Nextflow 插件合集（共 173 个）

【深度学习模型优化（deepmodeloptim）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   面向无偏学习系统的随机测试与输入扰动流程，用于评估和提升深度学习模型的稳健性。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「深度学习模型优化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/deepmodeloptim
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【粪化石宿主鉴定（coproid）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   从粪化石等样本的测序数据中鉴定宿主物种来源，用于考古与古微生物组的溯源分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「粪化石宿主鉴定」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/coproid
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【基因组注释流程（genomeannotator）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   在草稿基因组中识别编码基因结构并给出注释结果，适合未完成图或近缘物种基因组的注释需求。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「基因组注释流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/genomeannotator
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【非编码RNA注释（ncrnannotator）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   使用 Infernal 对基因组开展非编码 RNA 注释，识别 RNA 家族并输出基因组水平的注释结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「非编码RNA注释」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/ncrnannotator
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【蛋白序列注释（proteinannotator）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   为氨基酸序列生成序列水平的功能注释，给出结构域与功能位点信息，便于蛋白功能研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「蛋白序列注释」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/proteinannotator
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【物种标签纠错（taxmarker）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   识别被错误标注物种来源的序列，帮助修正公共数据库中的分类注释，提高注释准确性。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「物种标签纠错」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/taxmarker
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【组织基础仓库（.github）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   nf-core 组织在 GitHub 上的公共配置仓库，放置议题模板、贡献指南与组织级自动化脚本。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「组织基础仓库」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/.github
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【共享工作流集合（actions）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   nf-core 组织集中维护的 GitHub Actions 工作流集合，用于流程的持续集成、自动测试与发布。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「共享工作流集合」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/actions
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【自建运行器脚本（actions-runners）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   提供自建 GitHub Actions 运行器的安装说明与脚本，供 nf-core 流程在本地或机构算力上自动测试。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「自建运行器脚本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/actions-runners
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【智能体分析流程（agents）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   用自然语言驱动 Nextflow 流程生成与运行的智能体框架，可自动完成分析编排与结果解读。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「智能体分析流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/agents
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【扩增子测序分析流程（ampliseq）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   使用 DADA2 与 QIIME2 处理 16S/18S/ITS 扩增子数据，输出特征表、物种注释与多样性分析结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「扩增子测序分析流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/ampliseq
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【ATAC测序分析流程（atacseq）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   针对 ATAC-seq 数据完成比对、峰值检测与质控，可做差异可及性分析，用于染色质开放区域研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ATAC测序分析流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/atacseq
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【细菌系统发育构建（bactmap）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   基于参考序列比对的细菌全基因组系统发育流程，从测序读长出发构建高质量核心基因组进化树。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「细菌系统发育构建」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/bactmap
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【入门培训教程（basic_training）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   nf-core 官方基础培训内容，讲解如何用 nf-core create 命令创建、配置与测试自己的分析流程。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「入门培训教程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/basic_training
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【细胞绘画图像分析（cellpainting）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   针对 Cell Painting 高内涵成像数据的分析流程，完成图像处理、特征提取与形态学表型分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「细胞绘画图像分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/cellpainting
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【ChIP测序分析流程（chipseq）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   对 ChIP-seq 数据完成比对、质控、峰值检测与差异结合分析，适用于转录因子与组蛋白修饰研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「ChIP测序分析流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/chipseq
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【CLIP测序分析流程（clipseq）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   处理 CLIP 系列测序数据，包含质控、预比对、基因组比对、UMI 去重以及多种峰值检测方案。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CLIP测序分析流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/clipseq
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【机构算力配置集（configs）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   汇总各地机构与集群的算力环境参数配置，运行流程时可直接引用，免去重复调试计算资源。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「机构算力配置集」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/configs
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【细胞通讯游戏流程（connectgame）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   用于细胞互作推断的社区流程，从表达数据探索细胞间通讯关系，辅助单细胞与空间研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「细胞通讯游戏流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/connectgame
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【对照面板参考集（createpanelrefs）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   从大量样本自动构建正常对照面板与背景模型等参考集，供变异检测流程降低假阳性使用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「对照面板参考集」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/createpanelrefs
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【CRISPR编辑分析流程（crisprseq）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   分析 CRISPR 编辑实验数据，既可评估靶向测序的编辑质量，也可从文库筛选数据中发现关键基因。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CRISPR编辑分析流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/crisprseq
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【CUT&RUN实验分析（cutandrun）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   面向 CUT&RUN 与 CUT&TAG 数据的分析流程，含质控、spike-in 校正、IgG 对照与峰值检测。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CUT&RUN实验分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/cutandrun
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【微生物差异丰度共识（daamicrobiome）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   整合多种差异丰度分析方法的微生物组流程，输出方法间的共识结果，减少单一算法偏倚。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「微生物差异丰度共识」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/daamicrobiome
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【m6A甲基化检测（dartseq）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   面向 RNA 测序数据检测 m6A 修饰位点的流程，用于解析转录后甲基化修饰的分布与变化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「m6A甲基化检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/dartseq
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【深度突变扫描分析（deepmutscan）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   分析鸟枪法 DNA 测序获得的深度突变扫描数据，量化突变体富集与适应度，流程可复现易扩展。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「深度突变扫描分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/deepmutscan
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【演示示例流程（demo）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   官方提供的 nf-core 风格简易分析流程，用于教学演示与流程框架测试，便于新手快速上手。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「演示示例流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/demo
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【测序数据拆分流程（demultiplex）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   根据样本标签把混合测序数据拆分到各个样本，支持多种平台与文库类型，是下机数据的预处理步骤。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「测序数据拆分流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/demultiplex
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【转录组从头组装（denovotranscript）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   对双端短读长批量 RNA 测序数据进行从头转录组组装，适合缺乏参考基因组的物种研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「转录组从头组装」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/denovotranscript
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【序列去污染流程（detaxizer）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   从原始基因组数据中识别并可选移除指定物种序列，默认去除人类序列，便于数据共享。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「序列去污染流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/detaxizer
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【疾病模块发现（diseasemodulediscovery）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   基于网络拓扑的疾病模块识别流程，从组学数据中挖掘与疾病相关的基因模块与关键通路。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「疾病模块发现」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/diseasemodulediscovery
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【古DNA分析流程（eager）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   完全可重复的古 DNA 分析流程，覆盖预处理、比对、损伤评估与污染检测，是古基因组研究常用工具。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「古DNA分析流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/eager
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【真核病原群体基因组（eupathpopgen）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   面向真核病原体的群体基因组分析流程，完成变异检测、群体结构与进化关系分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「真核病原群体基因组」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/eupathpopgen
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【囊泡RNA分析（evexplorer）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   分析细胞外囊泡 RNA 测序数据的流程，兼容 nextflex、comboSeq 与纳米孔等多种建库技术。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「囊泡RNA分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/evexplorer
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【功能基因筛选流程（funcscan）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   在宏基因组或基因组数据中筛查功能基因与天然产物合成基因簇，用于活性物质与次级代谢研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「功能基因筛选流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/funcscan
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【全基因组关联分析（gwas）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   面向全基因组关联研究的分析流程，用于在大规模群体中定位与性状相关的遗传变异位点，仍在开发中。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「全基因组关联分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/gwas
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【单细胞供体拆分（hadge）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   面向单细胞测序数据的供体拆分流程，识别不同供体来源的细胞，支持多样本混样实验。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「单细胞供体拆分」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/hadge
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【HLA分型流程（hlatyping）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   从二代测序数据中完成高精度的 HLA 分型，用于移植配型、免疫相关疾病与群体遗传学研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「HLA分型流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/hlatyping
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【长链非编码RNA分析（lncpipe）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   从 RNA-seq 数据出发分析长链非编码 RNA 的表达特征与潜在功能，流程仍在持续开发完善中。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「长链非编码RNA分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/lncpipe
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【脉冲星天文数据流程（meerpipe）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   处理 MeerKAT 射电望远镜的脉冲星观测数据，产出成像与计时分析所需的数据产品。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「脉冲星天文数据流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/meerpipe
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【大型测试工作区脚本（megatest-seqerakit）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   包含搭建 nf-core 大型测试工作区所用的 seqerakit 脚本，方便在云端批量组织流程测试。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「大型测试工作区脚本」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/megatest-seqerakit
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【甲基化测序分析流程（methylseq）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   分析重亚硫酸盐甲基化测序数据，支持 Bismark 与 bwa-meth 等方案，输出甲基化水平与差异分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「甲基化测序分析流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/methylseq
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【线粒体数据分析（mitodetect）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   针对线粒体测序数据的一站式分析流程，涵盖变异检测、拷贝数估计与质量评估等环节。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「线粒体数据分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/mitodetect
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【MNase测序分析流程（mnaseseq）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   使用 BWA 与 DANPOS2 分析 MNase-seq 数据，定位核小体位置并反映染色质开放状态。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MNase测序分析流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/mnaseseq
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【流程模块模板（modules-template）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   nf-core 模块模板仓库，规定模块目录结构与配置写法，方便开发者按规范编写并共享模块。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「流程模块模板」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/modules-template
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【纳米孔测序分析流程（nanoseq）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   面向 Oxford Nanopore 数据完成样本拆分、质控与比对，可进一步做甲基化与结构变异分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「纳米孔测序分析流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/nanoseq
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【新生RNA分析流程（nascent）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   处理新生转录类测序数据，用于研究转录活性与 RNA 合成的动态变化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「新生RNA分析流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/nascent
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Nextflow工具插件（nf-core-utils）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   为 Nextflow 提供 nf-core 常用工具函数的插件，简化流程开发中的参数与环境处理。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Nextflow工具插件」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/nf-core-utils
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【测试工具函数库（nft-utils）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   为 nf-test 测试框架提供常用工具函数，帮助流程与模块编写更简洁可靠的测试脚本。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「测试工具函数库」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/nft-utils
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【肿瘤多组学分析（oncoanalyser）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   面向肿瘤的 DNA 与 RNA 综合分析流程，完成变异检测、特征注释与临床相关结果报告生成。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「肿瘤多组学分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/oncoanalyser
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【PacBio肿瘤体细胞检测（pacsomatic）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   面向 PacBio HiFi 数据的肿瘤与正常配对体细胞分析流程，完成变异检测与功能注释。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「PacBio肿瘤体细胞检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/pacsomatic
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【PacBio变异检测（pacvar）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   面向 PacBio 长读长数据的变异检测流程，支持全基因组与靶向测序，输出高置信度变异。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「PacBio变异检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/pacvar
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【病原流行病学分析（pathogenepidemiology）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   面向指定病原体的基因组流行病学流程，基于预设配置完成分型、溯源与变异监测。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「病原流行病学分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/pathogenepidemiology
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【系统发育位置推断（phyloplace）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   使用 EPA-NG 完成系统发育位置推断的分析流程，可将新序列快速定位到已有参考进化树上。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「系统发育位置推断」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/phyloplace
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【新流程提案仓库（proposals）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   收集并讨论 nf-core 新流程、兴趣小组等想法的提案仓库，社区在此提交与评审新建议。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「新流程提案仓库」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/proposals
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【溯源报告流程（provenancereport）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   用于生成溯源报告的简易流程，记录数据与软件版本信息，便于分析结果的可重复性追溯。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「溯源报告流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/provenancereport
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【RAD测序变异检测（radseq）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   面向限制性位点关联 DNA 测序数据的变异检测流程，用于群体遗传与分子标记开发研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「RAD测序变异检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/radseq
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【罕见病变异分析流程（raredisease）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   针对罕见病患者的全基因组或外显子数据完成变异检测与打分排序，辅助致病位点筛选与解读。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「罕见病变异分析流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/raredisease
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【测序读段模拟（readsimulator）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   模拟扩增子、靶向捕获、宏基因组与全基因组等测序读段，为流程测试与方案评估提供数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「测序读段模拟」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/readsimulator
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【核糖质谱质控（ribomsqc）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   监测核糖核苷分析中质谱仪性能的质控流程，输出仪器稳定性指标，保障检测数据可靠。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「核糖质谱质控」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/ribomsqc
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【基因融合检测流程（rnafusion）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   基于 RNA-seq 数据检测基因融合事件，整合多种识别工具并输出结果，用于肿瘤相关研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「基因融合检测流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/rnafusion
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【RNA变异检测流程（rnavar）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   基于GATK4的RNA测序变异检测流程，从转录组数据中识别SNP与Indel，辅助疾病相关突变研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「RNA变异检测流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/rnavar
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【染色质可及性分析（sammyseq）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   用于SAMMY-seq数据的分析流程，解析染色质可及性与开放区域，研究异染色质与常染色质结构分布。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「染色质可及性分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/sammyseq
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【肿瘤与遗传变异检测（sarek）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   从全基因组或靶向测序数据中检测胚系与体细胞变异，包含预处理、变异检测与注释的完整流程。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「肿瘤与遗传变异检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/sarek
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【测序数据质控（seqinspector）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   专注质控的测序数据流程，批量运行多种质控工具并输出整体与分组的多重质控报告。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「测序数据质控」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/seqinspector
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【数据提交ENA（seqsubmit）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   将测序数据与元信息整理后提交至欧洲核苷酸档案库 ENA，简化数据公开与共享流程。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「数据提交ENA」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/seqsubmit
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Nextflow安装动作（setup-nextflow）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   GitHub Action，用于在CI工作流中自动安装Nextflow，方便流程的持续集成与自动化测试。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Nextflow安装动作」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/setup-nextflow
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【测试环境安装动作（setup-nf-test）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   GitHub Action，用于在持续集成环境中安装 nf-test，方便流程与模块自动运行测试。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「测试环境安装动作」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/setup-nf-test
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Xenium空间质控（spatialaxe）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   面向 Xenium 与 Artera 空间数据的处理与质控流程，遵循最佳实践输出一致性较高的结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Xenium空间质控」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/spatialaxe
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【工业革命模拟（spinningjenny）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   基于智能体模型模拟第一次工业革命的技术扩散与经济演化，属计算社会科学的示例流程。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「工业革命模拟」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/spinningjenny
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【语法检查健康度（strict-syntax-health）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   跟踪各 nf-core 流程对 Nextflow 严格语法检查的通过情况，帮助开发者及时发现语法问题。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「语法检查健康度」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/strict-syntax-health
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Sublime语法高亮插件（sublime）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   为Sublime Text 4提供Nextflow工作流语法高亮与代码片段，帮助提升流程编写效率。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Sublime语法高亮插件」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/sublime
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【结核分枝杆菌分析（tbanalyzer）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   面向结核分枝杆菌复合群不同成员的元流程，完成测序数据的分型、耐药与谱系分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「结核分枝杆菌分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/tbanalyzer
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【测试用示例流程（testpipeline）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   nf-core官方小型示例流程，用于测试新基础设施与公共代码，验证流程框架各项功能。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「测试用示例流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/testpipeline
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【变异目录构建流程（variantcatalogue）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   从全基因组序列生成变异目录，汇总群体中变异位点及其频率，为变异筛选提供参考数据。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「变异目录构建流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/variantcatalogue
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【病毒宏基因组分析（viralmetagenome）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   面向宏基因组样本的非靶向病毒全基因组重建流程，支持iSNV鉴定与病毒序列组装分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「病毒宏基因组分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/viralmetagenome
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【VSCode扩展包（vscode-extensionpack）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   面向nf-core开发者的VSCode扩展包，集成常用插件，方便Nextflow流程的开发与调试。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「VSCode扩展包」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/vscode-extensionpack
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【黑客松基础设施（hackathon-infra）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   用 Terraform 描述 nf-core 黑客松虚拟活动所需的基础设施，便于活动环境快速搭建复用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「黑客松基础设施」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/hackathon-infra
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【社区邮件简报（newsletter）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   nf-core 组织邮件简报的发送基础设施，用于定期向社区成员推送动态与工作进展。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「社区邮件简报」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/newsletter
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【文档拼写检查（vale）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   对 nf-core 文档进行拼写与语法检查，帮助维护者统一文档风格并减少文字错误。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「文档拼写检查」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/vale
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【BAM转FASTQ工具（bamtofastq）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   将 BAM 或 CRAM 格式比对文件还原为 FASTQ 原始读长并做质量评估，便于重新比对或数据交付。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「BAM转FASTQ工具」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/bamtofastq
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【FASTQ文件修复（fastqrepair）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   修复损坏的 FASTQ.gz 文件，剔除或修正不合规读段、去除未配对读段并整理错乱序列。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「FASTQ文件修复」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/fastqrepair
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【公共数据批量下载（fetchngs）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   从公共数据库自动获取元数据与原始 FASTQ 文件，并按样本整理目录，方便后续流程直接使用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「公共数据批量下载」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/fetchngs
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【微生物功能谱分析（funcprofiler）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   基于测序读段的微生物组功能谱分析流程，直接推断群落的功能潜能与代谢通路组成。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「微生物功能谱分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/funcprofiler
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Iso-Seq基因组注释（isoseq）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   利用 PacBio Iso-Seq 数据完成基因组注释，从原始子读长生成全长非嵌合序列并输出注释文件。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Iso-Seq基因组注释」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/isoseq
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【TIFF测试插件（nft-tiff）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   nf-test 插件，提供简洁易用的 TIFF 文件断言方法，方便图像相关流程编写自动化测试。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「TIFF测试插件」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/nft-tiff
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【遥感影像分析（rangeland）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   处理卫星遥感影像与辅助数据，逐步产出反映地表变化的趋势文件，用于生态与草场监测。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「遥感影像分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/rangeland
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【参考数据构建（references）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   构建索引、注释与背景文件等多种用途的参考数据集，供各类分析流程直接调用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「参考数据构建」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/references
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【宏基因组物种分类分析（taxprofiler）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   对鸟枪法短读长与长读长宏基因组数据进行高度并行的多物种分类学分析与丰度注释。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「宏基因组物种分类分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/taxprofiler
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【免疫组库分析流程（airrflow）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   基于 Immcantation 框架分析 B 细胞与 T 细胞适应性免疫受体库测序数据，完成克隆分型与多样性统计。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「免疫组库分析流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/airrflow
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【CAGE测序分析流程（cageseq）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   处理 CAGE 测序数据，完成接头修剪、基因组比对与标签计数，用于转录起始位点的定位研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「CAGE测序分析流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/cageseq
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【环状RNA分析流程（circrna）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   针对 RNA-seq 数据完成环状 RNA 定量与差异表达分析，并预测其结合的 miRNA 靶点，助力机制研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「环状RNA分析流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/circrna
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【DIA蛋白组定量分析（diaproteomics）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   对数据非依赖采集（DIA）质谱数据做自动化定量分析，输出蛋白与肽段定量结果，服务蛋白质组研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「DIA蛋白组定量分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/diaproteomics
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【差异丰度分析流程（differentialabundance）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   针对 RNA-seq 等平台得到的特征矩阵或观测矩阵，完成差异丰度统计分析并绘制可视化图表。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「差异丰度分析流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/differentialabundance
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【药敏模型评估（drugresponseeval）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   以统计学与生物学上合理的方式测试药物响应预测模型，输出可靠性评估支持精准用药研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「药敏模型评估」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/drugresponseeval
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【HiCAR多组学分析（hicar）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   处理 HiCAR 数据，可在同一样本中同时测量转录组、染色质可及性与顺式调控接触，实现多组学联测。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「HiCAR多组学分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/hicar
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【基因组比对定量流程（magmap）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   将测序读长比对到大规模基因组集合上并统计丰度，适合菌群组成与功能基因的定量分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「基因组比对定量流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/magmap
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【MARS-seq单细胞分析（marsseq）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   MARS-seq v2 单细胞转录组预处理流程，包含表达定量与 RNA 速率分析，适合免疫细胞研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MARS-seq单细胞分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/marsseq
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【全切片单细胞分析（mcmicro）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   端到端流程，把多通道全切片图像转化为单细胞数据，用于组织微环境与病理切片定量研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「全切片单细胞分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/mcmicro
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【质谱代谢组预处理（metaboigniter）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   处理质谱代谢组学数据，基于一级与二级质谱完成定量与代谢物鉴定，输出标准化结果表格。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「质谱代谢组预处理」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/metaboigniter
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【MHC肽段鉴定定量（mhcquant）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   从质谱原始数据中鉴定并定量 MHC 洗脱肽段，用于免疫肽组学与肿瘤新抗原的相关研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「MHC肽段鉴定定量」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/mhcquant
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【蛋白质组学流程（msproteomics）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   覆盖质谱蛋白质组学数据分析的完整流程，包含谱图鉴定、定量与差异蛋白统计分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「蛋白质组学流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/msproteomics
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Nanostring 空间转录组分析流程（nanostring）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   Nanostring 空间转录组分析流程（nf-core），覆盖质控、比对、定量与报告生成。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Nanostring 空间转录组分析流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/nanostring
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【噬菌体序列注释（phageannotator）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   从宏基因组或基因组序列中识别、注释并定量噬菌体序列，用于噬菌体与宿主互作研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「噬菌体序列注释」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/phageannotator
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【R语言工具函数（r-nf-core-utils）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   为 R 语言提供 nf-core 系列工具函数，方便在统计分析与绘图脚本中处理流程产出结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「R语言工具函数」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/r-nf-core-utils
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【核糖体印迹分析（riboseq）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   分析核糖体印迹测序数据，完成比对、读段周期性与翻译效率统计，服务于翻译组研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「核糖体印迹分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/riboseq
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【RNA测序分析流程（rnaseq）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   基于STAR、RSEM、HISAT2或Salmon的RNA测序分析流程，完成基因与转录本定量及全面质控。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「RNA测序分析流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/rnaseq
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【单细胞 RNA 测序分析流程（scrnaseq）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   单细胞 RNA 测序分析流程（nf-core），覆盖质控、比对、定量与报告生成。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「单细胞 RNA 测序分析流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/scrnaseq
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【SLAM-seq分析流程（slamseq）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   用于SLAM-seq数据的处理与分析，通过代谢标记区分新旧转录本，定量RNA半衰期与降解速率。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「SLAM-seq分析流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/slamseq
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【小RNA测序分析流程（smrnaseq）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   面向miRNA等小RNA测序数据的分析流程，完成比对、定量、差异表达与靶基因预测等分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「小RNA测序分析流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/smrnaseq
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【空间转录组分析流程（spatialvi）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   处理带空间坐标与图像信息的空间基因表达计数，专为10x Genomics Visium转录组数据设计。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「空间转录组分析流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/spatialvi
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【稳定内参基因筛选（stableexpression）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   从 RNA 测序或芯片表达数据中筛选最稳定的基因，为定量实验挑选可靠的内参参考基因。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「稳定内参基因筛选」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/stableexpression
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【社区数据统计（stats）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   汇总 nf-core 组织的项目、流程与贡献数据，生成统计图表供社区了解整体发展情况。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「社区数据统计」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/stats
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【冻土消融评估（troughgraph）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   定量评估冻土地貌与区域冻土消融程度，输出趋势结果，用于寒区环境变化的长期监测。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「冻土消融评估」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/troughgraph
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【参考数据说明表（references-datasheets）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   整理各类参考数据集对应的说明表与元信息，便于用户了解数据来源、版本与适用范围。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「参考数据说明表」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/references-datasheets
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【系统运维自动化（datasync）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   提供多种系统运维与自动化任务的流程集合，可用于数据同步、批量操作与集群日常维护。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「系统运维自动化」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/datasync
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【双RNA测序分析流程（dualrnaseq）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   分析宿主与病原体同步测序的双 RNA-seq 数据，用于研究感染过程中的宿主与病原互作关系。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「双RNA测序分析流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/dualrnaseq
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【病毒整合位点检测（viralintegration）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   采用嵌合读长方法检测基因组中的病毒整合事件，定位整合位点并评估宿主与病毒序列连接。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「病毒整合位点检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/viralintegration
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【人类血型抗原分型（abotyper）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   利用 Oxford Nanopore 三代测序数据鉴定人类血型系统与红细胞抗原，支持稀有血型分型与输血配型研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「人类血型抗原分型」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/abotyper
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【等位基因表达分析（alleleexpression）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   基于 STAR-WASP 比对与 phaser 定相分析 RNA 测序中的等位基因特异表达，输出 ASE 结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「等位基因表达分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/alleleexpression
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【染色体外环状DNA分析（circdna）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   从 Circle-seq、全基因组或 ATAC-seq 数据中识别染色体外环状 DNA，用于肿瘤等真核细胞研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「染色体外环状DNA分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/circdna
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【异常事件检测（drop）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   在 RNA 测序数据中寻找剪接与表达异常事件，辅助罕见遗传病的分子诊断与候选基因筛选。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「异常事件检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/drop
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【UMI共识序列生成（fastquorum）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   利用唯一分子标签（UMI）对读长进行去重与合并，生成高质量共识序列，降低测序错误带来的影响。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「UMI共识序列生成」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/fastquorum
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【长读长基因组组装（genomeassembler）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   使用 ONT 或 PacBio HiFi 长读长数据完成单倍型基因组的组装与挂载，输出高质量染色体级序列。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「长读长基因组组装」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/genomeassembler
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【基因组质量评估（genomeqc）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   对多个基因组及其注释结果进行质量比较，输出统一指标，帮助筛选高质量参考基因组。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「基因组质量评估」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/genomeqc
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【浅层基因组测序分析（genomeskim）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   对浅层基因组测序数据做质控与过滤，随后完成细胞器基因组组装或整体基因组分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「浅层基因组测序分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/genomeskim
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【亲缘关系估算（genomicrelatedness）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   基于低深度全基因组测序数据估算样本间遗传亲缘关系，用于群体结构与个体识别分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「亲缘关系估算」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/genomicrelatedness
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【水平基因转移检测（hgtseq）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   基于高通量测序数据探查物种间的水平基因转移事件，可用于微生物与宿主间基因交流的研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「水平基因转移检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/hgtseq
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【长读长罕见病检测（longraredisease）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   利用长读长测序数据检测神经发育障碍患者的结构变异与致病位点，辅助罕见病诊断。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「长读长罕见病检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/longraredisease
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【宏基因组组装分箱（mag）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   对宏基因组数据完成组装与分箱，获得宏基因组组装基因组并做物种注释与质量评估。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「宏基因组组装分箱」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/mag
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【宏转录组组装注释（metatdenovo）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   对宏转录组或宏基因组数据做从头组装与注释，覆盖细菌、真核生物与病毒，输出功能注释结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「宏转录组组装注释」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/metatdenovo
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【长读长甲基化提取（methylong）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   从 Oxford Nanopore 与 PacBio 长读长数据中提取甲基化信息，用于全基因组甲基化图谱研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「长读长甲基化提取」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/methylong
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【质谱肽段鉴定（mspepid）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   对蛋白质组学实验的二级质谱谱图进行肽段鉴定，可组合多种搜索算法与重打分策略。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「质谱肽段鉴定」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/mspepid
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【多组学关联分析（omicsgenetraitassociation）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   整合转录组、蛋白组等多种组学数据并开展协同分析，用于挖掘基因型与表型之间的关联。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多组学关联分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/omicsgenetraitassociation
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【泛基因组图构建（pangenome）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   将一组基因组序列构建成泛基因组图结构，用于参考偏向更低的变异检测与群体基因组研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「泛基因组图构建」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/pangenome
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【疟疾耐药位点分析（plasmodiumdrugres）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   从疟原虫微单倍型数据中分析耐药标记，把变异翻译为耐药位点的氨基酸改变并评估抗性。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「疟疾耐药位点分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/plasmodiumdrugres
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【蛋白质基因组数据库（proteogenomicsdb）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   为蛋白质基因组学分析构建定制蛋白数据库，把测序得到的变异信息纳入检索库以提高鉴定率。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「蛋白质基因组数据库」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/proteogenomicsdb
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【罕见变异负荷检验（rarevariantburden）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   仅用病例样本进行一致的罕见变异负荷汇总检验，可与对照人群频率比较，辅助关联研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「罕见变异负荷检验」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/rarevariantburden
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【RNA-DNA联合变异检测（rnadnavar）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   联合 RNA 与 DNA 测序数据检测体细胞突变，减少假阳性，提升肿瘤变异检出的可靠性。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「RNA-DNA联合变异检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/rnadnavar
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【串联重复分析（tandemrepeat）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   检测并分析基因组中的串联重复区域，估计重复拷贝数与结构变异，辅助遗传病研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「串联重复分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/tandemrepeat
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【变异检测评测（variantbenchmarking）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   评估并验证基因组研究中变异检测方法的准确性，输出基准比较结果，帮助选择可靠工具。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「变异检测评测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/variantbenchmarking
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【肿瘤变异优先级（variantprioritization）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   对体细胞单碱基变异、插入缺失与拷贝数异常进行功能注释与筛排，服务精准肿瘤用药。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「肿瘤变异优先级」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/variantprioritization
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【病毒组装与变异检测（viralrecon）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   用于病毒样本的基因组组装及宿主内低频变异检测，支持疫情监测与病毒谱系进化分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「病毒组装与变异检测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/viralrecon
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【分类数据库构建（createtaxdb）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   并行自动构建多种宏基因组分类器所需的参考数据库，统一生成索引供物种注释环节调用。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分类数据库构建」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/createtaxdb
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【表位预测分析流程（epitopeprediction）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   从蛋白或变异数据出发预测与注释候选表位，支持多种分型体系，用于疫苗与免疫治疗相关研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「表位预测分析流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/epitopeprediction
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【k-mer相似性分析（kmermaid）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   基于 k-mer 的序列相似性分析流程，可快速完成大规模序列的比较与聚类，支持宏基因组等场景。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「k-mer相似性分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/kmermaid
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【宏基因组表位挖掘（metapep）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   从宏基因组数据出发预测与筛选候选表位，贯通从菌群序列到免疫表位发现的分析链条。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「宏基因组表位挖掘」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/metapep
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【蛋白家族构建（proteinfamilies）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   生成并持续更新蛋白质家族集合，完成家族聚类、比对与注释，服务进化与比较基因组分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「蛋白家族构建」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/proteinfamilies
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【直系同源比较分析（reportho）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   对不同方法预测的直系同源基因进行比较分析，输出一致性评估，帮助筛选可靠同源关系。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「直系同源比较分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/reportho
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【单细胞下游分析（scdownstream）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   单细胞转录组下游流程，完成质控、批次整合与降维聚类，并生成便于展示的分析结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「单细胞下游分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/scdownstream
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【细菌功能建模（bacmodel）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   系统生物学取向的细菌功能建模流程，整合基因组与代谢信息，推断群落的功能特征与互作。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「细菌功能建模」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/bacmodel
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【肿瘤克隆演化分析（tumourevo）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   从全基因组测序数据建模肿瘤克隆演化，完成驱动基因注释、拷贝数质控与突变特征解析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「肿瘤克隆演化分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/tumourevo
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【细菌组装注释流程（bacass）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   面向细菌全基因组的简洁组装与注释流程，可选用多种组装软件完成拼接并输出基因注释与评估报告。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「细菌组装注释流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/bacass
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【光片显微图像分析（lsmquant）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   对光片显微镜成像结果进行拼接、定量与统计分析，适用于三维组织与胚胎发育成像研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「光片显微图像分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/lsmquant
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【多序列比对评估（multiplesequencealign）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   运行多种多序列比对方法并系统评估其效果，帮助用户为具体数据集选择合适的比对工具。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「多序列比对评估」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/multiplesequencealign
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【基因组两两比对（pairgenomealign）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   使用 LAST 软件把多个查询基因组比对到目标基因组并绘制结果图，用于比较基因组学分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「基因组两两比对」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/pairgenomealign
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【表观基因组分段（epigenomesegmentation）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   使用 EpiSegMix 隐马尔可夫模型对甲基化等表观数据分段，识别染色质状态与区域功能特征。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「表观基因组分段」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/epigenomesegmentation
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【成像质谱流式分析（imcyto）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   面向成像质谱流式数据的分析流程，完成图像分割、细胞识别与标志物定量，服务肿瘤微环境研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「成像质谱流式分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/imcyto
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【空间转录组分析（panoramaseq）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   处理基于原位阵列的空间转录组测序数据，完成细胞分割、表达定量与空间聚类分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「空间转录组分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/panoramaseq
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【单细胞纳米孔测序分析（scnanoseq）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   面向Oxford Nanopore与10X Genomics数据的单细胞及单细胞核分析流程，支持转录本与异构体分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「单细胞纳米孔测序分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/scnanoseq
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【空间组学分析流程（sopa）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   空间组学数据的分割、注释与分析流程，从成像数据出发识别细胞并开展空间表达研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「空间组学分析流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/sopa
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【基因系统发育分析（genephylo）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   构建基因水平的系统发育树并分析进化关系，涵盖序列比对、建树与结果可视化步骤。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「基因系统发育分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/genephylo
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【Hi-C染色体构象分析（hic）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   分析染色体构象捕获（Hi-C）数据，完成比对、互作矩阵构建与结构分区，用于三维基因组研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「Hi-C染色体构象分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/hic
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【邻近网络分析流程（pixelator）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   配合 Pixelator 生成邻近网络分析数据，用于在单分子水平解析细胞表面蛋白的邻近关系。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「邻近网络分析流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/pixelator
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【蛋白结构预测流程（proteinfold）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   整合 AlphaFold 等主流工具完成蛋白质三维结构预测，支持单体与复合物建模并输出结构模型。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「蛋白结构预测流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/proteinfold
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【分子动力学流程（moleculardynamics）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   面向分子动力学模拟数据的分析流程，完成轨迹处理与结构性质统计，服务生物大分子研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「分子动力学流程」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/moleculardynamics
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【病原体基因组监测（pathogensurveillance）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   基于群体基因组学与测序数据对病原体开展监测分析，支持溯源、分型与变异追踪等公卫场景。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「病原体基因组监测」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/pathogensurveillance
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【进化模型拟合（genephylomodeler）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   从多序列比对出发拟合分子进化模型并检测自然选择信号，用于基因家族与物种进化研究。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「进化模型拟合」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/genephylomodeler
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【芯片甲基化分析（methylarray）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   处理 Illumina 甲基化芯片数据，完成预处理、质控、混杂因素检查与差异甲基化位点区域分析。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「芯片甲基化分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/methylarray
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【空间分子成像分析（molkart）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   处理 Resolve Biosciences 分子制图与组合荧光原位杂交数据，输出空间表达与细胞分群结果。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「空间分子成像分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/molkart
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【基因型定相填充（phaseimpute）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   对遗传数据进行定相与基因型填充，为关联分析和群体遗传研究提供完整的高质量基因型。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「基因型定相填充」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/phaseimpute
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【RNA可变剪接分析（rnasplice）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   用于RNA-seq数据的可变剪接分析，识别差异剪接事件与剪接类型，评估基因表达与剪接调控变化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「RNA可变剪接分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/rnasplice
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【RNA结构探测分析（rnastructurome）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   分析高通量 RNA 结构探测数据，计算各位点的修饰与可及性，解析 RNA 二级结构特征。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「RNA结构探测分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/rnastructurome
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。

【转录因子活性分析（tfactivity）安装教程】—— Nextflow

■ 前置条件
   · 已安装 Nextflow（22.10 及以上）与 Java 17+；建议同时装 conda。

■ 本模块是什么
   结合表达与开放染色质数据识别不同条件下差异活跃的转录因子，解析基因调控变化。

■ 文件说明
   · 本目录共 1 个文件：压缩包（.zip）。
   · .nf 是流程模块，一般还带 environment.yml 或 params 文件。

■ 安装步骤（离线）
   1. 在你的流程仓库里找到或新建 modules/ 目录。
   2. 把本目录的模块放成 modules/local/<模块名>/main.nf（保持目录名与 process 名一致）。
   3. 在流程主文件里引入：
      include { <PROCESS名> } from './modules/local/<模块名>/main.nf'
   4. 运行时用 -with-conda 或 -profile conda 让 Nextflow 建好依赖环境：
      nextflow run main.nf -profile conda

■ 验证是否装好
   · nextflow run main.nf -preview 能正确解析、不报「No such variable」即成功。

■ 常见问题
   · 报 process 未定义：include 的路径或大小写不对（Nextflow 区分大小写）。
   · 依赖装不上：确认 conda/mamba 可用，或提前把 environment.yml 建好环境。

■ 验证是否装好
   · 重启软件后在插件/扩展列表里能看到「转录因子活性分析」，即为成功。
   · 若列表里没有，先看软件的日志（一般在 帮助 → 显示日志）里有没有该插件的报错。

■ 常见问题
   · 提示版本不兼容：本店提供的插件版本与软件版本有对应关系，升级软件后如报错请把软件版本发客服换包。
   · 装完没反应：确认放对了目录、且改名后没有多余的后缀（如 .txt）。
   · 与已有插件冲突：先在插件列表里停用同名插件再试。

■ 来源与版权
   https://github.com/nf-core/tfactivity
   开源/免费发布，仅作学习研究用途；本教程由本店整理，请勿转载。