）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   FastQC 的高速替代工具，快速统计 FASTQ 质量与碱基组成，输出简洁质控报告。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Falco 测序质控」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/falco
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【FastQC 质量评估（fastqc）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   经典的 FASTQ 质控工具，统计碱基质量、GC 含量和接头污染等指标并生成 HTML 报告。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「FastQC 质量评估」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/fastqc
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【featureCounts 表达定量（featurecounts）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   封装 Subread featureCounts，按注释文件统计读段数，获得基因或外显子水平的表达量。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「featureCounts 表达定量」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/subread/featurecounts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【BCFtools 固定倍性（fixploidy）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   修正 VCF 文件中的倍性标注，使基因型字段符合下游分析与统计的要求。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BCFtools 固定倍性」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bcftools/fixploidy
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Sambamba 比对统计（flagstat）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   快速统计 BAM 文件中比对读段数量、配对情况和重复比例，生成比对质控摘要。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Sambamba 比对统计」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/sambamba/flagstat
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Cooltools 计算 GC 含量（gc）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   统计基因组各区间 GC 含量，用于 Hi-C 接触矩阵按 GC 分箱校正或质量评估。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Cooltools 计算 GC 含量」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/cooltools/genome/gc
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【RSEM 生成表达矩阵（generate-data-matrix）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   将多个 RSEM 样本的定量结果合并为基因或转录本表达矩阵，供差异表达分析使用。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「RSEM 生成表达矩阵」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/rsem/generate-data-matrix
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【BEDTools 覆盖度计算（genomecov）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   统计基因组各位置的读段覆盖深度，生成 bedGraph 等文件用于可视化与拷贝数分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BEDTools 覆盖度计算」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bedtools/genomecov
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【HOMER 差异峰分析（getDifferentialPeaks）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   比较两组样本的 ChIP-seq 峰，找出差异富集区域并给出统计显著性与注释结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「HOMER 差异峰分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/homer/getDifferentialPeaks
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GFA 组装图处理（gfatools）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   操作和转换 GFA 格式的组装图文件，统计序列信息并导出可视化所需数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GFA 组装图处理」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gfatools
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【hap.py 变异比较（hap.py）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   将变异检出结果与基准真值比较，统计 SNP 和 indel 的召回率与精确度。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「hap.py 变异比较」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/hap.py/hap.py
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Jellyfish k-mer 直方图（histo）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   统计 k-mer 频数直方图，为 GenomeScope 等基因组大小与复杂度评估提供输入。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Jellyfish k-mer 直方图」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/jellyfish/histo
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【HMMER 模型搜索（hmmsearch）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   用单个 HMM 模型搜索蛋白序列库，快速找出同源序列并给出显著性统计。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「HMMER 模型搜索」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/hmmer/hmmsearch
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【PyRoe 特征改名（idtoname）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   把 PyRoe 定量结果中的特征编号转换为基因或转录本名称，便于结果解读。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「PyRoe 特征改名」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/pyroe/idtoname
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Samtools 索引统计（idxstats）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   统计 BAM 索引中各参考序列的比对与未比对读段数，快速查看测序数据分布。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Samtools 索引统计」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/samtools/idxstats
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【链特异性判定（infer_experiment）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   RSeQC 判定 RNA-seq 文库的链特异性类型与链翻转情况，指导后续定量分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「链特异性判定」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/rseqc/infer_experiment
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【插入片段分布（inner_distance）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   RSeQC 统计双端测序插入片段长度分布，评估建库质量与比对参数是否合适。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「插入片段分布」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/rseqc/inner_distance
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【绝缘分数计算（insulation）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Cooltools 计算 Hi-C 数据的绝缘分数与边界强度，识别拓扑关联结构域的边界。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「绝缘分数计算」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/cooltools/insulation
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【基因组区间交集（intersect）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Bedtools 求两个 BED 或 VCF 区间的交集，用于变异注释、过滤与重叠统计。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「基因组区间交集」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bedtools/intersect
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【测序深度统计（mosdepth）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Mosdepth 快速统计全基因组或目标区域的测序深度与覆盖度，性能优异。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「测序深度统计」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/mosdepth
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【覆盖度直方图（ngscstat）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   统计组装序列的 reads 覆盖度直方图，作为 purge_dups 去冗余的输入依据。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「覆盖度直方图」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/purge_dups/ngscstat
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Microphaser 正常样本分析（normal）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Microphaser 流程中处理正常样本，完成 HLA 单倍型定量，为肿瘤样本提供配对比较的基线结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Microphaser 正常样本分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/microphaser/normal
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Orthanq HLA 定量（orthanq）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   利用 DNA 或 RNA 测序数据对 HLA 等位基因做丰度定量，可识别样本中实际存在的 HLA 类型组合。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Orthanq HLA 定量」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/orthanq
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Purge_Dups PB 统计（pbcstat）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Purge_Dups 流程第一步，统计 PacBio 长读长比对的覆盖度，为后续识别冗余序列提供依据。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Purge_Dups PB 统计」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/purge_dups/pbcstat
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【deepTools 覆盖度图（plotcoverage）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   deepTools 模块，按基因或区间统计平均覆盖深度并绘图，用于检查测序的均一性与偏好。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「deepTools 覆盖度图」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/deeptools/plotcoverage
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【RSEM 参考索引构建（prepare-reference）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   为 RSEM 流程准备参考转录本索引，生成用于表达定量的参考文件与相关配置。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「RSEM 参考索引构建」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/rsem/prepare-reference
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Kallisto 表达定量（quant）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   使用 Kallisto 对 RNA-seq 读段进行转录本水平的定量，输出表达量与丰度估计结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Kallisto 表达定量」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/kallisto/quant
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【QUAST 组装评估（quast）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   对基因组组装结果进行质量评估，统计 N50、总长度、错误率等指标并生成报告。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「QUAST 组装评估」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/quast
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【RSeQC 读段分布统计（read_distribution）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   RSeQC 模块，统计读段在基因结构元件上的分布，用于评估 RNA-seq 文库建库质量。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「RSeQC 读段分布统计」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/rseqc/read_distribution
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【RSeQC 重复率统计（read_duplication）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   RSeQC 模块，统计读段序列的重复程度，判断文库复杂度并辅助评估测序质量。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「RSeQC 重复率统计」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/rseqc/read_duplication
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【RSeQC GC 含量统计（read_gc）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   RSeQC 模块，统计读段的 GC 含量分布，用于排查污染或测序偏好等问题。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「RSeQC GC 含量统计」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/rseqc/read_gc
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【MSIsensor 扫描（scan）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   MSIsensor 模块，扫描肿瘤样本的微卫星位点，统计不稳定位点比例以评估 MSI 状态。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MSIsensor 扫描」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/msisensor/scan
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【SeqKit序列工具箱（seqkit）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   SeqKit 序列工具箱：支持 FASTA/Q 的统计、筛选、转换、抽取与去重等常用操作，处理速度快。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「SeqKit序列工具箱」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/seqkit
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Seqtk序列处理（seqtk）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Seqtk 轻量序列处理工具：用于 FASTQ 转 FASTA、随机抽样、取子序列以及序列统计等常见任务。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Seqtk序列处理」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/seqtk
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Sequali测序质控（sequali）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Sequali 快速质控工具：统计碱基质量、GC 含量、接头污染与重复率，并生成 HTML 质控报告。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Sequali测序质控」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/sequali
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Meryl生成k-mer计数集（sets）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Meryl 功能：从 k-mer 计数数据库生成或整理统计数据，用于基因组大小估计与组装质量评估。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Meryl生成k-mer计数集」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/meryl/sets
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【ProSolo单细胞与整体分析（single-cell-bulk）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   ProSolo 功能：联合分析单细胞与 bulk 测序数据，识别并定量等位基因特异表达，用于发育研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ProSolo单细胞与整体分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/prosolo/single-cell-bulk
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【MicroPhase体细胞分析（somatic）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   MicroPhase 功能：体细胞变异分析，从肿瘤样本数据中分型并定量变异等位基因，输出结果文件。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MicroPhase体细胞分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/microphaser/somatic
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【bamtools统计BAM（stats）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   bamtools 功能：统计 BAM 中 reads 总数、比对率与插入片段等基础指标，用于快速质控评估。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「bamtools统计BAM」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bamtools/stats
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Vembrane 变异表格化（table）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   封装 vembrane table，按表达式筛选 VCF 变异并输出为表格文件，便于统计分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Vembrane 变异表格化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/vembrane/table
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【MAGeCK测试对照比较（test）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   MAGeCK 功能：对 CRISPR 筛选的测试样本与对照样本比较 sgRNA 计数，评估基因敲除效应强度。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MAGeCK测试对照比较」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/mageck/test
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【bustools提取文本计数（text）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   bustools 功能：把 BUS 格式的单细胞数据转换为可读的文本计数矩阵，方便后续表达定量分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「bustools提取文本计数」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bustools/text
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【ToulligQC长读长质控（toulligqc）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   ToulligQC 长读长质控工具：对 Nanopore 数据生成包含读长、质量与接头信息的统计报告。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ToulligQC长读长质控」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/toulligqc
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【UCSC 2bit 信息统计（twoBitInfo）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   封装 UCSC twoBitInfo，统计 2bit 文件中的序列名称与长度信息，输出染色体大小表。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「UCSC 2bit 信息统计」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/ucsc/twoBitInfo
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GATK变异准确性评估（varianteval）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   GATK 功能：把变异检出结果与已知真值集比较，统计灵敏度与假阳性率，评估检测准确性。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GATK变异准确性评估」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gatk/varianteval
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【SnpSift变异类型标注（varType）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   SnpSift 功能：为 VCF 中的每个变异注释类型，区分 SNP、插入与缺失，便于按类型筛选统计。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「SnpSift变异类型标注」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/snpsift/varType
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【多序列比对工具（clustalo）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Clustal Omega多序列比对，支持大规模序列的高通量比对，用于进化与保守性分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多序列比对工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/clustalo
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Picard 重复标记（markduplicates）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Picard 标记文库中的 PCR 重复 reads，并输出去重指标供质量控制参考。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Picard 重复标记」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/picard/markduplicates
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Spark 分布式去重（markduplicatesspark）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   GATK Spark 版重复标记，基于 Spark 并行处理大规模 BAM，适合集群运行。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Spark 分布式去重」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gatk/markduplicatesspark
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GATK 导入 GenomicsDB（genomicsdbimport）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   把多个样本的 GVCF 导入 GenomicsDB 数据库，为多样本联合基因分型做准备。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GATK 导入 GenomicsDB」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gatk/genomicsdbimport
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Samtools 导入比对（import）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   把未比对的 FASTQ 或 SAM 数据导入为 BAM 格式，为重新比对做准备。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Samtools 导入比对」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/samtools/import
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GATK 碱基质量重校准（applybqsr）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   应用碱基质量重校准模型修正碱基质量值，降低系统性偏差，提高变异检测的准确性。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GATK 碱基质量重校准」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gatk/applybqsr
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Arriba 融合基因检测（arriba）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   从RNA-seq比对结果中检测基因融合事件，识别已知与新型融合转录本，广泛用于肿瘤转录组分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Arriba 融合基因检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/arriba
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GRIDSS 变异组装（assemble）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   对结构变异附近的读长做局部从头组装，辅助精确识别断点位置，是结构变异检测的核心环节。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GRIDSS 变异组装」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gridss/assemble
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GDC 数据切片下载（bam-slicing）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   按基因组区间从GDC数据库下载指定的BAM数据切片，减少传输量，方便只分析目标区域的数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GDC 数据切片下载」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gdc-api/bam-slicing
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Bellerophon 嵌合体检测（bellerophon）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   检测扩增子或组装序列中的嵌合体，标记并过滤假阳性序列，常用于微生物多样性与宏基因组分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Bellerophon 嵌合体检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bellerophon
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Bismark 甲基化比对（bismark）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   把亚硫酸氢盐处理后的测序数据比对到基因组，是DNA甲基化测序分析的核心比对工具。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Bismark 甲基化比对」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bismark/bismark
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【BLAST 核酸序列比对（blastn）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   把核酸序列与核酸数据库比对，寻找同源序列与相似区段，用于物种鉴定、引物核查与序列注释。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BLAST 核酸序列比对」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/blast/blastn
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【DIAMOND 蛋白序列比对（blastp）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   以极高速度把蛋白序列比对到蛋白数据库，常用于宏基因组物种与功能注释，速度远快于传统BLAST。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「DIAMOND 蛋白序列比对」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/diamond/blastp
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【DIAMOND 核酸译码比对（blastx）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   把核酸序列翻译后与蛋白数据库比对，适合宏基因组与转录本的物种功能注释，兼顾速度与灵敏度。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「DIAMOND 核酸译码比对」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/diamond/blastx
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Bowtie2 建比对索引（build）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   为参考基因组构建Bowtie2比对索引，只需执行一次即可供后续大量样本比对使用，提升比对速度。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Bowtie2 建比对索引」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bowtie2/build
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【BUSCO 组装完整性评估（busco）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   用通用单拷贝直系同源基因评估基因组或转录组组装的完整度，输出完整、片段化与缺失基因数量。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BUSCO 组装完整性评估」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/busco
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【VEP 缓存下载安装（cache）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   封装 vep_install，自动下载并安装指定物种与版本的 VEP 注释缓存，供变异注释使用。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「VEP 缓存下载安装」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/vep/cache
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GATK 样本污染度估计（calculatecontamination）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   根据常见变异位点估算样本间的交叉污染比例，为肿瘤与胚系变异分析提供质量参考指标。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GATK 样本污染度估计」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gatk/calculatecontamination
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Varlociraptor 变异调用（call-variants）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   封装 varlociraptor call variants，基于概率模型进行变异调用并给出不确定性评估。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Varlociraptor 变异调用」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/varlociraptor/call-variants
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【fgbio UMI一致性序列（callmolecularconsensusreads）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   按分子标签把同源读长合并生成一致性序列，显著降低测序错误率，适用于低频突变与超深度测序。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「fgbio UMI一致性序列」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/fgbio/callmolecularconsensusreads
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【拷贝数变异分析（cnv_facets）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   基于FACETS从肿瘤配对样本中检测拷贝数变异与等位失衡，输出分段结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「拷贝数变异分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/cnv_facets
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【区间补集计算（complement）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   bedtools工具，计算基因组区间在参考范围内的补集，常用于获取未覆盖区域。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「区间补集计算」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bedtools/complement
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【序列签名计算（compute）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   sourmash工具，为测序数据或基因组计算哈希签名，用于快速的物种组成比较。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「序列签名计算」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/sourmash/compute
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【假发现率控制（control-fdr）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   ProSolo工具，对单细胞变异检出结果做假发现率控制，筛出可靠的真实变异。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「假发现率控制」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/prosolo/control-fdr
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【组装纠错工具（correction）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   RagTag工具，用参考基因组对组装序列做序列纠错，减少装配中的小错误。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「组装纠错工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/ragtag/correction
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【结构变异检测（delly）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Delly工具，从双端与拆分读长中检测缺失、重复、倒位和易位等结构变异。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「结构变异检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/delly
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【覆盖深度计算（depthofcoverage）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   GATK工具，计算样本在目标区域的覆盖深度，为质控和变异过滤提供参考。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「覆盖深度计算」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gatk/depthofcoverage
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【反式特征向量（eigs_trans）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   cooltools工具，计算全基因组Hi-C矩阵的特征向量，分析染色体间相互作用。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「反式特征向量」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/cooltools/eigs_trans
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Ensembl序列下载（ensembl-sequence）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   从Ensembl下载参考基因组序列，可选择物种和版本，搭建分析基础数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Ensembl序列下载」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/reference/ensembl-sequence
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【文库复杂度评估（estimatelibrarycomplexity）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   GATK工具，评估测序文库的复杂度与重复水平，判断测序深度是否已饱和。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「文库复杂度评估」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gatk/estimatelibrarycomplexity
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【fastp 测序数据过滤（fastp）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   一站式 FASTQ 质控与过滤工具，自动去接头、修剪低质量碱基并输出质控报告。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「fastp 测序数据过滤」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/fastp
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Fastq Screen 污染筛查（fastq_screen）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   将测序读段比对到多种参考基因组，筛查样本污染与物种来源，输出汇总图表。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Fastq Screen 污染筛查」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/fastq_screen
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Galah 组装去冗余（galah）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   对基因组组装进行去冗余处理，合并高度相似的旁系同源区域，提高组装质量。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Galah 组装去冗余」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/galah
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GenomeScope 基因组评估（genomescope）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   基于 k-mer 频数分布估计基因组大小、杂合度和重复度，指导测序与组装策略。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GenomeScope 基因组评估」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/genomescope
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Strelka 胚系变异检测（germline）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   使用 Strelka2 从正常样本比对结果中检出胚系 SNP 与 indel，速度快且准确度较高。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Strelka 胚系变异检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/strelka/germline
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GATK 汇总覆盖度（getpileupsummaries）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   生成各样本的覆盖度汇总表，供 Mutect2 过滤步骤估算污染与测序噪声水平。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GATK 汇总覆盖度」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gatk/getpileupsummaries
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【VG Giraffe 图比对（giraffe）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   封装 vg giraffe，将读段比对到泛基因组变异图，直接输出比对结果供下游变异检测使用。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「VG Giraffe 图比对」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/vg/giraffe
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GSEA 富集分析（gsea）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   对基因表达数据做基因集富集分析，输出通路显著性与富集曲线结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GSEA 富集分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gseapy/gsea
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【SnpSift 关联位点注释（gwascat）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   把 GWAS Catalog 关联信息注释到 VCF 变异位点，便于判断已知疾病相关位点。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「SnpSift 关联位点注释」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/snpsift/gwascat
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【hifiasm 基因组组装（hifiasm）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   针对 PacBio HiFi 长读长的从头组装工具，可结合 Hi-C 数据输出分型组装结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「hifiasm 基因组组装」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/hifiasm
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【VG 节点编号重排（ids）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   封装 vg ids，对变异图中的节点编号进行重排或整理，方便多个图之间合并与比较。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「VG 节点编号重排」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/vg/ids
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【拷贝数快速评估（indexcov）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   基于 BAM 索引快速估算全基因组覆盖度与拷贝数变化，秒级预览样本质量与性别。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「拷贝数快速评估」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/goleft/indexcov
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【测序覆盖度评估（infer）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   用 Nonpareil 估计宏基因组文库的覆盖度与冗余度，判断当前测序深度是否足够。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「测序覆盖度评估」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/nonpareil/infer
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【变异功能注释（jannovar）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   对 VCF 变异进行基因、转录本与功能影响注释，输出可读的变异注释结果表。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「变异功能注释」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/jannovar
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【结构变异合并（jasminesv）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   合并多种结构变异检测工具的输出，去冗余后得到统一的高置信 SV 集合。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「结构变异合并」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/jasminesv
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【VG 图 k-mer 提取（kmers）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   封装 vg kmers，从变异图中提取指定长度的 k-mer 序列，可用于索引构建与序列比对分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「VG 图 k-mer 提取」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/vg/kmers
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【文库复杂度外推（lc_extrap）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Preseq 由现有测序数据外推文库复杂度曲线，评估继续测序还能获得多少新序列。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「文库复杂度外推」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/preseq/lc_extrap
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【读向偏差模型学习（learnreadorientationmodel）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   GATK 学习测序读段方向的偏差模型，供 Mutect2 过滤污染与错误变异使用。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「读向偏差模型学习」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gatk/learnreadorientationmodel
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【注释跨组装迁移（liftoff）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   将已有基因注释按序列比对迁移到新的基因组组装上，保留基因结构与编号。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「注释跨组装迁移」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/liftoff
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【SNP 指纹构建（makesnvpattern）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   NGScheckmate 从常见变异位点构建样本 SNP 指纹，用于鉴定样本混淆或污染。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「SNP 指纹构建」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/ngscheckmate/makesnvpattern
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【未剪接序列模型（makeunspliceunspliced）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   PyRo 估计未剪接与基因组来源 reads 的比例，辅助判断文库是否存在污染。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「未剪接序列模型」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/pyroe/makeunspliceunspliced
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【古 DNA 损伤评估（mapdamage2）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   评估古 DNA 测序数据中胞嘧啶脱氨等损伤模式，判断污染程度与数据可信度。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「古 DNA 损伤评估」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/mapdamage2
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【宏基因组组装（megahit）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   MEGAHIT 高效组装宏基因组短读数据，内存需求低，适合复杂群落样本。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「宏基因组组装」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/megahit
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【组装质量评估（merqury）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Merqury 利用 k-mer 评估基因组组装质量，给出 QV 值、完整性与错误分布。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「组装质量评估」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/merqury
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【宏基因组组装（metaspades）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   metaSPAdes 组装宏基因组数据，适用于多物种混合样本与低丰度物种恢复。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「宏基因组组装」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/spades/metaspades
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【CRISPR 基因富集（mle）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   MAGeCK 用最大似然估计 sgRNA 丰度，识别显著富集或缺失的基因与元件。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CRISPR 基因富集」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/mageck/mle
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【多位点序列分型（mlst）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   对细菌基因组做多位点序列分型 MLST，快速获得序列型与克隆群信息。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多位点序列分型」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/mlst
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【碱基堆积变异检测（mpileup）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   BCFtools 由 BAM 生成碱基堆积数据并检测变异，输出 VCF 或 mpileup 文本。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「碱基堆积变异检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bcftools/mpileup
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【线粒体核比例（mtnucratio）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   计算线粒体与核基因组 reads 的比例，用于评估样本质量与线粒体富集程度。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「线粒体核比例」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/mtnucratio
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【肿瘤体细胞变异（mutect）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   GATK Mutect2 检测肿瘤配对或单样本的体细胞 SNV 与 indel，并做过滤。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「肿瘤体细胞变异」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gatk/mutect
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【物种来源判别（ngs-disambiguate）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   区分测序 reads 来自人类还是小鼠等物种，用于异种移植样本的污染分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「物种来源判别」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/ngs-disambiguate
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【测序指标推导（ngsderive）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   从 BAM 或 FASTQ 推导测序仪型号、读长与链特异性等元数据，便于溯源。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「测序指标推导」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/ngsderive
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【变异标准化（norm）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   BCFtools 对 VCF 变异做标准化并拆分多等位位点，便于合并与比较分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「变异标准化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bcftools/norm
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【OptiType HLA 分型（optitype）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   基于 NGS 测序数据对样本进行 HLA I 类分型，支持 DNA 与 RNA 输入，输出高精度等位基因结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「OptiType HLA 分型」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/optitype
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Plass 蛋白序列组装（plass）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Plass 对宏基因组或宏转录组的短读段进行蛋白质水平组装，重建完整的蛋白编码序列。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Plass 蛋白序列组装」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/plass
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【VEP 插件下载（plugins）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   封装 VEP_plugins 的下载步骤，获取对应版本的官方插件集合，扩展 VEP 的注释功能。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「VEP 插件下载」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/vep/plugins
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Varlociraptor 变异预处理（preprocess-variants）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   封装 varlociraptor preprocess variants，为变异调用整理输入数据并完成必要的预处理。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Varlociraptor 变异预处理」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/varlociraptor/preprocess-variants
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【PRINSEQ++ 序列过滤（prinseq-plus-plus）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   按长度、质量、复杂度等条件过滤和修剪测序读段，输出干净序列用于下游分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「PRINSEQ++ 序列过滤」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/prinseq-plus-plus
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【VG 图剪枝（prune）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   封装 vg prune，去除变异图中不必要的交叉边，生成适合下游比对的高效图结构。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「VG 图剪枝」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/vg/prune
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【PTrimmer 引物修剪（ptrimmer）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   PTrimmer 对多重 PCR 扩增子测序数据进行引物修剪，降低引物残留带来的假阳性。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「PTrimmer 引物修剪」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/ptrimmer
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Purge_Dups 去冗余（purge_dups）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   基于长读长比对覆盖度识别并去除组装中的单倍型冗余序列，获得更准确的基因组。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Purge_Dups 去冗余」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/purge_dups/purge_dups
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【pyTMB 突变负荷计算（pytmb）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   封装 pyTMB，基于 VCF 与注释数据库计算肿瘤突变负荷，输出样本的 TMB 数值结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「pyTMB 突变负荷计算」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/tmb/pytmb
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【pytrf 串联重复检测（pytrf）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   在基因组序列中检测微卫星等串联重复序列，输出重复的位置、单元长度与拷贝数。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「pytrf 串联重复检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/pytrf
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Rasusa 读段下采样（rasusa）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   按指定碱基数或覆盖度对测序读段随机下采样，便于控制数据量并做公平比较分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Rasusa 读段下采样」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/rasusa
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【RazerS3 序列比对（razers3）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   RazerS3 将测序读段比对到参考序列，支持高灵敏度全比对，适合相似度较低的序列。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「RazerS3 序列比对」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/razers3
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Rebaler 基因组修正（rebaler）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   利用长读长数据对初步组装做修正与补全，提升基因组的连续性和碱基准确率。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Rebaler 基因组修正」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/rebaler
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【OpenCRAVAT 变异注释（run）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   OpenCRAVAT 主模块，对 VCF 变异进行注释，整合基因、频率与致病性等多库信息。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「OpenCRAVAT 变异注释」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/open-cravat/run
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【SALSA2 序列挂载（salsa2）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   SALSA2 利用 Hi-C 数据把组装片段挂载到染色体水平，提升基因组组装的连续性。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「SALSA2 序列挂载」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/salsa2
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【BWA 单端扩展比对（samxe）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   BWA 模块，对单端读段做高灵敏度的扩展比对，适合与参考差异较大的测序序列。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BWA 单端扩展比对」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bwa/samxe
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【cutadapt单端去接头（se）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   单端测序接头去除：调用 cutadapt 修剪 reads 两端的测序接头与低质量碱基，输出干净序列。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「cutadapt单端去接头」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/cutadapt/se
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【SexDeterrmine性别判定（sexdeterrmine）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   基于全基因组测序数据的性染色体覆盖度估算样本性别并评估污染，常用于人类样本的质控。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「SexDeterrmine性别判定」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/sexdeterrmine
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【bedtools区间扩展（slop）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   bedtools 功能：按指定长度向上下游扩展 BED 区间，常用于扩展启动子或调控区以便做注释。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「bedtools区间扩展」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bedtools/slop
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【SNP突变体模拟（snp-mutator）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   snp-mutator 功能：按设定速率向参考基因组引入模拟 SNP 生成变异序列，用于方法验证与测试。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「SNP突变体模拟」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/snp-mutator
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【SortMeRNA去除rRNA（sortmerna）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   SortMeRNA 工具：从测序数据中比对并去除 rRNA 序列，降低宏转录组与 RNA 建库中的背景干扰。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「SortMeRNA去除rRNA」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/sortmerna
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【purge_dups拆分基因组（split_fa）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   purge_dups 功能：按自比对结果把组装基因组拆成主序列与单倍型序列，用于去除冗余单倍型。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「purge_dups拆分基因组」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/purge_dups/split_fa
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GATK拆分N剪接reads（splitncigarreads）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   GATK 功能：把跨内含子剪接的 reads 拆成外显子片段并重新比对，用于 RNA-seq 变异检测。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GATK拆分N剪接reads」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gatk/splitncigarreads
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【CNVkit靶向建库分析（target）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   CNVkit 功能：从捕获测序数据构建目标区域的拷贝数参考，用于肿瘤靶向 panel 的 CNV 检测。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CNVkit靶向建库分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/cnvkit/target
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【TRF串联重复查找（trf）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   TRF 工具：在 DNA 序列中查找串联重复区段，给出重复单元、拷贝数与位置信息，用于注释。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「TRF串联重复查找」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/trf
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Trinity转录组组装（trinity）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Trinity RNA-seq 组装工具：从短读长数据从头组装转录本，输出可变剪接亚型，用于无参分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Trinity转录组组装」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/trinity
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Unicycler基因组组装（unicycler）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Unicycler 细菌基因组组装工具：整合短读长与长读长数据，输出高质量完整基因组序列。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Unicycler基因组组装」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/unicycler
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【VarDict变异检出（vardict）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   VarDict 变异检测工具：支持肿瘤/正常与扩增子数据，灵敏检出低丰度 SNP 和插入缺失变异。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「VarDict变异检出」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/vardict
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GATK变异硬过滤（variantfiltration）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   GATK 功能：按质量、深度等指标对 VCF 变异做硬过滤或标记，输出可用于下游分析的位点。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GATK变异硬过滤」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gatk/variantfiltration
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GATK变异质量重校准（variantrecalibrator）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   GATK 功能：基于已知位点对变异质量分数重新校准，降低假阳性，提升后续过滤的可靠性。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GATK变异质量重校准」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gatk/variantrecalibrator
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Barrnap rRNA预测（barrnap）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   从基因组序列中预测rRNA基因的位置与类型，用于组装质量评估、污染排查与核糖体序列去除。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Barrnap rRNA预测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/barrnap
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【变异注释数据库（dbnsfp）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   SnpSift工具，用dbNSFP为变异添加功能预测和人群频率等注释信息。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「变异注释数据库」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/snpsift/dbnsfp
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【转录本库下载（download-transcript-db）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   下载转录本注释数据库文件，为变异注释和转录本效应预测准备本地参考。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「转录本库下载」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/mehari/download-transcript-db
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【fgbio UMI 聚类（groupreadsbyumi）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   按 UMI 标签把读段归组，为后续构建共识序列与去重提供输入。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「fgbio UMI 聚类」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/fgbio/groupreadsbyumi
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【TransDecoder ORF 预测（longorfs）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   封装 TransDecoder.LongOrfs，在转录本序列中识别长开放阅读框，作为编码区预测的第一步。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「TransDecoder ORF 预测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/transdecoder/longorfs
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【变异注释模块（module）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   OpenCRAVAT 以模块化方式注释变异位点，整合多种数据库与预测工具输出。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「变异注释模块」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/open-cravat/module
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【多样本信号汇总（multibigwigsummary）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   deeptools 汇总多个 bigWig 文件在指定区间的信号，输出供降维与相关分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多样本信号汇总」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/deeptools/multibigwigsummary
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【TransDecoder 编码区预测（predict）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   封装 TransDecoder.Predict，结合同源比对与结构信息预测转录本的编码序列与蛋白产物。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「TransDecoder 编码区预测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/transdecoder/predict
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【VSEARCH序列比对聚类（vsearch）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   VSEARCH 工具：支持序列去重、聚类、嵌合体检测与比对，常用于扩增子与宏基因组分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「VSEARCH序列比对聚类」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/vsearch
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【MMseqs2常用工作流（workflows）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   MMseqs2 功能：提供序列比对、聚类与注释等常用工作流，快速处理大规模蛋白和核酸序列。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MMseqs2常用工作流」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/mmseqs2/workflows
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【协方差模型压缩（cmpress）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Infernal工具，把协方差模型压缩为二进制索引，加速后续cmscan数据库检索。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「协方差模型压缩」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/infernal/cmpress
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【RNA模型检索（cmscan）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Infernal工具，用协方差模型检索序列中的RNA二级结构同源，注释非编码RNA。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「RNA模型检索」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/infernal/cmscan
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【FreeBayes 变异检测（freebayes）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   基于贝叶斯方法的变异检出工具，支持多种样本类型，可从 BAM 直接获得 VCF 结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「FreeBayes 变异检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/freebayes
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【HMMER 构建模型（hmmbuild）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   从多序列比对构建隐马尔可夫模型文件，用于后续序列特征与结构域搜索。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「HMMER 构建模型」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/hmmer/hmmbuild
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【长读长结构变异（nanovar）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   NanoVar 从纳米孔长读长数据检测结构变异，无需组装，支持低覆盖样本。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「长读长结构变异」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/nanovar
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GATK BQSR并行版（applybqsrspark）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   以Spark并行方式应用碱基质量重校准模型，处理大规模样本时速度更快，适合大基因组队列分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GATK BQSR并行版」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gatk/applybqsrspark
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【BWA-MEM2 比对（mem）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   BWA-MEM2 将测序 reads 比对到参考基因组，速度较原版明显提升且结果一致。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BWA-MEM2 比对」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bwa-mem2/mem
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【比对并标记重复（mem-samblaster）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   BWA-MEM2 比对同时调用 samblaster 标记重复并提取不一致配对 reads，一步完成。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「比对并标记重复」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bwa-mem2/mem-samblaster
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Bowtie2 短读长比对（align）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   把高通量短读长测序数据比对到参考基因组并输出SAM/BAM文件，是重测序与ChIP-seq的标准比对步骤。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Bowtie2 短读长比对」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bowtie2/align
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Minimap2 长读长比对（aligner）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   把长读长或组装序列比对到参考基因组，广泛用于三代测序比对、结构变异检测与转录本比对。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Minimap2 长读长比对」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/minimap2/aligner
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【deepTools 比对过滤（alignmentsieve）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   按染色体、目标区域或比对质量筛选BAM中的比对记录，为覆盖度与信号分析准备干净的输入数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「deepTools 比对过滤」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/deeptools/alignmentsieve
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Alignoth 比对可视化（alignoth）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   由BAM比对文件生成静态比对堆叠图，直观展示目标区域的读长覆盖与变异位点，便于人工核查。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Alignoth 比对可视化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/alignoth
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【比对摘要统计（collectalignmentsummarymetrics）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Picard工具，统计BAM文件整体比对情况并汇总成表，用于质量评估与留档。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「比对摘要统计」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/picard/collectalignmentsummarymetrics
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【VCF文件合并（concat）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   bcftools工具，按顺序拼接多个VCF文件并合并样本，适合分批变异的整合。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「VCF文件合并」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bcftools/concat
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Varlociraptor 参数估计（estimate-alignment-properties）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   封装 varlociraptor 的比对属性估计，从比对数据估算错误率等指标供变异调用使用。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Varlociraptor 参数估计」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/varlociraptor/estimate-alignment-properties
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GATK3 局部重比对（indelrealigner）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   GATK3 局部重比对工具，在已知 indel 附近对 reads 重新比对，显著降低变异检出假阳性率。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GATK3 局部重比对」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gatk3/indelrealigner
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【变异左对齐修剪（leftalignandtrimvariants）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   对 VCF 变异做左对齐并修剪冗余碱基，使不同工具输出的表示形式保持统一。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「变异左对齐修剪」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gatk/leftalignandtrimvariants
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【PEAR 双端拼接（pear）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   PEAR 将双端测序读段按重叠区拼接为更长序列，常用于扩增子测序数据的合并处理。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「PEAR 双端拼接」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/pear
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GATK3 重比对区间创建（realignertargetcreator）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   GATK3 工具模块，根据已知变异位点生成局部重比的候选区间，供后续重比对步骤使用。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GATK3 重比对区间创建」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gatk3/realignertargetcreator
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【vcf2vcf 样本重命名（vcf2vcf）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   封装 vcf2vcf.pl，按提供的比对文件改写 VCF 中的样本名与坐标，实现格式与样本对齐。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「vcf2vcf 样本重命名」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/vcf2maf/vcf2vcf
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【purge_dups 阈值计算（calcuts）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   根据读长覆盖度自相关分析自动计算去冗余所需的覆盖度阈值，为基因组组装去冗余提供参数。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「purge_dups 阈值计算」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/purge_dups/calcuts
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GATK 拷贝比分段（callcopyratiosegments）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   根据拷贝比数据对基因组进行分段，检出拷贝数发生变化的区段，用于肿瘤样本拷贝数分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GATK 拷贝比分段」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gatk/callcopyratiosegments
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【插入片段统计（collectinsertsizemetrics）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Picard工具，统计双端测序插入片段长度分布，辅助判断文库质量和修剪阈值。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「插入片段统计」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/picard/collectinsertsizemetrics
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【拷贝数分段建模（modelsegments）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   GATK 对等位基因拷贝数做分段建模，用于肿瘤样本的拷贝数变异分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「拷贝数分段建模」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gatk/modelsegments
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【deepTools 覆盖度计算（bamcoverage）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   把BAM文件转换为基因组覆盖度信号文件，可做归一化和分箱平滑，用于可视化与差异信号比较。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「deepTools 覆盖度计算」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/deeptools/bamcoverage
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【deepTools 片段长度估算（bampefragmentsize）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   估算双端测序文库的片段长度分布，用于ATAC-seq等数据分析中的片段筛选与插入片段可视化。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「deepTools 片段长度估算」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/deeptools/bampefragmentsize
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Bismark 甲基化覆盖度（bismark2bedGraph）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   把甲基化提取结果转换为bedGraph覆盖度文件，便于在基因组浏览器中查看甲基化水平分布。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Bismark 甲基化覆盖度」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bismark/bismark2bedGraph
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Pretext 组装图导出（graph）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   从 Pretext 接触图数据中生成组装或染色体互作图谱文件，用于可视化组装质量。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Pretext 组装图导出」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/pretext/graph
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【WhatsHap 单倍型标记（haplotag）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   封装 whatshap haplotag，依据变异与定相结果给读段标记单倍型，输出带标签的比对文件。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「WhatsHap 单倍型标记」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/whatshap/haplotag
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GATK 单样本变异检测（haplotypecaller）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   对单样本执行局部重组装与基因分型，输出 SNP、indel 或 GVCF 文件。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GATK 单样本变异检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gatk/haplotypecaller
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Hi-C 图谱映射（map）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   将组装序列与 Hi-C 接触图相互映射，用于染色体挂载结果的校正与可视化。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Hi-C 图谱映射」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/pretext/map
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【deepTools 指纹图（plotfingerprint）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   deepTools 模块，通过读段分布指纹判断样本之间是否存在污染或交叉混样的问题。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「deepTools 指纹图」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/deeptools/plotfingerprint
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【deepTools PCA 图（plotpca）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   deepTools 模块，对多样本信号矩阵做主成分分析并绘图，展示样本之间的整体差异。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「deepTools PCA 图」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/deeptools/plotpca
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【MOFAflex 绘图（plotting）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   MOFAflex 流程的绘图模块，将多组学因子分析结果可视化为因子图与方差解释图。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MOFAflex 绘图」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/mofaflex/plotting
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【bcftools查看筛选VCF（view）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   bcftools 功能：查看并筛选 VCF/BCF 记录，可按区域、样本或变异类型提取需要的内容。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「bcftools查看筛选VCF」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bcftools/view
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Bismark 生成报告（bismark2report）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   汇总比对与甲基化提取结果生成HTML报告，包含比对率、甲基化比例等指标，便于结果核查。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Bismark 生成报告」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bismark/bismark2report
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【长读长过滤工具（chopper）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   快速过滤和修剪纳米孔长读长，可按质量值或长度筛选，输出干净FASTQ数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「长读长过滤工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/chopper
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【SAM清理工具（cleansam）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   GATK工具，清理BAM或SAM中的无效比对与标记，为后续分析准备规范数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「SAM清理工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/gatk/cleansam
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【物种分类折叠（collapse-taxonomy）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   emu工具，把序列比对结果按物种分类层级折叠汇总，生成丰度表供下游分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「物种分类折叠」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/emu/collapse-taxonomy
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【结果合并汇总（combine-outputs）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   emu工具，把多样本或分批运行的结果合并成统一丰度表，便于比较分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「结果合并汇总」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/emu/combine-outputs
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【序列数据库构建（db）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   MMseqs2工具，把蛋白质或核酸序列建成索引数据库，加速后续相似性检索。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「序列数据库构建」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/mmseqs2/db
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Hi-C点图分析（dots）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   cooltools工具，从Hi-C矩阵计算点图并做堆积分析，研究特定位点的互作。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Hi-C点图分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/cooltools/dots
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【顺式特征向量（eigs_cis）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   cooltools工具，计算Hi-C矩阵的顺式特征向量，用于划分染色质区室A与B。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：压缩包（.zip）；其它文件（.yaml）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「顺式特征向量」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/cooltools/eigs_cis
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Cooltools 顺式期望值（expected_cis）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   基于 Hi-C 接触矩阵计算顺式（同染色体）期望接触频率，用于校正染色体内部结构特征。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Cooltools 顺式期望值」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/cooltools/expected_cis
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Cooltools 反式期望值（expected_trans）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   计算 Hi-C 数据中反式（跨染色体）期望接触频率，作为染色体间互作比较的基线。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Cooltools 反式期望值」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/cooltools/expected_trans
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【FastTree 建树（fasttree）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   从多序列比对结果快速构建近似最大似然系统发育树，适合大规模序列的进化分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「FastTree 建树」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/fasttree
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Filtlong 长读长过滤（filtlong）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   按读长与质量得分过滤 Nanopore、PacBio 长读长数据，保留高质量读段用于组装。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Filtlong 长读长过滤」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/filtlong
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【GeneFuse 融合基因检测（genefuse）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   从 RNA-seq 数据中检测基因融合事件，输出融合转录本及支持读段信息。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「GeneFuse 融合基因检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/genefuse
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【HMMER 序列扫描（hmmscan）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   把蛋白序列比对到 HMM 模型库，识别序列所含的蛋白结构域与家族归属。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「HMMER 序列扫描」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/hmmer/hmmscan
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【LAST 序列比对（lastal）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   LAST 比对器将查询序列比对到参考库，适合长序列与远缘同源比对，内存占用低。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「LAST 序列比对」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/last/lastal
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【LAST 索引构建（lastdb）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   为参考序列构建 LAST 数据库索引，供 lastal 等比对步骤高速随机调用查询。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「LAST 索引构建」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/last/lastdb
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【DIAMOND 数据库（makedb）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   将蛋白序列构建为 DIAMOND 数据库索引，用于超快速的蛋白序列比对搜索。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「DIAMOND 数据库」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/diamond/makedb
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【剪接内含子模型（makesplicedintronic）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   PyRo 估计 RNA-seq 数据中剪接与内含子来源 reads 的比例及其分布特征。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「剪接内含子模型」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/pyroe/makesplicedintronic
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【重复序列标记（markdup）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Sambamba 高效标记或去除 PCR 重复 reads，速度快且内存占用较低。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「重复序列标记」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/sambamba/markdup
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【快速序列映射（mashmap）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   MashMap 基于 MinHash 做快速近似序列映射，适合长读长与跨物种比对定位。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「快速序列映射」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/mashmap
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【微卫星不稳定性（msi）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   MSIsensor 检测肿瘤样本的微卫星不稳定状态，评估免疫治疗相关标志物。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「微卫星不稳定性」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/msisensor/msi
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【多序列比对（muscle）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   MUSCLE 进行蛋白与核酸的多序列比对，准确度较高，速度也较快。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多序列比对」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/muscle
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【样本一致性核查（ncm）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   NGScheckmate 将样本 SNP 指纹与参考比对，判断是否存在样本调换或污染。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「样本一致性核查」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/ngscheckmate/ncm
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Cooltools 堆积矩阵（pileup）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Cooltools 模块，基于 Hi-C 接触矩阵生成指定区域的堆积图或堆积矩阵，用于染色质结构分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Cooltools 堆积矩阵」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/cooltools/pileup
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Porechop_ABI 去接头（porechop_abi）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   自动识别并去除 Nanopore 长读长数据中的接头序列，无需事先提供接头碱基信息。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Porechop_ABI 去接头」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/porechop_abi
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Qualimap RNA 质控（rnaseq）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Qualimap 模块，对 RNA-seq 比对结果做质量评估，输出覆盖度和读段分布等报告。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Qualimap RNA 质控」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/qualimap/rnaseq
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【ngsbits 祖源分析（sampleancestry）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   ngsbits 模块，根据基因型数据推断样本的遗传祖源构成，输出各参考人群成分比例。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ngsbits 祖源分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/ngsbits/sampleancestry
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【ngsbits 样本相似度（samplesimilarity）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   ngsbits 模块，比较样本之间的基因型相似程度，用于识别重复样本或样本互换问题。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ngsbits 样本相似度」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/ngsbits/samplesimilarity
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【sambamba按区域提取（slice）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   sambamba 功能：按染色体区间从 BAM 中快速提取比对记录，输出子集，便于区域化分析复核。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「sambamba按区域提取」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/sambamba/slice
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Pretext生成快照图（snapshot）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Pretext 功能：把 Hi-C 组装图谱导出为静态快照图片，方便在报告和论文中展示染色体互作。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Pretext生成快照图」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/pretext/snapshot
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【bcftools排序VCF（sort）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   bcftools 功能：把 VCF/BCF 按染色体和位置排序并压缩建索引，是合并与比较前的必要步骤。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「bcftools排序VCF」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bcftools/sort
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Trimmomatic质量修剪（trimmomatic）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   Trimmomatic 工具：对 Illumina 数据去接头、切低质量碱基，输出可直接比对的干净 reads。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Trimmomatic质量修剪」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/trimmomatic
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【VerifyBamID2 污染检测（verifybamid2）安装教程】—— Snakemake

■ 前置条件
   · 已安装 Snakemake 7.x / 8.x 与 conda/mamba；流程目录已建好。

■ 本 wrapper 是什么
   封装 verifybamid2，依据 SVD 参考估算样本污染程度，用于排查样本交叉污染问题。

■ 文件说明
   · 本目录共 3 个文件：其它文件（.yaml）；压缩包（.zip）；Python 脚本（.py）。
   · wrapper 一般含 wrapper.py、environment.yaml、meta.yaml 等。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程目录下找到（或新建）wrappers/ 目录。
   2. 按 Snakemake 的 wrapper 路径规则放好，例如：
      wrappers/<作者>/<工具>/<版本>/
      把本目录里的文件全部放进去。
   3. 在 Snakefile 里引用（离线模式用本地路径）：
      wrapper: "wrappers/<作者>/<工具>/<版本>"
      （离线时不要写 "v8.0/..." 这种仓库简写，否则 Snakemake 会去联网下载）
   4. 运行：snakemake -p --use-conda --cores 4

■ 验证是否装好
   · snakemake -n 走通 dry-run、没有「Unable to find wrapper」即为成功。

■ 常见问题
   · 报 conda 环境创建失败：确认已装 conda/mamba 且环境能联网或本地已有该环境的包。
   · 报 wrapper 找不到：九成是路径写法和目录层级不一致，按上面第 2 步对齐。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「VerifyBamID2 污染检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/verifybamid/verifybamid2
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。